الترسيب المناعي بالتشابك

📅 آخر تحديث: ٢٨ يوليو ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٢٨ يوليو ٢٠٢٦
📷 يحتوي على 5 صور
الموسوعة الحرة

يُعدّ الربط المتقاطع والترسيب المناعي ( CLIP، أو CLIP-seq ) أسلوبًا يُستخدم في البيولوجيا الجزيئية ، حيث يجمع بين الربط المتقاطع بالأشعة فوق البنفسجية والترسيب المناعي لتحديد مواقع ارتباط الحمض النووي الريبوزي (RNA) بالبروتينات على نطاق واسع من النسخ الجيني، مما يُعزز فهمنا لشبكات التنظيم ما بعد النسخ. [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] يُمكن استخدام CLIP إما مع الأجسام المضادة للبروتينات الذاتية، أو مع علامات الببتيد الشائعة (بما في ذلك FLAG وV5 وHA وغيرها) أو التنقية بالتقارب، مما يُتيح إمكانية تحليل الكائنات النموذجية أو البروتينات الرابطة للحمض النووي الريبوزي (RBPs) التي تفتقر إلى أجسام مضادة مناسبة. [ 4 ]

سير العمل

المبدأ الأساسي لـ CLIP

تبدأ تقنية CLIP بالربط المتقاطع داخل الخلايا الحية لمركبات البروتين-RNA باستخدام الأشعة فوق البنفسجية. عند التعرض للأشعة فوق البنفسجية، تتشكل روابط تساهمية بين البروتينات والأحماض النووية المتقاربة (بمسافة في حدود الأنجستروم). [ 5 ] بعد ذلك، تُحلل الخلايا المرتبطة، ويُجزأ RNA، ويُعزل البروتين المطلوب عن طريق الترسيب المناعي. وللسماح ببدء النسخ العكسي، تُربط محولات RNA بالنهايات 3'، وتُوسم شظايا RNA لتمكين تحليل مركبات البروتين-RNA بعد فصلها عن RNA الحر باستخدام الرحلان الكهربائي الهلامي والنقل عبر الغشاء. ثم يُجرى هضم البروتين باستخدام بروتينيز K لإزالة البروتين من RNA المرتبط، مما يُبقي على بعض الأحماض الأمينية في موقع الربط. غالبًا ما يؤدي هذا إلى اقتطاع cDNA عند النيوكليوتيد المرتبط، وهو ما يُستغل في تقنيات مثل iCLIP لزيادة دقة الطريقة. [ 6 ] ثم يتم تصنيع الحمض النووي التكميلي (cDNA) عبر تفاعل البوليميراز المتسلسل العكسي (RT-PCR)، يليه التسلسل عالي الإنتاجية، ثم ربط القراءات بالترانسكريبتوم، بالإضافة إلى تحليلات حاسوبية أخرى لدراسة مواقع التفاعل. [ 2 ]

التاريخ والتطبيقات

أُجريت تقنية CLIP في الأصل لدراسة التفاعلات بين البروتين الرابط للحمض النووي الريبي الخاص بالخلايا العصبية وعوامل التضفير NOVA1 وNOVA2 في دماغ الفأر ، وتحديد مواقع ربط الحمض النووي الريبي التي تحتوي على أنماط ربط Nova المتوقعة. وقد حدد تسلسل مكتبة الحمض النووي المكمل العديد من المواقع القريبة من الإكسونات البديلة، والتي وُجد أن العديد منها يتطلب Nova1/2 لأنماط التضفير الخاصة بالدماغ. [ 1 ] في عام 2008، تم دمج تقنية CLIP مع التسلسل عالي الإنتاجية (المسمى "HITS-CLIP") لإنشاء خرائط تفاعل البروتين-الحمض النووي الريبي على مستوى الجينوم لـ Nova؛ [ 7 ] منذ ذلك الحين، تمت دراسة عدد من البروتينات الأخرى المرتبطة بالحمض النووي الريبي باستخدام تقنية CLIP، بما في ذلك PTBP1، [ 8 ] RbFox2 (حيث أشير إليه باسم "CLIP-seq")، [ 9 ] SFRS1، [ 10 ] Argonaute، [ 11 ] [ 12 ] [ 13 ] hnRNP C، [ 6 ] بروتين التخلف العقلي Fragile-X FMRP، [ 14 ] [ 15 ] Ptbp2 (في دماغ الفأر)، [ 16 ] Mbnl2، [ 17 ] بروتينات nElavl (بروتينات Hu الخاصة بالخلايا العصبية)، [ 18 ] وقد تم تطبيقها على البروتينات المرتبطة بالحمض النووي الريبي من جميع ممالك الحياة، بما في ذلك بدائيات النوى. [ 19 ] أدى تحليل CLIP لبروتين Argonaute الرابط للحمض النووي الريبي إلى تحديد أهداف microRNA [ 20 ] من خلال فك شفرة خرائط تفاعل microRNA -mRNA وتفاعل البروتين-RNA في دماغ الفأر [ 11 ] [ 21 ] ، ولاحقًا في الخميرة المتبرعمة ( Saccharomyces cerevisiae ) [ 22 ] ، والديدان الأسطوانية Caenorhabditis elegans [ 23 ] ، والخلايا الجذعية الجنينية [ 24 ] ، وخلايا زراعة الأنسجة [ 25 ] .

