برنامج محاذاة الهياكل

📅 آخر تحديث: ٢٤ يوليو ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٢٤ يوليو ٢٠٢٦
الموسوعة الحرة

تُعد هذه القائمة لبرامج المقارنة والمحاذاة الهيكلية عبارة عن تجميع لأدوات البرامج وبوابات الويب المستخدمة في المقارنة الهيكلية الثنائية أو المتعددة والمحاذاة الهيكلية .

المقارنة الهيكلية والمحاذاة

اسموصففصليكتبمرنوصلةمؤلفسنة
إعادة البحث [ 1 ]محاذاة وبحث وتصوير سريع ودقيق لبنية البروتينCαزوجنعمتحميل

خادم

إدغار آر سي2024
MUSCLE-3D [ 2 ]محاذاة وتصوير سريع ودقيق لهياكل البروتينات المتعددةCαمتعددنعمتحميلإدغار آر سي وتولستوي الأول2024
أرتميس [ 3 ] [ 4 ]التراكب المستقل عن الطوبولوجيا للهياكل ثلاثية الأبعاد للحمض النووي الريبي/الحمض النووي ومحاذاة التسلسل القائمة على البنيةAllAزوجلاخادم

تحميل

بوهدان د. بوجنيكي جي إم . باولين إي إف2024
أرتيم [ 5 ] [ 6 ] [ 4 ]تراكب جزأين عشوائيين من بنية ثلاثية الأبعاد للحمض النووي الريبي/الحمض النووي وتحديد النمط ثلاثي الأبعادAllAزوجلاخادم

تحميل

بوهدان د. فورونينا ف. بوجنيكي جي إم . باولين إي إف2023
foldseek [ 7 ]محاذاة وتصوير سريع ودقيق لبنية البروتينالتسلسلزوجنعمتنزيل الخادمM. van Kempen & S. Kim & C. Tumescheit & M. Mirdita & J. Lee & C. Gilchrist & J. Söding & M. Steinegger2023
3decisionمستودع لبنية البروتين مزود بأدوات التصور والتحليل البنيويالتسلسلمتعددنعمموقعب. شميدتكه2015
ماموثمطابقة النماذج الجزيئية المستمدة من النظرية​​​​Cαزوجلاتنزيل الخادمسيم شتراوس وإيه آر أورتيز2002
علامة CEالامتداد التوافقي​​Cαزوجلاخادمإ. شينديالوف2000
CE-MCC تمديد E اندماجي- M onte C arloCαمتعددلاخادمسي. غودا2004
دالي لايتمحاذاة مصفوفة المسافة​خريطة Cزوجلاالخادم والتنزيلل. هولم1993
™-alignمحاذاة بنية البروتين بناءً على درجة TMCαزوجلا شيءالخادم والتنزيلي. تشانغ وج. سكولنيك2005
mTM-alignمحاذاة متعددة لبنية البروتين باستخدام TM-alignCαمتعددلاالخادم والتنزيلآر دونغ، زد بينغ، واي تشانغ وجي يانغ2018
واسعأداة البحث عن محاذاة المتجهات​​​جنوب شرقزوجلا شيءخادمإس. براينت1996
موشورأنظمة معلوماتية البروتين للنمذجة​​​​جنوب شرقمتعددلا شيءخادمب. هونيغ2000
وزارة التعليمبيئة التشغيل الجزيئية . منصة واسعة النطاق لنمذجة بنية البروتين وبنية البروتين- الرابط .Cα، AllA، Seqمتعددلاموقعمجموعة الحوسبة الكيميائية2000
SSAPS هيكل S متسلسل برنامج P ligment​جنوب شرقمتعددلاخادمسي. أورينغو و دبليو. تايلور1989
SARF2الترتيبات المكانية لأجزاء العمود الفقري​جنوب شرقزوجلا شيءخادمن. ألكسندروف1996
كينوبي/كيه 2غير متوفرجنوب شرقزوجلا شيءخادمزد. وينغ2000
