قائمة برامج المعلوماتية الحيوية مفتوحة المصدر

📅 آخر تحديث: ١ أغسطس ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ١ أغسطس ٢٠٢٦
الموسوعة الحرة

هذه قائمة ببرامج الكمبيوتر المصممة لعلم المعلوماتية الحيوية والتي تم إصدارها بموجب تراخيص البرامج مفتوحة المصدر مع مقالات في ويكيبيديا.

برمجةوصفمنصةرخصةمطور
.NET Bioمجموعة أدوات محايدة لغوياً مبنية باستخدام إطار عمل Microsoft 4.0 .NET لمساعدة المطورين والباحثين والعلماءإطار عمل .NETأباتشيمشروع تعاوني
أمفورابرامج تحليل الميتاجينومياتلينكسرخصة جنو العموميةجوناثان أيزن
أندوريلإطار عمل سير العمل القائم على المكونات لتحليل البياناتلينكس ، ماك أو إس ، ويندوزرخصة جنو العموميةجامعة هلسنكي
حانة أباتشيمكتوب بلغة جافالينكس ، ماك أو إس ، ويندوزرخصة أباتشي 2.0مؤسسة برمجيات أباتشي ، ماي جريد
مصمم أسكالافبرنامج حاسوبي للنمذجة الجزيئية للأغراض العامة لتصميم الجزيئات ومحاكاتها.ويندوزرخصة جنو العمومية الإصدار 2جزيء رشيق
أوتودوكمجموعة أدوات الإرساء الآليلينكس ، ماك أو إس إكس ، إس جي آي آيريكس ، وويندوزرخصة جنو العموميةمعهد سكريبس للأبحاث
أفوجادرومحرر ومصور جزيئي قائم على لغة C++ ( Qt ) للاستخدام في الكيمياء الحاسوبية، والنمذجة الجزيئية، والمعلوماتية الحيوية، وعلوم المواد، والمجالات ذات الصلة.لينكس ، ماك أو إس ، يونكس ، ويندوزرخصة BSD ثلاثية البنودمشروع الكيمياء المفتوحة
أدوات السرير"حساب الجينوم" - معالجة مجموعات الإحداثيات واستخراج التسلسلات من ملف BED.لينكسمعهد ماساتشوستس للتكنولوجيامختبر كوينلان ، جامعة يوتا
بيوكلايبمنصة مرئية للعلاج الكيميائي والمعلوماتية الحيوية تعتمد على منصة Eclipse Rich Client Platform (RCP)لينكس ، ماك أو إس ، ويندوز [ 1 ]إكليبس العامةمشروع بيوكلبس
الموصل الحيويمجموعة أدوات لغة البرمجة Rلينكس ، ماك أو إس ، ويندوزالفن 2.0مركز فريد هاتشينسون لأبحاث السرطان
بيوجافاوظائف مكتبة جافا لمعالجة التسلسلات، وهياكل البروتينات، ومحللات الملفات، والتوافق مع CORBA، ونظام التعليقات التوضيحية الموزعة (DAS)، والوصول إلى AceDB، والبرمجة الديناميكية، والروتينات الإحصائية البسيطة.لينكس ، ماك أو إس ، ويندوزرخصة LGPL الإصدار 2.1مؤسسة المعلوماتية الحيوية المفتوحة
BioJSمكتبة مكونات جافا سكريبت لعرض البيانات البيولوجيةمتصفح الويبأباتشيمجتمع BioJS
بيوموبيسجل خدمات الويبمتصفح الويبفنيمؤسسة المعلوماتية الحيوية المفتوحة
بيوبيرلمجموعة أدوات لغة بيرلمتعدد المنصاتفني ، رخصة جنو العمومية العامةمؤسسة المعلوماتية الحيوية المفتوحة
BioPHPمجموعة أدوات لغة PHP تتضمن فئات لتحليل تسلسل الحمض النووي والبروتين، والمحاذاة، وتحليل قواعد البيانات، وأدوات المعلوماتية الحيوية الأخرىمتعدد المنصاترخصة جنو العمومية الإصدار الثانيمؤسسة المعلوماتية الحيوية المفتوحة
بيوبايثونمجموعة أدوات لغة بايثونمتعدد المنصاتبيوبايثون [ 2 ]مؤسسة المعلوماتية الحيوية المفتوحة
بيوروبيمجموعة أدوات لغة روبيلينكس ، ماك أو إس ، ويندوز [ 3 ]رخصة جنو العمومية الإصدار الثاني أو روبيمؤسسة المعلوماتية الحيوية المفتوحة
انفجارخوارزمية وبرنامج لمقارنة معلومات التسلسل البيولوجي الأساسي، بما في ذلك تسلسلات الحمض النووي والبروتين.متعدد المنصاتالملكية العامةالمركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية
