إنسيفير (بكتيريا)

إنسيفير (يشار إليه غالبًا في الأدبيات باسمه المرادف سينورهيزوبيوم ) هو جنس من البكتيريا المثبتة للنيتروجين ( الريزوبيا )، وقد تم تحديد تسلسلثلاثة منها ( إنسيفير ميليلوتي ، [ 22 ] [ 23 ] إنسيفير ميديكاي [ 24 ] وإنسيفير فريدي [ 25 ] [ 26 ] ).

أصل الكلمة

يُشتق الاسم العام Ensifer من الكلمة اللاتينية ensifer ، والتي تعني "حامل السيف". [ 7 ] أما المرادف Sinorhizobium فهو مُركّب من الكلمة اللاتينية في العصور الوسطى sino (الصين)، والكلمة اليونانية الكلاسيكية rhiza (الجذر)، والكلمة اليونانية الكلاسيكية bium (الحياة). وبالتالي، فإن الاسم العام اللاتيني الحديث للمرادف Sinorhizobium يعني "نوع من بكتيريا Rhizobium معزول من الصين"، وهو ما يُشير بدوره إلى الجنس ذي الصلة Rhizobium (كائن حي مرتبط بالجذور). [ 1 ] [ 13 ]

الاسم الصحيح

نُشر اسم Ensifer عام 1982، بينما نُشر اسم Sinorhizobium عام 1988، ولذلك يُعتبر الأخير مرادفًا لاحقًا، وبموجب قواعد المدونة البكتريولوجية (مراجعة 1990) للجنة الدولية لتصنيف بدائيات النوى (ICSP)، يُعطى الاسم الأقدم ( Ensifer ) الأولوية. [ 27 ] واستجابةً لطلب نقل النوع الوحيد الموجود من Ensifer ( Ensifer adhaerens ) إلى Sinorhizobium ، شُكّلت لجنة فرعية خاصة من ICSP لتقييم الطلب. وفي نهاية المطاف، حُكم بأن يحتفظ Ensifer بالأولوية، وأن تُنقل جميع أنواع Sinorhizobium إلى جنس Ensifer . [ 28 ] [ 29 ] ومع ذلك، لا يزال كلا المصطلحين يُستخدمان في الأدبيات العلمية المنشورة، مع شيوع استخدام Sinorhizobium . [ 30 ]

الأنواع المهددة

تم وصف نوعين تم إعادة تصنيفهما منذ ذلك الحين إلى الأنواع الموجودة: Sinorhizobium morelense (الآن Ensifer adhaerens ) [ 27 ] [ 31 ] و Sinorhizobium xinjiangense (الآن Ensifer fredii [ 32 ] [ 33 ] - على الرغم من وجود بعض المعارضة [ 20 ] [ 34 ] ).

نسالة

يعتمد التصنيف المقبول حاليًا على قائمة أسماء بدائيات النوى ذات المكانة في التسمية (LPSN). [ 1 ] [ 2 ] ويستند التطور السلالي التالي إلى تحليل الجينوم الكامل. [ 35 ]

تستند هذه السلالة التطورية إلى تحليل مقيد للحمض النووي الريبوزي 16S . [ 35 ]

