فاريوم

التباين الجيني هو مجموعة كاملة من الاختلافات الجينية الموجودة في تجمعات الأنواع التي مرت بتغير تطوري قصير نسبيًا . على سبيل المثال، يختلف حوالي واحد من كل 1200 قاعدة نيوكليوتيدية لدى البشر . ويُقدّر حجم التباين الجيني البشري، من حيث حجم التجمع الفعال، بحوالي 10000 فرد. يُعدّ معدل هذا التباين صغيرًا نسبيًا مقارنةً بالأنواع الأخرى. فعلى سبيل المثال، حجم التجمع الفعال للنمور، الذي قد يقلّ حجمه الإجمالي عن 10000 في البرية، ليس أصغر بكثير من حجم التجمع البشري، مما يشير إلى مستوى أعلى بكثير من التنوع الجيني، على الرغم من اقترابها من الانقراض في البرية. عمليًا، يمكن أن يكون التباين الجيني مجموع تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة (SNPs)، والحذف والإدخال (indels)، والتغيرات البنيوية (SV) لتجمع أو نوع ما. ويسعى مشروع التباين الجيني البشري إلى جمع بيانات هذا التباين الجيني على مستوى العالم. علم التباين الجيني هو دراسة التباين الجيني، وهو فرع من فروع المعلوماتية الحيوية .

التنوعات العرقية

يمكن تقسيم التباين الجيني البشري إلى تباينات جينية أصغر خاصة بكل عرق. ولكل تباين جيني فائدة في تصفية المتغيرات الجينية الشائعة الخاصة بكل عرق في تحليلات المتغيرات الطبيعية المرتبطة بالسرطان، مما يُسهم في الكشف الفعال عن الطفرات الجسدية التي قد تكون ذات صلة ببعض الأدوية المضادة للسرطان. يُعد مشروع KoVariome أحد هذه التباينات الجينية الخاصة بكل عرق، حيث يستخدم مصطلح "التباين الجيني" للدلالة على هويته وارتباطه بمفهوم التباين الجيني البشري الأوسع. وقد ارتبط مؤسسو KoVariome بمشروع التباين الجيني البشري (HVP) منذ بداياته، حيث بادر البروفيسور ريتشارد كوتون بجهود حثيثة لجمع موارد التباين الجيني البشري.

تم إنشاء العديد من قواعد البيانات المُنسقة لتوثيق تأثير الاختلافات التسلسلية ذات الأهمية السريرية، مثل dbSNP [ 1 ] أو ClinVar [ 2 ] . وبالمثل، طوّر مجتمع المعلوماتية الحيوية العديد من الخدمات للبحث في الأدبيات العلمية عن المتغيرات [ 3 ] .

أصل الكلمة

كلمة "variome" مركبة من كلمتين: "المتغير الجيني" (وهو نسخة من جين تختلف عن نسخ أخرى من نفس الجين، وقد يكون لها تأثير على صحة الإنسان أو لا)، و"-ome" (وهي المجموعة الكاملة من المواد الخاصة بنوع أو فرد). وقد صاغ البروفيسور ريتشارد "ديك" كوتون مصطلح "علم التباين الجيني" (الذي ظهر في الأدبيات العلمية قبل "variome") لأول مرة عام 2002 لوصف "الدراسة المنهجية لتأثير التباين الجيني على صحة الإنسان". ومنذ ذلك الحين، أصبح مصطلح "variome" يُستخدم في الغالب للإشارة إلى " مشروع التباين الجيني البشري " (المؤرشف في 15 يونيو 2015 على موقع Wayback Machine )، الذي تأسس بعد أربع سنوات من صياغة مصطلح "علم التباين الجيني".

المشاريع

توجد عدة مشاريع دولية لدراسة التباين الجيني البشري، منها مشروع هاب ماب الدولي ومشروع التباين الجيني البشري (HVP). [ 4 ] يهدف مشروع هاب ماب إلى تحديد وتصنيف أوجه التشابه والاختلاف الجيني بين البشر. ويهدف مشروع التباين الجيني البشري إلى جمع بيانات عن جميع التباينات الجينية البشرية. وقد أنتج مشروع الجينوم الكوري، الذي يهدف إلى جمع جميع التباينات الجينية للعرق الكوري في شرق آسيا، قاعدة بيانات KoVariome التي تحتوي حاليًا على معلومات عن تباينات جينومية كاملة لأكثر من 1000 شخص كوري. [ 5 ] ويخطط مشروع الجينوم التركي لتحليل جينومات 100,000 شخص في تركيا . [ 6 ]

انظر أيضاً

ملحوظات

  1. سيروتكين، شيري (2001). "dbSNP: قاعدة بيانات NCBI للتنوع الجيني" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 1 (29): 308-311 . doi : 10.1093 / nar/29.1.308 . PMC 29783. PMID 11125122 .  
  2. كاتمان، لاندرو (2019). "ClinVar: تحسينات في الوصول إلى البيانات" . أبحاث الأحماض النووية . 48 (1): D835– D844 . doi : 10.1093/nar/gkz972 . PMC 6943040. PMID 31777943 .  
  3. روش، باش (2022). " Variomes: محرك بحث عالي الاسترجاع لدعم تنظيم المتغيرات الجينومية" . المعلوماتية الحيوية . 38 (9): 2595-2601 . doi : 10.1093/bioinformatics/btac146 . PMC 9048643. PMID 35274687 .  
  4. فيزيني، كاسيميرو (19 مارس 2015). "مشروع التباين الجيني البشري: التنسيق العالمي في تبادل البيانات" . العلوم والدبلوماسية . 4 (1).
  5. جيون، سونغوون؛ بهاك، يونغجون؛ تشوي، يونسونغ؛ جيون، يونسو؛ كيم، سيونغهون؛ جانغ، جايونغ؛ جانغ، جينهو؛ بلازيت، أستا؛ كيم، تشانغجاي؛ كيم، يونكيونغ؛ شيم، جونغاي (2020-05-01). "مشروع الجينوم الكوري: 1094 جينومًا شخصيًا كوريًا مع معلومات سريرية" . مجلة ساينس أدفانسز . 6 (22) eaaz7835. Bibcode : 2020SciA....6.7835J . doi : 10.1126/sciadv.aaz7835 . ISSN 2375-2548 . PMC 7385432. PMID 32766443 .   
  6. «مناقشة مشروع الجينوم التركي في جامعة جبزة التقنية» . جامعة جبزة التقنية . بدون تاريخ . تم الاطلاع عليه في 1 فبراير 2024 .

مراجع