قاعدة البيانات البيولوجية

الموسوعة الحرة
الصفحة الرئيسية لقاعدة بيانات بيولوجية تسمى تحدد الروابط الوظيفية بين البروتينات [ 1 ]

قواعد البيانات البيولوجية هي مكتبات للعلوم البيولوجية، جُمعت من التجارب العلمية، والأبحاث المنشورة، وتقنيات التجارب عالية الإنتاجية، والتحليلات الحاسوبية. تحتوي هذه القواعد على معلومات من مجالات بحثية تشمل علم الجينوم ، وعلم البروتينات ، وعلم الأيض ، وتحليل التعبير الجيني باستخدام المصفوفات الدقيقة ، وعلم الوراثة العرقي . [ 2 ] تشمل المعلومات الواردة في قواعد البيانات البيولوجية وظيفة الجينات، وبنيتها، وموقعها (الخلوي والكروموسومي)، والآثار السريرية للطفرات، بالإضافة إلى أوجه التشابه بين التسلسلات والبنى البيولوجية.

يمكن تصنيف قواعد البيانات البيولوجية حسب نوع البيانات التي تجمعها (انظر أدناه). وبشكل عام، هناك قواعد بيانات جزيئية (للتسلسلات والجزيئات وما إلى ذلك)، وقواعد بيانات وظيفية (لعلم وظائف الأعضاء، ونشاط الإنزيمات، والأنماط الظاهرية، وعلم البيئة وما إلى ذلك)، وقواعد بيانات تصنيفية (للأنواع والرتب التصنيفية الأخرى)، وصور ووسائط أخرى، أو عينات (لمجموعات المتاحف وما إلى ذلك).

تُعدّ قواعد البيانات أدوات بالغة الأهمية لمساعدة العلماء على تحليل وتفسير طيف واسع من الظواهر البيولوجية، بدءًا من بنية الجزيئات الحيوية وتفاعلاتها، مرورًا بعمليات الأيض في الكائنات الحية، وصولًا إلى فهم تطور الأنواع . تُسهم هذه المعرفة في تسهيل مكافحة الأمراض، وتساعد في تطوير الأدوية ، والتنبؤ ببعض الأمراض الوراثية، واكتشاف العلاقات الأساسية بين الأنواع في تاريخ الحياة .

قواعد البيانات البيولوجية الرئيسية

تغطي هذه الجداول مجموعة متنوعة من قواعد البيانات البيولوجية البارزة عبر نطاق واسع من المجالات والتخصصات وأنواع البيانات وحالات الاستخدام. وقد جُمعت العديد من قواعد البيانات هذه في قائمة موارد البيانات الأساسية لمشروع ELIXIR، والتي تجمع موارد البيانات الأوروبية المهمة والضرورية لأبحاث علوم الحياة. [ 3 ]

موارد البيانات الأساسية لـ ELIXIR [ 4 ]
موردفئةالمؤسسات المضيفةالوصف [ 3 ]
ArrayExpress [ 5 ]علم النسخ الجينيEMBL-EBI /

الأرشيف الأوروبي للنيوكليوتيدات [ 5 ]