ختمالمحاذاة الهيكلية للبروتينات المتعددة​​​​Cαمتعددلاخادم التنزيلآر. راسل وجي. بارتون1992
كتلةمحاذاة متعددة بواسطة هيكل ثانوي​​​جنوب شرقمتعددلاخادمأو. درور وهـ. وولفسون2003
سكاليالمحاذاة الهيكلية الأساسية للبروتينات​​خريطة التسلسل/Cزوجلا شيءتنزيل الخادمإكس. يوان وسي. بيستروف2004
ديجافوغير متوفرجنوب شرقزوجلا شيءخادمجي جيه. كليويجت1997
SSMمطابقة البنية الثانوية​​​جنوب شرقمتعددلا شيءخادمإي. كريسينيل2003
شيباالتماثل الهيكلي من خلال المحاذاة القائمة على البيئة​​التسلسلزوجلا شيءخادمجيه جونغ وبي لي2000
LGA [ 8 ]مقياس تشابه البنية بين المحاذاة المحلية والعالمية واختبار المسافة العالمية (GDT-TS)Cα، AllA، أي ذرةزوجلا شيءالخادم والتنزيلأ. زيملا2003
هيئة الإحصاء الفلبينيةمحاذاة هيكل الترتيب الجزئي​​​​Cαمتعددنعمخادمي. يي و أ. غودزيك2005
بايموليقوم الأمر "super" بمحاذاة ثلاثية الأبعاد مستقلة عن التسلسلبروتينهجينلاموقعدبليو إل ديلانو2007
فاتكاتمحاذاة البنية المرنة عن طريق ربط أزواج الأجزاء المتراصة مما يسمح بالالتواءاتCαزوجنعمخادمي. يي و أ. غودزيك2003
تفكيكالبحث في قاعدة البيانات على المستوى البنيوي الفرعي والمحاذاة الزوجية.جنوب شرقمتعددلاخادمZH. Zhang et al.2010
مراتبانتقال ماركوفي لبنية البروتين​​Cα & SSEزوجلا شيءخادمك. نيشيكاوا2000
ماموث-متعددمحاذاة الهياكل المتعددة القائمة على برنامج MAMMOTHCαمتعددلاخادمد. لوبيان2005
بروتين ثلاثي الأبعادغير متوفرخريطة Cزوجلا شيءخادمد. شومبورغ1994
فخراحتمالية العلاقات العامة لكيان IDECαزوجلا شيءخادمإس. بونجور2002
سريعأداة المحاذاة والبحث السريع​​​​Cαزوجلا شيءخادمجيه تشو2004
سي-بي أو بيتنظيم البروتينات القائم على الإحداثيات​​​غير متوفرمتعددلا شيءخادمإي. ساندلين2005
ربحملاءمة البروتين باستخدام طريقة المربعات الصغرىCαمتعددلا شيءخادمACR. مارتن1996
توب فيتالمحاذاة كتركيب للأحجام المشتركة عند نقطة طوبوماكسCαزوجلا شيءخادمفي. إيلين2004
موستانجMU ltiple ST ructural A lig N ment Al G orithmCα & C-Mapمتعددلا شيءتحميلAS Konagurthu et al.2006
نظام إدارة الموارد الموحدةمتجه الوحدة U RMSDCαزوجلا شيءخادمك. كيدم2003
قفلتراكب بنية البروتين الهرميةجنوب شرقزوجلاغير متوفرأ.ب. سينغ1997
القفل 2تحسينات على نظام القفلجنوب شرقزوجلاتحميلج. شابيرو2003
اتفاقية المفاوضة الجماعيةمحاذاة قائمة على الاتساق​​جنوب شرقمتعددلا شيءتحميلج. إيبرت2006
TetraDAمحاذاة التحلل رباعي الأوجه​​جنوب شرقمتعددنعمغير متوفرج. روتش2005
حزامبرنامج محاذاة قائم على الهيكل​Cαمتعددلا شيءخادمسي. جيل2006
لوفوألاينأساليب تحسين القيم منخفضة الرتبة لمحاذاة الهياكل​​​Cαزوجلا شيءخادمأندرياني وآخرون2006
