الفيبروباكتيروتا

شعبة البكتيريا الفيبروباكتيروتا هي شعبة بكتيرية صغيرة تضم العديد من البكتيريا الرئيسية في الكرش ، مما يسمح بتحليل السليلوز النباتي في الحيوانات المجترة . وقد صُنفت أفراد هذه الشعبة ضمن شعب أخرى. أُزيل جنس الفيبروباكتر من جنس البكتيرويدس عام ١٩٨٨. [ ٢ ]

دراسات علم الوراثة العرقي وعلم الجينوم المقارن

على الرغم من أن شعبة Fibrobacterota تُصنف حاليًا كشعبة مستقلة، إلا أن الدراسات التطورية القائمة على تسلسل بروتيني RpoC وGyrase B تشير إلى أن Fibrobacter succinogenes ترتبط ارتباطًا وثيقًا بالأنواع المنتمية إلى شعبتي Bacteroidetes و Chlorobi . [ 3 ] كما تتفرع الأنواع المنتمية إلى هذه الشعب الثلاث في الموضع نفسه بناءً على عمليات الحذف والإدخال المميزة المحفوظة في عدد من البروتينات المهمة. [ 4 ] وأخيرًا، والأهم من ذلك، حددت الدراسات الجينومية المقارنة عمليتي حذف وإدخال مميزتين محفوظتين (إدخال من 5 إلى 7 أحماض أمينية في بروتين RpoC وإدخال من 13 إلى 16 حمضًا أمينيًا في سيرين هيدروكسي ميثيل ترانسفيراز ) وبروتينًا مميزًا واحدًا (PG00081) تشترك فيها جميع الأنواع المنتمية إلى هذه الشعب الثلاث بشكل فريد. [ 5 ] تُقدّم هذه النتائج مجتمعةً أدلةً دامغةً على أن الأنواع المنتمية إلى هذه الشعب الثلاث تشترك في سلفٍ مشتركٍ لا يمتّ بصلةٍ إلى جميع أنواع البكتيريا الأخرى، وقد اقتُرح الاعتراف بها جميعًا كجزءٍ من شعبةٍ فائقةٍ واحدةٍ تُسمى "FCB". [ 3 ] [ 5 ]

نسالة

علم تطور السلالات لبكتيريا الفيبروباكتيروتا.

LTP القائم على 16S rRNA _10_2024 [ 6 ] [ 7 ] [ 8 ]120 بروتينًا دلاليًا بناءً على GTDB 09-RS220 [ 9 ] [ 10 ] [ 11 ]
البكتيريا الليفية
الفيبروباكتيراليس
فيبروباكتر سكسينوجينز

F. s. elongatus

F. s. succinogenes

هالريلا

H. porci

H. succinigenes

فيبروباكتر إنتستيناليس

فيبروباكتيراسيا

" بكتيريا ريموند " (RIF7)

البكتيريا الليفية
الفيبروباكتيراليس

" Ca. Fibromonas termitidis"

فيبروباكتر

F. succinogenes elongatus

F. succinogenes

هالريلا

H. succinigenes

H. porci

فيبروباكتر إنتستيناليس

فيبروباكتيراسيا

التصنيف

يعتمد التصنيف المقبول حاليًا على قائمة أسماء بدائيات النوى ذات المكانة في التسمية (LSPN) [ 12 ] والمركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية (NCBI). [ 13 ]

شعبة البكتيريا الليفية وبعض جيرانها من الناحية التطورية
  • فئة Chitinispirillia Sorokin et al. 2016
  • فئة Chitinivibrionia Sorokin et al. 2014
  • فئة البكتيريا الليفية (Spain et al. 2012)
    • رتبة Fibrobacterales إسبانيا وآخرون 2012 ["Fibromonadales" عبد الرحمن وآخرون 2016 ]
      • عائلة Fibrobacteraceae إسبانيا وآخرون 2012 [Fibromonadaceae" عبد الرحمن وآخرون 2016 ]
        • جنس فيبروباكتر مونتغمري وآخرون 1988
          • النوع F. intestinalis Montgomery et al. 1988
          • النوع F. succinogenes (Hungate 1950) Montgomery et al. 1988
            • النوع الفرعي F. s. elongatus Montgomery et al. 1988
            • النوع الفرعي F. s. succinogenes (Hungate 1950) Montgomery et al. 1988
        • جنس Candidatus Fibromonas عبد الرحمن وآخرون . 2016
          • الأنواع " Ca. F. النمل الأبيض" عبد الرحمن وآخرون. 2016
        • جنس " هاليريلا " ويلينسك وآخرون. 2020
          • الأنواع " H. porci " ويلينسك وآخرون. 2021
          • النوع " H. succinigenes " Wylensek et al. 2020

