قائمة قواعد بيانات الحمض النووي الريبوزي الطويل غير المشفر

📅 آخر تحديث: ٣١ يوليو ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٣١ يوليو ٢٠٢٦
الموسوعة الحرة

هذه قائمة بقواعد بيانات الحمض النووي الريبوزي الطويل غير المشفر ، والتي توفر معلومات حول الحمض النووي الريبوزي الطويل غير المشفر . [ 1 ] [ 2 ]

قواعد بيانات الحمض النووي الريبي الطويل غير المشفر

اسموصفمراجع
ديب بيستحديد وتعبير وتطور ووظيفة الحمض النووي الريبي الطويل غير المشفر (LncRNAs) والحمض النووي الريبي الصغير والحمض النووي الريبي الدائري من بيانات التسلسل العميق[ 3 ]
موسوعة LNCipediaمجموعة شاملة من الحمض النووي الريبي الطويل غير المشفر البشري .[ 4 ] [ 5 ]
قاعدة بيانات lncRNAقاعدة البيانات المرجعية للحمض النووي الريبي الطويل غير المشفر الوظيفي.[ 6 ]
تمت أرشفة LncRNAWiki بتاريخ 18 مايو 2021 على موقع Wayback Machine .منصة ويكي قابلة للتعديل بشكل عام ومفتوحة المحتوى لتنظيم مجتمعي للحمض النووي الريبي الطويل غير المشفر البشري (lncRNAs).[ 7 ]
كتاب إلكترونيمجموعة شاملة تضم 270,044 من الحمض النووي الريبوزي الطويل غير المشفر البشري، وتنسيق منهجي لبيانات الحمض النووي الريبوزي الطويل غير المشفر من خلال تكامل بيانات متعددة الأوميات، وتحديد الوظائف، وربطها بالأمراض.[ 8 ]
MONOCLdbتوفر قاعدة بيانات MOuse NOnCode Lung الشروحات وملفات تعريف التعبير الخاصة بالحمض النووي الريبي الطويل غير المشفر (lncRNAs) للفأر والمتورط في عدوى الإنفلونزا وفيروس SARS-CoV .[ 9 ]
غير مشفرقاعدة بيانات معرفية متكاملة مخصصة للـ ncRNAs، وخاصة lncRNAs[ 10 ]
lncRNomeقاعدة معرفية شاملة وقابلة للبحث ذات توجه بيولوجي للحمض النووي الريبي الطويل غير المشفر في البشر.
NREDقاعدة بيانات لتعبير الحمض النووي الريبي الطويل غير المشفر.[ 11 ]
سي-إت-لوسيأداة لاستكشاف ومقارنة أنماط التعبير الجيني للمواقع المحفوظة بين مختلف الأنسجة في ثلاثة كائنات حية

[ 12 ]

الميتانوسكريبتومفهرس لنسخ الحمض النووي الريبوزي البشري الطويل متعدد الأدينيلات، مستمد من التحليل الحاسوبي لبيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي عالي الإنتاجية لأكثر من 6500 عينة، تغطي أنواعًا مختلفة من السرطان والأنسجة .[ 13 ]
متصفح سلنكي إيفولوشنيحتوي هذا الموقع على محاذاة ومقاييس تطورية للـ lncRNAs المحفوظة.[ 14 ]
تعداد سرطان الحمض النووي الريبي الطويل غير المشفر (CLC)قاعدة بيانات للحمض النووي الريبي الطويل غير المشفر المتورط بشكل سببي في السرطان من خلال الأدلة الموجودة في الجسم الحي ، وفي المختبر ، وغيرها من الأدلة.[ 15 ]
BIGTranscriptomeثقة عالية في تجميع النسخ المشفرة وغير المشفرة باستخدام مئات من مجموعات بيانات RNA-seq ذات الخيوط الزائفة والخيوط.[ 16 ]
lncRNAKBقاعدة معرفية للتعليقات الوظيفية الخاصة بالأنسجة وارتباط السمات بالحمض النووي الريبي الطويل غير المشفر[ 17 ]
lncHUB2التنبؤات الوظيفية للحمض النووي الريبي الطويل غير المشفر لدى الإنسان والفأر بناءً على ارتباطات التعبير المشترك بين الحمض النووي الريبي الطويل غير المشفر والجين.[ 18 ]

