مقارنة بين برامج النمذجة الميكانيكية الجزيئية

📅 آخر تحديث: ٢٥ يوليو ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٢٥ يوليو ٢٠٢٦
📷 يحتوي على 1 صور
الموسوعة الحرة

هذه قائمة بالبرامج الحاسوبية التي تستخدم بشكل أساسي في حسابات الميكانيكا الجزيئية .

اسم عرض ثلاثي الأبعاد صانع النماذج الحد الأدنى دكتوراه في الطب MC حركة العين السريعة قِيم الجودة عفريت وحدة معالجة الرسوميات تعليقات رخصة موقع إلكتروني
العنبر [1] لا نعم نعم نعم نعم نعم أنا نعم نعم أداء عالي MD، أدوات تحليل شاملة ملكية، مجانية، مفتوحة المصدر أمبر إم دي
أذن البحر نعم نعم نعم نعم نعم نعم أنا نعم نعم محاكاة جزيئية حيوية، طي البروتين. ملكية ، مجانية، تجارية جزيء رشيق
وحدة تغذية المستندات التلقائية نعم نعم نعم نعم نعم لا نعم نعم نعم مجموعة النمذجة: ReaxFF ، UFF، QM-MM مع حقول القوة Amber وTripos، DFT والطرق شبه التجريبية ، التحليل التكويني مع RDKit؛ معجل جزئيًا بواسطة وحدة معالجة الرسوميات ملكية ، تجارية ، تجريبية مجانية إدارة سلسلة التوريد
مصمم اسكالاف نعم نعم نعم نعم نعم نعم أنا نعم نعم البناء الجزيئي (الحمض النووي، البروتينات، الهيدروكربونات، الأنابيب النانوية)، الديناميكيات الجزيئية، تسريع وحدة معالجة الرسوميات مختلط: مفتوح المصدر مجاني ( GNU GPL ) وتجاري مشروع اسكالاف
أفوجادرو نعم نعم نعم لا لا لا أنا لا لا بناء الجزيئات، التحرير (الببتيدات، الجزيئات الصغيرة، البلورات)، التحليل التكويني، التحويل ثنائي الأبعاد/ثلاثي الأبعاد؛ واجهات قابلة للتوسيع إلى أدوات أخرى رخصة جنو العمومية مفتوحة المصدر المجانية أفوجادرو
رئيس لا لا نعم لا نعم لا نعم لا لا أوبلس الملكية جامعة ييل
شارم لا نعم نعم نعم نعم أنا أنا نعم نعم يتم بيع الإصدار التجاري مع واجهات أمامية رسومية متعددة بواسطة BIOVIA (باسم CHARMm)، والمعروف سابقًا باسم Accelrys. ملكية تجارية​ charmm.org
تشيمكين لا لا لا لا لا لا لا لا لا حركية التفاعل الكيميائي. الملكية تشيمكين
سي بي تو كيه لا لا نعم نعم نعم لا نعم نعم نعم يمكن لبرنامج CP2K إجراء عمليات محاكاة ذرية وجزيئية للأنظمة الصلبة والسائلة والبيولوجية. GNU GPLv2 أو إصدار أحدث مفتوح المصدر مجانًا سي بي تو كيه
ديزموند نعم نعم نعم نعم لا نعم لا لا نعم أداء عالي MD؛ يحتوي على واجهة مستخدم رسومية شاملة لبناء وتصور ومراجعة النتائج وإعداد الحسابات وإطلاقها ملكية أو تجارية أو مجانية DE Shaw Research شرودنجر
استوديو الاكتشاف نعم نعم نعم نعم نعم لا نعم نعم نعم مجموعة شاملة من تطبيقات النمذجة والمحاكاة في علوم الحياة تركز على تحسين عملية اكتشاف الأدوية: محاكاة الجزيئات الصغيرة، QM-MM، نمذجة الفارماكوفور، QSAR، الالتحام البروتيني بالربيط، نمذجة التماثل البروتيني، تحليل التسلسل، الالتحام البروتيني بالبروتين، نمذجة الأجسام المضادة، إلخ. ملكية ، متاحة للتجربة شركة داسو سيستمز بيوفيا (أكسيلريس سابقا)