طُرق

مقطع فيديو شهير

HITS-CLIP [ 26 ] [ 27 ]

تجمع تقنية HITS-CLIP بين الربط المتقاطع بالأشعة فوق البنفسجية والترسيب المناعي مع التسلسل عالي الإنتاجية لتحديد مواقع ارتباط البروتينات الرابطة للحمض النووي الريبي. [ 5 ] كما أدخلت HITS-CLIP إضافة رموز ثنائية النوكليوتيدات إلى البادئات، مما يتيح إمكانية تسلسل ثم تحليل نتائج تجارب متعددة في وقت واحد. [ 7 ] وبتحليل مواقع الطفرات الناتجة عن الربط المتقاطع (CIMS) عند أعماق تسلسل عالية ، يمكن تمييز مواقع الربط المتقاطع عن مصادر التباين الأخرى في التسلسل. [ 28 ]

مشبك بار

PAR-CLIP [ 26 ] [ 27 ]

تُستخدم تقنية PAR-CLIP (الربط المتقاطع المُعزز بالريبونوكليوزيد المُنشط ضوئيًا والترسيب المناعي) أيضًا لتحديد مواقع ارتباط البروتينات الرابطة للحمض النووي الريبي (RBPs) الخلوية ومعقدات الريبونوكليوبروتين الحاوية على الحمض النووي الريبي الميكروي ( miRNPs ). [ 25 ] تعتمد هذه الطريقة على دمج نظائر الريبونوكليوزيد المُنشطة ضوئيًا، مثل 4-ثيويوريدين (4-SU) و6-ثيوغوانوزين (6-SG)، في نسخ الحمض النووي الريبي الوليدة بواسطة الخلايا الحية. يؤدي تشعيع الخلايا بضوء فوق بنفسجي بطول موجي 365 نانومتر إلى ربط متقاطع فعال للحمض النووي الريبي الخلوي المُوسوم بالنيوكليوزيد المُنشط ضوئيًا مع البروتينات الرابطة للحمض النووي الريبي المتفاعلة. يلي ذلك الترسيب المناعي للبروتين الرابط للحمض النووي الريبي المطلوب، ثم عزل الحمض النووي الريبي المرتبط والمُترسب مناعيًا. يُحوّل الحمض النووي الريبوزي المعزول إلى مكتبة cDNA، ثم يُخضع لتسلسل عميق باستخدام تقنية التسلسل عالي الإنتاجية . يؤدي الربط المتقاطع لنظائر 4-SU و6-SG إلى تحولات من الثيميدين إلى السيتيدين، ومن الغوانوزين إلى الأدينوزين على التوالي. ونتيجة لذلك، تستطيع تقنية PAR-CLIP تحديد مواقع الارتباط بدقة عالية.

مع ذلك، يقتصر استخدام تقنية PAR-CLIP بشكل رئيسي على الخلايا المستنبتة، ويُعدّ سمية النيوكليوزيدات مصدر قلق؛ [ 2 ] فقد أُفيد أن 4-SU يُثبّط تخليق الحمض النووي الريبوزي الريبوسومي، ويُحفّز استجابة الإجهاد النووي، ويُقلّل من تكاثر الخلايا. [ 29 ] وقد استُخدمت تقنية PAR-CLIP لتحديد مواقع الارتباط على مستوى النسخ الجيني لعدد من البروتينات الرابطة للحمض النووي الريبوزي المعروفة، ومُركّبات البروتين النووي الريبوزي التي تحتوي على الحمض النووي الريبوزي الميكروي، وذلك بدقة عالية. ويشمل ذلك بروتينات AGO وTNRC6 التي تستهدف الحمض النووي الريبوزي الميكروي. [ 21 ]

آي كليب

iCLIP [ 26 ] [ 27 ]

تقنية iCLIP (الربط المتقاطع والترسيب المناعي بدقة النيوكليوتيدات الفردية) هي نوعٌ مُعدَّل من تقنية CLIP، تُتيح تضخيم الحمض النووي التكميلي المُختزل، والذي ينتج عند توقف النسخ العكسي قبل الأوان عند موقع الربط المتقاطع. [ 6 ] تشمل الطرق الأخرى لتحديد مواقع الربط المتقاطع بين البروتين والحمض النووي الريبي تحليل الطفرات في الحمض النووي التكميلي المُتجاوز، مثل تحولات النيوكليوتيدات في تقنية PAR-CLIP ، [ 25 ] أو الأخطاء النادرة التي يُحدثها إنزيم النسخ العكسي عند قراءته عبر مواقع الربط المتقاطع في طرق HITS-CLIP القياسية ، والتي تُسمى تحليل موقع الطفرة المُستحثة بالربط المتقاطع (CIMS). [ 30 ]

