التشفير

موسوعة عناصر الحمض النووي ( ENCODE ) هي مشروع بحثي عام يهدف إلى "بناء قائمة شاملة بأجزاء العناصر الوظيفية في الجينوم البشري ". ^{[ 2 ]}

يدعم مشروع ENCODE أيضًا المزيد من البحوث الطبية الحيوية من خلال "إنشاء موارد مجتمعية لبيانات الجينوم، والبرمجيات، والأدوات، والأساليب لتحليل بيانات الجينوم ، والمنتجات الناتجة عن تحليلات البيانات وتفسيراتها". ^{[ 3 ] [ 2 ]}

تعمل المرحلة الحالية من مشروع ENCODE (2016-2019) على تعزيز مواردها من خلال زيادة عدد أنواع الخلايا وأنواع البيانات والتحليلات، وتشمل الآن دعم فحص جينوم الفأر. ^{[ 3 ]}

أطلق المعهد الوطني الأمريكي لأبحاث الجينوم البشري (NHGRI) مشروع ENCODE في سبتمبر 2003. ^{[ 4 ] [ 5 ] [ 6 ] [ 7 ] [ 8 ]} ويهدف مشروع ENCODE، الذي يُعدّ استكمالاً لمشروع الجينوم البشري ، إلى تحديد جميع العناصر الوظيفية في الجينوم البشري . ^{[ 9 ]}

يضم المشروع اتحادًا عالميًا من مجموعات البحث، ويمكن الوصول إلى البيانات الناتجة عنه عبر قواعد البيانات العامة. صدرت النسخة الأولى من مشروع ENCODE عام 2013، ومنذ ذلك الحين، يجري تحديثها وفقًا لتوصيات أعضاء الاتحاد ومجتمع العلماء الأوسع الذين يستخدمون البوابة للوصول إلى بيانات ENCODE. يتمثل الهدف الرئيسي لمشروع ENCODE في شقين: أولهما أن يكون قاعدة بيانات متاحة للعموم لـ "البروتوكولات التجريبية، والإجراءات التحليلية، والبيانات نفسها"، وثانيهما أن "تُتيح الواجهة نفسها بيانات وصفية مُدققة بعناية تُسجل مصدر البيانات وتُبرر تفسيرها من الناحية البيولوجية". ^{[ 10 ]} بدأ المشروع مرحلته الرابعة (ENCODE 4) في فبراير 2017. ^{[ 11 ]}

يُقدّر أن لدى البشر حوالي 20,000 جين مُشفّر للبروتينات ، تُشكّل ما يُقارب 1.5% من الحمض النووي في الجينوم البشري. يهدف مشروع ENCODE بشكل أساسي إلى تحديد دور الجزء المتبقي من الجينوم، والذي كان يُعتبر في معظمه تقليديًا "حمضًا نوويًا غير وظيفي". يُمكن تنظيم نشاط وتعبير الجينات المُشفّرة للبروتينات بواسطة " الريغولوم " - وهو مجموعة متنوعة من عناصر الحمض النووي ، مثل المُحفّزات ، وتسلسلات تنظيم النسخ، ومناطق بنية الكروماتين وتعديلات الهيستون . يُعتقد أن التغييرات في تنظيم نشاط الجينات يُمكن أن تُعطّل إنتاج البروتين والعمليات الخلوية ، مما يؤدي إلى الإصابة بالأمراض. إن تحديد موقع هذه العناصر التنظيمية وكيفية تأثيرها على نسخ الجينات قد يكشف عن روابط بين الاختلافات في التعبير عن جينات مُعينة وتطور الأمراض. ^{[ 12 ]}

يهدف مشروع ENCODE أيضاً إلى أن يكون مورداً شاملاً لتمكين المجتمع العلمي من فهم أفضل لكيفية تأثير الجينوم على صحة الإنسان، و"تحفيز تطوير علاجات جديدة للوقاية من هذه الأمراض وعلاجها". ^{[ 5 ]}

يتألف اتحاد ENCODE بشكل أساسي من علماء ممولين من قبل المعهد الوطني الأمريكي لأبحاث الجينوم البشري (NHGRI). أما المشاركون الآخرون الذين يساهمون في المشروع فيتم ضمهم إلى الاتحاد أو فريق العمل المعني بالتحليل.