توزيع

تُعتبر شعبة Fibrobacterota وثيقة الصلة بشعبة CFB [Cytophaga-Flavibacterium-Bacteroidota]. [ 5 ] وهي تضم جنس Fibrobacter ، الذي توجد سلالاته في أمعاء العديد من الثدييات، بما في ذلك الأبقار والخنازير. [ 14 ] يُعدّ النوعان الموصوفان في هذا الجنس، وهما Fibrobacter succinogenes و Fibrobacter intestinalis، من الأعضاء المهمة في المجتمعات الليفية في أمعاء الثدييات، وقد حظيا باهتمام كبير في العقود الأخيرة نظرًا للاهتمام الطويل الأمد بالميكروبات القادرة على تحليل الألياف النباتية.

تشير الأدلة الجزيئية المستندة إلى تضخيم جينات 16rRNA من بيئات مختلفة إلى أن هذه الشعبة أكثر انتشارًا مما كان يُعتقد سابقًا. [ 15 ] [ 16 ] تتجمع معظم السلالات المستنسخة من بيئات الثدييات مع العزلات المعروفة فيما يُعرف بالشعبة الفرعية 1. [ 16 ] أما أفراد الشعبة الفرعية 2، فقد وُجدوا حتى الآن فقط في أمعاء النمل الأبيض. [ 16 ] [ 17 ] وفي بعض أنواع الصراصير التي تتغذى على الفضلات. [ 18 ] يشير انتشار الشعبة الفرعية 2 في المجتمعات البكتيرية المرتبطة بالألياف السليلوزية في الأمعاء الخلفية لنمل Nasutitermes corniger الذي يتغذى على الخشب إلى أنها تلعب دورًا مهمًا في تحلل المواد النباتية لدى النمل الأبيض الراقي. [ 19 ]