مراجع

  1. 1 2 3 يوزيبي جيه بي. " سينوريزوبيوم " . قائمة أسماء بدائيات النوى ذات المكانة في التسمية (LPSN) . تم الاسترجاع في 2012-05-02 .
  2. 1 2 3 يوزيبي جيه بي. " إنسيفير " . قائمة أسماء بدائيات النوى ذات المكانة في التسمية (LPSN) . تم الاسترجاع في 2012-05-02 .
  3. بالكويل، د. ل. (2005). " إنسيفير كاسيدا 1982، 343 VP " . في: برينر، د. ج.، كريج، ن. ر.، غاريتي، ج. م.، ستالي، ج. ت.، بون، د. ر.، دي فوس، ب.، غودفيلو، م.، ريني، ف. أ.، شلايفر، ك. هـ. (محررون). دليل بيرجي لعلم تصنيف البكتيريا، المجلد الثاني: البروتيوكتيريا، الجزء ج: ألفا، وبيتا، ودلتا، وإبسيلون بروتيوكتيريا . نيويورك، نيويورك: سبرينغر. الصفحات 354-361 . doi : 10.1007/0-387-29298-5_87 . ISBN  978-0-387-24145-6.
  4. كويكندال إل دي، هاشم إف إم، وانغ إي تي (2005). " سينوريزوبيوم تشين، يان ولي 1988ب، 396 VP مُعدّل من قبل دي لاجودي، ويليمز، بوت، ديويتنيك، مايستروجوان، نايرا، كولينز، دريفوس، كيرسترز وجيليس 1994، 732" . في برينر دي جيه، كريج إن آر، غاريتي جي إم، ستالي جيه تي، بون دي آر، دي فوس بي، غودفيلو إم، ريني إف إيه، شلايفر كيه إتش (محررون). دليل بيرجي لعلم البكتيريا المنهجي، المجلد الثاني: البروتيوكتيريا، الجزء ج: ألفا، بيتا، دلتا، وإبسيلون بروتيوكتيريا . نيويورك، نيويورك: سبرينغر. الصفحات 358-361 . دوى : 10.1007/0-387-29298-5_88 . رقم ISBN  978-0-387-24145-6.
  5. 1 2 أوغاساوارا إم، سوزوكي تي، موتوه آي، أنابورنا كيه، أرورا إن كيه، نيشيمورا واي، ماهيشواري دي كيه (2003). " Sinorhizobium indiaense sp. nov. و Sinorhizobium abri sp. nov. معزولان من البقوليات الاستوائية Sesbania rostrata و Abrus precatorius على التوالي". التكافل . 34 (1): 53-68 .
  6. 1 2 3 4 5 نظرًا لعدم تقديم أي سلالات نموذجية إلى مجموعات المزارع الدولية، فإن هذه السلالات غير معترف بها حاليًا كأنواع صالحة.
  7. 1 2 كاسيدا، ل. إي. (1982). " إنسيفير أدهيرنس ، جنس جديد، نوع جديد: مفترس بكتيري للبكتيريا في التربة" . المجلة الدولية لعلم البكتيريا المنهجي . 32 (3): 339-345 . doi : 10.1099/00207713-32-3-339 .
  8. توليدو، آي.، لوريت، إل.، مارتينيز-روميرو، إي. (مارس 2003). " سينوريزوبيوم أمريكانوس ، نوع جديد من بكتيريا سينوريزوبيوم يُكوّن عُقدًا على أنواع الأكاسيا المحلية في المكسيك". علم الأحياء الدقيقة المنهجي والتطبيقي . 26 (1): 54-64 . doi : 10.1078/072320203322337317 . PMID 12747410 . 
  9. 1 2 نيك جي، دي لاجودي بي، إيردلي بي دي، سومالاينن إس، بولين إل، تشانغ إكس، جيليس إم، ليندستروم كيه (أكتوبر 1999). " عزل نوعين جديدين من البكتيريا: Sinorhizobium arboris sp. nov. و Sinorhizobium kostiense sp. nov.، من أشجار البقوليات في السودان وكينيا" . المجلة الدولية لعلم البكتيريا المنهجي . 49 (الجزء 4): 1359-1368 . doi : 10.1099/00207713-49-4-1359 . PMID 10555313 . 
  10. لو كويري أ، تاك ن، جيلوت هـ س، لافير س، ماير ت، شابوليو د، راثي س، ساكروهي إ، روشا ج، رومر م، سيفيراك د (2017). "التوصيف الجينومي لـ Ensifer aridi ، وهو نوع جديد مقترح من بكتيريا الريزوبيوم المثبتة للنيتروجين ، تم استخلاصه من صحاري آسيا وأفريقيا وأمريكا" . BMC Genomics . 18 (1): 85. doi : 10.1186/s12864-016-3447-y . PMC 5237526. PMID 28088165 .  
