الترميز الشريطي للحمض النووي

📅 آخر تحديث: ٢٤ يوليو ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٢٤ يوليو ٢٠٢٦
📷 يحتوي على 6 صور
الموسوعة الحرة
مخطط ترميز الحمض النووي

يُعدّ الترميز الشريطي للحمض النووي طريقةً لتحديد الأنواع باستخدام جزء قصير من الحمض النووي من جين أو جينات محددة . تقوم فكرة الترميز الشريطي للحمض النووي على أنه بالمقارنة مع مكتبة مرجعية لهذه الأجزاء من الحمض النووي (وتُسمى أيضًا " التسلسلات ")، يُمكن استخدام تسلسل فردي لتحديد نوع الكائن الحي بدقة، تمامًا كما يستخدم ماسح ضوئي في السوبر ماركت الخطوط السوداء المألوفة لرمز UPC الشريطي لتحديد سلعة في مخزونه مقابل قاعدة بياناته المرجعية. [ 1 ] تُستخدم هذه "الرموز الشريطية" أحيانًا في محاولة لتحديد أنواع غير معروفة أو أجزاء من كائن حي، أو ببساطة لفهرسة أكبر عدد ممكن من التصنيفات ، أو للمقارنة مع التصنيف التقليدي في محاولة لتحديد حدود الأنواع. [ 2 ]

تُستخدم مناطق جينية مختلفة لتحديد مجموعات الكائنات الحية المختلفة باستخدام الترميز الشريطي. المنطقة الأكثر شيوعًا في الترميز الشريطي للحيوانات وبعض الطلائعيات هي جزء من جين سيتوكروم سي أوكسيداز 1 (COI، أو CO1، أو COX1 )، الموجود في الحمض النووي للميتوكوندريا . ومن الجينات الأخرى المناسبة للترميز الشريطي للحمض النووي، جين rRNA الفاصل المنسوخ الداخلي (ITS)، الذي يُستخدم غالبًا للفطريات، وجين RuBisCO المستخدم للنباتات. [ 3 ] [ 4 ] [ 5 ] تُكتشف الكائنات الدقيقة باستخدام مناطق جينية مختلفة. على سبيل المثال، يُستخدم جين 16S rRNA على نطاق واسع في تحديد بدائيات النوى، بينما يُستخدم جين 18S rRNA في الغالب للكشف عن حقيقيات النوى الميكروبية . تُختار هذه المناطق الجينية لأنها تتميز بتنوع أقل داخل النوع الواحد (داخل النوع الواحد) مقارنةً بالتنوع بين الأنواع (بين الأنواع المختلفة)، وهو ما يُعرف باسم "فجوة الترميز الشريطي". [ 6 ]

تشمل بعض تطبيقات الترميز الجيني للحمض النووي ما يلي: تحديد أوراق النباتات حتى في غياب الأزهار أو الثمار؛ تحديد حبوب اللقاح المتجمعة على أجسام الحيوانات الملقحة؛ تحديد يرقات الحشرات التي قد تمتلك خصائص تشخيصية أقل من الحشرات البالغة؛ أو دراسة النظام الغذائي للحيوان بناءً على محتويات معدته أو لعابه أو برازه. [ 7 ] عند استخدام الترميز الجيني لتحديد الكائنات الحية من عينة تحتوي على حمض نووي من أكثر من كائن حي، يُستخدم مصطلح الترميز الجيني الفائق للحمض النووي ، [ 8 ] [ 9 ] على سبيل المثال، الترميز الجيني الفائق لمجتمعات الدياتومات في الأنهار والجداول، والذي يُستخدم لتقييم جودة المياه. [ 10 ]

خلفية

طُوِّرت تقنيات الترميز الجيني للحمض النووي من أعمال تسلسل الحمض النووي المبكرة على المجتمعات الميكروبية باستخدام جين 5S rRNA . [ 11 ] في عام 2003، اقتُرحت طرق ومصطلحات محددة للترميز الجيني الحديث للحمض النووي كطريقة موحدة لتحديد الأنواع، بالإضافة إلى إمكانية تصنيف التسلسلات غير المعروفة إلى تصنيفات أعلى مثل الرتب والشعب، وذلك في ورقة بحثية لبول دي إن هيبرت وآخرين من جامعة غويلف ، أونتاريو ، كندا . [ 12 ] أثبت هيبرت وزملاؤه فائدة جين سيتوكروم سي أوكسيداز 1 (COI)، الذي استخدمه فولمر وآخرون لأول مرة في عام 1994، باستخدام بادئات الحمض النووي المنشورة كأداة للتحليلات التطورية على مستوى الأنواع [ 12 ] كأداة تمييز مناسبة بين اللافقاريات متعددة الخلايا. [ 13 ] تُستخدم "منطقة فولمر" من جين COI بشكل شائع للتمييز بين التصنيفات بناءً على أنماط التباين على مستوى الحمض النووي. تُعد سهولة استرجاع التسلسل، والتنوع الممزوج بالحفاظ بين الأنواع، من بين مزايا جين COI. وقد أطلق هيبرت وزملاؤه على هذه الملفات اسم "الباركود"، وتصوروا تطوير قاعدة بيانات لجين COI يمكن أن تكون بمثابة أساس "لنظام عالمي لتحديد الهوية البيولوجية".

طُرق

أخذ العينات وحفظها

يمكن إجراء الترميز الشريطي من أنسجة عينة مستهدفة، أو من خليط من الكائنات الحية (عينة مجمعة)، أو من الحمض النووي الموجود في عينات بيئية (مثل الماء أو التربة). وتختلف طرق أخذ العينات وحفظها وتحليلها باختلاف أنواع العينات.

عينات الأنسجة

لترميز عينة نسيجية من العينة المستهدفة، يكفي عادةً قطعة صغيرة من الجلد، أو حراشف، أو ساق، أو قرن استشعار (بحسب حجم العينة). ولتجنب التلوث، من الضروري تعقيم الأدوات المستخدمة بين كل عينة وأخرى. يُنصح بجمع عينتين من العينة الواحدة، واحدة لحفظها في الأرشيف، والأخرى لعملية الترميز. يُعدّ حفظ العينة أمرًا بالغ الأهمية لتجنب تلف الحمض النووي.

عينات بالجملة

العينة المجمعة هي نوع من العينات البيئية التي تحتوي على عدة كائنات حية من المجموعة التصنيفية قيد الدراسة. ويكمن الفرق بين العينات المجمعة (بالمعنى المستخدم هنا) وغيرها من العينات البيئية في أن العينة المجمعة عادةً ما توفر كمية كبيرة من الحمض النووي عالي الجودة. ومن أمثلة العينات المجمعة عينات اللافقاريات المائية الكبيرة التي تُجمع بشبكة الصيد، أو عينات الحشرات التي تُجمع بمصيدة ماليز. كما تُصنف أحيانًا عينات المياه المُرشحة أو المُصنفة حسب الحجم، والتي تحتوي على كائنات حية كاملة مثل حقيقيات النوى وحيدة الخلية، على أنها عينات مجمعة. ويمكن جمع هذه العينات باستخدام نفس التقنيات المستخدمة للحصول على العينات التقليدية لتحديد الهوية بناءً على الشكل الظاهري.

عينات الحمض النووي البيئي

تُعدّ طريقة الحمض النووي البيئي ( eDNA) أسلوبًا غير جراحي للكشف عن أنواع الكائنات الحية وتحديدها من خلال تحليل الحطام الخلوي أو الحمض النووي خارج الخلوي الموجود في العينات البيئية (مثل الماء أو التربة) باستخدام الترميز الشريطي أو الترميز الشريطي الفائق. يعتمد هذا الأسلوب على حقيقة أن كل كائن حي يترك حمضًا نوويًا في البيئة، ويمكن الكشف عن هذا الحمض النووي البيئي حتى للكائنات الحية ذات التواجد المنخفض جدًا. لذا، عند أخذ العينات الميدانية، يُعدّ استخدام مواد وأدوات خالية من الحمض النووي في كل موقع أو عينة أمرًا بالغ الأهمية لتجنب التلوث، خاصةً إذا كان من المحتمل وجود الحمض النووي للكائنات الحية المستهدفة بكميات قليلة. من ناحية أخرى، تحتوي عينة الحمض النووي البيئي دائمًا على الحمض النووي للكائنات الحية الدقيقة كاملة الخلايا، والتي غالبًا ما تتواجد بكميات كبيرة. لذلك، تُسمى عينات الكائنات الحية الدقيقة المأخوذة من البيئة الطبيعية أيضًا بعينات الحمض النووي البيئي، ولكن التلوث أقل إشكالية في هذا السياق نظرًا لوجود كميات كبيرة من الكائنات الحية المستهدفة. يمكن استخدام طرق الحمض النووي البيئي مع معظم أنواع العينات، مثل الماء والتربة والبراز ومحتويات المعدة والدم [ 14 ].

استخلاص الحمض النووي وتضخيمه وتسلسله

يتطلب ترميز الحمض النووي استخلاص الحمض النووي من العينة. توجد عدة طرق مختلفة لاستخلاص الحمض النووي ، وتؤثر عوامل مثل التكلفة والوقت ونوع العينة وكمية الحمض النووي المستخلص على اختيار الطريقة الأمثل.

عند تضخيم الحمض النووي من عينات الكائنات الحية أو الحمض النووي البيئي باستخدام تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR)، قد تتأثر العملية سلبًا بجزيئات مثبطة موجودة في العينة. [ 15 ] لذا، يُعدّ التخلص من هذه المثبطات أمرًا بالغ الأهمية لضمان الحصول على حمض نووي عالي الجودة لإجراء التحليلات اللاحقة.

يُعدّ تضخيم الحمض النووي المستخلص خطوةً أساسيةً في ترميز الحمض النووي. عادةً، يُسلسل جزء صغير فقط من إجمالي الحمض النووي (يتراوح عادةً بين 400 و800 زوج قاعدي ) للحصول على رمز الحمض النووي، ويقتصر التضخيم تبعًا لذلك على هذا الجزء باستخدام زوج من البادئات. [ 16 ] يركز تضخيم الحمض النووي البيئي عادةً على أجزاء أصغر حجمًا (أقل من 200 زوج قاعدي) نظرًا لأن الحمض النووي البيئي أكثر عرضةً للتجزئة من الحمض النووي من مصادر أخرى. مع ذلك، تشير بعض الدراسات إلى عدم وجود علاقة بين حجم المُضخّم ومعدل الكشف عن الحمض النووي البيئي. [ 17 ] [ 18 ]

أجهزة تسلسل HiSeq في مختبر SciLifeLab في أوبسالا، السويد. التُقطت الصورة خلال رحلة ميدانية لطلاب مقرر PNS0169 في جامعة العلوم الزراعية السويدية في مارس 2019.

بعد تضخيم منطقة الواسم الجيني للحمض النووي، تتمثل الخطوة التالية في تحديد تسلسل هذه المنطقة باستخدام تقنيات تسلسل الحمض النووي . [ 19 ] تتوفر العديد من منصات التسلسل المختلفة، ويشهد التطور التقني تقدماً سريعاً.

اختيار العلامة

رسم تخطيطي يوضح البادئات والمنطقة المستهدفة، مُطبّقًا على جين 16S rRNA في بكتيريا الزائفة . تُختار عادةً تسلسلات قصيرة محفوظة ذات تباين منخفض كبادئات، مما يسمح بتضخيم معظم أو جميع الأنواع في المجموعة المستهدفة المختارة. تُستخدم البادئات لتضخيم منطقة مستهدفة شديدة التباين تقع بين البادئتين، وتُستخدم هذه المنطقة بعد ذلك للتمييز بين الأنواع. مُعدَّل من «عدد النسخ المتغير، والتغايرات داخل الجينوم، والانتقالات الجانبية لجين 16S rRNA في بكتيريا الزائفة» من تأليف: بوديليس، جوسلين؛ نسيغوي-ميلو، ساندرينا؛ بيسوري، لودوفيك. Quillet, Laurent, used under CC BY, available from: https://www.researchgate.net/figure/Hypervariable-regions-within-the-16S-rRNA-gene-in-Pseudomonas-The-plotted-line-reflects_fig2_224832532 .

تُسمى العلامات المستخدمة في الترميز الجيني للحمض النووي بالباركود. ولتحديد الأنواع بنجاح باستخدام باركود الحمض النووي، يُعد اختيار مناطق الحمض النووي المعلوماتية أمرًا بالغ الأهمية. يجب أن يتميز باركود الحمض النووي الجيد بانخفاض التباين داخل النوع الواحد وارتفاع التباين بين الأنواع [ 12 ] ، وأن يحتوي على مواقع مجاورة محفوظة لتطوير بادئات تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) الشاملة لتطبيقات تصنيفية واسعة . الهدف هو تصميم بادئات قادرة على الكشف عن معظم أو جميع الأنواع في المجموعة المدروسة من الكائنات الحية وتمييزها (دقة تصنيفية عالية). يجب أن يكون طول تسلسل الباركود قصيرًا بما يكفي لاستخدامه مع مصادر أخذ العينات الحالية، وطرق استخلاص الحمض النووي ، والتضخيم ، والتسلسل . [ 20 ]

سيكون من الأجدى استخدام تسلسل جيني واحد لجميع المجموعات التصنيفية، من الفيروسات إلى النباتات والحيوانات . مع ذلك، لم يتم العثور على منطقة جينية كهذه حتى الآن، لذا تُستخدم رموز شريطية مختلفة لمجموعات الكائنات الحية المختلفة، أو بحسب سؤال الدراسة.

بالنسبة للحيوانات، يُعدّ موقع جين السيتوكروم سي أوكسيداز 1 ( COI ) في الميتوكوندريا أكثر أنواع الباركود استخدامًا . [ 21 ] كما تُستخدم جينات ميتوكوندرية أخرى، مثل Cytb و 12S و 16S. تُفضّل الجينات الميتوكوندرية على الجينات النووية لعدم احتوائها على الإنترونات ، ونمط وراثتها الأحادي ، ومحدودية إعادة تركيبها الجيني . [ 21 ] [ 22 ] علاوة على ذلك، تحتوي كل خلية على العديد من الميتوكوندريا (تصل إلى عدة آلاف)، ويحتوي كل منها على جزيئات DNA دائرية متعددة. لذا، تُوفّر الميتوكوندريا مصدرًا وفيرًا للحمض النووي حتى عند محدودية كمية أنسجة العينة.

في النباتات، لا تُعدّ جينات الميتوكوندريا مناسبةً لترميز الحمض النووي نظرًا لانخفاض معدلات طفراتها . [ 23 ] وقد عُثر على عدد قليل من الجينات المرشحة في جينوم البلاستيدات الخضراء ، وأكثرها واعدةً هو جين ماتوراز K ( matK ) بمفرده أو بالاشتراك مع جينات أخرى. كما استُخدمت علامات متعددة المواقع ، مثل الفواصل المنسوخة الداخلية للريبوسوم (ITS DNA) إلى جانب matK أو rbcL أو trnH أو جينات أخرى، لتحديد الأنواع. وقد تحقق أفضل تمييز بين أنواع النباتات عند استخدام موقعين أو أكثر من مواقع "ترميز" البلاستيدات الخضراء. [ 24 ]

بالنسبة للبكتيريا ، يمكن استخدام الوحدة الفرعية الصغيرة من جين الحمض النووي الريبوزي ( 16S ) لتصنيف مختلف الأنواع، نظرًا لكونها محفوظة بدرجة عالية. [ 25 ] تشير بعض الدراسات إلى أن COI ، [ 26 ] أو الشابرونين من النوع الثاني ( cpn60 ) [ 27 ] أو الوحدة الفرعية β من بوليميراز الحمض النووي الريبوزي ( rpoB ) [ 28 ] يمكن أن تعمل أيضًا كرموز شريطية للحمض النووي البكتيري.

