قائمة برامج نمذجة الجزيئات باستخدام طريقة مونت كارلو
هذه قائمة ببرامج الكمبيوتر التي تستخدم طرق مونت كارلو للنمذجة الجزيئية .
- أذن البحر الكلاسيكية الهجينة MC
- بوس كلاسيكال
- كاساندرا الكلاسيكية [ 2 ]
- ميكانيكا الإحداثيات الداخلية ICM بواسطة MolSoft الكلاسيكية [ 5 ]
- نموذج ماكرو كلاسيكي
- استوديو المواد الكلاسيكية
- PyQMC الكمي [ 10 ]
- RASPA الكلاسيكية [ 11 ]
- QMeCha الكمي [ 16 ]
- QWalk الكمي [ 17 ]
- كلاسيكي إسبرطي
- تينكر كلاسيكال
- TransRot classic [ 18 ]
- توهي كلاسيكال [ 19 ]
- TurboRVB الكمي [ 20 ]
انظر أيضاً
مراجع
- ↑ نيدز، آر جيه؛ تاولر، إم دي؛ دروموند، إن دي؛ ريوس، بي. لوبيز (20 يناير 2010). "حسابات مونت كارلو الكمومية المتغيرة والمنتشرة في الوسط المتصل". مجلة الفيزياء: المادة المكثفة . 22 (2) 023201. arXiv : 1002.2127 . doi : 10.1088/0953-8984/22/2/023201 . PMID 21386247 .
- ↑ شاه، جيندال ك.؛ مارين-ريمولدي، إليسيو؛ مولين، رايان غوتشي؛ كين، برايان ب.؛ خان، سانديب؛ بالوش، أندرو س.؛ راي، نيراج؛ رومانييلو، لوسيان ل.؛ روش، توماس و.؛ يو، برايان؛ ماغين، إدوارد ج. (15 يوليو 2017). "كاساندرا: حزمة مونت كارلو مفتوحة المصدر لمحاكاة الجزيئات" . مجلة الكيمياء الحاسوبية . 38 (19): 1727-1739 . Bibcode : 2017JCoCh..38.1727S . doi : 10.1002/jcc.24807 . PMID 28436594 .
- ↑ هاتش، هارولد؛ ماهينسكي، ناثان؛ شين، فنسنت (1 مارس 2018). "FEASST: مجموعة أدوات محاكاة الطاقة الحرة وأخذ العينات المتقدمة" . مجلة البحوث التابعة للمعهد الوطني للمعايير والتكنولوجيا . 123 123004: 1-3 . doi : 10.6028/jres.123.004 . PMC 7339717. PMID 34877133 .
- ↑ نجاهي، يونس؛ سروش برهاغي، محمد؛ ميك، جيسون؛ جاكمان، بروك؛ رشيدات، كامل؛ لي، يوانزهي؛ شويبرت، لورين؛ بوتوف، جيفري (28 نوفمبر 2018). "GOMC: مونت كارلو مُحسَّن لوحدة معالجة الرسومات لمحاكاة توازن الأطوار والخصائص الفيزيائية للسوائل المعقدة" . SoftwareX . 9 : 20-27 . doi : 10.1016/j.softx.2018.11.005 .
- ↑ أباغيان، روبن؛ توتروف، مكسيم (28 يناير 2004). "عمليات بحث توافقية باستخدام طريقة مونت كارلو الاحتمالية المتحيزة وحسابات كهروستاتيكية للببتيدات والبروتينات" . مجلة البيولوجيا الجزيئية 21، 235(3)(3): 983-1002 . doi : 10.1006/jmbi.1994.1052 . PMID 8289329 .
- ^ زجاج ، كولن دبليو. رايزر، ستيفن؛ روتكاي، غابور؛ دوبلين، ستيفان؛ كوستر، أندرياس. جيفارا كاريون، غابرييلا؛ وفائي، عامر؛ هورش، مارتن؛ برنرويثر، مارتن. ويندمان، ثورستن؛ هاس ، هانز (ديسمبر 2014). "ms2: أداة محاكاة جزيئية للخصائص الديناميكية الحرارية، إصدار جديد". فيزياء الكمبيوتر والاتصالات . 185 (12): 3302– 3306. أرخايف : 1507.07548 . بيب كود : 2014CoPhC.185.3302G . دوى : 10.1016/j.cpc.2014.07.012 . ISSN 0010-4655 . S2CID 31816838 .