غانغستاخوارزمية جينية لمحاذاة بنية البروتين غير المتسلسلة والمتقطعة​​​​خريطة SSE/Cزوجلاخادمب. كولبيك2006
غانغستا+خوارزمية توافقية للمحاذاة الهيكلية غير المتسلسلة والمتقطعةخريطة SSE/Cزوجلاخادمأ. غيرلر وإي دبليو كناب2008
MatAlign [ 9 ]مقارنة بنية البروتين باستخدام محاذاة المصفوفةخريطة Cزوجلا شيءموقعز. أونغ وك. ل. تان2006
فورولينمحاذاة سريعة للهيكل باستخدام نقاط اتصال فورونويخريطة Cمتعددنعمخادمف. بيرزيل وآخرون2006
إكسبريسومحاذاة هيكلية متعددة سريعة باستخدام T-Coffee و SapCαمتعددلا شيءموقعسي. نوتردام وآخرون2007
كالاينمحاذاة ألفاCαمتعددلا شيءموقعتي جيه أولدفيلد2007
ياكوساالإحداثيات الداخلية وخوارزمية من نوع BLASTCαزوجلا شيءموقعم. كاربنتير وآخرون2005
خرائط بلوممحاذاة الأبجدية القائمة على التكوينCαمتعددلا شيءخادموم. تشنغ وس. وانغ2008
كليبابسمحاذاة الأبجدية القائمة على التكوينCαزوجلا شيءخادموم. تشنغ وس. وانغ2008
تالي فمحاذاة زاوية الالتواء​Cαزوجلاغير متوفرإكس. ميوا2006
مولكومغير متوفرالهندسةمتعددلا شيءغير متوفرإس دي أوهيرن2003
ماليكونغير متوفرالهندسةمتعددلا شيءغير متوفرإس. ووداك2004
فليكس بروتمحاذاة مرنة لهياكل البروتينCαزوجنعمخادمم. شاتسكي وهـ. وولفسون2002
MultiProtمحاذاة متعددة لهياكل البروتينالهندسةمتعددلاخادمم. شاتسكي وهـ. وولفسون2004
CTSSمحاذاة بنية البروتين باستخدام السمات الهندسية المحليةالهندسةزوجلا شيءموقعتي. كان2004
منحنىغير متوفرالهندسةمتعددلاموقعد. زهي2006
ماتمحاذاة متعددة مع عمليات النقل والالتواء​​Cαمتعددنعمتنزيل الخادمم. مينكه2008
توب ماتش [ 10 ]محاذاة بنية البروتين وتصوير أوجه التشابه البنيوية؛ محاذاة معقدات البروتينات المتعددةCαزوجلاتنزيل الخادمم. سيبل وم. ويدرستين2012
SSGSالتراكب الموجه بالبنية الثانوية​​​​كاليفورنيازوجلاموقعجي. واينريب وآخرون2006
ماتشبورتمقارنة هياكل البروتين عن طريق محاذاة الجوار المتناميCαزوجلاخادمإس. بهاتاشاريا وآخرون2007
كيميرا جامعة كاليفورنيا في سان فرانسيسكوراجع أداة MatchMaker وأمر "matchmaker".التسلسل و SSEمتعددلاموقعإي. مينغ وآخرون2006
فلاشخوارزمية سريعة لإيجاد التماثل البنيوي للبروتينات​​​​جنوب شرقزوجلاغير متوفرإي إس سي شيه وإم جيه هوانغ2003
سريعمحاذاة سريعة لهياكل البروتين في وجود حركات النطاق​​​​Cαزوجنعمخادمآر. موسكا وتي آر شنايدر2008
كوم سابتستركتالمحاذاة الهيكلية القائمة على الترميز الهندسي التفاضليالهندسةزوجنعمموقعن. موريكاوا2008
بروكسيمقارنة البروتينات ( بنيتها) ، والمعرفة ، والتشابه ، والمعلوماتآخرزوجلاموقعد. بارثيل وآخرون2007
سارستالبحث عن التشابه الهيكلي بمساعدة تحويل راماشاندران التسلسلي​​Cαزوجلا شيءموقعWC. Lo et al.2007
