المختبر الكيميائي الأوروبي

الموسوعة الحرة

المختبر الكيميائي الأوروبي
محتوى
وصفقاعدة البيانات البيولوجية
أنواع البيانات
الملتقطة		الجزيئات ذات الخصائص المشابهة للأدوية والنشاط البيولوجي
اتصال
مركز الأبحاثالمختبر الأوروبي لعلم الأحياء الجزيئي
معملالمملكة المتحدة المعهد الأوروبي للمعلوماتية الحيوية
المؤلفونأندرو ليتش، قائد الفريق من 2016 حتى الآن؛ جون أوفيرينغتون، قائد الفريق من 2008 إلى 2015
الاستشهاد الأساسيرقم PMID  21948594
تاريخ الافراج عنه2009
وصول
موقع إلكترونيالمختبر الكيميائي الأوروبي
رابط التحميلالتنزيلات
عنوان URL لخدمة الويبخدمات الويب الخاصة بـ ChEMBL
نقطة نهاية Sparqlمنصة ChEMBL EBI-RDF
متنوع
رخصةتتوفر بيانات ChEMBL بموجب ترخيص Creative Commons Attribution-Share Alike 3.0 غير المخصص
الإصداراتالكيمياء الحيوية الأوروبية رقم 28

ChEMBL أو ChEMBLdb هي قاعدة بيانات كيميائية تم تنظيمها يدويًا للجزيئات النشطة بيولوجيًا ذات خصائص تحفيز الدواء. [1] يتم صيانتها بواسطة المعهد الأوروبي للمعلوماتية الحيوية (EBI)، التابع لمختبر علم الأحياء الجزيئي الأوروبي ( EMBL )، ومقره في Wellcome Trust Genome Campus ، Hinxton، المملكة المتحدة.

تم تطوير قاعدة البيانات، المعروفة في الأصل باسم StARlite، بواسطة شركة للتكنولوجيا الحيوية تسمى Inpharmatica Ltd. والتي استحوذت عليها لاحقًا شركة Galapagos NV . تم الحصول على البيانات لصالح EMBL في عام 2008 بجائزة من Wellcome Trust ، [2] مما أدى إلى إنشاء مجموعة كيمياء الجينوم في EMBL في EMBL-EBI، بقيادة جون أوفيرنجتون. [3] [4]

النطاق والوصول

تحتوي قاعدة بيانات ChEMBL على بيانات النشاط الحيوي للمركبات ضد أهداف الأدوية. يتم الإبلاغ عن النشاط الحيوي في Ki وKd وIC50 وEC50. [5] يمكن تصفية البيانات وتحليلها لتطوير مكتبات فحص المركبات لتحديد الرصاص أثناء اكتشاف الدواء. [6]

تم إطلاق الإصدار 2 من ChEMBL (ChEMBL_02) في يناير 2010، بما في ذلك 2.4 مليون قياس للتحليل الحيوي يغطي 622,824 مركبًا، بما في ذلك 24,000 منتج طبيعي. تم الحصول على هذا من خلال تنظيم أكثر من 34,000 منشور عبر اثنتي عشرة مجلة كيمياء طبية . نمت تغطية ChEMBL لبيانات النشاط الحيوي المتاحة لتصبح "الأكثر شمولاً على الإطلاق في قاعدة بيانات عامة". [3] في أكتوبر 2010، تم إطلاق الإصدار 8 من ChEMBL (ChEMBL_08)، مع أكثر من 2.97 مليون قياس للتحليل الحيوي يغطي 636,269 مركبًا. [7]

شهد ChEMBL_10 إضافة اختبارات تأكيد PubChem ، من أجل دمج البيانات القابلة للمقارنة بنوع وفئة البيانات الموجودة داخل ChEMBL. [8]

يمكن الوصول إلى قاعدة بيانات ChEMBL عبر واجهة ويب أو تنزيلها بواسطة بروتوكول نقل الملفات . تم تنسيقها بطريقة قابلة للتعدين المحوسب للبيانات ، وتحاول توحيد الأنشطة بين المنشورات المختلفة، لتمكين التحليل المقارن. [1] تم دمج ChEMBL أيضًا في موارد كيميائية أخرى واسعة النطاق، بما في ذلك PubChem ونظام ChemSpider التابع للجمعية الملكية للكيمياء .

الموارد المرتبطة

بالإضافة إلى قاعدة البيانات، طورت مجموعة ChEMBL أدوات وموارد لاستخراج البيانات. [9] وتشمل هذه Kinase SARfari، وهي منصة عمل كيميائي جينومي متكاملة تركز على الكينازات . يدمج النظام ويربط بين التسلسل والبنية والمركبات وبيانات الفحص .

