قائمة قواعد البيانات البيولوجية

📅 آخر تحديث: ١ أغسطس ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ١ أغسطس ٢٠٢٦
الموسوعة الحرة

قواعد البيانات البيولوجية هي مخازن للمعلومات البيولوجية. [ 1 ] تنشر مجلة أبحاث الأحماض النووية بانتظام أعدادًا خاصة حول قواعد البيانات البيولوجية، ولديها قائمة بهذه القواعد. يحتوي عدد عام 2018 على قائمة تضم حوالي 180 قاعدة بيانات، بالإضافة إلى تحديثات لقواعد البيانات التي سبق وصفها. [ 2 ] يمكن استخدام فهرس اكتشاف علم الجينوم لتصفح والبحث في العديد من قواعد البيانات البيولوجية. علاوة على ذلك، تتيح بوابة اكتشاف النظام البيئي للبيانات التابعة للمعهد الوطني للحساسية والأمراض المعدية (NIAID) إمكانية البحث في قواعد البيانات المختلفة.

قواعد البيانات الوصفية

قواعد البيانات الوصفية هي قواعد بيانات لقواعد البيانات، تجمع بيانات حول البيانات لتوليد بيانات جديدة. وهي قادرة على دمج المعلومات من مصادر مختلفة وإتاحتها بشكل جديد وأكثر ملاءمة، أو مع التركيز على مرض أو كائن حي معين. في الأصل، كانت البيانات الوصفية مصطلحًا شائعًا يشير ببساطة إلى البيانات المتعلقة بالبيانات، مثل الوسوم والكلمات المفتاحية وعناوين الترميز.

قواعد بيانات الكائنات النموذجية

توفر قواعد بيانات الكائنات النموذجية بيانات بيولوجية متعمقة للكائنات التي خضعت لدراسات مكثفة.

قواعد بيانات الأحماض النووية

قواعد بيانات الحمض النووي

تُشكّل قواعد البيانات الأساسية قاعدة بيانات تسلسل النيوكليوتيدات الدولية (INSD). وتشمل ما يلي:

تُعدّ قواعد بيانات DDBJ (اليابان)، وGenBank (الولايات المتحدة الأمريكية)، وEuropean Nucleotide Archive (أوروبا) مستودعاتٍ لبيانات تسلسل النيوكليوتيدات لجميع الكائنات الحية . تقبل هذه القواعد الثلاث بيانات تسلسل النيوكليوتيدات، ثم تتبادل البيانات الجديدة والمُحدّثة يوميًا لتحقيق التزامن الأمثل فيما بينها. تُعتبر هذه القواعد الثلاث قواعد بيانات أساسية، إذ تحتوي على بيانات التسلسل الأصلية. وتتعاون مع Sequence Read Archive (SRA)، الذي يُؤرشف القراءات الأولية من أجهزة التسلسل عالية الإنتاجية.

قواعد البيانات الثانوية هي:

  • خريطة هاب
  • OMIM (الوراثة المندلية عبر الإنترنت في الإنسان): الأمراض الوراثية
  • RefSeq
  • مشروع الألف جينوم : تم إطلاقه في يناير 2008. تم تحليل جينومات أكثر من ألف مشارك مجهول الهوية من عدد من المجموعات العرقية المختلفة وإتاحتها للجمهور.
  • قاعدة بيانات EggNOG: مورد هرمي للتسلسلات المتماثلة، مُفهرس وظيفيًا وتطوريًا، يعتمد على 5090 كائنًا حيًا و2502 فيروسًا. توفر هذه القاعدة محاذاة تسلسلات متعددة وأشجار احتمالية قصوى، بالإضافة إلى توصيف وظيفي شامل. [ 6 ] [ 7 ]

قواعد بيانات أخرى

قواعد بيانات التعبير الجيني

قواعد بيانات التعبير الجيني العامة

قواعد بيانات التعبير الجيني للمصفوفات الدقيقة

قواعد بيانات الجينوم

تجمع هذه قواعد البيانات تسلسلات الجينوم ، وتُضيف إليها الشروح والتحليلات، وتُتيح الوصول إليها للعموم. ويُضيف بعضها مراجعة للأبحاث التجريبية لتحسين الشروح المُحوسبة. وقد تحتوي هذه القواعد على جينومات أنواع عديدة، أو جينوم كائن نموذجي واحد.

