قائمة أدوات التنبؤ بموقع البروتين داخل الخلية

📅 آخر تحديث: ٣١ يوليو ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٣١ يوليو ٢٠٢٦
الموسوعة الحرة

تتضمن هذه القائمة من أدوات التنبؤ بموقع البروتين داخل الخلية برامج وقواعد بيانات وخدمات ويب تُستخدم للتنبؤ بموقع البروتين داخل الخلية .

تتضمن هذه القائمة بعض الأدوات الشائعة الاستخدام لاستنتاج الموقع من خلال الخصائص البنيوية المتوقعة، مثل ببتيد الإشارة أو الحلزونات عبر الغشائية ، وتُخرج هذه الأدوات تنبؤات بهذه الخصائص بدلاً من تحديد مواقع محددة. وقد تظهر هذه البرامج المتعلقة بتوقع بنية البروتين أيضاً في قوائم برامج توقع بنية البروتين .

أدوات

اسموصفمراجععنوان URLسنة
AAIndexLocخوارزمية تعتمد على التعلم الآلي وتستخدم مؤشر الأحماض الأمينية للتنبؤ بموقع البروتين داخل الخلية بناءً على تسلسله. ( مدخل bio.tools )[ 1 ]http://aaindexloc.bii.a-star.edu.sg/2008
أبسلابالتنبؤ بموقع بروتين موت الخلايا المبرمج داخل الخلية[ 2 ]2013
AtSubPأداة تنبؤ دقيقة للغاية لتحديد موقع البروتينات داخل الخلية، تُستخدم لتحليل بروتينات نبات رشاد أذن الفأر (Arabidopsis thaliana). ( مدخل bio.tools )[ 3 ]http://bioinfo3.noble.org/AtSubP/2010
باسيلوBaCelLo هو أداة تنبؤية لتحديد الموقع الخلوي الفرعي للبروتينات في حقيقيات النوى. ( مدخل bio.tools )[ 4 ]http://gpcr.biocomp.unibo.it/bacello/index.htm2006
بار+BAR+ هو خادم للتعليق الهيكلي والوظيفي لتسلسلات البروتين ( مدخل bio.tools )[ 5 ]http://bar.biocomp.unibo.it/bar2.0/2011
حاجِزBAR 3.0 هو خادم لشرح تسلسلات البروتينات، يعتمد على تحليل مقارن واسع النطاق لقاعدة بيانات UniProt بأكملها. باستخدام BAR 3.0 وتسلسل البروتين، يمكنك إضافة الشروح عند الإمكان: الوظيفة (علم الجينات)، والبنية (بنك بيانات البروتينات)، ومجالات البروتين (Pfam). كما نوفر، في حال انتمائك إلى مجموعة ذات بنية أو أكثر، محاذاةً مع تلك البنية أو تلك القوالب، استنادًا إلى نموذج HMM العنقودي (ملف تعريف HMM)، مما يتيح لك حساب نموذجك ثلاثي الأبعاد مباشرةً. نماذج HMM العنقودية متاحة للتنزيل ( مدخل bio.tools ) .[ 6 ] [ 5 ]https://bar.biocomp.unibo.it/bar3/2017
BASysنظام BASys (نظام شرح البكتيريا) هو أداة للشرح الآلي لتسلسلات الجينوم البكتيري (الكروموسومية والبلازميدية)، بما في ذلك أسماء الجينات/البروتينات، ووظائف GO، ووظائف COG، والجينات المتماثلة والمتشابهة المحتملة، والأوزان الجزيئية، ونقاط التساوي الكهربائي، وبنية الأوبيرون، والتوطين الخلوي، وببتيدات الإشارة، والمناطق عبر الغشائية، والبنى الثانوية، والبنى ثلاثية الأبعاد، والتفاعلات، والمسارات. ( مدخل bio.tools )[ 7 ]http://basys.ca2005
بومبيستقبل برنامج التنبؤ ببروتينات الغشاء الخارجي ذات البنية الأسطوانية بيتا (BOMP) تسلسلًا واحدًا أو أكثر من تسلسلات عديد الببتيد بصيغة فاستا من البكتيريا سالبة الغرام كمدخلات، ويتنبأ بما إذا كانت هذه التسلسلات بروتينات غشائية خارجية متكاملة ذات بنية أسطوانية بيتا أم لا. ( مدخل bio.tools )[ 8 ]http://www.bioinfo.no/tools/bomp2004
BPROMPTيستخدم برنامج التنبؤ البايزي لبنية البروتينات الغشائية (BPROMPT) شبكة اعتقاد بايزية لدمج نتائج طرق التنبؤ الأخرى بالبروتينات الغشائية لتسلسل بروتيني معين. ( مدخل bio.tools )[ 9 ]http://www.ddg-pharmfac.net/bprompt/BPROMPT/BPROMPT.html2003
بوسكاBUSCA (مُعَلِّم مكونات الخلية الفرعية الموحد في بولونيا) هو خادم ويب يُستخدم للتنبؤ بموقع البروتينات داخل الخلية. يدمج BUSCA أدواتٍ مختلفة للتنبؤ بخصائص البروتينات المرتبطة بموقعها، بالإضافة إلى أدواتٍ للتمييز بين مواقع البروتينات الكروية والبروتينات الغشائية داخل الخلية. ( مدخل bio.tools )[ 10 ]https://busca.biocomp.unibo.it/2018
Cell-PLocحزمة من خوادم الويب للتنبؤ بموقع البروتينات داخل الخلايا في مختلف الكائنات الحية.[ 11 ]2008
آلة التشيلويستخدم برنامج CELLO نظام آلة المتجهات الداعمة ثنائي المستوى لتحديد مواقع البروتينات بدائية النواة وحقيقية النواة.[ 12 ] [ 13 ]2006
ClubSub-PClubSub-P عبارة عن قاعدة بيانات لتوقعات التوطين الخلوي الفرعي (SCL) القائمة على التجميع للبكتيريا القديمة والبكتيريا سالبة الجرام.[ 14 ]2011
قاعدة بيانات الكوبالتCoBaltDB عبارة عن منصة جديدة وقوية توفر وصولاً سهلاً إلى نتائج أدوات تحديد المواقع المتعددة ودعمًا للتنبؤ بمواقع البروتينات بدائية النواة.[ 15 ]2010
كوميرComiR هي أداة ويب للتنبؤ بأهداف الحمض النووي الريبوزي الميكروي (miRNA) باستخدام التجميعات الجينية. عند إدخال جزيء mRNA في جينومات الإنسان أو الفأر أو الذبابة أو الديدان، تتنبأ ComiR بما إذا كان هذا الجزيء mRNA مستهدفًا بواسطة مجموعة من جزيئات miRNA. ( مدخل bio.tools )[ 16 ]http://www.benoslab.pitt.edu/comir/2013
نظام CropPALبوابة بيانات للوصول إلى مجموعة بيانات حول المواقع الخلوية الفرعية لبروتينات المحاصيل. ( مدخل bio.tools )[ 17 ]http://crop-pal.org/2016
فلتر DAS-TMتعتمد تقنية DAS (سطح المحاذاة الكثيف) على مخططات نقطية منخفضة الدقة لتسلسل الاستعلام مقابل مجموعة من تسلسلات المكتبة - بروتينات غشائية غير متجانسة - باستخدام مصفوفة تسجيل خاصة مُشتقة مسبقًا. توفر هذه الطريقة ملفًا عالي الدقة لخاصية كراهية الماء لتسلسل الاستعلام، والذي يمكن من خلاله تحديد موقع القطع الغشائية المحتملة. تكمن حداثة خوارزمية DAS-TMfilter في دورة تنبؤ ثانية للتنبؤ بالقطع الغشائية في تسلسلات مكتبة البروتينات الغشائية. ( مدخل bio.tools )[ 18 ]http://mendel.imp.ac.at/sat/DAS/DAS.html مؤرشف بتاريخ 5 فبراير 2018 في أرشيف الإنترنت (Wayback Machine)2002
ديبلوكالتنبؤ بموقع البروتينات داخل الخلايا حقيقية النواة باستخدام التعلم العميق ( مدخل bio.tools )[ 19 ]http://www.cbs.dtu.dk/services/DeepLoc/2017
انتباه خفيفبنية التعلم العميق للتنبؤ بموقع الخلايا الفرعية حقيقية النواة وخادم الويب الذي يتنبأ بـ 10 مواقع لكميات عشوائية من التسلسلات التي يمكن تحميلها كملف .fasta أو نسخها ولصقها ( مدخل bio.tools ).[ 20 ]https://github.com/HannesStark/protein-localization2021
DIANA-microT الإصدار 5.0خادم ويب يتنبأ بالأهداف المحتملة لجزيئات miRNA، ويوفر معلومات وظيفية حول تفاعل miRNA المتوقع مع الجين المستهدف من مصادر بيولوجية متنوعة على الإنترنت. تُمكّن التحديثات من ربط جزيئات miRNA بالأمراض من خلال التحليل الببليوغرافي والربط بمتصفح جينوم UCSC. تتضمن التحديثات أيضًا سير عمل متطورًا. ( مدخل bio.tools )[ 21 ] [ 22 ]http://diana.imis.athena-innovation.gr/DianaTools/index.php?r=MicroT_CDS/index2013
بنك الأدويةيُعدّ DrugBank مصدرًا فريدًا للمعلوماتية الحيوية/الكيميائية، يجمع بين بيانات تفصيلية عن الأدوية (أي المواد الكيميائية) ومعلومات شاملة عن أهدافها (أي البروتينات). تحتوي قاعدة البيانات على أكثر من 4100 مدخل دوائي، بما في ذلك أكثر من 800 دواء من الجزيئات الصغيرة والأدوية البيولوجية المعتمدة من إدارة الغذاء والدواء الأمريكية، بالإضافة إلى أكثر من 3200 دواء تجريبي. علاوة على ذلك، يرتبط أكثر من 14000 تسلسل بروتيني أو تسلسل لأهداف دوائية بهذه المدخلات الدوائية. ( مدخل bio.tools )[ 23 ]http://redpoll.pharmacy.ualberta.ca/drugbank/index.html2006
مؤشر الإشريكية القولونيةدليل شامل للمعلومات المتعلقة ببكتيريا الإشريكية القولونية؛ موطن قاعدة بيانات Echobase: وهي قاعدة بيانات لجينات الإشريكية القولونية التي تم تحديد خصائصها منذ اكتمال جينومها. ( مدخل bio.tools )[ 24 ]http://www.york.ac.uk/res/thomas/2009
إي بلانتمجموعة أدوات مفتوحة المصدر متاحة عبر الإنترنت لعرض مجموعات البيانات واسعة النطاق من الكائن النموذجي Arabidopsis thaliana. يمكن تطبيقها على أي كائن نموذجي. تتضمن حاليًا 3 وحدات: مستكشف حفظ التسلسل الذي يشمل علاقات التماثل وبيانات تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة، ومستكشف نموذج بنية البروتين، ومستكشف شبكة التفاعل الجزيئي، ومستكشف التموضع الخلوي لمنتجات الجينات، ومستكشف نمط التعبير الجيني. (مدخل bio.tools )[ 25 ]http://bar.utoronto.ca/eplant/2011
ESLpredESLpred أداةٌ للتنبؤ بموقع البروتينات داخل الخلية باستخدام آلات المتجهات الداعمة. وتعتمد التنبؤات على تركيب ثنائي الببتيد والأحماض الأمينية، والخصائص الفيزيائية والكيميائية. ( مدخل bio.tools )[ 26 ]http://www.imtech.res.in/raghava/eslpred/2004
Euk-mPLoc 2.0التنبؤ بالتوطين الخلوي الفرعي للبروتينات حقيقية النواة ذات المواقع المفردة والمتعددة.[ 27 ]2010
يضربقاعدة بيانات شاملة ومنسقة بدقة لأهداف مكونات الأعشاب (HIT). تم اختيار مكونات الأعشاب التي تحتوي على معلومات عن أهدافها البروتينية بعناية فائقة. تشمل المعلومات الجزيئية للأهداف البروتينات التي يتم تنشيطها أو تثبيطها بشكل مباشر أو غير مباشر، والبروتينات الرابطة، والإنزيمات التي تُعد هذه المركبات ركائزها أو نواتجها. كما تشمل الجينات التي يتم تنظيمها تصاعديًا أو تنازليًا عند معالجة كل مكون على حدة. بالإضافة إلى ذلك، يتم توفير معلومات عن الظروف التجريبية، والنشاط الحيوي المُلاحَظ، ومراجع متنوعة ليسهل على المستخدم الرجوع إليها. يمكن الاستعلام عن قاعدة البيانات عبر البحث بالكلمات المفتاحية أو البحث عن التشابه. تم إنشاء روابط تشعبية إلى قواعد بيانات TTD، وDrugBank، وKEGG، وPDB، وUniprot، وPfam، وNCBI، وTCM-ID، وغيرها. ( مدخل bio.tools )[ 28 ]http://lifecenter.sgst.cn/hit/2011
