تنسيق الميزات العامة

الموسوعة الحرة

في المعلوماتية الحيوية ، يُعد تنسيق الميزات العامة ( تنسيق البحث عن الجينات ، تنسيق الميزات العامة ، GFF ) تنسيق ملف يستخدم لوصف الجينات والميزات الأخرى لتسلسلات الحمض النووي DNA والحمض النووي الريبي RNA والبروتين .

إصدارات GFF

توجد الإصدارات التالية من GFF:

كان لـ GFF2/GTF عدد من أوجه القصور، أبرزها أنه لا يستطيع تمثيل التسلسلات الهرمية للميزات إلا على مستويين، وبالتالي لا يمكنه التعامل مع التسلسل الهرمي ثلاثي المستويات: الجين ← النسخة ← الإكسون. عالج GFF3 هذا القصور وغيره. على سبيل المثال، يدعم عددًا غير محدود من المستويات الهرمية، ويمنح معاني محددة لبعض الوسوم في حقل السمات.

ملف GTF مطابق لملف GFF، الإصدار 2. [ 1 ]

البنية العامة لـ GFF

جميع صيغ GFF (GFF2 وGFF3 وGTF) مفصولة بعلامات جدولة ، وتحتوي على 9 حقول في كل سطر. تشترك جميعها في نفس البنية بالنسبة للحقول السبعة الأولى، بينما تختلف في محتوى وتنسيق الحقل التاسع . تم تغيير بعض أسماء الحقول في GFF3 لتجنب الالتباس. على سبيل المثال، كان يُشار إلى الحقل "seqid" سابقًا باسم "sequence"، والذي قد يُخلط بينه وبين سلسلة النيوكليوتيدات أو الأحماض الأمينية. البنية العامة كما يلي:

البنية العامة لـ GFF3
فهرس المواقعاسم المنصبوصف
1تسلسلاسم التسلسل الذي توجد فيه الميزة.
2مصدرالخوارزمية أو الإجراء الذي أنشأ الميزة. عادةً ما يكون هذا اسم برنامج أو قاعدة بيانات.
3يكتباسم نوع الخاصية، مثل "جين" أو "إكسون". في ملف GFF منظم جيدًا، تتبع جميع الخصائص الفرعية خصائصها الأصلية في كتلة واحدة (بحيث توضع جميع إكسونات النسخة بعد سطر خاصية "النسخة الأصلية" وقبل أي سطر نسخة أصلية آخر). في GFF3، يجب أن تكون جميع الخصائص وعلاقاتها متوافقة مع المعايير الصادرة عن مشروع علم تسلسل الجينات .
4يبدأبداية جينومية للميزة، مع إزاحة قاعدة واحدة . وهذا يختلف عن تنسيقات التسلسل نصف المفتوحة الأخرى ذات الإزاحة الصفرية، مثل BED .
5نهايةنهاية الجينوم للميزة، مع إزاحة قاعدة واحدة . هذه هي نفس إحداثية النهاية كما هي في تنسيقات التسلسل نصف المفتوح ذات الإزاحة الصفرية، مثل BED .
6نتيجةقيمة عددية تشير عمومًا إلى مدى ثقة المصدر في الميزة المُعلَّقة. تُستخدم قيمة "." (نقطة) لتحديد قيمة فارغة.
7خيطحرف واحد يشير إلى اتجاه السلسلة في السمة. يمكن أن يكون هذا الحرف "+" (موجب، أو 5'->3')، أو "-" (سالب، أو 3'->5')، أو "." (غير محدد)، أو "؟" للسمات ذات السلاسل ذات الصلة ولكن غير المعروفة.
8مرحلةمرحلة خصائص مقايضة مخاطر الائتمان؛ يمكن أن تكون إحدى القيم التالية: 0 أو 1 أو 2 (لخصائص مقايضة مخاطر الائتمان) أو "." (لغيرها). راجع القسم أدناه للحصول على شرح مفصل.
9صفاتقائمة بأزواج الوسوم والقيم مفصولة بفاصلة منقوطة مع معلومات إضافية حول الميزة.

المجال الثامن: مرحلة ميزات نظام المفاضلة الديناميكية المشتركة

ببساطة، تعني CDS "تسلسل الحمض النووي المشفر". ويُحدد المعنى الدقيق لهذا المصطلح بواسطة علم تسلسل الحمض النووي (SO). وفقًا لمواصفات GFF3 : [ 2 ] [ 3 ]

بالنسبة للميزات من نوع "CDS"، تشير المرحلة إلى موضع بداية الميزة بالنسبة لإطار القراءة. وتكون المرحلة أحد الأعداد الصحيحة 0 أو 1 أو 2، مما يدل على عدد القواعد التي يجب إزالتها من بداية هذه الميزة للوصول إلى القاعدة الأولى من الكودون التالي.

التوجيهات الوصفية

في ملفات GFF، يمكن تضمين معلومات وصفية إضافية، وتأتي بعد التوجيه ##. يمكن أن تتضمن هذه المعلومات الوصفية تفاصيل إصدار GFF، أو منطقة التسلسل، أو النوع (يمكن الاطلاع على القائمة الكاملة لأنواع البيانات الوصفية في مواصفات علم التسلسل ).

برنامج GFF

الخوادم

الخوادم التي تُنشئ هذا التنسيق:

الخادمملف مثال
يوني بروت

العملاء

العملاء الذين يستخدمون هذا التنسيق:

اسموصفروابط
جي براوزعارض الجينوم GMODتمت أرشفة GBrowse بتاريخ 28 مارس 2019 على موقع Wayback Machine.
مجلس إدارة الاستثمارمتصفح الجينوم المتكاملمتصفح الجينوم المتكامل
جالفيومحرر وعارض لمحاذاة التسلسلات المتعددةجالفيو
حزامتحديد خصائص التسلسل في عمليات المحاذاة المتعددة. مثال على المخرجات:
جيه براوزJBrowse هو متصفح جينومي سريع وقابل للتضمين، تم بناؤه بالكامل باستخدام JavaScript وHTML5JBrowse.org
زينبونظام تعاوني لتكامل بيانات علم الجينوم والتصور التفاعلي

تصديق

يستضيف مشروع modENCODE أداة للتحقق من صحة GFF3 عبر الإنترنت بحدود سخية تبلغ 286.10 ميجابايت و15 مليون سطر .

تحتوي مجموعة برامج Genome Tools على أداة gff3validator التي يمكن استخدامها دون اتصال بالإنترنت للتحقق من صحة ملفات GFF3 وربما تنظيفها. كما تتوفر خدمة التحقق عبر الإنترنت .

انظر أيضاً

مراجع

  1. ↑ "تنسيق ملف GFF/GTF" . Ensembl . مؤرشف من الأصل بتاريخ 15-06-2022 . تم الاطلاع عليه بتاريخ 04-11-2023 .
  2. ↑ "مواصفات GFF3" . GitHub . 2018-11-24. مؤرشف من الأصل في 2023-07-04.
  3. ↑ "GFF3" . GMOD . 2016-07-12. مؤرشف من الأصل في 2023-08-25.