أضافت تقنية iCLIP أيضًا تسلسلًا عشوائيًا (معرّف جزيئي فريد، UMI ) إلى جانب الرموز الشريطية التجريبية إلى البادئ المستخدم في النسخ العكسي، مما أدى إلى ترميز الحمض النووي التكميلي (cDNA) الفريد لتقليل أي أخطاء أو تحيزات كمية في تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR)، وبالتالي تحسين قياس أحداث الارتباط. وقد أتاح تمكين تضخيم الحمض النووي التكميلي المختصر تحديد مواقع تفاعلات الحمض النووي الريبي مع البروتين بدقة عالية من خلال تحليل موضع البداية للحمض النووي التكميلي المختصر، بالإضافة إلى قياسها بدقة باستخدام المعرّفات الجزيئية الفريدة (UMIs) بواسطة برنامج يُسمى " iCount ". وقد اعتُمدت هذه الابتكارات في تقنية iCLIP في إصدارات لاحقة من تقنية CLIP مثل eCLIP و irCLIP . [ 4 ] ويُحدد تعديل آخر لتقنية iCLIP، وهو miCLIP، مواقع الحمض النووي الريبي المُمَثْيَل باستخدام إنزيم طافر أو جسم مضاد خاص بالتعديل. [ 31 ] [ 32 ] [ 2 ] سمحت الطبيعة الكمية لتقنية iCLIP بإجراء مقارنة بين العينات على مستوى الحمض النووي الريبوزي الكامل، [ 33 ] أو لدراسة الارتباط التنافسي لبروتينات متعددة مرتبطة بالحمض النووي الريبوزي ، [ 34 ] أو التغيرات الطفيفة في ارتباط بروتين طافر على مستوى قمم الارتباط. [ 35 ]

إي كليب

تُستخدم تقنية eCLIP (الربط المتقاطع المُحسَّن والترسيب المناعي متبوعًا بالتسلسل عالي الإنتاجية) أيضًا لرسم خرائط مواقع ارتباط البروتينات الرابطة للحمض النووي الريبوزي (RBP) على مستوى النسخ الجيني للحمض النووي الريبوزي (RNA). [ 36 ] صُممت eCLIP لتحسين iCLIP من خلال زيادة كفاءة تحويل شظايا الحمض النووي الريبوزي (RNA) المُنقَّاة إلى مكتبة الحمض النووي التكميلي (cDNA). عند نشرها، أُفيد أن eCLIP تزيد هذه الكفاءة بأكثر من 1000 ضعف، مما لا يقلل فقط من التسلسل غير المُستخدَم لجزيئات PCR المُكرَّرة، بل يقلل أيضًا بشكل كبير من حالات الفشل التجريبي أثناء إجراء CLIP. بالإضافة إلى ذلك، أصبح التضخيم في eCLIP الآن مُقارِبًا لتقنية RNA-seq، مما يُتيح إجراء تطبيع كمي دقيق مقابل ضوابط الإدخال المُزدوجة (لإزالة الخلفية عند الحمض النووي الريبوزي الريبوسومي وأنواع الحمض النووي الريبوزي الأخرى عالية الوفرة) بالإضافة إلى المقارنة الكمية بين القمم والعينات، مما يُتيح القدرة على اكتشاف الارتباط الخاص بالأليل أو الارتباط التفاضلي للحمض النووي الريبوزي بين الظروف. كما هو الحال في طرق CLIP الأخرى، تعتمد تقنية eCLIP على تفاعلات البروتين الرابط للحمض النووي الريبي (RBP) مع الحمض النووي الريبي (RNA) المرتبطة تساهميًا باستخدام الربط المتقاطع بالأشعة فوق البنفسجية للخلايا الحية. بعد ذلك، تُحلل الخلايا، ويُجزأ الحمض النووي الريبي باستخدام معالجة محدودة بإنزيم RNase. ثم يُرسب بروتين رابط محدد (والحمض النووي الريبي المرتبط به) باستخدام جسم مضاد يتعرف تحديدًا على البروتين الرابط المستهدف. بعد ربط محول الحمض النووي الريبي 3'، تُفصل المادة المترسبة (بالإضافة إلى عينة إدخال مقابلة) على هلامات بروتينية مُشوهة وتُنقل إلى أغشية نيتروسليلوز. تُقطع منطقة من حجم البروتين إلى 75 كيلو دالتون أو أكثر من الغشاء وتُعالج بإنزيم البروتينيز K لتحرير الحمض النووي الريبي. بعد التنقية، يُنسخ الحمض النووي الريبي عكسيًا إلى حمض نووي ريبي أحادي السلسلة (ssDNA)، ثم يُربط محول ثانٍ. من خلال ربط المحول الثاني بالحمض النووي التكميلي (cDNA)، تستطيع تقنية eCLIP تحديد الحمض النووي التكميلي المبتور، على غرار تقنية iCLIP، وبالتالي دراسة مواقع تفاعل الحمض النووي الريبي مع البروتين بدقة عالية. يُستخدم تضخيم تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) للحصول على كمية كافية من المادة اللازمة للتسلسل عالي الإنتاجية. كما يُمكن استخدام تقنية eCLIP لتحديد أهداف الحمض النووي الريبوزي الميكروي (miRNA) ودراسة تعديلات الحمض النووي الريبوزي مثل m6A. وقد تم إنتاج مجموعات بيانات eCLIP لأكثر من 150 بروتينًا رابطًا للحمض النووي الريبوزي (RBP) باستخدام أجسام مضادة مُعتمدة ومتوفرة تجاريًا. [ 37 ]

