بيولينكس

📅 آخر تحديث: ١ أغسطس ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ١ أغسطس ٢٠٢٦
الموسوعة الحرة

يُستخدم مصطلح BioLinux في مجموعة متنوعة من المشاريع التي تهدف إلى تسهيل الوصول إلى برامج المعلوماتية الحيوية على منصة Linux باستخدام طريقة واحدة أو أكثر من الطرق التالية:

  • توفير أنظمة متكاملة
  • توفير مستودعات برامج المعلوماتية الحيوية
  • إضافة حزم برامج المعلوماتية الحيوية إلى التوزيعات القياسية
  • أقراص DVD / CD حية مع إضافة برامج المعلوماتية الحيوية
  • بناء المجتمع وأنظمة الدعم

توجد الآن مشاريع متنوعة ذات أهداف مماثلة، تعمل على أنظمة لينكس وأنظمة يونكس الأخرى، ونورد فيما يلي مجموعة مختارة منها. كما توجد أيضًا نظرة عامة في النشرة الإخبارية لمكتب المساعدة الكندي للمعلوماتية الحيوية [ 1 ] تُفصّل بعض المشاريع القائمة على لينكس.

مستودعات الحزم

أبل/ماك

العديد من حزم لينكس متوافقة مع نظام التشغيل ماك أو إس إكس، وهناك العديد من المشاريع التي تحاول تسهيل تثبيت حزم لينكس المختارة (بما في ذلك برامج المعلوماتية الحيوية) على جهاز كمبيوتر يعمل بنظام التشغيل ماك أو إس إكس. (المصدر؟)

BioArchLinux

يحتوي مستودع BioArchLinux على أكثر من 3770 حزمة لأنظمة Arch Linux والتوزيعات المبنية على Arch Linux. [ 2 ]

ديبيان

ديبيان هي توزيعة لينكس أخرى شائعة الاستخدام في العديد من المؤسسات الأكاديمية، وقد قام بعض علماء المعلوماتية الحيوية بتوفير حزم البرامج الخاصة بهم لهذه التوزيعة بتنسيق .deb .

ريد هات

تُعدّ مستودعات الحزم عادةً خاصة بتوزيعة لينكس التي يستخدمها عالم المعلوماتية الحيوية. وتنتشر العديد من توزيعات لينكس في مجال المعلوماتية الحيوية. فيدورا هي نسخة مجانية من نظام ريد هات التجاري ، الذي يُستخدم على نطاق واسع في الشركات نظرًا لتوفيره الدعم التجاري وحزم التدريب. أما فيدورا كور، فهي نسخة مشتقة من ريد هات مدعومة من المجتمع، وتحظى بشعبية بين من يُفضلون نظام ريد هات ولكنهم لا يحتاجون إلى دعم تجاري. وقد طوّر العديد من مستخدمي تطبيقات المعلوماتية الحيوية حزم RPM (صيغة حزم ريد هات) المصممة للعمل مع فيدورا، والتي يُمكن تثبيتها أيضًا على أنظمة ريد هات إنتربرايز لينكس . وتستخدم توزيعات أخرى مثل ماندريفا وسوزي حزم RPM، لذا قد تعمل هذه الحزم أيضًا على هذه التوزيعات.

سلاكوير

يُعدّ Slackware أحد توزيعات لينكس الأقل استخدامًا . وهو شائع بين من يمتلكون معرفة جيدة بنظام لينكس ويفضلون استخدام سطر الأوامر على واجهات المستخدم الرسومية المتوفرة. تأتي الحزم بصيغة .tgz أو .tgx. تُعتبر Slax أشهر توزيعة حية مبنية على Slackware ، وقد استُخدمت كأساس للعديد من توزيعات المعلوماتية الحيوية.

أقراص DVD/CD حية

لا تُعدّ أقراص DVD أو CD الحية وسيلة مثالية لتوفير الحوسبة في مجال المعلوماتية الحيوية، لأنها تعمل من محرك أقراص CD/DVD. وهذا يعني أنها أبطأ من تثبيت القرص الصلب التقليدي، كما أن إمكانيات تهيئتها محدودة. مع ذلك، يمكن أن تكون مناسبة لتوفير حلول مؤقتة في حال عدم توفر أي وصول آخر إلى نظام لينكس، بل ويمكن استخدامها كأساس لتثبيت نظام لينكس.

التوزيعات المعيارية المدعومة بشكل جيد بعلم المعلوماتية الحيوية

بشكل عام، توفر توزيعات لينكس مجموعة واسعة من الحزم الرسمية، لكن هذا لا يشمل عادةً دعماً علمياً كافياً. وهناك استثناءات، مثل تلك الموضحة أدناه.

جنتو لينكس

يوفر نظام Gentoo Linux أكثر من 156 تطبيقًا في مجال المعلوماتية الحيوية (انظر مجموعة Gentoo sci-biology في الشجرة الرئيسية ) على شكل حزم برمجية (ebuilds ) تقوم ببناء التطبيقات من شفرة المصدر. كما تتوفر 315 حزمة إضافية في طبقة Gentoo science (لأغراض الاختبار).