تألفت المرحلة التجريبية من ثماني مجموعات بحثية، بالإضافة إلى اثنتي عشرة مجموعة شاركت في مرحلة تطوير تقنية مشروع ENCODE. بعد عام 2007، ازداد عدد المشاركين ليصل إلى 440 عالماً موزعين على 32 مختبراً حول العالم، وذلك مع انتهاء المرحلة التجريبية رسمياً. حالياً، يتألف الاتحاد من مراكز مختلفة تضطلع بمهام متنوعة.

يُعد مشروع ENCODE عضوًا في الاتحاد الدولي لعلم الجينوم البشري (IHEC). ^{[ 14 ]}

يتمثل الشرط الرئيسي للمعهد الوطني لأبحاث الجينوم البشري (NHGRI) فيما يتعلق بمنتجات الأبحاث الممولة من مشروع ENCODE في مشاركتها مجانًا وبطريقة سهلة الوصول لجميع الباحثين بهدف تعزيز أبحاث الجينوم. وتتيح أبحاث ENCODE إمكانية تكرار النتائج ، وبالتالي شفافية البرامج والأساليب والبيانات والأدوات الأخرى المتعلقة بتحليل الجينوم. ^{[ 3 ]}

يُنفذ مشروع ENCODE حاليًا على أربع مراحل: المرحلة التجريبية ومرحلة تطوير التقنية، اللتان بدأتا في آن واحد؛ ^{[ 15 ]} ومرحلة الإنتاج. أما المرحلة الرابعة فهي امتداد للمرحلة الثالثة، وتشمل توصيفًا وظيفيًا وتحليلًا تكامليًا إضافيًا للموسوعة.

كان الهدف من المرحلة التجريبية تحديد مجموعة من الإجراءات التي يمكن تطبيقها مجتمعةً بكفاءة عالية من حيث التكلفة والإنتاجية، وذلك لتوصيف مناطق واسعة من الجينوم البشري بدقة وشمولية . وكان من المفترض أن تكشف هذه المرحلة عن الثغرات في الأدوات الحالية المستخدمة للكشف عن التسلسلات الوظيفية، وأن توضح أيضًا ما إذا كانت بعض الطرق المستخدمة آنذاك غير فعالة أو غير مناسبة للاستخدام على نطاق واسع. وقد تطلّب الأمر معالجة بعض هذه المشكلات في مرحلة تطوير تقنية ENCODE، التي هدفت إلى ابتكار أساليب مخبرية وحاسوبية جديدة من شأنها تحسين قدرتنا على تحديد التسلسلات الوظيفية المعروفة أو اكتشاف عناصر جينومية وظيفية جديدة. وقد حددت نتائج المرحلتين الأوليين أفضل مسار لتحليل النسبة المتبقية البالغة 99% من الجينوم البشري في مرحلة إنتاج شاملة وفعالة من حيث التكلفة. ^{[ 5 ]}

مشروع ENCODE المرحلة الثانية: مشروع مرحلة الإنتاج

في سبتمبر 2007، بدأ المعهد الوطني لأبحاث الجينوم البشري (NHGRI) بتمويل مرحلة الإنتاج لمشروع ENCODE. في هذه المرحلة، كان الهدف هو تحليل الجينوم بأكمله وإجراء "دراسات تجريبية إضافية على نطاق تجريبي". ^{[ 19 ]}

كما هو الحال في المشروع التجريبي، تم تنظيم جهود الإنتاج على شكل اتحاد مفتوح. في أكتوبر 2007، منحت المؤسسة الوطنية لأبحاث الجينوم البشري (NHGRI) منحًا بلغ مجموعها أكثر من 80 مليون دولار على مدى أربع سنوات. ^{[ 20 ]} تشمل مرحلة الإنتاج أيضًا مركزًا لتنسيق البيانات، ومركزًا لتحليل البيانات، وجهودًا لتطوير التكنولوجيا. ^{[ 21 ]} في ذلك الوقت، تطور المشروع ليصبح مؤسسة عالمية بحق، بمشاركة 440 عالمًا من 32 مختبرًا حول العالم. بمجرد اكتمال المرحلة التجريبية، توسع المشروع بشكل كبير في عام 2007، مستفيدًا بشكل هائل من أجهزة التسلسل من الجيل الجديد. وكانت البيانات بالفعل ضخمة؛ إذ أنتج الباحثون حوالي 15 تيرابايت من البيانات الخام.

