مقارنة بين برامج نمذجة الميكانيكا الجزيئية

هذه قائمة ببرامج الكمبيوتر التي تستخدم بشكل أساسي في حسابات الميكانيكا الجزيئية .

وحدة معالجة الرسومات (GPU) – تسريع وحدة معالجة الرسومات (GPU)
أنا – لدي واجهة
الماء الضمني
إم سي – مونت كارلو
MD – الديناميكا الجزيئية
الحد الأدنى - التحسين
ميكانيكا الكم
طريقة تبادل النسخ المتماثلة (REM)

اسم	عرض ثلاثي الأبعاد	مصمم نماذج	مين	طبيب	مقدم الحفل	ريم	QM	عفريت	وحدة معالجة الرسومات	تعليقات	رخصة	موقع إلكتروني
العنبر ^{[ 1 ]}	لا	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	أنا	نعم	نعم	أدوات تحليل شاملة عالية الأداء للطب الجزيئي	ملكية خاصة ، مفتوحة المصدر مجانية	أمبر، طبيبة
أذن البحر	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	أنا	نعم	نعم	محاكاة الجزيئات الحيوية، طي البروتين.	ملكية خاصة ، مجاني، تجاري	جزيء رشيق
ADF	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	لا	نعم	نعم	نعم	مجموعة أدوات النمذجة: ReaxFF وUFF وQM-MM مع مجالات القوة Amber وTripos، و DFT والأساليب شبه التجريبية ، وتحليل التشكيل باستخدام RDKit؛ مع تسريع جزئي بواسطة وحدة معالجة الرسومات (GPU).	ملكية خاصة ، تجارية ، تجريبية مجانية	إدارة سلسلة التوريد
مصمم أسكالاف	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	أنا	نعم	نعم	بناء الجزيئات (الحمض النووي، البروتينات، الهيدروكربونات، الأنابيب النانوية)، ديناميكيات الجزيئات، تسريع وحدة معالجة الرسومات	مختلط: برامج مجانية مفتوحة المصدر ( رخصة جنو العمومية العامة ) وبرامج تجارية	مشروع أسكالاف
أفوجادرو	نعم	نعم	نعم	لا	لا	لا	أنا	لا	لا	بناء الجزيئات، وتحريرها (الببتيدات، والجزيئات الصغيرة، والبلورات)، وتحليل بنيتها، وتحويلها إلى ثنائي/ثلاثي الأبعاد؛ وواجهات قابلة للتوسيع لأدوات أخرى	برنامج مجاني ومفتوح المصدر مرخص بموجب رخصة جنو العمومية (GNU GPL).	أفوجادرو
رئيس	لا	لا	نعم	لا	نعم	لا	نعم	لا	لا	OPLS	ملكية خاصة	جامعة ييل
سحر	لا	نعم	نعم	نعم	نعم	أنا	أنا	نعم	نعم	يتم بيع النسخة التجارية المزودة بواجهات رسومية متعددة من قبل شركة BIOVIA (تحت اسم CHARMm)، والتي كانت تُعرف سابقًا باسم Accelrys.	ملكية خاصة ، تجارية	charmm.org
تشيمكين	لا	لا	لا	لا	لا	لا	لا	لا	لا	حركية التفاعلات الكيميائية.	ملكية خاصة	تشيمكين
CP2K	لا	لا	نعم	نعم	نعم	لا	نعم	نعم	نعم	يستطيع برنامج CP2K إجراء عمليات محاكاة ذرية وجزيئية للأنظمة الصلبة والسائلة والبيولوجية.	برنامج مجاني ومفتوح المصدر مرخص بموجب رخصة جنو العمومية الإصدار 2 أو أحدث	CP2K
ديزموند	نعم	نعم	نعم	نعم	لا	نعم	لا	لا	نعم	برنامج محاكاة ديناميكيات جزيئية عالي الأداء؛ يتميز بواجهة مستخدم رسومية شاملة لإنشاء النتائج وتصورها ومراجعتها، بالإضافة إلى إعداد الحسابات وتشغيلها.	ملكية خاصة أو تجارية أو مجانية	شركة دي إي شو للأبحاث، شركة شرودنغر
استوديو ديسكفري	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	لا	نعم	نعم	نعم	مجموعة شاملة من تطبيقات نمذجة ومحاكاة علوم الحياة تركز على تحسين عملية اكتشاف الأدوية: محاكاة الجزيئات الصغيرة، QM-MM، نمذجة الفارماكوفور، QSAR، إرساء البروتين-الرابط، نمذجة تماثل البروتين، تحليل التسلسل، إرساء البروتين-البروتين، نمذجة الأجسام المضادة، إلخ.	ملكية خاصة ، نسخة تجريبية متاحة	شركة داسو سيستمز بيوفيا (أكسيلريس سابقا)