يُعدّ ترميز الفطريات أكثر تعقيدًا، وقد يتطلب الأمر استخدام أكثر من مجموعة واحدة من البادئات. [ 29 ] يُظهر مؤشر COI أداءً جيدًا في بعض مجموعات الفطريات، [ 30 ] ولكنه لا يُظهر نفس الأداء في مجموعات أخرى. [ 31 ] لذلك، تُستخدم مؤشرات إضافية، مثل الحمض النووي الريبوزي الداخلي (ITS rDNA) والوحدة الفرعية الكبيرة من الحمض النووي الريبوزي النووي (28S LSU rRNA). [ 32 ]

ضمن مجموعة الطلائعيات ، تم اقتراح العديد من الرموز الشريطية، مثل منطقتي D1-D2 أو D2-D3 من جين 28S rDNA ، والمنطقة الفرعية V4 من جين 18S rRNA ، وجين ITS rDNA، وجين COI . بالإضافة إلى ذلك، يمكن استخدام بعض الرموز الشريطية الخاصة بالطلائعيات الضوئية ، على سبيل المثال الوحدة الفرعية الكبيرة من جين ريبولوز-1،5-ثنائي فوسفات كربوكسيلاز-أوكسيجيناز ( rbcL ) وجين 23S rRNA البلاستيدي .

مكتبات مرجعية

تُستخدم المكتبات المرجعية للتصنيف، أو ما يُسمى أيضًا بالترميز، للتسلسلات المُستخلصة من الترميز الشريطي أو الترميز الشريطي الفائق. تحتوي قواعد البيانات هذه على الرموز الشريطية للحمض النووي المُخصصة للتصنيفات المُحددة سابقًا. لا تُغطي معظم المكتبات المرجعية جميع الأنواع ضمن مجموعة الكائنات الحية، ويتم إنشاء مدخلات جديدة باستمرار. في حالة الكائنات الحية الكبيرة والعديد من الكائنات الحية الدقيقة (مثل الطحالب)، تتطلب هذه المكتبات المرجعية توثيقًا مُفصلاً (موقع وتاريخ أخذ العينة، والشخص الذي جمعها، وصورة، وما إلى ذلك) وتحديدًا تصنيفيًا موثوقًا للعينة المرجعية، بالإضافة إلى تقديم التسلسلات بتنسيق مُحدد. ومع ذلك، لا يتم استيفاء هذه المعايير إلا لعدد قليل من الأنواع. تتطلب العملية أيضًا تخزين العينات المرجعية في مجموعات المتاحف، والمجموعات النباتية، والمؤسسات المُتعاونة الأخرى. يُعد كل من التغطية الشاملة من الناحية التصنيفية وجودة المحتوى أمرًا بالغ الأهمية لدقة التحديد. [ 33 ] في عالم الميكروبات، لا توجد معلومات عن الحمض النووي لمعظم أسماء الأنواع، ولا يُمكن إسناد العديد من تسلسلات الحمض النووي إلى أي اسم ثنائي لينيوس . [ 34 ] توجد العديد من قواعد البيانات المرجعية، وذلك بحسب مجموعة الكائنات الحية والعلامة الجينية المستخدمة. فهناك قواعد بيانات وطنية أصغر حجماً (مثل FinBOL)، واتحادات كبيرة مثل مشروع الباركود الدولي للحياة (iBOL). [ 35 ]

عريض

يُعدّ نظام بيانات الباركود الحيوي (BOLD) ، الذي أُطلق عام 2007 [ 36 ] ، أحد أكبر قواعد البيانات، إذ احتوى على حوالي 780,000 رقم فهرس باركود (BIN) في عام 2022. وهو مستودع متاح مجانًا لسجلات العينات والتسلسلات الخاصة بدراسات الباركود، كما يُوفّر بيئة عمل تُساعد في إدارة بيانات الباركود وضمان جودتها وتحليلها. تحتوي قاعدة البيانات بشكل أساسي على سجلات BIN للحيوانات استنادًا إلى الواسم الجيني COI. أما بالنسبة لتحديد النباتات، فيقبل نظام BOLD تسلسلات من الجينين matK و rbcL .

اتحدوا

أُطلقت قاعدة بيانات UNITE [ 37 ] عام 2003، وهي قاعدة بيانات مرجعية لتحديد الأنواع الجزيئية للفطريات (ومنذ عام 2018 جميع حقيقيات النوى) باستخدام منطقة الواسم الجيني ITS (المسافة الداخلية المنسوخة للريبوسوم النووي). تعتمد هذه القاعدة على مفهوم فرضيات الأنواع: حيث يختار المستخدم النسبة  المئوية التي يرغب في العمل عليها، ويتم فرز التسلسلات مقارنةً بالتسلسلات المُستخلصة من عينات مرجعية تم تحديدها من قِبل خبراء.

Diat.barcode

Diat.barcode هي قاعدة بيانات للدياتومات. [ 38 ] نُشرت لأول مرة تحت اسم R-syst::diatom [ 39 ] في عام 2016، بالاعتماد على بيانات من مصدرين: مجموعة مزارع ثونون (TCC) في المحطة الهيدروبيولوجية التابعة للمعهد الوطني الفرنسي للبحوث الزراعية (INRA)، وقاعدة بيانات النيوكليوتيدات التابعة للمركز الوطني لمعلومات التقانة الحيوية (NCBI ). توفر Diat.barcode بيانات لعلامتين جينيتين، هما rbcL (ريبولوز-1،5-ثنائي فوسفات كربوكسيلاز/أوكسيجيناز، في البلاستيدات الخضراء) و18S (18S ريبوزوم RNA، في النواة). كما تتضمن قاعدة البيانات معلومات إضافية عن خصائص الأنواع، مثل الخصائص المورفولوجية (الحجم الحيوي، أبعاد الحجم، إلخ)، وأشكال الحياة (القدرة على الحركة، نوع المستعمرة، إلخ)، أو السمات البيئية (الحساسية للتلوث، إلخ).

التحليل المعلوماتي الحيوي

درجة جودة PHRED ومستوى اليقين المرتبط بها
1090%
2099%
3099.9%
4099.99%
5099.999%

للحصول على بيانات منظمة ونظيفة وقابلة للتفسير، يجب معالجة بيانات التسلسل الخام باستخدام التحليل المعلوماتي الحيوي. يحتوي ملف FASTQ الذي يتضمن بيانات التسلسل على نوعين من المعلومات: التسلسلات المكتشفة في العينة ( ملف FASTA )، وملف جودة يتضمن درجات الجودة ( درجات PHRED ) المرتبطة بكل نيوكليوتيد في كل تسلسل DNA. تشير درجات PHRED إلى احتمالية صحة تقييم النيوكليوتيد المرتبط.

بشكل عام، تنخفض قيمة PHRED باتجاه نهاية كل تسلسل من الحمض النووي. لذا، تقوم بعض برامج المعلوماتية الحيوية ببساطة بقطع نهاية التسلسلات عند عتبة محددة.

تستخدم بعض تقنيات التسلسل، مثل MiSeq، تقنية التسلسل ثنائي الاتجاه، حيث يتم التسلسل من كلا الاتجاهين، مما يُحسّن جودة التسلسل. ثم تُحاذى التسلسلات المتداخلة لتكوين قطع متجاورة (contigs) وتُدمج. عادةً، تُجمع عدة عينات في عملية واحدة، وتتميز كل عينة بقطعة قصيرة من الحمض النووي تُسمى الوسم. في خطوة فك التجميع، تُفرز التسلسلات باستخدام هذه الوسوم لإعادة تجميع العينات المنفصلة. قبل إجراء المزيد من التحليلات، تُزال الوسوم والمحولات الأخرى من قطعة الحمض النووي لتسلسل الترميز الشريطي. أثناء عملية التقليم، تُزال التسلسلات ذات الجودة الرديئة (درجات PHRED المنخفضة)، أو التسلسلات الأقصر أو الأطول بكثير من الترميز الشريطي المستهدف للحمض النووي. الخطوة التالية هي عملية دمج جميع التسلسلات التي تم ترشيح جودتها في مجموعة من القراءات الفريدة (وحدات التسلسل الفردية ISUs) مع معلومات وفرتها في العينات. بعد ذلك، يتم الكشف عن التسلسلات الهجينة (أي التسلسلات المركبة المتكونة من أجزاء ذات أصول مختلطة) وإزالتها. أخيرًا، تُجمَّع التسلسلات في وحدات تصنيفية تشغيلية (OTUs) باستخدام إحدى استراتيجيات التجميع العديدة. تشمل برامج المعلوماتية الحيوية الأكثر استخدامًا: Mothur [ 40 ] ، وUparse [ 41 ] ، وQiime [ 42 ] ، وGalaxy [ 43 ] ، وObitools [ 44 ] ، و JAMP [ 45 ] ، و Barque [ 46 ] ، وDADA2 [ 47 ] .

لا تزال مقارنة وفرة القراءات، أي التسلسلات، بين عينات مختلفة تمثل تحديًا، نظرًا لاختلاف كل من العدد الإجمالي للقراءات في العينة والنسبة المئوية للقراءات لكل نوع بين العينات والأساليب والمتغيرات الأخرى. وللمقارنة، يمكن تقليل عدد القراءات في كل عينة إلى الحد الأدنى من القراءات في العينات المراد مقارنتها، وهي عملية تُعرف بالتخفيف. وثمة طريقة أخرى تتمثل في استخدام الوفرة النسبية للقراءات. [ 48 ]

تحديد الأنواع والتصنيف العلمي

يتم تحديد التصنيف التكسونومي للوحدات التصنيفية التشغيلية (OTUs) للأنواع عن طريق مطابقة التسلسلات مع المكتبات المرجعية. وتُستخدم أداة البحث الأساسي للمحاذاة المحلية (BLAST) بشكل شائع لتحديد مناطق التشابه بين التسلسلات من خلال مقارنة قراءات التسلسل من العينة مع التسلسلات الموجودة في قواعد البيانات المرجعية. [ 49 ]

إذا أعادت قاعدة البيانات تطابقًا تامًا لتسلسل مُحدد، فيمكن حينها تحديد نوعه. كما يمكن اعتبار التطابقات شديدة التشابه من نفس النوع، وذلك وفقًا لمعايير كل مجموعة تصنيفية.

في حال عدم وجود تطابقات كافية، يُمكن تحديد الهوية على مستوى تصنيفي أعلى، كالعائلة أو الصنف، من خلال اعتبار التطابقات المُسترجعة بمثابة "مرتكزات" تصنيفية. يُمكن إسناد التسلسل إلى وحدة تصنيفية تشغيلية (OTU) مُحددة، والتي يُمكن استخدامها، عند دمجها مع طرق تصنيفية أخرى، لوصف تصنيف جديد وإضافته إلى قاعدة البيانات. غالبًا ما يُساعد بناء شجرة تطورية لتسلسل العينة والتسلسلات المُطابقة في وضع التطابقات في سياقها الصحيح. [ 50 ]

في بعض مجموعات الكائنات الحية، كالبكتيريا، غالباً ما يكون التحديد التصنيفي على مستوى النوع غير ممكن، نظراً لشيوع الأنواع غير الموصوفة وغير المعروفة. انظر أيضاً: التصنيفات الغامضة .

يُعدّ برنامج BLAST طريقةً بسيطةً للعثور على التسلسلات المتشابهة. وهو بطيء، وله معدل مرتفع من النتائج الإيجابية الخاطئة، كما أن أفضل تطابق ليس بالضرورة هو الأقرب من الناحية التطورية. تشمل الطرق المحسّنة مصنفات بايز البسيطة ومصنفات الغابات العشوائية المدربة على قواعد بيانات الجينات الدالة. تتوفر مصنفات مُدرّبة مسبقًا لأنواع عديدة من الرموز الشريطية، مثل 16S بدائيات النوى ، وCO1 المفصليات ، وLSU الفطرية. [ 51 ]

التطبيقات

تشمل تطبيقات الترميز الجيني للحمض النووي تحديد الأنواع الجديدة ، وتقييم سلامة الأغذية، وتحديد وتقييم الأنواع الخفية، والكشف عن الأنواع الدخيلة، وتحديد الأنواع المهددة بالانقراض ، [ 52 ] وربط مراحل البيض واليرقات بالأنواع البالغة، وتأمين حقوق الملكية الفكرية للموارد البيولوجية، ووضع خطط إدارة عالمية لاستراتيجيات الحفظ، وتوضيح مواطن التغذية، [ 53 ] وعلم الأدلة الجنائية. [ 54 ] ويمكن تطبيق علامات الترميز الجيني للحمض النووي للإجابة على أسئلة أساسية في علم التصنيف، وعلم البيئة ، وعلم الأحياء التطوري ، والحفظ ، بما في ذلك تكوين المجتمعات، وشبكات تفاعل الأنواع ، والاكتشاف التصنيفي، وتقييم المناطق ذات الأولوية لحماية البيئة .

تحديد الأنواع

يمكن لتسلسلات أو علامات الحمض النووي القصيرة المحددة من منطقة موحدة في الجينوم أن توفر رمزًا جينيًا لتحديد الأنواع. [ 55 ] تُعدّ الطرق الجزيئية مفيدة بشكل خاص عندما لا تكون الطرق التقليدية قابلة للتطبيق. يتميز الترميز الجيني للحمض النووي بتطبيقات واسعة في تحديد اليرقات التي لا تتوفر لها عادةً سوى القليل من الصفات التشخيصية، وفي ربط مراحل الحياة المختلفة (مثل اليرقة والبالغ) في العديد من الحيوانات. [ 56 ] يُستخدم تحديد الأنواع المدرجة في ملاحق اتفاقية التجارة الدولية بأنواع الحيوانات والنباتات البرية المهددة بالانقراض ( CITES ) باستخدام تقنيات الترميز الجيني في رصد التجارة غير المشروعة. [ 57 ]

الكشف عن الأنواع الغازية

يمكن الكشف عن الأنواع الدخيلة باستخدام الترميز الشريطي. [ 58 ] [ 59 ] يُعدّ الترميز الشريطي مناسبًا للكشف عن الأنواع في مجالات مثل مراقبة الحدود، حيث يصعب غالبًا تحديد الأنواع بدقة وسرعة من خلال المظهر الخارجي نظرًا لتشابهها، أو نقص الخصائص التشخيصية الكافية [ 58 ] ، أو نقص الخبرة في علم التصنيف. كما يُمكن استخدام الترميز الشريطي والترميز الشريطي الفائق لفحص النظم البيئية بحثًا عن الأنواع الغازية، وللتمييز بين الأنواع الغازية والأنواع المحلية المشابهة لها شكليًا. [ 60 ] وقد ثبتت كفاءة تحديد الحمض النووي العالية مقارنةً بالرصد التقليدي للغزوات البيولوجية. [ 61 ]

تحديد الأنواع الخفية

يُمكّن الترميز الجيني للحمض النووي من تحديد الأنواع الخفية والتعرف عليها . [ 62 ] ومع ذلك، تعتمد نتائج تحليلات الترميز الجيني للحمض النووي على اختيار أساليب التحليل، لذا فإن عملية تحديد الأنواع الخفية باستخدام الترميز الجيني للحمض النووي قد تكون ذاتية مثل أي شكل آخر من أشكال التصنيف . وخلص هيبرت وآخرون (2004) إلى أن فراشة أسترابتس فولجيراتور في شمال غرب كوستاريكا تتكون في الواقع من 10 أنواع مختلفة. [ 63 ] إلا أن هذه النتائج طُعن فيها لاحقًا من قِبل براور (2006)، الذي أشار إلى العديد من العيوب الخطيرة في التحليل، وخلص إلى أن البيانات الأصلية لا تدعم أكثر من احتمال وجود ما بين ثلاثة إلى سبعة أنواع خفية بدلًا من عشرة أنواع خفية. [ 64 ] سميث وآخرون. استخدمت دراسة (2007) الباركود الجيني لإنزيم سيتوكروم سي أوكسيداز I لتحديد أنواع 20 نوعًا شكليًا من ذباب بيلفوسيا الطفيلي ( ذوات الجناحين : عائلة تاشينيدي ) التي رُبّيت من يرقات ( حرشفيات الأجنحة ) في منطقة غواناكاستي المحمية (ACG)، شمال غرب كوستاريكا. اكتشف الباحثون أن استخدام الباركود الجيني يرفع عدد الأنواع إلى 32 نوعًا، إذ كشف أن كل نوع من الأنواع الطفيلية الثلاثة ، التي كانت تُعتبر سابقًا عامة، هي في الواقع مجموعة من الأنواع الخفية شديدة التخصص في عوائلها. [ 65 ] بالنسبة لـ 15 نوعًا شكليًا من الديدان الحلقية في قاع البحر العميق في القطب الجنوبي ، والتي دُرست باستخدام الباركود الجيني، وُجد تنوع خفي في 50% من الحالات. علاوة على ذلك، تم الكشف عن 10 أنواع شكلية لم تُكتشف سابقًا، مما زاد من إجمالي ثراء الأنواع في العينة بنسبة 233%. [ 66 ] وبالمثل، كشفت دراسة للترميز الجيني للزواحف في سقطرى عن تباينات عالية بشكل غير متوقع داخل النوع الواحد في العديد من التصنيفات، وقدرت أن ثراء الأنواع قد يكون أقل من التقدير الحقيقي بنسبة 13.8-54.4%. [ 67 ]

يُعدّ الترميز الشريطي أداةً لضمان جودة الطعام. هنا، يتم استخلاص الحمض النووي من أطعمة عيد الميلاد النرويجية التقليدية في مختبر التصنيف الجزيئي بمتحف جامعة NTNU.

