قائمة بمجموعات أدوات المعلوماتية الكيميائية

📅 آخر تحديث: ٣ أغسطس ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٣ أغسطس ٢٠٢٦
الموسوعة الحرة

تُعدّ مجموعات أدوات المعلوماتية الكيميائية أدوات تطوير برمجية بارزة تُمكّن المتخصصين في هذا المجال من تطوير تطبيقات حاسوبية مُخصصة للاستخدام في الفحص الافتراضي، واستخراج البيانات من قواعد البيانات الكيميائية، ودراسات العلاقة بين التركيب والنشاط. [ 1 ] [ 2 ] تُستخدم هذه المجموعات غالبًا لتجربة منهجيات جديدة، وتتمثل أهم وظائفها في معالجة التراكيب الكيميائية وإجراء مقارنات بينها. كما تُتيح الوصول البرمجي إلى خصائص الروابط والذرات الفردية.

الوظائف

توفر مجموعات الأدوات الوظائف التالية:

  • قراءة وحفظ الهياكل في تنسيقات ملفات كيميائية متنوعة.
  • تحديد ما إذا كان أحد الهياكل بنية فرعية لهيكل آخر (مطابقة البنية الفرعية).
  • حدد ما إذا كان هيكلان متطابقين (تطابق تام).
  • تحديد البنى الفرعية المشتركة بين البنى في مجموعة (البنية الفرعية المشتركة القصوى، MCS).
  • تفكيك الجزيئات، وتقسيمها إلى أجزاء.
  • تجميع الجزيئات من العناصر أو الجزيئات الفرعية.
  • قم بتطبيق التفاعلات على هياكل المواد المتفاعلة المدخلة، مما ينتج عنه هياكل نواتج التفاعل.
  • توليد البصمات الجزيئية. البصمات عبارة عن متجهات ثنائية، حيث يمثل كل بت وجود أو غياب سمات بنيوية. ويُعدّ فهرسة قواعد بيانات الكيمياء الاستخدام الأهم للبصمات.

قائمة بأدوات المعلوماتية الكيميائية البارزة

اسمرخصةواجهات برمجة التطبيقاتالصفحة الرئيسيةملحوظات
CDKالمصادر المفتوحةجافا، آر، بايثونhttps://cdk.github.io/[ 3 ] [ 4 ] [ 5 ]
النيليالمصادر المفتوحةجافا، دوت نت، بايثونhttps://github.com/epam/Indigo
بيئة التشغيل الجزيئية (MOE)ملكية خاصةلغة المتجهات العلميةhttps://web.archive.org/web/20160909172415/http://www.chemcomp.com/MOE-Cheminformatics_and_QSAR.htm
افتح بابلالمصادر المفتوحةسي++، بايثون، جافا، بيرل، سي#، روبيhttp://openbabel.org/, [ 6 ] [ 7 ]
RDKitرخصة BSD-3-Clauseلغة C++، لغة بايثونhttps://www.rdkit.org/
CDPKitLGPL-2.1لغة C++، لغة بايثونhttps://cdpkit.org/

مراجع

  1. ↑ جان لوب فولون؛ أندرياس بيندر (أبريل 2010). دليل خوارزميات المعلوماتية الكيميائية . تشابمان وهول. ISBN 978-1420082920.
  2. ^ يوهان جاستيجر (نوفمبر 2003). المعلوماتية الكيميائية . وايلي-VCH. رقم ISBN 3527306811.
  3. ↑ شتاينبك سي، سي؛ هان واي؛ كون إس؛ هورلاخر أو؛ لوتيمان إي؛ ويليغهاجن إي (2003). " مجموعة أدوات تطوير الكيمياء" . مجلة معلومات الكيمياء وعلوم الحاسوب . 43 (2): 493-500 . doi : 10.1021/ci025584y . PMC 4901983. PMID 12653513 .  
  4. ↑ شتاينبك، سي.، كريستوف؛ هوب، سي.؛ كون، إس.؛ فلوريس، إم.؛ غوها، آر.؛ ويليغهاغن، إي. إل. (2006). "التطورات الحديثة لمجموعة أدوات تطوير الكيمياء (CDK) - مكتبة جافا مفتوحة المصدر للمعلوماتية الكيميائية والبيولوجية". مجلة التصميم الصيدلاني الحالي ، 12 (17): 2111-2120 . doi : 10.2174/138161206777585274 . hdl : 2066/35445 . PMID 16796559 . 
  5. ^ ويليغاجين، إيغون إل. مايفيلد، جون دبليو. الفارسون، جوناثان؛ بيرج، أرفيد. كارلسون، لارس. جيليازكوفا، نينا؛ كون، ستيفان؛ بلوسكال، توماس؛ روخاس تشيرتو، ميكيل؛ سبجوث، علا؛ تورانس، جيلين. إيفيلو، كريس T.؛ جوها، راجارشي؛ ستاينبيك ، كريستوف (ديسمبر 2017). "مجموعة تطوير الكيمياء (CDK) v2.0: كتابة الذرة، والتصوير، والصيغ الجزيئية، والبحث عن البنية التحتية" . مجلة المعلوماتية الكيميائية . 9 (1): 33. دوى : 10.1186/s13321-017-0220-4 . بمك 5461230 . بميد 29086040 . S2CID 2019985 .   
  6. ↑ يقرأ ويكتب جميع تنسيقات الملفات الكيميائية.
  7. ↑ أوبويل ن؛ بانك م؛ جيمس س؛ مورلي س؛ فاندرميرش ت؛ هاتشيسون ج (2011). "بابل المفتوحة: كيمياء مفتوحة" . مجلة المعلوماتية الكيميائية . 3 (33): 33. doi : 10.1186/1758-2946-3-33 . PMC 3198950. PMID 21982300 .