بحلول عام 2010، أنتج مشروع ENCODE أكثر من 1000 مجموعة بيانات جينومية شاملة. تُظهر هذه البيانات مجتمعةً المناطق التي تُنسخ إلى الحمض النووي الريبوزي (RNA)، والمناطق التي يُحتمل أن تتحكم في الجينات المستخدمة في نوع معين من الخلايا، والمناطق المرتبطة بمجموعة واسعة من البروتينات. تشمل التحليلات الأساسية المستخدمة في ENCODE: ChIP-seq ، وحساسية DNase I المفرطة، و RNA-seq ، وتحليلات مثيلة الحمض النووي (DNA) .

نتائج مرحلة الإنتاج

في سبتمبر 2012، أصدر المشروع مجموعة نتائج أكثر شمولاً، في 30 ورقة بحثية نُشرت في وقت واحد في العديد من المجلات، بما في ذلك ست أوراق في مجلة Nature ، وست أوراق في مجلة Genome Biology ، وعدد خاص يضم 18 منشورًا في مجلة Genome Research . ^{[ 22 ]}

وصف المؤلفون إنتاج وتحليل 1640 مجموعة بيانات مصممة لتحديد العناصر الوظيفية في الجينوم البشري بأكمله، وذلك بدمج نتائج تجارب متنوعة ضمن أنواع الخلايا المختلفة، وتجارب ذات صلة شملت 147 نوعًا مختلفًا من الخلايا، بالإضافة إلى جميع بيانات مشروع ENCODE مع موارد أخرى، مثل المناطق المرشحة من دراسات الارتباط على مستوى الجينوم ( GWAS ) والمناطق المقيدة تطوريًا . وقد كشفت هذه الجهود مجتمعةً عن سمات مهمة حول تنظيم ووظيفة الجينوم البشري، والتي لُخِّصت في ورقة بحثية عامة على النحو التالي: ^{[ 23 ]}

1. تشارك الغالبية العظمى (80.4%) من الجينوم البشري في حدث بيوكيميائي واحد على الأقل مرتبط بالحمض النووي الريبوزي (RNA ) و/أو الكروماتين في نوع خلوي واحد على الأقل . ويقع جزء كبير من الجينوم بالقرب من حدث تنظيمي: 95% من الجينوم يقع ضمن نطاق 8 كيلوبايت من تفاعل الحمض النووي مع البروتين (كما تم قياسه بواسطة أنماط ChIP-seq المرتبطة أو آثار DNaseI )، و99% يقع ضمن نطاق 1.7 كيلوبايت من حدث بيوكيميائي واحد على الأقل تم قياسه بواسطة مشروع ENCODE.
2. تُظهر العناصر الخاصة بالرئيسيات بالإضافة إلى العناصر التي لا تخضع لقيود الثدييات القابلة للكشف، بشكل إجمالي، دليلاً على الانتقاء السلبي؛ وبالتالي من المتوقع أن يكون بعضها وظيفيًا.
3. يُشير تصنيف الجينوم إلى سبع حالات كروماتينية إلى مجموعة أولية من 399,124 منطقة ذات خصائص مُحسِّنة ، و70,292 منطقة ذات خصائص مُحفِّزة ، بالإضافة إلى مئات الآلاف من المناطق الخاملة. وتُقسِّم التحليلات عالية الدقة الجينوم إلى آلاف الحالات الضيقة ذات الخصائص الوظيفية المُميزة.
4. من الممكن ربط إنتاج ومعالجة تسلسل الحمض النووي الريبي (RNA) كمياً بكل من علامات الكروماتين وربط عامل النسخ (TF) في المحفزات ، مما يشير إلى أن وظائف المحفز يمكن أن تفسر غالبية التباين في التعبير عن الحمض النووي الريبي (RNA).
5. توجد العديد من المتغيرات غير المشفرة في تسلسلات الجينوم الفردية في المناطق الوظيفية التي تم شرحها بواسطة ENCODE؛ هذا العدد كبير على الأقل مثل تلك الموجودة في الجينات المشفرة للبروتين.
6. تتواجد الطفرات النقطية المفردة المرتبطة بالأمراض، وفقًا لدراسات الارتباط على مستوى الجينوم، بكثرة ضمن العناصر الوظيفية غير المشفرة، حيث يقع معظمها في أو بالقرب من المناطق المحددة في مشروع ENCODE، والتي تقع خارج الجينات المشفرة للبروتينات . وفي كثير من الحالات، يمكن ربط الأنماط الظاهرية للمرض بنوع خلوي محدد أو عامل نسخ معين .

