إكسوكارتا

الموسوعة الحرة

ExoCarta هي قاعدة بيانات منسقة يدويًا للبروتينات الخارجية والحمض النووي الريبي والدهون . [ 1 ] [ 2 ]

الإكسوسومات هي حويصلات مشتقة من الخلايا، وتوجد في العديد من السوائل البيولوجية، وربما جميعها، بما في ذلك الدم والبول والوسط المستنبت للخلايا . [ 3 ] [ 4 ] يتراوح قطر الإكسوسومات المُبلغ عنه بين 30 و100 نانومتر، وهو أكبر من البروتين الدهني منخفض الكثافة (LDL) ، ولكنه أصغر بكثير من خلايا الدم الحمراء ، على سبيل المثال . تُطلق الإكسوسومات إما من الخلية عند اندماج الأجسام متعددة الحويصلات مع الغشاء البلازمي ، أو تُطلق مباشرةً من الغشاء البلازمي. [ 5 ] يتضح بشكل متزايد أن للإكسوسومات وظائف متخصصة، وتلعب دورًا رئيسيًا في عمليات حيوية مثل التخثر ، والتواصل بين الخلايا، وإدارة الفضلات. [ 3 ] ونتيجةً لذلك، يتزايد الاهتمام بالتطبيقات السريرية للإكسوسومات. إذ يُمكن استخدامها في التنبؤ بالتشخيص، والعلاج، والمؤشرات الحيوية للصحة والمرض. 

تحليل المعلوماتية الحيوية للإكسوسومات

تحتوي الإكسوسومات على الحمض النووي الريبوزي (RNA) والبروتينات والدهون والمستقلبات التي تعكس نوع الخلية الأصلية. ونظرًا لاحتواء الإكسوسومات على العديد من الجزيئات النشطة بيولوجيًا، بما في ذلك البروتينات والأحماض النووية والدهون والسكريات ومشتقاتها، غالبًا ما تُجرى تحليلات واسعة النطاق تشمل علم البروتينات وعلم النسخ . [ 6 ] حاليًا، لتحليل هذه البيانات، يمكن استخدام أدوات غير تجارية مثل FunRich [ 7 ] لتحديد مجموعات الجزيئات الأكثر وفرة.

مراجع

  1. ↑ ماثيفانان، سوريش؛ فاهنر، كاسي جيه؛ ريد، جافين إي؛ سيمبسون، ريتشارد جيه (أكتوبر 2011). "إكسوكارتا 2012: قاعدة بيانات للبروتينات الخارجية، والحمض النووي الريبي، والدهون" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 40 (عدد قواعد البيانات): D1241–4. doi : 10.1093/nar/gkr828 . PMC 3245025. PMID 21989406 .  
  2. ↑ ماثيفانان إس، سيمبسون آر جيه (2009) . "إكسوكارتا: موسوعة بروتينات وحمض نووي ريبوزي إكسوسومي". بروتيوميكس . 9 (21): 4997-5000 . doi : 10.1002/pmic.200900351 . PMID 19810033. S2CID 22275212 .  
  3. 1 2 فان دير بول إي؛ بوينغ، إيه إن؛ هاريسون بي؛ ستورك إيه؛ نيولاند آر (2012). " تصنيف ووظائف وأهمية الحويصلات خارج الخلوية سريريًا". مراجعة علم الأدوية. 64 ( 3): 676-705 . doi : 10.1124/pr.112.005983 . PMID 22722893. S2CID 7764903 .  
  4. ↑ كيلر إس؛ ساندرسون إم بي؛ ستويك إيه؛ ألتيفوغت بي (2006). "الإكسوسومات: من التكوين والإفراز إلى الوظيفة البيولوجية". رسائل علم المناعة 107 (2): 102-108 . doi : 10.1016/j.imlet.2006.09.005 . PMID 17067686 . 
  5. ↑ بوث إيه إم؛ فانغ واي؛ فالون جيه كيه؛ يانغ جيه إم؛ هيلدريث جيه إي؛ غولد إس جيه (2006). " تنشأ الحويصلات الخارجية وبروتين Gag لفيروس نقص المناعة البشرية من نطاقات شبيهة بالإندوسومات في غشاء بلازما الخلية التائية" . مجلة بيولوجيا الخلية . 172 (6): 932-935 . doi : 10.1083/jcb.200508014 . PMC 2063735. PMID 16533950 .  
  6. ↑ رودرابراساد، دانويني؛ راوات، أديش؛ جوزيف، جوفيتا (2022-01-01). "الإكسوسومات، الحويصلات خارج الخلوية والعين" . بحوث العين التجريبية . 214 108892. doi : 10.1016/j.exer.2021.108892 . ISSN 0014-4835 . PMID 34896308. S2CID 245028439 .   
  7. ↑ باثان، م؛ كيرثيكومار، س؛ أنج، س.س؛ جانجودا، ل؛ كويك، س.ي؛ ويليامسون، ن.أ؛ مرادوف، د؛ سيبر، أ.م؛ سيمبسون، ر.ج؛ سليم، أ؛ باسيك، أ؛ هيل، أ؛ سترود، د.أ؛ رايان، م.ت؛ أجبينيا، ج.إ؛ مارياداسون، ج.م؛ بورغيس، أ.و؛ ماثيفانان، س (2015). "موجز تقني: أداة تحليل شبكات التفاعل والإثراء الوظيفي المستقلة مفتوحة الوصول". علم البروتينات . 15 (15): 2597-2601 . doi : 10.1002/pmic.201400515 . PMID 25921073. S2CID 28583044 .