بيانات الجينوم الوظيفي من التجارب عالية الإنتاجية
باك دايف [ 6 ]علم الأحياء الدقيقةمعهد لايبنيز DSMZتصنيف ، ومورفولوجيا ، ووظائف الأعضاء، وبيئة السلالات البكتيرية والأثرية
بي جي [ 7 ]علم النسخ الجينيالمعهد السويسري للمعلوماتية الحيوية / جامعة لوزان [ 7 ]أنماط التعبير الجيني عبر أنواع حيوانية متعددة لإجراء تحليل مقارن
أرشيف الصور الحيوية [ 8 ]التصويرEMBL-EBI [ 8 ]مستودع للصور البيولوجية، يدعم إيداع وإعادة استخدام بيانات التصوير المرجعية التي تدعم الأبحاث المنشورة في جميع أنحاء علوم الحياة.
الدراسات البيولوجية [ 8 ]البيانات الوصفيةEMBL-EBI [ 8 ]وصف للدراسات البيولوجية وبيانات تكميلية تربط بأرشيفات أخرى
بريندا [ 9 ]علم الإنزيماتمعهد لايبنيز DSMZ [ 9 ]تم جمع معلومات عن الإنزيمات وروابطها من الأدبيات الأولية عبر جميع التصنيفات
CATH [ 10 ]بنية البروتينكلية لندن الجامعية [ 10 ]التصنيف الهرمي لنطاقات هياكل البروتينات من بنك بيانات البروتينات (PDB)
سيلوصور [ 11 ]الخلاياالمعهد السويسري للمعلوماتية الحيوية [ 11 ]مورد معرفي يصف سلالات الخلايا المستخدمة في البحوث الطبية الحيوية
الشابي [ 12 ]الكيمياء الحيويةEMBL-EBI [ 12 ]قاموس الكيانات الجزيئية الصغيرة ذات الأهمية البيولوجية
ChEMBL [ 13 ]الكيمياء الحيويةEMBL-EBI [ 13 ]جزيئات صغيرة شبيهة بالأدوية ذات بنية ثنائية الأبعاد، تتميز بخصائص محسوبة ونشاط بيولوجي.
EGA [ 14 ]الجينومEMBL-EBI / CRG [ 14 ]البيانات الجينية والظاهرية التي يمكن تحديد هوية الأفراد من البحوث الطبية الحيوية
EMDB [ 15 ]التركيب الكيميائي الحيويEMBL-EBI [ 15 ]خرائط وصور مقطعية بتقنية المجهر الإلكتروني فائق البرودة للمجمعات الجزيئية الكبيرة والهياكل الخلوية الفرعية
ENA [ 16 ]تسلسلEMBL-EBI [ 16 ]بيانات تسلسل النيوكليوتيدات ، وتجميعات التسلسل ، والتعليقات الوظيفية
Ensembl [ 17 ]الجينومEMBL-EBI [ 17 ]متصفح جينومي للفقاريات يدعم علم الجينوم المقارن والتنظيمي
Ensembl Genomes [ 18 ]الجينومEMBL-EBI [ 18 ]التحليل المقارن والتصوير البياني لجينومات اللافقاريات
أوروبا PMC [ 19 ]الأدبEMBL-EBI [ 19 ]مقالات وكتب وبراءات اختراع وإرشادات سريرية في علوم الحياة
كتالوج GWAS [ 20 ]تفاوتEMBL-EBI / NHGRI [ 21 ]مجموعة منتقاة من دراسات الارتباط على مستوى الجينوم البشري
HGNC [ 22 ]التسميةجامعة كامبريدج / EMBL-EBI [ 22 ]الرموز والأسماء والعائلات المعتمدة للجينات البشرية
أطلس البروتين البشري [ 23 ]علم البروتيناتالمعهد الملكي للتكنولوجيا KTH / معهد كارولينسكا / جامعة أوبسالا [ 23 ]رسم خريطة البروتينات البشرية عبر الخلايا والأنسجة والأعضاء باستخدام تقنيات متعددة الأوميات والتصوير.
IntAct [ 24 ] / MINT [ 25 ] (IMEx)التفاعلاتEMBL-EBI [ 24 ]بيانات تفاعل البروتين-البروتين والتفاعل الجزيئي التي تم التحقق منها تجريبياً