هامب توبالتنبؤ بالحلزونات العابرة للغشاء وبنية البروتينات. ( مدخل bio.tools )[ 29 ] [ 30 ]http://www.enzim.hu/hmmtop/2001
HSLpredيُتيح هذا البرنامج التنبؤ بموقع البروتينات البشرية داخل الخلية. ويعتمد ذلك على تركيب الأحماض الأمينية المختلفة للبروتينات باستخدام تقنية SVM. ( مدخل bio.tools )[ 31 ]http://www.imtech.res.in/raghava/hslpred/2005
idTargetidTarget هو خادم ويب لتحديد الأهداف الجزيئية الحيوية للجزيئات الكيميائية الصغيرة، ويتميز بوظائف تقييم قوية ومنهجية إرساء تعتمد على تقسيم وحلّ الجزيئات. يقوم idTarget بفحص هياكل البروتينات في قاعدة بيانات PDB. ( مدخل bio.tools )[ 32 ]http://idtarget.rcas.sinica.edu.tw2012
خلية iLocأداة تنبؤ بمواقع البروتينات البشرية متعددة المواقع داخل الخلية. ( مدخل bio.tools )[ 33 ]http://www.jci-bioinfo.cn/iLoc-Hum2012
موقع KnowPredsiteنهج قائم على المعرفة للتنبؤ بموقع (مواقع) التموضع لكل من البروتينات أحادية التموضع والبروتينات متعددة التموضع لجميع حقيقيات النوى.[ 34 ]2009
قاعدة بيانات lncRNAتحتوي قاعدة بيانات lncRNAdb على قائمة شاملة من الحمض النووي الريبوزي الطويل غير المشفر (lncRNAs) التي ثبت امتلاكها لوظائف بيولوجية في حقيقيات النوى، أو ارتباطها بها، بالإضافة إلى الحمض النووي الريبوزي الرسول (mRNA) ذي الأدوار التنظيمية. يتضمن كل مدخل معلومات مرجعية حول الحمض النووي الريبوزي، بما في ذلك التسلسلات، والمعلومات البنيوية، والسياق الجينومي، والتعبير الجيني، والتوطين الخلوي، والحفظ، والأدلة الوظيفية، وغيرها من المعلومات ذات الصلة. يمكن البحث في lncRNAdb من خلال الاستعلام عن أسماء الحمض النووي الريبوزي المنشورة وأسماءها البديلة، والتسلسلات، والأنواع، والجينات المشفرة للبروتين المرتبطة بها، بالإضافة إلى المصطلحات الواردة في الشروح، مثل الأنسجة التي تُعبر فيها النسخ والأمراض المرتبطة بها. علاوة على ذلك، ترتبط lncRNAdb بمتصفح جينوم UCSC لعرض البيانات، وقاعدة بيانات التعبير عن الحمض النووي الريبوزي غير المشفر (NRED) للحصول على معلومات التعبير من مصادر متنوعة. ( مدخل bio.tools )[ 35 ]http://arquivo.pt/wayback/20160516021755/http://www.lncrnadb.org/2011
Loc3DLOC3D هي قاعدة بيانات لتوقعات التموضع الخلوي الفرعي للبروتينات حقيقية النواة ذات البنية ثلاثية الأبعاد المعروفة، وتتضمن أدوات لتوقع التموضع الخلوي الفرعي لتسلسلات البروتينات المُدخلة. ( مدخل bio.tools )[ 36 ] [ 37 ] [ 38 ]http://cubic.bioc.columbia.edu/db/LOC3d/2005
تحديد الموقعLOCATE هي قاعدة بيانات مُنسقة تحتوي على بيانات تصف تنظيم الغشاء والتوطين الخلوي الفرعي لبروتينات الفئران. ( مدخل bio.tools )[ 39 ]https://web.archive.org/web/20171231015119/http://locate.imb.uq.edu.au/2006
LocDBLocDB هي قاعدة بيانات مُنسقة يدويًا تحتوي على شروح تجريبية لمواقع البروتينات داخل الخلايا في الإنسان (Homo sapiens) ونبات الرشاد (Arabidopsis thaliana). يتضمن كل مدخل في قاعدة البيانات الموقع المُستنتج تجريبيًا وفقًا لمصطلحات علم الجينات (GO)، والشرح التجريبي للموقع، وتوقعات الموقع باستخدام أحدث الطرق، ونوع المعلومات التجريبية إن وُجدت. يمكن البحث في LocDB باستخدام الكلمات المفتاحية، واسم البروتين، والموقع داخل الخلية، بالإضافة إلى مُعرّفات من مصادر UniProt وEnsembl وTAIR. ( مدخل bio.tools )[ 40 ]http://www.rostlab.org/services/locDB/2011
LOCtargetLOCtarget أداةٌ للتنبؤ بموقع البروتينات حقيقية النواة وبدائية النواة داخل الخلية، وقاعدة بيانات تتضمن تنبؤات مُحسوبة مسبقًا. تُستخدم عدة طرق لإجراء هذه التنبؤات، بما في ذلك تحليل النصوص لكلمات SWISS-PROT الرئيسية، وإشارات التموضع النووي، واستخدام الشبكات العصبية. ( مدخل bio.tools )[ 41 ]http://www.rostlab.org/services/LOCtarget/2004
شجرة الموقعتعتمد عملية التنبؤ على محاكاة آلية فرز الخلايا باستخدام تطبيق هرمي لآلات المتجهات الداعمة . يُعدّ LOCtree أداة تنبؤ شاملة تتضمن تنبؤات تستند إلى توقيعات PROSITE / PFAM بالإضافة إلى كلمات SwissProt الرئيسية .[ 37 ]2005
لوكتري 2إطار عمل للتنبؤ بموقع البروتينات في نطاقات الحياة الثلاثة، بما في ذلك البروتينات الكروية والغشائية (3 فئات للعتائق، و6 للبكتيريا، و18 لحقيقيات النوى). تُعرف الطريقة الناتجة باسم LocTree2، وهي فعالة حتى مع شظايا البروتينات. تستخدم هذه الطريقة نظامًا هرميًا من آلات المتجهات الداعمة يحاكي آلية الفرز الخلوي المتتالية. تحقق الطريقة مستويات عالية من الأداء المستدام (حقيقيات النوى: Q18=65%، البكتيريا: Q6=84%). كما تميز LocTree2 بدقة بين البروتينات الغشائية وغير الغشائية. وقد أظهرت نتائجنا تفوقًا ملحوظًا على أفضل الطرق عند اختبارها على بيانات جديدة ( مدخل bio.tools ).[ 42 ]https://rostlab.org/owiki/index.php/Loctree22012
لوك تري 3التنبؤ بموقع البروتين داخل الخلية في 18 فئة للكائنات حقيقية النواة، و6 للبكتيريا، و3 للعتائق ( مدخل bio.tools )[ 42 ] [ 43 ]https://rostlab.org/services/loctree3/2014
مارسبريدطريقة تنبؤية للتمييز بين إنزيمات AARS الميتوكوندرية وإنزيمات AARS السيتوبلازمية. ( مدخل bio.tools )[ 44 ]http://www.imtech.res.in/raghava/marspred/2012
MDLocأداة التنبؤ بموقع البروتين داخل الخلية بناءً على التبعية. ( مدخل bio.tools )[ 45 ]http://128.4.31.235/2015
MemLociأداة تنبؤية لتحديد الموقع الخلوي الفرعي للبروتينات المرتبطة أو المندمجة في أغشية حقيقيات النوى. ( مدخل bio.tools )[ 46 ]https://mu2py.biocomp.unibo.it/memloci2011
MemPypeالتنبؤ ببنية وتمركز البروتينات الغشائية في حقيقيات النوى داخل الخلية. ( مدخل bio.tools )[ 47 ]https://mu2py.biocomp.unibo.it/mempype2011
ميتالوجرام نMetaLocGramN هو برنامج تنبؤي لتحديد موقع البروتينات في الخلايا الفرعية للبكتيريا سالبة الغرام. يُعدّ MetaLocGramN بوابةً لعدد من طرق التنبؤ الأساسية (أنواع مختلفة: ببتيد الإشارة، والبروتينات ذات البنية الأسطوانية بيتا، والبروتينات الحلزونية عبر الغشاء، ومؤشرات تحديد الموقع في الخلايا الفرعية). في اختبار الأداء الذي أجراه المؤلف، تفوّق MetaLocGramN على طرق التنبؤ الأخرى لتحديد موقع البروتينات في الخلايا الفرعية، حيث بلغ متوسط ​​معامل ارتباط ماثيوز 0.806، مما حسّن القدرة التنبؤية بنسبة 12% (مقارنةً بـ PSORTb3). يمكن تشغيل MetaLocGramN عبر SOAP .[ 48 ]2012
ميرزMirZ هو خادم ويب لتقييم وتحليل الحمض النووي الريبوزي الميكروي (miRNA). وهو يدمج مصدرين رئيسيين للحمض النووي الريبوزي الميكروي: أطلس التعبير الجيني smiRNAdb وخوارزمية التنبؤ بأهداف الحمض النووي الريبوزي الميكروي E1MMo. ( مدخل bio.tools )[ 49 ]http://www.mirz.unibas.ch2009
ميتبريدخادم ويب مُدرَّب خصيصاً للتنبؤ بالبروتينات التي ستتمركز في الميتوكوندريا، وخاصةً في الخميرة والحيوانات. ( مدخل bio.tools )[ 50 ]http://www.imtech.res.in/raghava/mitpred/2006
متعدد المواقعمحرك تنبؤ قائم على خوارزمية SVM لمجموعة واسعة من المواقع الخلوية الفرعية.[ 51 ]2006
مايكوساباستُخدم خادم الويب هذا للتنبؤ بمواقع البروتينات الفطرية داخل الخلايا بناءً على تركيبات الببتيد الثلاثي الأمثل. ( مدخل bio.tools )[ 52 ]http://lin.uestc.edu.cn/server/Mycosub2015
نتنيسالتنبؤ بإشارات التصدير النووي الغنية بالليوسين (NES) في البروتينات حقيقية النواة ( مدخل bio.tools )[ 53 ]http://cbs.dtu.dk/services/NetNES/2004
ngLOCngLOC هو مصنف بايزي قائم على n-gram يتنبأ بموقع البروتينات داخل الخلية في كل من بدائيات النوى وحقيقيات النوى. تتراوح دقة التنبؤ الإجمالية بين 85.3% و91.4% بين الأنواع المختلفة. ( مدخل bio.tools )[ 54 ]http://genome.unmc.edu/ngLOC/index.html2007
أوبكولبرنامج قمنا بتصميمه لإجراء تحليل التموضع المشترك للعضيات باستخدام التصوير المجهري متعدد الفلوروفور ثنائي وثلاثي ورباعي الأبعاد للخلايا. ( مدخل bio.tools )[ 55 ]http://obcol.imb.uq.edu.au/2009
PA-SUBيمكن استخدام برنامج PA-SUB (خادم تحديد المواقع الخلوية الفرعية المتخصص لمحلل البروتينات) للتنبؤ بموقع البروتينات داخل الخلية باستخدام تقنيات التعلم الآلي المعروفة. ( مدخل bio.tools )[ 56 ] [ 57 ]http://www.cs.ualberta.ca/~bioinfo/PA/Sub/2004
فارم مابرPharmMapper هو خادم ويب يُحدد الأهداف الدوائية المحتملة من قاعدة بيانات PharmTargetDB الخاصة به لجزيء مُدخل مُحدد. يتم تحديد الأهداف المحتملة من خلال التنبؤ بالترتيب المكاني للخصائص الأساسية لتفاعل جزيء مُعين مع الهدف. ( مدخل bio.tools )[ 58 ]http://59.78.96.61/pharmmapper2010
موقع النباتPlantLoc هو خادم ويب للتنبؤ بموقع البروتينات النباتية داخل الخلية باستخدام نمط التموضع الأساسي. ( مدخل bio.tools )[ 59 ]http://cal.tongji.edu.cn/PlantLoc/2013
PRED-TMBBPRED-TMBB أداةٌ تأخذ تسلسل بروتين من بكتيريا سالبة الغرام كمدخل، وتتنبأ بالخيوط العابرة للغشاء واحتمالية كونه بروتينًا من نوع بيتا-باريل في الغشاء الخارجي. يُتيح البرنامج للمستخدم الاختيار من بين ثلاث طرق مختلفة لفك التشفير. ( مدخل bio.tools )[ 60 ] [ 61 ]http://bioinformatics.biol.uoa.gr/PRED-TMBB/2004