طيه ي / أنا نعم نعم نعم نعم نعم أنا لا لا جامعة واشنطن ومختبرات بيكر؛ التنبؤ بالبنية، طي البروتين ملكية أو تجارية أو مجانية صفحة تحميل fold.it أرشيف 2011-04-04 على موقع Wayback Machine
فولدكس أنا نعم نعم لا لا لا لا لا لا حسابات الطاقة وتصميم البروتين ملكية أو تجارية أو مجانية سي آر جي
جروماكس لا لا نعم نعم لا [2] نعم أنا نعم [3] نعم أداء عالي MD رخصة جنو العمومية مفتوحة المصدر المجانية جروماكس.org
جروموس لا لا نعم نعم نعم نعم نعم نعم نعم مخصص للجزيئات الحيوية ملكية تجارية موقع جروموس
لامبس نعم نعم نعم نعم نعم نعم أنا نعم نعم لديه إمكانات للمواد اللينة والصلبة وأنظمة الحبوب الخشنة مجاني مفتوح المصدر ، GNU GPLv2 سانديا
نموذج الماكرو نعم نعم نعم نعم نعم لا أنا نعم لا نموذج المذيبات OPLS-AA وMMFF وGBSA، أخذ العينات التكوينية، التقليل، MD. يتضمن واجهة المستخدم الرسومية Maestro التي توفر التصور، وبناء الجزيئات، وإعداد الحسابات، وتشغيل الوظائف ومراقبتها، وتنظيم النتائج على مستوى المشروع، والوصول إلى مجموعة من برامج النمذجة الأخرى. الملكية شرودنجر
الخرائط [4] نعم نعم نعم نعم نعم نعم نعم لا نعم أدوات البناء والتصور والتحليل في واجهة مستخدم واحدة، مع إمكانية الوصول إلى محركات محاكاة متعددة ملكية ، متاحة للتجربة علم الاقتصاد
استوديو المواد نعم نعم نعم نعم نعم لا نعم نعم نعم بيئة توفر تقنية محاكاة المواد للحوسبة المكتبية، مما يحل المشكلات الرئيسية في عمليات البحث والتطوير ملكية ، متاحة للتجربة شركة داسو سيستمز بيوفيا (أكسيلريس سابقا)
MBN Explorer [5] + MBN Studio نعم نعم نعم نعم نعم لا لا نعم نعم حقول القوة CHARMM القياسية والتفاعلية؛ النمذجة الجزيئية (مواد الكربون النانوية، الجزيئات الحيوية، البلورات النانوية)؛ مكتبة صريحة من الأمثلة ملكية ، نسخة تجريبية مجانية متاحة مركز أبحاث إم بي إن
إم داينا ميكس لا لا لا نعم لا لا لا لا لا MD الموازي رخصة جنو العمومية مفتوحة المصدر المجانية جامعة ستوكهولم
وزارة التربية والتعليم نعم نعم نعم نعم لا لا أنا نعم لا بيئة التشغيل الجزيئية (MOE) الملكية مجموعة الحوسبة الكيميائية
م2 نعم نعم نعم نعم نعم لا لا لا لا حساب مباشر لعدد كبير من الخواص الحرارية الفيزيائية. التطبيق الرئيسي لـ ms2 هو على السوائل. المصدر المفتوح المجاني ms-2.de
أوبن إم إم لا لا نعم نعم نعم نعم لا نعم نعم أداء عالي MD، مرن للغاية، قابل للبرمجة بلغة Python برنامج MIT مفتوح المصدر مجاني أوبن إم إم
