علم الوجود العاملي التجريبي

📅 آخر تحديث: ٤ أغسطس ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٤ أغسطس ٢٠٢٦
الموسوعة الحرة

علم العوامل التجريبية ، المعروف أيضًا باسم EFO ، هو علم مفتوح المصدر للمتغيرات التجريبية ، وخاصة تلك المستخدمة في البيولوجيا الجزيئية . [ 1 ] يغطي هذا العلم متغيرات تشمل جوانب المرض، والتشريح ، ونوع الخلية ، وسلالات الخلايا ، والمركبات الكيميائية ، ومعلومات التحليل . يتم تطوير EFO وصيانته في EMBL-EBI كمورد شامل لأغراض التنسيق والاستعلام وتكامل البيانات [ 2 ] في موارد مثل Ensembl ، [ 3 ] و ChEMBL وExpression Atlas. [ 4 ]

النطاق والوصول

كان الهدف الأصلي لمشروع EFO هو وصف المتغيرات التجريبية في مورد أطلس التعبير الجيني التابع للمعهد الأوروبي للمعلوماتية الحيوية (EBI). [ 1 ] [ 4 ] وقد شمل ذلك بشكل أساسي الأمراض والمناطق التشريحية وأنواع الخلايا. وبحلول ديسمبر 2013، توسع نطاق المشروع ليشمل العديد من موارد EMBL-EBI الأخرى، بالإضافة إلى العديد من المشاريع الخارجية، بما في ذلك CellFinder، [ 5 ] وخطوط الخلايا من مشروع ENCODE، ومعلومات النمط الظاهري إلى تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة (SNP) في كتالوج دراسات الارتباط الجينومي المنشورة التابع للمعهد الوطني لأبحاث الجينوم البشري (NHGRI ) . [ 6 ]

تستخدم EFO الأنطولوجيات الطبية الحيوية الموجودة من مجموعة الأنطولوجيات الطبية الحيوية المفتوحة من أجل تحسين قابلية التشغيل البيني مع الموارد الأخرى التي قد تستخدم أيضًا نفس الأنطولوجيات، مثل ChEBI [ 7 ] و Ontology for Biomedical Investigations .

جميع البيانات في قاعدة البيانات غير مملوكة أو مستمدة من مصدر غير مملوك. وبالتالي، فهي متاحة للجميع مجاناً. إضافةً إلى ذلك، يمكن تتبع كل عنصر من عناصر البيانات بشكل كامل، مع الإشارة بوضوح إلى مصدره الأصلي.

تتوفر بيانات EFO من خلال واجهة ويب عامة، خدمة الويب BioPortal المستضافة في المركز الوطني لعلم الوجود الطبي الحيوي (NCBO) [ 8 ] والتنزيلات.

انظر أيضاً

مراجع

  1. 1 2 3 مالون، ج.؛ هولواي، إ.؛ أداموسياك، ت.؛ كابوشيسكي، م.؛ تشنغ، ج.؛ كوليسنيكوف، ن.؛ جوكوفا، أ.؛ برازما، أ.؛ باركنسون، هـ. (2010). "نمذجة متغيرات العينة باستخدام أنطولوجيا العامل التجريبي" . المعلوماتية الحيوية . 26 (8): 1112-1118 . doi : 10.1093/bioinformatics/btq099 . PMC 2853691. PMID 20200009 .  
  2. ↑ بروكس بانك، سي.؛ بيرغمان، إم تي؛ أبوايلر، إيه.؛ بيرني، إي.؛ ثورنتون، جيه. = (2014). "موارد بيانات المعهد الأوروبي للمعلوماتية الحيوية 2014" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 42 (عدد قواعد البيانات): D18– D25 . doi : 10.1093/nar/gkt1206 . PMC 3964968. PMID 24271396 .  
  3. ↑ فليسيك، ب. (2014). "Ensembl 2014" . أبحاث الأحماض النووية . 42 (عدد قواعد البيانات): D749– D755 . doi : 10.1093/nar/gkt1196 . PMC 3964975. PMID 24316576 .  
  4. 1 2 كابوشيسكي، م.؛ امام، انا؛ هولواي، إي؛ كورنوسوف ، ف. زورين، أ؛ مالون ، ج. روستيسي، جي؛ ويليامز، إي؛ باركنسون، ح؛ برازما، أ (2010). "أطلس التعبير الجيني في المعهد الأوروبي للمعلوماتية الحيوية" . أبحاث الأحماض النووية . 38 (إصدار قاعدة البيانات): D690- D698. دوى : 10.1093/نار/gkp936 . بمك 2808905 . بميد 19906730 .  
  5. ↑ سيلتمان، س. (2014). "سيلدا - أنطولوجيا للتمثيل الشامل للخلايا في الأنظمة المعقدة" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 14 : 228. doi : 10.1186/1471-2105-14-228 . PMC 3722091. PMID 23865855 .  
  6. ↑ ويلتر، د. (2014). "كتالوج NHGRI GWAS، مورد مُنسق لارتباطات SNP-السمات" . أبحاث الأحماض النووية . 42 (عدد قواعد البيانات): D1001– D1006 . doi : 10.1093/nar/gkt1229 . PMC 3965119. PMID 24316577 .  
  7. ↑ دي ماتوس، ب.؛ ألكانتارا، ر.؛ ديكر، أ.؛ إنيس، م.؛ هاستينغز، ج.؛ هاوغ، ك.؛ سبيتيري، إ.؛ تيرنر، س.؛ شتاينبك، س. (2009). "الكيانات الكيميائية ذات الأهمية البيولوجية: تحديث" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 38 (عدد قواعد البيانات): D249–54. doi : 10.1093/nar/gkp886 . PMC 2808869. PMID 19854951 .  
  8. ↑ "NCBO BioPortal" . جامعة ستانفورد . تم الاطلاع عليه بتاريخ 4 أبريل 2014 .