كانت النتيجة الأبرز هي أن نسبة الحمض النووي البشري النشط بيولوجيًا أعلى بكثير حتى من أكثر التقديرات السابقة تفاؤلًا. في ورقة بحثية شاملة، أفاد اتحاد ENCODE أن أعضاءه تمكنوا من تحديد الوظائف البيوكيميائية لأكثر من 80% من الجينوم. ^{[ 23 ]} وقد وُجد أن جزءًا كبيرًا من هذا الحمض النووي يشارك في تنظيم مستويات التعبير عن الحمض النووي المشفر ، الذي يشكل أقل من 1% من الجينوم.

تشمل أهم العناصر الجديدة في "الموسوعة" ما يلي:

• خريطة شاملة لمواقع فرط حساسية DNase 1، وهي مؤشرات للحمض النووي التنظيمي الذي يقع عادةً بجوار الجينات ويسمح للعوامل الكيميائية بالتأثير على تعبيرها. حددت الخريطة ما يقرب من 3 ملايين موقع من هذا النوع، بما في ذلك جميع المواقع المعروفة سابقًا تقريبًا والعديد من المواقع الجديدة. ^{[ 24 ]}
• معجم لتسلسلات الحمض النووي القصيرة التي تُشكّل أنماطًا تعرّفية لبروتينات ربط الحمض النووي. تم العثور على ما يقرب من 8.4 مليون تسلسل من هذا النوع، تُشكّل جزءًا من إجمالي الحمض النووي يُعادل تقريبًا ضعف حجم الإكسوم . وُجد أن آلافًا من مُحفّزات النسخ تستخدم بصمة نمطية واحدة مُكوّنة من 50 زوجًا من القواعد. ^{[ 25 ]}
• رسم تخطيطي أولي لبنية شبكة عوامل النسخ البشرية، أي العوامل التي ترتبط بالحمض النووي لتعزيز أو تثبيط التعبير الجيني. وقد وُجد أن الشبكة معقدة للغاية، إذ تضم عوامل تعمل على مستويات مختلفة، بالإضافة إلى العديد من حلقات التغذية الراجعة المتنوعة. ^{[ 26 ]}
• قياس نسبة الجينوم البشري القادر على النسخ إلى الحمض النووي الريبوزي (RNA). وقد قُدِّرت هذه النسبة بأكثر من 75% من إجمالي الحمض النووي (DNA)، وهي قيمة أعلى بكثير من التقديرات السابقة. كما بدأ المشروع في تحديد أنواع نسخ الحمض النووي الريبوزي (RNA) التي تُنتَج في مواقع مختلفة. ^{[ 27 ]}

مع استمرار المرحلة الثالثة، انخرط اتحاد ENCODE في مشاريع إضافية تتوازى أهدافها مع مشروع ENCODE. بعض هذه المشاريع كانت جزءًا من المرحلة الثانية من ENCODE.

خارطة الطريق

في عام ٢٠٠٨، أنشأت معاهد الصحة الوطنية الأمريكية (NIH) اتحاد رسم خرائط علم التخلق (Roadmap Epigenomics Mapping Consortium)، الذي كان يهدف إلى إنشاء "مورد عام لبيانات علم التخلق البشري لتحفيز البحوث البيولوجية الأساسية والبحوث المتعلقة بالأمراض". ^{[ ٤١ ]} في فبراير ٢٠١٥، نشر الاتحاد مقالًا بعنوان "تحليل تكاملي لـ ١١١ جينومًا بشريًا مرجعيًا" حقق هدف الاتحاد. دمج الاتحاد المعلومات وشرح العناصر التنظيمية عبر ١٢٧ جينومًا مرجعيًا، ١٦ منها كانت جزءًا من مشروع ENCODE. ^{[ ٤٢ ]} يمكن العثور على بيانات مشروع Roadmap إما في بوابة Roadmap أو بوابة ENCODE.

