آن أوتيت

📅 آخر تحديث: ٢٤ يوليو ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٢٤ يوليو ٢٠٢٦
الموسوعة الحرة

آن أوتيت هو تطبيق مجاني قائم على الويب [ 1 ] يحلل مجموعات السجلات المُحددة في PubMed ، وهي قاعدة بيانات ببليوغرافية تضم مقالات من أكثر من 5500 مجلة طبية حيوية حول العالم. بينما يوفر PubMed مجموعة واسعة من خيارات البحث لتحديد مجموعات السجلات ذات الصلة باستفسارات الباحثين، إلا أنه يفتقر إلى القدرة على تحليل هذه المجموعات بشكل أعمق، وهي عملية تُستخدم فيها مصطلحات مثل استخراج النصوص والتحليل التفصيلي . يستطيع آن أوتيت إجراء هذا التحليل، ويمكنه معالجة مجموعات تصل إلى 25000 سجل من PubMed. [ 1 ]

وصف

بمجرد تحديد مجموعة من المقالات باستخدام برنامج Anne O'Tate بواجهته وصيغة البحث المشابهة لـ PubMed، يمكن تحليل هذه المجموعة وعرض الكلمات والمفاهيم المذكورة في "حقول" (أقسام) محددة من سجلات PubMed مرتبة حسب تكرارها. [ 2 ] "الحقول" التي يمكن لبرنامج Anne O'Tate عرضها بهذه الطريقة هي:

المواضيع (MeSH)

قد يساعد هذا الخيار في تحديد رؤوس الموضوعات الطبية المحتملة (المعروفة باسم مصطلحات MeSH، ولكنها تسمى "المواضيع" من قبل آن أوتيت) لموضوع لا يوجد له رأس موضوع مطابق أو "مصطلح إدخال" (مراجع متقاطعة لمصطلح MeSH المفضل) أو حيث تفشل عملية التعيين التلقائي لـ PubMed (تحديد مصطلح MeSH وإدراجه في صياغة البحث).

على سبيل المثال، سيؤدي البحث عن مقالات حول "نقل المعرفة" (التي لا يوجد لها مصطلح MeSH أو مدخل مُقابل) إلى استرجاع مجموعة تضم حوالي 530 دراسة في PubMed (حتى أغسطس 2011). ويشير تحليل آن أوتيت إلى أن مصطلحات MeSH مثل "انتشار الابتكار" أو "نشر المعلومات" قد تكون مفاهيم إضافية مناسبة لاسترجاع مجموعة مراجع أكثر شمولية. هذه الطريقة لتحديد مصطلحات MeSH المُحتملة غير مُتاحة في PubMed.

المؤلفون

قد يساعد هذا الخيار في تحديد المؤلفين الذين كتبوا بشكل متكرر عن موضوع معين، أو قد يساعد في تحديد الخبراء المحتملين أو المراجعين النظراء

المجلات

قد يساعد تحديد المجلات التي تنشر أوراقًا بحثية حول الموضوع قيد الدراسة في اختيار المجلات المناسبة للنظر في المخطوطات أو لإجراء مسح تفصيلي للمقالات ذات الصلة (البحث اليدوي [ 3 ] ) التي لم يتم العثور عليها من خلال البحث في PubMed.

مجالات أخرى

يمكن أيضًا تحليل انتماءات المؤلفين (عناوينهم) وسنوات النشر. كما يمكن تحديد "الكلمات المهمة" من العناوين والملخصات التي قد "[...] تتكرر بشكل أكبر في مجموعة النتائج الفرعية مقارنةً بقاعدة بيانات MEDLINE ككل، وبالتالي تميز مجموعة النتائج الفرعية عن بقية قاعدة بيانات MEDLINE" [ 4 ] ، مما يساعد في تحسين البحث في PubMed. [ 5 ] [ 6 ] [ 7 ]

تاريخ

تم تطوير برنامج Anne O'Tate (وهو تورية على كلمة "annotate") بواسطة نيل آر سمولهايزر وفريق من الباحثين من جامعة شيكاغو . وهو جزء من مشروع Arrowsmith، الذي طوّر أدوات مثل "Arrowsmith" نفسه، وهو تطبيق لمقارنة النصوص، [ 8 ] و "Adam"، وهي قاعدة بيانات للاختصارات الطبية، [ 9 ] و Author-ity (أداة لتحديد هوية المؤلف)، [ 10 ] و "Compendium"، وهي قائمة بأدوات استخراج البيانات من النصوص الطبية الحيوية ، بالإضافة إلى Anne O'Tate. يستند المشروع إلى بحث قاده دون آر سوانسون في جامعة شيكاغو [ 11 ] التي استضافت الأداة الأصلية. [ 12 ] كما قاد نيل آر سمولهايزر بحثًا إضافيًا في جامعة إلينوي في شيكاغو ، بتمويل من المعاهد الوطنية للصحة . [ 13 ]

تطبيقات أخرى لاستخراج البيانات النصية من PubMed

تم تطوير مجموعة واسعة من تطبيقات استخراج البيانات النصية لقاعدة بيانات PubMed، [ 4 ] باستخدام واجهاتها الخاصة، مثل GoPubMed وClusterMed وPubReMiner. وتختلف تطبيقات هذه الأدوات وأداؤها. [ 14 ] أما آن أوتيت، فهي الوحيدة التي تستخدم واجهة PubMed القياسية، وصيغة البحث، وبعض وظائفها.

