علم التخلق الجيني NCBI

📅 آخر تحديث: ١ أغسطس ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ١ أغسطس ٢٠٢٦
الموسوعة الحرة

كانت قاعدة بيانات علم التخلق في المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية قاعدة بيانات لمجموعات بيانات علم التخلق على مستوى الجينوم الكامل . [ 1 ] وقد تم إيقاف تشغيلها في 1 يونيو 2016.

قاعدة بيانات علم الجينوم اللاجيني

أُطلقت قاعدة بيانات علم التخلق الجيني التابعة للمركز الوطني لمعلومات التقانة الحيوية (NCBI) في المعاهد الوطنية للصحة (NIH) في يونيو 2010 كوسيلة لجمع خرائط التعديلات فوق الجينية وتكرارها في جميع أنحاء الجينوم البشري. [ 2 ] توفر هذه القاعدة موردًا متاحًا للعموم لخرائط الخلايا الجذعية والأنسجة الأولية خارج الجسم الحي ، والتي تُفصّل المشهد الجينومي الكامل للعوامل فوق الجينية التي تحدث في النمو البشري والأمراض. [ 1 ]

محتوى قاعدة بيانات علم التخلق

تُستمد المصادر الأساسية لمحتوى قاعدة بيانات علم التخلق من قاعدتي بيانات أرشيفيتين في المركز الوطني لمعلومات التقانة الحيوية (NCBI): قاعدة بيانات التعبير الجيني (GEO) وقاعدة بيانات تسلسل القراءة (SRA). [ 1 ] تُعد قاعدة بيانات التعبير الجيني نظام بيانات لبيانات الجينوم عالية الإنتاجية، والتي تُنتج باستخدام تقنيات المصفوفات الدقيقة وتقنيات التسلسل من الجيل التالي . [ 3 ] تتكون البيانات المستخدمة في قاعدة بيانات علم التخلق من مزيج من مجموعات فرعية من GEO وSRA، وهي بيانات خاصة بالعوامل فوق الجينية. تخضع هذه البيانات لمراجعة إضافية، ويتم تنظيمها بطريقة يسهل الوصول إليها قبل إضافتها إلى قاعدة بيانات علم التخلق. [ 1 ]

استخدام قاعدة البيانات

تُعرض جميع التجارب والعينات المقابلة لها في قاعدة بيانات علم التخلق في المتصفح الافتراضي. اعتبارًا من أكتوبر 2013، تضم قاعدة البيانات 4112 تجربة و1257 عينة. [ 4 ] وتشمل قاعدة البيانات خمسة أنواع مدروسة، بالإضافة إلى العديد من مسارات البيانات المتاحة، بما في ذلك التعبير عن الحمض النووي الريبوزي الميكروي والصغير ، وتعديل الهيستون وإنزيمات تعديل الهيستون، وإمكانية الوصول إلى الكروماتين والعوامل المرتبطة به، وعوامل النسخ . [ 1 ] ومن الأمثلة على ذلك دراسة بعض العوامل فوق الجينية في ذبابة الفاكهة (دروسوفيلا ميلانوجاستر) في المرحلة الجنينية التي تتراوح بين 20 و24 ساعة. [ 5 ]

يحتوي متصفح قاعدة بيانات علم الجينوم على سجلين بحث أساسيين، وهما "التجارب" و"العينات".

يشير سجل البحث عن التجارب إلى تجربة واحدة أو أكثر ذات أهداف علمية محددة. [ 1 ] هنا، يمكن للمستخدم استرجاع معلومات كاملة عن مصدر البيانات. تشمل هذه المعلومات المؤسسة التي قدمت البيانات، وروابط إلى عمليات إرسال البيانات الأصلية في GEO وSRA، وروابط إلى المراجع العلمية في PubMed و/أو المقالات كاملة النص في PubMed. [ 1 ] تحتوي سجلات التجارب على رقم وصول فريد يتضمن البادئة 'ESS'. [ 1 ]

يُطابق سجل البحث عن العينة المادة البيولوجية التي تم فحصها في تجربة معينة في قاعدة البيانات، ويُقدم تفاصيل حول خصائص المصدر بقيم من مفردات مُوحدة. [ 1 ] يتوفر أكثر من 20 حقلاً للخصائص البيولوجية، من بينها: السلالة، والصنف، والنمط البيئي، والفرد، والجنس، والعمر، والمرحلة النمائية، وخط الخلية، ونوع الخلية، ونوع النسيج، والحالة الصحية. [ 1 ]

موارد مساعدة في التنقل واستخدام قواعد البيانات

تتوفر العديد من الموارد عبر الإنترنت للمساعدة في تصفح واستخدام قاعدة بيانات علم التخلق. يحتوي قسم "مساعدة علم التخلق" في دليل المساعدة الخاص بالمركز الوطني لمعلومات التقانة الحيوية (NCBI) على معلومات حول قاعدة البيانات القابلة للبحث، ويوفر للمستخدم أدوات لاستخدامها وإدارتها وتنزيلها وتحميلها وتصفحها. [ 6 ] كما توجد أدلة لتصفح قاعدة البيانات موجهة لباحثين محددين ومجالات دراسية معينة، مثل أبحاث الخلايا الجذعية. [ 7 ]

مشروع خارطة الطريق لعلم التخلق

في عام ٢٠٠٧، أطلقت المعاهد الوطنية للصحة (NIH) مشروع خارطة طريق علم التخلق . يهدف المشروع إلى تطوير خرائط مرجعية متاحة للعموم لعلم التخلق من أنواع خلايا متنوعة. [ ١ ] تهدف هذه الخرائط إلى توفير موارد لدراسات الأحداث التخلقية التي تُشكل أساس التطور البشري والتنوع والأمراض. [ ٨ ] للاطلاع على جهود مماثلة، يُرجى مراجعة مشروع ENCODE (موسوعة عناصر الحمض النووي)، الذي تُكمل مبادراته مشروع خارطة طريق علم التخلق. [ ٩ ]