قواعد بيانات النمط الظاهري

قواعد بيانات الحمض النووي الريبي

قواعد بيانات الأحماض الأمينية والبروتينات

(انظر أيضاً: قائمة البروتينات في جسم الإنسان )

تم تطوير العديد من مستودعات البيانات والموارد المتاحة للعموم لدعم وإدارة المعلومات المتعلقة بالبروتينات ، واكتشاف المعرفة البيولوجية، وتوليد الفرضيات القائمة على البيانات. [ 16 ] تم اختيار قواعد البيانات الواردة في الجدول أدناه من قواعد البيانات المدرجة في إصدارات قواعد بيانات مجلة أبحاث الأحماض النووية (NAR) ومجموعة قواعد البيانات، بالإضافة إلى قواعد البيانات المرجعية في قاعدة بيانات UniProt . ترتبط معظم هذه القواعد بقاعدة بيانات UniProt / UniProt KB بحيث يمكن ربط المعرفات ببعضها البعض. [ 16 ]

البروتينات في الإنسان:

يوجد حوالي 20,000 جين مُشفِّر للبروتين في الجينوم البشري القياسي. (يوجد بالفعل حوالي 1200 منها في مقالات على ويكيبيديا - موسوعة الجينات -). إذا أضفنا المتغيرات الناتجة عن التضفير، فقد يصل عدد البروتينات البشرية الفريدة إلى 500,000 بروتين [ 17 ].

أنواع مختلفة من قواعد بيانات البروتين

قواعد بيانات مسارات نقل الإشارة

قواعد بيانات المسارات الأيضية ووظائف البروتينات

قواعد البيانات التصنيفية

تجمع العديد من قواعد البيانات معلومات حول الأنواع والفئات التصنيفية الأخرى . ويُعدّ "كتالوج الحياة" حالة خاصة، فهو قاعدة بيانات شاملة تضم حوالي 150 قاعدة بيانات عالمية متخصصة للأنواع، والتي جمعت أسماء ومعلومات أخرى عن جميع الأنواع الموصوفة (تقريبًا) وبالتالي "المعروفة".

  • باك دايف : قاعدة بيانات وصفية للبكتيريا توفر معلومات مرتبطة بالسلالات حول التنوع البيولوجي للبكتيريا والعتائق، بما في ذلك معلومات التصنيف.
  • فهرس الحياة : قاعدة بيانات شاملة لجميع أنواع الكائنات الحية على الأرض
  • EzTaxon-e : قاعدة بيانات لتحديد بدائيات النوى بناءً على تسلسل جين الحمض النووي الريبوزي 16S
  • تصنيف NCBI: قاعدة بيانات تصنيفية تديرها NCBI وتركز على جميع التصنيفات التي تتوفر لها تسلسلات الحمض النووي (يتم تخزين هذه التسلسلات بواسطة GenBank ، وهي قاعدة بيانات أخرى تديرها NCBI).

قواعد بيانات الصور

تلعب الصور دورًا بالغ الأهمية في الطب الحيوي، بدءًا من صور العينات الأنثروبولوجية وصولًا إلى علم الحيوان . ومع ذلك، لا تزال قواعد البيانات المخصصة لجمع الصور قليلة نسبيًا، على الرغم من أن بعض المشاريع، مثل iNaturalist، تجمع الصور كجزء أساسي من بياناتها. ومن الأمثلة الخاصة على "الصور" الصور ثلاثية الأبعاد، مثل هياكل البروتينات أو عمليات إعادة بناء ثلاثية الأبعاد للهياكل التشريحية. وتشمل قواعد بيانات الصور، على سبيل المثال لا الحصر: [ 23 ]

قواعد بيانات الأشعة

قواعد بيانات إضافية

قواعد بيانات الإكسوسومات

  • إكسوكارتا
  • أطلس الحمض النووي الريبوزي خارج الخلية: مستودع لبيانات الحمض النووي الريبوزي الصغير المشتقة من تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-seq) و qPCR من السوائل الحيوية البشرية والفأرية