تحليل النظام الغذائي وتطبيق شبكة الغذاء

يُعدّ الترميز الجيني للحمض النووي (DNA barcoding) والترميز الجيني الفائق (metabarcoding) مفيدين في دراسات تحليل النظام الغذائي، [ 68 ] ويُستخدمان عادةً عندما يتعذر تحديد عينات الفرائس بناءً على الخصائص المورفولوجية. [ 69 ] [ 70 ] تتنوع أساليب أخذ العينات في تحليل النظام الغذائي: يُمكن إجراء الترميز الجيني الفائق على محتويات المعدة، [ 71 ] أو البراز، [ 70 ] [ 72 ] أو اللعاب ، [ 73 ] أو تحليل الجسم بالكامل. [ 52 ] [ 74 ] في عينات البراز أو محتويات المعدة شديدة الهضم، غالبًا ما يتعذر التمييز بين أنسجة الأنواع المختلفة، ولذلك يُمكن تطبيق الترميز الجيني الفائق بدلاً من ذلك. [ 70 ] [ 75 ] يُمثل البراز أو اللعاب أساليب أخذ عينات غير جراحية، بينما يتطلب تحليل الجسم بالكامل غالبًا قتل الكائن الحي أولاً. بالنسبة للكائنات الحية الصغيرة، غالبًا ما يتم تسلسل محتويات المعدة عن طريق تسلسل الحيوان بأكمله.

الترميز الشريطي لسلامة الأغذية

يُعدّ الترميز الجيني للحمض النووي أداةً أساسيةً لتقييم جودة المنتجات الغذائية. ويهدف إلى ضمان تتبع الأغذية، والحدّ من قرصنة الأغذية، وتقييم الإنتاج الزراعي الغذائي المحلي والتقليدي. كما يهدف أيضًا إلى حماية الصحة العامة؛ فعلى سبيل المثال، يُتيح الترميز الجيني الشامل إمكانية تحديد أسماك الهامور المُسببة لتسمم السيغواتيرا من بقايا الطعام، [ 76 ] أو فصل الفطر السام عن الفطر الصالح للأكل (مرجع).

الرصد البيولوجي والتقييم البيئي

يمكن استخدام الترميز الشريطي للحمض النووي لتقييم وجود الأنواع المهددة بالانقراض لجهود الحفظ (مرجع)، أو وجود الأنواع المؤشرة التي تعكس ظروفًا بيئية محددة (مرجع)، على سبيل المثال زيادة العناصر الغذائية أو انخفاض مستويات الأكسجين.

علم الطب الشرعي

يُستخدم الترميز الجيني للحمض النووي (DNA barcoding) غالبًا لتحديد أنواع الكائنات الحية في قضايا الطب الشرعي . إذ يمكن العثور على عينات حيوانية أو نباتية مجهولة في مسرح الجريمة، وجمعها، وتحديد هويتها، على أمل ربطها بمشتبه به والحصول على إدانة. [ 77 ] يُعد الصيد الجائر ، وقتل الأنواع المهددة بالانقراض، وإساءة معاملة الحيوانات أمثلة على الجرائم التي يُستخدم فيها الترميز الجيني للحمض النووي، نظرًا لوجود الحمض النووي للحيوانات في كثير من الأحيان. [ 54 ] [ 78 ] من ناحية أخرى، يُستخدم الحمض النووي للنباتات عادةً كدليل أثري لربط مشتبه به بمسرح الجريمة. [ 79 ]

الإمكانيات ونقاط الضعف

الإمكانيات

تُعدّ أساليب التقييم البيولوجي التقليدية راسخة دوليًا، وتُستخدم بكفاءة في الرصد البيولوجي، كما هو الحال في التقييم البيولوجي المائي ضمن توجيهات الاتحاد الأوروبي الإطارية للمياه والتوجيه الإطاري للسياسة البحرية . مع ذلك، يُمكن لتقنية الترميز الجيني للحمض النووي أن تُحسّن الأساليب التقليدية للأسباب التالية: (1) زيادة الدقة التصنيفية وتوحيد تحديد الأنواع التي يصعب تحديدها أو التي تفتقر إلى الخبراء، (2) ربط العوامل البيئية بأنواع محددة بدقة أكبر، (3) زيادة إمكانية المقارنة بين المناطق، (4) إمكانية إدراج المراحل المبكرة من دورة الحياة والعينات المجزأة، (5) تحديد الأنواع الخفية /النادرة، (6) إمكانية تطوير مؤشرات جديدة، مثل الأنواع النادرة/الخفية التي قد تكون حساسة/مقاومة للضغوط ، (7) زيادة عدد العينات التي يُمكن معالجتها وتقليل وقت المعالجة، مما يُؤدي إلى زيادة المعرفة بعلم بيئة الأنواع، (8) كونها طريقة غير جراحية للرصد عند استخدام أساليب الحمض النووي البيئي . [ 80 ]

الوقت والتكلفة

يُعدّ الترميز الجيني أسرع من الطرق المورفولوجية التقليدية، بدءًا من التدريب وصولًا إلى التصنيف. ويستغرق اكتساب الخبرة في طرق الحمض النووي وقتًا أقل من اكتساب الخبرة في علم التصنيف. إضافةً إلى ذلك، فإنّ سير عمل الترميز الجيني (أي من العينة إلى النتيجة) أسرع عمومًا من سير العمل المورفولوجي التقليدي، ويتيح معالجة عدد أكبر من العينات.

الدقة التصنيفية

يُتيح الترميز الجيني للحمض النووي تحديد التصنيفات من المستويات العليا (مثل العائلة) إلى المستويات الدنيا (مثل النوع)، والتي يصعب تحديدها باستخدام الطرق المورفولوجية التقليدية، كالتحديد المجهري مثلاً. فعلى سبيل المثال، تنتشر ذبابة الكيرونوميد (الذباب غير اللاسع) على نطاق واسع في النظم البيئية البرية والمائية العذبة. ويجعلها تنوعها ووفرتها ذات أهمية بالغة للعمليات والشبكات البيئية، وهي إحدى مجموعات اللافقاريات العديدة المستخدمة في الرصد البيولوجي. قد تحتوي عينات اللافقاريات على ما يصل إلى 100 نوع من الكيرونوميد، والتي غالباً ما تُشكل ما يصل إلى 50% من العينة. ومع ذلك، لا يتم عادةً تحديدها دون مستوى العائلة نظراً للخبرة التصنيفية والوقت اللازمين لذلك. [ 81 ] وقد يؤدي هذا إلى تجميع أنواع مختلفة من الكيرونوميد ذات تفضيلات بيئية متباينة معاً، مما ينتج عنه تقييم غير دقيق لجودة المياه.

يُتيح الترميز الجيني للحمض النووي فرصةً لتحديد التصنيفات، وربط تأثيرات عوامل الإجهاد مباشرةً بتصنيفات مُحددة، مثل أنواع ذباب الكيرونوميد الفردية. على سبيل المثال، قام بيرمان وآخرون (2018) بترميز الحمض النووي لذباب الكيرونوميد لدراسة استجابته لعوامل إجهاد متعددة؛ انخفاض التدفق، وزيادة الرواسب الدقيقة، وزيادة الملوحة. [ 82 ] بعد الترميز، وُجد أن عينة ذباب الكيرونوميد تتكون من 183 وحدة تصنيفية تشغيلية (OTUs)، أي رموز شريطية (تسلسلات) تُعادل غالبًا الأنواع المورفولوجية. أظهرت هذه الوحدات التصنيفية التشغيلية الـ 183 خمسة عشر نوعًا من الاستجابة، بدلًا من نوعي الاستجابة اللذين تم الإبلاغ عنهما سابقًا [ 83 ] عند تجميع جميع ذباب الكيرونوميد معًا في نفس دراسة عوامل الإجهاد المتعددة. تم اكتشاف اتجاه مماثل في دراسة أجراها ماشر وآخرون (2016) والتي اكتشفت تنوعًا خفيًا داخل نوع ذبابة مايو النيوزيلندية Deleatidium sp . وجدت هذه الدراسة أنماط استجابة مختلفة لـ 12 وحدة تصنيفية تشغيلية جزيئية متميزة للضغوطات، مما قد يغير الإجماع على أن ذبابة مايو هذه حساسة للتلوث. [ 84 ]

أوجه القصور

على الرغم من المزايا التي يوفرها ترميز الحمض النووي، فقد أشير أيضاً إلى أن أفضل استخدام له هو كمكمل للطرق المورفولوجية التقليدية. [ 80 ] وتستند هذه التوصية إلى العديد من التحديات المتوقعة.

المعايير الفيزيائية

ليس من السهل تمامًا ربط الباركود الجيني بالتفضيلات البيئية للكائن الحي المُرمَّز، كما هو مطلوب لاستخدام الباركود في الرصد البيولوجي. فعلى سبيل المثال، يعتمد الكشف عن الحمض النووي المستهدف في الأنظمة المائية على تركيز جزيئات الحمض النووي في الموقع، والذي بدوره يتأثر بعوامل عديدة. كما يعتمد وجود جزيئات الحمض النووي على مدى انتشارها في الموقع، كاتجاه التيارات أو قوتها. ولا يُعرف على وجه الدقة كيفية انتقال الحمض النووي في الجداول والبحيرات، مما يُصعِّب عملية أخذ العينات. وقد يكون سلوك الكائن الحي المستهدف عاملًا آخر، فالأسماك قد تشهد تغيرات موسمية في حركتها، بينما يُطلق جراد البحر أو بلح البحر كميات أكبر من الحمض النووي في أوقات محددة من حياته (كالانسلاخ والتكاثر). أما بالنسبة للحمض النووي في التربة، فالمعلومات المتوفرة عن توزيعه وكميته ونوعيته أقل بكثير.

يتمثل القيد الرئيسي لطريقة الترميز الشريطي في اعتمادها على مكتبات مرجعية للترميز الشريطي لتحديد التصنيف التكسونومي للتسلسلات. ولا يكون التحديد التكسونومي دقيقًا إلا في حال توفر مرجع موثوق. ومع ذلك، لا تزال معظم قواعد البيانات غير مكتملة، لا سيما بالنسبة للكائنات الحية الصغيرة كالفطريات والعوالق النباتية والديدان الأسطوانية وغيرها. إضافةً إلى ذلك، تحتوي قواعد البيانات الحالية على أخطاء في تحديد التصنيف، وأخطاء إملائية، وغيرها من الأخطاء. تُبذل جهودٌ جبارة لتنقيح قواعد البيانات واستكمالها لجميع الكائنات الحية اللازمة، بما في ذلك مشاريع ترميز شريطي ضخمة (على سبيل المثال، مشروع iBOL لقاعدة بيانات مرجع نظام بيانات الترميز الشريطي للحياة (BOLD)). [ 85 ] [ 86 ] ومع ذلك، فإن استكمال قواعد البيانات وتنقيحها أمرٌ صعب ويستغرق وقتًا طويلاً. فبدون عينات موثقة، لا يمكن التأكد من صحة التسلسل المستخدم كمرجع.

تحتوي قواعد بيانات تسلسل الحمض النووي، مثل GenBank، على العديد من التسلسلات غير المرتبطة بعينات موثقة (مثل عينات المعشبة، أو خطوط الخلايا المستنبتة، أو الصور أحيانًا). يُشكل هذا إشكالية في المسائل التصنيفية، مثل تحديد ما إذا كان ينبغي فصل عدة أنواع أو دمجها، أو مدى دقة التصنيفات السابقة. قد يؤدي إعادة استخدام تسلسلات غير مرتبطة بعينات موثقة لكائنات تم تحديدها بشكل خاطئ في البداية إلى استنتاجات غير صحيحة، ويجب تجنب ذلك. [ 87 ] لذلك، فإن أفضل ممارسة لترميز الحمض النووي هي تسلسل العينات الموثقة. [ 88 ] [ 89 ] مع ذلك، قد يكون من الصعب الحصول على عينات مرجعية للعديد من التصنيفات، على سبيل المثال، العينات التي يصعب جمعها، أو العينات المتاحة التي تكون ضعيفة الحفظ، أو نقص الخبرة التصنيفية الكافية. [ 87 ]

ومن المهم أيضًا أنه يمكن استخدام الباركودات الجينية لإنشاء تصنيف مؤقت، وفي هذه الحالة يمكن استخدام وحدات التصنيف التشغيلي (OTUs) كبدائل للتسميات الثنائية اللاتينية التقليدية - مما يقلل بشكل كبير من الاعتماد على قواعد البيانات المرجعية المكتملة. [ 90 ]

التحيز التكنولوجي

كما أن ترميز الحمض النووي يحمل تحيزًا منهجيًا، بدءًا من أخذ العينات وحتى تحليل بيانات المعلوماتية الحيوية .

قد تتلوث عينة الحمض النووي بمثبطات تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR)، مما يؤدي إلى ظهور نتائج إيجابية خاطئة في بعض العينات. غالبًا ما يكون تكرار تفاعل البوليميراز المتسلسل ضروريًا للحصول على جودة تسلسل عالية وحساسية جيدة، ولكنه يؤدي إلى زيادة كبيرة في خطر التلوث.

إلى جانب خطر تلوث عينة الحمض النووي بمثبطات تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR)، يُعدّ انحياز البادئات أحد المصادر الرئيسية للأخطاء في الترميز الجيني للحمض النووي. [ 91 ] [ 92 ] يُعدّ عزل علامة الحمض النووي الفعّالة وتصميم البادئات عملية معقدة، وقد بُذلت جهود كبيرة لتطوير بادئات للترميز الجيني للحمض النووي في مختلف المجموعات التصنيفية. على الرغم من هذه الجهود، لا يزال هناك احتمال لفشل البادئات في تضخيم تسلسل متباين غير متوقع. [ 93 ] إضافةً إلى ذلك، غالبًا ما ترتبط البادئات بشكل تفضيلي ببعض التسلسلات، مما يؤدي إلى تباين في كفاءة البادئات وخصوصيتها، وتقييم غير تمثيلي للمجتمعات، وتضخيم ثراءها. [ 94 ] وبالتالي، يتغير تركيب تسلسلات مجتمعات العينة بشكل رئيسي في خطوة تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR).

أجرت العديد من الدراسات تجارب على مناهج "خالية من تفاعل البوليميراز المتسلسل" لتجنب هذه التحيزات. يتمثل أحد المناهج الرئيسية في استخدام عينات غنية بالميتوكوندريا، بحيث يجعل التركيز العالي للحمض النووي المستهدف عملية التضخيم غير ضرورية. (كما تساعد التسلسلات الأطول التي يتم الحصول عليها في تحسين التصنيف). [ 95 ] [ 96 ] ولكن اعتبارًا من عام 2018لا تزال تقنية الترميز الفائق للحمض النووي الرئيسية تعتمد على تسلسل المضخمات. [ 93 ]

وتدخل تحيزات أخرى في الصورة أثناء عملية التسلسل وأثناء المعالجة البيولوجية المعلوماتية للتسلسلات، مثل إنشاء الكائنات الهجينة.

