متصفح الجينوم المتكامل

الموسوعة الحرة

متصفح الجينوم المتكامل ( IGB ) (يُنطق Ig-Bee) [ 1 ] هو متصفح جينوم مفتوح المصدر ، وهو أداة تصور تُستخدم لمراقبة الأنماط ذات الأهمية البيولوجية في مجموعات البيانات الجينومية، بما في ذلك بيانات التسلسل، ونماذج الجينات، والمحاذاة ، والبيانات من المصفوفات الدقيقة للحمض النووي .

تاريخ

طُوِّر متصفح الجينوم المتكامل (IGB) لأول مرة في شركة أفيمتريكس لعلماء الشركة والمتعاونين معها في القطاع العام، وذلك لعرض البيانات من مصفوفات التجانب الجينومي. استُخدم في تطوير النسخ الأولى من IGB تمويلٌ من معاهد الصحة الوطنية الأمريكية (NIH) مُنِحَ لعلماء الشركة، جريج هيلت وتوم جينجيراس. في عام 2004، أطلقت أفيمتريكس برنامج IGB كبرنامج مفتوح المصدر، إلى جانب حزمة تطوير البرمجيات Genoviz SDK، وهي مكتبة رسومية لبناء تطبيقات متصفح الجينوم. صدر الإصدار الأول من قاعدة الشفرة البرمجية كملف مضغوط. بعد ذلك بوقت قصير، نُقِلَت الشفرة إلى مستودع جديد على منصة SourceForge . ومنذ ذلك الحين، جرى التطوير بشكل علني وفقًا لنموذج المصادر المفتوحة. في أوائل عام 2008، بدأ فريق بقيادة آن لورين، الموظفة السابقة في أفيمتريكس، بتطوير وصيانة IGB، بدعم من تمويل المؤسسة الوطنية للعلوم وصناديق الباحثين الجدد من جامعة نورث كارولينا في شارلوت. منذ ذلك الحين، أضافت لورين وطلابها والمتعاونون معها العديد من الميزات والقدرات الجديدة، ولا سيما دعم عرض بيانات التسلسل عالي الإنتاجية من Illumina ومنصات أخرى. وفي عام 2014، قاموا بنقل شفرة المصدر إلى مستودع Git على Bitbucket .

في عام 2020، صنّفت مجلة جافا التابعة لشركة أوراكل متصفح الجينوم المتكامل كواحد من أفضل 25 تطبيق جافا تم كتابتها على الإطلاق. [ 2 ]

وصف

تم بناء IGB على أساس Genoviz SDK، [ 3 ] وهي مكتبة Java تقوم بتنفيذ ميزات التصور الرئيسية مثل التكبير والتصغير الديناميكي في الوقت الحقيقي والتمرير عبر خريطة جينومية، وهي ميزة في متصفح IGB تميزه عن العديد من الأدوات المماثلة.

كما يتميز IGB بسهولة إعداد خوادم مصادر البيانات للمختبرات الفردية لمشاركة البيانات، لا سيما عبر خدمات الويب من نوع REST ( نظام التعليقات الموزعة ) ونهج بسيط قائم على نظام الملفات يسمى QuickLoad.

برنامج IGB 9.1.0 يعرض الجينوم البشري

التنسيقات المدعومة

يقرأ برنامج IGB البيانات بعشرات الصيغ، بما في ذلك BAM وBED و Affymetrix CHP و FASTA و GFF و GTF وPSL وSGR وWIG. تتوفر أحدث قائمة بهذه الصيغ على موقع BioViz Wiki.

يمكن لبرنامج IGB إخراج البيانات المرئية بعشرات التنسيقات عبر مكتبة FreeHEP . وتشمل هذه التنسيقات EPS و PostScript و PDF و EMF و SVG و SWF و CGM و GIF و PNG و PPM .

مراجع

  1. ↑ نيكول، جيه دبليو، وهيلت، جي إيه، وبلانشارد، إس جي، وراجا، إيه، ولورين، إيه إي (أكتوبر 2009). " متصفح الجينوم المتكامل: برنامج مجاني لتوزيع واستكشاف مجموعات البيانات على نطاق الجينوم" . المعلوماتية الحيوية . 25 (20): 2730-2731 . doi : 10.1093/bioinformatics/btp472 . PMC 2759552. PMID 19654113 .  
  2. ↑ موراليس، أليكسا (2020-05-01). "أفضل 25 تطبيق جافا على الإطلاق" . تم الاطلاع عليه بتاريخ 2025-01-09 .
  3. ↑ هيلت، جي. أ.، نيكول، جيه. دبليو.، إروين، إي.، وآخرون . (25 أغسطس 2009). " مجموعة أدوات تطوير برمجيات جينوفيز: مجموعة أدوات جافا لبناء تطبيقات تصور الجينوم" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 10 : 266. doi : 10.1186/1471-2105-10-266 . PMC 2746221. PMID 19706180 .