مراجع

  1. ↑ رين، جيه إل ؛ تشانغ، إتش واي (2012). "تنظيم الجينوم بواسطة الحمض النووي الريبي الطويل غير المشفر" . المراجعة السنوية للكيمياء الحيوية . 81 : 145-166 . doi : 10.1146/annurev-biochem-051410-092902 . PMC 3858397. PMID 22663078 .  
  2. ↑ مارتن، ل.؛ تشانغ، هـ.ي. (2012). "الكشف عن دور "المادة المظلمة" الجينومية في الأمراض البشرية" . مجلة التحقيقات السريرية . 122 (5): 1589-1595 . doi : 10.1172/JCI60020 . PMC 3336981. PMID 22546862 .  
  3. ↑ Zheng, LL; Li, JH; Wu, J; Sun, WJ; Liu, S; Wang, ZL; Zhou, H; Yang, JH; Qu, LH (4 يناير 2016). "deepBase v2.0: تحديد وتعبير وتطور ووظيفة الحمض النووي الريبوزي الصغير، والحمض النووي الريبوزي غير المشفر الطويل، والحمض النووي الريبوزي الدائري من بيانات التسلسل العميق" . Nucleic Acids Research . 44 (D1): D196–202. doi : 10.1093/nar/gkv1273 . PMC 4702900. PMID 26590255 .  
  4. ↑ فولدرز، ب. -ج.؛ هيلسينز، ك.؛ وانغ، إكس.؛ مينتين، ب.؛ مارتنز، ل.؛ جيفيرت، ك.؛ فانديسومبيل، ج.؛ ميستداغ، ب. (2012). "LNCipedia: قاعدة بيانات لتسلسلات وبنى نسخ الحمض النووي الريبوزي الطويل غير المشفر البشري المشروحة" . أبحاث الأحماض النووية . 41 (عدد قواعد البيانات): D246– D251. doi : 10.1093/nar/gks915 . PMC 3531107. PMID 23042674 .  
  5. ^ فولدرز، بيجاي. فيرهيجن ، ك. مينشارت، ج. فانديبويل ، ك. مارتنز، إل؛ فانديسومبيلي، J؛ مستداغ، ف (2015). "تحديث على LNCipedia: قاعدة بيانات لتسلسلات lncRNA البشرية المشروحة" . أبحاث الأحماض النووية . 43 (إصدار قاعدة البيانات): D174–180. دوى : 10.1093/نار/gku1060 . بمك 4383901 . بميد 25378313 .  
  6. ↑ أمارال، ب.ب.؛ كلارك، م.ب.؛ جاسكوين، د.ك.؛ دينجر، م.إ.؛ ماتيك، ج.س. (2010). "LncRNAdb: قاعدة بيانات مرجعية للحمض النووي الريبوزي الطويل غير المشفر" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 39 (عدد قواعد البيانات): D146– D151. doi : 10.1093/nar/gkq1138 . PMC 3013714. PMID 21112873 .  
  7. ↑ ما، لينا؛ لي، آنغ؛ زو، دونغ؛ شو، شينغجيان؛ شيا، لين؛ يو، جون؛ باجيتش، فلاديمير ب.؛ تشانغ، تشانغ (2015). "LncRNAWiki: تسخير معارف المجتمع في التنسيق التعاوني للحمض النووي الريبوزي الطويل غير المشفر البشري" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 43 (عدد قواعد البيانات): D187– D92. doi : 10.1093/nar/gku1167 . PMC 4383965. PMID 25399417 .  
  8. ↑ ما، لينا؛ كاو، جياباو؛ ليو، لين؛ دو، تشيانغ؛ لي، تشاو؛ زو، دونغ؛ باجيتش، فلاديمير ب.؛ تشانغ، تشانغ (2019). "LncBook: قاعدة بيانات مُنسقة للحمض النووي الريبوزي الطويل غير المشفر البشري" . أبحاث الأحماض النووية . 47 (عدد قواعد البيانات): D128– D134. doi : 10.1093/nar/gky960 . PMC 6323930. PMID 30329098 .  
  9. ↑ جوسيت إل، تشيتشيك إن، غرالينسكي إل إي، فيريس إم تي، إيسفيلد إيه جيه، غرين آر آر؛ وآخرون (2014). "تحليل الحمض النووي الريبوزي الطويل غير المشفر المُعبَّر عنه في فئران مؤسسة متقاطعة تعاونية استجابةً لعدوى فيروسات الجهاز التنفسي يكشف عن فئة جديدة من النسخ المحفزة بالإنترفيرون" . بيولوجيا الحمض النووي الريبوزي . 11 (7): 875-90 . doi : 10.4161/rna.29442 . PMC 4179962. PMID 24922324 .   {{cite journal}}: صيانة CS1: أسماء متعددة: قائمة المؤلفين ( رابط )
