مصدر معلومات نبات الرشاد

📅 آخر تحديث: ٢ أغسطس ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٢ أغسطس ٢٠٢٦
الموسوعة الحرة

مورد معلومات نبات الرشاد ( TAIR ) هو مورد مجتمعي وقاعدة بيانات على الإنترنت للكائنات النموذجية تحتوي على بيانات بيولوجية وراثية وجزيئية لنبات الرشاد النموذجي Arabidopsis thaliana ، المعروف باسم نبات الرشاد ذي الأذن الفأرية. [ 1 ]

تُدمج قاعدة بيانات TAIR معلوماتٍ حول جينوم نبات الرشاد، وجيناته، ومنتجاته الجينية، ومتغيراته الطبيعية، وأليلاته الطافرة، وأنماطه الظاهرية، بالإضافة إلى الأدبيات البحثية. يُمكن استرجاع البيانات من TAIR باستخدام عمليات بحث بسيطة ومتقدمة، وأدوات الاستعلام والتنزيل المجمعة، ومجموعات من ملفات نصية مُجهزة. يُمكن عرض جينوم نبات الرشاد وشروحاته باستخدام أداتي SeqViewer وGBrowse التفاعليتين. يتولى منسقو البيانات الحيوية في TAIR مسؤولية جمع ودمج البيانات من الأدبيات البحثية (الشرح الوظيفي) [ 2 ] ، بالإضافة إلى مساعدة المجتمع العلمي في استخدام بيانات وأدوات نبات الرشاد. تتعاون TAIR مع اتحاد موارد نبات الرشاد البيولوجية [ 3 ] (ABRC) لتمكين الباحثين من البحث عن مخزونات البذور والحمض النووي وتصفحها وطلبها. تتمثل مهمة ABRC في الحصول على موارد البذور والحمض النووي المفيدة لمجتمع أبحاث نبات الرشاد، وحفظها، وتوزيعها. يضم مجتمع TAIR أكثر من 28000 مستخدم مسجل [ 4 ] ويجذب الموقع الإلكتروني حوالي 60000 زائر فريد شهريًا. [ 5 ]

يتم دعم TAIR وصيانتها من قبل منظمة Phoenix Bioinformatics غير الربحية ، [ 6 ] ويتم تمويلها من خلال الاشتراكات. [ 7 ]

تاريخ تمويل TAIR

منذ تأسيسها عام 1999 وحتى عام 2013، مُوِّلَتْ قاعدة بيانات TAIR بشكل أساسي من قِبَل المؤسسة الوطنية للعلوم (المنحة رقم DBI-0850219). واستجابةً لانتهاء تمويل المؤسسة الوطنية للعلوم، أسّست مجموعة أساسية من موظفي TAIR منظمة Phoenix Bioinformatics غير الربحية [ 6 ] بهدف إيجاد حلول مبتكرة لضمان استدامة قواعد البيانات.

في سبتمبر 2013، وبدعم من شركة فينيكس، تحولت منصة TAIR إلى نظام الإيرادات القائم على الاشتراكات. تُستخدم رسوم الاشتراكات لتمويل عمليات تحديث البيانات المستمرة وتحسين قاعدة بيانات TAIR وأدواتها. توفر TAIR خيارات اشتراك متنوعة للوصول إلى الموارد الكاملة والمحدثة. [ 8 ]

ولضمان وصول أكبر قدر من المجتمع إلى البيانات، وتعزيز إعادة استخدامها، تُتاح البيانات المخصصة للمشتركين فقط في قاعدة بيانات TAIR للجمهور بعد عام واحد من إصدارها الأولي على موقع TAIR. [ 9 ]

إصدارات TAIR

كان جينوم نبات الرشاد (A. thaliana) أول جينوم نباتي يتم تسلسله بالكامل في عام 2000. ومنذ ذلك الحين، يتم تحديث الجينوم ومراجعته بشكل دوري ليعكس التغييرات ويدمج المعلومات الجديدة مع تقدم التكنولوجيا.