InterPro [ 26 ]بروتينEMBL-EBI [ 26 ]تم دمج عائلات البروتينات ومجالاتها ومواقعها الوظيفية من قواعد بيانات الأعضاء.
جاسبار [ 26 ]أنظمةجامعة أوسلو [ 26 ]ملفات تعريف ارتباط عوامل النسخ المنسقة وغير المتكررة
MGnify [ 27 ]علم الجينوم البيئيEMBL-EBI [ 27 ]تجميع وتحليل وأرشفة تسلسلات الأحماض النووية المشتقة من الميكروبيوم
خرائط الدهون [ 28 ]علم الدهونجامعة كارديف / جامعة كاليفورنيا في سان دييغو / معهد بابراهام / جامعة سوانسي / جامعة إدنبرة [ 28 ]بنية الدهون وخصائصها ووظائفها البيولوجية
LPSN [ 29 ]التسميةمعهد لايبنيز DSMZ [ 29 ]التسمية المعتمدة للكائنات بدائية النواة
Orphadata Science [ 30 ]مرضالمعهد الوطني للصحة والبحوث الطبية / وزارة الصحة الفرنسية [ 30 ]مجموعة بيانات قابلة للحوسبة للأمراض النادرة والأدوية اليتيمة
OMA [ 31 ]علم الميول الجنسيةالمعهد السويسري للمعلوماتية الحيوية / جامعة لوزان [ 31 ]الجينات المتماثلة المستنتجة بين الجينومات الكاملة
OrthoDB [ 32 ]علم الميول الجنسيةالمعهد السويسري للمعلوماتية الحيوية / جامعة جنيف [ 32 ]الجينات المتماثلة المشفرة للبروتينات عبر مجموعة واسعة من الأنواع
PDBe [ 33 ]بناءEMBL-EBI [ 33 ]البنى الجزيئية الحيوية الكبيرة
PomBase [ 34 ]الجينومجامعة كامبريدج / كلية لندن الجامعية / معهد بابراهام [ 34 ]التوصيف البنيوي والوظيفي لخميرة الانشطار Schizosaccharomyces pombe
الفخر [ 35 ]علم البروتيناتEMBL-EBI [ 35 ]تحديد البروتينات وقياس كمياتها وأطيافها باستخدام مطياف الكتلة
Reactome [ 36 ]المساراتEMBL-EBI / OICR / NYU [ 36 ]مسارات بيولوجية منسقة يدويًا وخاضعة لمراجعة الأقران
ريا [ 37 ]كيمياءالمعهد السويسري للمعلوماتية الحيوية [ 37 ]تفاعلات كيميائية ونقل ذات أهمية بيولوجية منتقاة بعناية من قبل خبراء
سيلفا [ 38 ]تسلسلمعهد لايبنيز DSMZ [ 38 ]مجموعات بيانات شاملة، تم فحص جودتها، ويتم تحديثها بانتظام لتسلسلات الحمض النووي الريبوزي للوحدات الفرعية الصغيرة والكبيرة المتراصفة لجميع المجالات الثلاثة للحياة (البكتيريا، والعتائق، وحقيقيات النوى).
سلسلة نصية [ 39 ]التفاعلاتالمعهد السويسري للمعلوماتية الحيوية / مركز أبحاث البروتين التابع لمؤسسة نوفو نورديسك / EMBL-EBI [ 39 ]التفاعلات البروتينية المعروفة والمتوقعة
SWISS-MODEL [ 40 ]بناءالمعهد السويسري للمعلوماتية الحيوية / جامعة بازل [ 40 ]نمذجة التماثل البنيوي للبروتين المؤتمتة
UniProt [ 41 ]بروتينEMBL-EBI / SIB / PIR [ 41 ]تسلسل البروتين الشامل والتعليق الوظيفي
VEuPathDB [ 42 ]مسببات الأمراضجامعة بنسلفانيا / جامعة جورجيا / جامعة ليفربول [ 42 ]البيانات الجينومية والوظيفية لمسببات الأمراض حقيقية النواة ونواقل الأمراض اللافقارية