- ↑ ديوبلين، ستيفان؛ إيكل، برنارد؛ ستول، يورغن؛ ليشوك، سيرجي ف.؛ غيفارا-كاريون، غابرييلا؛ غلاس، كولين و.؛ ميركر، ثورستن؛ بيرنرويتر، مارتن؛ هاس، هانز؛ فرابيك، جادران (نوفمبر 2011). "ms2: أداة محاكاة جزيئية للخواص الديناميكية الحرارية" . مجلة اتصالات الفيزياء الحاسوبية . 182 (11): 2350-2367 . رمز Bibcode : 2011CoPhC.182.2350D . doi : 10.1016/j.cpc.2011.04.026 . ISSN 0010-4655 .
- ↑ فينجرهوت، روبن؛ جيفارا-كاريون، غابرييلا؛ نيتزكي، إيزابيل؛ ساريتش، دينيس؛ ماركس، جوشوا؛ لانغينباخ، كاي؛ بروكوبيف، سيرجي؛ سيلني، ديفيد؛ بيرنرويتر، مارتن؛ ستيفان، سيمون؛ كونز، ماكسيميليان (مايو 2021). "ms2: أداة محاكاة جزيئية للخواص الديناميكية الحرارية، الإصدار 4.0" . مجلة اتصالات الفيزياء الحاسوبية . 262 107860. رمز Bibcode : 2021CoPhC.26207860F . doi : 10.1016/j.cpc.2021.107860 . ISSN 0010-4655 . S2CID 232283889 .
- ↑ روتكاي، غابور؛ كوستر، أندرياس؛ غيفارا-كاريون، غابرييلا؛ جانزن، تاتيانا؛ شابالز، مايكل؛ غلاس، كولين دبليو؛ بيرنروثر، مارتن؛ وفائي، عامر؛ ستيفان، سيمون؛ كونز، ماكسيميليان؛ رايزر، ستيفن (ديسمبر 2017). "ms2: أداة محاكاة جزيئية للخواص الديناميكية الحرارية، الإصدار 3.0" . مجلة اتصالات الفيزياء الحاسوبية . 221 : 343-351 . Bibcode : 2017CoPhC.221..343R . doi : 10.1016/j.cpc.2017.07.025 . ISSN 0010-4655 .
- ↑ ويلر، ويليام أ.؛ باثاك، شيفيش؛ كلاينر، كيفن ج.؛ يوان، شونيو؛ رودريغز، جواو ن.ب.؛ لورسونغ، كوبر؛ كرونغتشون، كيتيثات؛ تشانغ، يويتشينغ؛ تشو، ييتشينغ؛ بوسماير، برايان؛ ويليامز، كيل ت.؛ مونيوز، ألكسندر؛ تشاو، تشون يو؛ فاغنر، لوكاس ك. (21 مارس 2023). "PyQMC : وحدة مونت كارلو الكمومية في الفضاء الحقيقي مكتوبة بالكامل بلغة بايثون ضمن PySCF". مجلة الفيزياء الكيميائية . 158 (11) 114801. arXiv : 2212.01482 . Bibcode : 2023JChPh.158k4801W . doi : 10.1063/5.0139024 . PMID 36948839 .
- ↑ دوبيلدام، ديفيد؛ كاليرو، صوفيا ؛ إليس، دونالد إي؛ سنور، راندال كيو. (26 فبراير 2015). " RASPA: برنامج محاكاة جزيئية للامتزاز والانتشار في المواد النانوية المسامية المرنة" . المحاكاة الجزيئية . 42 (2): 81-101 . doi : 10.1080/08927022.2015.1010082 . ISSN 0892-7022 . S2CID 53077055. Wikidata Q60395799 .
- ↑ سكيماما، أنتوني؛ كافاريل، ميشيل؛ أوسيريت، إيمانويل؛ جالبي، ويليام (2013). "QMC=Chem: برنامج مونت كارلو الكمي لمحاكاة واسعة النطاق في الكيمياء على مستوى البيتا سكيل وما بعده" . الحوسبة عالية الأداء للعلوم الحاسوبية - VECPAR 2012. سلسلة محاضرات في علوم الحاسوب. المجلد 7851. الصفحات 118-127 . doi : 10.1007/978-3-642-38718-0_14 . ISBN 978-3-642-38717-3.
- ↑ سيماما، أنتوني؛ كافاريل، ميشيل؛ أوسيريت، إيمانويل؛ جالبي، ويليام (30 أبريل 2013). "محاكاة مونت كارلو الكمومية للأنظمة الكيميائية الكبيرة: تطبيق استراتيجيات فعالة لمنصات بيتا سكيل وما بعدها". مجلة الكيمياء الحاسوبية . 34 (11): 938-951 . arXiv : 1209.6630 . Bibcode : 2013JCoCh..34..938S . doi : 10.1002/jcc.23216 . PMID : 23288704 .