CP2Kقم بإجراء عمليات محاكاة ذرية للأنظمة الصلبة والسائلة والجزيئية والبيولوجية، مكتوبة بلغة فورتران 2003.لينكس ، ماك أو إس ، ويندوزرخصة جنو العمومية ورخصة جنو العموميةبرنامج مجاني ومفتوح المصدر مرخص بموجب رخصة جنو العمومية الإصدار 2 أو أحدث
بوابة سي بي بيويتمثل الهدف الرئيسي لـ cBioPortal في جعل بيانات الجينوم السرطاني المعقدة متاحة وقابلة للتفسير لعلماء الأحياء السرطانية والأطباء السريريين من خلال تحويل البيانات متعددة الوسائط إلى تصورات تفاعلية تسهل الاكتشاف البيولوجي واتخاذ القرارات السريرية.متصفح الويبAGPLمجتمع cBioPortal
زخرفمجموعة من الحزم البرمجية للتسلسل والبحث وما إلى ذلك، مكتوبة بلغة Cلينكس ، ماك أو إس ، يونكس ، ويندوز [ 4 ]رخصة جنو العمومية ورخصة جنو العموميةمشروع تعاوني
مجرةنظام سير العمل العلمي وتكامل البياناتشبيهة بنظام يونكسأكاديمية مجانيةمشروع تعاوني
النمط الجينينظام سير العمل العلمي الذي يوفر الوصول إلى مئات من أدوات تحليل الجينومنظام تشغيل شبيه بنظام يونكس (خادم عام)؛ لينكس ، ماك أو إس ، ويندوزمعهد ماساتشوستس للتكنولوجيامعهد برود ، جامعة كاليفورنيا في سان دييغو
Geworkbenchمنصة تكامل البيانات الجينوميةلينكس ، ماك أو إس ، ويندوزرخصة GeWorkbench [ 5 ]جامعة كولومبيا
GMODمجموعة أدوات لمعالجة العديد من التحديات الشائعة في قواعد البيانات البيولوجيةنظام شبيه بنظام يونكس (خادم)، متصفح ويب (عميل)يختلف ذلك باختلاف الأداةمشروع تعاوني
نظام المعلومات الجغرافيةتطبيق يسمح بدمج بيانات الخرائط الرقمية مع معلومات حول التسلسلات البيولوجية التي تم جمعها من البيئةويندوز ، ماك أو إسرخصة جنو العموميةمشروع تعاوني
جينوكادأداة تصميم بمساعدة الحاسوب (CAD) لعلم الأحياء التركيبي، تستخدم لتصميم التركيبات الجينية بناءً على قواعد النحو.لينكس ، ماك أو إس ، ويندوزرخصة أباتشي 2.0فريق جينوكاد ( معهد فرجينيا للمعلوماتية الحيوية )
مساحة الجينومتطبيق ويب مركزي يوفر تحويلات تنسيق البيانات ويسهل الاتصال بأدوات المعلوماتية الحيوية الأخرىمتصفح الويبإل جي بي إلمعهد برود ، مشروع تعاوني
لطيفأداة مكافئة لبرنامج Vector NTI الخاص ، وهي أداة لتحليل وتحرير ملفات تسلسل الحمض النووي.لينكس ، ماك أو إس ، ويندوزرخصة جنو العموميةماغنوس مانسكي
احصل علىEfficient querying of genomic reference databases including UniProt, National Center for Biotechnology Information, and Ensembl genome database projectLinux, macOS, WindowsBSDLaura Luebbert and Lior Pachter
GROMACSMolecular dynamics package mainly designed for simulations of proteins, lipids and nucleic acids.Linux, macOS, WindowsCommon Public 1.0GenoViz
Integrated Genome BrowserJava-based desktop genome browserLinux, macOS, WindowsCommon Public 1.0GenoViz
InterMineExtensive data warehouse system for the analysis and integration of biological datasets written in Java and JavaScriptCross-platformLGPLUniversity of Cambridge
LabKey ServerSoftware platform, allows organizations to integrate, analyze, and share complex biomedical dataLinux, macOS, WindowsApacheLabKey Software Foundation
LAMMPSMolecular dynamics program written in C++Linux, macOS, WindowsApacheSandia National Laboratories.