  11. روشا جي، لو كويري إيه، ميدينا إيه، كويلار إيه، كونتريراس جيه إل، كارينو آر، بوستيلوس آر، مونوز-روخاس جيه، فيليغاس إم دي، شانتريل سي، دريفوس بي، مونيف جيه إيه (2020). "التنوع والتحليلات الظاهرية لبكتيريا الريزوبيا في نبات الفاصوليا البرية Phaseolus filiformis المقاومة للملوحة والحرارة، والمتوطنة في شاطئ رملي في باجا كاليفورنيا، ووصف نوع جديد Ensifer aridi sp. nov" . أرشيف علم الأحياء الدقيقة . 202 (2): 309-322 . doi : 10.1007/s00203-019-01744-7 . PMC 7012998. PMID 31659382 .  
  12. رينكون-روزاليس ر، لوريت ل، بونس إ، مارتينيز-روميرو إ (يناير 2009). "بكتيريا الريزوبيا ذات الكفاءات التكافلية المختلفة تُكوّن عُقدًا على جذور نبات الأكاسيلا أنغوستيسيما في المكسيك، بما في ذلك نوع جديد يُدعى سينوريزوبيوم تشيابانيكوم ، والذي يشترك في جينات تكافلية مع سينوريزوبيوم مكسيكانوم " . مجلة FEMS لعلم الأحياء الدقيقة البيئية . 67 (1): 103-117 . doi : 10.1111/j.1574-6941.2008.00590.x . PMC 2784085. PMID 19120461 .  
  13. 1 2 تشين و.إكس، يان ج.هـ، لي ج.ل (1988). "دراسة تصنيفية عددية لبكتيريا الريزوبيا سريعة النمو في فول الصويا واقتراح بتصنيف بكتيريا Rhizobium fredii ضمن جنس Sinorhizobium الجديد" . المجلة الدولية لعلم البكتيريا المنهجي . 38 (4): 392-397 . doi : 10.1099/00207713-38-4-392 .
  14. يان هـ ، يان ج، سوي إكس إتش، وانغ إي تي، تشين دبليو إكس، تشانغ إكس إكس، تشين دبليو إف (أبريل 2016). " إنسيفير غليسينيس نوع جديد، نوع جديد من البكتيريا الجذرية المرتبطة بأنواع غليسين " . المجلة الدولية لعلم الأحياء الدقيقة المنهجي والتطوري . 60 (الجزء 3): 2910-2916 . doi : 10.1099/ijsem.0.001120 . PMID 27125987 . 
  15. ^ مرابط سي، مارتنز إم، مهذي إم، زخيا إف، سي أ، لو رو سي، دوميرجو أو، كوبمان آر، بيكي أ، مارس إم، ويليمز أ، دي لاجودي بي (مارس 2010). "تحليل تسلسل متعدد البؤر لعُقيدات الجذر المعزولة من Lotusarabicus (السنغال)، Lotus creticus ، Argyrolobium uniflorum و Medicago sativa (تونس) ووصف Ensifer numidicus sp. nov. و Ensifer garamanticus sp. nov." . المجلة الدولية لعلم الأحياء الدقيقة المنهجي والتطوري . 60 (الجزء 3): 664-74 . دوى : 10.1099/ijs.0.012088-0 . اتش دي ال : 1854/LU-936490 . بميد 19656922 . 
  16. وي جي إتش، وانغ إي تي، تان زد واي، تشو إم إي، تشين دبليو إكس (نوفمبر 2002). " عزل نوعين جديدين من البكتيريا، هما Rhizobium indigoferae sp. nov. و Sinorhizobium kummerowiae sp. nov.، من نباتات Indigofera spp. و Kummerowia stipulacea على التوالي " . المجلة الدولية لعلم الأحياء الدقيقة المنهجي والتطوري . 52 (الجزء 6): 2231-2239 . doi : 10.1099/00207713-52-6-2231 . PMID 12508892 . 
  17. ^ روما إس، فرنانديز إم بي، برونيل بي، نورماند بي، كلييت ماريل جي سي (أكتوبر 1996). " Sinorhizobium medicae sp. nov.، معزول عن نبات Medicago spp السنوي" . المجلة الدولية لعلم البكتيريا النظامية . 46 (4): 972– 80. دوى : 10.1099/00207713-46-4-972 . بميد 8863426 . 