وصول

تتوفر معظم قواعد البيانات البيولوجية عبر مواقع إلكترونية تُنظّم البيانات بحيث يُمكن للمستخدمين تصفحها عبر الإنترنت. بالإضافة إلى ذلك، عادةً ما تكون البيانات الأساسية متاحة للتنزيل بصيغ متنوعة. تأتي البيانات البيولوجية بصيغ عديدة، تشمل النصوص، وبيانات التسلسل، وبنية البروتين، والروابط. يُمكن الحصول على كلٍّ منها من مصادر مُحددة، على سبيل المثال:

  • يتم توفير تنسيقات النصوص بواسطة PubMed و OMIM .
  • يتم توفير بيانات التسلسل بواسطة GenBank ، من حيث الحمض النووي، و UniProt ، من حيث البروتين.
  • يتم توفير هياكل البروتينات بواسطة PDB و SCOP و CATH .

المشاكل والتحديات

تتوزع المعرفة البيولوجية بين عدد لا يحصى من قواعد البيانات، مما يُصعّب أحيانًا ضمان اتساق المعلومات، كما في حالة استخدام أسماء مختلفة لنفس النوع أو اختلاف تنسيقات البيانات. ونتيجةً لذلك، تُعدّ قابلية التشغيل البيني تحديًا مستمرًا لتبادل المعلومات. فعلى سبيل المثال، إذا خزّنت قاعدة بيانات لتسلسل الحمض النووي تسلسل الحمض النووي مع اسم نوع معين، فإن تغيير اسم هذا النوع قد يُؤدي إلى قطع الروابط مع قواعد البيانات الأخرى التي قد تستخدم اسمًا مختلفًا. يُعدّ علم المعلوماتية الحيوية التكاملية أحد المجالات التي تسعى إلى معالجة هذه المشكلة من خلال توفير وصول موحد. ويتمثل أحد الحلول في كيفية ربط قواعد البيانات البيولوجية بقواعد بيانات أخرى باستخدام أرقام الوصول لربط معارفها ذات الصلة (بحيث يبقى رقم الوصول ثابتًا حتى في حال تغيير اسم النوع). ويُعدّ التكرار مشكلة أخرى، إذ يجب على العديد من قواعد البيانات تخزين المعلومات نفسها، فمثلاً، تحتوي قواعد بيانات بنية البروتين أيضًا على تسلسل البروتينات التي تُغطيها، وتسلسلها، ومعلوماتها الببليوغرافية.

قواعد بيانات الكائنات النموذجية

تتوفر قواعد بيانات خاصة ببعض الأنواع، لا سيما تلك التي تُستخدم بكثرة في البحوث ( الكائنات النموذجية ). على سبيل المثال، EcoCyc هي قاعدة بيانات لبكتيريا الإشريكية القولونية . تشمل قواعد البيانات الشائعة الأخرى للكائنات النموذجية: معلومات جينوم الفأر (Mouse Genome Informatics) لفأر المختبر ( Mus musculus) ، وقاعدة بيانات جينوم الجرذ (Rattus) ، وZFIN لسمك الزيبرا ( Danio Rerio )، و PomBase [ 43 ] لخميرة الانشطار (Schizosaccharomyces pombe) ، و FlyBase لذبابة الفاكهة (Drosophila) ، و WormBase للديدان الأسطوانية (Caenorhabditis elegans و Caenorhabditis briggsae )، و Xenbase لضفادع الضفدع الاستوائي (Xenopus tropicalis و Xenopus laevis) .

قواعد بيانات التنوع البيولوجي والأنواع

مجموعات الحيوانات وعدد أنواعها من كتالوج الحياة [ 44 ]

تسعى العديد من قواعد البيانات إلى توثيق تنوع الحياة على الأرض. ومن أبرز الأمثلة على ذلك " كتالوج الحياة" ، الذي أُنشئ لأول مرة عام 2001 من قِبل مشروع "الأنواع 2000" ونظام المعلومات التصنيفية المتكامل. [ 45 ] يُعد "كتالوج الحياة" مشروعًا تعاونيًا يهدف إلى توثيق التصنيف التصنيفي لجميع الأنواع المقبولة حاليًا في العالم. [ 46 ] يوفر "كتالوج الحياة" قاعدة بيانات موحدة ومتسقة للباحثين وصناع السياسات للاستعانة بها. كما يقوم "كتالوج الحياة" بتحديث مجموعات البيانات من مصادر أخرى مثل قاعدة بيانات الصنوبريات، و ICTV MSL (للفيروسات)، وLepIndex (للفراشات والعث). إجمالاً، يستقي فهرس الحياة بياناته من 165 قاعدة بيانات اعتباراً من مايو 2022. [ 47 ] وتُغطى التكاليف التشغيلية لفهرس الحياة من قبل مرفق المعلومات العالمي للتنوع البيولوجي ، وهيئة المسح التاريخي الطبيعي في إلينوي ، ومركز ناتوراليس للتنوع البيولوجي ، ومؤسسة سميثسونيان . [ 48 ]

