تحليل الصور العصبية الوظيفية

تحليل الصور العصبية الوظيفية ( AFNI ) هو بيئة مفتوحة المصدر لمعالجة وعرض بيانات التصوير بالرنين المغناطيسي الوظيفي - وهي تقنية لرسم خرائط نشاط الدماغ البشري.

AFNI عبارة عن مجموعة من البرامج التي يمكن استخدامها بشكل تفاعلي أو تجميعها بمرونة لمعالجة البيانات على دفعات باستخدام سطر الأوامر . يشير مصطلح AFNI إلى كل من المجموعة الكاملة وبرنامج تفاعلي محدد يُستخدم غالبًا للعرض المرئي. يتم تطوير AFNI بنشاط من قبل وحدة الحوسبة العلمية والإحصائية التابعة للمعهد الوطني للصحة العقلية، وتتوسع قدراتها باستمرار.

يعمل برنامج AFNI على العديد من أنظمة التشغيل الشبيهة بنظام يونكس التي توفر مكتبات X11 و Motif ، بما في ذلك IRIX و Solaris و Linux و FreeBSD و OS X. تتوفر ملفات تنفيذية مُجمّعة مسبقًا لبعض المنصات. يُتاح برنامج AFNI للاستخدام البحثي بموجب رخصة جنو العمومية العامة ، ومكوّن SVM-light المُضمّن غير تجاري وغير قابل للتوزيع. [ 1 ] يتألف برنامج AFNI حاليًا من أكثر من 300,000 سطر من شفرة المصدر المكتوبة بلغة C ، ويمكن لمبرمج C مُتمرس إضافة وظائف تفاعلية ووظائف معالجة دفعية إلى AFNI بسهولة نسبية.

التاريخ والتطور

طُوِّر برنامج AFNI في الأصل في كلية الطب في ويسكونسن بدءًا من عام 1994، على يد روبرت دبليو كوكس بشكل رئيسي. ثم نقل كوكس تطوير البرنامج إلى معاهد الصحة الوطنية الأمريكية (NIH) في عام 2001، ويستمر تطويره في مركز الحوسبة العلمية والإحصائية التابع للمعهد الوطني للصحة العقلية (NIMH). [ 2 ] في ورقة بحثية نُشرت عام 1995، وصف فيها كوكس الأساس المنطقي لتطوير البرنامج، كتب عن بيانات التصوير بالرنين المغناطيسي الوظيفي (fMRI): "إن حجم البيانات المُجمَّعة كبير جدًا، ومن الضروري توفير أدوات سهلة الاستخدام لتصور وتحليل خرائط التنشيط ثلاثية الأبعاد لباحثي علم الأعصاب." [ 3 ] ومنذ ذلك الحين، أصبح AFNI أحد أكثر أدوات التحليل استخدامًا في أبحاث التصوير بالرنين المغناطيسي الوظيفي، إلى جانب برنامجي SPM و FSL . [ 4 ]

على الرغم من أن برنامج AFNI كان يتطلب في البداية كتابة نصوص برمجية مكثفة لتنفيذ المهام، إلا أن النصوص البرمجية الجاهزة والتحسينات التي طرأت على واجهة المستخدم الرسومية (GUI) قد أتاحت منذ ذلك الحين إمكانية إنشاء تحليلات باستخدام نصوص برمجية أقل من قبل المستخدم. [ 5 ]

سمات

التصور

حسّنت إحدى الميزات الأولية لبرنامج AFNI طريقة تحويل صور الدماغ الفردية إلى فضاء معياري مشترك. ولأن دماغ كل شخص فريد من نوعه في الحجم والشكل، فإن مقارنة عدد من الأدمغة تتطلب تحويلها (تدويرها، تغيير حجمها، إلخ) إلى شكل معياري. لسوء الحظ، كانت بيانات التصوير بالرنين المغناطيسي الوظيفي في وقت تطوير AFNI ذات دقة منخفضة للغاية لإجراء تحويلات فعّالة. ولذلك، يستخدم الباحثون صور الدماغ التشريحية ذات الدقة الأعلى، والتي غالبًا ما يتم الحصول عليها في بداية جلسة التصوير.

يُمكّن برنامج AFNI الباحثين من دمج صورة وظيفية مع صورة تشريحية، مما يوفر أدوات لمواءمة الصورتين في نفس الفضاء. ثم تُطبّق العمليات المستخدمة لتحويل المسح التشريحي الفردي إلى الفضاء القياسي على المسح الوظيفي أيضًا، مما يُحسّن عملية التحويل. [ 6 ]

من الميزات الأخرى المتوفرة في برنامج AFNI أداة SUMA، التي طورها زياد سعد. تتيح هذه الأداة للمستخدمين عرض البيانات ثنائية الأبعاد على خريطة سطحية ثلاثية الأبعاد للقشرة الدماغية. وبهذه الطريقة، يستطيع الباحثون رؤية أنماط التنشيط مع مراعاة الخصائص الفيزيائية للقشرة الدماغية، مثل التلافيف، بسهولة أكبر. [ 7 ]

المعالجة المسبقة للصور

"afni_proc.py" عبارة عن برنامج نصي مُعد مسبقًا يقوم بمعالجة بيانات التصوير بالرنين المغناطيسي الوظيفي (fMRI) لمريض واحد من خلال سلسلة من خطوات المعالجة المسبقة، بدءًا من البيانات الخام. تُنفذ الإعدادات الافتراضية خطوات المعالجة المسبقة التالية وتنتهي بتحليل انحدار أساسي: [ 8 ]

