التنميط الريبي

التنميط الريبوزي هو تقنية جزيئية لتحديد هوية البكتيريا وتوصيفها، وتعتمد على معلومات من التحليلات التطورية القائمة على الحمض النووي الريبوزي (rRNA) . ^{[ 1 ]} وهي طريقة سريعة ودقيقة تُستخدم على نطاق واسع في التشخيص السريري وتحليل المجتمعات الميكروبية في الأغذية والمياه والمشروبات. ^{[ 1 ]}

تحتوي جميع البكتيريا على جينات ريبوسومية ، لكن التسلسل الدقيق لهذه الجينات فريد لكل نوع، ويعمل كبصمة وراثية. لذلك، فإن تحديد تسلسل جين 16S المحدد ومقارنته بقاعدة بيانات من شأنه أن يؤدي إلى تحديد نوع البكتيريا. ^{[ 2 ]}

تتضمن عملية تحديد النمط الريبي هضم الحمض النووي الجينومي البكتيري باستخدام إنزيمات تقييد محددة . يقوم كل إنزيم تقييد بقطع الحمض النووي عند تسلسل نيوكليوتيدي محدد، مما ينتج عنه شظايا بأطوال مختلفة. ^{[ 3 ]}

تُجرى بعد ذلك عملية الفصل الكهربائي الهلامي لهذه الشظايا ، حيث تُفصل وفقًا لحجمها: يؤدي تطبيق مجال كهربائي على الهلام الذي تُعلق فيه الشظايا إلى تحريكها (جميعها سالبة الشحنة لوجود مجموعات الفوسفات) عبر مادة هلامية باتجاه الطرف الموجب الشحنة للمجال. تتحرك الشظايا الصغيرة بسهولة وسرعة أكبر عبر المادة الهلامية، لتصل إلى مسافة أكبر من نقطة البداية مقارنةً بالشظايا الأكبر حجمًا.

بعد فصل شظايا الحمض النووي في مصفوفة الهلام، تُنقل إلى أغشية نايلون وتُهجّن مع مسبار rRNA موسوم 16S أو 23S . بهذه الطريقة، تُرى فقط الشظايا التي تُشفّر هذا النوع من rRNA ويمكن تحليلها. ^{[ 4 ]} ثم يُحوّل النمط إلى صيغة رقمية ويُستخدم لتحديد مصدر الحمض النووي من خلال مقارنته بالكائنات المرجعية في قاعدة بيانات حاسوبية. ^{[ 1 ]}

من الناحية المفاهيمية، يشبه التنميط الريبي فحص أجزاء التقييد من الحمض النووي الصبغي باستخدام مجسات مستنسخة (مجسات مستنسخة عشوائياً أو مجسات مشتقة من تسلسل ترميز محدد مثل تسلسل عامل الضراوة ). ^{[ 5 ]}

• تحديد النمط الجيني