PredictNLSالتنبؤ بإشارات التموضع النووي وتحليلها ( مدخل bio.tools )[ 62 ]https://www.rostlab.org/owiki/index.php/PredictNLS2000
PredictProtein Openالتنبؤ بجوانب مختلفة من بنية البروتين ووظيفته. يمكن للمستخدم إرسال استعلام إلى الخادم دون تسجيل. ( مدخل bio.tools )[ 63 ] [ 64 ] [ 65 ] [ 66 ]http://ppopen.informatik.tu-muenchen.de/2014
مجموعة التحضيرتتنبأ مجموعة برامج PREP (محررات الحمض النووي الريبوزي التنبؤية للنباتات) بمواقع تعديل الحمض النووي الريبوزي بناءً على مبدأ أن التعديل في عضيات النبات يزيد من حفظ البروتينات عبر الأنواع. تتضمن المجموعة أدوات تنبؤ لجينات الميتوكوندريا، وجينات البلاستيدات الخضراء، ومحاذاة البيانات التي يُدخلها المستخدم. ( مدخل bio.tools )[ 67 ] [ 68 ]http://prep.unl.edu/2009
برولوك-جوProLoc-GO هي طريقة فعالة تعتمد على التسلسل، وتستخرج مصطلحات علم الجينات المعلوماتية للتنبؤ بموقع البروتين داخل الخلية. ( مدخل bio.tools )[ 69 ]http://140.113.239.45/prolocgo/2008
برولوكمصنف قائم على آلة المتجهات الداعمة التطورية (ESVM) مع اختيار تلقائي من مجموعة كبيرة من خصائص التركيب الفيزيائي والكيميائي (PCC) لتصميم نظام دقيق للتنبؤ بموقع البروتين داخل النواة. ( مدخل bio.tools )[ 70 ]http://140.113.239.45/proloc/2007
بروتيجينبروتيجين هو نظام قاعدة بيانات وتحليل قائم على الويب، يُعنى بتنظيم وتخزين وتحليل المستضدات الوقائية. يتضمن بروتيجين معلومات أساسية عن المستضدات وأدلة تجريبية مُستقاة من مقالات مُحكّمة. كما يتضمن معلومات تفصيلية عن الجينات/البروتينات (مثل تسلسلات الحمض النووي والبروتينات، وتصنيف COG). ويتم حساب خصائص المستضدات المختلفة مسبقًا، مثل وزن البروتين ونقطة التعادل الكهربائي، ومواقع البروتينات البكتيرية داخل الخلايا. ( مدخل bio.tools )[ 71 ]http://www.violinet.org/protegen2011
محلل البروتيناتيُعدّ برنامج Proteome Analyst أداةً عالية الإنتاجية للتنبؤ بخصائص كل بروتين في البروتوم. يُدخل المستخدم البروتوم بصيغة FASTA، ويستخدم النظام برامج Psi-blast وPsipred وModeller للتنبؤ بوظيفة البروتين وموقعه داخل الخلية. كما يستخدم Proteome Analyst مصنفات مُتعلمة آليًا للتنبؤ بأمور مثل الوظيفة الجزيئية وفقًا لتصنيف GO. ويمكن أيضًا استخدام بيانات التدريب التي يُدخلها المستخدم لإنشاء مصنفات مُخصصة. ( مدخل bio.tools )[ 57 ]http://www.cs.ualberta.ca/~bioinfo/PA/2004
بروتوكسProTox هو خادم ويب للتنبؤ الحاسوبي بالسمية الفموية للجزيئات الصغيرة في القوارض. ( مدخل bio.tools )[ 72 ] [ 73 ]http://tox.charite.de/tox2018
PSLpredطريقة لتحديد موقع البروتينات داخل الخلية تنتمي إلى جينومات بدائيات النوى. ( مدخل bio.tools )[ 74 ]http://www.imtech.res.in/raghava/pslpred/2005
PSORTbPSORTb (اختصارًا لـ "بكتيريا" PSORT) هي طريقة تنبؤ عالية الدقة لموقع البروتينات البكتيرية. وقد حافظت PSORTb على مكانتها كأكثر أدوات التنبؤ دقةً لموقع البروتينات البكتيرية داخل الخلية (SCL) منذ إطلاقها عام 2003. وقد حسّنت إصدارات PSORTb من دقة الاستدعاء، وزادت من تغطية التنبؤ على مستوى البروتينوم، وأضافت فئات فرعية جديدة مُحسّنة للموقع. وهي أول أداة تنبؤ لموقع البروتينات داخل الخلية (SCL) مُصممة خصيصًا لجميع بدائيات النوى، بما في ذلك العتائق والبكتيريا ذات الأغشية/الجدران الخلوية غير النمطية. ( مدخل bio.tools )[ 75 ]http://www.psort.org/psortb/2010
PSORTdbقاعدة بيانات PSORTdb (جزء من عائلة PSORT) هي قاعدة بيانات لمواقع البروتينات داخل الخلايا في البكتيريا والعتائق، وتحتوي على معلومات تم تحديدها من خلال التجارب المخبرية (مجموعة بيانات ePSORTdb) وتوقعات حاسوبية (مجموعة بيانات cPSORTdb). ( مدخل bio.tools )[ 76 ] [ 77 ]http://db.psort.org2010
psRobotpsRobot أداةٌ عبر الإنترنت لتحليل بيانات الحمض النووي الريبوزي الصغير في النباتات. تُجري psRobot تنبؤاتٍ حول بنية الحمض النووي الريبوزي الصغير الحلقي، حيث تُحاذي التسلسلات التي يُحمّلها المستخدم مع الجينوم المُختار، وتستخرج سلائفها المُتوقعة، وتتنبأ بإمكانية طي هذه السلائف لتكوين بنية ثانوية حلقية. كما تُجري psRobot تنبؤاتٍ حول أهداف الحمض النووي الريبوزي الصغير، حيث تتنبأ بالأهداف المُحتملة لتسلسلات الحمض النووي الريبوزي الصغير التي يُقدّمها المستخدم من مكتبة النسخ المُختارة. ( مدخل bio.tools )[ 78 ]http://omicslab.genetics.ac.cn/psRobot/2012
pTARGETيتنبأ برنامج pTARGET بموقع البروتينات حقيقية النواة داخل الخلية بناءً على أنماط وجود المجالات الوظيفية الخاصة بكل موقع، والاختلافات في تركيب الأحماض الأمينية في البروتينات من تسعة مواقع خلوية فرعية متميزة. ( مدخل bio.tools )[ 79 ] [ 80 ]http://bioinformatics.albany.edu/~ptarget2006
PUPS (توقعات التموضع الخلوي الفرعي للبروتينات غير المرئية)يستخدم برنامج PUPS تسلسلات البروتين وصور المعالم الخلوية لإجراء تنبؤات حول التموضع الخلوي الفرعي للبروتينات غير المرئية.[ 81 ]https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11291118/2024
RegPhosRegPhos هي قاعدة بيانات لاستكشاف شبكة الفسفرة المرتبطة بمجموعة من الجينات/البروتينات. كما تتضمن معلومات عن التموضع داخل الخلية. ( مدخل bio.tools )[ 82 ]http://regphos.mbc.nctu.edu.tw/2011
ريبتارRepTar هي قاعدة بيانات لتوقعات أهداف miRNA، تعتمد على خوارزمية RepTar المستقلة عن اعتبارات الحفظ التطوري، ولا تقتصر على مواقع اقتران البذور. ( مدخل bio.tools )[ 83 ]http://reptar.ekmd.huji.ac.il2011
مفترس الحمض النووي الريبيRNApredator هو خادم ويب للتنبؤ بأهداف الحمض النووي الريبوزي الصغير (sRNA) في البكتيريا. يمكن للمستخدم الاختيار من بين مجموعة كبيرة من الجينومات. ويُؤخذ في الاعتبار مدى سهولة وصول الحمض النووي الريبوزي الصغير إلى الهدف. ( مدخل bio.tools )[ 84 ]http://rna.tbi.univie.ac.at/RNApredator2011
جهاز فرز Sنهج جديد لبناء مصنف يعتمد على بنية الخلية للتنبؤ بموقع البروتين داخل الخلية بناءً على الصور، وذلك باستخدام المعلومات البنيوية البيولوجية المسبقة. ( مدخل bio.tools )[ 85 ]https://github.com/shaoweinuaa/S-PSorter2016
شلوروالتنبؤ بموقع البروتين داخل البلاستيدات الخضراء. ( مدخل bio.tools )[ 86 ]http://schloro.biocomp.unibo.it2017
صفقطريقة تعزيز تكيفية للتنبؤ بموقع البروتينات النباتية تحت البلاستيدات الخضراء.[ 87 ]2013
SCLPredالتنبؤ بموقع البروتين داخل الخلية باستخدام الشبكات العصبية من نوع N-to-1.[ 88 ]2011
SCLpred-EMSالتنبؤ بموقع البروتينات في الجهاز الغشائي الداخلي ومسار الإفراز داخل الخلية باستخدام الشبكات العصبية الالتفافية العميقة من نوع N-to-1[ 89 ]http://distilldeep.ucd.ie/SCLpred2/2020
SCLpred-MEMالتنبؤ بموقع البروتينات الغشائية داخل الخلية باستخدام الشبكات العصبية الالتفافية العميقة من نوع N-to-1[ 90 ]http://distilldeep.ucd.ie/SCLpred-MEM/2021
سيكريتوم بيتوقعات إفراز البروتين غير الكلاسيكي (أي غير المحفز بواسطة ببتيد الإشارة) ( مدخل bio.tools )[ 91 ] [ 92 ]http://cbs.dtu.dk/services/SecretomeP/2005
المؤشرات الحيوية شبهيةبروتوكول جديد شبه مُشرف عليه، يُمكنه استخدام بيانات بروتينات السرطان غير المُصنفة في بناء النماذج من خلال استراتيجية تدريب تكرارية وتراكمية. يُمكن أن يُؤدي ذلك إلى تحسين دقة وحساسية الكشف عن اختلافات الموقع داخل الخلية. ( مدخل bio.tools )[ 93 ]http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/SemiBiomarker/2015
شيرلوكمُتنبئ قائم على خوارزمية SVM يجمع بين MultiLoc والميزات النصية المستمدة من ملخصات PubMed.[ 94 ]2007
SUBA3قاعدة بيانات لتحديد مواقع البروتينات في الخلايا الفرعية لنبات الأرابيدوبسيس، مع واجهة بحث عبر الإنترنت. ( مدخل bio.tools )[ 95 ] [ 96 ]http://suba3.plantenergy.uwa.edu.au/2014
SubChloنظام حاسوبي للتنبؤ بمواقع البروتينات داخل البلاستيدات الخضراء انطلاقًا من تسلسلها الأولي. يستطيع هذا النظام تحديد موقع البروتين الموجود داخل البلاستيدات الخضراء في أحد أجزائها الأربعة: الغلاف (الذي يتكون من غشاء خارجي وغشاء داخلي)، تجويف الثايلاكويد، الستروما، وغشاء الثايلاكويد. ( مدخل bio.tools )[ 97 ]http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/software/subchlo/2009
سوبربريديقارن خادم الويب SuperPred البصمة التركيبية لجزيء مُدخل بقاعدة بيانات للأدوية المرتبطة بأهدافها الدوائية والمسارات المتأثرة بها. وبما أن التأثير البيولوجي قابل للتنبؤ بدقة، إذا كان التشابه التركيبي كافيًا، فإن خادم الويب يسمح بالتنبؤات حول مجال الاستخدام الطبي للمركبات الجديدة، وإيجاد مركبات رائدة جديدة للأهداف المعروفة. يمكن أن تكون هذه المعلومات مفيدة في تصنيف الأدوية والتنبؤ بالأهداف. ( مدخل bio.tools )[ 98 ]http://bioinformatics.charite.de/superpred2008
سوبر تارجتمورد ويب لتحليل تفاعلات الأدوية مع أهدافها. يدمج معلومات متعلقة بالأدوية مرتبطة بالاستخدامات الطبية، والآثار الجانبية، واستقلاب الأدوية، والمسارات، ومصطلحات علم الجينات (GO) للبروتينات المستهدفة. ( مدخل bio.tools )[ 99 ]http://bioinformatics.charite.de/supertarget/2012
