الوحش 2

📅 آخر تحديث: ١ أغسطس ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ١ أغسطس ٢٠٢٦
الموسوعة الحرة

برنامج BEAST 2 هو برنامج متعدد المنصات لتحليل التسلسلات الجزيئية باستخدام منهج بايزي . [ 1 ] يستخدم البرنامج خوارزمية ماركوف مونت كارلو (MCMC) لتقدير الأشجار التطورية الجذرية والمؤقتة باستخدام مجموعة من نماذج الاستبدال والساعة ، بالإضافة إلى مجموعة متنوعة من التوزيعات الاحتمالية المسبقة للشجرة. يوجد أداة مصاحبة تُسمى BEAUTi، لإعداد التحليلات القياسية (المحددة باستخدام لغة XML ). يُعد BEAST 2 إعادة كتابة كاملة لبرنامج BEAST السابق [ 2 ] (الذي لا يزال قيد التطوير النشط، وقد أُعيد تسميته مؤخرًا إلى BEASTX). [ 3 ] من أبرز ميزات BEAST 2 نظام التغليف الذي سهّل عملية تطبيق النماذج الجديدة.

يُعدّ برنامج "ترويض الوحش" مورداً مجتمعياً يُعلّم استخدام برنامج BEAST 2 والبرامج ذات الصلة بعلم الوراثة العرقي. [ 4 ]

الجمال

برنامج BEAUti هو اختصار لـ "أداة التحليل التطوري البايزي". وهو واجهة مستخدم رسومية تُستخدم لإنشاء ملفات الإدخال لبرنامج BEAST 2. يتيح البرنامج للمستخدمين تحديد الخيارات والإعدادات المختلفة لتحليلهم التطوري بسهولة، مثل ملف البيانات، ونموذج التطور الجزيئي ، والتوزيعات الاحتمالية المسبقة لمعلمات النموذج. كما يتيح BEAUti للمستخدمين تحديد معلمات تحليل سلسلة ماركوف مونت كارلو (MCMC)، مثل طول السلسلة وتردد أخذ العينات. وهذا ما يجعله طريقة سهلة الاستخدام لتشغيل برنامج BEAST 2، إذ يُغني المستخدمين عن تعديل ملفات إدخال XML يدويًا.

يُتيح برنامج BEAUti للمستخدمين تثبيت وإدارة حزم برمجية مختلفة بسهولة، مثل نماذج التطور الجزيئي أو نماذج الاندماج. ويمكن تثبيت هذه الحزم مباشرةً من داخل البرنامج، مما يُسهّل إضافة وظائف جديدة إلى التحليل دون الحاجة إلى تنزيل الحزم وتثبيتها يدويًا.

شبكة الاتصالات المصرفية

شبكة أرشيف BEAST الشاملة (CBAN) هي المستودع الرسمي لحزم BEAST 2. يمكن تثبيت الحزم الموجودة في CBAN عبر BEAUti مباشرةً. [ 5 ]

LinguaPhylo

يُعدّ مشروع LinguaPhylo (LPhy) مشروعًا ذا صلة. [ 6 ] LPhy هي لغة برمجة احتمالية لتعريف التحليلات التطورية، ذات بنية مشابهة لـ OpenBUGS . وهي توفر طريقة لإنشاء ملفات BEAST 2 XML (ومواصفات نماذج مماثلة لحزم علم الوراثة التطورية الأخرى) دون الحاجة إلى كتابة XML يدويًا.

ماستر/ريمستر

تُعدّ حزمة remaster [ 7 ] (المعروفة سابقًا باسم MASTER [ 8 ] ) من أهمّ الحزم في بيئة BEAST 2. وهي أداة لمحاكاة مسارات التجمّع السكاني والتطور السلالي انطلاقًا من نماذج الولادة والوفاة ونماذج الاندماج. وتُستخدم في دراسات المحاكاة للتحقق من صحة المنهجيات الجديدة.

مراجع

  1. ↑ بوكيرت، ريموكو (2019-04-08). " BEAST 2.5: منصة برمجية متقدمة لتحليل التطور البايزي" . مجلة PLOS لعلم الأحياء الحاسوبي . 15 (4) e1006650. رمز Bibcode : 2019PLSCB..15E6650B . doi : 10.1371/ journal.pcbi.1006650 . PMC 6472827. PMID 30958812. S2CID 104294209 .   
  2. ↑ سوشارد، مارك (2018-06-08). " دمج بيانات علم الوراثة التطورية وعلم التطور الديناميكي باستخدام برنامج BEAST 1.10" . تطور الفيروسات . 4 (1) vey016. doi : 10.1093/ve/vey016 . PMC 6007674. PMID 29942656 .  
  3. ↑ "وثائق BEAST" .
  4. ↑ باريدو-سوتاني، جويل (يناير 2018). " ترويض الوحش - مورد تعليمي مجتمعي لـ BEAST 2" . علم الأحياء المنهجي . 67 (1): 170-174 . doi : 10.1093/sysbio/syx060 . PMC 5925777. PMID 28673048 .  
  5. ↑ "شبكة أرشيف بيست الشاملة" .
  6. ↑ دروموند، أليكسي جيه؛ تشين، كايلي؛ مينديز، فابيو كيه؛ شي، دونغ (2023). "LinguaPhylo: لغة تحديد نموذج احتمالي لتحليلات التطور الوراثي القابلة للتكرار" . PLOS Computational Biology . 19 (7) e1011226. Bibcode : 2023PLSCB..19E1226D . doi : 10.1371/journal.pcbi.1011226 . PMC 10381047. PMID 37463154 .  
  7. ↑ فوغان، تيموثي ج. (2024). " ReMASTER: محاكاة محسّنة لديناميكيات التطور الجيني لبرنامج BEAST 2.7" . المعلوماتية الحيوية . 40 (1) btae015. doi : 10.1093/bioinformatics/btae015 . hdl : 20.500.11850/655887 . PMC 10796175. PMID 38195927 .  
  8. ↑ فوغان، تيموثي ج.؛ دروموند، أليكسي ج. (2013). "محاكاة عشوائية لمعادلات الولادة والوفاة الرئيسية مع تطبيق على علم تطور السلالات" . علم الأحياء الجزيئي والتطور . 30 (6): 1480-1493 . doi : 10.1093/molbev/mst057 . PMC 3649681. PMID 23505043 .