BOSS (الميكانيكا الجزيئية)

📅 آخر تحديث: ٣ أغسطس ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٣ أغسطس ٢٠٢٦
الموسوعة الحرة

نظام المحاكاة البيوكيميائية والعضوية ( BOSS ) هو برنامج نمذجة جزيئية متعدد الأغراض، يُجري حسابات الميكانيكا الجزيئية ، ومحاكاة الميكانيكا الإحصائية باستخدام طريقة متروبوليس مونت كارلو ، وحسابات ميكانيكا الكم شبه التجريبية باستخدام نماذج أوستن 1 (AM1) و PM3 وPDDG/PM3 . [ 1 ] تشمل حسابات الميكانيكا الجزيئية تقليل الطاقة، وتحليل الأنماط الطبيعية، والبحث عن التشكيلات باستخدام مجالات القوى المُحسَّنة لمحاكاة السوائل ( OPLS ). طُوِّر برنامج BOSS على يد البروفيسور ويليام ل. يورغنسن في جامعة ييل ، ويتم توزيعه تجاريًا بواسطة شركتي Cemcomco, LLC و Schrödinger , Inc.

الميزات الرئيسية

  • مخترع مجال قوة OPLS
  • تحسين الهندسة
  • الكيمياء الكمية شبه التجريبية
  • محاكاة مونت كارلو للسوائل النقية، والمحاليل، والتجمعات، أو أنظمة الطور الغازي
  • يتم حساب الطاقات الحرة من نظرية الاضطراب الإحصائي ( نظرية اضطراب الطاقة الحرة (FEP))
  • نماذج المياه TIP3P و TIP4P و TIP5P

انظر أيضاً

مراجع

  1. ↑ يورغنسن، دبليو إل؛ تيرادو-ريفز، جيه. (2005). "النمذجة الجزيئية للأنظمة العضوية والبيولوجية باستخدام BOSS وMCPRO". مجلة الكيمياء الحاسوبية . 26 (16): 1689-1700 . doi : 10.1002/jcc.20297 . PMID 16200637 .