عدم وجود معايير موحدة

على الرغم من تزايد استخدام وتطبيق تقنية الترميز الجيني للحمض النووي، لا يزال هناك اختلاف في الآراء حول طرق حفظ الحمض النووي أو استخلاصه، واختيارات علامات الحمض النووي ومجموعات البادئات، وبروتوكولات تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR). وتُعدّ معايير مسارات المعلوماتية الحيوية (مثل تجميع وحدات التصنيف التشغيلي، وخوارزميات التعيين التصنيفي، والعتبات، إلخ) موضع جدل واسع بين مستخدمي الترميز الجيني للحمض النووي. [ 93 ] كما تشهد تقنيات التسلسل تطورًا سريعًا، جنبًا إلى جنب مع أدوات تحليل الكميات الهائلة من بيانات الحمض النووي المُولّدة، مما يستدعي توحيدًا عاجلًا للطرق لتمكين التعاون وتبادل البيانات على نطاق مكاني وزمني أوسع. ويُعدّ توحيد طرق الترميز الجيني على المستوى الأوروبي جزءًا من أهداف مشروع COST الأوروبي DNAqua-net [ 97 ] ، كما تتناوله أيضًا اللجنة الأوروبية للتوحيد القياسي (CEN). [ 98 ]

ومن الانتقادات الأخرى الموجهة إلى ترميز الحمض النووي كفاءته المحدودة في التمييز الدقيق دون مستوى الأنواع (على سبيل المثال، للتمييز بين الأصناف)، وفي الكشف عن الهجائن، وأنه يمكن أن يتأثر بمعدلات التطور .

عدم التطابق بين التعريف التقليدي (المورفولوجي) والتعريف القائم على الرموز الشريطية

من المهم معرفة أن قوائم التصنيف المستمدة من التحديد التقليدي (المورفولوجي) لا تُقارن، وربما لن تُقارن أبدًا، مباشرةً بقوائم التصنيف المستمدة من التحديد القائم على الباركود، وذلك لعدة أسباب. ولعل أهمها عدم اكتمال قواعد البيانات المرجعية الجزيئية وقلة دقتها، مما يحول دون التحديد التصنيفي الصحيح لتسلسلات الحمض النووي البيئي. فالتصنيفات غير الموجودة في قواعد البيانات المرجعية لن تُكتشف بواسطة الحمض النووي البيئي، كما أن التسلسلات المرتبطة باسم خاطئ ستؤدي إلى تحديد غير صحيح. [ 80 ] ومن الأسباب الأخرى المعروفة اختلاف نطاق وحجم العينات بين العينات التقليدية والجزيئية، وإمكانية تحليل الكائنات الميتة، وهو ما قد يحدث بطرق مختلفة في كلتا الطريقتين تبعًا لمجموعة الكائنات الحية، والاختيار المحدد للتحديد في كلتا الطريقتين، أي اختلاف الخبرة التصنيفية أو إمكانية تحديد مجموعات معينة من الكائنات الحية، أو تحيز البادئات الذي يؤدي أيضًا إلى تحليل متحيز محتمل للتصنيفات. [ 80 ]

تحديد المجموعات الفردانية

تُختار الرموز الشريطية عمومًا بحيث يكون معدل الطفرات فيها مناسبًا لتحديد الأنواع، لكن هذا لا يعني بالضرورة أن مواقع الرموز الشريطية ستتوافق دائمًا مع تاريخ تطور التجمعات السكانية إلى أنواع منفصلة. في بعض الحالات، تنتمي العينات ذات الرموز الشريطية المتطابقة (COI) بوضوح إلى أنواع مختلفة، مثل أنواع جنس أسماك الكروميس . بعبارة أخرى، تشترك هذه الأنواع في نفس النمط الفرداني لموقع الرمز الشريطي ولم تتباعد بعد. [ 99 ] من الممكن أيضًا أن يُظهر الموقع فرزًا غير مكتمل للسلالات مع بعض أحداث التمايز، مما يؤدي إلى مجموعات يصعب تفسيرها. [ 100 ] مثال على فرز السلالات غير المكتمل في COI موجود في دراسة متعددة المواقع لـ Mechanitis ، حيث ساعد استخدام مواقع متعددة في التغلب على المشكلة. [ 101 ]

يُحسّن استخدام مواقع جينية متعددة أو تسلسلات أطول من دقة التحليل عمومًا، إلا أن ذلك غالبًا ما يكون على حساب تقليل تغطية قاعدة البيانات. ويمكن استخدام تقنية مسح الجينوم ، التي لا تتطلب بادئات مصممة خصيصًا، لإنتاج تسلسلات طويلة للحمض النووي ذي العدد الكبير من النسخ، مثل الحمض النووي الريبوزي والحمض النووي للعضيات. [ 51 ]

تقديرات الثراء/التنوع

قد يؤدي استخدام تقنية الترميز الجيني للحمض النووي إلى المبالغة أو التقليل من تقدير ثراء وتنوع الأنواع. تشير بعض الدراسات إلى أن البيانات غير الدقيقة (تحديد أنواع غير موجودة في مجتمع حيوي) تُعد سببًا رئيسيًا لتضخيم التنوع البيولوجي. [ 102 ] [ 103 ] تكمن المشكلة الأكبر في التصنيفات التي تمثلها أعداد قليلة من قراءات التسلسل. عادةً ما تُزال هذه القراءات أثناء عملية ترشيح البيانات، حيث تشير دراسات مختلفة إلى أن معظم هذه القراءات منخفضة التردد قد تكون بيانات غير دقيقة. [ 104 ] مع ذلك، قد توجد تصنيفات نادرة حقيقية بين هذه القراءات قليلة الوفرة. [ 105 ] يمكن أن تعكس التسلسلات النادرة سلالات فريدة في المجتمعات الحيوية، مما يجعلها تسلسلات غنية بالمعلومات وذات قيمة. لذا، ثمة حاجة ماسة إلى خوارزميات معلوماتية حيوية أكثر قوة تسمح بالتمييز بين القراءات الغنية بالمعلومات والبيانات غير الدقيقة. ستتيح المكتبات المرجعية الكاملة اختبارًا أفضل لخوارزميات المعلوماتية الحيوية، من خلال السماح بتصفية أفضل للشوائب (أي إزالة التسلسلات التي لا يوجد لها نظير بين الأنواع الموجودة)، وبالتالي، سيصبح من الممكن الحصول على تصنيف أكثر دقة للأنواع. [ 106 ] كما يمكن أن يؤدي التنوع الخفي إلى تضخيم التنوع البيولوجي، حيث قد ينقسم نوع مورفولوجي واحد إلى العديد من التسلسلات الجزيئية المتميزة. [ 80 ] وسيسهم هذا بشكل كبير في توليد بيانات مرجعية للحمض النووي، وهو أمر بالغ الأهمية لرصد التنوع البيولوجي البيئي القائم على الحمض النووي.

ميجاباركود

يُستخدم مصطلح "الترميز الشريطي الضخم" لوصف الترميز الشريطي للحمض النووي عالي الإنتاجية القائم على العينات، حيث يمكن ترميز آلاف العينات في وقت واحد لتحديد الأنواع واكتشافها. [ 107 ] [ 108 ] [ 109 ] [ 110 ] [ 111 ]

سير عمل الترميز الشريطي الضخم

يُمكن تحقيق ذلك باستخدام منصات التسلسل من الجيل الثالث، بما في ذلك PacBio (Sequel I/II) من شركة Pacific Biosciences ، وMinION وPromethION من شركة Oxford Nanopore Technology . وبالمقارنة مع تسلسل سانجر ، يُعدّ الترميز الشريطي الضخم أسرع وأقل تكلفة، مما يسمح بإنتاج كميات كبيرة من الرموز الشريطية للحمض النووي لآلاف الأنواع. [ 112 ]

التطبيقات

يمكن أن يساعد الترميز الجيني الضخم في سدّ فجوة البيانات المرجعية للترميز الجيني للحشرات، وتسريع اكتشاف الأنواع، [ 113 ] [ 114 ] وفهم أنماط تنوع الأنواع، [ 115 ] [ 116 ] [ 117 ] وتقييم ثراء الأنواع، [ 118 ] وإنشاء قوائم سريعة لأنواع التنوع البيولوجي، [ 119 ] وتتبع التحولات الأساسية، [ 120 ] ومطابقة مراحل دورة الحياة. [ 121 ]

الترميز الفائق

تختلف الطرق القياسية لترميز الحمض النووي وترميز الميتا. فبينما يشير ترميز الحمض النووي إلى تحديد نوع معين، يبحث ترميز الميتا عن المجتمع بأكمله.

يُعرَّف الترميز الفائق بأنه ترميز الحمض النووي أو الحمض النووي البيئي ( eDNA ) الذي يسمح بتحديد العديد من التصنيفات في وقت واحد ضمن نفس العينة (البيئية)، وغالبًا ضمن نفس مجموعة الكائنات الحية. ويكمن الفرق الرئيسي بين الطريقتين في أن الترميز الفائق، على عكس الترميز العادي، لا يركز على كائن حي محدد، بل يهدف إلى تحديد التركيب النوعي داخل العينة.

المنهجية

يشمل إجراء الترميز الفائق، كالترميز العام، خطوات استخلاص الحمض النووي ، وتضخيم تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) ، والتسلسل ، وتحليل البيانات . يتكون الرمز الشريطي من منطقة جينية متغيرة قصيرة (انظر، على سبيل المثال، علامات/رموز شريطية مختلفة ) تُستخدم للتصنيف، محاطة بمناطق جينية محفوظة للغاية يمكن استخدامها لتصميم البادئات . [ 122 ] تُستخدم جينات مختلفة حسب ما إذا كان الهدف هو ترميز نوع واحد أو ترميز عدة أنواع. في الحالة الأخيرة، يُستخدم جين أكثر شمولية. لا يستخدم الترميز الفائق الحمض النووي/الرنا من نوع واحد كنقطة بداية، بل يستخدم الحمض النووي/الرنا من عدة كائنات حية مختلفة مُستخلصة من عينة بيئية أو عينة مجمعة واحدة.

التطبيقات

تتمتع تقنية الترميز الجيني الفائق بإمكانية استكمال تدابير التنوع البيولوجي، بل وحتى استبدالها في بعض الحالات، لا سيما مع تقدم التكنولوجيا وانخفاض تكلفة الإجراءات وتحسينها وانتشارها تدريجياً. [ 123 ] [ 124 ]

تشمل تطبيقات الترميز الفائق للحمض النووي مراقبة التنوع البيولوجي في البيئات الأرضية والمائية، وعلم الحفريات والنظم البيئية القديمة، وتفاعلات النباتات مع الملقحات ، وتحليل النظام الغذائي وسلامة الأغذية.

المزايا والتحديات

تنطبق المزايا والعيوب العامة للترميز الشريطي المذكورة أعلاه على الترميز الشريطي الفائق أيضًا. ومن أبرز عيوب دراسات الترميز الشريطي الفائق عدم وجود إجماع حتى الآن بشأن التصميم التجريبي الأمثل ومعايير المعلوماتية الحيوية الواجب تطبيقها في الترميز الشريطي الفائق للحمض النووي البيئي. [ 125 ] ومع ذلك، توجد حاليًا محاولات مشتركة، مثل شبكة DNAqua-Net التابعة لبرنامج COST الأوروبي ، للمضي قدمًا من خلال تبادل الخبرات والمعارف لوضع معايير أفضل الممارسات للرصد البيولوجي. [ 80 ]

الترميز الشريطي للحمض النووي الاصطناعي

في عام ٢٠١٤، اقترح باحثون من المعهد الفدرالي السويسري للتكنولوجيا في زيورخ استخدام رموز شريطية اصطناعية من الحمض النووي بحجم دون الميكرومتر كعلامة غير مرئية للزيت. تتكون هذه الرموز الشريطية من تسلسلات حمض نووي اصطناعية داخل جزيئات السيليكا القابلة للاسترداد مغناطيسيًا. يمكن إضافتها إلى زيت الطعام بكمية ضئيلة جدًا (تصل إلى جزء واحد في المليار) كعلامة، ويمكن استرجاعها في أي وقت لاختبار أصالتها باستخدام تفاعل البوليميراز المتسلسل/التسلسل. يمكن استخدام هذه الطريقة لاختبار زيت الزيتون للكشف عن الغش. [ ١٢٦ ]

انظر أيضاً

المواضيع الفرعية:

مواضيع ذات صلة:

انظر أيضًا إلى شريط التنقل الجانبي في أعلى المقالة.

