بنك بيانات إدارة الطوارئ

📅 آخر تحديث: ٣٠ يوليو ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٣٠ يوليو ٢٠٢٦
الموسوعة الحرة

يجمع بنك بيانات المجهر الإلكتروني ( EMDB ) خرائط ثلاثية الأبعاد للمجهر الإلكتروني والبيانات التجريبية المرتبطة بها، والتي تم تحديدها باستخدام المجهر الإلكتروني للعينات البيولوجية. وقد أُنشئ عام 2002 في مجموعة MSD/PDBe التابعة للمعهد الأوروبي للمعلوماتية الحيوية (EBI) ، حيث يقع الموقع الأوروبي لاتحاد EMDataBank.org. [ 2 ] اعتبارًا من عام 2025، احتوى المورد على أكثر من 50000 مدخل خريطة ثلاثية الأبعاد بدقة متوسطة تبلغ 7.6 أنجستروم، مما يعكس نمو المجال منذ عام 2015 حيث كان لدى 2600 مدخل دقة متوسطة تبلغ 15 أنجستروم. [ 3 ]

كان إيداع البيانات يتم في الأصل عبر واجهة إيداع EMdep، ولكن منذ عام 2016 تم دمج إيداع البيانات في واجهة wwPDB OneDep. [ 4 ]

في إطار مورد البيانات الموحد للمعاهد الوطنية للصحة لتقنية المجهر الإلكتروني فائق البرودة، يعمل التعاون البحثي لعلم الأحياء الهيكلي (RCSB) أيضًا كمركز لإيداع ومعالجة وتوزيع بيانات EMDB، في حين أن المركز الوطني للتصوير الجزيئي الكبير (NCMI) هو شريك متعاون في تقديم الخدمات والأدوات المتعلقة بـ EMDB.

يوفر بنك بيانات EM أيضًا أداة البحث EMsearch ويمكن أيضًا الاستعلام عن البيانات في RCSB و EMBL-EBI و PDBj.

يُعدّ EMDB أرشيفًا لخرائط الكثافة ثلاثية الأبعاد لجميع أنواع التجمعات البيولوجية، بما في ذلك الريبوسومات، والبروتينات المرافقة، والبوليميراز، والإنزيمات متعددة الوظائف، والفيروسات. أما قاعدة بيانات Viper EMDB في معهد سكريبس فهي قاعدة بيانات منفصلة لخرائط المجهر الإلكتروني ثلاثية الأبعاد للفيروسات.

للمقارنة والتقييم بين طرق الجيل الجديد من الهياكل ذات الدقة الأعلى (أفضل من 5 أنجستروم)، استضافت قاعدة بيانات EMDB أول تحدي لخرائط CryoEM وتحدي نماذج CryoEM، وقد تم الإبلاغ عنهما في عدد خاص من مجلة علم الأحياء الهيكلي. [ 5 ]

انظر أيضاً

مراجع

  1. ↑ اتحاد wwPDB (نوفمبر 2024). "EMDB - بنك بيانات المجهر الإلكتروني" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 52 (D1): D456-465. doi : 10.1093/nar / gkad1019 . PMC 10767987. PMID 37994703 .  
  2. ↑ EMDB. "بنك بيانات المجهر الإلكتروني" . بنك بيانات المجهر الإلكتروني . تم الاسترجاع في 2021-08-05 .
  3. ↑ إسكيفيل-رودريغيز، ج؛ شيونغ، ي؛ هان، ش؛ وآخرون . (30 مايو 2015). "التنقل في خرائط المجهر الإلكتروني ثلاثية الأبعاد باستخدام EM-SURFER" . BMC Bioinform. 16 (181): 181. doi : 10.1186/s12859-015-0580-6 . PMC 4448178. PMID 26025554 .   
  4. ↑ يونغ، جيه واي؛ ويستبروك، جيه دي؛ فينغ، زد؛ وآخرون . (2017). "OneDep : نظام wwPDB موحد لإيداع وتنسيق وتوثيق هياكل الجزيئات الكبيرة في أرشيف PDB" . Structure . 25 (3): 536–545 . doi : 10.1016/j.str.2017.01.004 . PMC 5360273. PMID 28190782 .   
  5. ↑ لوسون، كاثرين؛ تشيو، واه، محرران. (2018). "خريطة بنية المجهر الإلكتروني فائق البرودة وتحديات النموذج" . مجلة البيولوجيا الهيكلية . 204 (1). ISSN 1047-8477 . 

فهرس

  • تاجاري، محمد؛ نيومان، ريتشارد؛ تشاجوين، مونيكا؛ كارازو، خوسيه ماريا؛ هنريك، كيم (2002). "قاعدة بيانات جديدة للمجهر الإلكتروني ونظام إيداع". اتجاهات في العلوم البيوكيميائية . 27 (11): 589. doi : 10.1016/s0968-0004(02)02176-x . PMID 12417136 . 
  • فولر، ستيفن د. (2003). "ترسيب خرائط المجهر الإلكتروني" . ستراكشر . 11 (1): 11-12 . doi : 10.1016/s0969-2126(02)00942-5 . PMID 12517335 . 
  • هنريك، ك؛ نيومان، ر؛ تاجاري، م؛ تشاجوينب، م (2003). "EMDep: نظام قائم على الويب لإيداع معلومات التركيب الجزيئي الكبير عالية الدقة والتحقق من صحتها باستخدام المجهر الإلكتروني". مجلة علم الأحياء البنيوي . 144 ( 1-2 ): 228-237 . doi : 10.1016/j.jsb.2003.09.009 . PMID 14643225 . 
  • هيمان، ج. برنارد؛ شاغوين، مونيكا؛ بيلناب، ديفيد م. (2005). "اتفاقيات شائعة لتبادل وأرشفة معلومات المجهر الإلكتروني ثلاثي الأبعاد في علم الأحياء البنيوي". مجلة علم الأحياء البنيوي . 151 (2): 196-207 . doi : 10.1016/j.jsb.2005.06.001 . PMID 16043364 . 
  • تاجاري، م.؛ تيت، ج.؛ سواميناثان، ج. ج.؛ وآخرون  . (2006). "E-MSD: تحسين إيداع البيانات وجودة البنية" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 34 (عدد قواعد البيانات): 287-290 . doi : 10.1093/nar/gkj163 . PMC 1347525. PMID 16381867 .