قاعدة بيانات مسار الإجماع

📅 آخر تحديث: ١ أغسطس ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ١ أغسطس ٢٠٢٦
📷 يحتوي على 1 صور
الموسوعة الحرة

قاعدة بيانات ConsensusPathDB هي قاعدة بيانات للتفاعلات الوظيفية الجزيئية ، تجمع معلومات حول تفاعلات البروتينات ، والتفاعلات الجينية ، والإشارات الخلوية، والتمثيل الغذائي ، وتنظيم الجينات ، وتفاعلات الأدوية مع أهدافها في البشر. تتضمن ConsensusPathDB حاليًا (الإصدار 30) هذه التفاعلات من 32 قاعدة بيانات. [ 1 ] تتوفر ConsensusPathDB مجانًا للاستخدام الأكاديمي عبر الرابط http://ConsensusPathDB.org .

قواعد البيانات المتكاملة

الوظائف

يمكن الوصول إلى قاعدة بيانات ConsensusPathDB عبر واجهة ويب توفر مجموعة متنوعة من الوظائف.

البحث والتصور

باستخدام واجهة الويب، يمكن للمستخدمين البحث عن الكيانات الفيزيائية (مثل البروتينات ، والمستقلبات، وما إلى ذلك) أو المسارات باستخدام الأسماء الشائعة أو أرقام الوصول (مثل مُعرّفات UniProt ). ويمكن عرض التفاعلات المُختارة في بيئة تفاعلية على شكل شبكات قابلة للتوسيع. ويتيح ConsensusPathDB حاليًا للمستخدمين تصدير نماذجهم بتنسيق BioPAX أو كصورة بتنسيقات متعددة.

أقصر مسار

يمكن للمستخدمين البحث عن أقصر مسارات التفاعلات الوظيفية بين الكيانات المادية، استنادًا إلى جميع التفاعلات الموجودة في قاعدة البيانات. ويمكن تقييد البحث عن المسار بمنع المرور عبر كيانات مادية معينة.

تحميل البيانات

يمكن للمستخدمين تحميل شبكات التفاعل الخاصة بهم في ملفات BioPAX أو PSI-MI أو SBML من أجل التحقق من صحة هذه الشبكات و/أو توسيعها في سياق التفاعلات في ConsensusPathDB.

تحليل التمثيل الزائد

باستخدام واجهة الويب الخاصة بقاعدة البيانات، يُمكن إجراء تحليل التمثيل الزائد، استنادًا إلى المسارات البيوكيميائية أو إلى مجموعات الكيانات المجاورة (NESTs) التي تُشكّل شبكات فرعية من شبكة التفاعل الكلية، والتي تحتوي على جميع الكيانات الفيزيائية المحيطة بكيان مركزي ضمن "نصف قطر" (عدد التفاعلات من المركز). لكل مجموعة مُحددة مسبقًا (مسار/مجموعة كيانات مجاورة)، يتم حساب قيمة P بناءً على التوزيع الهندسي الفائق . وتعكس هذه القيمة دلالة التداخل الملحوظ بين قائمة الجينات المُدخلة من قِبل المستخدم وأعضاء المجموعة المُحددة مسبقًا.

يمكن إجراء تحليلات التمثيل الزائد باستخدام الجينات أو المستقلبات التي يحددها المستخدم.

مراجع

  1. 1 2 كامبوروف، أتاناس؛ بنتشف، كونستانتين؛ جاليكا، حنا؛ ويرلينغ، كريستوف؛ ليرش، هانز؛ هيرفيغ، رالف (يناير 2011). " ConsensusPathDB: نحو صورة أكثر اكتمالاً لبيولوجيا الخلية" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 39 (عدد قواعد البيانات). إنجلترا: D712-7. doi : 10.1093/nar/gkq1156 . PMC 3013724. PMID 21071422 .