fold.it	نعم / أنا	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	أنا	لا	لا	جامعة واشنطن ومختبرات بيكر؛ التنبؤ بالبنية، طي البروتين	ملكية خاصة أو تجارية أو مجانية	صفحة تنزيل fold.it مؤرشفة بتاريخ 4 أبريل 2011 على موقع Wayback Machine
فولد إكس	أنا	نعم	نعم	لا	لا	لا	لا	لا	لا	حسابات الطاقة، تصميم البروتين	ملكية خاصة أو تجارية أو مجانية	CRG
جرومكس	لا	لا	نعم	نعم	لا ^{[ 2 ]}	نعم	أنا	نعم ^{[ 3 ]}	نعم	أداء طبي عالي	برنامج مجاني ومفتوح المصدر مرخص بموجب رخصة جنو العمومية (GNU GPL).	gromacs.org
جروموس	لا	لا	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	مخصص للجزيئات الحيوية	ملكية خاصة ، تجارية	موقع GROMOS الإلكتروني
لامبس	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	أنا	نعم	نعم	يتمتع بإمكانيات للمواد اللينة والصلبة وأنظمة الحبيبات الخشنة	برنامج مجاني مفتوح المصدر ، مرخص بموجب رخصة جنو العمومية العامة الإصدار الثاني (GNU GPLv2).	سانديا
نموذج الماكرو	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	لا	أنا	نعم	لا	OPLS-AA، MMFF، نموذج المذيب GBSA، أخذ العينات التوافقية، التقليل، MD. يتضمن واجهة المستخدم الرسومية Maestro التي توفر التصور، وبناء الجزيئات، وإعداد الحساب، وإطلاق المهمة ومراقبتها، وتنظيم النتائج على مستوى المشروع، والوصول إلى مجموعة من برامج النمذجة الأخرى.	ملكية خاصة	شرودنغر
استوديو المواد	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	لا	نعم	نعم	نعم	بيئة تُتيح تقنية محاكاة المواد للحوسبة المكتبية، مما يُساهم في حل المشكلات الرئيسية في عمليات البحث والتطوير.	ملكية خاصة ، نسخة تجريبية متاحة	شركة داسو سيستمز بيوفيا (أكسيلريس سابقا)
إم بي إن إكسبلورر ^{[ 4 ]} + إم بي إن ستوديو	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	لا	لا	نعم	نعم	مجالات قوى CHARMM القياسية والتفاعلية؛ برنامج نمذجة جزيئية (مواد نانوية كربونية، جزيئات حيوية، بلورات نانوية)؛ مكتبة أمثلة صريحة	حصري ، نسخة تجريبية مجانية متاحة	مركز أبحاث إم بي إن
MDynaMix	لا	لا	لا	نعم	لا	لا	لا	لا	لا	التصوير بالرنين المغناطيسي المتوازي	برنامج مجاني ومفتوح المصدر مرخص بموجب رخصة جنو العمومية (GNU GPL).	جامعة ستوكهولم
وزارة التعليم	نعم	نعم	نعم	نعم	لا	لا	أنا	نعم	لا	بيئة التشغيل الجزيئية (MOE)	ملكية خاصة	مجموعة الحوسبة الكيميائية
مللي ثانية	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	لا	لا	لا	لا	حساب مباشر وفوري لعدد كبير من الخصائص الفيزيائية الحرارية. التطبيق الرئيسي لبرنامج ms2 هو على الموائع.	مجاني ومفتوح المصدر	ms-2.de
OpenMM	لا	لا	نعم	نعم	نعم	نعم	لا	نعم	نعم	محرك ديناميكا عالي الأداء، يتميز بمرونة عالية، وقابل للبرمجة بلغة بايثون	برنامج مفتوح المصدر مجاني مرخص بموجب ترخيص MIT	OpenMM
أوراك	لا	نعم	نعم	نعم	لا	نعم	لا	نعم	لا	برنامج محاكاة ديناميكيات الجزيئات لاستكشاف أسطح الطاقة الحرة في الأنظمة الجزيئية الحيوية على المستوى الذري	مجاني ومفتوح المصدر	صفحة تنزيل أوراك
NAMD + VMD	نعم	نعم	نعم	نعم	لا	نعم	أنا	نعم	نعم	محاكاة ديناميكية جزيئية سريعة ومتوازية، CUDA	ملكية خاصة ، استخدام أكاديمي مجاني، شفرة المصدر	معهد بيكمان