توقعات الهدف السويسريSwissTargetPrediction هو خادم ويب للتنبؤ بأهداف الجزيئات الصغيرة النشطة بيولوجيًا. يتيح لك هذا الموقع الإلكتروني التنبؤ بأهداف جزيء صغير. باستخدام مزيج من مقاييس التشابه ثنائية وثلاثية الأبعاد، يقارن الجزيء المطلوب بمكتبة تضم 280,000 مركب نشط على أكثر من 2000 هدف في 5 كائنات حية مختلفة. ( مدخل bio.tools )[ 100 ] [ 101 ]http://www.swisstargetprediction.ch2014
T3DBقاعدة بيانات السموم وأهدافها (T3DB) هي مورد فريد في مجال المعلوماتية الحيوية، يجمع معلومات شاملة عن السموم الشائعة أو المنتشرة وأهدافها. يحتوي كل سجل في T3DB (بطاقة السمية) على أكثر من 80 حقل بيانات، توفر معلومات تفصيلية عن الخصائص والمؤشرات الكيميائية، وقيم السمية، وتسلسلات البروتينات والجينات (لكل من الأهداف والسموم)، وبيانات التفاعلات الجزيئية والخلوية، والبيانات السمية، والمعلومات الآلية، والمراجع. تم استخراج هذه المعلومات والتحقق منها يدويًا من مصادر عديدة، بما في ذلك قواعد البيانات الإلكترونية الأخرى، والوثائق الحكومية، والكتب الدراسية، والمجلات العلمية. يركز T3DB بشكل أساسي على توفير معلومات  معمقة بدلاً من  مجرد معلومات عامة، من خلال تقديم أوصاف تفصيلية، وآليات عمل، ومعلومات عن السموم وأهدافها. تشمل التطبيقات المحتملة لـ T3DB علم الأيض السريري، والتنبؤ بأهداف السموم، والتنبؤ بالسمية، والتعليم في مجال علم السموم. ( مدخل bio.tools )[ 102 ]http://www.t3db.org2010
تيل-إن تيبرنامج TALE-NT (مستهدف النيوكليوتيدات المؤثرة الشبيهة بمنشطات النسخ TAL) هو مجموعة من الأدوات الإلكترونية التي تتيح تصميم مصفوفات تكرارية مخصصة لمؤثرات TAL للأهداف المطلوبة، بالإضافة إلى التنبؤ بمواقع ارتباط هذه المؤثرات. ( مدخل bio.tools )[ 103 ]https://boglab.plp.iastate.edu/2012
تارفيس دوكبرنامج Target Fishing Dock (TarFisDock) هو خادم ويب يقوم بربط الجزيئات الصغيرة بهياكل البروتينات في قاعدة بيانات الأهداف الدوائية المحتملة (PDTD) بهدف اكتشاف أهداف دوائية جديدة. ( مدخل bio.tools )[ 104 ]http://www.dddc.ac.cn/tarfisdock/2006
الحمض النووي الريبي المستهدفTargetRNA هي أداة على الإنترنت لتحديد أهداف mRNA للـ RNAs الصغيرة غير المشفرة في أنواع البكتيريا. ( مدخل bio.tools )[ 105 ]http://cs.wellesley.edu/~btjaden/TargetRNA2/2008
الهدف Pالتنبؤ بإشارات فرز الطرف الأميني .[ 106 ]2000
أهداف TDRقاعدة بيانات أبحاث الأمراض المدارية (TDR): صُممت وطُورت لتسهيل التحديد السريع وتحديد أولويات الأهداف الجزيئية لتطوير الأدوية، مع التركيز على مسببات الأمراض المسؤولة عن الأمراض البشرية المهملة. تدمج قاعدة البيانات معلومات جينومية خاصة بمسببات الأمراض مع بيانات وظيفية للجينات مُجمعة من مصادر متنوعة، بما في ذلك مراجعة الأدبيات العلمية. يمكن استعراض المعلومات والاستعلام عنها. ( مدخل bio.tools )[ 107 ]http://tdrtargets.org/2012
تترا ميتوأداة تنبؤ تعتمد على التسلسل لتحديد موقع البروتينات داخل الميتوكوندريا. ( مدخل bio.tools )[ 108 ]http://lin.uestc.edu.cn/server/TetraMito2013
TMBETA-NETأداة تتنبأ بوجود خيوط بيتا عبر الغشاء في بروتين الغشاء الخارجي انطلاقاً من تسلسل الأحماض الأمينية الخاص به. ( مدخل bio.tools )[ 109 ] [ 110 ]http://psfs.cbrc.jp/tmbeta-net/2005
TMHMMالتنبؤ بالحلزونات عبر الغشائية لتحديد البروتينات عبر الغشائية .[ 111 ]2001
TMPredيقوم برنامج TMpred بالتنبؤ بالمناطق العابرة للغشاء واتجاهها. وتعتمد الخوارزمية على التحليل الإحصائي لقاعدة بيانات TMbase، وهي قاعدة بيانات للبروتينات العابرة للغشاء الموجودة في الطبيعة (انظر مدخل bio.tools ).[ 112 ]http://embnet.vital-it.ch/software/TMPRED_form.html1993
TPpred 1.0التنبؤ بالببتيدات المستهدفة للعضيات ( مدخل bio.tools )[ 113 ]http://tppred.biocomp.unibo.it/tppred/default/index2013
TPpred 2.0التنبؤ بالببتيدات المستهدفة للميتوكوندريا ( مدخل bio.tools )[ 114 ] [ 113 ]https://tppred3.biocomp.unibo.it2015
TPpred 3.0الكشف عن الببتيدات المستهدفة للعضيات والتنبؤ بموقع الانقسام ( مدخل bio.tools )[ 114 ]http://tppred3.biocomp.unibo.it/tppred32015
TTDتم تطوير قاعدة بيانات الأهداف العلاجية (TTD) لتوفير معلومات حول الأهداف العلاجية والأدوية المقابلة لها. تتضمن TTD معلومات حول الأهداف الناجحة في التجارب السريرية والأبحاث، والأدوية المعتمدة في التجارب السريرية والتجارب السريرية المرتبطة بأهدافها الأساسية، وطرقًا جديدة للوصول إلى البيانات حسب آلية عمل الدواء، والبحث المتكرر عن الأهداف أو الأدوية ذات الصلة، والبحث عن الأهداف والأدوية المتشابهة، وتنزيل البيانات المخصصة والكاملة، ومعرّف الهدف الموحد. ( مدخل bio.tools )[ 115 ]http://bidd.nus.edu.sg/group/cjttd/2010
UM-PPSنظام التنبؤ بمسارات جامعة مينيسوتا (UM-PPS) هو أداة ويب تتعرف على المجموعات الوظيفية في المركبات العضوية التي تُعدّ أهدافًا محتملة لتفاعلات الهدم الميكروبية، وتتنبأ بتحولات هذه المجموعات بناءً على قواعد التحول الحيوي. ويُجري النظام تنبؤات متعددة المستويات. ( مدخل bio.tools )[ 116 ]http://eawag-bbd.ethz.ch/predict/aboutPPS.html2008
رياضة وولفيُعدّ WoLF PSORT امتدادًا لبرنامج PSORT II للتنبؤ بموقع البروتين داخل الخلية. ( مدخل bio.tools )[ 117 ]https://wolfpsort.hgc.jp/2007
YLOCYLoc هو خادم ويب للتنبؤ بموقع المكونات داخل الخلية. يشرح هذا الخادم التنبؤات ويُبرز الخصائص البيولوجية المستخدمة فيها. بالإضافة إلى ذلك، يُقيّم مؤشر الثقة موثوقية كل تنبؤ على حدة. ( مدخل bio.tools )[ 118 ]http://www.multiloc.org/YLoc2010
أدوات أصابع من الزنكتوفر أدوات الزنك فينجر عدة أدوات لاختيار مواقع استهداف بروتينات الزنك فينجر وتصميم البروتينات التي تستهدفها. ( مدخل bio.tools )[ 119 ] [ 120 ] [ 121 ] [ 122 ] [ 123 ] [ 124 ]http://www.scripps.edu/mb/barbas/zfdesign/zfdesignhome.php مؤرشف بتاريخ 17 سبتمبر 2009 في أرشيف الإنترنت (Wayback Machine)2006

مراجع

  1. ↑ تانتوسو إي، لي كيه بي (أغسطس 2008). "AAIndexLoc: التنبؤ بموقع البروتينات داخل الخلية بناءً على تمثيل جديد للتسلسلات باستخدام مؤشرات الأحماض الأمينية". الأحماض الأمينية . 35 (2): 345-353 . doi : 10.1007/s00726-007-0616-y . PMID 18163182. S2CID 712299 .  
  2. ↑ سارافانان ف، لاكشمي ب ت (ديسمبر 2013). "APSLAP: تقنية تعزيز تكيفية للتنبؤ بموقع بروتين موت الخلايا المبرمج داخل الخلية". مجلة Acta Biotheoretica . 61 (4): 481-97 . doi : 10.1007/s10441-013-9197-1 . PMID 23982307. S2CID 23858443 .  
  3. ↑ كاوندال ر، سايني ر، تشاو ب.إكس (سبتمبر 2010). "دمج التعلم الآلي والأساليب القائمة على التشابه للتنبؤ بدقة بموقع البروتينات داخل الخلية في نبات الأرابيدوبسيس" . علم وظائف النبات . 154 (1): 36-54 . Bibcode : 2010PlanP.154...36K . doi : 10.1104/pp.110.156851 . PMC 2938157. PMID 20647376 .  
  4. ↑ بيرليوني أ، مارتيلي ب ل، فاريسيلي ب، كاساديو ر (يوليو 2006). "BaCelLo: أداة تنبؤ متوازنة لتحديد الموقع داخل الخلية" . المعلوماتية الحيوية . 22 (14): e408–16. doi : 10.1093/bioinformatics/btl222 . PMID 16873501 . 
  5. 1 2 بيوفيسان د، مارتيلي ب ل، فاريسيلي ب، زولي أ، روسي إ، كاساديو ر (يوليو 2011). " BAR-PLUS: مورد بولونيا للتعليقات الوظيفية والبنيوية لتسلسلات البروتين" . أبحاث الأحماض النووية . 39 (عدد خادم الويب): W197–202. doi : 10.1093/nar/gkr292 . PMC 3125743. PMID 21622657 .  
  6. ↑ بروفيتي جي، مارتيلي بي إل، كاساديو آر (يوليو 2017). "مورد بولونيا للتعليقات (BAR 3.0): تحسين التعليقات الوظيفية للبروتينات" . أبحاث الأحماض النووية . 45 (W1): W285– W290. doi : 10.1093/nar/gkx330 . PMC 5570247. PMID 28453653 .  
  7. ↑ فان دومسيلار جي إتش، ستوثارد بي، شريفاستافا إس، كروز جيه إيه، غو إيه، دونغ إكس، لو بي، سزافرون دي، غرينر آر، ويشارت دي إس (يوليو 2005). "BASys: خادم ويب للتعليق الآلي على جينوم البكتيريا" . أبحاث الأحماض النووية . 33 (عدد خادم الويب): W455–9. doi : 10.1093/nar/ gki593 . PMC 1160269. PMID 15980511 .  
  8. ↑ بيرفن، إف إس، فليكا، ك، جنسن، إتش بي، إيدهامر، آي (يوليو 2004). "BOMP : برنامج للتنبؤ ببروتينات الغشاء الخارجي ذات البنية الأسطوانية بيتا المتكاملة المشفرة ضمن جينومات البكتيريا سالبة الغرام" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 32 (عدد خادم الويب): W394–9. doi : 10.1093/nar/gkh351 . PMC 441489. PMID 15215418 .  
  9. ↑ تايلور، ب. د.، أتوود، ت. ك.، فلاور، د. ر. (يوليو 2003). " BPROMPT: خادم توافقي للتنبؤ ببروتينات الغشاء" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 31 (13): 3698-3700 . doi : 10.1093/nar/gkg554 . PMC 168961. PMID 12824397 .  
  10. ↑ سافوجارد سي، مارتيلي بي إل، فاريسيلي بي، بروفيتي جي، كاساديو آر (يوليو 2018). "BUSCA: خادم ويب تكاملي للتنبؤ بموقع البروتينات داخل الخلية" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 46 (W1): W459– W466. doi : 10.1093/nar/gky320 . PMC 6031068. PMID 29718411 .  