  10. ↑ بو، د.؛ يو، ك.؛ صن، س.؛ شي، س.؛ سكوجربو، ج.؛ مياو، ر.؛ شياو، هـ.؛ لياو، ك.؛ لو، هـ.؛ تشاو، ج.؛ تشاو، هـ.؛ ليو، ز.؛ ليو، س.؛ تشين، ر.؛ تشاو، ي. (2011). "NONCODE v3.0: شرح تكاملي للحمض النووي الريبي الطويل غير المشفر" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 40 (عدد قواعد البيانات): D210– D215. doi : 10.1093/nar/gkr1175 . PMC 3245065. PMID 22135294 .  
  11. ↑ دينجر، إم إي؛ بانج، كيه سي؛ ميرسر، تي آر؛ كرو، إم إل؛ جريموند، إس إم؛ ماتيك، جيه إس (2009). "NRED: قاعدة بيانات لتعبير الحمض النووي الريبوزي الطويل غير المشفر" . أبحاث الأحماض النووية . 37 (عدد قواعد البيانات): D122– D126 . doi : 10.1093/nar/gkn617 . PMC 2686506. PMID 18829717 .  
  12. ↑ ويريك، ت.؛ ديفيد، ج.؛ ستيفاني، د.؛ أوشيدا، س. (2015). "C-It-Loci: قاعدة بيانات معرفية للمواقع الغنية بالأنسجة" . المعلوماتية الحيوية . 31 (21): 3537-3543 . doi : 10.1093/bioinformatics/btv410 . PMID 26163692 . 
  13. ↑ آير، ماثيو ك.؛ نيكنافس، يشار س.؛ مالك، روهيت؛ سينغال، أوديت؛ ساهو، أنيربان؛ هوسونو، ياسويوكي؛ باريت، تيرينس ر.؛ برينسنر، جون ر.؛ إيفانز، جوزيف ر. (مارس 2015). "مشهد الحمض النووي الريبوزي الطويل غير المشفر في النسخ الجيني البشري" . علم الوراثة الطبيعية . 47 (3): 199-208 . doi : 10.1038/ng.3192 . ISSN 1546-1718 . PMC 4417758. PMID 25599403 .   
  14. ↑ تشين، جيني؛ شيشكين، ألكسندر أ.؛ تشو، شياوبينغ؛ قدري، صباح؛ مازا، إيتاي؛ غوتمان، ميتشل؛ حنا، جاكوب هـ.؛ ريغيف، أفيف؛ غاربر، مانويل (2016-02-02). "التحليل التطوري عبر الثدييات يكشف عن فئات متميزة من الحمض النووي الريبي الطويل غير المشفر" . علم الأحياء الجينومي . 17 19. doi : 10.1186/s13059-016-0880-9 . ISSN 1474-760X . PMC 4739325. PMID 26838501 .   
  15. ^ كارليفارو فيتا، جوانا. لانزوس، أندريس؛ فيورباخ، لارس؛ هونغ تشن. ماس بونتي، ديفيد؛ سكو بيدرسن، جاكوب؛ جونسون، روري (2020). "تعداد LncRNA للسرطان يكشف عن دليل على الحفظ الوظيفي العميق للـ RNA الطويلة غير المشفرة في تكوين الأورام" . بيولوجيا الاتصالات . 3 (1): 56. دوى : 10.1038/s42003-019-0741-7 . بمك 7002399 . بميد 32024996 .  
  16. ↑ يو، بو هيون؛ يون، سانغ هو؛ نام، جين وو (2017-06-01). "خرائط النسخ الجيني عالية الموثوقية للمناطق المشفرة وغير المشفرة" . أبحاث الجينوم . 27 (6): 1050-1062 . doi : 10.1101/gr.214288.116 . ISSN 1088-9051 . PMC 5453319. PMID 28396519 .   
  17. ↑ سيف الدين، فياض؛ سينغ، كومودي؛ سوريش، أبهيلاش؛ جودي، جينيفر ت.؛ تشين، يون تشينغ؛ تشايتانكار، فيجيندر؛ تونج، إيلكر؛ روان، شيانغبو؛ بينغ، لي؛ تشين، يي؛ كاو، هايمينغ؛ لي، ريتشارد س.؛ غويس، فرناندو س.؛ زاندي، بيتر ب.؛ جعفري، م. ساليت؛ بيروزنيا، مهدي (2020-10-05). "lncRNAKB، قاعدة بيانات للتوصيف الوظيفي الخاص بالأنسجة وارتباط الصفات بالحمض النووي الريبي الطويل غير المشفر" . البيانات العلمية . 7 (1) 326: 326. Bibcode : 2020NatSD...7..326S . doi : 10.1038/s41597-020-00659-z . PMC 7536183 . PMID 33020484 .  
  18. ^ مارينو، جياكومو ب. فويتشيتشوفيتش ، ميغان إل . كلارك، دانييل جيه بي؛ كوليشوف مكسيم الخامس. شيه، Zhuorui. جيون، مينجي؛ لاكمان، الكسندر. معيان، آفي (2023-03-04). "lncHUB2: المعرفة المجمعة والمستنتجة حول lncRNAs البشرية والماوس" . قاعدة البيانات . 2023 بعاد009. دوى : 10.1093/قاعدة البيانات/baad009 . ردمك 1758-0463 . بمك 9985331 . بميد 36869839 .