Fr-TM-alignمحاذاة بنية البروتين بناءً على درجة تجزئة TMCαزوجلاموقعإس بي بانديت وجيه سكولنيك2008
مقارنة بين أفضل المنتجاتمقارنة النماذج الطوبولوجية لهياكل البروتين المعززة بمعلومات الربيطةالطوبولوجيازوجنعمخادمم. فيرامالاي ود. جيلبرت2008
أفضل++ فاركاتمحاذاة البنية المرنة عن طريق ربط أزواج الأجزاء المتراصة مما يسمح بالالتواءات المستمدة من نموذج سلسلة TOPS +Cαزوجنعمخادمم. فيرامالاي وآخرون2008
موللوكمحاذاة السطح الموضعي الجزيئيركوب الأمواجزوجلاخادمإم إي بوك وآخرون2007
FASEمحاذاة مرنة لعناصر البنية الثانوية​​​جنوب شرقزوجنعمغير متوفرج. فيسترستروم و دبليو آر تايلور2006
ناب سيفمحاذاة بنية البروتين بناءً على تمثيل هيكلي متجهيCαزوجنعمخادمإف. تيشيرت وآخرون2007
ستونغير متوفرCαزوجلاموقعسي. إسلاهشي وآخرون2009
محاذاةطريقة التهجين بين التسلسل والبنيةالتسلسلمتعددلاموقعإم إس مادهوسودان وآخرون2007
أقصى عدد من الأزواجغير متوفرCαزوجلاموقعأ. بوليكسيك2009
ثيسيوسالتراكب ذو الاحتمالية القصوىCαمتعددلاموقعدي إل ثيوبالد ودي إس ووتكه2006
بحث TABLEAUالبحث والاسترجاع الهيكلي باستخدام تمثيل جدولي لأنماط طي البروتينجنوب شرقزوجلاخادمAS Konagurthu et al.2008
بحث QP Tableau [ 11 ]البحث عن البنية الفرعية للبروتين باستخدام البرمجة التربيعية في برنامج Tableauجنوب شرقزوجلاتحميلأ. ستيفالا وآخرون2009
بروسموسبحث عن أنماط بنية البروتين​​​جنوب شرقزوجلاتنزيل الخادمإس. شي وآخرون2007
ميسترالمحاذاة متعددة الهياكل للبروتينات بناءً على الطاقةCαمتعددلاخادمسي. ميشيلتي وإتش. أورلاند2009
MSVNS لـ MaxCMOطريقة استدلالية بسيطة وسريعة لمقارنة بنية البروتينخريطة Cزوجلاموقعد. بيلتا وآخرون2008
الهيكليتقليل الانحراف المعياري للجذر التربيعي المتوسط ​​باستخدام البرمجة الديناميكيةCαزوجلاتنزيل الخادمجيرستين وليفيت2005
ProBiS [ 12 ]الكشف عن مواقع ارتباط البروتينات المتشابهة هيكليًا عن طريق المحاذاة الهيكلية المحليةركوب الأمواجزوجنعمتنزيل الخادمج. كونك ود. جانيزيتش2010
علاء الدينمحاذاة الذكاء الاصطناعي القائمة على الديناميكيات : تراكب البروتينات عن طريق مطابقة حركاتها الجماعيةCαزوجلاخادمبوتستيو وآخرون2010
SWAPSCإجراء تحليل النافذة المنزلقة للكشف عن القيود الانتقائية لتحليل البيانات الجينية المنظمة لعائلة أو شجرة تطورية باستخدام القيود في محاذاة تسلسل ترميز البروتين .التسلسلمتعددنعمالخادمماريو أ. فارس2004
بحث تابلو SA [ 13 ]بحث سريع ودقيق عن البنية الفرعية للبروتين باستخدام التلدين المحاكي ووحدات معالجة الرسوماتجنوب شرقزوجلاتحميلأ. ستيفالا وآخرون2010