قواعد بيانات النماذج الرياضية

قواعد بيانات حول معدلات مقاومة مضادات الميكروبات واستهلاك المضادات الحيوية

قواعد بيانات حول آليات مقاومة مضادات الميكروبات

قواعد بيانات على غرار ويكي

قواعد بيانات متخصصة

مراجع

  1. ↑ رين، جيه دي، وباتمان، أ (أكتوبر 2008). "قواعد البيانات، ومقابر البيانات، والغبار في مهب الريح" . المعلوماتية الحيوية . 24 (19): 2127-2128 . doi : 10.1093/bioinformatics/btn464 . PMID 18819940 . 
  2. ↑ "المجلد 46، العدد D1 | أبحاث الأحماض النووية | أكسفورد أكاديميك" . academic.oup.com . تاريخ الاسترجاع: 2018-09-04 .
  3. ↑ كارمي، باسكال؛ روثرفورد، كيم م.؛ باهلر، يورغ؛ ماتا، خوان؛ وود، فاليري (2026). " قاعدة بيانات PomBase في عام 2026: توسيع المعرفة، ونمذجة الروابط" . علم الوراثة . doi : 10.1093/genetics/iyag001 . PMC 13050190. PMID 41518600 .  
  4. ↑ Zhu B, Stülke J (يناير 2018). "SubtiWiki في عام 2018: من الجينات والبروتينات إلى شرح الشبكة الوظيفية للكائن النموذجي Bacillus subtilis" . Nucleic Acids Research . 46 (D1): D743– D748 . doi : 10.1093/nar/gkx908 . PMC 5753275. PMID 29788229 .  
  5. ^ مارجريتا جارسيا هيرنانديز. تانيا بيرارديني؛ قوانغهونغ تشن؛ ديبي كريست؛ آيسلينج دويل؛ إيفا هوالا؛ إيما الركبة؛ مارك لامبرشت؛ نيل ميلر؛ لوكاس أ. مولر؛ سوبارنا موندودي؛ ليونور ريزر؛ سيونغ واي ري؛ راندي شول؛ جولي تاكليند؛ دان سي ويمز؛ ييهي وو؛ ايريس شو؛ دانيال يو؛ جونجوون يون؛ بيفين تشانغ (نوفمبر 2002). “TAIR: مورد لبيانات الأرابيدوبسيس المتكاملة”. علم الجينوم الوظيفي والتكاملي . 2 (6): 239-253 . دوى : 10.1007 / s10142-002-0077-z . بميد 12444417 . S2CID 7827488 .  
  6. ↑ باول إس، فورسلوند ك، سكلاركزيك د، تراشانا ك، روث أ، هويرتا-سيباس ج، وآخرون . (يناير 2014). "eggNOG v4.0: استنتاج التماثل المتداخل عبر 3686 كائنًا حيًا" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 42 (عدد قواعد البيانات): D231-9. doi : 10.1093/nar/ gkt1253 . PMC 3964997. PMID 24297252 .   
  7. ↑ هويرتا-سيباس ج، سكلارتشيك د، هيلر د، هيرنانديز-بلازا أ، فورسلوند س ك، كوك هـ، وآخرون . (يناير 2019). "eggNOG 5.0: مورد هرمي، وظيفي، وتطوري، قائم على 5090 كائنًا حيًا و2502 فيروسًا" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 47 (D1): D309– D314 . doi : 10.1093/nar/gky1085 . PMC 6324079. PMID 30418610 .   
  8. ↑ ArrayExpress
  9. ↑ جغرافي
  10. ↑ "أطلس البروتين البشري" . www.proteinatlas.org . تاريخ الاسترجاع: 27-05-2019 .
  11. ↑ داش إس، كامبل جيه دي، كانون إي كيه، كليري إيه إم، هوانغ دبليو، كالبرر إس آر، وآخرون . (يناير 2016). "نظام معلومات البقوليات (LegumeInfo.org): عنصر أساسي في مجموعة موارد البيانات الموحدة لعائلة البقوليات" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 44 (D1): D1181-8. doi : 10.1093/nar/ gkv1159 . PMC 4702835. PMID 26546515 .   
  12. ↑ غودستين دي إم، شو إس، هاوسون آر، نيوبان آر، هايز آر دي، فازو جيه، ميتروس تي، ديركس دبليو، هيلستين يو، بوتنام إن، روكسار دي إس (يناير 2012). "فايتوزوم: منصة مقارنة لعلم جينوم النباتات الخضراء" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 40 (D1): D1178– D1186. doi : 10.1093/nar/gkr944 . PMC 3245001. PMID 22110026 .  