مراجع

  1. ↑ "ما هو ترميز الحمض النووي؟" . iBOL. مؤرشف من الأصل بتاريخ 2019-03-07 . تم الاطلاع عليه بتاريخ 2019-03-26 .
  2. ↑ كريس، دبليو. جون؛ إريكسون، ديفيد إل.، محرران. (2012). الباركودات الجينية: طرق وبروتوكولات . طرق في البيولوجيا الجزيئية. المجلد 858. توتوا، نيوجيرسي: دار هومانا للنشر. doi : 10.1007/978-1-61779-591-6 . ISBN  978-1-61779-590-9. S2CID 3668979 . 
  3. ^ إيريني، إل. لاكنر، م. دي هوج، ع. ماير، دبليو (2015). “تشفير الحمض النووي للفطريات المسببة للعدوى لدى البشر والحيوانات”. بيولوجيا الفطريات . 120 (2): 125-136 . دوى : 10.1016/j.funbio.2015.04.007 . بميد 26781368 . 
  4. ↑ شوخ، كونراد ل.؛ سيفرت، كيث أ.؛ هوندورف، سابين؛ روبرت، فنسنت؛ سبوج، جون ل.؛ ليفيسك، سي. أندريه؛ تشين، وين؛ اتحاد ترميز الفطريات (2012). "منطقة الفاصل الداخلي المنسوخ للريبوسوم النووي ( ITS) كعلامة ترميز DNA عالمية للفطريات" ( ملف PDF) . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم . 109 (16): 6241-6246 . doi : 10.1073/pnas.1117018109 . ISSN 0027-8424 . PMC 3341068. PMID 22454494. مؤرشف (ملف PDF) من الأصل في 2020-07-07 . تم الاطلاع عليه بتاريخ 2020-03-05 .   
  5. ↑ مجموعة عمل CBOL النباتية؛ هولينغسورث، ب.م.؛ فورست، ل.ل.؛ سبوج، ج.ل.؛ حاجي بابائي، م.؛ راتناسينغهام، س.؛ فان دير بانك، م.؛ تشيس، م.و.؛ كوان، ر.س. (2009-08-04). "الباركود الجيني للنباتات البرية" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم . 106 (31): 12794-12797 . doi : 10.1073/pnas.0905845106 . ISSN 0027-8424 . PMC 2722355. PMID 19666622 .   
  6. ↑ بولاي، غوستاف؛ ماير، كريستوفر ب. (29-11-2005). "الترميز الشريطي للحمض النووي: معدلات الخطأ بناءً على أخذ عينات شاملة" . مجلة PLOS Biology . 3 (12) e422. doi : 10.1371/journal.pbio.0030422 . ISSN 1545-7885 . PMC 1287506. PMID 16336051 .   
  7. ↑ سوينين، إيفا م؛ فالنتيني، أليس؛ كويساك، إريك؛ ميكيل، كريستيان؛ جيلي، لودوفيك؛ بروخمان، كريستيان؛ بريستينغ، آن ك؛ سونستيبو، يورن هـ؛ إمس، رولف أ (2009). "تحليل النظام الغذائي للحيوانات العاشبة الصغيرة: كفاءة الترميز الجيني للحمض النووي المقترن بالتسلسل الهرمي عالي الإنتاجية لفك شفرة تركيب مخاليط النباتات المعقدة" . مجلة فرونتيرز إن زولوجي . 6 (1 ) : 16. doi : 10.1186/1742-9994-6-16 . ISSN 1742-9994 . PMC 2736939. PMID 19695081 .   
  8. ↑ كريير، سيمون؛ دينر، كريستي؛ فراي ، سيريتا؛ بورازينسكا، دوروتا؛ تابيرليه، بيير؛ توماس، دبليو. كيلي؛ بوتر، كايتلين؛ بيك، هولي إم. (2016). فريكلتون، روبرت (محرر). "دليل عالم البيئة الميداني لتحديد التنوع البيولوجي بناءً على التسلسل" ( ملف PDF) . مناهج في علم البيئة والتطور . 7 (9): 1008-1018 . Bibcode : 2016MEcEv...7.1008C . doi : 10.1111/2041-210X.12574 . S2CID 87512991. مؤرشف (PDF) من الأصل في 21-06-2020 . تم الاسترجاع في 21-06-2020 . 
  9. ↑ ليز، فلوريان؛ وآخرون . (يناير 2018). "لماذا نحتاج إلى شبكات مستدامة تربط بين الدول والتخصصات والثقافات والأجيال من أجل الرصد البيولوجي المائي 2.0: منظور مستمد من مشروع DNAqua-Net COST". التقدم في البحوث البيئية . 58 : 63-99 . Bibcode : 2018AdER...58...63L . doi : 10.1016/bs.aecr.2018.01.001 . hdl : 1822/72852 . ISBN  978-0-12-813949-3.
  10. ↑ فاسيلون، فالنتين؛ ريميه، فريدريك؛ تابولتشاي، كالمان؛ بوشيه، أنييس (2017). "تقييم الوضع البيئي باستخدام الترميز الجيني للحمض النووي للدياتومات: التوسع في شبكة رصد تابعة لتوجيهات الإطار المائي (جزيرة مايوت، فرنسا)". المؤشرات البيئية . 82 : 1-12 . Bibcode : 2017EcInd..82....1V . doi : 10.1016/j.ecolind.2017.06.024 . ISSN 1470-160X . 
  11. ↑ ووز، كارل ر.؛ كاندلر، أوتو؛ ويليس، مارك ل. (1990). "نحو نظام طبيعي للكائنات الحية: اقتراح لمجالات العتائق والبكتيريا وحقيقيات النوى" ( ملف PDF) . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم . 87 (12): 4576-4579 . Bibcode : 1990PNAS...87.4576W . doi : 10.1073/pnas.87.12.4576 . OCLC 678728346. PMC 54159. PMID 2112744. مؤرشف (PDF) من الأصل في 2020-04-06 . تم الاسترجاع في 2020-04-06 .   
  12. 1 2 3 هيبرت، بول دي إن؛ سيوينسكا، ألينا؛ بول، شيلي إل؛ دي وارد، جيريمي آر. (2003-02-07). "التعرف على الكائنات الحية من خلال الباركود الجيني" . وقائع الجمعية الملكية ب: العلوم البيولوجية . 270 (1512): 313-321 . doi : 10.1098/rspb.2002.2218 . ISSN 1471-2954 . PMC 1691236. PMID 12614582 .   
  13. ↑ فولمر، أو.؛ ​​بلاك، م.؛ هوه، و.؛ لوتز، ر.؛ فريجينهوك، ر. (أكتوبر 1994). "بادئات الحمض النووي لتضخيم الوحدة الفرعية الأولى من إنزيم سيتوكروم سي أوكسيداز الميتوكوندري من اللافقاريات متعددة الخلايا المتنوعة". علم الأحياء البحرية الجزيئي والتكنولوجيا الحيوية . 3 (5): 294-299 . ISSN 1053-6426 . PMID 7881515 .  
  14. ↑ جيلجر هيردر، الحمض النووي البيئي - مراجعة للتطبيقات المحتملة للكشف عن الأنواع (الغازية).
  15. ↑ شرادر، سي. إذن قد يكون الأمر كذلك بسبب الحمض النووي.؛ شيلكه، أ.؛ إيلربروك، ل.؛ جون، ر. (2012). "مثبطات تفاعل البوليميراز المتسلسل - وجودها وخصائصها وإزالتها" . مجلة علم الأحياء الدقيقة التطبيقية . 113 (5): 1014-1026 . doi : 10.1111/j.1365-2672.2012.05384.x . ISSN 1365-2672 . PMID 22747964. S2CID 30892831 .   
  16. ↑ سافولاينن، فنسنت ؛ كوان، روبين س؛ فوغلر، ألفريد ب؛ رودريك، جورج ك؛ لين، ريتشارد (29-10-2005). " نحو كتابة موسوعة الحياة: مقدمة في ترميز الحمض النووي" . المعاملات الفلسفية للجمعية الملكية ب: العلوم البيولوجية . 360 (1462): 1805-1811 . doi : 10.1098/rstb.2005.1730 . ISSN 0962-8436 . PMC 1609222. PMID 16214739 .   
  17. ↑ بيغوت، ماكسين ب. (2016). "تقييم تأثير بروتوكولات المختبر على احتمالية الكشف عن الحمض النووي البيئي لسمكة مياه عذبة مهددة بالانقراض" . علم البيئة والتطور . 6 (9): 2739-2750 . Bibcode : 2016EcoEv...6.2739P . doi : 10.1002/ece3.2083 . ISSN 2045-7758 . PMC 4798829. PMID 27066248 .   
  18. ↑ ما، هونغجوان؛ ستيوارت، كاثرين؛ لوغيد، ستيفن؛ تشنغ، جينسونغ؛ وانغ، يوكسيانغ؛ تشاو، جيانفو (2016). "توصيف وتحسين والتحقق من صحة مؤشرات الحمض النووي البيئي (eDNA) للكشف عن الثدييات المائية المهددة بالانقراض". موارد علم الوراثة الحفظية . 8 (4): 561-568 . Bibcode : 2016ConGR...8..561M . doi : 10.1007/s12686-016-0597-9 . ISSN 1877-7252 . S2CID 1613649 .  
  19. ↑ دامور، روزاليندا؛ إعجاز، عمر ذيشان؛ شيرمر، ميلاني؛ كيني، جون ج.؛ غريغوري، ريتشارد؛ داربي، أليستير س.؛ شاكيا، ميغون؛ بودار، ميرسيا؛ كوينس، كريستوفر (14 يناير 2016). "دراسة معيارية شاملة للبروتوكولات ومنصات التسلسل لتوصيف مجتمع الحمض النووي الريبوزي 16S" . BMC Genomics . 17 (1): 55. Bibcode : 2016BMCG...17...55D . doi : 10.1186/s12864-015-2194-9 . ISSN 1471-2164 . PMC 4712552. PMID 26763898 .   
  20. ↑ كريس، دبليو جيه؛ إريكسون، دي إل (26 فبراير 2008). "الباركودات الجينية: الجينات، وعلم الجينوم، والمعلوماتية الحيوية" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم . 105 (8): 2761-2762 . Bibcode : 2008PNAS..105.2761K . doi : 10.1073/pnas.0800476105 . ISSN 0027-8424 . PMC 2268532. PMID 18287050 .   
  21. 1 2 هيبرت، بول دي إن؛ راتناسينغهام، سوجيفان؛ دي وارد، جيريمي آر. (2003-08-07). "الترميز الجيني للحياة الحيوانية: تباينات الوحدة الفرعية 1 لأكسيداز السيتوكروم سي بين الأنواع وثيقة الصلة" . وقائع الجمعية الملكية ب: العلوم البيولوجية . 270 (ملحق 1 ): S96-9. doi : 10.1098/rsbl.2003.0025 . ISSN 1471-2954 . PMC 1698023. PMID 12952648 .   
  22. ↑ بلاكستر، مارك ل. (29 أبريل 2004). غودفري، إتش سي جيه؛ كناب، إس. (محرران). " وعد تصنيف الحمض النووي" . المعاملات الفلسفية للجمعية الملكية في لندن. السلسلة ب: العلوم البيولوجية . 359 (1444): 669-679 . doi : 10.1098/rstb.2003.1447 . ISSN 1471-2970 . PMC 1693355. PMID 15253352 .   
  23. ↑ فازيكاس، آرون جيه؛ بورغيس، كيفن إس؛ كيساناكورتي، براساد آر؛ غراهام، شون دبليو؛ نيومستر، ستيفن جي؛ هاسباند، برايان سي؛ بيرسي، ديانا إم؛ حاجي بابائي، مهرداد؛ باريت، سبنسر سي إتش (30 يوليو 2008). دي سال، روبرت (محرر). "رموز شريطية متعددة المواقع للحمض النووي من جينوم البلاستيدات تميز أنواع النباتات على حد سواء" . PLOS ONE . 3 (7) e2802. Bibcode : 2008PLoSO...3.2802F . doi : 10.1371/journal.pone.0002802 . ISSN 1932-6203 . PMC 2475660. PMID 18665273 .   
  24. ↑ كريس، دبليو. جون؛ إريكسون، ديفيد إل. (2007-06-06). شيو، شين-هان (محرر). "رمز شريطي عالمي ثنائي المواضع للحمض النووي للنباتات البرية: جين rbcL المشفر يُكمل منطقة الفاصل trnH-psbA غير المشفرة" . PLOS ONE . 2 (6) e508. Bibcode : 2007PLoSO...2..508K . doi : 10.1371/journal.pone.0000508 . ISSN 1932-6203 . PMC 1876818. PMID 17551588 .   
  25. ↑ جاندا، جيه إم؛ أبوت، إس إل (2007-09-01). "تسلسل جين 16S rRNA لتحديد البكتيريا في المختبر التشخيصي: الإيجابيات والمخاطر والمزالق" . مجلة علم الأحياء الدقيقة السريرية . 45 (9): 2761-2764 . doi : 10.1128/JCM.01228-07 . ISSN 0095-1137 . PMC 2045242. PMID 17626177 .   
  26. ↑ سميث، م. أليكس؛ بيرتراند، كلوديا؛ كروسبي، كيت؛ إيفلي، إلدون س.؛ فرنانديز-تريانا، خوسيه؛ فيشر، برايان ل.؛ جيبس، جيسون؛ حاجي بابائي، مهرداد؛ هالواكس، ويني (2012-05-02). بادجر، جوناثان هـ. (محرر). " بكتيريا وولباكيا والترميز الجيني للحشرات: الأنماط والإمكانيات والمشاكل" . PLOS ONE . 7 (5) e36514. Bibcode : 2012PLoSO...736514S . doi : 10.1371/journal.pone.0036514 . ISSN 1932-6203 . PMC 3342236. PMID 22567162 .   
  27. ↑ لينكس، ماثيو ج.؛ دومونسو، تيم ج.؛ هيمينغسن، شون م.؛ هيل، جانيت إي. (26-11-2012). نيوفيلد، جوش (محرر). "الهدف العالمي لبروتين شابيرونين-60 هو رمز شريطي للبكتيريا يُمكّن من التجميع من الصفر لبيانات تسلسل الميتاجينوم" . PLOS ONE . 7 (11) e49755. Bibcode : 2012PLoSO...749755L . doi : 10.1371/journal.pone.0049755 . ISSN 1932-6203 . PMC 3506640. PMID 23189159 .   
  28. ↑ كيس، آر جيه؛ بوشيه، واي؛ داهلوف، آي؛ هولمستروم، سي؛ دوليتل، دبليو إف؛ كيلبيرغ، إس. (2007-01-01). " استخدام جينات 16S rRNA وrpoB كعلامات جزيئية لدراسات البيئة الميكروبية" . علم الأحياء الدقيقة التطبيقي والبيئي . 73 (1): 278-288 . Bibcode : 2007ApEnM..73..278C . doi : 10.1128/AEM.01177-06 . ISSN 0099-2240 . PMC 1797146. PMID 17071787 .   
  29. ↑ بيلمان، إيفا؛ كارلسن، تور؛ بروخمان، كريستيان؛ كويساك، إريك؛ تابيرليه، بيير؛ كاوسيرود، هافارد (2010). " ITS كعلامة جينية بيئية للفطريات: نهج حاسوبي يكشف عن تحيزات محتملة في تفاعل البوليميراز المتسلسل" . مجلة BMC لعلم الأحياء الدقيقة . 10 (1): 189. doi : 10.1186/1471-2180-10-189 . ISSN 1471-2180 . PMC 2909996. PMID 20618939 .   
  30. ^ سيفرت، كا؛ سامسون، را؛ ديوارد، JR. هوبراكن، J .؛ ليفيسك، كاليفورنيا؛ مونكالفو، J.-M.؛ لويس سيز، ج؛ هيبرت، PDN (2007-03-06). "آفاق التعرف على الفطريات باستخدام الباركود DNA لثاني أكسيد الكربون، مع البنسليوم كحالة اختبار" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم . 104 (10): 3901–3906 . دوى : 10.1073/pnas.0611691104 . ردمك 0027-8424 . بمك 1805696 . بميد 17360450 .   
  31. ↑ دينتينجر، برين تي إم؛ ديدوخ، مارينا واي؛ مونكالف، جان مارك (22-09-2011). شيرواتر، بيرند (محرر). "مقارنة COI وITS كعلامات باركود الحمض النووي للفطر وحلفائه (Agaricomycotina)" . PLOS ONE . 6 (9) e25081. Bibcode : 2011PLoSO...625081D . doi : 10.1371/ journal.pone.0025081 . ISSN 1932-6203 . PMC 3178597. PMID 21966418 .   
  32. ↑ خوند، بولاشري؛ جوشي، إس آر (أكتوبر 2014). "الترميز الجيني للفطر البري الصالح للأكل الذي تستهلكه القبائل العرقية في الهند". جين . 550 (1): 123-130 . doi : 10.1016/j.gene.2014.08.027 . PMID 25130907 . 