GPCR SARfari عبارة عن منصة عمل مماثلة تركز على GPCRs ، وChEMBL-Neglected Tropical Diseases (ChEMBL-NTD) عبارة عن مستودع لبيانات الفحص الأولي والكيمياء الطبية المفتوحة المصدر الموجهة للأمراض الاستوائية المتوطنة في المناطق النامية في إفريقيا وآسيا والأمريكتين. الغرض الأساسي من ChEMBL-NTD هو توفير مركز أرشيف وتوزيع دائم ويمكن الوصول إليه بحرية للبيانات المودعة. [3]

شهد شهر يوليو 2012 إطلاق خدمة بيانات جديدة عن الملاريا ، برعاية مشروع الأدوية لمكافحة الملاريا (MMV)، والتي تستهدف الباحثين في جميع أنحاء العالم. تتضمن البيانات في هذه الخدمة مركبات من مجموعة فحص صندوق الملاريا، بالإضافة إلى بيانات الملاريا الأخرى المتبرع بها الموجودة في ChEMBL-NTD.

تم إصدار myChEMBL، الآلة الافتراضية ChEMBL، في أكتوبر 2013 للسماح للمستخدمين بالوصول إلى البنية التحتية الكاملة للمعلوماتية الكيميائية والمجانية وسهلة التثبيت.

في ديسمبر 2013، تم نقل عمليات قاعدة بيانات المعلومات الخاصة ببراءات الاختراع SureChem إلى EMBL-EBI. وفي كلمة مركبة، تمت إعادة تسمية SureChem إلى SureChEMBL.

شهد عام 2014 تقديم المورد الجديد ADME SARfari - وهي أداة للتنبؤ بأهداف ADME بين الأنواع ومقارنتها. [10]

انظر أيضا

مراجع

  1. ^ ab Gaulton, A; et al. (2011). "ChEMBL: قاعدة بيانات واسعة النطاق للنشاط الحيوي لاكتشاف الأدوية". Nucleic Acids Research . 40 (إصدار قاعدة البيانات): D1100-7. doi :10.1093/nar/gkr777. PMC 3245175. PMID 21948594  . 
  2. ^ "إطلاق قاعدة بيانات اكتشاف الأدوية المفتوحة المصدر والتي تحتوي على نصف مليون مركب | ويلكوم". wellcome.ac.uk . 18 يناير 2010 . تم الاسترجاع في 31 أغسطس 2019 .
  3. ^ abc Bender, A (2010). "قواعد البيانات: الأنشطة الحيوية للمركبات تصبح عامة". Nature Chemical Biology . 6 (5): 309. doi : 10.1038/nchembio.354 .
  4. ^ Overington J (أبريل 2009). "ChEMBL. مقابلة مع جون أوفيرنجتون، قائد فريق علم الكيمياء الجينومية في المحطة الخارجية للمعهد الأوروبي للمعلومات الحيوية التابع لمختبر البيولوجيا الجزيئية الأوروبي (EMBL-EBI). مقابلة مع ويندي أ. وار". J. Comput.-Aided Mol. Des . 23 (4): 195–8. Bibcode :2009JCAMD..23..195W. doi :10.1007/s10822-009-9260-9. PMID  19194660. S2CID  2946417.
  5. ^ موك، ن. يي؛ برينك، روث (24 أكتوبر 2011). "استخراج قاعدة بيانات مختبر الكيمياء الكهربية الأوروبي: سير عمل كيميائي فعّال لتجميع مكتبة فحص تركز على القنوات الأيونية". مجلة نموذج المعلومات الكيميائية. 51 (10): 2449–2454. doi :10.1021/ci200260t. PMC 3200031. PMID  21978256 .  
  6. ^ برينك، ر؛ شينباني، أ؛ جيمس، د؛ كراسوفسكي، أ (مارس 2008). "الدروس المستفادة من تجميع مكتبات الفحص لاكتشاف الأدوية للأمراض المهملة". كيم ميد كيم . 3 (3): 435-44. doi :10.1002/cmdc.200700139. PMC 2628535. PMID  18064617 . 
  7. ^ ChEMBL-og (15 نوفمبر 2010)، صدر ChEMBL_08 ، استرجاعها 15 نوفمبر 2010
  8. ^ ChEMBL-og (6 يونيو 2011)، تم إصدار ChEMBL_10 ، تم استرجاعه في 9 يونيو 2011
  9. ^ Bellis, LJ; et al. (2011). "جمع واستخراج البيانات من بيانات النشاط الحيوي للأدبيات لاكتشاف الأدوية". معاملات الجمعية الكيميائية الحيوية . 39 (5): 1365–1370. doi :10.1042/BST0391365. PMID  21936816.
  10. ^ ديفيز، م؛ وآخرون (2015). "ADME SARfari: Comparative Genomics of Drug Metabolising Systems". Bioinformatics . 31 (10): 1695–1697. doi :10.1093/bioinformatics/btv010. PMC 4426839. PMID  25964657 . 
تتمتع ويكي بيانات بالخاصية التالية:
  • معرف ChEMBL (P592) (انظر الاستخدامات )
  • قاعدة بيانات الكيمياء الحيوية الأوروبية
  • تم أرشفة كيناز سارفاري في 2016-05-15 على موقع واي باك مشين
  • أرشيف الأمراض الاستوائية المهملة في مختبر الكيمياء الحيوية الأوروبية
  • GPCR سارفاري
  • مدونة ChEMBL-og للبيانات المفتوحة واكتشاف الأدوية التي يديرها فريق ChEMBL.
تم الاسترجاع من "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=ChEMBL&oldid=1170987088"
Original text
Rate this translation
Your feedback will be used to help improve Google Translate