  11. ↑ تشو كيه سي، شين إتش بي (1 يناير 2008). "Cell-PLoc: حزمة من خوادم الويب للتنبؤ بموقع البروتينات داخل الخلايا في مختلف الكائنات الحية". Nature Protocols . 3 (2): 153–162 . doi : 10.1038/nprot.2007.494 . PMID 18274516. S2CID 226104 .  
  12. ↑ يو سي إس، لين سي جيه، هوانغ جيه كيه (مايو 2004). "التنبؤ بموقع البروتينات داخل الخلايا في البكتيريا سالبة الغرام باستخدام آلات المتجهات الداعمة بناءً على تركيبات الببتيدات N" . علم البروتين . 13 (5): 1402-1406 . doi : 10.1110/ps.03479604 . PMC 2286765. PMID 15096640 .  
  13. ↑ يو سي إس، تشين واي سي ، لو سي إتش، هوانغ جيه كيه (أغسطس 2006). "توقع التموضع الخلوي الفرعي للبروتين". البروتينات . 64 (3): 643-51 . doi : 10.1002/prot.21018 . PMID 16752418. S2CID 24245346 .  
  14. ↑ باراماسيفام ن، لينكه د (2011). "ClubSub-P: التنبؤ بموقع الخلايا الفرعية للبكتيريا سالبة الغرام والعتائق باستخدام التجميع" . مجلة Frontiers in Microbiology . 2 : 218. doi : 10.3389/fmicb.2011.00218 . PMC 3210502. PMID 22073040 .  
  15. ↑ غودينيج د، أفنر س، لوتشيتي-ميغانيه س، بارلوي-هوبلر ف (مارس 2010). "CoBaltDB: قاعدة بيانات كاملة لتحديد المواقع الخلوية الفرعية للبكتيريا والعتائق والموارد المرتبطة بها" . BMC Microbiology . 10 88. doi : 10.1186/1471-2180-10-88 . PMC 2850352. PMID 20331850 .  
  16. ↑ كورونيلو سي، بينوس بي في (يوليو 2013). "ComiR: أداة تنبؤية لأهداف microRNA التجميعية" . أبحاث الأحماض النووية . 41 (عدد خادم الويب): W159–64. doi : 10.1093/nar/gkt379 . PMC 3692082. PMID 23703208 .  
  17. ↑ هوبر سي إم، كاسلدن آي آر، أريامانيش إن، جاكوبي آر بي، ميلار إيه إتش (يناير 2016). "تحديد الموقع الخلوي الفرعي لبروتينات الشعير والقمح والأرز والذرة: موسوعة بروتينات المحاصيل ذات المواقع المحددة (cropPAL)" . علم وظائف النبات والخلايا . 57 (1): e9. doi : 10.1093/pcp/pcv170 . PMID 26556651 . 
  18. ↑ تشيرزو، ميكلوس؛ آيزنهاوبر، فرانك؛ آيزنهاوبر، بيرجيت؛ سيمون، إستفان (سبتمبر 2002). "حول ترشيح التنبؤات الإيجابية الكاذبة لبروتينات الغشاء العابرة" . هندسة البروتين، التصميم والاختيار . 15 (9): 745-752 . doi : 10.1093/protein/15.9.745 . ISSN 1741-0134 . PMID 12456873 .  
  19. ↑ ألماجرو أرمينتيروس، جيه جيه، سوندربي، سي كيه، سوندربي، إس كيه، نيلسن، إتش، وينثر، أو (نوفمبر 2017). "DeepLoc: التنبؤ بموقع البروتين داخل الخلية باستخدام التعلم العميق" . المعلوماتية الحيوية . 33 (21): 3387-3395 . doi : 10.1093/bioinformatics/btx431 . PMID 29036616 . 
  20. ↑ ستارك هـ، دالاغو س، هاينزينغر م، روست ب (نوفمبر 2021). "الانتباه الضوئي يتنبأ بموقع البروتين من لغة الحياة" . التقدم في المعلوماتية الحيوية . 1 (1) vbab035. doi : 10.1093/bioadv/vbab035 . PMC 9710637. PMID 36700108 .  
  21. ^ Maragkakis M، Reczko M، Simossis VA، Alexiou P، Papadopoulos GL، Dalamagas T، Giannopoulos G، Goumas G، Koukis E، Kourtis K، Vergoulis T، Koziris N، Sellis T، Tsanakas P، Hatzigeorgiou AG (يوليو 2009). "خادم الويب DIANA-microT: توضيح وظائف microRNA من خلال التنبؤ بالهدف" . أبحاث الأحماض النووية . 37 (مشكلة خادم الويب): W273-6. دوى : 10.1093/نار/gkp292 . بمك 2703977 . بميد 19406924 .  
  22. ↑ باراسكيفوبولو، إم دي، وجورجاكيلاس، جي، وكوستولاس، إن، وفلاكوس، آي إس، وفيرجوليس، تي، وريتشكو، إم، وفيليبيديس، سي، ودالاماجاس، تي، وهاتزيجورجيو، إيه جي (يوليو 2013). "خادم الويب DIANA-microT الإصدار 5.0: دمج الخدمة في سير عمل التحليل الوظيفي لـ miRNA" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 41 (عدد خادم الويب): W169–73. doi : 10.1093/nar/gkt393 . PMC 3692048. PMID 23680784 .  
  23. ↑ ويشارت دي إس، نوكس سي، غو إيه سي، شريفاستافا إس، حسن علي إم، ستوثارد بي، تشانغ زد، وولسي جيه (يناير 2006). "DrugBank: مورد شامل لاكتشاف الأدوية واستكشافها باستخدام المحاكاة الحاسوبية" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 34 (عدد قواعد البيانات): D668–72. doi : 10.1093/nar/gkj067 . PMC 1347430. PMID 16381955 .  
  24. ↑ هورلر آر إس، بوتشر إيه، بابانجيلوبولوس إن، أشتون بي دي، توماس جي إتش (يناير 2009). "EchoLOCATION: تحليل حاسوبي للمواقع الخلوية الفرعية لبروتينات الإشريكية القولونية ومقارنتها بالمواقع المستمدة تجريبياً" . المعلوماتية الحيوية . 25 (2): 163-166 . doi : 10.1093/bioinformatics/btn596 . PMID 19015139 . 
  25. ↑ فوسيل جي، دي بياسي دي، نهال إتش، لا جي، خودابنده إس، تشين واي، إيزلي كيه، كريستندات دي، كيلي إل، بروفارت إن جيه (يناير 2011). "مشروع ePlant ومبادرة عرض البيانات ثلاثية الأبعاد: بيولوجيا الأنظمة التكاملية على شبكة الإنترنت العالمية" . PLOS ONE . 6 (1) e15237. Bibcode : 2011PLoSO...615237F . doi : 10.1371/journal.pone.0015237 . PMC 3018417. PMID 21249219 .  
  26. ↑ بهاسين م، راغافا ج ب (يوليو 2004). "ESLpred: طريقة تعتمد على خوارزمية SVM لتحديد الموقع تحت الخلوي للبروتينات حقيقية النواة باستخدام تركيب ثنائي الببتيد وPSI-BLAST" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 32 (عدد خادم الويب): W414–9. doi : 10.1093 / nar/gkh350 . PMC 441488. PMID 15215421 .  
  27. ↑ تشو كيه سي، شين إتش بي (أبريل 2010). "طريقة جديدة للتنبؤ بموقع البروتينات حقيقية النواة داخل الخلية، سواءً كانت أحادية الموقع أو متعددة المواقع: Euk-mPLoc 2.0" . PLOS ONE . 5 (4) e9931. Bibcode : 2010PLoSO...5.9931C . doi : 10.1371/journal.pone.0009931 . PMC 2848569. PMID 20368981 .  
  28. ↑ يي هـ، يي ل، كانغ هـ، تشانغ د، تاو ل، تانغ ك، ليو ش، تشو ر، ليو ك، تشين ي ز، لي ي، كاو ز (يناير 2011). "HIT: ربط المكونات الفعالة العشبية بالأهداف" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 39 (عدد قواعد البيانات): D1055–9. doi : 10.1093/nar/gkq1165 . PMC 3013727. PMID 21097881 .  
  29. ↑ توسنادي، غابور إي؛ سيمون، إستفان (أكتوبر 1998). "المبادئ التي تحكم تركيب الأحماض الأمينية للبروتينات الغشائية المتكاملة: تطبيق على التنبؤ بالطوبولوجيا 1 1حرره ج. ثورنتون". مجلة البيولوجيا الجزيئية . 283 (2): 489-506 . doi : 10.1006/jmbi.1998.2107 . ISSN 0022-2836 . PMID 9769220 .  
  30. ↑ توسنادي، جي إي؛ سيمون، آي. (1 سبتمبر 2001). "خادم التنبؤ بطوبولوجيا الغشاء HMMTOP" . المعلوماتية الحيوية . 17 (9): 849-850 . doi : 10.1093/bioinformatics/17.9.849 . ISSN 1367-4803 . PMID 11590105 .  
  31. ↑ غارغ أ، بهاسين م، راغافا ج ب (أبريل 2005). "طريقة تعتمد على آلة المتجهات الداعمة لتحديد الموقع الخلوي الفرعي للبروتينات البشرية باستخدام تركيب الأحماض الأمينية وترتيبها والبحث عن التشابه" . مجلة الكيمياء البيولوجية . 280 (15): 14427-32 . doi : 10.1074/jbc.M411789200 . PMID 15647269 . 
  32. ↑ وانغ جيه سي، تشو بي واي، تشين سي إم، لين جيه إتش (يوليو 2012). "idTarget: خادم ويب لتحديد البروتينات المستهدفة للجزيئات الكيميائية الصغيرة باستخدام وظائف تسجيل قوية ومنهجية إرساء تعتمد على فرق تسد" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 40 (عدد خوادم الويب): W393–9. doi : 10.1093/nar/gks496 . PMC 3394295. PMID 22649057 .  
  33. ↑ تشو كيه سي، وو زد سي، شياو إكس (فبراير 2012). "iLoc-Hum: استخدام مقياس التراكم-الوسم للتنبؤ بالمواقع الخلوية الفرعية للبروتينات البشرية ذات المواقع المفردة والمتعددة". Molecular BioSystems . 8 (2): 629–41 . doi : 10.1039/c1mb05420a . PMID 22134333 . 
  34. ↑ لين إتش إن، تشين سي تي، سونغ تي واي، هو إس واي، هسو دبليو إل (ديسمبر 2009). " التنبؤ بموقع البروتينات داخل الخلايا في حقيقيات النوى باستخدام منهج قائم على المعرفة" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 10 (ملحق 15) S8. doi : 10.1186/1471-2105-10-S15-S8 . PMC 2788359. PMID 19958518 .  
  35. ↑ أمارال، ب.ب.، كلارك، م.ب.، جاسكوين، د.ك.، دينجر، م.إ.، ماتيك، ج.س. (يناير 2011). "lncRNAdb: قاعدة بيانات مرجعية للحمض النووي الريبوزي الطويل غير المشفر" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 39 (عدد قواعد البيانات): D146–51. doi : 10.1093/nar/gkq1138 . PMC 3013714. PMID 21112873 .  
  36. ↑ ناير ر، روست ب (يوليو 2003). " LOC3D: تحديد الموقع الخلوي الفرعي لبنى البروتين" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 31 (13): 3337-40 . doi : 10.1093/nar/gkg514 . PMC 168921. PMID 12824321 .  
  37. 1 2 ناير ر، روست ب (أبريل 2005). "محاكاة الفرز الخلوي تُحسّن التنبؤ بالموقع داخل الخلية". مجلة البيولوجيا الجزيئية . 348 (1): 85-100 . Bibcode : 2005JMBio.348...85N . doi : 10.1016/j.jmb.2005.02.025 . PMID 15808855 . 
  38. ↑ ناير ر، روست ب (ديسمبر 2003). "تحسين التنبؤ بموقع البروتينات داخل الخلية من خلال دمج المعلومات التطورية والبنيوية". البروتينات . 53 ( 4): 917-930 . CiteSeerX 10.1.1.217.389 . doi : 10.1002/prot.10507 . PMID 14635133. S2CID 3142627 .   