أداة مقارنة البروتينات RCSB PDBيوفر CE و FATCAT وتنوع CE للتباديل الدائرية ومحاذاة التسلسلاتCαزوجنعمتنزيل الخادمأ. برليك وآخرون2010
المسؤولية الاجتماعية للشركاتالنمط ثلاثي الأبعاد المشترك الأقصى؛ غير بارامتري؛ يُخرج تطابقًا ثنائيًا؛ يعمل أيضًا على الجزيئات الصغيرةSSE أو Cαزوجلاتنزيل الخادمالسيد بيتيجان1998
تطابق الإبيتوبمطابقة البنية غير المتصلة؛ مراعاة التوافق المستحث؛ تعريف مرن للخصوصية الهندسية والفيزيائية الكيميائية؛ زرع ترتيبات مكانية مماثلة لبقايا الأحماض الأمينيةCα-AllAمتعددنعمتحميلس. جاكوشيف2011
انقرمقارنة الهياكل ثلاثية الأبعاد المستقلة عن الطوبولوجياSSE & Cα & SASAزوجنعمخادمم. نغوين2011
سمينمحاذاة البروتينات الهيكلية بناءً على الزخارف المكانيةSSE & C-Mapمتعددنعمتحميلإتش. صن2010
انفجار ثلاثي الأبعادمقارنة كثافة الشكل ثلاثي الأبعادكثافةزوجلاخادمل. مافريديس وآخرون2011
ديدالDE scriptor D حدد AL ignmentSSE و Cα و C-Mapزوجنعمخادمب. دانيلوك وب. ليسينغ2011
msTALIمحاذاة متعددة الهياكل​​​Cα و Dihed و SSE و Surfمتعددنعمخادمب. شيلي و هـ. فالافار2012
mulPBAمحاذاة تسلسل PB المتعددةبي بيمتعددنعمغير متوفرأ.ب. جوزيف وآخرون2012
SAS-Proالمحاذاة المتزامنة والتراكب لبروتينات PRO​​​???زوجنعمخادمشاه وساهينيديس2012
محاذاة السرابطريقة المحاذاة الهيكلية القائمة على مؤشر التطابقSSE & PPEزوجلاموقع إلكترونيك. هونغ وآخرون2012
SPalignمحاذاة هيكلية ثنائية الاتجاه​​Cαزوجلاتنزيل الخادميانغ وآخرون2012
كباكس [ 14 ]عمليات محاذاة سريعة ثنائية أو متعددة باستخدام التداخل الغاوسيآخرزوجنعمموقع إلكترونيدي دبليو ريتشي2016
DeepAlign [ 15 ]محاذاة بنية البروتين بما يتجاوز التقارب المكاني (يتم أخذ المعلومات التطورية والروابط الهيدروجينية في الاعتبار)Cα + Seqزوجلاخادم التنزيلإس. وانغ وجيه. شو2013
3DCOMB [ 16 ]امتداد لـ DeepAlignCαمتعددلاخادم التنزيلإس. وانغ وجيه. شو2012
TS-AMIR [ 17 ]طريقة محاذاة سلسلة الطوبولوجيا لمقارنة سريعة ومكثفة لبنية البروتينSSE & Cαزوجلاغير متوفرج. رازمارا وآخرون2012
ميكان [ 18 ]يستطيع برنامج MICAN التعامل مع السلاسل المتعددة، والمحاذاة العكسية ، ونماذج Cα فقط، والمحاذاة البديلة ، والمحاذاة غير المتسلسلة.Cαزوجلاتحميلإس. مينامي وآخرون2013
SPalignNS [ 19 ]محاذاة هيكلية ثنائية غير متسلسلة​​​​​Cαزوجلاتنزيل الخادمب. براون وآخرون2015
Fit3D [ 20 ]فحص دقيق للغاية للوحدات البنائية الصغيرة يتميز بتحديد التبادلات الخاصة بالموقع، والكشف عن الظواهر داخل الجزيئات وفيما بينها، وتحديد الذرات العشوائية المستخدمة لمحاذاة الوحدات البنائيةAllA، Cαمتعددلاتنزيل الخادمف. كايزر وآخرون2015
