إيلاستيك

📅 آخر تحديث: ٤ أغسطس ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٤ أغسطس ٢٠٢٦
الموسوعة الحرة

برنامج ilastik [ 1 ] هو برنامج مجاني مفتوح المصدر لتصنيف الصور وتقسيمها . لا يتطلب تشغيل البرنامج أي خبرة سابقة في معالجة الصور. ومنذ عام 2018 ، يتولى فريق آنا كريشوك في مختبر البيولوجيا الجزيئية الأوروبي تطوير برنامج ilastik وصيانته .

سمات

يُمكّن برنامج ilastik المستخدم من إضافة تعليقات توضيحية لعدد غير محدود من الفئات في الصور باستخدام واجهة الفأرة . وباستخدام هذه التعليقات التوضيحية وميزات الصور العامة ( غير الخطية ) ، يستطيع المستخدم تدريب مُصنِّف الغابة العشوائية . ويمكن تطبيق مُصنِّفات ilastik المُدرَّبة على بيانات جديدة غير مُدرجة في مجموعة التدريب في ilastik عبر وظيفة المعالجة الدفعية، [ 2 ] أو بدون استخدام واجهة المستخدم الرسومية، في وضع التشغيل بدون واجهة رسومية. [ 3 ] كما يُمكن دمج ilastik مع العديد من الأدوات ذات الصلة.

  • يمكن تنفيذ سير العمل المدرب مسبقًا مباشرة من ImageJ / Fiji باستخدام المكون الإضافي ilastik-ImageJ. [ 4 ]
  • يمكن تشغيل سير عمل تصنيف البكسل ilastik المدرب مسبقًا مباشرةً في بايثون باستخدام حزمة ilastik Python، [ 5 ] المتوفرة عبر conda.
  • يحتوي برنامج ilastik على وحدة CellProfiler لاستخدام مصنفات ilastik لمعالجة الصور ضمن إطار عمل CellProfiler .

تاريخ

تم إصدار برنامج ilastik لأول مرة في عام 2011 من قبل علماء في مختبر هايدلبرغ التعاوني لمعالجة الصور (HCI) بجامعة هايدلبرغ .

طلب

  • مجموعة أدوات التعلم التفاعلي والتجزئة
  • النحت [ 6 ] [ 7 ]
  • تصنيف الخلايا وتصنيف الخلايا العصبية [ 8 ]
  • الكشف عن المشابك العصبية
  • تتبع الخلايا [ 9 ]
  • تصنيف الشبكات العصبية

موارد

يُستضاف مشروع ilastik على منصة GitHub . وهو مشروع تعاوني، ونرحب بأي مساهمات مثل التعليقات، وتقارير الأخطاء، وإصلاحها، أو المساهمات البرمجية. يمكنكم التواصل مع فريق ilastik للحصول على دعم المستخدمين عبر منتدى image.sc.

مراجع

  1. ↑ سومر، سي؛ ستراهلي، سي؛ كويث، يو؛ هامبريشت، إف إيه (2011). "إيلاستيك: مجموعة أدوات التعلم التفاعلي والتجزئة". ندوة IEEE الدولية للتصوير الطبي الحيوي لعام 2011: من النانو إلى الماكرو . الصفحات 230-233 . doi : 10.1109/ISBI.2011.5872394 . ISBN  978-1-4244-4127-3. S2CID 206949135 . 
  2. ↑ "وثائق معالجة الدفعات في ilastik" . ilastik.org . تم الاطلاع عليه بتاريخ 30 أبريل 2024 .
  3. ↑ "وثائق وضع التشغيل بدون واجهة رسومية في ilastik" . ilastik.org . تم الاطلاع عليها بتاريخ 30 أبريل 2024 .
  4. ↑ "وثائق إضافة ilastik لمعالجة الصور في ImageJ" . إضافة ilastik لمعالجة الصور في ImageJ على GitHub . تم الاطلاع عليها بتاريخ 30 أبريل 2024 .
  5. ↑ "مثال على واجهة برمجة تطبيقات بايثون لـ ilastik" . دفتر ملاحظات واجهة برمجة تطبيقات تصنيف البكسل لـ ilastik على GitHub . تم الاطلاع عليه في 30 أبريل 2024 .
  6. ↑ ستراهلي، سي؛ كوث يو؛ بريغمان كيه؛ دينك دبليو؛ هامبريشت إف إيه (2012). "مُقدِّرات عدم اليقين لقطع مستجمعات المياه المُلقَّحة من أجل التجزئة التفاعلية الموجهة". مؤتمر رؤية الحاسوب والتعرف على الأنماط (CVPR) .
  7. ↑ ستراهلي، سي إن؛ كوث، يو؛ نوت، جي؛ هامبريشت، إف إيه (2011). "النحت: تجزئة تفاعلية قابلة للتطوير لصور المجهر الإلكتروني لحجم الأعصاب" . MICCAI . 14 (الجزء 1): 653-660 . doi : 10.1007/978-3-642-23623-5_82 . PMID 22003674 . 
  8. ↑ كريشوك، أ؛ ستراهلي، سي إن؛ سومر، سي؛ كويث، يو؛ كانتوني، إم؛ وآخرون (2011). " الكشف الآلي عن نقاط الاشتباك العصبي وتقسيمها في صور المجهر الإلكتروني التسلسلي شبه المتساوي الخواص" . PLOS ONE . 6 (10) e24899. Bibcode : 2011PLoSO...624899K . doi : 10.1371/journal.pone.0024899 . PMC 3198725. PMID 22031814 .   
  9. ^ بيرج ، ستيوارت. كوترا، دومينيك؛ كروجر، ثوربن. ستراهله، كريستوف ن؛ كوسلر، برنهارد العاشر. هاوبولد، كارستن؛ شيج، مارتن؛ أليس يانيز. بيير، ثورستن. رودي، ماركوس؛ إرين، كمال؛ سرفانتس، خايمي الأول؛ شو، بيوتي؛ بوتنمولر، فين؛ وولني، أدريان. تشانغ، تشونغ. كوته، أولريش. هامبريخت، فريد أ. كريشوك ، آنا (2019/09/30). "ilastik: التعلم الآلي التفاعلي لتحليل الصور (الحيوية)" . طرق الطبيعة . 16 (12): 1226-1232 . دوى : 10.1038 / s41592-019-0582-9 . بميد 31570887 . S2CID 203609613 .