  39. ↑ فينك جيه إل، أتوراليا آر إن، ديفيس إم جيه، تشانغ إف، هانسون كيه، تيسديل إم إس، كاي سي، كاواي جيه، كارنينسي بي، هاياشيزاكي واي، تيسديل آر دي (يناير 2006). "LOCATE: قاعدة بيانات لتحديد مواقع البروتينات داخل الخلايا في الفئران" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 34 (عدد قواعد البيانات): D213–7. doi : 10.1093/nar/gkj069 . PMC 1347432. PMID 16381849 .  
  40. ↑ راستوجي إس، روست بي (يناير 2011). "LocDB: شروح تجريبية لتحديد المواقع في الإنسان العاقل ونبات الرشاد" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 39 (عدد قواعد البيانات): D230–4. doi : 10.1093/nar/gkq927 . PMC 3013784. PMID 21071420 .  
  41. ↑ ناير ر، روست ب (يوليو 2004). "LOCnet وLOCtarget: تحديد الموقع دون الخلوي لأهداف علم الجينوم البنيوي" . أبحاث الأحماض النووية . 32 (عدد خادم الويب): W517–21. doi : 10.1093/nar/gkh441 . PMC 441579. PMID 15215440 .  
  42. 1 2 غولدبيرغ تي، هامب تي، روست بي (سبتمبر 2012). " يتنبأ برنامج LocTree2 بموقع البروتينات في جميع نطاقات الحياة" . المعلوماتية الحيوية . 28 (18): i458– i465. doi : 10.1093/bioinformatics/bts390 . PMC 3436817. PMID 22962467 .  
  43. ↑ غولدبرغ تي، هيشت إم، هامب تي، كارل تي، ياشداف جي، أحمد إن، ألترمان يو، أنجيرير بي، أنسورج إس، بالاس ك، بيرنهوفر إم، بيتز أ، سيزماديجا إل، دو كيه تي، جيركي جيه، جريل آر، جوردنس في، هاستريتر إم، هيمباتش ك، هيرزوغ إم، كاليمانوف إم، كلوج إم، ماير أ، ناصر H، Neumaier U، Prade V، Reeb J، Sorokoumov A، Troshani I، Vorberg S، Waldraff S، Zierer J، Nielsen H، Rost B (يوليو 2014). "تنبؤ LocTree3 بالتوطين" . أبحاث الأحماض النووية . 42 (مشكلة خادم الويب): W350–5. دوى : 10.1093/نار/gku396 . بمك 4086075 . PMID 24848019 .  
  44. ↑ بانوار ب، راغافا جي بي (مايو 2012). "التنبؤ بموقع إنزيمات سينثيتاز الحمض النووي الريبوزي الناقل داخل الخلية انطلاقًا من بنيتها الأولية". الأحماض الأمينية . 42 (5): 1703-1713 . doi : 10.1007/s00726-011-0872-8 . PMID 21400228. S2CID 2996097 .  
  45. ↑ سيمها ر، بريزمايستر س، كولباخر أ، شاتكاي هـ (يونيو 2015). "التنبؤ بموقع البروتين (المتعدد): الاستفادة من الترابطات عبر نموذج توليدي" . المعلوماتية الحيوية . 31 (12): i365–74. doi : 10.1093/bioinformatics/btv264 . PMC 4765880. PMID 26072505 .  
  46. ↑ بيرليوني أ، مارتيلي ب ل، كاساديو ر (مايو 2011). "MemLoci: التنبؤ بموقع البروتينات الغشائية داخل الخلايا في حقيقيات النوى" . المعلوماتية الحيوية . 27 (9): 1224-1230 . doi : 10.1093/bioinformatics/btr108 . PMID 21367869 . 
  47. ↑ بيرليوني أ، إنديو ف، سافوجاردو س، فاريسيلي ب، مارتيلي ب ل، كاساديو ر (يوليو 2011). " MemPype: برنامج لشرح بروتينات الغشاء حقيقية النواة" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 39 (عدد خادم الويب): W375–80. doi : 10.1093/nar/gkr282 . PMC 3125734. PMID 21543452 .  
  48. ↑ ماغنوس م، باولووسكي م، بوجنيكي ج م (ديسمبر 2012). "MetaLocGramN: مؤشر تنبؤي شامل لموقع البروتينات داخل الخلايا في البكتيريا سالبة الغرام". مجلة بيوشيميكا وبيوفيزيكا أكتا (BBA) - البروتينات والبروتيوميات . 1824 (12): 1425-1433 . doi : 10.1016/j.bbapap.2012.05.018 . PMID 22705560 . 
  49. ↑ هاوسر ج، بيرنينجر ب، روداك س، جانتشر ي، ويرث س، زافولان م (يوليو 2009). " MirZ: أطلس متكامل لتعبير microRNA ومورد للتنبؤ بالأهداف" . أبحاث الأحماض النووية . 37 (عدد خادم الويب): W266–72. doi : 10.1093/nar/gkp412 . PMC 2703880. PMID 19468042 .  
  50. ↑ كومار م، فيرما ر، راغافا ج ب (مارس 2006). "التنبؤ ببروتينات الميتوكوندريا باستخدام آلة المتجهات الداعمة ونموذج ماركوف المخفي" . مجلة الكيمياء البيولوجية . 281 (9): 5357-63 . doi : 10.1074/jbc.M511061200 . PMID 16339140 . 
  51. ↑ هوغلوند أ، دونيس ب، بلوم ت، أدولف هـ و، كولباخر أ (مايو 2006). "MultiLoc: التنبؤ بموقع البروتين داخل الخلية باستخدام تسلسلات الاستهداف الطرفية N، والزخارف التسلسلية، وتركيب الأحماض الأمينية" . المعلوماتية الحيوية . 22 (10): 1158-1165 . doi : 10.1093/bioinformatics/btl002 . PMID 16428265 . 
  52. ↑ Zhu PP, Li WC, Zhong ZJ, Deng EZ, Ding H, Chen W, Lin H (فبراير 2015). "التنبؤ بالموقع الخلوي الفرعي لبروتينات المتفطرات من خلال دمج ثلاثي الببتيدات الأمثل في الشكل العام لتركيب الأحماض الأمينية الزائفة". Molecular BioSystems . 11 (2): 558–63 . doi : 10.1039/c4mb00645c . PMID 25437899. S2CID 8130819 .  
  53. ↑ لا كور تي، كيمر إل، مولغارد إيه، غوبتا آر، سكرايفر كيه، بروناك إس (يونيو 2004). "تحليل وتوقع إشارات التصدير النووي الغنية بالليوسين" . هندسة البروتين، التصميم والاختيار . 17 (6): 527-36 . doi : 10.1093/protein/gzh062 . PMID 15314210 . 
  54. ↑ كينغ، برايان ر؛ غودا، تشيتيبابو (2007). "ngLOC: طريقة بايزية قائمة على n-gram لتقدير البروتينات الخلوية الفرعية للكائنات حقيقية النواة" . علم الأحياء الجينومي . 8 (5): R68. doi : 10.1186/gb-2007-8-5-r68 . ISSN 1465-6906 . PMC 1929137. PMID 17472741 .   
  55. ↑ وودكروفت بي جيه، هاموند إل، ستو جيه إل، هاميلتون إن إيه (نوفمبر 2009). "التوضع المشترك الآلي للعضيات في تصوير الخلية الكاملة" . قياس التدفق الخلوي. الجزء أ . 75 (11): 941-950 . doi : 10.1002/cyto.a.20786 . PMID 19746416. S2CID 25068671 .  
  56. ↑ لو ز، سزافرون د، غرينر ر، لو ب، ويشارت د.س، بولين ب، أنفيك ج، ماكدونيل س، إيسنر ر (مارس 2004). "التنبؤ بموقع البروتينات داخل الخلية باستخدام مصنفات التعلم الآلي". المعلوماتية الحيوية . 20 (4): 547-556 . CiteSeerX 10.1.1.216.1493 . doi : 10.1093/bioinformatics/btg447 . PMID 14990451 .  
  57. 1 2 Szafron D, Lu P, Greiner R, Wishart DS, Poulin B, Eisner R, Lu Z, Anvik J, Macdonell C, Fyshe A, Meeuwis D (يوليو 2004). "محلل البروتينات: تنبؤات مخصصة مع شروحات في أداة ويب لتحليل البروتينات عالي الإنتاجية" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 32 (عدد خادم الويب): W365–71. doi : 10.1093/nar/gkh485 . PMC 441623. PMID 15215412 .  
  58. ↑ ليو إكس، أويانغ إس، يو بي، ليو واي، هوانغ كيه، غونغ جيه، تشنغ إس، لي زد، لي إتش، جيانغ إتش (يوليو 2010). "خادم فارم مابر: خادم ويب لتحديد الأهداف الدوائية المحتملة باستخدام منهجية رسم خرائط الفارماكوفور" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 38 (عدد خوادم الويب): W609–14. doi : 10.1093/nar/gkq300 . PMC 2896160. PMID 20430828 .  
  59. ↑ تانغ إس، لي تي، كونغ بي، شيونغ دبليو، وانغ زد، صن جيه (يوليو 2013). "PlantLoc: خادم ويب دقيق للتنبؤ بموقع البروتينات النباتية داخل الخلية باستخدام نمط التموضع الجوهري" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 41 (عدد خوادم الويب): W441–7. doi : 10.1093/nar/gkt428 . PMC 3692052. PMID 23729470 .  
  60. ↑ باجوس، بي جي، لياكوبولوس، تي دي، سبايروبولوس، آي سي، هامودراكاس، إس جيه (يوليو 2004). "PRED-TMBB: خادم ويب للتنبؤ ببنية بروتينات الغشاء الخارجي ذات البنية الأسطوانية بيتا" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 32 (عدد خوادم الويب): W400–4. doi : 10.1093/nar/gkh417 . PMC 441555. PMID 15215419 .  
  61. ↑ باجوس، بي. جي.، لياكوبولوس، تي. دي.، سبايروبولوس، آي. سي.، هامودراكاس، إس. جيه. (مارس 2004). "طريقة نموذج ماركوف المخفي، قادرة على التنبؤ ببروتينات الغشاء الخارجي ذات البنية الأسطوانية بيتا وتمييزها" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 5 (1) 29. رمز Bibcode : 2004BMCBi...5...29B . doi : 10.1186/1471-2105-5-29 . PMC 385222. PMID 15070403 .  
  62. ↑ كوكول م، ناير ر، روست ب (نوفمبر 2000). "إيجاد إشارات التموضع النووي" . تقارير EMBO . 1 (5): 411-415 . doi : 10.1093/embo-reports/ kvd092 . PMC 1083765. PMID 11258480 .  
  63. ↑ ياشداف جي، كلوبمان إي، كاجان إل، هيشت إم، غولدبيرغ تي، هامب تي، هونيغشميد بي، شافرهانز إيه، روس إم، بيرنهوفر إم، ريختر إل، أشكينازي إتش، بونتا إم، شليسنجر إيه، برومبيرغ واي، شنايدر آر، فريند جي، ساندر سي، بن-تال إن، روست بي (يوليو 2014). "PredictProtein - مورد مفتوح للتنبؤ عبر الإنترنت بالخصائص البنيوية والوظيفية للبروتين" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 42 (عدد خادم الويب): W337–43. doi : 10.1093 / nar/gku366 . PMC 4086098. PMID 24799431 .  
  64. ↑ كاجان إل، ياشداف جي، فيسيدو إي، شتاينيغر إم، ميرديتا إم، أنجرمولر سي، بوم إيه، دومكه إس، إرتل جيه، ميرتيس سي، رايزينغر إي، ستانيفسكي سي، روست بي (2013). "التنبؤ السحابي ببنية البروتين ووظيفته باستخدام PredictProtein لنظام دبيان" . مجلة BioMed Research International . 2013 : 1-6 . doi : 10.1155/2013/398968 . PMC 3732596. PMID 23971032 .  
  65. ↑ روست ب، ليو ج (يوليو 2003). "خادم PredictProtein" . أبحاث الأحماض النووية . 31 (13): 3300-3304 . doi : 10.1093/nar/ gkg508 . PMC 168915. PMID 12824312 .  
  66. ↑ روست ب ، ياشداف ج، ليو ج (يوليو 2004). "خادم PredictProtein" . أبحاث الأحماض النووية . 32 (عدد خوادم الويب): W321–6. doi : 10.1093/nar/gkh377 . PMC 441515. PMID 15215403 .  