MMLigner [ 21 ]الاستدلال الإحصائي البايزي للمحاذاة بناءً على نظرية المعلومات والضغط.Cαزوجنعمتنزيل الخادمج. كولير وآخرون2017
RCSB PDB strucmotif-search [ 22 ]بحث عن أنماط هيكلية صغيرة يستغرق ثوانٍ لتشغيله على 180 ألف بنية أو أكثر، مع دعم الأحماض النووية والتجميع الحيويAllAمتعددلاتنزيل الخادم/الوثائقإس. بيتريش وآخرون2020

خريطة رئيسية:

  • فصل :
  • Cα -- محاذاة ذرة العمود الفقري (Cα)؛
  • AllA -- محاذاة جميع الذرات؛
  • SSE -- محاذاة عناصر البنية الثانوية؛
  • Seq -- محاذاة قائمة على التسلسل
  • الزوج -- محاذاة ثنائية (بنيتان *فقط*)؛
  • متعدد -- محاذاة الهياكل المتعددة (MStA)؛
  • خريطة الاتصال - خريطة الاتصال
  • محاذاة السطح الجزيئي - كونولي
  • مساحة السطح المتاحة للمذيب ( SASA )
  • الزوايا ثنائية السطوح - زوايا العمود الفقري ثنائية السطوح
  • PB -- كتل البروتين
  • مرن :
  • لا - يتم النظر فقط في تحويلات الجسم الصلب بين الهياكل التي تتم مقارنتها.
  • نعم -- تسمح هذه الطريقة ببعض المرونة داخل الهياكل التي تتم مقارنتها، مثل الحركات حول مناطق المفصلات.

مراجع

  1. ↑ إدغار، روبرت سي (2024-11-01). إيلوفسون، آرني (محرر). "تحسين حساسية محاذاة بنية البروتين بواسطة Reseek للنظائر البعيدة" . المعلوماتية الحيوية . 40 (11) btae687. doi : 10.1093/bioinformatics/btae687 . ISSN 1367-4811 . PMC 11601161. PMID 39546374 .   
  2. ↑ إدغار، روبرت سي؛ تولستوي، إيغور (2024-10-28). "Muscle-3D: محاذاة قابلة للتطوير لبنية البروتين المتعددة". bioRxiv 10.1101/2024.10.26.620413 . 
  3. ↑ بوهدان، د. ر.؛ بوجنيكي، ج. م.؛ باولين، إ. ف. (2024). "أرتيميس : طريقة للتراكب غير المعتمد على الطوبولوجيا لهياكل الحمض النووي الريبي ثلاثية الأبعاد ومحاذاة التسلسل القائمة على البنية" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 52 (18): 10850-10861 . doi : 10.1093/nar/gkae758 . PMC 11472068. PMID 39258540 .  {{cite journal}}: صيانة CS1: أسماء متعددة: قائمة المؤلفين ( رابط )
  4. 1 2 سورديل د.؛ سيليسز ج.؛ بوهدان د.ر.؛ باولين إ.ف.؛ بوجنيكي ج.م. (2026). "خادم ARTEM: أداة عبر الإنترنت للبحث عن الأنماط ثلاثية الأبعاد للأحماض النووية، وتراكب البنية ثلاثية الأبعاد، والمحاذاة القائمة على البنية" . أبحاث الأحماض النووية . doi : 10.1093/nar/gkag428 .{{cite journal}}: صيانة CS1: أسماء متعددة: قائمة المؤلفين ( رابط )
  5. ↑ بوهدان، د. ر.؛ فورونينا، ف. ف.؛ بوجنيكي، ج. م.؛ باولين، إ. ف. (2023). " دراسة شاملة للتفاعلات الثلاثية بعيدة المدى والأنماط في بنى الحمض النووي الريبي غير المشفر" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 51 (16): 8367-8382 . doi : 10.1093/nar/gkad605 . PMC 10484739. PMID 37471030 .  {{cite journal}}: صيانة CS1: أسماء متعددة: قائمة المؤلفين ( رابط )