mothurSoftware for analysis of 16S rRNA gene amplicon sequence dataLinux, macOS, WindowsGPLUniversity of Michigan
NextflowA workflow management system used for building and running scalable and reproducible bioinformatics pipelines, especially in cloud and high-performance computing environments.Linux, macOS, WindowsApache License 2.0Nextflow Team[6]
PathVisioDesktop software for drawing, analyzing, and visualizing biological pathwaysLinux, macOS, WindowsApache 2.0Maastricht University
OrangeComponent-based data mining and machine learning software suite written in C++, featuring a visual programming front-end for exploratory data analysis and interactive visualization, and Python bindings and libraries for scriptingLinux, macOS, WindowsGPLUniversity of Ljubljana
SAMtoolsUtilities for interacting with high-throughput sequencing data and alignments in sam/bam formatUnix/LinuxMITCollaborative project
SOAP SuiteSuite of tools for assembly, alignment, and analysis of short read next generation sequencing dataUnix/Linux, macOSGPLBGI
Staden PackageSequence assembly, editing, and analysis, mainly consisting of gap4, gap5, and spin. Written in C, C++, Fortran and Tcl.Linux, macOS, WindowsBSDWellcome Trust Sanger Institute, Medical Research Council
Taverna workbenchTool to design and execute workflowsLinux, macOS, WindowsLGPLmyGrid
TracerOpen-source eBPF-based observability client for monitoring performance and resource usage in bioinformatics workflows.LinuxCustom license (see GitHub)Tracer Project GitHub
T-REX (web server)Inference, validation and visualization of phylogenetic trees and phylogenetic networksWeb browser, WindowsGNU (GPL) v3Université du Québec à Montréal[7]
UGENEIntegrated bioinformatics tools, written in C++ (Qt)Linux, macOS, WindowsGPL 2Unipro
UnipeptMetaproteomics biodiversity analysis written in Ruby and JavaScriptWeb browserMITGhent University
VOTCAA Coarse-grained modeling package for molecular dynamics, written in C++, Perl, BASHLinux, macOS, Windows, any other Unix varietyApache License 2.0Max Planck Institute for Polymer Research

See also

References

  1. ↑"(PDF) Bioclipse: An open source workbench for chemo- and bioinformatics". Archived from the original on 2024-12-15. Retrieved 2026-07-27.
  2. ↑Biopython License
  3. ↑Goto, Naohisa; Prins, Pjotr; Nakao, Mitsuteru; Bonnal, Raoul; Aerts, Jan; Katayama, Toshiaki (2010). "BioRuby: Bioinformatics software for the Ruby programming language". Bioinformatics. 26 (20): 2617–2619. doi:10.1093/bioinformatics/btq475. PMC 2951089. PMID 20739307.
  4. ↑"EMBOSS Downloads".
  5. ↑"GeWorkbench License". geWorkbench. Columbia University. 15 June 2014.
  6. ↑"Empowering Scientific Research with Nextflow + AI". 3 December 2024.
  7. ↑"Trex-online". www.trex.uqam.ca. Retrieved 2026-07-27.