grid.org

كان مشروع أبحاث السرطان التابع لشركة يونايتد ديفايسز، الذي بدأ في عام 2001، يسعى إلى إيجاد أدوية محتملة لعلاج السرطان باستخدام الحوسبة الموزعة . ^{[ 2 ]} كان هناك حوالي 150,000 مستخدم في الولايات المتحدة و170,000 في أوروبا بالإضافة إلى مئات الآلاف في أجزاء أخرى من العالم.

كان المشروع عبارة عن تحالف بين العديد من الشركات والمنظمات: ^{[ 3 ]}

• شركة يونايتد ديفايسز
• المؤسسة الوطنية لأبحاث السرطان
• قسم الكيمياء بجامعة أكسفورد
• متبرعون بالبحوث الجزيئية

أصدرت شركة يونايتد ديفايسز شاشة توقف لأبحاث السرطان ، مستفيدةً من قدرة الحوسبة الفائضة. يستخدم البرنامج، الذي يمكن ضبطه للتشغيل المستمر، تقنية "الفحص الافتراضي" لاكتشاف التفاعلات المحتملة بين الجزيئات والبروتينات المستهدفة، أي الأدوية. تُرسل هذه الجزيئات ( الروابط ) إلى برنامج UD Agent على جهاز الكمبيوتر المضيف. وعندما ترتبط هذه الجزيئات بنجاح مع البروتين المستهدف، يُقيّم هذا التفاعل لمزيد من الدراسة.

تألف البحث من مرحلتين:

• اختبرت المرحلة الأولى أكثر من 3 مليارات جزيء شبيه بالأدوية ضد 12 بروتينًا معروفة بأنها أهداف مناسبة للأدوية المضادة للسرطان. واستخدمت برنامج "THINK" لمحاكاة التفاعلات الجزيئية. ^{[ 4 ]}
• سعت المرحلة الثانية، باستخدام برنامج "LigandFit" الذي طورته شركة Accelrys لنمذجة التفاعلات، إلى تحسين بيانات المرحلة الأولى لإنتاج قائمة أكثر قابلية للإدارة من المرشحين الدوائيين للاختبار، الأمر الذي يتطلب متعاونين تجريبيين، بما في ذلك بعض الجهات من قطاع الصناعة. ^{[ 5 ] [ 6 ]}

تم الإعلان عن مشروع طي البروتينات البشرية ("HPF") الذي ترعاه شركة IBM ، المرحلة الأولى، في 16 نوفمبر 2004، واكتمل في 3 يوليو 2006. وقد عمل المشروع في وقت واحد على كل من grid.org وشبكة مجتمع IBM العالمية . ^{[ 7 ]}

استُخدم برنامج "روزيتا" للتنبؤ ببنية البروتينات البشرية بهدف التنبؤ بوظائفها. وقد تُستخدم هذه المعلومات مستقبلاً في علاج العديد من الأمراض والعيوب الوراثية.

وفقًا لإعلان على منتديات grid.org، ^{[ 8 ]} بعد اكتمال مشروع HPF1، تُرك ليعمل على grid.org حتى 9 أغسطس 2006. ^{[ 9 ]} خلال تلك الفترة، حصل الأعضاء الذين تم تكوين أجهزة الكمبيوتر الخاصة بهم لتشغيل هذا المشروع على عمل جديد واستخدموا موارد الحوسبة لحساب نتيجة، ولكن تم إرجاع النتيجة إلى grid.org للحصول على نقاط فقط - لم يتم استخدامها للبحث العلمي.

أثار وضع مشروع طي البروتينات البشرية نقاشًا في منتديات grid.org. أراد معظم الأعضاء توجيه كامل القدرة الحاسوبية المتاحة نحو مشروع السرطان الذي لا يزال نشطًا، ^{[ 9 ]} لكن ممثل جامعة ديلاوير، روبي بروير، أكد أن "بعض المستخدمين يُفضلون شاشة التوقف". ^{[ 8 ] [ 10 ]} وكما ذُكر سابقًا، توقف العمل المُكرر على مشروع HPF1 في grid.org في نهاية المطاف. ^{[ 9 ]}

كانت شبكة أبحاث الجدري جزءًا من مبادرة "شبكة باتريوت" التابعة لشركة يونايتد ديفايسز لمكافحة الإرهاب البيولوجي. ساعد هذا المشروع في تحليل المرشحين المحتملين للأدوية لعلاج فيروس الجدري. وقد استخدم برنامج "ليجاند فيت" (الذي سبق استخدامه في المرحلة الثانية من مشروع أبحاث السرطان)، ولكن مع مجموعة متخصصة من الجزيئات المستهدفة التي تستهدف فيروس الجدري . ^{[ 11 ]}

وشمل شركاء المشروع جامعة أكسفورد ، وجامعة ويسترن أونتاريو ، ومركز ميموريال سلون كيترينج للسرطان ، وجامعة إسيكس ، وشركة إيفوتيك أو إيه آي ، وشركة أكسيلريس ، وشركة آي بي إم . ^{[ 12 ]}

بدأ مشروع شبكة المجتمع العالمي إلى حد كبير بفضل نجاح هذا المشروع.

كان مشروع أبحاث الجمرة الخبيثة جزءًا من مبادرة "باتريوت غريد" التابعة لشركة يونايتد ديفايسز لمكافحة الإرهاب البيولوجي. وقد استخدم المشروع برنامج "ليغاند فيت" (الذي سبق استخدامه في المرحلة الثانية من مشروع أبحاث السرطان)، ولكن مع مجموعة متخصصة من الجزيئات المستهدفة التي تستهدف المراحل المتقدمة من عدوى بكتيريا الجمرة الخبيثة .

استمر المشروع من 22 يناير 2002 حتى 14 فبراير 2002، وانتهى بعد الانتهاء من فحص 3.57 مليار جزيء. وتم إرسال نتائج المشروع البحثي إلى علماء الأحياء لاستكمال فحص المحاكاة الحاسوبية. ^{[ 13 ]}

وشملت قائمة شركاء المشروع جامعة أكسفورد .

استخدم مشروع HMMER للأبحاث الجينية نموذج ماركوف المخفي للبحث عن أنماط في تسلسلات الحمض النووي الجيني. ^{[ 14 ]}

تم تنفيذ مشروع اختبار أداء الويب كفرصة تجارية مع مزودي استضافة مواقع ويب مختارين لمساعدتهم على اختبار قابلية توسع البنية التحتية لخوادمهم خلال فترات ذروة الطلب. ^{[ 15 ]}