مراجع

  1. 1 2 سمالهايزر، إن آر؛ تشو، دبليو؛ تورفيك، في آي (2008). "آن أوتيت: أداة لدعم التلخيص والتحليل والتصفح المُوجَّه من قِبل المستخدم لنتائج بحث PubMed" . مجلة الاكتشاف والتعاون في مجال الطب الحيوي . 3 : 2. doi : 10.1186/1747-5333-3-2 . PMC 2276193. PMID 18279519 .  
  2. ↑ باليدور، جي إيه؛ أندرادي-نافارو، إم إيه (2010). " اتجاهات MLTrends: رسم بياني لاستخدام مصطلحات MEDLINE بمرور الوقت" . مجلة الاكتشاف والتعاون في مجال الطب الحيوي . 5 : 1-6 . doi : 10.5210/disco.v5i0.2680 . PMC 2990277. PMID 20333611 .  
  3. ↑ لانغهام، ج.؛ طومسون، إ.؛ روان، ك. (1999). "تحديد التجارب المعشاة ذات الشواهد من أدبيات طب الطوارئ: مقارنة بين البحث اليدوي والبحث في قاعدة بيانات MEDLINE". حوليات طب الطوارئ . 34 (1): 25-34 . doi : 10.1016/s0196-0644(99)70268-4 . PMID 10381991 . 
  4. 1 2 لو، ز . (2011). "ببمد وما بعده: دراسة استقصائية لأدوات الويب للبحث في الأدبيات الطبية الحيوية" . قاعدة البيانات . 2011 baq036. doi : 10.1093/database/baq036 . PMC 3025693. PMID 21245076 .  
  5. ↑ ويلكزينسكي، إن إل؛ ووكر، سي جيه؛ ماكيبون، كيه إيه؛ هاينز، آر بي (1995). " أسباب فقدان حساسية وخصوصية مصطلحات MeSH المنهجية والكلمات النصية في MEDLINE" . وقائع ندوة تطبيقات الحاسوب في الرعاية الطبية : 436-440 . PMC 2579130. PMID 8563319 .  
  6. ↑ غرينهاغ، ت. (1997). " كيفية قراءة ورقة بحثية. قاعدة بيانات ميدلاين" . المجلة الطبية البريطانية (طبعة البحوث السريرية) . 315 (7101): 180-183 . doi : 10.1136/bmj.315.7101.180 . PMC 2127107. PMID 9251552 .  
  7. ↑ سمالهايزر، إن آر؛ تشو، دبليو؛ تورفيك، في آي (2011). "توزيع المصطلحات "الخاصة" في أدبيات MEDLINE" . المعلومات . 2 (4): 266-276 . doi : 10.3390/info2020266 .
  8. ↑ سمالهايزر، ن. ر.؛ تورفيك، ف. إ.؛ تشو، و. (2009). "واجهة بحث أروسميث ثنائية العقد: دليل إرشادي لإيجاد روابط ذات دلالة بين مجموعتين متباينتين من المقالات في ميدلاين" . أساليب وبرامج الحاسوب في الطب الحيوي . 94 (2): 190-197 . doi : 10.1016/j.cmpb.2008.12.006 . PMC 2693227. PMID 19185946 .  
  9. ↑ تشو، و.؛ تورفيك، ف.إ.؛ سمولهايزر، ن.ر. (2006). "آدم: قاعدة بيانات أخرى للاختصارات في ميدلاين" . المعلوماتية الحيوية . 22 (22): 2813-2818 . doi : 10.1093/bioinformatics/btl480 . PMID 16982707 . 
  10. ↑ تورفيك، في آي؛ سمولهايزر، إن آر (2009). "إزالة الغموض عن أسماء المؤلفين في ميدلاين" . معاملات ACM لاكتشاف المعرفة من البيانات . 3 (3): 1-29 . doi : 10.1145/1552303.1552304 . PMC 2805000. PMID 20072710 .  
  11. ↑ سوانسون، د. ر.؛ سمولهايزر، ن. ر. (صيف 1999). "الروابط النصية الضمنية بين سجلات ميدلاين: استخدام أروسميث كأداة مساعدة للاكتشاف العلمي" (ملف PDF) . اتجاهات المكتبات . 48 (1): 48-59 . مؤرشف من الأصل (ملف PDF) بتاريخ 10 مارس 2016. تم الاطلاع عليه بتاريخ 4 يوليو 2011 .
  12. ↑ "Arrowsmith-2 على نظام لينكس" . جامعة شيكاغو. مؤرشف من الأصل في 18 يونيو 2009. تم الاطلاع عليه في 4 يوليو 2011 .
  13. ↑ سمالهايزر، ن. ر. (أكتوبر 2005). "مشروع أروسميث: تقرير حالة 2005" . علوم الاكتشاف . المؤتمر الدولي الثامن حول علوم الاكتشاف. سلسلة محاضرات في علوم الحاسوب. المجلد 3735. الصفحات 26-43 . doi : 10.1007/11563983_5 . ISBN   978-3-540-29230-2.
  14. ↑ دوليا، أندرو؛ كاريجان، ماري؛ أوسوليفان، ليديا؛ ديلاونوا، إيزابيل؛ كلارك، هيلين؛ بودو، مارتن؛ جوستي، مارتينا؛ والش، كيران أ.؛ هارينغتون، باتريشيا؛ سميث، سوزان م.؛ رايان، مارين (2026). "حساسية ودقة استراتيجيات البحث المبنية باستخدام أداة استخراج تردد الكلمات من النصوص (PubReMiner) مقارنةً بأفضل الممارسات الحالية لبناء استراتيجيات البحث: دراسة ضمن مراجعة (SWAR)" . توليف الأدلة والأساليب في كوكرين . 4 (2) e70074. doi : 10.1002/cesm.70074 . PMC 12915468. PMID 41716537 .