  13. ↑ "قاعدة بيانات جينوم الخميرة | SGD" . www.yeastgenome.org . تم الاطلاع بتاريخ 4 سبتمبر 2018 .
  14. ↑ جرانت د، نيلسون ر.ت، كانون س.ب، شوماكر ر.س (يناير 2010). "SoyBase، قاعدة بيانات علم الوراثة وعلم الجينوم لفول الصويا التابعة لوزارة الزراعة الأمريكية - خدمة البحوث الزراعية" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 38 (عدد قواعد البيانات): D843-6. doi : 10.1093/nar/gkp798 . PMC 2808871. PMID 20008513 .  
  15. ↑ "IRESbase" .
  16. 1 2 تشين سي، هوانغ إتش، وو سي إتش (2017). "قواعد بيانات وموارد المعلوماتية الحيوية للبروتين". في وو سي إتش، أريغي سي إن، روس كي إي (محررون). المعلوماتية الحيوية للبروتين . مناهج في البيولوجيا الجزيئية. المجلد 1558. نيويورك، نيويورك: سبرينغر نيويورك. الصفحات 3-39 . doi : 10.1007/978-1-4939-6783-4_1 . ISBN   978-1-4939-6781-0. PMC 5506686 . PMID 28150231 .  
  17. ^ كارنكوفسكي، آنا؛ تريتلي، سيباستيان C .؛ برزون، أوندريج؛ نوفاك، لوكاش؛ فاشيك، فويتتش؛ سوكال، بيتر؛ بارلو، ليل د.؛ هيرمان، إميلي ك. بيباليا، شويتا ف؛ بانيك، توماس؛ جيهالا، ديفيد؛ بيترزيلكوفا، رومانا؛ بوتينكو، أنجيليكا؛ إيمي، لورا؛ الدرج، كورتني دبليو. روجر، أندرو J.؛ إلياس، ماريك؛ داكس، جويل ب. هامبل ، فلاديمير (2019). "يعرض جينوم أوكسيموناد تعقيد حقيقيات النواة الكنسي في غياب الميتوكوندريا" . البيولوجيا الجزيئية والتطور . 36 (10): 2292– 2312. doi : 10.1093/molbev/msz147 . PMC 6759080 . PMID 31387118 .  
  18. ^ كيشافا براساد، ت.س. جويل، ر. كانداسامي، ك.؛ كيرثيكومار، S .؛ كومار، س. ماثيفانان، S .؛ تيليكيتشرلا، د.؛ راجو، ر. شافيرين، ب. فينوجوبال، أ.؛ بالاكريشنان، L.؛ ماريموثو، أ؛ بانيرجي، س.؛ سوماناثان، DS؛ سيباستيان، أ. راني، س.؛ راي، س. هاريس كيشور، سي جيه؛ كانث، س. أحمد، م.؛ كاشياب، عضو الكنيست؛ محمود، ر. راماتشاندرا، YL؛ كريشنا، V.؛ رحيمان، بكالوريوس؛ موهان، س. رانجاناثان، ب. رامابدران، س.؛ تشيركادي، ر.؛ باندي، أ. (2008). "قاعدة البيانات المرجعية للبروتين البشري - تحديث 2009" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 37 (عدد قواعد البيانات): D767– D772 . doi : 10.1093/nar/gkn892 . PMC 2686490. PMID 18988627 .  
  19. ↑ مير س، الحُروب ي، أنيانغو س، أرمسترونغ د.ر، بيريسفورد ج.م، كلارك أ.ر، وآخرون . (يناير 2018). "PDBe: نحو بنية تحتية قابلة لإعادة الاستخدام لتوصيل البيانات في بنك بيانات البروتين في أوروبا" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 46 (D1): D486– D492 . doi : 10.1093/nar/gkx1070 . PMC 5753225. PMID 29126160 .   
  20. ↑ كينجو إيه آر، بيكر جي جي، سوزوكي إتش، تسوتشيا واي، كاواباتا تي، إيكيغاوا واي، ناكامورا إتش (يناير 2017). "بنك بيانات البروتين الياباني (PDBj): واجهات مستخدم محدثة، إطار عمل لوصف الموارد، أدوات تحليل للهياكل الكبيرة" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 45 (D1): D282– D288. doi : 10.1093/nar/gkw962 . PMC 5210648. PMID 27789697 .  
  21. ↑ روز، ب. و.، برليتش، أ.، ألتونكايا، أ.، بي، س.، برادلي، أ. ر.، كريستي، س. هـ.، وآخرون . (يناير 2017). "بنك بيانات البروتين RCSB: نظرة تكاملية لمعلومات البروتين والجين والبنية ثلاثية الأبعاد" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 45 (D1): D271– D281. doi : 10.1093/nar/gkw1000 . PMC 5210513. PMID 27794042 .   