  18. 1 2 3 دي لاجودي ب، ويليمز أ، بوت ب، ديويتنيك د، مايستروخوان ج، نايرا م، كولينز إم دي، دريفوس ب، كيرسترز ك، جيليس م (1994). "التصنيف متعدد الأطوار للريزوبيا: تنقيح جنس سينوريزوبيوم ووصف سينوريزوبيوم ميليلوتي كومب. نوف، وسينوريزوبيوم ساهيلي إس بي. نوف، وسينوريزوبيوم تيرانجا إس بي. نوف" . المجلة الدولية لعلم البكتيريا المنهجي . 44 (4): 715-733 . doi : 10.1099/00207713-44-4-715 .
  19. ^ يوريت إل، أورمينيو-أوريلو إي، رينكون آر، مارتينيز-روميرو جي، روجيل هيرنانديز إم إيه، مارتينيز-روميرو إي (يونيو 2007). " Ensifer mexicanus sp. nov. نوع جديد يعقد أكاسيا أنجوستيسيما (مطحنة) كونتز في المكسيك". علم الأحياء الدقيقة المنهجي والتطبيقي . 30 (4): 280-90 . دوى : 10.1016/j.syapm.2006.12.002 . بميد 17293074 . 
  20. 1 2 3 وانغ واي سي، وانغ إف، هو بي سي، وانغ إي تي، تشين دبليو إف، سوي إكس إتش، تشين دبليو إكس، لي واي، تشانغ واي بي (أكتوبر 2013). "اقتراح أنواع جديدة من الفطريات: Ensifer psoraleae sp. nov.، Ensifer sesbaniae sp. nov.، Ensifer morelense comb. nov.، و Ensifer americanum comb. nov.". علم الأحياء الدقيقة المنهجي والتطبيقي . 36 (7): 467-473 . doi : 10.1016/j.syapm.2013.05.001 . PMID 23759600 . 
  21. لي كيو كيو، وانغ إي تي، تشانغ واي إل، تشانغ واي زد، تشانغ واي إم، سوي إكس إتش، تشين دبليو إف، تشين دبليو إكس (أغسطس 2011). " إنسيفير سوجاي نوع جديد، معزول من عُقيدات جذور فول الصويا المزروع في تربة قلوية مالحة". المجلة الدولية لعلم الأحياء الدقيقة المنهجي والتطوري . 61 (الجزء 8): 1981-1988 . doi : 10.1099/ijs.0.025049-0 . PMID 20851917 . 
  22. جاليبير إف، فينان تي إم، لونغ إس آر، بولر إيه، أبولا بي، أمبي إف، وآخرون . (يوليو 2001). " الجينوم المركب للبكتيريا التكافلية البقولية سينوريزوبيوم ميليلوتي ". مجلة ساينس . 293 (5530): 668-72 . doi : 10.1126/science.1060966 . PMID 11474104. S2CID 18580010 .   
  23. "صفحة الجينوم الخاصة بـ Sinorhizobium meliloti " . المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية (NCBI).
  24. "صفحة الجينوم الخاصة بـ Sinorhizobium medicae " . المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية (NCBI).
  25. شميسر سي، ليزيغانغ إتش، كريشياك دي، باكو إن، لو كويري إيه، وولهر إيه، هاينماير آي، مورغنسترن بي، بوميرينغ-روزر إيه، فلوريس إم، بالاسيوس آر، برينر إس، غوتشالك جي، شميتز آر إيه، بروتون دبليو جيه، بيريه إكس، ستريتماتر إيه دبليو، ستريت دبليو آر (يونيو 2009). " سلالة ريزوبيوم NGR234 تمتلك عددًا ملحوظًا من أنظمة الإفراز" . علم الأحياء الدقيقة التطبيقي والبيئي . 75 (12): 4035-4045 . Bibcode : 2009ApEnM..75.4035S . doi : 10.1128/AEM.00515-09 . PMC 2698369 . PMID 19376903 .  
  26. "صفحة الجينوم الخاصة بـ Sinorhizobium fredii في المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية (NCBI) " .
  27. 1 2 يونغ جي إم (نوفمبر 2003). "اسم الجنس Ensifer Casida 1982 له الأولوية على Sinorhizobium Chen et al . 1988، و Sinorhizobium morelense Wang et al . 2002 هو مرادف لاحق لـ Ensifer adhaerens Casida 1982. هل الجمع بين " Sinorhizobium adhaerens " (Casida 1982) Willems et al . 2003 شرعي؟ طلب من أجل الرأي" . المجلة الدولية لعلم الأحياء الدقيقة المنهجي والتطوري . 53 (الجزء 6): 2107–10 . دوى : 10.1099/ijs.0.02665-0 . بميد 14657154 . 