على الرغم من أن التحالف يدّعي أن مشروع ENCODE لم ينتهِ بعد، إلا أن العديد من ردود الفعل على الأبحاث المنشورة والتغطية الإعلامية المصاحبة لها كانت إيجابية. وقد تعاون محررو مجلة Nature ومؤلفو مشروع ENCODE على مدى شهور عديدة لإحداث أكبر ضجة ممكنة وجذب انتباه ليس فقط مجتمع الباحثين، بل والجمهور على نطاق واسع أيضًا. ^{[ 44 ]} وسرعان ما تبنت الصحافة الشعبية ادعاء مشروع ENCODE بأن 80% من الجينوم البشري له وظيفة بيوكيميائية ^{[ 23 ]،} واصفةً نتائج المشروع بأنها ستؤدي إلى زوال الحمض النووي غير الوظيفي . ^{[ 45 ] [ 46 ]}

مع ذلك، وُجهت انتقادات للاستنتاج القائل بأن معظم الجينوم "وظيفي"، وذلك لأن مشروع ENCODE استخدم تعريفًا فضفاضًا لكلمة "وظيفي"، أي أن أي شيء يُنسخ يجب أن يكون وظيفيًا. وقد تم التوصل إلى هذا الاستنتاج على الرغم من الرأي السائد، استنادًا إلى تقديرات حفظ الجينوم من علم الجينوم المقارن ، بأن العديد من عناصر الحمض النووي، مثل الجينات الكاذبة، التي تُنسخ، هي مع ذلك غير وظيفية. علاوة على ذلك، ركز مشروع ENCODE على الحساسية على حساب الخصوصية ، مما قد يؤدي إلى اكتشاف العديد من النتائج الإيجابية الخاطئة . ^{[ 47 ] [ 48 ] [ 49 ]} كما شكل الاختيار التعسفي إلى حد ما لسلالات الخلايا وعوامل النسخ، فضلًا عن الافتقار إلى تجارب تحكم مناسبة، انتقادات رئيسية أخرى لمشروع ENCODE، حيث أن الحمض النووي العشوائي يُحاكي السلوك "الوظيفي" المشابه لسلوك ENCODE. ^{[ 50 ]}

رداً على بعض الانتقادات، جادل علماء آخرون بأن النسخ والتضفير واسع النطاق الذي يُلاحظ في الجينوم البشري مباشرةً من خلال الاختبارات البيوكيميائية يُعد مؤشراً أدق على الوظيفة الجينية من تقديرات حفظ الجينوم، لأن تقديرات الحفظ نسبية ويصعب مواءمتها نظراً للاختلافات الهائلة في أحجام الجينوم حتى بين الأنواع وثيقة الصلة، كما أنها تُعتبر جزئياً تحصيل حاصل، ولا تستند هذه التقديرات إلى اختبار مباشر للوظائف على الجينوم. ^{[ 51 ] [ 52 ]} يمكن استخدام تقديرات الحفظ لتقديم أدلة لتحديد العناصر الوظيفية المحتملة في الجينوم، لكنها لا تحد من إجمالي عدد العناصر الوظيفية التي يمكن أن توجد فيه. ^{[ 52 ]} علاوة على ذلك، يبدو أن جزءاً كبيراً من الجينوم الذي يُثيره النقاد مُشارك في التنظيم فوق الجيني، مثل التعبير الجيني، ويبدو أنه ضروري لتطور الكائنات الحية المعقدة. ^{[ 51 ] [ 53 ]} لم تكن نتائج مشروع ENCODE مفاجئة بالضرورة، إذ أن زيادة نسبة إسناد الوظائف كانت متوقعة في العقود السابقة من البحث. ^{[ 51 ] [ 53 ]} بالإضافة إلى ذلك، لاحظ آخرون أن مشروع ENCODE، منذ بدايته، كان يهدف إلى البحث عن عناصر وظيفية ذات صلة بالطب الحيوي في الجينوم، وليس عن عناصر وظيفية تطورية، وهما ليسا بالضرورة الشيء نفسه، لأن الانتقاء التطوري ليس كافيًا ولا ضروريًا لتحديد وظيفة ما. إنه مؤشر مفيد جدًا للوظائف ذات الصلة، ولكنه ليس مؤشرًا مثاليًا، وليس المؤشر الوحيد. ^{[ 54 ]}