NWChem	لا	لا	نعم	نعم	لا	لا	نعم	لا	لا	برنامج حاسوبي عالي الأداء في مجال الكيمياء، يتضمن ميكانيكا الكم، وديناميكيات الجزيئات، وطرق QM-MM المدمجة	برنامج مجاني مفتوح المصدر ، رخصة المجتمع التعليمي الإصدار 2.0	NWChem
برنامج التحسين الموضعي للبروتين	لا	نعم	نعم	نعم	نعم	لا	لا	لا	لا	تحسين الحلزون والحلقة والسلسلة الجانبية، وتقليل الطاقة بسرعة	ملكية خاصة	ويكي PLOP
سؤال	لا	لا	لا	نعم	لا	لا	لا	لا	لا	(أ) محاكاة اضطراب الطاقة الحرة (FEP)، (ب) حسابات طاقة التفاعل الحرة باستخدام رابطة التكافؤ التجريبية (EVB)، (ج) حسابات طاقة التفاعل الخطي (LIE) لتقارب ارتباط المستقبلات بالروابط	برنامج مجاني ومفتوح المصدر مرخص بموجب رخصة جنو العمومية الإصدار 2 أو أحدث	سؤال
كوانتم إيه تي كيه	نعم	نعم	نعم	نعم	نعم	لا	نعم	نعم	نعم	منصة نمذجة ذرية متكاملة لعلوم المواد. تتضمن محركات محاكاة نظرية الكثافة الوظيفية (الموجة المستوية وLCAO)، وشبه التجريبية، ومجال القوة.	ملكية خاصة ، تجارية	Synopsys QuantumATK
كوانتوم إسبريسو	لا	لا	نعم	نعم	لا	لا	نعم	أنا	نعم	مجموعة برامج مفتوحة المصدر تركز على حسابات البنية الإلكترونية والديناميكا الجزيئية (وخاصة CPMD )، وتشتهر بمرونتها ودعم المجتمع الواسع لها.	برنامج مجاني ومفتوح المصدر مرخص بموجب رخصة جنو العمومية الإصدار 2 أو أحدث	كوانتوم إسبريسو
سامسون	نعم	نعم	نعم	نعم	لا	لا	نعم	لا	لا	علوم النانو الحاسوبية (علوم الحياة، المواد، إلخ). بنية معيارية، وحدات تسمى عناصر سامسون	ملكية خاصة ، مجاني	سامسون كونكت
سيغريس	نعم	نعم	نعم	نعم	لا	لا	نعم	نعم	لا	MM ، DFT ، الطرق شبه التجريبية ، MD المتوازية ، تحليل التشكيل، SCF ذو القياس الخطي، إرساء البروتين-الرابط ، المعالجة الدفعية ، الفحص الافتراضي ، البناة الآليون (الديناميكا الجزيئية، البروتينات، البلورات)	ملكية خاصة	SCIGRESS.com
سبارتان	نعم	نعم	نعم	لا	نعم	لا	نعم	نعم	لا	أدوات MM و QM للجزيئات الصغيرة (< 2000 وحدة كتل ذرية) لتحديد التكوين والبنية والخاصية والأطياف والتفاعلية والانتقائية.	حصري ، نسخة تجريبية مجانية متاحة	شركة ويف فانكشن
تيراكيم	لا	لا	نعم	نعم	لا	لا	نعم	لا	نعم	حزمة برمجية عالية الأداء مُسرّعة بواسطة وحدة معالجة الرسومات (GPU) لمحاكاة ديناميكيات الجزيئات من المبادئ الأولى و TD/ DFT ، مُصممة للأنظمة الجزيئية الكبيرة جدًا أو حتى النانوية . تعمل على وحدات معالجة الرسومات من NVIDIA وأنظمة لينكس 64 بت ، وتتميز بكود CUDA مُحسّن بشكل كبير .	تراخيص تجريبية مملوكة ومتاحة	شركة بيتا كيم المحدودة
تينكر	أنا	نعم	نعم	نعم	نعم	أنا	أنا	نعم	نعم	أدوات برمجية لتصميم الجزيئات - Tinker - OpenMM ^{[ 5 ]} أدوات برمجية لتصميم الجزيئات - Tinker-HP ^{[ 6 ]}	ملكية خاصة ، مجاني	جامعة واشنطن
كيميرا جامعة كاليفورنيا في سان فرانسيسكو	نعم	نعم	نعم	لا	لا	لا	لا	لا	لا	عارض جذاب بصريًا، ومُكوِّنات دوارة للأحماض الأمينية، وغيرها من أدوات البناء، بما في ذلك Antechamber وMMTK، بالإضافة إلى إضافات Ambertools قيد التطوير.	حقوق الملكية الفكرية محفوظة ، للاستخدام الأكاديمي المجاني	جامعة كاليفورنيا
VASP	لا	لا	نعم	نعم	لا	نعم	نعم	أنا	نعم	برنامج DFT عالي الكفاءة يُستخدم غالبًا في علم المواد، ويوفر أداءً ممتازًا على الأنظمة الكبيرة.	ملكية خاصة	VASP
ياسارا	نعم	نعم	نعم	نعم	لا	لا	نعم	لا	نعم	الرسومات الجزيئية، والنمذجة، والمحاكاة	ملكية خاصة	YASARA.org