  1. توقيت الشرائح: [ 9 ] تتكون كل صورة ثلاثية الأبعاد للدماغ من عدة صور ثنائية الأبعاد، تُسمى "شرائح". على الرغم من التقاطها في نفس الوقت تقريبًا، إلا أن هناك فارقًا زمنيًا يصل إلى عدة ثوانٍ بين الشريحة الأولى والأخيرة. ومن خلال الاستيفاء، تتم محاذاة الشرائح إلى نفس النقطة الزمنية. عمومًا، يُعتقد أن أي تشويش ناتج عن أخطاء الاستيفاء يُعوض بتحسينات الإشارة. [ 10 ]
  2. تصحيح الحركة: قد تُسبب حركات الرأس أخطاءً في التحليل. تُجمع كل صورة ثلاثية الأبعاد في عملية المسح على شبكة ثلاثية الأبعاد، حيث يُمثل كل مكعب صغير من مساحة الشبكة، يُسمى " فوكسل "، قيمة شدة صورة واحدة. من الناحية المثالية، تُمثل الفوكسلات دائمًا نفس الجزء من الدماغ في كل عملية مسح، بدلًا من أن تختلف من صورة ثلاثية الأبعاد إلى أخرى. لتصحيح تشوهات الحركة الطفيفة، تستخدم أداة تصحيح الحركة في برنامج AFNI خوارزمية المربعات الصغرى الخطية التي تُحاول محاذاة كل صورة ثلاثية الأبعاد مُلتقطة مع الصورة الأولى المُلتقطة في عملية المسح. [ 11 ]
  3. التنعيم: لمعالجة التشويش العشوائي في الصورة، يتم تطبيق نواة تنعيم. ورغم أن التنعيم قد يزيد من نسبة الإشارة إلى التشويش في الصورة، إلا أنه يقلل من دقتها. [ 12 ] [ 13 ]
  4. القناع: يزيل أي مناطق غير دماغية، مثل الجمجمة، من صورة الرنين المغناطيسي الوظيفي.
  5. المقياس: قم بتغيير مقياس كل فوكسل بحيث تمثل التغيرات في شدة الإشارة نسبة مئوية من تغير الإشارة خلال عملية المسح. الإعداد الافتراضي هو أن متوسط ​​كل فوكسل يساوي 100.

انظر أيضاً

مراجع

  1. ١ ٢ انظر إلى ملف license.h في الملف المضغوط
  2. "المغناطيسية" . أسئلة وأجوبة في التصوير بالرنين المغناطيسي . تم الاطلاع عليه بتاريخ 14-05-2018 .
  3. كوكس، روبرت و. (1996-06-01). "AFNI: برنامج لتحليل وتصوير صور الرنين المغناطيسي الوظيفي للدماغ". الحوسبة والبحوث الطبية الحيوية . 29 (3): 162-173 . CiteSeerX 10.1.1.457.6895 . doi : 10.1006/cbmr.1996.0014 . ISSN 0010-4809 . PMID 8812068 .   
  4. مورنان، كيفن. "عشرات الآلاف من دراسات التصوير بالرنين المغناطيسي الوظيفي للدماغ قد تكون معيبة" . فوربس . تم الاطلاع عليه بتاريخ 14 مايو 2018 .
  5. جان، أندرو (28-12-2012). "مدونة أندي للدماغ: ملف uber_subject.py الخاص ببرنامج AFNI" . مدونة أندي للدماغ . تم الاطلاع بتاريخ 21-05-2018 .
  6. كوكس، روبرت و. (1996-06-01). "AFNI: برنامج لتحليل وتصوير صور الرنين المغناطيسي الوظيفي للدماغ". الحوسبة والبحوث الطبية الحيوية . 29 (3): 162-173 . CiteSeerX 10.1.1.457.6895 . doi : 10.1006/cbmr.1996.0014 . ISSN 0010-4809 . PMID 8812068 .   
  7. جان، أندرو (26 مارس 2012). "مدونة أندي للدماغ: معسكر تدريب AFNI: اليوم الأول" . مدونة أندي للدماغ . تم الاطلاع بتاريخ 14 مايو 2018 .
  8. "برنامج AFNI: afni_proc.py" . المعهد الوطني للصحة العقلية . تم الاطلاع عليه بتاريخ 21-05-2018 .
  9. "برنامج AFNI: 3dTshift" . afni.nimh.nih.gov . تم الاطلاع عليه بتاريخ 21-05-2018 .
  10. "أسئلة وأجوبة حول توقيت الشرائح | mindhive" . mindhive.mit.edu . مؤرشف من الأصل بتاريخ 14 أبريل 2018. تم الاطلاع عليه بتاريخ 21 مايو 2018 .
  11. ^ "برنامج AFNI: 3dvolreg" . afni.nimh.nih.gov . تم الاسترجاع 2018-05-21 .
  12. "الفصل 6 - تحليل بيانات التصوير بالرنين المغناطيسي الوظيفي" . users.fmrib.ox.ac.uk . تاريخ الاسترجاع: 21-05-2018 .
  13. ^ "برنامج AFNI: 3dmerge" . afni.nimh.nih.gov . تم الاسترجاع 2018-05-21 .
  • الموقع الرسمي
  • مركز الحوسبة العلمية والإحصائية التابع للمعهد الوطني للصحة العقلية