التعاون الدولي لقواعد بيانات تسلسل النيوكليوتيدات

📅 آخر تحديث: ٣ أغسطس ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٣ أغسطس ٢٠٢٦
الموسوعة الحرة

يتألف التعاون الدولي لقواعد بيانات تسلسل النيوكليوتيدات ( INSDC ) من جهد مشترك لجمع ونشر قواعد بيانات تحتوي على تسلسلات الحمض النووي DNA والحمض النووي الريبوزي RNA . [ 1 ] ويشمل ذلك قواعد البيانات المحوسبة التالية : بنك بيانات الحمض النووي DNA التابع للمعهد الوطني لعلم الوراثة ( NIG ) في اليابان ، وبنك الجينات GenBank التابع للمركز الوطني لمعلومات التقانة الحيوية ( NCBI ) في الولايات المتحدة الأمريكية ، والأرشيف الأوروبي للنيوكليوتيدات التابع للمعهد الأوروبي للمعلوماتية الحيوية ( EMBL - EBI ). ويتم مزامنة البيانات الجديدة والمحدثة لتسلسلات النيوكليوتيدات ، التي تُساهم بها فرق البحث في كل قاعدة بيانات من قواعد البيانات الثلاث، يوميًا من خلال التواصل المستمر بين موظفي كل منظمة من المنظمات المتعاونة.

جميع البيانات في قاعدة بيانات INSDC متاحة مجانًا وبدون قيود، لأي غرض، دون أي قيود على تحليلها أو إعادة توزيعها أو إعادة نشرها. وقد شكّلت هذه السياسة مبدأً أساسيًا لقاعدة بيانات INSDC منذ إنشائها. [ 2 ] ومنذ تسعينيات القرن الماضي، اشترطت معظم المجلات العلمية العالمية الكبرى إيداع بيانات التسلسل في قاعدة بيانات INSDC كشرط أساسي للنشر.

تتم مزامنة قواعد بيانات DDBJ / EMBL -EBI / GenBank وفقًا لعدد من الإرشادات التي تُصدرها وتنشرها هيئة استشارية دولية. [ 3 ] تتضمن هذه الإرشادات تعريفًا موحدًا لجداول البيانات المميزة [ 4 ] لقواعد البيانات، والتي تنظم محتوى وبنية إدخالات قاعدة البيانات، [ 5 ] في شكل تعريف نوع المستند ( DTD ) موحد.

يُطلق على هذه الصيغة اسم INSDSeq، وتتألف في جوهرها من تسلسل حروف التعبير الجيني ( تسلسل الأحماض الأمينية ) وتسلسل حروف قواعد النيوكليوتيدات في الجين أو الجزء المُفكَّك. تُظهر عملية DBFetch مدخل INSD نموذجيًا في قاعدة بيانات EMBL-EBI؛ [ 6 ] والمدخل نفسه في NCBI. [ 7 ]

انظر أيضاً

مراجع

  1. ↑ كارش-ميزراتشي، آي.؛ ناكامورا، واي.؛ كوكرين، جي.؛ التعاون الدولي لقاعدة بيانات تسلسل النيوكليوتيدات (2011). " التعاون الدولي لقاعدة بيانات تسلسل النيوكليوتيدات" . أبحاث الأحماض النووية . 40 (عدد قواعد البيانات): D33– D37. doi : 10.1093/nar/gkr1006 . PMC 3244996. PMID 22080546 .  
  2. ^ بروناك، سورين؛ دانشين، أنطوان؛ هاتوري، ماساهيرا؛ ناكامورا، هاروكي؛ شينوزاكي، كازو؛ ماتيس، تارا؛ بريوس ، دافني (15 نوفمبر 2002). “سياسات قاعدة بيانات تسلسل النيوكليوتيدات”. علوم . 298 (5597): 1333. دوى : 10.1126/science.298.5597.1333b . ردمك 1095-9203 . بميد 12436968 . S2CID 42740562 .   
  3. ↑ "INSDC :: المستشارون" . مؤرشف من الأصل بتاريخ 2007-12-09 . تم الاطلاع عليه بتاريخ 2019-06-29 . 
  4. ↑ "تعريف جدول خصائص DDBJ/ENA/GenBank" . Ebi.ac.uk. مؤرشف من الأصل بتاريخ 24-03-2005 . تم الاطلاع عليه بتاريخ 29-06-2019 .
  5. ↑ "الأرشيف الأوروبي للنيوكليوتيدات < EMBL-EBI" . www.ebi.ac.uk .
  6. ↑ "استعراض قواعد البيانات" . مؤرشف من الأصل بتاريخ 12 فبراير 2005. تم الاطلاع عليه بتاريخ 2 مارس 2005 .
  7. ↑ الولايات المتحدة الأمريكية (2019-05-06). "الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA) لإنزيم بيتا-غلوكوزيداز غير السيانوجيني في نبات البرسيم الزاحف - النيوكليوتيدات - المركز الوطني لمعلومات التقانة الحيوية (NCBI)" . Ncbi.nlm.nih.gov . تاريخ الاسترجاع: 2019-06-29 .