  • TIGR1 - بعد نشر تسلسل جينوم Arabidopsis thaliana الأصلي في مجلة Nature في ديسمبر 2000، تم إصدار تحديث مستقل لقاعدة بيانات Arabidopsis في يناير 2001، وتبعه بسرعة تحديثات تدريجية TIGR2-3.
  • TIGR4 - تحديث رئيسي يقدم محاذاة موصولة، وتعليقات UTR، والوصل البديل، تم إصداره في أبريل 2003.

[ 10 ]

  • TIGR5 - الإصدار النهائي من TIGR الذي تم تقديمه في يناير 2004. [ 11 ]
  • TAIR6 - أول منشور لـ TAIR، صدر في نوفمبر 2005
  • TAIR7-10 - تم إصدارها بين عامي 2007 و2010، وقامت بتحديث المواقع الجينية وإضافة جينات مكتشفة حديثًا. تم دمج TAIR10 في GenBank .
  • Araport11 - إعادة شرح كاملة للجينوم بأكمله تم إصدارها في نوفمبر 2016. [ 12 ]
  • TAIR12 - أحدث عملية إعادة ترميز لجينوم نبات رشاد أذن الفأر (Arabidopsis thaliana)، وهي الأولى التي تُنجز دون تمويل منحة. متوفرة تحت رقم الوصول PRJEB100887 في الأرشيف الأوروبي للنيوكليوتيدات (ENA) والمركز الوطني لمعلومات التقانة الحيوية (NCBI)، صدرت في 13 فبراير 2026.

مراجع

  1. ↑ لاميش، ب؛ بيرارديني، ت.ز؛ لي، د؛ سواربريك، د؛ ويلكس، س؛ ساسيدهاران، ر؛ مولر، ر؛ دريهر، ك؛ ألكسندر، د.ل؛ غارسيا-هيرنانديز، م؛ كارتيكيان، أ.س؛ لي، س.هـ؛ نيلسون، و.د؛ بلوتز، ل؛ سينغ، س؛ وينسل، أ؛ هوالا، إ (2012). "مورد معلومات نبات الرشاد (TAIR): تحسين شرح الجينات وأدوات جديدة" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 40 (قاعدة البيانات): D1202-10. doi : 10.1093/nar/ gkr1090 . PMC 3245047. PMID 22140109 .  
  2. ^ بيرارديني، TZ؛ موندودي ، س . ريزر ، إل. هوالا، إي؛ جارسيا هيرنانديز، م؛ تشانغ، ف. مولر، لوس أنجلوس؛ يون، ج؛ دويل، أ؛ لاندر، جي؛ موسيكو ، ن. يو، د؛ شو، أنا؛ زويكلر، ب؛ مونتويا، م؛ ميلر، ن؛ ويمز، د؛ ري، سي (2004). "الشرح الوظيفي لجينوم الأرابيدوبسيس باستخدام المفردات الخاضعة للرقابة" . فسيولوجيا النبات . 135 (2): 745-55 . دوى : 10.1104/pp.104.040071 . بمك 514112 . بميد 15173566 .  
  3. ↑ "ABRC" . abrc.osu.edu .
  4. ↑ "بحث مجتمع TAIR" . TAIR . تم الاسترجاع في 11 مايو 2015 .
  5. ↑ "تحليلات جوجل TAIR" . تحليلات جوجل . تم الاطلاع عليه بتاريخ 12 مايو 2015 .
  6. 1 2 "Phoenix Bioinformatics" . www.phoenixbioinformatics.org .
  7. ↑ "اشتراكات TAIR" .
  8. ↑ "صفحة الاشتراك في TAIR" . TAIR . تم الاطلاع عليه بتاريخ 12 مايو 2015 .
  9. ↑ "أخبار إصدار بيانات TAIR" . TAIR . تم الاطلاع عليه بتاريخ 12 مايو 2015 .
  10. ↑ "تحسين شرح جينوم نبات الأرابيدوبسيس باستخدام تجميعات محاذاة النسخ القصوى" .
  11. ↑ "إعادة شرح كاملة لجينوم نبات الرشاد: ​​الأساليب والأدوات والبروتوكولات والإصدار النهائي" .
  12. ↑ "Araport11: إعادة شرح كاملة لجينوم المرجع Arabidopsis thaliana" .