طرق CLIP الأخرى

تقنية sCLIP (تقنية CLIP البسيطة) هي تقنية تتطلب كميات أقل من الحمض النووي الريبوزي (RNA) المدخل، وتستغني عن الوسم الإشعاعي للحمض النووي الريبوزي المُستخلص بالترسيب المناعي. تعتمد هذه الطريقة على التضخيم الخطي للحمض النووي الريبوزي المُستخلص بالترسيب المناعي، مما يُحسّن من تعقيد مكتبة التسلسل على الرغم من تقليل كمية المادة المدخلة بشكل ملحوظ والاستغناء عن عدة خطوات تنقية. بالإضافة إلى ذلك، تسمح هذه التقنية بتصوير الحمض النووي الريبوزي المُستخلص بالترسيب المناعي دون الحاجة إلى الوسم الإشعاعي، وذلك باستخدام تقنية وسم عالية الحساسية تعتمد على البيوتين. صُممت هذه الطريقة، إلى جانب منصة المعلوماتية الحيوية، لتوفير فهم معمق لتفاعلات الحمض النووي الريبوزي مع البروتينات في العلوم الطبية الحيوية، حيث تكون كمية المادة الأولية محدودة في كثير من الأحيان (كما هو الحال في العينات السريرية الثمينة). [ 38 ] كما طُوّرت متغيرات إضافية من تقنية iCLIP تحافظ على دقة النيوكليوتيدات الفردية، ولكنها تختلف في خطوة واحدة أو أكثر عن طريقة iCLIP الأصلية. ومن هذه المتغيرات: iCLIP2 وirCLIP وiiCLIP وiCLIP1.5، على سبيل المثال لا الحصر.

كتعديل لتقنية CLIP، تم تحديد مواقع الحمض النووي الريبي الميثيلي باستخدام إنزيم طافر أو جسم مضاد خاص بالتعديل، وذلك باستخدام طرق تُعرف باسم miCLIP أو m6A-CLIP. [ 31 ] [ 32 ] [ 39 ] [ 2 ]

المزايا والعيوب

المزايا

تُعدّ البروتينات الرابطة للحمض النووي الريبي (RNA) مكونات شائعة في المركبات البروتينية المتعددة، وتتواجد جزيئات الحمض النووي الريبي (RNA) من جينات مختلفة في الخلايا بنسب متفاوتة، لذا فمن الشائع عزل جزيئات الحمض النووي الريبي (RNA) المرتبطة ببروتينات مُنقّاة معها أو الملتصقة بشكل غير نوعي بالخرز عند ترسيب بروتين معين باستخدام تقنية الترسيب المناعي. وقد ثبت أن خصوصية البيانات المُتحصّل عليها باستخدام طرق الترسيب المناعي المبكرة، مثل RIP ، تعتمد على ظروف التفاعل، كتركيزات البروتين والظروف الأيونية، كما أن إعادة ارتباط البروتينات الرابطة للحمض النووي الريبي (RNA) بعد تحلل الخلايا قد يؤدي إلى الكشف عن تفاعلات اصطناعية. [ 40 ] استُخدمت طرق الربط المتقاطع بالفورمالديهايد للحفاظ على تفاعلات الحمض النووي الريبي (RNA) مع البروتين، ولكنها تُولّد أيضًا روابط متقاطعة بين البروتينات. وباستخدام الربط المتقاطع بالأشعة فوق البنفسجية، المُخصّص للتلامس المباشر بين البروتين والحمض النووي الريبي (RNA)، تتجنب تقنية CLIP الروابط المتقاطعة بين البروتينات وتضمن خصوصية عالية، مع الحصول في الوقت نفسه على معلومات موضعية حول مواقع تفاعلات البروتين مع الحمض النووي الريبي (RNA).

