برامج تصميم الجزيئات

يُعد برنامج تصميم الجزيئات برنامجًا بارزًا لنمذجة الجزيئات ، حيث يوفر دعمًا خاصًا لتطوير النماذج الجزيئية من الصفر .

وعلى النقيض من برامج النمذجة الجزيئية المعتادة، مثل برامج الديناميكا الجزيئية والكيمياء الكمية ، فإن هذا النوع من البرامج يدعم بشكل مباشر الجوانب المتعلقة ببناء النماذج الجزيئية، بما في ذلك:

الرسومات الجزيئية
الرسم الجزيئي التفاعلي وتحرير التكوين
بناء الجزيئات البوليمرية والبلورات والأنظمة المذابة
تطوير الرسوم الجزئية
تحسين الهندسة
دعم مختلف جوانب تطوير مجال القوة

مقارنة البرامج التي تغطي الجوانب الرئيسية للتصميم الجزيئي

الرسومات الجزيئية ثلاثية الأبعاد
رسم الجزيئات باستخدام الفأرة
بناء البوليمر
الحمض النووي (DNA) - بناء الأحماض النووية
ببت – بناء الببتيد
كريستال - مبنى كريستالي
Solv – إضافة المذيب
س - الرسوم الجزئية
رصيف – عملية الإرساء
الحد الأدنى - التحسين
MM – الميكانيكا الجزيئية
ميكانيكا الكم
FF – يدعم تطوير مجال القوة
QSAR – ثنائي الأبعاد، ثلاثي الأبعاد، ومجموعات QSAR
FBLD - تصميم الربيطة القائم على التجزئة
FE - تقديرات الطاقة الحرة
SN - الملاحة الفضائية

	ثلاثي الأبعاد	فأرة	منشور	الحمض النووي	ببت	كريستال	حل	سؤال	قفص الاتهام	مين	مم	QM	FF	QSAR	FBLD	FE	تعليقات
أذن البحر	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	لا	نعم	نعم	نعم	نعم	لا			بيئة رسومات الجزيئات الحيوية: أدوات بناء الجزيئات الكبيرة، ومحاكاة ديناميكية جزيئية مُسرّعة بواسطة وحدة معالجة الرسومات
AlvaBuilder ^{[ 1 ]}	لا	لا	لا	لا	لا	لا	لا	لا	لا	لا	لا	لا	لا	نعم	نعم		برنامج لتصميم الجزيئات من الصفر باستخدام الخوارزمية الجينية لبناء الجزيئات وتحسينها
كهرماني	لا	لا	لا	نعم	نعم	لا	لا	نعم	لا	نعم	نعم	لا	نعم	لا		نعم	برنامج النمذجة الجزيئية الكلاسيكية
مصمم أسكالاف	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	لا	نعم	نعم	نعم	نعم	لا			مجموعة برامج النمذجة الجزيئية الشائعة
رئيس	لا	لا	لا	لا	لا	لا	لا	نعم	لا	نعم	نعم	نعم	نعم	لا			مخترع OPLS
استوديو ديسكفري	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم			بيئة نمذجة الجزيئات للأنظمة الجزيئية الصغيرة والكبيرة
قفص الاتهام	لا	لا	لا	لا	لا	لا	لا	نعم	نعم	نعم	نعم	لا	لا	لا			خوارزمية DOCK
فايرفلاي (ألعاب الكمبيوتر الشخصي)	لا	لا	لا	لا	لا	لا	لا	نعم	لا	نعم	لا	نعم	نعم	لا			برنامج الكيمياء الحسابية من المبادئ الأولى ونظرية الكثافة الوظيفية
فولد إكس	لا	لا	لا	لا	لا	لا	لا	نعم	لا	نعم	نعم	لا	نعم	لا			مجال قوى لحسابات الطاقة وتصميم البروتين
مكتشف العملاء المحتملين	لا	لا	لا	لا	لا	لا	لا	نعم	نعم	لا	نعم	لا	لا	لا			حزمة الإرساء الجزيئي
استوديو المواد	نعم	نعم	نعم	لا	لا	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	لا			بيئة البرمجيات
بيئة التشغيل الجزيئية (MOE)	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم		منصة لتطبيقات النمذجة الجزيئية / اكتشاف الأدوية، مبرمجة بلغة المتجهات العلمية لتمكين تخصيص التطبيقات وتطويرها
روزيتا (RosettaCommons)	لا	لا	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	لا	نعم	لا			مجموعة برامج لنمذجة الجزيئات الكبيرة. خوارزميات لنمذجة وتحليل بنى البروتينات. تطورات رئيسية في تصميم البروتينات من الصفر، وتصميم الإنزيمات، وربط الليجاندات، والتنبؤ بالبنية.
سامسون	نعم	نعم	نعم	لا	لا	نعم	نعم	لا	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	لا			علوم النانو الحاسوبية (علوم الحياة، المواد، إلخ)؛ بنية معيارية، وتسمى الوحدات بالعناصر؛ مجانية
سيغريس	نعم	نعم	نعم	لا	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم			مجموعة برامج نمذجة جزيئية للأغراض العامة
سبارتان	نعم	نعم	لا	نعم	نعم	لا	نعم	نعم	لا	نعم	نعم	نعم	لا	لا			أداة نمذجة جزيئية مزودة بمحركات ميكانيكا جزيئية وكيميائية كمومية
تينكر	لا	لا	لا	لا	نعم	لا	لا	نعم	لا	نعم	نعم	لا	لا	لا			أدوات تصميم البروتينات؛ برامج مجانية
وينموستار	نعم	نعم	نعم	لا	لا	نعم	نعم	نعم	لا	نعم	نعم	نعم	نعم	لا			برنامج نمذجة وتصوير الجزيئات لعلوم المواد
شرودنغر	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	منصة نمذجة جزيئية لعلوم الحياة وعلوم المواد

ملاحظات ومراجع

↑ ماوري، أندريا؛ بيرتولا، ماتيو (2024). "AlvaBuilder: برنامج لتصميم الجزيئات من الصفر" . مجلة المعلومات الكيميائية والنمذجة . 64 (7). doi : 10.1021/acs.jcim.3c00610 .

انظر أيضاً

روابط خارجية

تعريف مصطلحات الاتحاد الدولي للكيمياء البحتة والتطبيقية (IUPAC) في التصميم الجزيئي .
مجلة التصميم الجزيئي بمساعدة الحاسوب
موارد النمذجة الجزيئية
برامج نمذجة المواد ومحاكاة الحاسوب
Click2Drug.org دليل لأدوات تصميم الأدوية بمساعدة الحاسوب (in silico).
مجلة المعلومات الكيميائية والنمذجة
مجلة الكيمياء الحاسوبية

[issn1549-9596-1] ماوري، أندريا؛ بيرتولا، ماتيو (2024). "AlvaBuilder: برنامج لتصميم الجزيئات من الصفر" . مجلة المعلومات الكيميائية والنمذجة . 64 (7). doi : 10.1021/acs.jcim.3c00610 .

[ 1 ]

اللغة	العربية (RTL)
روابط موسوعية	30 رابطاً
المصدر الأصلي	ويكيبيديا ↗