كيميرا جامعة كاليفورنيا في سان فرانسيسكو
برنامج UCSF Chimera (أو ببساطة Chimera ) هو برنامج قابل للتوسيع لعرض وتحليل البنى الجزيئية والبيانات ذات الصلة بشكل تفاعلي ، بما في ذلك خرائط الكثافة، والتجمعات فوق الجزيئية ، ومحاذاة التسلسلات، ونتائج الالتحام، والمسارات، والمجموعات التوافقية . [ 1 ] يُمكن إنشاء صور وأفلام عالية الجودة. يتضمن برنامج Chimera توثيقًا كاملاً، ويمكن تنزيله مجانًا للاستخدام غير التجاري.
تم تطوير برنامج Chimera بواسطة مركز موارد الحوسبة الحيوية والتصوير والمعلوماتية (RBVI) في جامعة كاليفورنيا، سان فرانسيسكو . ويحظى تطويره بدعم جزئي من المعاهد الوطنية للصحة (منحة NIGMS رقم P41-GM103311). لم يعد برنامج Chimera قيد التطوير النشط [ 2 ] ، وقد تم استبداله ببرنامج UCSF ChimeraX. [ 3 ]
تحليل البنية العامة
- التعرف التلقائي على الذرة
- إضافة الهيدروجين وتحديد الشحنة الجزئية
- الكشف عالي الجودة عن الروابط الهيدروجينية والتلامس والتداخل
- القياسات: المسافات، الزوايا، مساحة السطح، الحجم
- حساب مراكز الثقل والمحاور والمستويات والقياسات المرتبطة بها
- مكتبات متماثلات الأحماض الأمينية ، مخطط راماشاندران للبروتين ، خريطة تلامس البروتين
- بناء الهيكل وتدوير الروابط
- تشغيل مسار الديناميكا الجزيئية (بصيغ متعددة)، ومخططات المسافة والزاوية
- التحول بين أشكال البروتين أو حتى بين بروتينات مختلفة
- عرض الخصائص (عامل B، كراهية الماء، إلخ) بالألوان، والأقطار، و"الديدان"
- سهولة إنشاء سمات مخصصة باستخدام مدخلات ملفات نصية بسيطة
- أداة ViewDock لتسهيل الفحص التفاعلي لنتائج الالتحام
- مجموعة غنية من الأوامر، وبنية مواصفات قوية
- يدعم العديد من التنسيقات، ويكتب بصيغتي PDB وMol2
- يمكنك الوصول إلى البيانات من مواقع الويب وقواعد بيانات البروتينات مثل بنك بيانات البروتين ، وCATH أو SCOP (للنطاقات)، وEDS (خرائط الكثافة)، وEMDB (خرائط الكثافة)، وModBase (النماذج المقارنة)، و CASTp (قياسات جيوب البروتين)، وPub3D (بنى الجزيئات الصغيرة)، وVIPERdb (أغلفة الفيروسات ذات التناظر العشري الوجوه)، و UniProt (تسلسلات البروتين مع شروح الميزات)، وغيرها.
- واجهات لتحديد الشحنة/نصف القطر لـ PDB2PQR ، وحسابات APBS الكهروستاتيكية، وبرنامج AutoDock Vina لربط الليجاندات المفردة
صور ومقاطع فيديو العرض التقديمي
- صور عالية الدقة
- مؤثرات بصرية تشمل تحديد العمق، والظلال التفاعلية، وحواف الصور الظلية، والخلفيات متعددة الألوان
- التمثيلات الجزيئية القياسية (العصي، الكرات، الأشرطة، الأسطح الجزيئية)
- أنابيب وألواح للحلزونات والخيوط؛ وأجسام نيوكليوتيدية تشمل المصاصات ودرجات السلم
- الأشكال الإهليلجية لإظهار معاملات B غير المتناحية
- الأجسام الهندسية غير الجزيئية
- صور توضيحية لخرائط الكثافة وبيانات الحجم الأخرى (انظر أدناه)
- وضع العلامات باستخدام النصوص والرموز والأسهم ومفاتيح الألوان
- يمكن تثبيت الهياكل المختلفة بطرق مختلفة وبأي زاوية
- تتبع الأشعة اختياري مع برنامج POV-Ray المدمج
- تصدير المشهد إلى X3D وتنسيقات أخرى
- واجهة رسومية بسيطة لإنشاء الأفلام بشكل تفاعلي
- يمكن وضع المشاهد كإطارات رئيسية على طول خط زمني للرسوم المتحركة
- بدلاً من ذلك، يمكن برمجة محتوى الفيلم وتسجيله؛ مجموعة غنية من الأوامر ذات الصلة
- تم دمج تسجيل الفيديو مع خاصية التحويل التدريجي وتشغيل مسار MD
أدوات بيانات الحجم
- تُقرأ العديد من تنسيقات خرائط بيانات الحجم (كثافة الإلكترون، الجهد الكهروستاتيكي، وغيرها)، وتُكتب بعضها.