أكد باحثو مشروع ENCODE مؤخرًا أن هدفهم الرئيسي هو تحديد العناصر الوظيفية في الجينوم البشري. ^{[ 55 ]} وفي ورقة بحثية لاحقة نُشرت عام 2020، ذكر مشروع ENCODE أن التوصيف الوظيفي للعناصر المحددة "لا يزال في مراحله الأولى". ^{[ 56 ]}

رداً على الاعتراضات المتعلقة بتعريف كلمة "وظيفة"، أشار البعض إلى أن مشروع ENCODE قد حدد معناها، وبما أن نطاق المشروع كان البحث عن عناصر وظيفية ذات صلة بالطب الحيوي في الجينوم، فينبغي تفسير استنتاج المشروع على أنه "يشير إلى أن 80  % من الجينوم يشارك في أنشطة كيميائية حيوية ذات صلة، يُرجح أن يكون لها دور سببي في الظواهر التي تُعتبر ذات صلة بالبحوث الطبية الحيوية". ^{[ 54 ]} علّق إيوان بيرني ، أحد باحثي مشروع ENCODE، بأن مصطلح "وظيفة" استُخدم عملياً بمعنى "نشاط كيميائي حيوي محدد"، والذي شمل فئات مختلفة من التحليلات: الحمض النووي الريبوزي (RNA)، وتعديلات الهيستون "الواسعة"، وتعديلات الهيستون "الضيقة"، ومواقع فرط الحساسية لإنزيم DNaseI، وقمم ChIP-seq لعوامل النسخ، وبصمات DNaseI، والوحدات المرتبطة بعوامل النسخ، والإكسونات. ^{[ 57 ]}

في عام ٢٠١٤، لاحظ باحثو مشروع ENCODE أن تحديد الأجزاء الوظيفية من الجينوم في الدراسات السابقة يختلف باختلاف المناهج المستخدمة. وقد استُخدمت ثلاثة مناهج عامة لتحديد هذه الأجزاء: المناهج الجينية (التي تعتمد على التغيرات في النمط الظاهري)، والمناهج التطورية (التي تعتمد على الحفظ الجيني)، والمناهج البيوكيميائية (التي تعتمد على الاختبارات البيوكيميائية، وهي المنهجية التي استخدمها مشروع ENCODE). لكل من هذه المناهج الثلاثة قيودها: فالمناهج الجينية قد تغفل العناصر الوظيفية التي لا تظهر فعليًا على الكائن الحي، وتواجه المناهج التطورية صعوبة في استخدام محاذاة تسلسل دقيقة بين أنواع متعددة نظرًا للاختلاف الكبير في جينومات حتى الأنواع وثيقة الصلة، أما المناهج البيوكيميائية، فرغم قابليتها العالية للتكرار، لا تدل بصماتها البيوكيميائية دائمًا على وجود وظيفة. وخلص الباحثون إلى أنه على عكس الأدلة التطورية والجينية، تقدم البيانات البيوكيميائية أدلة حول الوظيفة الجزيئية التي تؤديها عناصر الحمض النووي الأساسية، وأنواع الخلايا التي تعمل فيها، وفي النهاية، يمكن استخدام المناهج الثلاثة بطريقة تكاملية لتحديد المناطق التي قد تكون وظيفية في بيولوجيا الإنسان وأمراضه. علاوة على ذلك، أشاروا إلى أن الخرائط البيوكيميائية التي وفرها مشروع ENCODE كانت أهم ما في المشروع، إذ أنها توفر نقطة انطلاق لاختبار كيفية ارتباط هذه البصمات بالوظائف الجزيئية والخلوية والعضوية. ^{[ 52 ]}