بما أن الربط التساهمي بالأشعة فوق البنفسجية يُنشئ رابطة تساهمية، فإن شظايا الحمض النووي الريبي المرتبطة تحتفظ بببتيد قصير بعد هضمها بواسطة بروتينيز K، والذي يمكن استغلاله لتحديد موقع الربط التساهمي. غالبًا ما يؤدي النسخ العكسي إلى اقتطاع الحمض النووي عند مواقع الربط التساهمي، مما ينتج عنه حمض نووي تكميلي مبتور يُستخدم في تقنية iCLIP، بينما غالبًا ما يحتوي الحمض النووي التكميلي المُستنسخ على طفرات في موقع الربط التساهمي (انظر HITS-CLIP وPAR-CLIP). [ 2 ]

القيود

ملخص CLIP [ 26 ] [ 28 ] [ 27 ]

تتطلب جميع بروتوكولات توليد مكتبات CLIP كميات معتدلة من الخلايا أو الأنسجة (50-100  ملغ)، وتتضمن خطوات إنزيمية متعددة، وتحليلات حاسوبية مُخصصة. [ 12 ] [ 41 ] يصعب تحسين بعض الخطوات، وغالبًا ما تكون كفاءتها منخفضة. على سبيل المثال، قد يؤدي الإفراط في الهضم باستخدام إنزيم RNase إلى تقليل عدد مواقع الارتباط المُحددة، وبالتالي يحتاج إلى تحسين. [ 27 ] كما تختلف كفاءة الربط المتقاطع بين البروتينات، [ 42 ] وقد تم الإبلاغ عن تحيز النيوكليوتيدات في الربط المتقاطع، [ 43 ] على سبيل المثال، من خلال مقارنة مواقع الربط المتقاطع والزخارف المُثرية عند دراسة مُركبات البروتين-RNA في الجسم الحي وفي المختبر ، [ 44 ] على الرغم من أنه يجري تطوير طرق لتقليل هذا التحيز لاكتشاف الزخارف المُثرية. [ 45 ] تُعد أهداف miRNA المُتوقعة حاسوبيًا والمُستمدة من TargetScan قابلة للمقارنة مع CLIP في تحديد أهداف miRNA، مما يثير تساؤلات حول فائدتها مُقارنةً بالتنبؤات الحالية. [ 46 ] نظرًا لأن طرق CLIP تعتمد على الترسيب المناعي، فقد يؤثر الحمض النووي الريبي المتشابك في بعض الحالات على تفاعلات الأجسام المضادة مع مواقع الارتباط. وقد لوحظت اختلافات كبيرة في النتائج. لذلك، تتطلب نتائج CLIP الأولية مزيدًا من التحليلات الحاسوبية لدراسة تفاعلات مواقع ارتباط الحمض النووي الريبي بالبروتين داخل الخلية بدقة.

طرق مماثلة

  • تُجري دراسات RIP-Chip إثراءً للحمض النووي الريبوزي الكامل بعد الترسيب المناعي لبروتين معين متبوعًا بتحليل المصفوفات الدقيقة، ولكن دون استخدام الربط المتقاطع، فهي لا تحدد مواقع ارتباط الحمض النووي الريبوزي
  • ChIP-Seq ، طريقة لإيجاد التفاعلات مع الحمض النووي DNA بدلاً من الحمض النووي RNA
  • SELEX ، وهي طريقة مخبرية لإيجاد تسلسل ربط توافقي

للمزيد من القراءة

  • قاعدة بيانات starBase : قاعدة بيانات لاستكشاف تفاعلات miRNA-lncRNA و miRNA-mRNA و miRNA-sncRNA و miRNA-circRNA و protein-lncRNA و protein-RNA وشبكات ceRNA من بيانات PAR-CLIP ( CLIP-Seq و HITS-CLIP و iCLIP و CLASH ) و TargetScan و [ 46 ] PicTar و RNA22 و miRanda و PITA microRNA target sites.
  • قاعدة بيانات BIMSB doRiNA : قاعدة بيانات لاستكشاف تفاعلات البروتين-RNA و microRNA-الهدف من بيانات CLIP-Seq و HITS-CLIP و PAR-CLIP و iCLIP وتوقعات موقع هدف microRNA PICTAR.
  • miRTarCLIP : نهج حسابي لتحديد تفاعلات microRNA-target باستخدام تسلسل CLIP و PAR-CLIP عالي الإنتاجية .
  • clipz : برنامج لتحليل قراءات الحمض النووي الريبي القصيرة من تجارب HITS-CLIP.
  • dCLIP : dCLIP هو برنامج Perl لاكتشاف مناطق الارتباط التفاضلية في تجربتين مقارنتين من CLIP-Seq (HITS-CLIP أو PAR-CLIP أو iCLIP).