توثق بعض قواعد البيانات البيولوجية التوزيع الجغرافي لأنواع مختلفة. أنشأ شوانغ داي وزملاؤه قاعدة بيانات جديدة متعددة المصادر لتوثيق التوزيع المكاني/الجغرافي لـ 1371 نوعًا من الطيور في الصين، نظرًا للنقص الحاد في بيانات التوزيع المكاني للعديد من الأنواع في قواعد البيانات الحالية. [ 49 ] شملت مصادر هذه القاعدة الجديدة الكتب والمراجع العلمية وتتبع نظام تحديد المواقع العالمي (GPS) وبيانات صفحات الويب. عرضت قاعدة البيانات الجديدة التصنيف والتوزيع ومعلومات الأنواع ومصادر البيانات لكل نوع. بعد اكتمال قاعدة بيانات التوزيع المكاني للطيور، تبين أن 61% من الأنواع المعروفة في الصين موزعة في مناطق تتجاوز نطاق انتشارها المعروف سابقًا. [ 49 ]

قواعد البيانات الطبية

جروح القدم من قاعدة بيانات الجروح [ 50 ]

تُعدّ قواعد البيانات الطبية حالةً خاصةً من مصادر البيانات الطبية الحيوية، وتتراوح بين قوائم المراجع، مثل PubMed ، وقواعد بيانات الصور المستخدمة في تطوير برامج التشخيص القائمة على الذكاء الاصطناعي. فعلى سبيل المثال، طُوّرت إحدى قواعد بيانات الصور هذه بهدف المساعدة في تطوير خوارزميات مراقبة الجروح. [ 51 ] جُمعت أكثر من 188 مجموعة صور متعددة الوسائط من 79 زيارة لمرضى، وتضمنت صورًا فوتوغرافية، وصورًا حرارية، وخرائط عمق ثلاثية الأبعاد. رُسمت حدود الجروح يدويًا وأُضيفت إلى مجموعات بيانات الصور. [ 50 ] أُتيحت قاعدة البيانات للجمهور في شكل برنامج يُسمى WoundsDB، ويمكن تحميله من موقع قاعدة بيانات الجروح المزمنة.

المنشورات

يتم وصف قواعد البيانات البيولوجية وتحديثها بشكل شائع من خلال المنشورات التي تخضع لمراجعة الأقران، والتي تعمل كوثائق ووسيلة لنشرها في المجتمع.

يُعدّ العدد السنوي لقاعدة بيانات أبحاث الأحماض النووية (NAR)، الذي يُنشر عادةً في يناير، منصةً رئيسيةً لمثل هذه المنشورات . ويُقدّم هذا العدد الخاص مقالاتٍ تصف قواعد البيانات البيولوجية الجديدة، بالإضافة إلى تحديثاتٍ للموارد الحالية، ويُرفق بمجموعة قواعد بيانات البيولوجيا الجزيئية الإلكترونية التابعة لمجلة أبحاث الأحماض النووية. [ 52 ]

تشمل المجلات المتخصصة التي تركز على موارد البيانات البيولوجية مجلتي Database: The Journal of Biological Databases and Curation و GigaScience ، اللتين تنشران مقالات تصف قواعد البيانات والموارد المنسقة ومجموعات البيانات واسعة النطاق، وغالبًا ما يكون ذلك مصحوبًا بأدوات حاسوبية وسير عمل مرتبطة بها. [ 53 ] [ 54 ]

بالإضافة إلى ذلك، تنشر المجلات العامة التي تركز على البيانات مثل Scientific Data أوصافًا لمجموعات البيانات عبر مجموعة واسعة من التخصصات العلمية، بما في ذلك على سبيل المثال لا الحصر علوم الحياة.