  67. ↑ موور، جيه بي (يوليو 2009). "مجموعة برامج PREP: محررات تنبؤية للحمض النووي الريبوزي لجينات الميتوكوندريا النباتية، وجينات البلاستيدات الخضراء، ومحاذاة مُعرَّفة من قِبل المستخدم" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 37 (عدد خادم الويب): W253–9. doi : 10.1093/nar/gkp337 . PMC 2703948. PMID 19433507 .  
  68. ↑ موور ، جيه بي (أبريل 2005). "PREP-Mt: محرر تنبؤي للحمض النووي الريبوزي لجينات الميتوكوندريا النباتية" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 6 (1) 96. Bibcode : 2005BMCBi...6...96M . doi : 10.1186/1471-2105-6-96 . PMC 1087475. PMID 15826309 .  
  69. ↑ هوانغ و.ل.، تونغ س.و.، هو س.و.، هوانغ س.ف.، هو س.ي. (فبراير 2008). "ProLoc-GO: استخدام مصطلحات علم الجينات المعلوماتية للتنبؤ بموقع البروتين داخل الخلية بناءً على التسلسل" . BMC Bioinformatics . 9 80. doi : 10.1186/1471-2105-9-80 . PMC 2262056. PMID 18241343 .  
  70. ↑ هوانغ و.ل.، تونغ س.و.، هوانغ هـ.ل.، هوانغ س.ف.، هو س.ي. (2007). "ProLoc: التنبؤ بموقع البروتين داخل النواة باستخدام خوارزمية SVM مع الاختيار التلقائي من خصائص التركيب الفيزيائي والكيميائي". أنظمة بيولوجية . 90 (2): 573-81 . Bibcode : 2007BiSys..90..573H . doi : 10.1016/j.biosystems.2007.01.001 . PMID 17291684 . 
  71. ↑ يانغ ب، سايرز س، شيانغ ز، هي ي (يناير 2011). "بروتيجين: قاعدة بيانات وتحليل للمستضدات الوقائية على الإنترنت" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 39 (عدد قواعد البيانات): D1073–8. doi : 10.1093/nar/gkq944 . PMC 3013795. PMID 20959289 .  
  72. ↑ دروال، مالغورزاتا ن.؛ بانيرجي، بريانكا؛ دانكل، ماتياس؛ ويتيج، مارتن ر.؛ بريسنر، روبرت (16 مايو 2014). "ProTox: خادم ويب للتنبؤ الحاسوبي بسمية القوارض عن طريق الفم" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 42 (W1): W53– W58 . doi : 10.1093/nar/gku401 . ISSN 1362-4962 . PMC 4086068. PMID 24838562 .   
  73. ↑ بانيرجي، بريانكا؛ إيكرت، أندرياس أو؛ شري، آنا ك؛ بريسنر، روبرت (30 أبريل 2018). "ProTox-II: خادم ويب للتنبؤ بسمية المواد الكيميائية" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 46 (W1): W257– W263 . doi : 10.1093/nar/gky318 . ISSN 0305-1048 . PMC 6031011. PMID 29718510 .   
  74. ↑ بهاسين م، غارغ أ، راغافا ج ب (مايو 2005). "PSLpred: التنبؤ بموقع البروتينات البكتيرية داخل الخلية" . المعلوماتية الحيوية . 21 (10): 2522-2524 . doi : 10.1093/bioinformatics/bti309 . PMID 15699023 . 
  75. ↑ يو، ن.ي.، فاغنر، ج.ر.، ليرد، م.ر.، ميلي، ج.، ري، س.، لو، ر.، داو، ب.، ساهينالب، س.س.، إستر، م.، فوستر، ل.ج.، برينكمان، ف.س. (يوليو 2010). " PSORTb 3.0: تحسين التنبؤ بموقع البروتين داخل الخلية مع فئات فرعية مُحسَّنة للموقع وقدرات تنبؤية لجميع بدائيات النوى" . المعلوماتية الحيوية . 26 (13): 1608-1615 . doi : 10.1093/bioinformatics/btq249 . PMC 2887053. PMID 20472543 .  
  76. ↑ يو، ن.ي.، ليرد، م.ر.، سبنسر، س.، برينكمان، ف.س. (يناير 2011). "PSORTdb - قاعدة بيانات موسعة، محدثة تلقائيًا، وسهلة الاستخدام لتحديد مواقع البروتينات داخل الخلايا في البكتيريا والعتائق" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 39 (عدد قواعد البيانات): D241–4. doi : 10.1093/nar/gkq1093 . PMC 3013690. PMID 21071402 .  
  77. ↑ ري إس، أكاب إم، جاردي جيه إل، ليرد إم آر، دي فايس كيه، لامبرت سي، برينكمان إف إس (يناير 2005). "PSORTdb: قاعدة بيانات لتحديد موقع البروتينات داخل الخلايا في البكتيريا" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 33 (عدد قواعد البيانات): D164–8. doi : 10.1093/nar/gki027 . PMC 539981. PMID 15608169 .  
  78. ↑ وو هـ.ج، ما ي.ك، تشين ت، وانغ م، وانغ إكس.ج (يوليو 2012). "PsRobot: مجموعة أدوات تحليلية شاملة للحمض النووي الريبوزي الصغير في النباتات، قائمة على الويب" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 40 (عدد خادم الويب): W22–8. doi : 10.1093/nar/gks554 . PMC 3394341. PMID 22693224 .  
  79. ↑ غودا سي، سوبرامانيام إس (نوفمبر 2005). "pTARGET [ مصحح ] طريقة جديدة للتنبؤ بموقع البروتين داخل الخلية في حقيقيات النوى" . المعلوماتية الحيوية . 21 (21): 3963-3969 . doi : 10.1093/bioinformatics/bti650 . PMID 16144808 . 
  80. ↑ غودا، سي (يوليو 2006). "pTARGET: خادم ويب للتنبؤ بموقع البروتين داخل الخلية" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 34 (عدد خوادم الويب): W210–3. doi : 10.1093/nar/gkl093 . PMC 1538910. PMID 16844995 .  
  81. ↑ شين يي ز، ييتونغ ت، يونهاو ب، فاي س، كارولين يو (2025). "توقع التموضع الخلوي الفرعي للبروتين في الخلايا المفردة". Nature Methods . 22 (6): 1265–1275 . bioRxiv 10.1101/2024.07.25.605178 . doi : 10.1038/s41592-025-02696-1 . 
  82. ↑ لي تي واي، بو كاي هسو جيه، تشانغ دبليو سي، هوانغ إتش دي (يناير 2011). "RegPhos: نظام لاستكشاف شبكة فسفرة ركائز كيناز البروتين في البشر" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 39 (عدد قواعد البيانات): D777–87. doi : 10.1093/nar/ gkq970 . PMC 3013804. PMID 21037261 .  
  83. ↑ إليفانت ن، بيرغر أ، شين هـ، هوفري م، مارغاليت هـ، ألتوفيا ي (يناير 2011). "RepTar: قاعدة بيانات للأهداف الخلوية المتوقعة لـ miRNAs المضيفة والفيروسية" . أبحاث الأحماض النووية . 39 (عدد قواعد البيانات): D188–94. doi : 10.1093/nar/ gkq1233 . PMC 3013742. PMID 21149264 .  
  84. ↑ إيجنهوفر إف، تافر إتش، ستادلر بي إف، هوفاكر آي إل (يوليو 2011). "RNApredator: تنبؤ سريع قائم على إمكانية الوصول لأهداف الحمض النووي الريبوزي الصغير" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 39 (عدد خادم الويب): W149–54. doi : 10.1093/nar/gkr467 . PMC 3125805. PMID 21672960 .  
  85. ↑ شاو و، ليو م، تشانغ د (يناير 2016). "بناء نموذج قائم على بنية الخلية البشرية للتنبؤ بموقع البروتين داخل الخلية من الصور البيولوجية" . المعلوماتية الحيوية . 32 (1): 114-21 . doi : 10.1093/bioinformatics/btv521 . PMID 26363175 . 
  86. ↑ سافوجاردو سي، مارتيلي بي إل، فاريسيلي بي، كاساديو آر (فبراير 2017). "SChloro: توجيه بروتينات النباتات الخضراء إلى ستة أقسام فرعية من البلاستيدات الخضراء" . المعلوماتية الحيوية . 33 (3): 347-353 . doi : 10.1093/bioinformatics/btw656 . PMC 5408801. PMID 28172591 .  
  87. ↑ سارافانان ف، لاكشمي ب ت (فبراير 2013). "SCLAP: طريقة تعزيز تكيفية للتنبؤ بموقع البروتينات النباتية تحت البلاستيدات الخضراء". OMICS . 17 (2): 106-115 . doi : 10.1089/omi.2012.0070 . PMID 23289782 . 
  88. ↑ موني سي، وانغ واي إتش، بولاستري جي (أكتوبر 2011). "SCLpred: التنبؤ بموقع البروتين داخل الخلية باستخدام الشبكات العصبية من نوع N-إلى-1" . المعلوماتية الحيوية . 27 (20): 2812-2819 . doi : 10.1093/bioinformatics/btr494 . hdl : 10197/3443 . PMID 21873639 . 
  89. ↑ كاليل، م؛ تشنغ، ي؛ تشن، ج؛ فينغ، ش؛ سيمبسون، ج.س؛ بولاستري، ج؛ موني، س (6 مارس 2020). "SCLpred-EMS: التنبؤ بموقع البروتينات في نظام الأغشية الداخلية ومسار الإفراز داخل الخلية باستخدام الشبكات العصبية الالتفافية العميقة من نوع N-to-1". المعلوماتية الحيوية . 36 (11): 3343-3349 . doi : 10.1093/bioinformatics/btaa156 . hdl : 10197/12182 . PMID 32142105 . 
  90. ↑ كاليل، مناز؛ إيلينجر، ليام؛ لالور، كلودا؛ بولاستري، جيانلوكا؛ موني، كاثرين (2021). "SCLpred-MEM: التنبؤ بموقع البروتينات الغشائية داخل الخلية باستخدام الشبكات العصبية الالتفافية العميقة من N إلى 1" . البروتينات: التركيب، الوظيفة، والمعلوماتية الحيوية . 89 (10): 1233-1239 . doi : 10.1002/prot.26144 . hdl : 2346/90320 . PMID: 33983651. S2CID : 234484678 .  
  91. ↑ بيندسن، جيه دي، وجينسن، إل جيه، وبلوم، إن، وفون هاين، جي ، وبروناك، إس (أبريل 2004). "التنبؤ القائم على الخصائص بإفراز البروتين غير التقليدي والخالي من التسلسل القائد" . هندسة البروتين، والتصميم، والاختيار . 17 (4): 349-356 . doi : 10.1093/protein/gzh037 . PMID 15115854 . 
  92. ↑ بيندسن، جيه دي، وكيمر، إل، وفوسبول ، إيه، وبروناك، إس (أكتوبر 2005). "إفراز البروتين غير التقليدي في البكتيريا" . مجلة بي إم سي لعلم الأحياء الدقيقة . 5 58. doi : 10.1186/1471-2180-5-58 . PMC 1266369. PMID 16212653 .  
  93. ↑ Xu YY, Yang F, Zhang Y, Shen HB (أبريل 2015). "الكشف عن البروتينات الموضعة بشكل خاطئ في سرطانات الإنسان باستخدام التصوير الحيوي من خلال التعلم شبه الموجه" . المعلوماتية الحيوية . 31 (7): 1111-1119 . doi : 10.1093/bioinformatics/btu772 . PMC 4382902. PMID 25414362 .  
  94. ↑ شاتكاي هـ، هوغلوند أ، برادي س، بلوم ت، دونيس ب، كولباخر أ (يونيو 2007). "SherLoc: تنبؤ عالي الدقة بموقع البروتين داخل الخلية من خلال دمج بيانات النص وتسلسل البروتين" . المعلوماتية الحيوية . 23 (11): 1410-1417 . doi : 10.1093/bioinformatics/btm115 . PMID 17392328 . 
  95. ↑ تانز إس كيه، كاسلدن آي، هوبر سي إم، فاشر إم، سمول آي، ميلار إتش إيه (يناير 2013). " SUBA3: قاعدة بيانات لدمج التجارب والتنبؤات لتحديد الموقع دون الخلوي للبروتينات في نبات الأرابيدوبسيس" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 41 (عدد قواعد البيانات): D1185–91. doi : 10.1093/nar/gks1151 . PMC 3531127. PMID 23180787 .  
  96. ↑ هوبر سي إم، تانز إس كيه، كاسلدن آي آر، فاشر إم إيه، سمول آي دي، ميلار إيه إتش (ديسمبر 2014). "SUBAcon: خوارزمية توافقية لتوحيد بيانات التموضع الخلوي الفرعي لبروتينات نبات الرشاد" . المعلوماتية الحيوية . 30 (23): 3356-3364 . doi : 10.1093/bioinformatics/btu550 . PMID 25150248 . 
