بي جي

Bgee هي قاعدة بيانات يديرها المعهد السويسري للمعلوماتية الحيوية (SIB) وجامعة لوزان، تُستخدم لاسترجاع ومقارنة أنماط التعبير الجيني من دراسات تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq) ، وتسلسل الحمض النووي الريبوزي أحادي الخلية (scRNA-Seq) ، والمصفوفات الدقيقة ، والتهجين الموضعي ، ودراسات تسلسل الحمض النووي المعبر عنه (EST) ، وذلك عبر أنواع حيوانية متعددة . ^[¹^]^[²^] توفر Bgee إجابة سهلة الفهم لسؤال " أين يُعبَّر عن الجين؟" ، وتدعم الأبحاث في مجالات السرطان والزراعة ، بالإضافة إلى علم الأحياء التطوري .

يعتمد Bgee بشكل حصري على بيانات التعبير الجيني من النوع البري السليم والمُنسق (أي بدون تعطيل الجينات ، بدون علاج، بدون مرض )، لتوفير مرجع قابل للمقارنة للتعبير الجيني من النوع البري السليم.

يُنتج برنامج Bgee بيانات تُشير إلى وجود/غياب التعبير الجيني، وإلى التعبير الزائد/الناقص التفاضلي، مُدمجةً مع معلومات حول تماثل الجينات ، والتشابه بين الأعضاء . وهذا يسمح بمقارنة أنماط التعبير بين الأنواع .

يتيح برنامج Bgee عمليات البحث حسب الجين ، ونوع العضو / النسيج / الخلية ، والمرحلة التطورية .

يُعد Bgee جزءًا من موارد البيانات الحيوية الأساسية العالمية (GCBRs) وموارد البيانات الأساسية لـ ELIXIR، والتي تمثل "مكونات حاسمة لضمان قابلية تكرار وسلامة أبحاث علوم الحياة". كما يُعد Bgee من موارد التشغيل البيني الموصى بها من ELIXIR والتي تُسهل الأنشطة الداعمة لمبادئ FAIR في البحث العلمي.

مراجع

↑ باستيان إف بي، بارمنتييه جي، رو جي، موريتي إس، لوديه في، روبنسون-ريشافي إم (2008). "Bgee: دمج ومقارنة بيانات النسخ الجيني غير المتجانسة بين الأنواع" . تكامل البيانات في علوم الحياة . سلسلة محاضرات في علوم الحاسوب. المجلد 5109. الصفحات 124-131 . doi : 10.1007/978-3-540-69828-9_12 . ISBN 978-3-540-69827-2.
↑ باستيان إف بي، روكس جيه، نيكنجاد إيه، كومت إيه، فونسيكا كوستا إس إس، مينديز دي فارياس تي، وآخرون . (يناير 2021). "مجموعة Bgee: أطلس تعبير متكامل ومنسق، ودراسة مقارنة للنسخ الجينية في الحيوانات" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 49 (D1): D831– D847 . doi : 10.1093/nar/gkaa793 . PMC 7778977. PMID 33037820 .

للمزيد من القراءة

نيكنجاد أ، مونغال سي جيه، أوسومي-ساذرلاند د، روبنسون-ريشافي م، باستيان ف (2022). "إنشاء وتوحيد أنطولوجيات مراحل النمو والحياة للحيوانات". arXiv : 2206.12231 [ q-bio.QM ].
كوملينوفيتش أ، روكس ج، وولبريت ج، روبنسون-ريشافي م، باستيان ف (2018). "BgeeDB، حزمة برمجية بلغة R لاسترجاع مجموعات بيانات التعبير الجيني المُنسقة واختبارات إثراء توطين التعبير الجيني لقوائم الجينات" . F1000Research . 5 : 2748. doi : 10.12688/f1000research.9973.2 . PMC 6113886. PMID 30467516 .
هاندل، إم. أ.، بالهوف، ج. ب.، باستيان، ف. ب.، بلاكبيرن، د. س.، بليك، ج. أ.، برادفورد، ي.، وآخرون . (2014). "توحيد أنطولوجيات تشريح الفقاريات متعددة الأنواع لعلم الأحياء المقارن في أوبرون" . مجلة علم الدلالة الطبية الحيوية . 5 : 21. doi : 10.1186/2041-1480-5-21 . PMC 4089931. PMID 25009735 .

روابط خارجية

"Bgee هو مورد جديد موصى به من قبل ELIXIR للتوافق التشغيلي" . ELIXIR. 14 ديسمبر 2023.
"انضمام Bgee إلى موارد البيانات الحيوية الأساسية العالمية" . التحالف العالمي للبيانات الحيوية (GCB). 11 ديسمبر 2023.
"حول Bgee" . المعهد السويسري للمعلوماتية الحيوية (SIB). 4 يناير 2021.

[1] باستيان إف بي، بارمنتييه جي، رو جي، موريتي إس، لوديه في، روبنسون-ريشافي إم (2008). "Bgee: دمج ومقارنة بيانات النسخ الجيني غير المتجانسة بين الأنواع" . تكامل البيانات في علوم الحياة . سلسلة محاضرات في علوم الحاسوب. المجلد 5109. الصفحات 124-131 . doi : 10.1007/978-3-540-69828-9_12 . ISBN 978-3-540-69827-2.

[2] باستيان إف بي، روكس جيه، نيكنجاد إيه، كومت إيه، فونسيكا كوستا إس إس، مينديز دي فارياس تي، وآخرون . (يناير 2021). "مجموعة Bgee: أطلس تعبير متكامل ومنسق، ودراسة مقارنة للنسخ الجينية في الحيوانات" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 49 (D1): D831– D847 . doi : 10.1093/nar/gkaa793 . PMC 7778977. PMID 33037820 .

[

[