انظر أيضاً

مراجع

  1. ↑ Szklarczyk D; Franceschini A; Kuhn M; et  al. (يناير 2011). "قاعدة بيانات STRING في عام 2011: شبكات التفاعل الوظيفي للبروتينات، متكاملة ومصنفة عالميًا" . Nucleic Acids Res . 39 (عدد قواعد البيانات): D561–8. doi : 10.1093/nar/ gkq973 . PMC 3013807. PMID 21045058 .  
  2. ↑ ألتمان، آر. بي. (مارس 2004). "بناء قواعد بيانات بيولوجية ناجحة" . موجز في المعلوماتية الحيوية . 5 (1): 4-5 . doi : 10.1093/bib/5.1.4 . PMID 15153301 . 
  3. 1 2 "موارد البيانات الأساسية لـ ELIXIR | ELIXIR" . elixir-europe.org . تم الاطلاع عليه بتاريخ 2026-04-09 .
  4. ↑ "موارد البيانات الأساسية" . إليكسير . تم الاسترجاع في 2026-04-08 .
  5. 1 2 BioStudies. "BioStudies < المعهد الأوروبي للمعلوماتية الحيوية < EMBL-EBI" . www.ebi.ac.uk. تاريخ الاسترجاع: 9 أبريل 2026 .
  6. ↑ "BacDive | قاعدة بيانات التنوع البكتيري" . bacdive.dsmz.de . تم الاطلاع عليه بتاريخ 9 أبريل 2026 .
  7. 1 2 "Bgee: بيانات التعبير الجيني في الحيوانات" . Bgee . تم الاسترجاع في 2026-04-09 .
  8. 1 2 3 4 EMBL-EBI. "الصفحة الرئيسية < أرشيف الصور الحيوية < EMBL-EBI" . www.ebi.ac.uk. تاريخ الاسترجاع: 9 أبريل 2026 .
  9. 1 2 "قاعدة بيانات إنزيمات بريندا" . www.brenda-enzymes.org . تم الاطلاع عليها بتاريخ 9 أبريل 2026 .
  10. 1 2 "CATH: قاعدة بيانات تصنيف بنية البروتين في جامعة كاليفورنيا بلندن" . www.cathdb.info . تاريخ الاسترجاع: 9 أبريل 2026 .
  11. 1 2 "سيلوسورس - موسوعة خطوط الخلايا" . www.cellosaurus.org . تم الاطلاع عليه بتاريخ 9 أبريل 2026 .
  12. 1 2 "ChEBI - الكيانات الكيميائية ذات الأهمية البيولوجية" . www.ebi.ac.uk. تم الاطلاع عليه بتاريخ 9 أبريل 2026 .
  13. 1 2 "ChEMBL - ChEMBL" . www.ebi.ac.uk. تم الاطلاع عليه بتاريخ 9 أبريل 2026 .
  14. 1 2 "أرشيف الجينوم والنمط الظاهري الأوروبي EGA - أرشيف الجينوم والنمط الظاهري الأوروبي EGA" . ega-archive.org . تم الاطلاع عليه بتاريخ 9 أبريل 2026 .
  15. 1 2 EMDB. "بنك بيانات المجهر الإلكتروني" . بنك بيانات المجهر الإلكتروني . تم الاسترجاع في 2026-04-09 .
  16. 1 2 "متصفح ENA" . www.ebi.ac.uk. تم الاطلاع عليه بتاريخ 9 أبريل 2026 .
  17. 1 2 "متصفح جينوم Ensembl 115" . www.ensembl.org . تم الاطلاع عليه بتاريخ 9 أبريل 2026 .
  18. 1 2 "Ensembl Genomes" . ensemblgenomes.org . تم الاطلاع عليه بتاريخ 2026-04-09 .
  19. 1 2 "Europe PMC" . europepmc.org . تم الاطلاع عليه بتاريخ 2026-04-09 .
  20. ↑ "كتالوج GWAS" . www.ebi.ac.uk. تم الاطلاع عليه بتاريخ 9 أبريل 2026 .