مراجع

  1. أولي ، جيرني؛ جنسن، كيرك ب.؛ روجيو، ماتيو؛ ميلي، ألدو؛ أولي، ألياز؛ دارنيل، روبرت ب. (14 نوفمبر 2003). "تقنية CLIP تحدد شبكات الحمض النووي الريبوزي (RNA) المنظمة بواسطة نوفا في الدماغ". مجلة ساينس . 302 (5648): 1212-1215 . رمز Bibcode : 2003Sci...302.1212U . doi : 10.1126/science.1090095 . ISSN 1095-9203 . PMID 14615540. S2CID 23420615 .   
  2. هافنر، ماركوس؛ كاتسانتوني، ماريا؛ كوستر، تينو؛ ماركس، جيمس؛ موخيرجي، جويتا؛ ستايجر، دوروثي؛ أولي، جيرني؛ زافولان، ميهايلا (2021-03-04). " تقنية CLIP والأساليب التكميلية" . مجلة Nature Reviews Methods Primers . 1 ( 1) 20: 1–23 . doi : 10.1038/s43586-021-00018-1 . ISSN 2662-8449 . S2CID 233834798 .  
  3. ↑ أولي، جيرني؛ هوانغ، هون-واي؛ دارنيل، روبرت ب. (2018-08-01). "مستقبل الربط المتقاطع والترسيب المناعي (CLIP)" . مجلة كولد سبرينغ هاربور لوجهات نظر في علم الأحياء . 10 (8) a032243. doi : 10.1101/cshperspect.a032243 . ISSN 1943-0264 . PMC 6071486. ​​PMID 30068528 .   
  4. 1 2 لي، فلورا سي واي؛ أولي، جيرني (2018-02-01). "تطورات في تقنيات CLIP لدراسة تفاعلات البروتين-RNA" . الخلية الجزيئية . 69 (3): 354-369 . doi : 10.1016/j.molcel.2018.01.005 . ISSN 1097-4164 . PMID 29395060 .  
  5. 1 2 دارنيل 2010 .
  6. 1 2 3 كونيغ، جوليان؛ زارناك، كاثي؛ روت، غريغور؛ كيرك، توماز؛ كايكجي، ميليس؛ زوبان، بلاز؛ تيرنر، دانيال جيه؛ لوسكومب، نيكولاس إم؛ أولي، جيرني (يوليو 2010). "تقنية iCLIP تكشف وظيفة جسيمات hnRNP في عملية التضفير بدقة النيوكليوتيدات الفردية" . مجلة Nature Structural & Molecular Biology . 17 (7): 909–915 . doi : 10.1038/nsmb.1838 . ISSN 1545-9985 . PMC 3000544. PMID 20601959 .   
  7. 1 2 ليكاتالوسي وآخرون 2008 .
  8. ↑ Xue et al. 2009 .
  9. ↑ يو وآخرون 2009 .
  10. ↑ سانفورد وآخرون 2009 .
  11. 1 2 تشي وآخرون 2009 .
  12. 1 2 مور وآخرون 2014 .
  13. ↑ تشي، سونغ ووك؛ هانون، غريغوري جيه؛ دارنيل، روبرت بي. (12 فبراير 2012). "نمط بديل للتعرف على هدف الحمض النووي الريبوزي الميكروي" . مجلة نيتشر للبيولوجيا التركيبية والجزيئية . 19 (3): 321-327 . doi : 10.1038/nsmb.2230 . ISSN 1545-9985 . PMC 3541676. PMID 22343717 .   
  14. ↑ دارنيل وآخرون 2011 .
  15. ↑ هيل، كارين ر.؛ ساويكا، كيرستي؛ مورا، كيفن؛ فاك، جون ج.؛ كانغ، جين جو؛ كوتريم، باولا؛ سيالوفيتش، كاتارزينا؛ كارول، توماس س.؛ دارنيل، روبرت ب. (23-12-2021). "ينظم بروتين FMRP الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA) الذي يشفر وظائف متميزة في جسم الخلية وتغصنات الخلايا العصبية الهرمية CA1" . eLife . 10 e71892. doi : 10.7554/eLife.71892 . ISSN 2050-084X . PMC 8820740. PMID 34939924 .   
  16. ↑ ليكاتالوسي وآخرون 2012 .
  17. ↑ Charizanis et al. 2012 .
  18. ↑ إنس-دان وآخرون 2012 .
  19. ↑ هولمكفيست وآخرون 2016 .
  20. ↑ تومسون، براكن وجودال 2011 .
  21. 1 2 يانغ وآخرون 2011 .