- ↑ كيم، ج.؛ وآخرون . (QMCPACK) (27 مارس 2018). "QMCPACK: حزمة برمجية مفتوحة المصدر لحسابات مونت كارلو الكمومية الأولية للبنية الإلكترونية للذرات والجزيئات والمواد الصلبة". مجلة الفيزياء: المادة المكثفة . 30 (19): 195901. arXiv : 1802.06922 . Bibcode : 2018JPCM...30s5901K . doi : 10.1088 / 1361-648X/aab9c3 . PMID 29582782. S2CID 4913347 .
- ^ كينت، جمهورية الصين الشعبية؛ أنابردييف، عبد الغني؛ بنعلي، أنور؛ بينيت، م. تشاندلر؛ لاندنيز بوردا، إدغار خوسيه؛ دوك، بيتر؛ هاو، هونغشيا؛ الأردن، كينيث د.؛ كروغل، جارون T.؛ كيلانبا، إيلكا؛ لي، جونهو؛ لو، يي؛ مالون، فيون د.؛ ميلتون، كودي أ. ميتاس، لوبوس؛ موراليس، ميغيل أ. نيوسكامان، اريك. ريبوريدو، فرناندو أ؛ روبنشتاين، بريندا. ساريتاس، كاياهان؛ أوبدهياي، شيف؛ وانغ، قوانغمينغ. تشانغ، شواي. تشاو لونينج (7 مايو 2020). “QMCPACK: التقدم في تطوير وكفاءة وتطبيق المجال المساعد والتنوع في الفضاء الحقيقي وانتشار الكم مونت كارلو”. مجلة الفيزياء الكيميائية . 152 (17) 174105. arXiv : 2003.01831 . Bibcode : 2020JChPh.152q4105K . doi : 10.1063/5.0004860 . PMID 32384844 .
- ↑ باربوريني، ماتيو؛ تشاري، خورخي؛ ديت، ماتي؛ ليفنتيس، أندرونيكوس؛ كافاناس، جورجيوس؛ تكاتشينكو، ألكسندر (30 يناير 2026). "QMeCha: حزمة مونت كارلو الكمومية للفيرميونات في بيئات التضمين". مجلة الفيزياء الكيميائية . 164 (6) 062501. arXiv : 2511.03439 . doi : 10.1063/5.0311994 . PMID 41677286 .
- ↑ فاغنر، لوكاس ك.؛ باجديتش، ميخال؛ ميتاس، لوبوس (مايو 2009). "QWalk: برنامج مونت كارلو الكمومي للبنية الإلكترونية". مجلة الفيزياء الحاسوبية . 228 (9): 3390-3404 . Bibcode : 2009JCoPh.228.3390W . doi : 10.1016/j.jcp.2009.01.017 .
- ↑ توبير، روبرت كيو؛ توبير، ستيفن إل؛ لي، سانغجون (2022-11-21)، باريش، كارول أ؛ هوبكنز، تود أ (محررون)، "TransRot: حزمة برمجية محمولة لتحسين هندسة التجمعات الذرية والجزيئية باستخدام محاكاة التلدين مونت كارلو" ، سلسلة ندوات الجمعية الكيميائية الأمريكية ، المجلد 1428، واشنطن العاصمة: الجمعية الكيميائية الأمريكية، الصفحات 19-38 ، doi : 10.1021/bk-2022-1428.ch002 ، ISBN 978-0-8412-9743-2
{{citation}}: CS1 maint: work parameter with ISBN ( link ) - ↑ مارتن، ماركوس ج.؛ وآخرون (توهي) (16 سبتمبر 2013). "MCCCS توهي: أداة لمحاكاة مونت كارلو الجزيئية". المحاكاة الجزيئية . 39 ( 14-15 ): 1212-1222 . Bibcode : 2013MoSim..39.1212M . doi : 10.1080/08927022.2013.828208 . S2CID 97160184 .
- ^ ناكانو، كوسوكي؛ أتاكاليت، كلاوديو؛ باربوريني، ماتيو؛ كابريوتي، لوكا؛ كاسولا، ميشيل؛ كوتشيا، إيمانويل؛ داغرادا، ماريو؛ جينوفيز، كلاوديو؛ لو، يي؛ مازولا، جوجليلمو؛ زين، أندريا؛ سوريلا ، ساندرو (29 مايو 2020). “TurboRVB : مجموعة أدوات متعددة الأجسام لعمليات المحاكاة الإلكترونية الأولية بواسطة مونت كارلو الكمومية”. مجلة الفيزياء الكيميائية . 152 (20) 204121. أرخايف : 2002.07401 . بيب كود : 2020JChPh.152t4121N . دوى : 10.1063/5.0005037 . بميد 32486669 .
فئات :
- برنامج نمذجة الجزيئات
- برنامج نمذجة الجزيئات مونت كارلو