الإبيجينوم

يتكون الإبيجينوم من سجل للتغيرات الكيميائية التي تطرأ على الحمض النووي (DNA) وبروتينات الهيستون في الكائن الحي. تؤثر هذه التغيرات الكيميائية على التعبير الجيني في أنواع أنسجة متعددة ومراحل نمو مختلفة. [ 10 ] تشمل هذه التغيرات الإبيجينية طرقًا لتعديل التعبير الجيني دون تغيير تسلسل الحمض النووي الأساسي؛ ومنها مثيلة الحمض النووي ، وكبت الجينات ، وبنية الكروماتين ، [ 11 ] بالإضافة إلى دور الحمض النووي الريبوزي غير المشفر . [ 12 ]

انظر أيضاً

مراجع

  1. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 فينغرمان، إيان م؛ ماكدانيال لي؛ تشانغ شوان؛ راتزات والتر؛ حسن طارق؛ جيانغ تشيفانغ؛ كوهين روبرت ف؛ شولر غريغوري د (يناير 2011). "علم التخلق الجيني في المركز الوطني لمعلومات التقانة الحيوية: مورد عام جديد لاستكشاف مجموعات بيانات علم التخلق الجيني" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 39 (عدد قواعد البيانات): D908–12. doi : 10.1093/nar/gkq1146 . PMC 3013719. PMID 21075792 .  
  2. ↑ "نظرة عامة" . المعاهد الوطنية للصحة . مكتب التنسيق الاستراتيجي - الصندوق المشترك . تم الاطلاع عليه بتاريخ 22 سبتمبر 2013 .{{cite web}}: CS1 maint: deprecated archiveal service ( link )
  3. ↑ سايرز، إي دبليو؛ وآخرون . (يناير 2010). "موارد قواعد بيانات المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية" . أبحاث الأحماض النووية . 38 (عدد قواعد البيانات): D5–16. doi : 10.1093/nar/ gkp967 . PMC 2808881. PMID 19910364 .   
  4. ↑ "قاعدة بيانات علم التخلق" . مؤرشفة من الأصل في 1 يوليو 2010. تم الاطلاع عليها في 20 أكتوبر 2013 .
  5. ↑ نيغري، ن؛ موريسون، ك.أ؛ شاه، ب.ك؛ بيلد، ن.أ؛ وايت، ك.ب (12 مايو 2009). "خرائط على مستوى الجينوم لحالة الكروماتين في أجنة ذبابة الفاكهة في مراحل نموها المختلفة، ChIP-seq" . ModENCODE . GSE16013 . تم الاطلاع عليه بتاريخ 17 نوفمبر 2013 .
  6. ↑ بيثيسدا (ماريلاند) (2010). مساعدة علم التخلق . المكتبة الوطنية الأمريكية للطب: المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية (الولايات المتحدة).
  7. ↑ كارنيك، ر؛ ميسنر، أ. (3 يوليو 2013). "استعراض (الإبيجينومات): دليل لموارد البيانات ومتصفحات الإبيجينوم لباحثي الخلايا الجذعية" . خلية جذعية . 13 (1): 14-21 . doi : 10.1016/j.stem.2013.06.006 . PMC 3750740. PMID 23827707 .  
  8. ^ بيرنشتاين، برادلي إي ؛ جون ستاماتويانوبولوس ; جوزيف إف كوستيلو؛ بنج رن؛ ألكسندر ميلوسافلجيفيتش؛ ألكسندر ميسنر؛ مانوليس كيليس ؛ ماركو مارا ; آرثر إل بوديت ؛ جوزيف آر إيكر ; بيجي جي فارنهام؛ مارتن هيرست؛ إريك إس لاندر ؛ تارجي إس ميكلسن؛ جيمس طومسون (13 أكتوبر 2010). “اتحاد رسم خرائط خريطة الطريق للجينوميات في المعاهد الوطنية للصحة” . التكنولوجيا الحيوية الطبيعية . 28 (10): 1045-1048 . دوى : 10.1038/nbt1010-1045 . بمك 3607281 . بميد 20944595 .  
  9. ↑ مشروع Encode، اتحاد (22 أكتوبر 2004). "مشروع ENCODE (موسوعة عناصر الحمض النووي)" (ملف PDF) . مجلة ساينس . 306 (5696): 636-640 . Bibcode : 2004Sci...306..636E . doi : 10.1126/science.1105136 . PMID 15499007. S2CID 22837649 .  
  10. ↑ بيرنشتاين، برادلي إي ؛ ألكسندر مايسنر؛ إريك إس. لاندر (19 ديسمبر 2011). "الجينوم فوق الجيني للثدييات" . الخلية . 4. 128 (4): 669-681 . doi : 10.1016/j.cell.2007.01.033 . PMID 17320505 . 
  11. ↑ روسو، فينتشنزو إي إيه؛ روبرت أ. مارتينسن؛ آرثر د. ريغز (1996). الآليات اللاجينية لتنظيم الجينات . مطبعة مختبر كولد سبرينغ هاربور. ص. ملخص. ISBN  978-0-87969-490-6.
  12. ↑ كوستا، فابريسيو ف. (29 فبراير 2008). "الحمض النووي الريبوزي غير المشفر، وعلم التخلق، والتعقيد". جين . 410 (1): 9-17 . doi : 10.1016/j.gene.2007.12.008 . PMID 18226475 .