انظر أيضاً

ملاحظات ومراجع

↑ "مراجع لأمبر" . ambermd.org . تم الاطلاع عليه بتاريخ 15-06-2021 .
↑Harrison ET, Weidner T, Castner DG, Interlandi G (2017). "Predicting the orientation of protein G B1 on hydrophobic surfaces using Monte Carlo simulations". Biointerphases. 12 (2): 02D401. doi:10.1116/1.4971381. PMC 5148762. PMID 27923271.
↑Implicit Solvent – GromacsArchived July 29, 2014, at the Wayback Machine
↑I.A. Solov'yov; A.V. Yakubovich; P.V. Nikolaev; I. Volkovets; A.V. Solov'yov (2012). "MesoBioNano Explorer - A universal program for multiscale computer simulations of complex molecular structure and dynamics". J. Comput. Chem. 33 (30): 2412–2439. doi:10.1002/jcc.23086. PMID 22965786. S2CID 22553279.
↑M. Harger; D. Li; Z. Wang; K. Dalby; L. Lagardère; J.-P. Piquemal; J. Ponder; P. Ren (2017). "Tinker-OpenMM: Absolute and relative alchemical free energies using AMOEBA on GPUs". Journal of Computational Chemistry. 38 (23): 2047–2055. doi:10.1002/jcc.24853. PMC 5539969. PMID 28600826.
↑L. Lagardère; L.-H. Jolly; F. Lipparini; F. Aviat; B. Stamm; Z. F. Jing; M. Harger; H. Torabifard; G. A. Cisneros; M. J. Schnieders; N. Gresh; Y. Maday; P. Y. Ren; J. W. Ponder; J.-P. Piquemal (2018). "Tinker-HP: a massively parallel molecular dynamics package for multiscale simulations of large complex systems with advanced point dipole polarizable force fields". Chemical Science. 9 (4): 956–972. doi:10.1039/C7SC04531J. PMC 5909332. PMID 29732110.

External links

SINCRIS
Linux4Chemistry
Collaborative Computational Project
World Index of Molecular Visualization Resources
Short list of Molecular Modeling resources
OpenScience
Biological Magnetic Resonance Data Bank
Materials modelling and computer simulation codes
A few tips on molecular dynamics
atomistic.software - atomistic simulation engines and their citation trends

[1] "مراجع لأمبر" . ambermd.org . تم الاطلاع عليه بتاريخ 15-06-2021 .

[2] Harrison ET, Weidner T, Castner DG, Interlandi G (2017). "Predicting the orientation of protein G B1 on hydrophobic surfaces using Monte Carlo simulations". Biointerphases. 12 (2): 02D401. doi:10.1116/1.4971381. PMC 5148762. PMID 27923271.

[3] Implicit Solvent – GromacsArchived July 29, 2014, at the Wayback Machine

[4] I.A. Solov'yov; A.V. Yakubovich; P.V. Nikolaev; I. Volkovets; A.V. Solov'yov (2012). "MesoBioNano Explorer - A universal program for multiscale computer simulations of complex molecular structure and dynamics". J. Comput. Chem. 33 (30): 2412–2439. doi:10.1002/jcc.23086. PMID 22965786. S2CID 22553279.

[5] M. Harger; D. Li; Z. Wang; K. Dalby; L. Lagardère; J.-P. Piquemal; J. Ponder; P. Ren (2017). "Tinker-OpenMM: Absolute and relative alchemical free energies using AMOEBA on GPUs". Journal of Computational Chemistry. 38 (23): 2047–2055. doi:10.1002/jcc.24853. PMC 5539969. PMID 28600826.

[6] L. Lagardère; L.-H. Jolly; F. Lipparini; F. Aviat; B. Stamm; Z. F. Jing; M. Harger; H. Torabifard; G. A. Cisneros; M. J. Schnieders; N. Gresh; Y. Maday; P. Y. Ren; J. W. Ponder; J.-P. Piquemal (2018). "Tinker-HP: a massively parallel molecular dynamics package for multiscale simulations of large complex systems with advanced point dipole polarizable force fields". Chemical Science. 9 (4): 956–972. doi:10.1039/C7SC04531J. PMC 5909332. PMID 29732110.

[ 1 ]

[ 2 ]

[ 3 ]

[ 4 ]

[ 5 ]

[ 6 ]

اللغة	العربية (RTL)
روابط موسوعية	30 رابطاً
المصدر الأصلي	ويكيبيديا ↗