  33. ^ ويجاند، هانا؛ بيرمان، آرني J .؛ كيامبور، فيدور؛ كوستا، فيليبي O .؛ كاسباي، زولتان؛ دوارتي، صوفيا؛ جيجر، ماتياس F.؛ جرابوسكي، ميشال؛ ريميه، فريديريك (2019). “المكتبات المرجعية للرموز الشريطية للحمض النووي لرصد الكائنات الحية المائية في أوروبا: تحليل الفجوات وتوصيات للعمل المستقبلي”. علم البيئة الشاملة . 678 : 499– 524. بيب كود : 2019ScTEn.678..499W . بيوركسيف 10.1101/576553 . دوى : 10.1016/j.scitotenv.2019.04.247 . بميد 31077928 .  
  34. ↑ غوتشلينغ م، ج تشاكون، أ زردونر تشالاسان، س نويهاوس، ج كريتشمان، ه ستيبور، ويو جون (2020): يساعد تحديد الموقع التطوري للتسلسلات البيئية باستخدام قواعد بيانات موثوقة تصنيفياً على التقييم الدقيق للتنوع البيولوجي للدينوفايت في بحيرات بافاريا (ألمانيا). Freshw Biol 65: 193–208. doi : 10.1111/fwb.13413
  35. ↑ Rdmpage (2016)، مشروع الباركود الدولي للحياة (iBOL) (مجموعة البيانات)، معهد التنوع البيولوجي وصحة الحيوان والطب المقارن، كلية العلوم الطبية والبيطرية وعلوم الحياة، جامعة غلاسكو، doi : 10.15468/inygc6 ، مؤرشف من الأصل في 14 مايو 2019 ، تم استرجاعه في 14 مايو 2019
  36. ↑ راتناسينغهام، سوجيفان؛ هيبرت، بول دي إن (24 يناير 2007). "الترميز الشريطي: نظام بيانات الترميز الشريطي للحياة: الترميز الشريطي" . ملاحظات علم البيئة الجزيئية . 7 (3): 355-364 . doi : 10.1111/j.1471-8286.2007.01678.x . PMC 1890991. PMID 18784790 .  
  37. ↑ نيلسون، رولف هنريك؛ لارسون، كارل هنريك؛ تايلور، آندي إف إس؛ بنغتسون-بالم، يوهان؛ جيبسن، توماس إس؛ شيجل، ديمتري؛ كينيدي، بيتر؛ بيكارد، كاثرين؛ غلوكنر، فرانك أوليفر (2019-01-08). "قاعدة بيانات UNITE للتعريف الجزيئي للفطريات: التعامل مع التصنيفات غير المعروفة والتصنيفات التصنيفية المتوازية" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 47 (D1): D259– D264 . doi : 10.1093/nar/gky1022 . ISSN 0305-1048 . PMC 6324048. PMID 30371820 .   
  38. ↑ ريميه، فريدريك؛ غوسيف، يفغينوي؛ كاليرت، ماريا؛ كيلي، مارتن؛ كوليكوفسكي، مكسيم؛ مالتسيف، يفغين؛ مان، ديفيد؛ بفانكوشن، مارتن؛ تروباجو، روزا (14 فبراير 2019). "Diat.barcode، مكتبة باركود مفتوحة الوصول للدياتومات" . data.inrae.fr (مجموعة بيانات). بوابة بيانات Inra. doi : 10.15454/TOMBYZ . مؤرشف من الأصل في 26 سبتمبر 2021. تم الاسترجاع في 5 مايو 2021 .
  39. ^ ريميه، فريديريك. شوميل، فيليب؛ كيك، فرانسوا؛ كيرماريك، لينيج؛ فاسيلون، فالنتين؛ كالرت، ماريا. فرانك، آلان؛ بوشيز، أغنيس (2016). "R-Syst::diatom: قاعدة بيانات باركود مفتوحة الوصول ومنسقة للدياتومات ومراقبة المياه العذبة" . قاعدة البيانات . 2016 باو016. دوى : 10.1093/قاعدة البيانات/baw016 . ردمك 1758-0463 . بمك 4795936 . بميد 26989149 .   
  40. ↑ شلوس، باتريك د.؛ ويستكوت، سارة ل.؛ ريابين، توماس؛ هول، جوستين ر.؛ هارتمان، مارتن؛ هوليستر، إميلي ب.؛ ليسنيوسكي، رايان أ.؛ أوكلي، برايان ب.؛ باركس، دونوفان هـ.؛ روبنسون، كورتني ج.؛ ساهل، جيسون و.؛ ستريس، بلاز.؛ ثالينجر، جيرهارد ج.؛ هورن، ديفيد ج.؛ فان ويبر، كارولي ف. (2009). "تقديم برنامج موثور: برنامج مفتوح المصدر، مستقل عن المنصة، مدعوم من المجتمع لوصف ومقارنة المجتمعات الميكروبية" . علم الأحياء الدقيقة التطبيقي والبيئي . 75 (23): 7537-41 . Bibcode : 2009ApEnM..75.7537S . doi : 10.1128/AEM.01541-09 . OCLC 780918718 . PMC 2786419 . PMID 19801464 .   
  41. ↑ إدغار، روبرت سي (18 أغسطس 2013). "UPARSE: تسلسلات OTU عالية الدقة من قراءات تضخيم الميكروبات". Nature Methods . 10 (10): 996–998 . Bibcode : 2013NaMet..10..996E . doi : 10.1038 / nmeth.2604 . ISSN 1548-7091 . PMID 23955772. S2CID 7181682 .   
  42. ↑ كابوراسو، ج. غريغوري؛ كوتشينسكي، جاستن؛ ستومبو، جيسي؛ بيتينغر، كايل؛ بوشمان، فريدريك د؛ كوستيلو، إليزابيث ك؛ فيرير، نوح؛ بينيا، أنطونيو غونزاليس؛ غودريتش، جوليا ك (مايو 2010). "يُتيح برنامج QIIME تحليل بيانات التسلسل عالي الإنتاجية للمجتمعات الميكروبية" . مجلة Nature Methods . 7 (5): 335-336 . Bibcode : 2010NaMet...7..335C . doi : 10.1038/nmeth.f.303 . ISSN 1548-7091 . PMC 3156573. PMID 20383131 .   
  43. ↑ أفغان، إنيس؛ بيكر، دانون؛ باتوت، بيرينيس؛ فان دن بيك، ماريوس؛ بوفيه، ديف؛ تشيك، مارتن؛ تشيلتون، جون؛ كليمنتس، ديف؛ كوراور، نيت (2018-07-02). "منصة غالاكسي لتحليلات طبية حيوية سهلة الوصول وقابلة للتكرار وتعاونية: تحديث 2018" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 46 (W1): W537– W544 . doi : 10.1093/nar/gky379 . ISSN 0305-1048 . PMC 6030816. PMID 29790989 .   
  44. ^ بوير، فريديريك. ميرسييه، سيلين؛ بونين، أوريلي؛ لو براس، إيفان؛ تابيرليت، بيير؛ كويساك ، إريك (26/05/2015). “obitools: حزمة برامج مستوحاة من aunix لتشفير الحمض النووي”. موارد البيئة الجزيئية . 16 (1): 176-182 . دوى : 10.1111 / 1755-0998.12428 . ISSN 1755-098X . بميد 25959493 . S2CID 39412858 .   
  45. ↑ إلبريشت، فاسكو (30 أبريل 2019)، جيت هاب - VascoElbrecht/JAMP: JAMP: مجرد مسار آخر للترميز الفائق. ، مؤرشف من الأصل في 2 أبريل 2019 ، تم استرجاعه في 14 مايو 2019
  46. ↑ نورماندو، إريك (21 يناير 2020)، GitHub - enormandeau/barque: Barque: تحليل الترميز الفائق للحمض النووي البيئي. ، تم الاطلاع عليه بتاريخ 21 يناير 2020
  47. ↑ كالهان، بنجامين جيه؛ ماكموردي، بول جيه؛ روزين، مايكل جيه؛ هان، أندرو دبليو؛ جونسون، إيمي جو إيه؛ هولمز، سوزان بي (يوليو 2016). "DADA2: استدلال عالي الدقة على العينات من بيانات تضخيم Illumina" . Nature Methods . 13 (7): 581–583 . Bibcode : 2016NaMet..13..581C . doi : 10.1038/nmeth.3869 . ISSN 1548-7091 . PMC 4927377. PMID 27214047 .   
  48. ↑ ماكموردي، بول جيه؛ هولمز، سوزان (2014). "لا تبذر، لا تُحرم: لماذا يُعدّ تخفيف بيانات الميكروبيوم غير مقبول" . مجلة PLOS لعلم الأحياء الحاسوبي . 10 (4) e1003531. arXiv : 1310.0424 . Bibcode : 2014PLSCB..10E3531M . doi : 10.1371/journal.pcbi.1003531 . PMC 3974642. PMID 24699258 .  
  49. ↑ فالينتي، غابرييل؛ جانسون، يسبر؛ كليمنتي، خوسيه كارلوس؛ ألونسو-أليماني، دانيال (10-10-2011). "التصنيف التكسونومي في علم الميتاجينوميات باستخدام TANGO" . مجلة EMBnet . 17 (2): 16-20 . doi : 10.14806/ej.17.2.237 . hdl : 2117/16286 . ISSN 2226-6089 . 
  50. ↑ تالافيرا، جيرارد؛ لوختانوف، فلاديمير؛ بيرس، نعومي إي؛ فيلا، روجر (10 فبراير 2022). "يمكن لدمج الباركودات الجينية مع بيانات المواقع المتعددة للتصنيفات التمثيلية أن يُنتج أشجارًا تطورية موثوقة على مستوى أعلى" . علم الأحياء المنهجي . 71 (2): 382-395 . doi : 10.1093/sysbio/syab038 . PMC 8830075. PMID 34022059 .  
  51. بورتر ، تيريزيتا م.؛ حاجي بابائي، مهرداد (2018). " التوسع: دليل للأساليب الجينومية عالية الإنتاجية لتحليل التنوع البيولوجي" . علم البيئة الجزيئية . 27 (2): 313-338 . Bibcode : 2018MolEc..27..313P . doi : 10.1111/mec.14478 . ISSN 1365-294X . PMID 29292539 .  
  52. 1 2 شنيل، إيدا بيرهولم؛ تومسن، فيليب فرانسيس؛ ويلكنسون، نيكولاس. راسموسن، مورتن؛ جنسن، لارس أردي؛ ويلرسليف، إسكي؛ بيرتلسن، مادس F .؛ جيلبرت، م. توماس ب. (أبريل 2012). "فحص التنوع البيولوجي للثدييات باستخدام الحمض النووي من العلق" . علم الأحياء الحالي . 22 (8): آر 262 – آر 263. بيب كود : 2012CBio...22.R262S . دوى : 10.1016/j.cub.2012.02.058 . بميد 22537625 . S2CID 18058748 .  
  53. ↑ سوبراتا، تريفيدي (2016). الترميز الجيني للحمض النووي في البيئات البحرية: تقييم التنوع البيولوجي وحفظه . أنصاري، عابد علي، غوش، سانكار ك، رحمن، حسيب. تشام: دار نشر سبرينغر الدولية. ISBN 978-3-319-41840-7. OCLC 958384953 . 
  54. دالتون ، ديزيريه لي؛ دي بروين، مارلي؛ طومسون، تيا؛ كوتزي، أنطوانيت (2020-12-01). "تقييم جدوى استخدام الترميز الجيني للحمض النووي في قضايا الطب الشرعي المتعلقة بالحياة البرية التي تشمل ظباء جنوب أفريقيا" . مجلة الطب الشرعي الدولية: التقارير . 2 100071. doi : 10.1016/j.fsir.2020.100071 . ISSN 2665-9107 . S2CID 213926390 .  
  55. ↑ هيبرت، بول دي إن؛ ستوكل، مارك واي؛ زيملاك، تايلر إس؛ فرانسيس، تشارلز إم. (أكتوبر 2004). "تحديد الطيور من خلال الباركود الجيني" . مجلة PLOS Biology . 2 (10) e312. doi : 10.1371/journal.pbio.0020312 . ISSN 1545-7885 . PMC 518999. PMID 15455034 .   
  56. ↑ كوستا، فيليبي أو؛ كارفاليو، غاري ر (ديسمبر 2007). "مبادرة الباركود الحيوي: ملخص وتأثيرات مجتمعية محتملة للباركود الجيني للأسماك" . علم الجينوم، المجتمع والسياسة . 3 (2): 29. doi : 10.1186/1746-5354-3-2-29 . ISSN 1746-5354 . PMC 5425017 .  
  57. ↑ لاهاي، ر.؛ فان دير بانك، م.؛ بوغارين، د.؛ وارنر، ج.؛ بوبولين، ف.؛ جيغو، ج.؛ مورين، أ.؛ دوتوا، س.؛ باراكلو، ت. ج. (26 فبراير 2008). "الترميز الجيني للنباتات في بؤر التنوع البيولوجي" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم . 105 (8): 2923-2928 . doi : 10.1073/pnas.0709936105 . ISSN 0027-8424 . PMC 2268561. PMID 18258745 .   
  58. 1 2 شو، سونغ-تشي؛ لي، تشن-يو؛ جين، شياو-هوا (يناير 2018). "الترميز الجيني للنباتات الغازية في الصين: مورد لتحديد النباتات الغازية". موارد علم البيئة الجزيئية . 18 (1): 128-136 . Bibcode : 2018MolER..18..128X . doi : 10.1111/1755-0998.12715 . PMID 28865184. S2CID 24911390 .  
  59. ↑ ليو، جونينغ؛ جيانغ، جيامي؛ سونغ، شولي؛ تورنابين، لوك؛ تشاباريا، رايان؛ نايلور، غافين جيه بي؛ لي، تشينهونغ (ديسمبر 2017). "الترميز الشريطي للحمض النووي متعدد المواقع - تحديد الأنواع باستخدام بيانات متعددة المواقع" . التقارير العلمية . 7 (1): 16601. Bibcode : 2017NatSR...716601L . doi : 10.1038/ s41598-017-16920-2 . ISSN 2045-2322 . PMC 5709489. PMID 29192249 .   
  60. ↑ ناغوشي، رودني ن.؛ برامبيلا، جولييتا؛ ميغر، روبرت ل. (نوفمبر 2011). "استخدام الباركود الجيني لتحديد أنواع دودة الجيش الغازية Spodoptera في فلوريدا" . مجلة علوم الحشرات . 11 (154): 154. doi : 10.1673/031.011.15401 . ISSN 1536-2442 . PMC 3391933. PMID 22239735 .   
  61. ↑ كارابانوف، د.ب.؛ بيكر، إ.إ.؛ بافلوف، د.د.؛ بوروفيكوفا، إ.أ.؛ كودوخوفا، ي.ف.؛ كوتوف، أ.أ. (1 فبراير 2022). "مجموعات جديدة من البادئات لتحديد الحمض النووي لأنواع الأسماك غير الأصلية في حوض فولغا-كاما (روسيا الأوروبية)" . مجلة المياه . 14 (3): 437. Bibcode : 2022Water..14..437K . doi : 10.3390/w14030437 . ISSN 2073-4441 . 
  62. ^ ثونجتام نا أيودهايا، براديبونت؛ موانجماي، نارونجريت؛ بانجونجسات، نوادي؛ سينغتشات، وورابونج؛ جانيكيتكارن، سوماي؛ بيياتشوكناغول، سورين؛ سريكولناث، كورنسورن (يونيو 2017). "الكشف عن التنوع الخفي لأجناس أسماك شقائق النعمان Amphiprion و Premnas (Perciformes: Pomacentridae) في تايلاند باستخدام رموز شريط الحمض النووي للميتوكوندريا" . الزراعة والموارد الطبيعية . 51 (3): 198-205 . دوى : 10.1016/j.anres.2017.07.001 .
  63. ↑ هيبرت، ب. د. ن.؛ بنتون، إ. هـ.؛ بيرنز، ج. م.؛ جانزن، د. هـ.؛ هالفاكس، و. (12 أكتوبر 2004). "عشرة أنواع في نوع واحد: يكشف الترميز الجيني عن أنواع خفية في فراشة النطاط الاستوائية الجديدة Astraptes fulgerator " . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم . 101 (41): 14812-14817 . Bibcode : 2004PNAS..10114812H . doi : 10.1073/ pnas.0406166101 . ISSN 0027-8424 . PMC 522015. PMID 15465915 .   
  64. ↑ براور، أندرو ف.ز. (يونيو 2006). "مشاكل استخدام الباركود الجيني لتحديد الأنواع: إعادة تقييم 'عشرة أنواع' من Astraptes fulgerator (حرشفيات الأجنحة: فصيلة Hesperiidae)". علم التصنيف والتنوع البيولوجي . 4 (2): 127-132 . Bibcode : 2006SyBio...4..127B . doi : 10.1017/S147720000500191X . ISSN 1477-2000 . S2CID 54687052 .  
