مؤشر البروتين الدولي
يُعدّ فهرس البروتين الدولي (IPI) قاعدة بيانات بروتينية متوقفة عن العمل ، أُطلقت عام 2001 من قِبل المعهد الأوروبي للمعلوماتية الحيوية (EBI)، وأُغلقت عام 2011. وكان الغرض منها تزويد مجتمع علم البروتينات بمورد يمكّن
- أرقام الوصول من مجموعة متنوعة من قواعد بيانات المعلوماتية الحيوية المراد ربطها
- مجموعة كاملة من البروتينات لنوع معين، أي مجموعة مرجعية
في نسختها الأخيرة، احتوت قاعدة بيانات IPI على مجموعات مرجعية كاملة لستة أنواع حيوانية: الإنسان ( Homo sapiens )، والفأر ( Mus musculus )، والجرذ ( Rattus norvegicus )، والماشية ( Bos taurus )، والدجاج ( Gallus gallus ) ، وسمك الزيبرا ( Danio rerio )؛ ونوع نباتي واحد: نبات الرشاد ( Arabidopsis thaliana ). وكانت مجموعات بيانات الإنسان والفأر والجرذ أول ما تم تطويره، حيث جمعت معلومات من قواعد بيانات Swiss-Prot و TrEMBL و Ensembl و RefSeq . [ 1 ]
تاريخ
في عام ٢٠٠١، عند إطلاق مبادرة البروتينات الدولية (IPI)، كانت قواعد البيانات التي تُفهرس الجينات البشرية متباينة بشكل كبير، وتفتقر إلى روابط كافية فيما بينها. ومنذ ذلك الحين، تم إنتاج كميات هائلة من البيانات، مما أتاح صورة أكثر شمولاً، وتعاونت قواعد البيانات لمزامنة البيانات. حاليًا، تمتلك العديد من الكائنات النموذجية مجموعة مرجعية من الجينات/البروتينات المفهرسة في Ensembl و UniProt على التوالي، بالإضافة إلى قواعد بيانات أخرى خاصة بكل نوع. ونظرًا لهذا التكرار، تم إيقاف مبادرة البروتينات الدولية (IPI) في عام ٢٠١١. وقد نصح المعهد الأوروبي للمعلوماتية الحيوية (EBI) مستخدمي خدماته باستخدام أرقام الوصول في UniProtKB كمعرفات للبروتينات.
مراجع
- ↑ كيرسي بي جيه، دوارتي جيه، ويليامز إيه، كارافيدوبولو واي، بيرني إي، أبوايلر آر (يوليو 2004). "الفهرس الدولي للبروتينات: قاعدة بيانات متكاملة لتجارب علم البروتينات". علم البروتينات . 4 (7): 1985-1988 . doi : 10.1002/pmic.200300721 . PMID 15221759. S2CID 17199787 .
روابط خارجية
- قواعد بيانات البروتين
- علم البروتينات
- قواعد البيانات في المملكة المتحدة
- أرقام الفهرس
- مزامنة البيانات
- العلوم والتكنولوجيا في كامبريدجشير
- مقاطعة جنوب كامبريدجشير
