الأنماط الجينية
النمط الجيني هو مفهوم تصنيفي طُرح عام ٢٠١٠ لوصف أي تسلسل جيني من العينات النمطية . [ ١ ] [ ٢ ] يدمج هذا التصنيف علم التصنيف الجزيئي والمصطلحات المستخدمة في التصنيف البيولوجي . صُمم هذا التصنيف لتمييز التسلسلات الجينية المأخوذة من العينات النمطية. يقترح تصنيف الأنماط الجينية أن يُشار إلى التسلسلات الجينية من النمط الأصلي باسم "النمط الجيني الأصلي" (من "النمط الأصلي" و"النمط الجيني")، وأن تُسمى التسلسلات من النمط الموضعي "النمط الجيني الموضعي"، وهكذا. بالإضافة إلى ذلك، يجب تضمين الواسم (الواسمات) الجينية المستخدمة في التصنيف (مثل النمط الجيني المصاحب ND2).
يمكن استخدام نظام تسمية الأنماط الجينية لتحديد التسلسلات "المعيارية الذهبية" التي، نظرًا لارتباطها المباشر بالعينات النمطية، ستكون أكثر موثوقية من التسلسلات القياسية التي قد يكون تحديد نوعها إشكاليًا. تُعاني العديد من التسلسلات في بنك الجينات (GenBank) من أخطاء في تحديد الأنواع ، لذا فإن وجود بعض التسلسلات المرتبطة بالعينات النمطية سيساعد في تحديد هذه الأخطاء وإدارتها، بالإضافة إلى إنشاء تسلسلات "معيارية ذهبية" مُحددة بدقة ومتاحة للمقارنة. يُقترح استخدام هذه التسمية في المنشورات وقواعد البيانات التي تعرض أو تناقش تسلسلات من العينات النمطية. [ 3 ] [ 2 ]
تشمل أمثلة الأنماط الجينية ما يلي:
- الميتوجينوم الكامل لـ Leptoderma macrophthalmum - AP011500 [ 4 ]
- Milyeringa brooksi paragenetype COI - HM590595 [ 5 ]
- Milyeringa brooksi paragenetype NDI - HM590607 [ 5 ]
تم استبدال مفهوم الأنماط الجينية بمفهوم GenSeq ، الذي تم اقتراحه في عام 2013 بسبب بعض الالتباس بين الباحثين بأن الأنماط الجينية كانت مكافئة للأنواع التي تحمل أسماء . [ 6 ]
انظر أيضاً
مراجع
- ↑ تشاكرابارتي، بروسانتا (2010). "الأنماط الجينية: مفهوم للمساعدة في دمج التصنيف الجزيئي والتصنيف التقليدي" (ملف PDF) . زوتاكسا . 2632 : 67-68 . doi : 10.11646/zootaxa.2632.1.4 .
- 1 2 هاريسون، آي جيه؛ تشاكرابارتي، بي؛ فرايهوف، جيه؛ كريج، جيه إف (مايو 2011). "التسمية الصحيحة والتوصيات لحفظ وفهرسة المواد المرجعية والتسلسلات الجينية" . مجلة بيولوجيا الأسماك . 78 (5): 1283-1290 . doi : 10.1111/j.1095-8649.2011.02979.x . PMID 21539541 .
- ↑ "تعليمات JFB للمؤلفين" . مجلة بيولوجيا الأسماك.
- ^ بيركجيدال، إنجفار. جان يدي بولسن؛ جون جالبريث (2011). " Leptoderma macrophthalmum n.sp.، نوع جديد من الرأس الأملس (Otocephala: Alepocephalidae) من سلسلة جبال منتصف المحيط الأطلسي" (PDF) . زوتاكسا . 2876 : 49–56 . دوى : 10.11646/zootaxa.2876.1.5 .
- 1 2 تشاكرابارتي، بروسانتا (2010). "حالة وتطور Milyeringidae (Teleostei: Gobiiformes)، مع وصف سمكة الكهف العمياء الجديدة من أستراليا، Milyeringa brooksi ، n. sp" (PDF) . زوتاكسا . 2557 : 19– 28. دوى : 10.11646/zootaxa.2557.1.2 .
- ↑ تشاكرابارتي، بروسانتا؛ وارين، ميلاني؛ بيج، لورانس؛ بالدوين، كارول (2013). "GenSeq: تسمية وتصنيف محدّثان للتسلسلات الجينية من مصادر نمطية وغير نمطية" . ZooKeys ( 346): 29–41 . doi : 10.3897/zookeys.346.5753 . PMC 3821064. PMID 24223486 .
- التسمية البيولوجية
- علم التصنيف (علم الأحياء)