  28. ليندستروم ك، مارتينيز-روميرو م.إ. (2002). "اللجنة الدولية لتصنيف بدائيات النوى ، اللجنة الفرعية المعنية بتصنيف أغروباكتيريوم وريزوبيوم . محضر الاجتماع، 4 يوليو 2001، هاميلتون، كندا" . المجلة الدولية لعلم البكتيريا المنهجي . 52 (6): 2337. doi : 10.1099/ijs.0.02524-0 .
  29. اللجنة القضائية للجنة الدولية لتصنيف بدائيات النوى (أغسطس 2008). "اسم الجنس Sinorhizobium Chen et al . 1988 هو مرادف لاحق لـ Ensifer Casida 1982، ولم يُعتمد بدلاً من اسم الجنس الأخير، كما أن اسم النوع 'Sinorhizobium adhaerens' غير منشور بشكل صحيح. الرأي 84" . المجلة الدولية لعلم الأحياء الدقيقة المنهجي والتطوري . 58 (الجزء 8): 1973. doi : 10.1099/ijs.0.2008/005991-0 . PMID 18676490 . 
  30. يونغ جيه بي دبليو. (9 فبراير 2013). "الريزوبيوم: الكتابة عن البكتيريا وجينوماتها" . ووردبريس .
  31. وانغ إي تي، تان زي واي، ويليمز إيه، فرنانديز لوبيز إم، راينهولد هوريك بي، مارتينيز روميرو إي (سبتمبر 2002). " سينوريزوبيوم موريلينس نوع جديد، بكتيريا مرتبطة بـ Leucaena leucocephala شديدة المقاومة للعديد من المضادات الحيوية". المجلة الدولية لعلم الأحياء الدقيقة المنهجي والتطوري . 52 (الجزء 5): 1687-1693 . doi : 10.1099/ijs.0.01954-0 . hdl : 10261/109835 . PMID 12361275 . 
  32. بينغ جي إكس، تان زد واي، وانغ إي تي، راينهولد-هوريك بي، تشين دبليو إف، تشين دبليو إكس (مارس 2002). "تحديد عزلات من عُقيدات فول الصويا في منطقة شينجيانغ على أنها Sinorhizobium xinjiangense والتمايز الجيني لـ S. xinjiangense عن Sinorhizobium fredii " . المجلة الدولية لعلم الأحياء الدقيقة المنهجي والتطوري . 52 (الجزء 2): 457-462 . doi : 10.1099/00207713-52-2-457 . PMID 11931157 . 
  33. مارتنز م، داويندت ب، كوبمان ر، جيليس م، دي فوس ب، ويليمز أ (يناير 2008). "مزايا تحليل تسلسل المواقع المتعددة للدراسات التصنيفية: دراسة حالة باستخدام 10 جينات أساسية في جنس إنسيفير (بما في ذلك سينورهيزوبيوم سابقًا )" . المجلة الدولية لعلم الأحياء الدقيقة المنهجي والتطوري . 58 (الجزء 1): 200-214 . doi : 10.1099/ijs.0.65392-0 . PMID 18175710 . 
  34. مارتنز م، ديلاير م، كوبمان ر، دي فوس ب، جيليس م، ويليمز أ (مارس 2007). "تحليل تسلسل متعدد المواقع لجنس إنسيفير والأنواع ذات الصلة" . المجلة الدولية لعلم الأحياء الدقيقة المنهجي والتطوري . 57 (الجزء 3): 489-503 . doi : 10.1099/ijs.0.64344-0 . PMID 17329774 . 
  35. 1 2 هوردت، أنطون؛ لوبيز، مارينا غارسيا؛ ماير-كولثوف، يان ب.؛ شلاينينغ، مارسيل؛ واينهولد، ليزا-ماريا؛ تيندال، برايان ج.؛ غرونو، سابين؛ كيربيدس، نيكوس س.؛ فويك، تانيا؛ غوكر، ماركوس (7 أبريل 2020). "تحليل أكثر من 1000 جينوم من السلالات النمطية يُحسّن بشكلٍ كبير التصنيف التكسونومي للبكتيريا الألفا بروتيوية" . مجلة فرونتيرز في علم الأحياء الدقيقة . 11 : 468. doi : 10.3389/fmicb.2020.00468 . PMC 7179689. PMID 32373076 .