  21. ↑ "كتالوج GWAS" . www.ebi.ac.uk. تم الاطلاع عليه بتاريخ 9 أبريل 2026 .
  22. 1 2 "الصفحة الرئيسية | لجنة تسمية جينات HUGO" . www.genenames.org . تم الاطلاع عليه بتاريخ 9 أبريل 2026 .
  23. 1 2 "أطلس البروتين البشري" . www.proteinatlas.org . تم الاطلاع عليه بتاريخ 9 أبريل 2026 .
  24. 1 2 "بوابة IntAct" . www.ebi.ac.uk. تم الاطلاع عليه بتاريخ 9 أبريل 2026 .
  25. ↑ "قاعدة بيانات التفاعلات الجزيئية - مورد أساسي من موارد ELIXIR" . تم الاطلاع عليه بتاريخ 2026-04-09 .
  26. 1 2 3 4 "InterPro" . www.ebi.ac.uk. تاريخ الاسترجاع: 9 أبريل 2026 .
  27. 1 2 "MGnify - EBI" . www.ebi.ac.uk. تم الاطلاع عليه بتاريخ 9 أبريل 2026 .
  28. 1 2 كونروي، ماثيو جيه؛ أندروز، روبرت إم؛ أندروز، سيمون؛ كوكاين، لورين؛ دينيس، إدوارد إيه؛ فاهي، إوين؛ غود، كارولين؛ غريفيث، ويليام جيه؛ جوكس، جيف؛ كولشين، ماكسيم؛ مينديفيلسو، كارلا؛ لوبيز-كلافيجو، أندريا إف؛ ريدي، كارولين؛ سوبرامانيام، شانكار؛ أودونيل، فاليري بي (2024-01-05). " خرائط الدهون: تحديث لقواعد البيانات والأدوات لمجتمع علم الدهون" . أبحاث الأحماض النووية . 52 (D1): D1677– D1682. doi : 10.1093/nar/gkad896 . ISSN 0305-1048 . PMC 10767878. PMID 37855672 .   
  29. 1 2 "LPSN - قائمة أسماء بدائيات النوى ذات المكانة في التسمية" . lpsn.dsmz.de. تم الاطلاع عليه بتاريخ 9 أبريل 2026 .
  30. 1 2 "مجموعات بيانات أورفانيت - ساينسز أورفاداتا - أورفانيت" . sciences.orphadata.com . تم الاطلاع عليه بتاريخ 9 أبريل 2026 .
  31. 1 2 "قاعدة بيانات OMA Orthology" . omabrowser.org . تم الاسترجاع في 2026-04-09 .
  32. 1 2 "OrthoDB | جينات متماثلة | مختبر زدوبنوف" . www.orthodb.org . تم الاطلاع عليه بتاريخ 9 أبريل 2026 .
  33. 1 2 "الصفحة الرئيسية | بنك بيانات البروتين في أوروبا" . www.ebi.ac.uk. تاريخ الاسترجاع: 9 أبريل 2026 .
  34. 1 2 "PomBase" . www.pombase.org . تم الاطلاع عليه بتاريخ 2026-04-09 .
  35. 1 2 "PRIDE - قاعدة بيانات تعريف البروتينات" . www.ebi.ac.uk. تم الاطلاع عليه بتاريخ 9 أبريل 2026 .
  36. 1 2 "الصفحة الرئيسية - قاعدة بيانات مسارات Reactome" . reactome.org . تم الاسترجاع في 2026-04-09 .
  37. 1 2 "قاعدة بيانات ردود فعل الريا" . www.rhea-db.org . تم الاطلاع عليها بتاريخ 9 أبريل 2026 .
  38. 1 2 "سيلفا: سيلفا" . www.arb-silva.de . تم الاطلاع عليه بتاريخ 2026-04-09 .
  39. 1 2 "STRING: شبكات ارتباط البروتينات الوظيفية" . string-db.org . تم الاسترجاع في 2026-04-09 .
  40. 1 2 "SWISS-MODEL" . swissmodel.expasy.org . تم الاطلاع عليه بتاريخ 2026-04-09 .
