أرشيف قراءة التسلسل

الموسوعة الحرة

يُعدّ أرشيف قراءات التسلسل ( SRA ، المعروف سابقًا باسم أرشيف القراءات القصيرة ) قاعدة بيانات معلوماتية حيوية توفر مستودعًا عامًا لبيانات تسلسل الحمض النووي ، وخاصة "القراءات القصيرة" الناتجة عن التسلسل عالي الإنتاجية ، والتي يقل طولها عادةً عن 1000 زوج قاعدي . [ 1 ] ويُعدّ هذا الأرشيف جزءًا من التعاون الدولي لقواعد بيانات تسلسل النيوكليوتيدات (INSDC)، ويُدار بالتعاون بين المركز الوطني لمعلومات التقانة الحيوية (NCBI)، والمعهد الأوروبي للمعلوماتية الحيوية (EBI)، وبنك بيانات الحمض النووي في اليابان (DDBJ).

أنشأ المركز الوطني لمعلومات التقانة الحيوية (NCBI) هذا الأرشيف عام 2007 ليكون بمثابة مستودع للبيانات الناتجة عن دراسات تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq) وتسلسل الحمض النووي المرتبط بالبروتين (ChIP-Seq) ، بالإضافة إلى الدراسات واسعة النطاق، بما في ذلك مشروع الميكروبيوم البشري ومشروع الألف جينوم . [ 1 ] [ 2 ] كان يُعرف في الأصل باسم "أرشيف القراءات القصيرة"، ثم تم تغيير اسمه تحسبًا لقدرة تقنيات التسلسل المستقبلية على إنتاج قراءات تسلسلية أطول. [ 3 ]

شهدت قاعدة بيانات SRA نموًا سريعًا منذ عام 2008. [ 4 ] اعتبارًا من عام 2011، تم إنتاج معظم بيانات تسلسل SRA بواسطة محلل الجينوم من شركة Illumina . [ 5 ]

ازداد حجم البيانات المودعة في أرشيف قراءات التسلسل (SRA) بشكلٍ سريع. ففي سبتمبر 2010، كانت 65% من بيانات الأرشيف عبارة عن تسلسلات جينومية بشرية ، بينما شكلت 16% أخرى قراءات تسلسلات الميتاجينوم البشري. [ 6 ] وقد أُودعت معظم هذه البيانات من خلال مشروع الألف جينوم. وفي يونيو 2011، تجاوز حجم البيانات الموجودة في أرشيف قراءات التسلسل 100 تيرابايت من الحمض النووي. [ 2 ]

يُفضّل استخدام تنسيق BAM للبيانات المُقدّمة إلى قاعدة بيانات SRA ، فهو قادر على تخزين القراءات المُحاذية وغير المُحاذية. [ 6 ] وتعتمد قاعدة بيانات SRA داخليًا على مجموعة أدوات NCBI SRA، المُستخدمة في جميع قواعد بيانات INSDC الأعضاء الثلاث، لتوفير ضغط بيانات مرن ، وإمكانية الوصول إلى واجهة برمجة التطبيقات (API) ، والتحويل إلى تنسيقات أخرى مثل FASTQ . [ 5 ]

أعلن المركز الوطني لمعلومات التقانة الحيوية (NCBI) عن خطته لإغلاق قاعدة بياناته (SRA) في فبراير 2011 بسبب انخفاض التمويل. [ 2 ] [ 7 ] ومع ذلك، أعلن كل من المعهد الأوروبي للمعلوماتية الحيوية (EBI) وقاعدة بيانات البيانات الرقمية اليابانية (DDBJ) أنهما سيواصلان دعم قاعدة البيانات. [ 8 ] وفي أكتوبر 2011، أعلن المركز الوطني لمعلومات التقانة الحيوية (NCBI) استمرار تمويل قاعدة البيانات. [ 2 ]

يُعدّ إيداع البيانات في قاعدة بيانات تسلسل الحمض النووي (SRA) شرطًا أساسيًا لدى معظم جهات التمويل والمجلات ذات الوصول المفتوح . وتشترط مجلات مجموعة Nature Publishing Group إتاحة بيانات تسلسل الحمض النووي (DNA) والحمض النووي الريبوزي (RNA) من خلال قاعدة بيانات تسلسل الحمض النووي (SRA). [ 9 ]