  65. ↑ سميث، م.أ؛ وودلي، ن.إ؛ جانزن، د.هـ؛ هالواكس، و؛ هيبرت، ب.د.ن (7 مارس/آذار 2006). "الرموز الشريطية للحمض النووي تكشف عن تخصص مضيف خفي ضمن أفراد جنس من ذباب الطفيليات (ذوات الجناحين: التاشينيدي) يُفترض أنها متعددة التغذية" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم . 103 (10): 3657-3662 . doi : 10.1073/pnas.0511318103 . ISSN 0027-8424 . PMC 1383497. PMID 16505365 .   
  66. ↑ برازيير، مادلين جيه؛ ويكلوند، هيلينا؛ نيل، لينكا؛ جيفريز، راشيل؛ لينس، كاترين؛ روهل، هنري؛ غلوفر، أدريان جي. (نوفمبر 2016). "الترميز الجيني يكشف عن تنوع خفي في 50% من ديدان البوليكيت في أعماق البحار في القطب الجنوبي" . مجلة الجمعية الملكية للعلوم المفتوحة . 3 (11) 160432. Bibcode : 2016RSOS....360432B . doi : 10.1098/rsos.160432 . ISSN 2054-5703 . PMC 5180122. PMID 28018624 .   
  67. ^ فاسكونسيلوس، راكيل. مونتيرو ميندييتا، سانتياغو؛ سيمو-ريودالباس، مارك؛ سينداكو، روبرتو؛ سانتوس، كزافييه. فاسولا، ماورو؛ يورينتي، غوستافو؛ رازيتي، إدواردو؛ كارانزا ، سلفادور (2016/03/01). "مستويات عالية بشكل غير متوقع من التنوع الخفي تم الكشف عنها بواسطة شريط DNA الكامل للزواحف في أرخبيل سقطرى" . بلوس واحد . 11 (3) هـ0149985. بيب كود : 2016PLoSO..1149985V . دوى : 10.1371/journal.pone.0149985 . ردمك 1932-6203 . بمك 4772999 . PMID 26930572 .   
  68. ↑ بومبانون، فرانسوا؛ ديجل، بروس إي؛ سيموندسون، ويليام أو سي؛ براون، ديفيد إس؛ جارمان، سيمون إن؛ تابيرليه، بيير (أبريل 2012). "من يأكل ماذا: تقييم النظام الغذائي باستخدام تقنية التسلسل من الجيل التالي: تحليل النظام الغذائي بتقنية التسلسل من الجيل التالي" . علم البيئة الجزيئية . 21 (8): 1931-1950 . doi : 10.1111/j.1365-294X.2011.05403.x . PMID 22171763. S2CID 10013333 .  
  69. ↑ فالنتيني، أليس؛ بومبانون، فرانسوا؛ تابيرليه، بيير (فبراير 2009). "الترميز الجيني للحمض النووي لعلماء البيئة". اتجاهات في علم البيئة والتطور . 24 (2): 110-117 . Bibcode : 2009TEcoE..24..110V . doi : 10.1016/j.tree.2008.09.011 . PMID 19100655 . 
  70. 1 2 3 كونيستو، كاري م.؛ روزلين، توماس؛ ساكسجارفي، إيلاري إي؛ فيسترينن، إيرو ج. (أكتوبر 2017). "كريات الإثبات: لمحة أولى عن التركيب الغذائي للأودونات البالغة كما تم الكشف عنها عن طريق استقلاب البراز" . البيئة والتطور . 7 (20): 8588– 8598. بيب كود : 2017EcoEv...7.8588K . دوى : 10.1002/ece3.3404 . بمك 5648679 . بميد 29075474 .  
  71. ↑ هارمز-توهي، كاليفورنيا؛ شيزاس، نيفادا؛ أبيلدورن، روتشستر (25 أكتوبر 2016). "استخدام الترميز الجيني الفائق لتحليل محتوى معدة سمكة الأسد الغازية (Pterois volitans) في بورتوريكو" . سلسلة التقدم في علم البيئة البحرية . 558 : 181-191 . Bibcode : 2016MEPS..558..181H . doi : 10.3354/meps11738 . ISSN 0171-8630 . 
  72. ^ كووالتشيك، رافائيل؛ تابيرليت، بيير؛ كويساك، اريك. فالنتيني، أليس. ميكيل، كريستيان؛ كامينسكي، توماسز؛ Wójcik، Jan M. (فبراير 2011). “تأثير ممارسات الإدارة على النظام الغذائي للحيوانات العاشبة الكبيرة – حالة البيسون الأوروبي في غابة بياوفيجا البدائية (بولندا)”. بيئة الغابات وإدارتها . 261 (4): 821–828 . بيب كود : 2011ForEM.261..821K . دوى : 10.1016/j.foreco.2010.11.026 .
  73. ↑ نيكولز، روث ف.؛ كرومسيغت، جوريس ب. ج. م.؛ سبونج، جوران (ديسمبر 2015). "استخدام الحمض النووي البيئي لاختبار تفضيلات الرعي لدى ذوات الحوافر تجريبياً" . سبرينغر بلس . 4 (1): 489. doi : 10.1186/s40064-015-1285-z . ISSN 2193-1801 . PMC 4565800. PMID 26380165 .   
  74. ↑ أغوستي، ن.؛ شايلر، س.ب.؛ هاروود، ج.د.؛ فوغان، إ.ب.؛ سندرلاند، ك.د.؛ سيموندسون، و.و.س. (ديسمبر 2003). "الكوليمبولا كفريسة بديلة للعناكب في النظم البيئية الزراعية: الكشف عن الفريسة داخل المفترسات باستخدام المؤشرات الجزيئية" . علم البيئة الجزيئية . 12 (12): 3467-3475 . Bibcode : 2003MolEc..12.3467A . doi : 10.1046/ j.1365-294X.2003.02014.x . ISSN 0962-1083 . PMID 14629361. S2CID 7985256 .   
  75. ↑ فالنتيني، أليس؛ ميكيل، كريستيان؛ نواز، محمد علي؛ بيلمان، إيفا؛ كويساك، إريك؛ بومبانون، فرانسوا؛ جيلي، لودوفيك؛ كرو، كورين؛ ناسكيتي، جوزيبي (يناير 2009). "وجهات نظر جديدة في تحليل النظام الغذائي بناءً على الترميز الشريطي للحمض النووي والتسلسل الناري المتوازي: نهج trn L" . موارد علم البيئة الجزيئية . 9 (1): 51-60 . doi : 10.1111/j.1755-0998.2008.02352.x . PMID 21564566. S2CID 5308081 .  
  76. ↑ فريدمان، ميليسا؛ فرنانديز، مرسيدس؛ باكر، لورين؛ ديكي، روبرت؛ بيرنشتاين، جيفري؛ شرانك، كاثلين؛ كيبلر، ستيفن؛ ستيفان، ويندي؛ غريبل، ماثيو (14 مارس 2017). "مراجعة محدثة لتسمم أسماك السيغواتيرا: الإدارة السريرية والوبائية والبيئية وإدارة الصحة العامة" . الأدوية البحرية . 15 (3): 72. Bibcode : 2017MarDr..15...72F . doi : 10.3390/md15030072 . ISSN 1660-3397 . PMC 5367029. PMID 28335428 .   
  77. ↑ خان، إف إم؛ ويليام، ك.؛ أروج، س.؛ جانجوا، س.؛ شاه، إس إيه (4 مارس 2018). "تصنيع وتصدير المنتجات غير القانونية من باكستان: الكشف عن حقيقة عينات جلود الحيوانات البرية المعالجة بشكل كبير عبر الترميز الشريطي المصغر للحمض النووي" . النيوكليوسيدات والنيوكليوتيدات والأحماض النووية . 37 (3): 179-185 . doi : 10.1080/15257770.2018.1450507 . PMID 29608392. S2CID 4623232 .  
  78. ↑ موالي، مونيكا؛ دالتون، ديزيريه ل.؛ جانسن، ريموند؛ دي بروين، مارلي؛ بيترسن، دارين؛ موكغوكونغ، برودنت س.؛ كوتزي، أنطوانيت (مارس 2017). ستينكي، ديرك (محرر). "التطبيق الجنائي لترميز الحمض النووي لتحديد حراشف البنغول الأفريقي المتداولة بشكل غير قانوني" . جينوم . 60 ( 3): 272-284 . doi : 10.1139/gen-2016-0144 . hdl : 1807/75671 . ISSN 0831-2796 . PMID 28177847. S2CID 207093202. مؤرشف من الأصل في 2019-04-08 . تم الاسترجاع في 2023-03-27 .   
  79. ↑ ليو، يانلي؛ شو، تشاو؛ دونغ، وينبان؛ يانغ، شويينغ؛ تشو، شيليانغ (2021-07-01). "تحديد هوية مشتبه به جنائي باستخدام تقنية الترميز الفائق للحمض النووي النباتي البيئي" . مجلة العلوم الجنائية الدولية . 324 110828. doi : 10.1016/j.forsciint.2021.110828 . ISSN 0379-0738 . PMID 34000616. S2CID 234768561 .   
  80. باولووسكي ، جان؛ كيلي- كوين ، ماري؛ ألترمان، فلوريان؛ أبوتيلوز-بيريه-جنتيل، لور؛ بيجا، بيدرو؛ بوغيرو، أنجيلا؛ بورخا، أنجيل؛ بوشيه، أنييس؛ كوردييه، تريستان (2018). " مستقبل المؤشرات الحيوية في عصر علم الجينوم البيئي: دمج الترميز الفائق للحمض النووي (e)DNA في التقييم البيولوجي للنظم البيئية المائية" . مجلة علوم البيئة الشاملة . 637-638 : 1295-1310 . Bibcode : 2018ScTEn.637.1295P . doi : 10.1016/j.scitotenv.2018.05.002 . hdl : 20.500.12327/138 . PMID 29801222 . 
  81. ↑ أرميتاج، باتريك د.؛ كرانستون، بيتر س.؛ بيندر، إل سي في، محرران. (1995). عائلة الكيرونوميداي . دوردريخت: سبرينغر هولندا. doi : 10.1007/978-94-011-0715-0 . ISBN 978-94-010-4308-3. S2CID 46138170 . 
  82. ↑ بيرمان، آرني جيه؛ زيزكا، فيرا إم إيه؛ إلبريشت، فاسكو؛ بارانوف، فيكتور؛ ليس، فلوريان (24 يوليو 2018). "يكشف تحليل الحمض النووي الفائق عن الاستجابات المعقدة والخفية لحشرات الكيرونوميد لعوامل الإجهاد المتعددة" . مجلة العلوم البيئية الأوروبية . 30 (1): 26. Bibcode : 2018ESEur..30...26B . doi : 10.1186/s12302-018-0157-x . ISSN 2190-4715 . S2CID 51802465 .  
  83. ^ بيرمان، آرني ج. إلبريخت، فاسكو؛ كارناتز، سفينيا؛ ما لي. ماتائي، كريستوف د.؛ بيجوت، جيريمي J.؛ ليز ، فلوريان (2018). “تأثيرات الضغوط المتعددة على مجتمعات اللافقاريات الكبيرة: تجربة وسطية تتلاعب بالملوحة والرواسب الدقيقة وسرعة التدفق”. علم البيئة الشاملة . 610– 611: 961– 971. بيب كود : 2018ScTEn.610..961B . دوى : 10.1016/j.scitotenv.2017.08.084 . بميد 28830056 . 
  84. ↑ ماشر، جان ن.؛ ساليس، رومانا ك.؛ بلاكيمور، كاتي س.؛ تولريان، رالف؛ ماثاي، كريستوف د.؛ ليز، فلوريان (2016). "تأثيرات عوامل الإجهاد المتعددة على اللافقاريات في الجداول: يكشف الترميز الجيني عن استجابات متباينة لأنواع ذباب مايو الخفية". المؤشرات البيئية . 61 : 159-169 . Bibcode : 2016EcInd..61..159M . doi : 10.1016/j.ecolind.2015.08.024 .
  85. ↑ "اتحاد الباركود الدولي للحياة" . الباركود الدولي للحياة . مؤرشف من الأصل بتاريخ 29-03-2019 . تم الاطلاع عليه بتاريخ 29-03-2019 .
  86. ↑ "أنظمة بولد الإصدار 4" . www.boldsystems.org . تم الاطلاع عليه بتاريخ 2019-04-02 .
  87. 1 2 أوغوانغ، جويل؛ باريتش، ميشيل؛ بوس، آرثر ر. (2020). "التنوع الجيني والعلاقات التطورية لأسماك الخيط ( Nemipterus spp.) من البحر الأحمر وشرق البحر الأبيض المتوسط" . جينوم . 63 (3): 207-216 . doi : 10.1139/gen-2019-0163 . PMID 32678985 . 
  88. ↑ شاندير، كريستوفر؛ ويلاسن، إندري (2005). "ما الذي يمكن أن يقدمه الترميز البيولوجي لعلم الأحياء البحرية؟" . مجلة أبحاث علم الأحياء البحرية . 1 (1): 79-83 . Bibcode : 2005MBioR...1...79S . doi : 10.1080/17451000510018962 . ISSN 1745-1000 . S2CID 84070971 .  
  89. ↑ ميلر، إس إي (20 مارس 2007). "الترميز الشريطي للحمض النووي ونهضة علم التصنيف" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم . 104 (12): 4775-4776 . Bibcode : 2007PNAS..104.4775M . doi : 10.1073/pnas.0700466104 . ISSN 0027-8424 . PMC 1829212. PMID 17363473 .   
  90. ↑ راتناسينغهام، س. (2013). "سجل قائم على الحمض النووي لجميع أنواع الحيوانات: نظام رقم فهرس الباركود (BIN)" . PLOS ONE . 8 (7) e66213. Bibcode : 2013PLoSO...866213R . doi : 10.1371/journal.pone.0066213 . PMC 3704603. PMID 23861743 .  
  91. ↑ ليز، فلوريان؛ إلبريشت، فاسكو (2015-07-08). "هل يمكن لتقييمات النظم البيئية القائمة على الحمض النووي تحديد وفرة الأنواع كميًا؟ اختبار انحياز البادئات وعلاقات الكتلة الحيوية بالتسلسل باستخدام بروتوكول ترميز ميتا مبتكر" . PLOS ONE . 10 (7) e0130324. Bibcode : 2015PLoSO..1030324E . doi : 10.1371/journal.pone.0130324 . ISSN 1932-6203 . PMC 4496048. PMID 26154168 .   
  92. ↑ إلبريشت، فاسكو؛ فاموس، إيكاترينا إديث؛ مايسنر، كريستيان؛ أروفيتا، يوكا؛ ليس، فلوريان (2017). "تقييم نقاط القوة والضعف في تحديد اللافقاريات الكبيرة باستخدام الترميز الفائق للحمض النووي لرصد الجداول المائية الروتيني" . مناهج في علم البيئة والتطور . 8 (10): 1265-1275 . Bibcode : 2017MEcEv...8.1265E . doi : 10.1111/2041-210X.12789 . ISSN 2041-210X . 
  93. 1 2 3 باولوفسكي، ج.؛ كيلي كوين، م.؛ ألترمات، ف. أبوثيلوز-بيريت-جنتيل، L.؛ باجة، ص. بوجيرو، أ.؛ بورخا، أ. بوشيز، أ.؛ كوردير، T.؛ دوميزون، أنا. فيو ، إم جي . فيليبي، بالعربية؛ فورنارولي، ر. غراف، دبليو؛ هيردر، J.؛ فان دير هورن، ب. إيوان جونز، J .؛ ساجوفا-ماريكوفا، م.؛ موريتز، C .؛ باركوين، J .؛ بيجوت، جي جي؛ بينا، م.؛ ريميه، ف؛ رينكيفيتش، ب. سوزا سانتوس، C .؛ سبيكيا، V.؛ تروباجو، ر.؛ فاسيلون، V.؛ فيتيكيك، S .؛ وآخرون . (أكتوبر 2018). "مستقبل المؤشرات الحيوية في عصر علم الجينوم البيئي: دمج الترميز الفائق للحمض النووي (EDNA) في التقييم البيولوجي للنظم البيئية المائية" . مجلة علوم البيئة الشاملة . 637-638 : 1295-1310 . Bibcode : 2018ScTEn.637.1295P . doi : 10.1016/j.scitotenv.2018.05.002 . hdl : 20.500.12327/138 . PMID 29801222 .  
  94. ↑ كوينس، كريستوفر؛ سلون، ويليام ت.؛ هول، نيل؛ دامور، روزاليندا؛ إعجاز، عمر ز.؛ شيرمر، ميلاني (31 مارس 2015). "نظرة معمقة على التحيزات وأخطاء التسلسل في تسلسل الأمبليكون باستخدام منصة Illumina MiSeq" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 43 (6): e37. doi : 10.1093/nar/ gku1341 . ISSN 0305-1048 . PMC 4381044. PMID 25586220 .   
  95. ↑ هوانغ، كوانفي؛ لي، جيغوانغ؛ فو، ريبي؛ تانغ، مين؛ تشو، ليلي؛ سو، شو؛ يانغ، تشينغ؛ ليو، شانلين؛ لي، يييوان (1 ديسمبر 2013). "التسلسل فائق العمق يُمكّن من استعادة التنوع البيولوجي بدقة عالية لعينات المفصليات الكبيرة دون تضخيم تفاعل البوليميراز المتسلسل" . GigaScience . 2 ( 1): 4. doi : 10.1186/2047-217X-2-4 . PMC 3637469. PMID 23587339 .  