يُعدّ نظام Gentoo Linux نظامًا مرنًا للغاية ويحظى بدعم مجتمعي ممتاز، إلا أن اشتراط التثبيت من المصدر يعني أن تثبيت أنظمة Gentoo غالبًا ما يكون بطيئًا، ويتطلب صيانة دورية. يمكن تقليل وقت التجميع باستخدام خادم مركزي لإنشاء الحزم الثنائية. يمكنك ضبط جميع الإعدادات بدقة لتشغيل النظام بأقصى سرعة ممكنة، مستفيدًا من أفضل ما في معالجك (على سبيل المثال، لاستخدام تعليمات SSE وAVX وAVX2 لوحدة المعالجة المركزية). عادةً ما توفر توزيعات Linux الثنائية ملفات ثنائية تستخدم مجموعات تعليمات i686 أو i386 فقط.

فري بي إس دي

FreeBSD ليس توزيعة لينكس، بل هو إصدار من يونكس يشبهه إلى حد كبير. تُشابه منافذه حزم ebuilds الخاصة بـ Gentoo. مع ذلك، يُنشئ المشروع باستمرار حزمًا ثنائية مُجمّعة مسبقًا لمنصات المستوى الأول مثل x86 و ARM . يُمكن للمستخدمين أيضًا اختيار بناء وتثبيت أي منفذ من المصدر لتمكين التحسينات غير القابلة للنقل أو خيارات بناء أخرى. يُتيح خيار البناء من المصدر أيضًا لنظام المنافذ أتمتة تثبيت البرامج المرخصة بترخيص لا يسمح بإعادة التوزيع.

تضم مجموعة المنافذ أكثر من 31,000 منفذ، منها أكثر من 2,200 منفذ مصنفة ضمن الفئات العلمية، وأكثر من 240 منفذًا متعلقة بعلم الأحياء. تُدرج المنافذ الجديدة والتحديثات على موقع Fresh Ports [ 3 ] .

pkgsrc

يُشرف مشروع NetBSD على مدير الحزم pkgsrc ، المُشتق أصلاً من FreeBSD ports ، ويهدف إلى دعم جميع أنظمة التشغيل المتوافقة مع معيار POSIX . وقد خضع لاختبارات مكثفة على NetBSD ، والعديد من توزيعات Linux ، و macOS ، ومشتقات SunOS . وكما هو الحال في FreeBSD ports، تُوفّر حزم ثنائية مُجمّعة مُسبقاً لبعض المنصات. يُمكن بناء الحزم من المصدر على أي منصة، أو عند الرغبة في تحسينات أو خيارات إضافية. تحتوي مجموعة pkgsrc على أكثر من 19000 حزمة، منها ما يقارب 800 حزمة في فئات علمية، وأكثر من 60 حزمة في مجال علم الأحياء.

ديبيان

يتضمن نظام دبيان القياسي أكثر من مئة حزمة برمجية في مجال المعلوماتية الحيوية. كما يمكن تثبيت حزم NEBC Bio-Linux [ 4 ] على نظام دبيان القياسي بشرط تثبيت حزمة bio-linux-base أيضًا. يؤدي ذلك إلى إنشاء مجلد /usr/local/bioinf حيث تُثبّت حزمنا الأخرى برامجها. قد تعمل حزم دبيان أيضًا على أوبونتو لينكس أو أنظمة أخرى مشتقة من دبيان.

بناء المجتمع وأنظمة الدعم

يُعدّ توفير الدعم والوثائق جزءًا أساسيًا من أي مشروع BioLinux، لتمكين العلماء غير المتخصصين في تكنولوجيا المعلومات من إيجاد حلول سريعة لمشاكلهم. كما تُعدّ منتديات الدعم وقوائم البريد الإلكتروني أدوات مفيدة لنشر المعرفة في أوساط الباحثين. تجدون روابط لبعض هذه الموارد هنا.

انظر أيضاً

مراجع

  1. ↑ نظرة عامة في النشرة الإخبارية لمكتب المساعدة الكندي للمعلوماتية الحيوية، مؤرشفة في 15 ديسمبر 2005، على موقع Wayback Machine
  2. ↑ تشانغ، غويي؛ ريستولا، بيكا؛ سو، هان؛ كومار، بيبين؛ تشانغ، بويو؛ هو، يوجين؛ إليوت، مايكل جي؛ دروبوت، فيكتور؛ تشو، جي؛ ستال، ينس؛ لارالدي، مارتن؛ وانغ، شون؛ يي، يون؛ يو، هاوران (2025). "BioArchLinux: مستودع برمجيات جديد وقابل للتكرار مدفوع من المجتمع لعلوم الحياة" . المعلوماتية الحيوية btaf106. doi : 10.1093/bioinformatics/btaf106 . ISSN 1367-4811 . PMC 11925497 .  
  3. ↑ موانئ جديدة
  4. ↑ "NEBC Bio-Linux" . مؤرشف من الأصل بتاريخ 22-04-2006 . تم الاطلاع عليه بتاريخ 19-12-2005 .