انظر أيضاً

مراجع

  1. 1 2 ويلر، دي إل؛ باريت، تي؛ بنسون، دي إيه؛ براينت، إس إتش؛ كانيسي، كيه؛ تشيتفيرنين، في؛ تشيرش، دي إم؛ ديكوتشيو، إم؛ إدغار، آر؛ فيدرهين، إس؛ فيولو، إم؛ جير، إل واي؛ هيلمبرغ، دبليو؛ كابوستين، واي؛ خوفايكو، أو؛ لاندسمان، دي؛ ليبمان، دي جيه؛ مادن، تي إل؛ ماغلوت، دي آر ؛ ميلر، في؛ أوستيل، جيه؛ برويت، كيه دي؛ شولر، جي دي؛ شومواي، إم؛ سيكويرا، إي؛ شيري، إس تي؛ سيروتكين، كيه؛ سوفوروف، إيه؛ ستارتشينكو، جي؛ تاتوسوف، آر إل؛ تاتوسوفا، تي إيه؛ فاغنر، إل؛ ياشينكو، إي (يناير 2008). "موارد قواعد بيانات المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية" . أبحاث الأحماض النووية . 36 (مشكلة في قاعدة البيانات): D13-21. doi : 10.1093/nar/gkm1000 . PMC 2238880. PMID 18045790 .  
  2. 1 2 3 4 غالبرين، إم واي؛ فرنانديز-سواريز، إكس إم (5 ديسمبر 2011). "إصدار قاعدة بيانات أبحاث الأحماض النووية لعام 2012 ومجموعة قواعد بيانات البيولوجيا الجزيئية على الإنترنت" . أبحاث الأحماض النووية . 40 (D1): D1– D8. doi : 10.1093/nar/gkr1196 . PMC 3245068. PMID 22144685 .  
  3. ↑ أوستيل، جيم (2009). "أرشيف قراءات التسلسل التابع للمركز الوطني لمعلومات التقانة الحيوية: بنية تحتية أساسية تمكينية" . عالم تكنولوجيا المعلومات الحيوية . تم الاسترجاع في 8 يناير 2013 .
  4. ↑ "نظرة عامة على قاعدة بيانات NCBI SRA" . المركز الوطني لمعلومات التقانة الحيوية. 1 يناير 2013. مؤرشف من الأصل في 20 مارس 2012. تم الاطلاع عليه بتاريخ 8 يناير 2013 .
  5. كوداما ، ي.؛ شومواي، م.؛ لينونين، ر. (2011). "أرشيف قراءات التسلسل: النمو الهائل لبيانات التسلسل" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 40 (D1): D54– D56. doi : 10.1093/nar/gkr854 . ISSN 0305-1048 . PMC 3245110. PMID 22009675 .   
  6. 1 2 لينونين ر؛ سوغاوارا هـ؛ شومواي م (يناير 2011). "أرشيف قراءات التسلسل" . أبحاث الأحماض النووية . 39 (عدد قواعد البيانات): D19–21. doi : 10.1093/nar/ gkq1019 . PMC 3013647. PMID 21062823 .  
  7. ↑ فريق التحرير في مجلة علم الأحياء الجينومي (22 مارس 2011). "إغلاق قاعدة بيانات NCBI SRA وتداعياته على مستقبل تخزين بيانات علم الجينوم على المدى البعيد" . علم الأحياء الجينومي . 12 (3): 402. doi : 10.1186/gb-2011-12-3-402 . PMC 3129670. PMID 21418618 .  
  8. ↑ "ستواصل DDBJ أرشفة البيانات الأولية للتسلسل" . www.ddbj.nig.ac.jp. تم الاطلاع عليه بتاريخ 2 سبتمبر 2014 .
  9. ↑ "توافر البيانات والمواد : المؤلفون والمراجعون @ npg" . www.nature.com . تم الاطلاع عليه بتاريخ 2 سبتمبر 2014 .