  41. 1 2 "UniProt" . UniProt . تم الاسترجاع في 2026-04-09 .
  42. 1 2 "VEuPathDB" . veupathdb.org . تم الاسترجاع في 2026-04-09 .
  43. ^ Rutherford KM، Lera-Ramírez M، Wood V (مايو 2024). "PomBase: مورد عالمي أساسي للبيانات الحيوية - النمو والتعاون والاستدامة" . علم الوراثة . 227 (1) iyae007. دوى : 10.1093/علم الوراثة/iyae007 . بمك 11075564 . بميد 38376816 .  
  44. ↑ كتالوج الحياة (2001). "الصفحة الرئيسية" . بحث . الأنواع 2000. مؤرشف من الأصل بتاريخ 2022-05-05 . تم الاسترجاع بتاريخ 2022-05-05 .
  45. ↑ جونز، أندرو سي. (2011). "تحديد وربط المفاهيم البيولوجية في فهرس الحياة" . مجلة علم الدلالة الطبية الحيوية . 2 (1): 7. doi : 10.1186/2041-1480-2-7 . PMC 3245425. PMID 22004596 .  
  46. ↑ كتالوج الحياة (2001). "ما هو كتالوج الحياة؟" . مهمتنا . الأنواع 2000. مؤرشف من الأصل بتاريخ 2022-05-05 . تم الاسترجاع بتاريخ 2022-05-05 .
  47. ↑ كتالوج الحياة (2001). "مجموعات البيانات المصدرية" . الأنواع 2000. مؤرشف من الأصل بتاريخ 14-05-2022 . تم الاسترجاع بتاريخ 05-05-2022 .
  48. ↑ كتالوج الحياة (2001). "التمويل" . الأنواع 2000. مؤرشف من الأصل بتاريخ 2022-05-05 . تم الاسترجاع بتاريخ 2022-05-05 .
  49. 1 2 داي، شوانغ (2019). " قاعدة بيانات رقمية مكانية لجميع أنواع الطيور في الصين". مجلة ساينس تشاينا لعلوم الحياة . 62 (5): 661-667 . doi : 10.1007/s11427-018-9419-2 . PMID 30900164. S2CID 84845653 .  
  50. 1 2 "قاعدة بيانات الجروح المزمنة" . WoundsDB . جامعة سيليزيا للتكنولوجيا. 2020. تم الاطلاع عليه بتاريخ 5 مايو 2022 .
  51. ↑ كريسيتشفوست، ميخال (2021). "قاعدة بيانات الصور متعددة الوسائط للجروح المزمنة" . التصوير الطبي المحوسب والرسومات . 88 101844. doi : 10.1016/j.compmedimag.2020.101844 . PMID 33477091. S2CID 231676950 .  
  52. ↑ ريغدن، دانيال ج.؛ فرنانديز، خوسيه م. (2026). "إصدار قاعدة بيانات أبحاث الأحماض النووية لعام 2026 ومجموعة قواعد بيانات البيولوجيا الجزيئية على الإنترنت" . أبحاث الأحماض النووية . 54 (D1): D1– D9. doi : 10.1093/nar/gkaf1427 . PMC 12807761. PMID 41431842 .  
  53. ↑ لاندسمان، ديفيد؛ جنتلمان، روبرت؛ كيلسو، جانيت؛ أويليت، بي إف فرانسيس (2009). "قاعدة البيانات: منتدى جديد لقواعد البيانات البيولوجية والتنسيق" . قاعدة البيانات (أكسفورد) bap002. doi : 10.1093/database/bap002 . PMC 2790300. PMID 20157475 .  
  54. ↑ كيربيدس، نيكوس سي؛ أندروز-فانكوش، كاثرين؛ وايت، أوين (2012). "جيجا ساينس: مجلة جديدة للعلوم كثيفة البيانات" . جيجا ساينس . 1 (1): 7. doi : 10.1186/2047-217X-1-7 . PMC 3621314. PMID 23587260 .