أوراك لا لا نعم نعم لا نعم لا نعم لا برنامج محاكاة الديناميكية الجزيئية لاستكشاف أسطح الطاقة الحرة في الأنظمة الجزيئية الحيوية على المستوى الذري المصدر المفتوح المجاني صفحة تحميل برنامج Orac
NAMD + VMD نعم نعم نعم نعم لا نعم أنا نعم نعم MD، CUDA سريع ومتوازي ملكية ، استخدام أكاديمي مجاني، كود المصدر معهد بيكمان
نيو كيم لا لا نعم نعم لا لا نعم لا لا برنامج كيمياء حسابية عالي الأداء، يتضمن ميكانيكا الكم، وديناميكيات الجزيئات، وطرق QM-MM المدمجة برنامج مجاني مفتوح المصدر ، ترخيص المجتمع التعليمي الإصدار 2.0 نيو كيم
برنامج تحسين البروتين محليا لا نعم نعم نعم نعم لا لا لا لا تحسين الحلزون والحلقة والسلسلة الجانبية وتقليل الطاقة بسرعة الملكية ويكي PLOP
س لا لا لا نعم لا لا لا لا لا (I) محاكاة اضطراب الطاقة الحرة (FEP)، (II) الرابطة التكافؤية التجريبية (EVB)، حسابات الطاقات الحرة للتفاعل، (III) حسابات طاقة التفاعل الخطي (LIE) لتقارب ارتباط المستقبل بالربيط GNU GPLv2 أو إصدار أحدث مفتوح المصدر مجانًا س
كوانتوم ايه تي كيه نعم نعم نعم نعم نعم لا نعم نعم نعم منصة نمذجة ذرية كاملة لعلوم المواد. وهي تتضمن محركات محاكاة DFT (الموجات المستوية والدوران الزاوي الموجي ... ملكية تجارية سينوبسيس كوانتوم ايه تي كيه
كوانتوم اسبرسو لا لا نعم نعم لا لا نعم أنا نعم مجموعة مفتوحة المصدر تركز على حسابات البنية الإلكترونية والحسابات الميكانيكة ( CPMD بشكل خاص )، وهي مشهورة بمرونتها ودعم المجتمع الواسع. GNU GPLv2 أو إصدار أحدث مفتوح المصدر مجانًا كوانتوم إسبريسو
شمشون نعم نعم نعم نعم لا لا نعم لا لا علوم النانو الحاسوبية (علوم الحياة، المواد، إلخ.). الهندسة المعمارية المعيارية، الوحدات النمطية المسماة SAMSON Elements ملكية مجانية سامسون كونكت
سيغرس نعم نعم نعم نعم لا لا نعم نعم لا MM ، DFT ، طرق شبه تجريبية ، MD موازية ، تحليل تكويني، SCF للقياس الخطي، بروتين الالتحام-الربيط ، المعالجة الدفعية ، الفحص الافتراضي ، بناة آليون (ديناميكيات جزيئية، بروتينات، بلورات) الملكية SCIGRESS.com
سبارتان نعم نعم نعم لا نعم لا نعم نعم لا الجزيئات الصغيرة (< 2000 وحدة ذرية) أدوات MM و QM لتحديد التكوين والبنية والخصائص والأطياف والتفاعلية والانتقائية. ملكية ، نسخة تجريبية مجانية متاحة وايففانكشن، المحدودة
تيراكيم لا لا نعم نعم لا لا نعم لا نعم حزمة برامج ديناميكية جزيئية عالية الأداء معجلة بوحدة معالجة الرسوميات (GPU) وTD/ DFT للأنظمة الجزيئية الضخمة جدًا أو حتى النانوية . تعمل على وحدات معالجة الرسوميات NVIDIA و Linux 64 بت ، وتحتوي على كود CUDA محسن بشكل كبير . تراخيص تجريبية خاصة متاحة شركة بيتاكيم المحدودة
العبث أنا نعم نعم نعم نعم أنا أنا نعم نعم أدوات برمجية للتصميم الجزيئي-Tinker-OpenMM [6]

