BioPHP

BioPHP عبارة عن مجموعة من أكواد PHP مفتوحة المصدر ، تتضمن فئات لتحليل تسلسل الحمض النووي والبروتين، والمحاذاة، وتحليل قواعد البيانات، وغيرها من أدوات المعلوماتية الحيوية . يُصدر BioRuby بموجب رخصة GNU GPL الإصدار 2 ^{[ 1 ]} ، وهو أحد مشاريع Bio* العديدة، المصممة للحد من تكرار الأكواد . ^{[ 2 ]} وباعتباره مشروعًا مفتوح المصدر في مجال المعلوماتية الحيوية، فإن BioPHP تابع لمؤسسة المعلوماتية الحيوية المفتوحة . ^{[ 3 ]}

نشأ مشروع BioPHP من مشروع GenePHP، الذي أسسه سيرج غريغوريو عام 2003. صُمم GenePHP كتطبيق قائم على لغة PHP لحزم برامج المعلوماتية الحيوية المشابهة، مثل BioPerl و BioPython و BioRuby . طُوّر BioPHP في ديسمبر 2005 على يد خوسيبا بيكاندي في جامعة إقليم الباسك بإسبانيا ، كامتداد لـ GenePHP. يُعد GenePHP أحد المشاريع الأربعة التي تُشكّل حاليًا مشروع BioPHP. ^{[ 1 ]}

ينقسم مشروع BioPHP إلى أربعة "مشاريع". يتميز مشروع GenePHP ببنية مشابهة لمشاريع Bio* الأخرى، حيث يضم عددًا من الفئات التي تمثل (من بين أمور أخرى) تسلسلات الحمض النووي والبروتين ومحاذاة التسلسلات. صُممت كل فئة لتكون عامة بما يكفي لتكون مفيدة في عدد من مشاريع BioPHP. وبالمثل، يهدف مشروع Functions إلى إنشاء عدد من الدوال لتنفيذ مهام على كائنات الفئات وتقليل تكرار التعليمات البرمجية بين المشاريع. أما مشروعا Minitools و Tools فيهدفان إلى إنشاء مجموعة من نصوص PHP البرمجية للمهام الصغيرة والمتكررة؛ وعادةً ما تتطلب النصوص البرمجية في مشروع Tools متطلبات خاصة، مثل التفاعل مع نصوص برمجية و/أو تعليمات برمجية غير مكتوبة بلغة PHP (مكتوبة، على سبيل المثال، بلغة Perl أو C ). ^{[ 1 ]}

• مؤسسة المعلوماتية الحيوية المفتوحة

• الموقع الرسمي
• برنامج BioPHP كائني التوجه
• السيرة الذاتية للي كاتز