بروسيت

بروسيت
محتوى
وصف	PROSITE، قاعدة بيانات مجال البروتين للتوصيف الوظيفي والشرح التوضيحي.
اتصال
مركز الأبحاث	المعهد السويسري للمعلوماتية الحيوية
معمل	قسم البيولوجيا البنيوية وعلم المعلومات الحيوية
الاستشهاد الأساسي	رقم PMID 19858104
تاريخ الافراج عنه	1988
وصول
موقع إلكتروني	الموقع الإلكتروني prosite.expasy.org

PROSITE هي قاعدة بيانات بروتينية . ^[1]^[2] وتتكون من إدخالات تصف عائلات البروتين والمجالات والمواقع الوظيفية بالإضافة إلى أنماط الأحماض الأمينية والملفات الشخصية فيها. يتم تنظيمها يدويًا بواسطة فريق من المعهد السويسري للمعلومات الحيوية ودمجها بإحكام في شرح البروتين Swiss-Prot . تم إنشاء PROSITE في عام 1988 بواسطة Amos Bairoch ، الذي أدار المجموعة لأكثر من 20 عامًا. منذ يوليو 2018، أصبح مدير PROSITE وSwiss-Prot هو Alan Bridge.

تتضمن استخدامات PROSITE تحديد الوظائف المحتملة للبروتينات المكتشفة حديثًا وتحليل البروتينات المعروفة بحثًا عن نشاط غير محدد مسبقًا. يمكن نشر خصائص الجينات المدروسة جيدًا إلى الكائنات الحية ذات الصلة بيولوجيًا، ويمكن التنبؤ بالوظائف الكيميائية الحيوية للجينات المختلفة أو غير المعروفة جيدًا من أوجه التشابه. يوفر PROSITE أدوات لتحليل تسلسل البروتين واكتشاف النمط (انظر نمط التسلسل ، أنماط PROSITE ). وهو جزء من خوادم تحليل البروتينات ExPASy .

تعتمد قاعدة البيانات ProRule على أوصاف المجالات الخاصة بـ PROSITE. ^[3] وهي توفر معلومات إضافية حول الأحماض الأمينية المهمة وظيفيًا أو بنيويًا. تحتوي القواعد على معلومات حول البقايا ذات المعنى البيولوجي، مثل المواقع النشطة، أو مواقع ربط الركيزة - أو العوامل المساعدة ، أو مواقع التعديل بعد الترجمة أو روابط ثاني كبريتيد ، للمساعدة في تحديد الوظيفة. يمكن لهذه أن تولد تلقائيًا تعليقات توضيحية بناءً على أنماط PROSITE.

إحصائيات

اعتبارًا من 26 فبراير 2022 ^[تحديث]، يحتوي الإصدار 2022_01 على 1,902 إدخال توثيق، و1,311 نمطًا، و1,336 ملف تعريف، و1,352 ProRules.

انظر أيضا

Uniprot - قاعدة بيانات البروتين العالمية ، وهي مصدر مركزي للمعلومات حول البروتين - ويضيف PROSITE البيانات إليها.
InterPro - قاعدة بيانات مركزية تجمع البيانات من قواعد بيانات عائلات البروتين والمجالات والمواقع الوظيفية - ويأتي جزء من البيانات من PROSITE.
التنبؤ بتوطين البروتين تحت الخلوي - مثال آخر لاستخدام PROSITE.

مراجع

^ De Castro E, Sigrist CJA, Gattiker A, Bulliard V, Langendijk-Genevaux PS, Gasteiger E, Bairoch A, Hulo N (2006). "ScanProsite: detection of PROSITE signature matches and ProRule-associated functionality and structure residues in protein". Nucleic Acids Res . 34 (Web Server issue): W362–365. doi :10.1093/nar/gkl124. PMC 1538847. PMID 16845026 .
^ Hulo N، Bairoch A، Bulliard V، Cerutti L، Cuche B، De Castro E، Lachaize C، Langendijk-Genevaux PS، Sigrist CJA (2007). “20 عامًا من PROSITE”. الدقة الأحماض النووية . 36 (إصدار قاعدة البيانات): D245–9. دوى :10.1093/نار/gkm977. بمك 2238851 . بميد 18003654.
^ Sigrist CJ, De Castro E, Langendijk-Genevaux PS, Le Saux V, Bairoch A, Hulo N (2005). "ProRule: قاعدة بيانات جديدة تحتوي على معلومات وظيفية وبنيوية حول ملفات تعريف PROSITE". Bioinformatics . 21 (21): 4060– 4066. doi :10.1093/bioinformatics/bti614. PMID 16091411.

روابط خارجية

الموقع الرسمي
ProRule — قاعدة بيانات للقواعد استنادًا إلى متنبئات PROSITE

Original text

Rate this translation

Your feedback will be used to help improve Google Translate

[DeCastro2006-1] De Castro E, Sigrist CJA, Gattiker A, Bulliard V, Langendijk-Genevaux PS, Gasteiger E, Bairoch A, Hulo N (2006). "ScanProsite: detection of PROSITE signature matches and ProRule-associated functionality and structure residues in protein". Nucleic Acids Res . 34 (Web Server issue): W362–365. doi :10.1093/nar/gkl124. PMC 1538847. PMID 16845026 .

[Hulo2007-2] Hulo N، Bairoch A، Bulliard V، Cerutti L، Cuche B، De Castro E، Lachaize C، Langendijk-Genevaux PS، Sigrist CJA (2007). “20 عامًا من PROSITE”. الدقة الأحماض النووية . 36 (إصدار قاعدة البيانات): D245–9. دوى :10.1093/نار/gkm977. بمك 2238851 . بميد 18003654.

[Sigrist2005-3] Sigrist CJ, De Castro E, Langendijk-Genevaux PS, Le Saux V, Bairoch A, Hulo N (2005). "ProRule: قاعدة بيانات جديدة تحتوي على معلومات وظيفية وبنيوية حول ملفات تعريف PROSITE". Bioinformatics . 21 (21): 4060– 4066. doi :10.1093/bioinformatics/bti614. PMID 16091411.