أدوات برمجية للتصميم الجزيئي-تينكر-إتش بي [7]

ملكية مجانية جامعة واشنطن
كيميرا UCSF نعم نعم نعم لا لا لا لا لا لا عارض جذاب بصريًا، يحتوي على دوارات الأحماض الأمينية وغيرها من المباني، بما في ذلك Antechamber وMMTK، ومكونات Ambertools قيد التطوير. ملكية ، استخدام أكاديمي مجاني جامعة كاليفورنيا
فاسب لا لا نعم نعم لا نعم نعم أنا نعم رمز DFT عالي الكفاءة يستخدم غالبًا في علم المواد ويوفر أداءً ممتازًا على الأنظمة الكبيرة. الملكية فاسب
ياسارا نعم نعم نعم نعم لا لا نعم لا نعم الرسومات الجزيئية والنمذجة والمحاكاة الملكية YASARA.org

انظر أيضا

الملاحظات والمراجع

  1. ^ "اقتباسات عن Amber". ambermd.org . تم الاسترجاع في 2021-06-15 .
  2. ^ Harrison ET, Weidner T, Castner DG, Interlandi G (2017). "التنبؤ باتجاه البروتين G B1 على الأسطح الكارهة للماء باستخدام محاكاة مونت كارلو". Biointerphases . 12 (2): 02D401. doi :10.1116/1.4971381. PMC 5148762. PMID  27923271 . 
  3. ^ المذيب الضمني – Gromacs محفوظ في 29 يوليو 2014، على موقع Wayback Machine
  4. ^ "MAPS". مؤرشف من الأصل في 2019-11-28 . تم الاسترجاع 2016-11-14 .
  5. ^ IA Solov'yov؛ AV Yakubovich؛ PV Nikolaev؛ I. Volkovets؛ AV Solov'yov (2012). "MesoBioNano Explorer - برنامج عالمي لمحاكاة الكمبيوتر متعددة المقاييس للبنية الجزيئية المعقدة والديناميكيات". J. Comput. Chem . 33 (30): 2412–2439. doi :10.1002/jcc.23086. PMID  22965786. S2CID  22553279.
  6. ^ م. هارجر؛ د. لي؛ ز. وانج؛ ك. دالبي؛ ل. لاجاردير؛ ج.-ب. بيكيمال؛ ج. بوندر؛ ب. رين (2017). "تينكر-أوبن إم إم: الطاقات الحرة الكيميائية المطلقة والنسبية باستخدام الأميبا على وحدات معالجة الرسوميات". مجلة الكيمياء الحاسوبية . 38 (23): 2047-2055. doi :10.1002/jcc.24853. PMC 5539969. PMID  28600826 . 
  7. ^ L. Lagardère؛ L.-H. Jolly؛ F. Lipparini؛ F. Aviat؛ B. Stamm؛ ZF Jing؛ M. Harger؛ H. Torabifard؛ GA Cisneros؛ MJ Schnieders؛ N. Gresh؛ Y. Maday؛ PY Ren؛ JW Ponder؛ J.-P. Piquemal (2018). "Tinker-HP: حزمة ديناميكية جزيئية متوازية بشكل كبير لمحاكاة متعددة المقاييس للأنظمة المعقدة الكبيرة ذات حقول القوة الاستقطابية ثنائية القطب المتقدمة". العلوم الكيميائية . 9 (4): 956-972. doi :10.1039/C7SC04531J. PMC 5909332. PMID  29732110 . 
  • سينكريس
  • لينوكس4كيمياء
  • مشروع حسابي تعاوني
  • الفهرس العالمي لموارد التصور الجزيئي
  • قائمة مختصرة لموارد النمذجة الجزيئية
  • العلوم المفتوحة
  • بنك بيانات الرنين المغناطيسي البيولوجي
  • نمذجة المواد وأكواد المحاكاة الحاسوبية
  • بعض النصائح حول الديناميكيات الجزيئية
  • atomistic.software - محركات المحاكاة الذرية واتجاهات الاستشهاد بها
تم الاسترجاع من "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=مقارنة_البرمجيات_لنمذجة_الميكانيكا_الجزيئية&oldid=1246720659"
Original text
Rate this translation
Your feedback will be used to help improve Google Translate