  97. ↑ دو ب، كاو س، لي ي (نوفمبر 2009). "SubChlo: التنبؤ بمواقع البروتينات في البلاستيدات الخضراء الفرعية باستخدام تركيب الأحماض الأمينية الزائفة وخوارزمية أقرب جار K القائمة على نظرية الأدلة (ET-KNN)". مجلة البيولوجيا النظرية . 261 (2): 330-335 . Bibcode : 2009JThBi.261..330D . doi : 10.1016/j.jtbi.2009.08.004 . PMID 19679138 . 
  98. ↑ دانكل م، غونتر س، أحمد ج، ويتيج ب، بريسنر ر (يوليو 2008). "سوبر بريد: تصنيف الأدوية والتنبؤ بالأهداف" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 36 (عدد خادم الويب): W55–9. doi : 10.1093/nar/gkn307 . PMC 2447784. PMID 18499712 .  
  99. ↑ هيكر ن، أحمد ج، فون إيشبورن ج، دانكل م، ماشا ك، إيكرت أ، جيلسون م ك، بورن ب إ، بريسنر ر (يناير 2012). "SuperTarget يصبح كميًا: تحديث حول تفاعلات الدواء مع الهدف" . أبحاث الأحماض النووية . 40 (عدد قواعد البيانات): D1113–7. doi : 10.1093/nar/ gkr912 . PMC 3245174. PMID 22067455 .  
  100. ↑ جفيلر، ديفيد؛ ميشيلين، أوليفييه؛ زويت، فنسنت (17-09-2013). "تشكيل مشهد تفاعل الجزيئات النشطة بيولوجيًا" . المعلوماتية الحيوية . 29 (23): 3073-3079 . doi : 10.1093/bioinformatics/btt540 . ISSN 1460-2059 . PMID 24048355 .  
  101. ↑ جفيلر، ديفيد؛ جروسديدير، أوريليان؛ ويرث، ماتياس؛ داينا، أنطوان؛ ميشيلين، أوليفييه؛ زويت، فنسنت (2014-05-03). "SwissTargetPrediction: خادم ويب للتنبؤ بأهداف الجزيئات الصغيرة النشطة بيولوجيًا" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 42 (W1): W32– W38 . doi : 10.1093/nar/gku293 . ISSN 1362-4962 . PMC 4086140. PMID 24792161 .   
  102. ↑ ليم إي، بون أ، دجومبو واي، نوكس سي، شريفاستافا إس، غو إيه سي، نيفو في، ويشارت دي إس (يناير 2010). "T3DB: قاعدة بيانات شاملة ومفهرسة للسموم الشائعة وأهدافها" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 38 (عدد قواعد البيانات): D781–6. doi : 10.1093/nar/ gkp934 . PMC 2808899. PMID 19897546 .  
  103. ↑ دويل إي إل، بوهر إن جيه، ستاندج دي إس، فويتاس دي إف، بريندل في بي، فانديك جيه كيه، بوغدانوف إيه جيه (يوليو 2012). "مُستهدف النيوكليوتيدات المُؤثرة لـ TAL (TALE-NT) 2.0: أدوات لتصميم مُؤثرات TAL والتنبؤ بالأهداف" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 40 (عدد خادم الويب): W117–22. doi : 10.1093/nar/gks608 . PMC 3394250. PMID 22693217 .  
  104. ↑ لي هـ، غاو ز، كانغ ل، تشانغ هـ، يانغ ك، يو ك، لوه ش، تشو و، تشين ك، شين ج، وانغ ش، جيانغ هـ (يوليو 2006). "TarFisDock: خادم ويب لتحديد أهداف الأدوية باستخدام تقنية الالتحام الجزيئي" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 34 (عدد خوادم الويب): W219–24. doi : 10.1093/nar/gkl114 . PMC 1538869. PMID 16844997 .  
  105. ↑ تجادن ب (يوليو 2008). "TargetRNA: أداة للتنبؤ بأهداف عمل الحمض النووي الريبي الصغير في البكتيريا" . أبحاث الأحماض النووية . 36 (عدد خادم الويب): W109–13. doi : 10.1093/nar/ gkn264 . PMC 2447797. PMID 18477632 .  
  106. ↑ إيمانويلسون، أو.، نيلسن، هـ.، بروناك، س.، فون هاين، ج. (يوليو 2000). "التنبؤ بموقع البروتينات داخل الخلية بناءً على تسلسل الأحماض الأمينية الطرفية N". مجلة البيولوجيا الجزيئية . 300 (4): 1005-1016 . doi : 10.1006/jmbi.2000.3903 . PMID 10891285 . 
  107. ↑ ماغارينوس إم بي، كارمونا إس جيه، كروثر جي جيه، رالف إس إيه، روس دي إس، شانموغام دي، فان فورهيس دبليو سي، أغويرو إف (يناير 2012). "أهداف TDR: مورد كيميائي جينومي للأمراض المهملة" . أبحاث الأحماض النووية . 40 (عدد قواعد البيانات): D1118–27. doi : 10.1093/nar/ gkr1053 . PMC 3245062. PMID 22116064 .  
  108. ↑ لين هـ، تشين و، يوان ل ف، لي ز كيو، دينغ هـ (يونيو 2013). "استخدام الببتيدات الرباعية المُمثلة بكثرة للتنبؤ بمواقع البروتينات تحت الميتوكوندريا". مجلة Acta Biotheoretica . 61 (2): 259-268 . doi : 10.1007/s10441-013-9181-9 . PMID 23475502. S2CID 30809970 .  
  109. ↑ غروميها، م.م.، أحمد، س.، سوا، م. (أبريل 2004). "التنبؤ بقطاعات بيتا ستراند العابرة للغشاء في بروتينات الغشاء الخارجي باستخدام الشبكات العصبية". مجلة الكيمياء الحاسوبية . 25 (5): 762-767 . doi : 10.1002/jcc.10386 . PMID 14978719. S2CID 3486330 .  
  110. ↑ غروميها، م.م.، أحمد، س.، سوا، م. (يوليو 2005). "TMBETA-NET: التمييز والتنبؤ بالخيوط بيتا العابرة للغشاء في بروتينات الغشاء الخارجي" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 33 (عدد خادم الويب): W164–7. doi : 10.1093/nar/gki367 . PMC 1160128. PMID 15980447 .  
  111. ↑ كروغ، أندرس؛ لارسون، بيورن؛ فون هاين، غونار ؛ سونهمر، إريك إل إل (يناير 2001). "التنبؤ بطوبولوجيا البروتينات الغشائية باستخدام نموذج ماركوف المخفي: تطبيق على الجينومات الكاملة". مجلة البيولوجيا الجزيئية . 305 (3): 567-580 . doi : 10.1006/jmbi.2000.4315 . ISSN 0022-2836 . PMID 11152613 .  
  112. ↑ هوفمان، ك؛ ستوفيل، و (1993). "TMbase—قاعدة بيانات لقطاعات البروتينات العابرة للغشاء" (ملف PDF) . الكيمياء الحيوية هوب-سيلر . 374 : 166.
  113. 1 2 إنديو ف، مارتيلي ب ل، سافوجاردو س، فاريسيلي ب، كاساديو ر (أبريل 2013). "التنبؤ بالببتيدات المستهدفة للعضيات في البروتينات حقيقية النواة باستخدام حقول عشوائية شرطية مخفية مقيدة نحويًا" . المعلوماتية الحيوية . 29 (8): 981-988 . doi : 10.1093/bioinformatics/btt089 . PMID 23428638 . 
  114. 1 2 سافوجاردو سي، مارتيلي بي إل، فاريسيلي بي، كاساديو آر (أكتوبر 2015). "يكشف TPpred3 عن ببتيدات الاستهداف الميتوكوندرية والبلاستيدية في البروتينات حقيقية النواة ويميز بينها" . المعلوماتية الحيوية . 31 (20): 3269-75 . doi : 10.1093/bioinformatics/btv367 . hdl : 11577/3184044 . PMID 26079349 . 
  115. ^ Zhu F، Han B، Kumar P، Liu X، Ma X، Wei X، Huang L، Guo Y، Han L، Zheng C، Chen Y (يناير 2010). "تحديث TTD: قاعدة بيانات الأهداف العلاجية" . أبحاث الأحماض النووية . 38 (إصدار قاعدة البيانات): D787–91. دوى : 10.1093/نار/gkp1014 . بمك 2808971 . بميد 19933260 .  
  116. ↑ إليس إل بي، غاو جيه، فينير كيه، واكيت إل بي (يوليو 2008). "نظام التنبؤ بمسارات جامعة مينيسوتا: التنبؤ بالمنطق الأيضي" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 36 (عدد خادم الويب): W427–32. doi : 10.1093/nar/gkn315 . PMC 2447765. PMID 18524801 .  
  117. ↑ هورتون، ب.، بارك، ك. ج.، أوباياشي، ت.، فوجيتا، ن.، هارادا، هـ.، آدامز-كولير، س. ج.، ناكاي، ك. (يوليو 2007). "WoLF PSORT: أداة تنبؤ بموقع البروتين" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 35 (عدد خادم الويب): W585–7. doi : 10.1093/nar/gkm259 . PMC 1933216. PMID 17517783 .  
  118. ↑ بريزمايستر إس، راهنينفوهر جيه، كولباخر أو (يوليو 2010). "YLoc - خادم ويب قابل للتفسير للتنبؤ بموقع البروتينات داخل الخلية" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 38 (عدد خوادم الويب): W497–502. doi : 10.1093/nar/gkq477 . PMC 2896088. PMID 20507917 .  
  119. ↑ بلانكافورت ، ب.، ماغنانات، ل.، بارباس، س. ف. (مارس 2003). "مسح الجينوم البشري باستخدام مكتبات عوامل النسخ التوافقية". مجلة نيتشر للتكنولوجيا الحيوية . 21 (3): 269-274 . doi : 10.1038/nbt794 . PMID 12592412. S2CID 9761535 .  
  120. ↑ دراير ب، فولر ر.ب، سيغال د.ج، لوند س.ف، بلانكافورت ب، هوبر أ، كوكش ب، بارباس س.ف (أكتوبر 2005). "تطوير نطاقات أصابع الزنك للتعرف على تسلسلات الحمض النووي من عائلة 5'-CNN-3' واستخدامها في بناء عوامل النسخ الاصطناعية" . مجلة الكيمياء البيولوجية . 280 (42): 35588-97 . doi : 10.1074/jbc.M506654200 . PMID 16107335 . 
  121. ↑ دراير ب، سيغال دي جيه، بارباس سي إف (نوفمبر 2000). "رؤى حول التعرف الجزيئي على عائلة تسلسلات الحمض النووي 5'-GNN-3' بواسطة نطاقات أصابع الزنك". مجلة البيولوجيا الجزيئية . 303 (4): 489-502 . doi : 10.1006/jmbi.2000.4133 . PMID 11054286. S2CID 11263372 .  
  122. ↑ مانديل، جي جي، وبارباس، سي إف (يوليو 2006). "أدوات أصابع الزنك: نطاقات ربط الحمض النووي المخصصة لعوامل النسخ والنيوكليازات" . أبحاث الأحماض النووية . 34 (عدد خادم الويب): W516–23. doi : 10.1093/nar/ gkl209 . PMC 1538883. PMID 16845061 .  
  123. ↑ دراير ب، بيرلي ر ر، سيغال د ج، فليبين ج د، بارباس س ف (أغسطس 2001). "تطوير نطاقات أصابع الزنك للتعرف على عائلة تسلسلات الحمض النووي 5'-ANN-3' واستخدامها في بناء عوامل النسخ الاصطناعية" . مجلة الكيمياء البيولوجية . 276 (31): 29466-78 . doi : 10.1074/jbc.M102604200 . PMID 11340073 . 
  124. ↑ سيغال دي جيه، دراير بي، بيرلي آر آر، بارباس سي إف (مارس 1999). "نحو التحكم في التعبير الجيني حسب الرغبة: اختيار وتصميم نطاقات أصابع الزنك التي تتعرف على كل تسلسل من تسلسلات الحمض النووي المستهدفة 5'-GNN-3'" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 96 (6): 2758-2763 . Bibcode : 1999PNAS...96.2758S . doi : 10.1073/pnas.96.6.2758 . PMC 15842. PMID 10077584 .