  22. ↑ وولف، جوشوا جيه؛ داول، روبن دي؛ ماهوني، شون؛ رباني، ميشال؛ جيفورد، ديفيد كيه؛ فينك، جيرالد آر. (يونيو 2010). "التنظيم الأمامي لمحدد مصير الخلية بواسطة بروتين رابط للحمض النووي الريبي يُولّد عدم تناظر في الخميرة" . علم الوراثة . 185 (2): 513-522 . doi : 10.1534/genetics.110.113944 . ISSN 1943-2631 . PMC 2881133. PMID 20382833 .   
  23. ↑ زيسوليس وآخرون 2010 .
  24. ↑ ليونغ وآخرون 2011 .
  25. هافنر، ماركوس؛ لاندثالر، ماركوس؛ برغر، لوكاس؛ خورشيد، محسن ؛ هاوسر، جان؛ بيرنينغر، فيليب؛ روثبالر، أندريا؛ أسكانو، مانويل؛ يونغكامب، آنا-كارينا؛ مونشاور، ماتياس؛ أولريش، ألكسندر؛ واردل، غريغ س.؛ ديويل، سكوت؛ زافولان، ميهايلا؛ توشل، توماس (2010-04-02). " تحديد مواقع استهداف البروتينات الرابطة للحمض النووي الريبوزي والحمض النووي الريبوزي الميكروي على مستوى النسخ الجيني باستخدام تقنية PAR-CLIP" . مجلة Cell . 141 (1): 129-141 . doi : 10.1016/j.cell.2010.03.009 . ISSN 1097-4172 . PMC 2861495. PMID 20371350 .   
  26. 1 2 3 4 سوجيموتو وآخرون. 2012 .
  27. 1 2 3 4 5 كونيغ وآخرون. 2012 .
  28. 1 2 Zhang & Darnell 2011 .
  29. ↑ برجر وآخرون 2013 .
  30. ↑ تشانغ، تشاولين؛ دارنيل، روبرت ب. (1 يونيو 2011). "رسم خرائط تفاعلات البروتين-RNA في الجسم الحي بدقة النوكليوتيد الواحد من بيانات HITS-CLIP" . مجلة Nature Biotechnology . 29 (7): 607-614 . doi : 10.1038/nbt.1873 . PMC 3400429. PMID 21633356 .  
  31. 1 2 حسين، شبير؛ ساجيني، عبد الرحيم أ.؛ بلانكو، ساندرا؛ ديتمان، سابين؛ لومبارد، باتريك؛ سوجيموتو، يويتشيرو؛ بارامور، مايك؛ جليسون، جوزيف ج.؛ أودوم، دنكان ت.؛ أولي، جيرني؛ فراي، ميكايلا (25-07-2013). "مثيلة السيتوزين-5 بوساطة NSun2 للحمض النووي الريبوزي غير المشفر في الخزنة تحدد معالجته إلى جزيئات صغيرة تنظيمية من الحمض النووي الريبوزي" . تقارير الخلية . 4 (2): 255-261 . doi : 10.1016/j.celrep.2013.06.029 . ISSN 2211-1247 . PMC 3730056. PMID 23871666 .   
  32. 1 2 ليندر، باستيان؛ غروزيك، أنيا ف.؛ أولاريرين-جورج، أنتوني أ.؛ ميدان، سيم؛ ماسون، كريستوفر إي.؛ جافري، سامي ر. (أغسطس 2015). "تحديد مواقع m6A وm6Am بدقة النوكليوتيد الواحد في جميع أنحاء النسخ الجيني" . Nature Methods . 12 (8): 767–772 . doi : 10.1038/nmeth.3453 . ISSN 1548-7105 . PMC 4487409. PMID 26121403 .   
  33. ^ توليرفي ، جيمس ر. كورك، توماز؛ روجيلج، بوريس؛ بريس، مايكل. سيريدا، ماتيو؛ كايكيجي، ميليس؛ كونيغ، جوليان. هورتوباجي، تيبور؛ نيشيمورا، أغنيس L.؛ زوبونسكي، فيرا؛ باتاني، ريكي. شاندران، سيدهارتان؛ تعفن، جريجور. زوبان، بلاز؛ شو ، كريستوفر إي. (أبريل 2011). "توصيف أهداف الحمض النووي الريبي (RNA) وتنظيم الربط المعتمد على الموضع بواسطة TDP-43" . علم الأعصاب الطبيعي . 14 (4): 452-458 . دوى : 10.1038 / nn.2778 . ردمك 1546-1726 . بمك 3108889 . بميد 21358640 .   
  34. ↑ زارناك، كاثي؛ كونيغ، جوليان؛ تاجنيك، موجكا؛ مارتينكورينا، إينيغو؛ أوسترمان، سيباستيان؛ ستيفانت، إيزابيل؛ رييس، أليخاندرو؛ أندرس، سيمون؛ لوسكومب، نيكولاس م.؛ أولي، جيرني (31 يناير 2013). "المنافسة المباشرة بين hnRNP C وU2AF65 تحمي النسخ الجيني من تحويل عناصر Alu إلى إكسونات" . مجلة Cell . 152 (3): 453-466 . doi : 10.1016/j.cell.2012.12.023 . ISSN 1097-4172 . PMC 3629564. PMID 23374342 .   