تعرض المشروع لانتقادات بسبب تكلفته الباهظة (حوالي 400 مليون دولار إجمالاً) وتفضيله للمشاريع البحثية الضخمة، مما يسحب التمويل من الأبحاث عالية الإنتاجية التي يقودها الباحثون. ^{[ 58 ]} بلغت تكلفة مشروع ENCODE التجريبي حوالي 55 مليون دولار، بينما بلغت تكلفة التوسع حوالي 130 مليون دولار، ويمكن للمعهد الوطني الأمريكي لأبحاث الجينوم البشري (NHGRI) أن يمنح ما يصل إلى 123 مليون دولار للمرحلة التالية. ويرى بعض الباحثين أن العائد الملموس على هذا الاستثمار لم يتحقق بعد. وقد بُذلت محاولات للبحث في الأدبيات العلمية عن الأبحاث التي يلعب فيها مشروع ENCODE دورًا هامًا، ومنذ عام 2012 نُشر 300 بحث، 110 منها صادرة عن مختبرات لم تتلقَ تمويلًا من ENCODE. وتكمن مشكلة أخرى في أن اسم ENCODE ليس اسمًا حصريًا للمشروع، لذا تظهر كلمة "encode" في العديد من أدبيات علم الوراثة وعلم الجينوم. ^{[ 59 ]}

من الانتقادات الرئيسية الأخرى أن النتائج لا تبرر الوقت المستغرق في المشروع، وأن المشروع نفسه غير قابل للإنجاز عمليًا. ورغم أنه يُقارن غالبًا بمشروع الجينوم البشري ، بل ويُعتبر الخطوة التالية له، إلا أن مشروع الجينوم البشري كان له هدف نهائي واضح، وهو ما يفتقر إليه مشروع ENCODE حاليًا.

يبدو أن المؤلفين يتعاطفون مع المخاوف العلمية، وفي الوقت نفسه يحاولون تبرير جهودهم من خلال إجراء مقابلات وشرح تفاصيل مشروع ENCODE ليس فقط للجمهور العلمي، بل ولوسائل الإعلام أيضًا. ويزعمون كذلك أن الأمر استغرق أكثر من نصف قرن منذ إدراك أن الحمض النووي هو المادة الوراثية للحياة وحتى تسلسل الجينوم البشري، ولذلك فإن خطتهم للقرن القادم ستكون فهم التسلسل نفسه فهمًا حقيقيًا. ^{[ 59 ]}

تتوفر حاليًا تحليلات بيانات ارتباط عوامل النسخ، التي أنتجها مشروع ENCODE، في مستودع FactorBook الإلكتروني. ^{[ 60 ]} ويُعدّ Factorbook.org قاعدة بيانات قائمة على نظام ويكي، تضم بيانات ارتباط عوامل النسخ التي أنتجها اتحاد ENCODE. يحتوي الإصدار الأول من Factorbook على ما يلي:

• 457 مجموعة بيانات ChIP-seq على 119 عامل نسخ في عدد من خطوط الخلايا البشرية
• متوسط ​​ملامح تعديلات الهيستون ومواقع النيوكليوسومات حول مناطق ارتباط عامل النسخ
• أنماط التسلسل الغنية في المناطق وتفضيلات المسافة والاتجاه بين مواقع الأنماط. ^{[ 61 ]}

• جينكود
• سيماب
• علم الجينوم الوظيفي
• مشروع الجينوم البشري
• مشروع الألف جينوم
• مشروع هاب ماب الدولي
• قائمة قواعد البيانات البيولوجية

• الموقع الرسمي
• القائمة الرسمية لمنشورات مشروع ENCODE
• مشروع ENCODE في المعهد الوطني لأبحاث الجينوم البشري
• موسوعة عناصر الحمض النووي في متصفح جينوم جامعة كاليفورنيا في سانتا كروز
• مشروع ENCODE/GENCODE في معهد ويلكوم ترست سانجر
• برنامج تعليمي تمهيدي برعاية ENCODE
• فاكتور بوك
• مودين كود
• مستكشف ENCODE Threads في مجلة Nature (مجلة)