- تعديل العتبة التفاعلي، أسطح متساوية متعددة (شبكية أو صلبة)، عروض شفافة
- مطابقة الإحداثيات الذرية مع الخرائط ومطابقة الخرائط مع الخرائط
- يمكن إنشاء خرائط الكثافة من الإحداثيات الذرية
- يمكن وضع العلامات على الخرائط وربطها بمسارات سلسة.
- عرض مستويات البيانات الفردية أو مستويات متعامدة متعددة
- تشغيل وتحويل بيانات الحجم عبر السلاسل الزمنية
- العديد من الأدوات لتقسيم الخرائط وتحريرها
- التنعيم الغاوسي، تحويل فورييه، عمليات الترشيح والتطبيع الأخرى
- القياسات: مساحة السطح، حجم السطح المحاط، تناظر الخريطة، وغيرها
أدوات بنية التسلسل
- العديد من تنسيقات محاذاة التسلسل للقراءة والكتابة
- يمكن إنشاء محاذاة التسلسل وتعديلها
- ترتبط التسلسلات تلقائيًا بالهياكل
- التداخل بين التسلسل والبنية: إبراز أحدهما يُبرز الآخر
- بحث BLAST عن البروتينات عبر خدمة الويب
- محاذاة التسلسلات المتعددة عبر خدمات Clustal Omega و MUSCLE على الويب
- واجهات لبرنامج MODELLER لنمذجة التماثل وبناء الحلقات
- تراكب البنية مع أو بدون محاذاة تسلسل موجودة مسبقًا
- توليد محاذاة تسلسلية قائمة على البنية من تراكبات متعددة
- توجد عدة طرق لحساب قيم الحفظ وعرضها على الهياكل المرتبطة بها.
- رأس RMSD (الرسم البياني أعلى التسلسلات) يوضح التباين المكاني للهياكل المرتبطة
- رؤوس مُعرّفة من قِبل المستخدم تتضمن رسومًا بيانية ورموزًا ملونة
- تظهر تعليقات UniProt و CDD المميزة على شكل مربعات ملونة على التسلسلات
- قراءة/عرض الأشجار بتنسيق نيوك
انظر أيضاً
مراجع
- ↑ بيترسن، إي إف؛ جودارد، تي دي؛ هوانغ، سي سي؛ كوتش، جي إس؛ جرينبلات، دي إم؛ مينغ، إي سي؛ فيرين، تي إي (2004). "يو سي إس إف كيميرا - نظام تصوير للبحث والتحليل الاستكشافي". مجلة الكيمياء الحاسوبية . 25 (13): 1605-1612 . CiteSeerX 10.1.1.456.9442 . doi : 10.1002/jcc.20084 . PMID 15264254. S2CID 8747218 .
- ↑ "الصفحة الرئيسية لبرنامج UCSF Chimera" . www.rbvi.ucsf.edu . تاريخ الاسترجاع: 16 أبريل 2025 .
- ↑ غودارد، تي دي؛ هوانغ، سي سي؛ مينغ، إي سي؛ بيترسن، إي إف؛ كوتش، جي إس؛ موريس، جيه إتش؛ فيرين، تي إي (2017). " برنامج UCSF chimerax: مواجهة التحديات الحديثة في التصوير والتحليل" . علم البروتين . 27 (1): 14-25 . doi : 10.1002/pro.3235 . PMC 5734306. PMID 28710774 .
روابط خارجية
فئات :
- برامج مجانية
- برنامج نمذجة الجزيئات