  22. ↑ هيرمياكوب إتش، مونتيتشي-بالازي إل، لوينجتون سي، مودالي إس، كيرين إس، أوركارد إس، وآخرون . (يناير 2004). "IntAct: قاعدة بيانات مفتوحة المصدر للتفاعل الجزيئي" . أبحاث الأحماض النووية . 32 (إصدار قاعدة البيانات): D452-5. دوى : 10.1093/نار/gkh052 . بمك 308786 . بميد 14681455 .   
  23. 1 2 إلينبيرغ ج، سويدلو جيه آر، بارلو إم، كوك سي إي، ساركانس يو، باتواردهان إيه، وآخرون . (نوفمبر 2018). "دعوة لإنشاء أرشيفات عامة لبيانات الصور البيولوجية" . نيتشر ميثودز . 15 (11): 849-854 . doi : 10.1038/ s41592-018-0195-8 . PMC 6884425. PMID 30377375 .   
  24. ↑ تندلر بي سي، هاناييك تي، أنسورج أو، بانجيرتر-كريستنسن إس، بيرنز جي إس، بيرتلسن إم إف، وآخرون . (مارس 2022). " بنك الدماغ الرقمي، منصة مفتوحة الوصول لمجموعات بيانات التصوير بعد الوفاة" . eLife . 11 e73153. doi : 10.7554/eLife.73153 . PMC 9042233. PMID 35297760 .   
  25. ↑ إيودين أ، كورير ب ك، سالافيرت-توريس ج، كليويغت ج ج، باتواردهان أ (مايو 2016). "إمبيار: أرشيف عام لبيانات صور المجهر الإلكتروني الخام". نيتشر ميثودز . 13 (5): 387-388 . doi : 10.1038/nmeth.3806 . PMID 27067018. S2CID 38996040 .  
  26. ↑ ستاروس ج، دي باك و، بروش ل، دويتش أ (يناير 2014). "مورفيوس: بيئة نمذجة سهلة الاستخدام لعلم الأحياء النظمي متعدد المقاييس ومتعدد الخلايا" . المعلوماتية الحيوية . 30 (9): 1331-1332 . doi : 10.1093/bioinformatics/btt772 . PMC 3998129. PMID 24443380 .  
  27. ↑ كريكمور، ن.؛ بيري، س.؛ بانيرسيلفام، س.؛ ميشرا، ر.؛ كونور، ت. ر.؛ بونينغ، ب. س. (نوفمبر 2021). "تسمية قائمة على البنية لبروتينات مبيدات الآفات المشتقة من بكتيريا Bacillus thuringiensis وغيرها من البكتيريا" . مجلة علم أمراض اللافقاريات . 186 (D1) 107438. Bibcode : 2021JInvP.18607438C . doi : 10.1016/j.jip.2020.107438 . PMID 32652083 . 
  28. ↑ بانيرسيلفام إس؛ ميشرا آر؛ بيري سي؛ كريكمور إن؛ بونينغ بي سي (2022). "قاعدة بيانات BPPRC: أداة عبر الإنترنت للوصول إلى البروتينات البكتيرية المبيدة للآفات وتحليلها" . قاعدة البيانات (أكسفورد) . 186 (D1): 107438. doi : 10.1093/database/baac022 . PMC 9216523. PMID 35396594 .  
  29. ↑ هونكبي، ب. و.، شينو، ف.، دي ليما، ف.، دي باولا، إ. ف. (يناير 2021). "قاعدة بيانات HRT Atlas v1.0: إعادة تعريف جينات الصيانة الخلوية البشرية والفأرية والنسخ المرجعية المرشحة من خلال تحليل مجموعات بيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي الضخمة" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 49 (D1): D947– D955 . doi : 10.1093/nar/gkaa609 . PMC 7778946. PMID 32663312 .  
  30. ↑ بوابة بيانات (IHEC)
  31. ↑ مركز حقوق الإنسان والبيئة
  32. ↑ مخطط
  33. ↑ EGA
  34. ↑ عميق
  35. ↑ كريست
  36. ↑ "مشاركة الإبيجينومات عالميًا" . Nature Methods . 15 (3): 151. 2018. doi : 10.1038/nmeth.4630 . ISSN 1548-7105 . 
  37. ↑ فالفيردي هـ، كانتون ف.ر، ألييدو ج.س (نوفمبر 2019). "MetOSite: مورد متكامل لدراسة أكسدة بقايا الميثيونين" . المعلوماتية الحيوية . 35 (22): 4849-4850 . doi : 10.1093/bioinformatics/btz462 . PMC 6853639. PMID 31197322 .  
  • مجموعة قواعد بيانات أبحاث الأحماض النووية في علم الأحياء الجزيئي - أكثر من 1600 قاعدة بيانات