انظر أيضاً

مراجع

  1. أورين أ، غاريتي جي إم (2021). "نشر أسماء اثنتين وأربعين شعبة من بدائيات النوى بشكل صحيح" . المجلة الدولية لعلم الأحياء الدقيقة المنهجي والتطوري . 71 (10): 5056. doi : 10.1099/ijsem.0.005056 . PMID 34694987. S2CID 239887308 .  
  2. مونتغمري إل، فليشر بي، ستال دي (1988). "نقل بكتيريا Bacteroides succinogenes (هونجيت) إلى جنس Fibrobacter الجديد كـ Fibrobacter succinogenes comb. nov. ووصف نوع Fibrobacter intestinalis الجديد" . المجلة الدولية لعلم البكتيريا المنهجي . 38 (4): 430-435 . doi : 10.1099/00207713-38-4-430 .
  3. 1 2 غوبتا، آر إس (2004) . "التطور السلالي وخصائص التسلسل المميز لبكتيريا الفيبروباكتيريس، والكلوروبي، والبكتيرويديتس". مراجعات نقدية في علم الأحياء الدقيقة . 30 (2): 123-140 . doi : 10.1080/10408410490435133 . PMID 15239383. S2CID 24565648 .  
  4. غريفيث، إي؛ غوبتا، آر إس (2001). "استخدام التسلسلات المميزة في بروتينات مختلفة لتحديد الترتيب النسبي لتفرع الانقسامات البكتيرية: دليل على أن جنس فيبروباكتر تباعد في وقت مماثل لجنس الكلاميديا ​​وشعبة سيتوفاغا-فلافوباكتيريوم-بكتيرويدس" . علم الأحياء الدقيقة . 147 (9): 2611-2622 . doi : 10.1099/00221287-147-9-2611 . PMID 11535801 . 
  5. 1 2 3 غوبتا، آر إس؛ لورنزيني، إي. (2007). "التطور السلالي والبصمات الجزيئية (البروتينات المحفوظة والحذف والإدخال) الخاصة بأنواع البكتيرويديتس والكلوروبي" . بي إم سي بيولوجيا التطور . 7 : 71. doi : 10.1186/1471-2148-7-71 . PMC 1887533. PMID 17488508 .  
  6. "The LTP" . تم الاطلاع عليه بتاريخ 10 ديسمبر 2024 .
  7. "شجرة LTP_all بتنسيق نيوك" . تم الاطلاع عليها بتاريخ 10 ديسمبر 2024 .
  8. "ملاحظات إصدار LTP_10_2024" (ملف PDF) . تم الاطلاع عليه بتاريخ 10 ديسمبر 2024 .
  9. "إصدار GTDB 09-RS220" . قاعدة بيانات تصنيف الجينوم . تم الاسترجاع في 10 مايو 2024 .
  10. "bac120_r220.sp_labels" . قاعدة بيانات تصنيف الجينوم . تم الاسترجاع في 10 مايو 2024 .
  11. "تاريخ التصنيف" . قاعدة بيانات تصنيف الجينوم . تم الاسترجاع في 10 مايو 2024 .
  12. فيبروباكتيروتا في LPSN ؛ فريز، إتش إم؛ ماير-كولثوف، جيه بي؛ ساردا كارباس، جيه؛ أفولايان، إيه أو؛ جوكر، إم. (29 أكتوبر 2025). "TYGS وLPSN في عام 2025: مورد بيانات حيوية أساسي عالمي للتصنيف والتسمية الجينية للكائنات بدائية النواة ضمن التنوع الرقمي DSMZ". أبحاث الأحماض النووية . 53 : D1– D12. doi : 10.1093/nar/gkaf1110 .
  13. شوخ سي إل وآخرون . "البكتيريا الليفية" . قاعدة بيانات التصنيف التابعة للمركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية (NCBI) . تم الاسترجاع في 2025-06-05 . 
  14. تشي، م.؛ نيلسون، ك.إ.؛ دورتي، س.س.؛ نيلسون، و.س.؛ هانس، إ.ر.؛ موريسون، م.؛ فورسبيرغ، س.و. (2005). "خصائص جزيئية جديدة لبكتيريا الأمعاء الليفية Fibrobacter intestinalis لا تشترك فيها مع Fibrobacter succinogenes كما تم تحديدها بواسطة التهجين الطرحي الكابت" . مجلة علم البكتيريا . 187 (11): 3739-3751 . doi : 10.1128/jb.187.11.3739-3751.2005 . PMC 1112041. PMID 15901698 .  
  15. ماكدونالد، جيه إي؛ لوكهارت، آر جيه؛ كوكس، إم جيه؛ أليسون، إتش إي؛ مكارثي، إيه جيه (2008). "الكشف عن تجمعات جديدة من بكتيريا فيبروباكتر في مواقع دفن النفايات وتحديد وفرتها النسبية باستخدام تفاعل البوليميراز المتسلسل الكمي". علم الأحياء الدقيقة البيئية . 10 (5): 1310-1319 . doi : 10.1111/j.1462-2920.2007.01544.x . PMID 18266756 . 
  16. هونغوه، واي.؛ ديفونغ، بي.؛ هاتوري، إس.؛ إينوي، تي.؛ نودا، إس.؛ نوباراتنارابورن، إن.؛ كودو، تي.؛ أوكوما، إم. (2006). "التنوع الوراثي، والتوطين، وشكل الخلايا لأفراد الشعبة المرشحة TG3 وشعبة فرعية ضمن شعبة Fibrobacteres ، وهي مجموعات بكتيرية مكتشفة حديثًا سائدة في أمعاء النمل الأبيض" . علم الأحياء الدقيقة التطبيقي والبيئي . 72 (10): 6780-6788 . Bibcode : 2006ApEnM..72.6780H . doi : 10.1128/aem.00891-06 . PMC 1610327. PMID 17021231 .  
  17. ميكايليان، أ.؛ ديتريش، س.؛ كولر، ت.؛ بولسن، م.؛ سيلام-دوسيس، د.؛ برون، أ. (2015). "النظام الغذائي هو المحدد الرئيسي لبنية المجتمع البكتيري في أمعاء النمل الأبيض الراقي". علم البيئة الجزيئية . 24 (20): 5824-5895 . doi : 10.1111/mec.13376 . PMID 26348261. S2CID 206182668 .  
  18. ميكايليان، أ.؛ كولر، ت.؛ لامبرت، ن.؛ رولاند، ج.؛ بوغا، هـ.؛ ميوزر، ك.؛ برون، أ. (2015). "تصنيف الميكروبات المعوية البكتيرية للنمل الأبيض والصراصير: قاعدة بيانات مرجعية تصنيفية منقحة (DictDb)". علم الأحياء الدقيقة المنهجي والتطبيقي . 38 (7): 472-482 . doi : 10.1016/j.syapm.2015.07.004 . PMID 26283320 . 
  19. ميكايليان، أ.؛ ستراسرت، ج.؛ توكودا، ج.؛ برون، أ. (2014). "المجتمع البكتيري المحلل للسليلوز المرتبط بالألياف في الأمعاء الخلفية للنمل الأبيض عالي التغذية على الخشب (Nasutitermes spp.)". علم الأحياء الدقيقة البيئية . 16 (9): 2711-2722 . doi : 10.1111/1462-2920.12425 .
  • هولت، ج. ج. (محرر). (1994). دليل بيرجي لتصنيف البكتيريا (  الطبعة التاسعة). ويليامز وويلكنز. ISBN 978-0-683-00603-2.