  35. هاليغر ، مارتينا؛ تشاكرابارتي، أنوب م.؛ لي، فلورا سي واي؛ لي، بو ليم؛ أماليتي، آرام ج.؛ عودة، هنا م.؛ كوبلي، كاتي إي.؛ روبين، جاك د.؛ بورتز، بيدي؛ كوريت، كلارا؛ هوبيرتز، إينا؛ راو، فريديريك؛ باتاني، ريكي؛ فوزي، نيكولاس ل.؛ شورتر، جيمس (2021-09-02). "خصائص تكثيف TDP-43 تحدد نطاق ارتباطه بالحمض النووي الريبي ووظائفه التنظيمية" . مجلة Cell . 184 (18): 4680–4696.e22. doi : 10.1016/j.cell.2021.07.018 . ISSN 1097-4172 . PMC 8445024 . PMID 34380047 .   
  36. ^ فان نوستراند وبرات وشيشكين 2016 .
  37. ↑ فان نوستراند، إريك ل.؛ فريز، بيتر؛ برات، غابرييل أ.؛ وانغ، شياوفينغ؛ وي، شينتاو؛ شياو، روي؛ بلو، ستيفن م.؛ تشين، جيا يو؛ كودي، نيل أ. ل.؛ دومينغيز، دانيال؛ أولسون، سارة؛ سوندارارامان، بالاجي؛ زان، ليجون؛ بازيل، كاساندرا؛ بوفريت، لويس فيليب بينوا (يوليو 2020). "خريطة ارتباط ووظائف واسعة النطاق لبروتينات ربط الحمض النووي الريبي البشري" . نيتشر . 583 (7818): 711-719 . Bibcode : 2020Natur.583..711V . doi : 10.1038/s41586-020-2077-3 . ISSN 1476-4687 . PMC 7410833 . PMID 32728246 .   
  38. ↑ كارغابولوفا وآخرون 2017 .
  39. ↑ كي، شينغدونغ؛ أليمو، إندالكاشيو أ.؛ ميرتنز، كلوديا؛ غانتمان، إميلي كون؛ فاك، جون ج.؛ ميلي، ألدو؛ هاريبال، بهاغواتي؛ زوكر-شارف، إيلانا؛ مور، مايكل ج.؛ بارك، كريستوفر ي.؛ فاغبو، كاثرين بروبرغ؛ كوسنيرتشيك، آنا؛ كلونغلاند، آرني؛ دارنيل، جيمس إي.؛ دارنيل، روبرت ب. (2015-10-01). "توجد غالبية بقايا m6A في الإكسونات الأخيرة، مما يسمح بإمكانية تنظيم منطقة 3' غير المترجمة" . الجينات والتطور . 29 (19): 2037-2053 . doi : 10.1101/gad.269415.115 . ISSN 1549-5477 . PMC 4604345 . PMID 26404942 .   
  40. ↑ ميلي وستيتز 2004 .
  41. ↑ تشاكرابارتي، أنوب م.؛ هابرمان، نيجك؛ برازنيك، آرني؛ لوسكومب، نيكولاس م.؛ أولي، جيرني (2018-07-20). " قضايا علم البيانات في دراسة تفاعلات البروتين-RNA باستخدام تقنيات CLIP" . المراجعة السنوية لعلم البيانات الطبية الحيوية . 1 (1): 235-261 . doi : 10.1146/annurev-biodatasci- 080917-013525 . ISSN 2574-3414 . PMC 7614488. PMID 37123514. S2CID 90760475 .    
  42. ↑ أولي وآخرون 2005 .
  43. ^ كنورلاين، آنا؛ سارنوفسكي، كريس ب. دي فريس، تيبي؛ ستولتز، موريتز. جوتزه، مايكل. إيبرسولد، رودي؛ آلان، فريديريك هـ.-T.؛ لايتنر، الكسندر. هول ، جوناثان (2022/05/17). "تفاعلات تكديس الأحماض الأمينية والنيوكليوتيدات تبدأ في ربط الصور في مجمعات بروتين الحمض النووي الريبي" . اتصالات الطبيعة . 13 (1): 2719. بيب كود : 2022NatCo..13.2719K . دوى : 10.1038/s41467-022-30284-ث . ISSN 2041-1723 . بمك 9114321 . بميد 35581222 .   
  44. ↑ بونساك وآخرون 2009 .
  45. ↑ كوريت، كلارا؛ أماليتي، آرام غوستاف؛ جونز، د. مارك؛ كابيتانشيك، شارلوت؛ أولي، جيرني (9 سبتمبر 2022). " تحليل الزخارف الموضعية يكشف مدى خصوصية تفاعلات البروتين-RNA التي لوحظت بواسطة CLIP" . علم الأحياء الجينومي . 23 (1): 191. doi : 10.1186/s13059-022-02755-2 . ISSN 1474-760X . PMC 9461102. PMID 36085079 .   
  46. 1 2 أغاروال وآخرون 2015 .

مصادر