  6. ^ باولين إي إف. بوهدان د. كوالسكي د. سيرواتكا م. Świerczyńska J.؛ شيرا ز. بوجنيكي جي إم (2025). "ARTEM: طريقة لتحديد عزر الحمض النووي الريبي (RNA) الثلاثي مع التباديل الأساسية" . بيولوجيا الجينوم . 26 (1): 226. دوى : 10.1186/s13059-025-03696-2 . بمك 12306022 . بميد 40721818 .  {{cite journal}}: صيانة CS1: أسماء متعددة: قائمة المؤلفين ( رابط )
  7. ↑ فان كيمبن م.؛ كيم س.؛ توميشيت س.؛ ميرديتا م.؛ لي ج.؛ جيلكريست س.؛ سودينغ ج.؛ شتاينيغر م. (2023). "بحث سريع ودقيق عن بنية البروتين باستخدام Foldseek" (ملف PDF) . مجلة Nature Biotechnology . 42 (2): 243-246 . doi : 10.1038/s41587-023-01773-0 . PMID 37156916 . {{cite journal}}: صيانة CS1: أسماء متعددة: قائمة المؤلفين ( رابط )
  8. ↑ زيملا أ (2003). "LGA: طريقة لإيجاد أوجه التشابه ثلاثية الأبعاد في بنى البروتينات" . أبحاث الأحماض النووية . 31 (13): 3370-3374 . doi : 10.1093/nar/gkg571 . PMC 168977. PMID 12824330 .  
  9. ↑ أونغ، زيار؛ كيان-لي تان (ديسمبر 2006). "MatAlign: مقارنة دقيقة لبنية البروتين عن طريق محاذاة المصفوفة" . مجلة المعلوماتية الحيوية وعلم الأحياء الحاسوبي . 4 (6): 1197-216 . doi : 10.1142/s0219720006002417 . PMID 17245810 . 
  10. ↑ سيبل، م.؛ ويدرستين، م. (2012). " الكشف عن الارتباطات المكانية في بنى البروتينات والمعقدات الجزيئية" . ستراكشر . 20 (4): 718-728 . doi : 10.1016/j.str.2012.01.024 . PMC 3320710. PMID 22483118 .  
  11. ↑ ستيفالا، أليكس؛ ويرث، أنتوني؛ ستوكي، بيتر جيه (2009). "البحث عن البنية الفرعية للبروتين باستخدام البرمجة التربيعية في برنامج Tableau" . مجلة BMC Bioinformatics . 10 (1): 153. doi : 10.1186/1471-2105-10-153 . ISSN 1471-2105 . PMC 2705363. PMID 19450287 .   
  12. ↑ جانيز كونك؛ دوشانكا جانيزيتش (2010). "خوارزمية ProBiS للكشف عن مواقع ارتباط البروتينات المتشابهة بنيويًا عن طريق المحاذاة البنيوية المحلية" . المعلوماتية الحيوية . 26 (9): 1160-1168 . doi : 10.1093/bioinformatics/btq100 . PMC 2859123. PMID 20305268 .  
  13. ↑ ستيفالا، أليكس د؛ ستوكي، بيتر ج؛ ويرث، أنتوني آي (2010). "بحث سريع ودقيق عن البنية الفرعية للبروتين باستخدام التلدين المحاكي ووحدات معالجة الرسومات" . مجلة BMC Bioinformatics . 11 (1): 446. doi : 10.1186/1471-2105-11-446 . ISSN 1471-2105 . PMC 2944279. PMID 20813068 .   