  96. ↑ ماشر، يان-نيكلاس؛ زيزكا، فيرا ماري أليدا؛ ويغاند، ألكسندر مارتن؛ ليز، فلوريان (2018). "بروتوكول طرد مركزي بسيط لدراسات الميتاجينوم يزيد من إنتاج الحمض النووي للميتوكوندريا بمقدار رتبتين" . طرق في علم البيئة والتطور . 9 (4): 1070-1074 . Bibcode : 2018MEcEv...9.1070M . doi : 10.1111/2041-210X.12937 . ISSN 2041-210X . 
  97. ↑ "DNAquaNet" . تم الاطلاع عليه بتاريخ 29-03-2019 .
  98. ↑ CEN (2018) CEN/TC 230/مجموعة العمل 2 – اقتراح لإنشاء مجموعة عمل جديدة WG28 "طرق الحمض النووي والحمض النووي البيئي" خطة لتلبية احتياجات توحيد الحمض النووي والحمض النووي البيئي في تشريعات الاتحاد الأوروبي في سياسة المياه (اقتراح بناءً على قرارات اجتماع برلين لعام 2017 للجنة CEN/TC 230 ومجموعات العمل التابعة لها وممثلي eDNA COST)
  99. ↑ بايل، ريتشارد ل.؛ إيرل، جون ل.؛ غرين، برايان د. (1 يناير 2008). "خمسة أنواع جديدة من جنس أسماك الدامسيل Chromis (Perciformes: Labroidei: Pomacentridae) من الشعاب المرجانية العميقة في غرب المحيط الهادئ الاستوائي" . Zootaxa . 1671 (1). Bibcode : 2008Zoot.16711.1.2P . doi : 10.11646/zootaxa.1671.1.2 . ISSN 1175-5334 . 
  100. ↑ هوبرت، نيكولاس؛ هانر، روبرت (1 يناير 2015). "الترميز الشريطي للحمض النووي، وتحديد الأنواع، والتصنيف: منظور تاريخي". ترميز الحمض النووي . 3 (1). doi : 10.1515/dna-2015-0006 .
  101. ↑ داسماهاباترا، كانشون ك.؛ إلياس، ماريان؛ هيل، رايان آي.؛ هوفمان، جوزيف آي.؛ ماليت، جيمس (مارس 2010). "الترميز الشريطي للحمض النووي للميتوكوندريا يكشف عن بعض الأنواع الحقيقية، وبعضها غير الحقيقي". موارد علم البيئة الجزيئية . 10 (2): 264-273 . Bibcode : 2010MolER..10..264D . doi : 10.1111/j.1755-0998.2009.02763.x . PMID 21565021 . 
  102. ↑ سلون، ويليام ت.؛ ريد، ل. فيونا؛ هيد، إيان م.؛ نيل هول؛ دافنبورت، راسل ج.؛ كورتيس، توماس ب.؛ لانزين، أندرس؛ كوينس، كريستوفر (2009). "تحديد دقيق للتنوع الميكروبي من بيانات التسلسل الهرمي 454". Nature Methods . 6 (9): 639–641 . doi : 10.1038/nmeth.1361 . hdl : 1956/6529 . ISSN 1548-7105 . PMID 19668203. S2CID 1975660 .   
  103. ↑ كونين، فيكتور؛ إنجلبريكتسون، آنا؛ أوشمان، هوارد؛ هوجنهولتز، فيليب (2010). "تجاعيد في المحيط الحيوي النادر: أخطاء التسلسل الهرمي قد تؤدي إلى تضخيم مصطنع لتقديرات التنوع" . علم الأحياء الدقيقة البيئية . 12 (1): 118-123 . Bibcode : 2010EnvMi..12..118K . doi : 10.1111/j.1462-2920.2009.02051.x . ISSN 1462-2920 . PMID 19725865. S2CID 19870165. مؤرشف من الأصل في 18 مايو 2022. تم الاسترجاع في 10 يوليو 2019 .   
  104. ↑ روب نايت؛ ريدر، ينس (2009). "المحيط الحيوي النادر: نظرة واقعية". مجلة نيتشر ميثودز . 6 (9): 636-637 . doi : 10.1038/nmeth0909-636 . ISSN 1548-7105 . PMID 19718016. S2CID 5278501 .   
  105. ↑ زان، أيبين؛ هولاك، مارتن؛ سيلفستر، فرانسيسكو؛ هوانغ، شياوتينغ؛ أديبايو، أبيسولا أ.؛ أبوت، كاثرين ل.؛ أداموفيتش، سارة ج.؛ هيث، دانيال د.؛ كريستيسكو، ميلانيا إ. (2013). "الحساسية العالية لتقنية التسلسل الهرمي 454 للكشف عن الأنواع النادرة في المجتمعات المائية" . طرق في علم البيئة والتطور . 4 (6): 558-565 . Bibcode : 2013MEcEv...4..558Z . doi : 10.1111/2041-210X.12037 . hdl : 11336/2674 . ISSN 2041-210X . S2CID 53576369 .  
  106. ↑ زان، أيبين؛ هي، سونغ؛ براون، إميلي أ.؛ تشين، فريدريك جيه جيه؛ ثيريولت، توماس دبليو.؛ أبوت، كاثرين إل.؛ هيث، دانيال دي.؛ كريستيسكو، ميلانيا إي.؛ ماكإسحاق، هيو جيه. (2014). "إمكانية تكرار بيانات التسلسل الهرمي لتقييم التنوع البيولوجي في المجتمعات المعقدة" . مناهج في علم البيئة والتطور . 5 (9): 881-890 . Bibcode : 2014MEcEv...5..881Z . doi : 10.1111/2041-210X.12230 . ISSN 2041-210X . 
  107. ^ تشوا، فيسيليا يس؛ بورلات، سارة ج. فيرجسون، كاميرون؛ كورليفيتش، البتراء؛ تشاو، ليا؛ أكرم، توربيورن؛ ماير، رودولف. لونيتشاك، مارا KN (10 مارس 2023). "مستقبل مراقبة الحشرات المعتمدة على الحمض النووي" . الاتجاهات في علم الوراثة . 39 (7): 531-544 . دوى : 10.1016/j.tig.2023.02.012 . اتش دي ال : 11250/3156249 . بميد 36907721 . S2CID 257470926 .  
  108. ↑ سريفاتسان، أمريتا؛ هارتوب، إميلي؛ بونيامورثي، جايانثي؛ لي، وان تينغ؛ كوتي، سوجاثا نارايانان؛ كورينا، أولافي؛ ماير، رودولف (ديسمبر 2019). "اكتشاف سريع وواسع النطاق للأنواع في مجموعات تصنيفية شديدة التنوع باستخدام تسلسل MinION أحادي البعد" . BMC Biology . 17 (1): 96. Bibcode : 2019BMCB...17...96S . doi : 10.1186/s12915-019-0706-9 . PMC 6884855. PMID 31783752 .  
  109. ↑ سريفاتسان، أمريتا؛ لي، ليشون؛ كاتوه، كازوتاكا؛ هارتوب، إميلي؛ كوتي، سوجاثا نارايانان؛ وونغ، جوناثان؛ يو، دارين؛ ماير، رودولف (ديسمبر 2021). "رموز ONTbarcoder وMinION الشريطية تُسهّل اكتشاف التنوع البيولوجي وتحديده للجميع، وللجميع" . BMC Biology . 19 (1): 217. Bibcode : 2021BMCB...19..217S . doi : 10.1186/s12915-021-01141-x . PMC 8479912. PMID 34587965 .  
  110. ↑ سريفاتسان، أمريتا؛ بالوغلو، بيلجينور؛ وانغ، ويندي؛ تان، وي إكس؛ بيرتراند، دينيس؛ نغ، أماندا إتش كيو؛ بوي، إستر جيه إتش؛ كوه، جايس جيه واي؛ ناجاراجان، نيرانجان؛ ماير، رودولف (سبتمبر 2018). "خط أنابيب قائم على MinION™ لترميز الحمض النووي بسرعة وفعالية من حيث التكلفة". موارد علم البيئة الجزيئية . 18 (5): 1035-1049 . Bibcode : 2018MolER..18.1035S . doi : 10.1111/1755-0998.12890 . PMID 29673082. S2CID 4982474 .  
  111. ↑ ماير، رودولف؛ وونغ، وينغينغ؛ سريفاتسان، أمريتا؛ فو، ماوشينغ (فبراير 2016). "رموز الحمض النووي بقيمة دولار واحد لإعادة بناء الأنماط الظاهرية المعقدة والعثور على الأنواع النادرة في عينات غنية بالعينات" . علم التصنيف التفرعي . 32 (1): 100-110 . Bibcode : 2016Cladi..32..100M . doi : 10.1111/cla.12115 . PMID 34732017. S2CID 83862072 .  
  112. ↑ هيبرت، بول دي إن؛ براكمان، توماس دبليو إيه؛ بروسر، شون دبليو جيه؛ راتناسينغهام، سوجيفان؛ دي وارد، جيريمي آر؛ إيفانوفا، ناتاليا في؛ جانزن، دانيال إتش؛ هالواكس، ويني؛ نايك، سوريش؛ سونز، جايمي إي؛ زاخاروف، يفغيني في. (27 مارس 2018). "تكملة لسانجر: تسلسل الأمبليكون القابل للتوسع" . بي إم سي جينوميكس . 19 (1): 219. رمز Bibcode : 2018BMCG...19..219H . doi : 10.1186/s12864-018-4611-3 . PMC 5870082. PMID 29580219 .  
  113. ^ سريفاتسان، أمريتا؛ أنج، يوشين. هيراتي، جون م. هوانج، وي سونج؛ جوسوه، وان فا؛ كوتي، سوجاثا نارايانان؛ بونيامورثي، جايانثي؛ يو دارين. روزلين، توماس؛ ماير ، رودولف (4 أغسطس 2022). “التقارب العالمي للهيمنة والإهمال في تنوع الحشرات الطائرة”. bioRxiv 10.1101/2022.08.02.502512 . 
  114. ↑ فرنانديز-تريانا، خوسيه ل. (25 فبراير 2022). "مناهج التصنيف السريع: دروس من الماضي وتوصيات للمستقبل بناءً على الخبرة مع دبابير براكونيداي (غشائيات الأجنحة) الطفيلية" . ZooKeys ( 1087): 199-220 . Bibcode : 2022ZooK.1087..199F . doi : 10.3897/zookeys.1087.76720 . PMC 8897373. PMID 35585942 .  
  115. ↑ بالوغلو، بيلجينور؛ كليوز، إستر؛ ماير، رودولف (ديسمبر 2018). "يكشف الترميز الجيني بتقنية التسلسل من الجيل التالي عن مقاومة عالية لدى مجموعة متنوعة للغاية من ذباب الكيرونوميد (ذوات الجناحين) في المستنقعات ضد غزو خزانات المياه العذبة المجاورة" . مجلة فرونتيرز إن زولوجي . 15 (1): 31. doi : 10.1186/s12983-018-0276-7 . PMC 6092845. PMID 30127839 .  
  116. ^ يو ، دارين. سريفاتسان، أمريتا؛ بونيامورثي، جايانثي؛ ماوشينغ، فو؛ جروتيرت، باتريك؛ تشان، لينا؛ جينارد، بينوا؛ دامكين، كلاس. الوهاب، رودزاي أ. يوشين، أنج. ماير ، رودولف (14 سبتمبر 2021). "أشجار المانغروف هي نقطة ساخنة مهملة لتنوع الحشرات على الرغم من انخفاض التنوع النباتي" . بي إم سي علم الأحياء . 19 (1): 202. دوى : 10.1186/s12915-021-01088-z . بمك 8442405 . بميد 34521395 .  
  117. ↑ غايغر، ماتياس؛ مورينيير، جيروم؛ هاوسمان، أكسل؛ هاسبرونار، غيرهارد؛ فاغيله، فولفغانغ؛ هيبرت، بول؛ روليك، بيورن (1 ديسمبر 2016). "اختبار برنامج المصائد العالمية للآفات - ما مدى دقة مكتبة الباركود المرجعية الحالية في تحديد الحشرات الطائرة في ألمانيا؟" . مجلة بيانات التنوع البيولوجي . 4 (4) e10671. Bibcode : 2016BioDJ...410671G . doi : 10.3897/BDJ.4.e10671 . PMC 5136679. PMID 27932930 .  
  118. ↑ هيبرت، بول دي إن؛ راتناسينغهام، سوجيفان؛ زاخاروف، يفغيني في؛ تيلفر، أنجيلا سي؛ ليفيسك-بودين، فاليري؛ ميلتون، ميغان إيه؛ بيدرسن، ستيفاني؛ جانيتا، بول؛ دي وارد، جيريمي آر. (5 سبتمبر 2016). "إحصاء أنواع الحيوانات باستخدام الباركود الجيني: الحشرات الكندية" . المعاملات الفلسفية للجمعية الملكية ب: العلوم البيولوجية . 371 (1702) 20150333. doi : 10.1098/rstb.2015.0333 . PMC 4971185. PMID 27481785 .  
  119. ↑ تيلفر، أنجيلا؛ وآخرون . (30 أغسطس 2015). "جرد التنوع البيولوجي بوتيرة متسارعة: ترميز الحمض النووي يُسهّل إجراء مسح بيولوجي سريع لمحمية طبيعية معتدلة" . مجلة بيانات التنوع البيولوجي . 3 (3) e6313. Bibcode : 2015BioDJ...3.6313T . doi : 10.3897/BDJ.3.e6313 . PMC 4568406. PMID 26379469 .   
  120. ↑ ديسوزا، ميشيل ل.؛ فان دير بانك، ميشيل؛ شونغوي، زانديسيل؛ راتراي، رايان د.؛ ستيوارت، روس؛ فان رويين، جوهاندري؛ جوفيندر، داني؛ هيبرت، بول د.ن. (أبريل 2021). "خطوط الأساس للتنوع البيولوجي: تتبع الحشرات في حديقة كروجر الوطنية باستخدام الباركود الجيني" . الحفاظ البيولوجي . 256 109034. Bibcode : 2021BCons.25609034D . doi : 10.1016/j.biocon.2021.109034 . hdl : 2263/81603 . S2CID 233489409 . 
  121. ↑ يو، دارين؛ بونيامورثي، جايانثي؛ نغيام، روبن وين جيانغ؛ ماير، رودولف (أكتوبر 2018). "نحو علم التشكل الكامل في علم الحشرات: مطابقة سريعة وفعالة من حيث التكلفة بين اليرقات والبالغات باستخدام رموز التسلسل الجيني من الجيل التالي: مطابقة مراحل دورة الحياة باستخدام رموز التسلسل الجيني من الجيل التالي". علم الحشرات المنهجي . 43 (4): 678-691 . doi : 10.1111/syen.12296 . S2CID 49211569 . 
  122. ↑ بيير، تابيرليه (2018-02-02). الحمض النووي البيئي: لأبحاث التنوع البيولوجي ورصده . بونين، أوريلي، 1979-. أكسفورد. ISBN 978-0-19-107999-3. OCLC 1021883023 . {{cite book}}: CS1 maint: موقع الناشر مفقود ( رابط )
  123. ↑ روبرت، كريستا م.؛ كلاين، ريتشارد ج.؛ رحمن، محمد سيدور (يناير 2019). "الماضي والحاضر والمستقبلي لتقنية الترميز الفائق للحمض النووي البيئي (eDNA): مراجعة منهجية للطرق والرصد والتطبيقات العالمية للحمض النووي البيئي" . علم البيئة العالمي والحفظ . 17 e00547. Bibcode : 2019GEcoC..1700547R . doi : 10.1016/j.gecco.2019.e00547 .
  124. ↑ ستوك، ثورستن؛ فروه، لاريسا؛ فورستر، دومينيك؛ كوردييه، تريستان؛ مارتينز، كاتارينا آي إم؛ باولووسكي، يان (فبراير 2018). "الترميز الفائق للحمض النووي البيئي للمجتمعات البكتيرية القاعية يشير إلى البصمة القاعية لتربية سمك السلمون" . نشرة التلوث البحري . 127 : 139-149 . Bibcode : 2018MarPB.127..139S . doi : 10.1016/j.marpolbul.2017.11.065 . PMID 29475645 . 
  125. ↑ إيفانز، دارين م.؛ كيتسون، جيمس جيه إن؛ لونت، ديفيد إتش.؛ سترو، نايجل أ.؛ بوكوك، مايكل جيه أو (2016). "دمج الترميز الفائق للحمض النووي وتحليل الشبكات البيئية لفهم وبناء النظم البيئية الأرضية المرنة" (ملف PDF) . علم البيئة الوظيفية . 30 (12): 1904-1916 . Bibcode : 2016FuEco..30.1904E . doi : 10.1111/1365-2435.12659 . ISSN 1365-2435 . 
  126. ↑ بودو، م.؛ باونيسكو، د.؛ ستارك، و. ج.؛ غراس، ر. ن. (2014). "مغلفات الحمض النووي/السيليكا القابلة للاسترداد مغناطيسيًا، والمستقرة حراريًا، والكارهة للماء، وتطبيقها كعلامات زيت غير مرئية". ACS Nano . 8 (3): 2677–2685 . Bibcode : 2014ACSNa...8.2677P . doi : 10.1021/nn4063853 . PMID 24568212 .