  14. ↑ ريتشي، ديفيد و. (سبتمبر 2016). "حساب وتقييم محاذاة هياكل البروتينات المرنة المتعددة عالية الجودة" . المعلوماتية الحيوية . 32 (17): 2650-2658 . doi : 10.1093/bioinformatics/btw300 . PMID 27187202 . 
  15. ↑ وانغ، شنغ؛ جيانزو ما؛ جيان بنغ؛ جينبو شو (مارس 2013). "محاذاة بنية البروتين بما يتجاوز التقارب المكاني" . التقارير العلمية . 3 1448. Bibcode : 2013NatSR...3.1448W . doi : 10.1038/srep01448 . PMC 3596798. PMID 23486213 .  
  16. ↑ وانغ، شنغ؛ جيان بنغ؛ جينبو شو (سبتمبر 2011). "محاذاة هياكل البروتينات المتباعدة: الخوارزمية، والحدود، والآثار المترتبة على نمذجة التماثل" . المعلوماتية الحيوية . 27 (18): 2537-45 . doi : 10.1093/bioinformatics/btr432 . PMC 3167051. PMID 21791532 .  
  17. ↑ رازمارا، جعفر؛ صفائي دريس؛ سيبيده بارفيزبور (فبراير 2012). "TS-AMIR: طريقة محاذاة سلاسل الطوبولوجيا لمقارنة سريعة ومكثفة لبنية البروتين" . خوارزميات البيولوجيا الجزيئية . 7 (4): 4. doi : 10.1186/1748-7188-7-4 . PMC 3298807. PMID 22336468 .  
  18. ↑ مينامي، س.؛ ساوادا، ك.؛ تشيكينجي، ج. (يناير 2013). "MICAN: خوارزمية لمحاذاة بنية البروتين قادرة على التعامل مع السلاسل المتعددة، والمحاذاة العكسية، ونماذج Cα فقط، والمحاذاة البديلة، والمحاذاة غير المتسلسلة" . BMC Bioinformatics . 14 (24): 24. doi : 10.1186/1471-2105-14-24 . PMC 3637537. PMID 23331634 .  
  19. ↑ براون، ب.؛ بولان، و.؛ يانغ، ي.؛ تشو، ي. (أكتوبر 2015). "محاذاة سريعة ودقيقة لبنية البروتين غير المتسلسلة باستخدام طريقة استدلالية جديدة لتعيين المجموع الخطي غير المتماثل" . المعلوماتية الحيوية . 32 (3): 370-377 . doi : 10.1093/bioinformatics/btv580 . hdl : 10072/101971 . PMID 26454279 . 
  20. ↑ كايزر، ف.؛ إيسولد، أ.؛ بيتريش، س.؛ لابود، د. (أكتوبر 2015). "Fit3D: تطبيق ويب لفحص أنماط البقايا المكانية بدقة عالية في بيانات بنية البروتين" . المعلوماتية الحيوية . 32 (5): 792-794 . doi : 10.1093/bioinformatics/btv637 . PMID 26519504 . 
  21. ↑ كولير، ج.؛ أليسون، ل.؛ ليسك، أ.؛ ستوكي، ب.؛ غارسيا دي لا باندا، م .؛ كوناغورثو، أ. (أبريل 2017). "الاستدلال الإحصائي لمحاذاة البنية البروتينية باستخدام المعلومات والضغط" . المعلوماتية الحيوية . 33 (7): 1005-1013 . doi : 10.1093/bioinformatics/btw757 . PMID 28065899 . 
  22. ↑ Bittrich S, Burley SK, Rose AS (2020). "البحث عن الأنماط البنيوية في البروتينات في الوقت الحقيقي باستخدام استراتيجية الفهرسة المعكوسة" . PLOS Comput Biol . 16 (12) e1008502. Bibcode : 2020PLSCB..16E8502B . doi : 10.1371/journal.pcbi.1008502 . PMC 7746303. PMID 33284792 .  {{cite journal}}: صيانة CS1: أسماء متعددة: قائمة المؤلفين ( رابط )