مشروع طي البروتينات البشرية
مشروع طي البروتينات البشرية ( HPF ) هو جهد تعاوني بين جامعة نيويورك ( مختبر بونو )، ومعهد بيولوجيا الأنظمة (ISB)، وجامعة واشنطن ( مختبر بيكر )، باستخدام برنامج روزيتا الذي طورته روزيتا كومنز. ويتولى مختبر بونو إدارة المشروع.
قامت المرحلة الأولى من مشروع HPF بتطبيق برنامج Rosetta v4.2x على الجينوم البشري و89 جينومًا آخر، بدءًا من نوفمبر 2004. وانتهت المرحلة الأولى في يوليو 2006. أما المرحلة الثانية من مشروع HPF (HPF2) فتطبق برنامج Rosetta v4.8x بدقة أعلى، في وضع "تحسين الذرات الكامل"، مع التركيز على المؤشرات الحيوية للسرطان (البروتينات الموجودة بمستويات مرتفعة بشكل كبير في الأنسجة السرطانية)، والبروتينات البشرية المفرزة، والملاريا .
نُفذت المرحلة الأولى على شبكتين حاسوبيتين تطوعيتين : الأولى على شبكة "يونايتد ديفايسز " grid.org ، والثانية على شبكة "وورلد كوميونيتي غريد" ، وهي مبادرة خيرية لشركة آي بي إم . أما المرحلة الثانية من المشروع، فقد نُفذت حصرياً على شبكة "وورلد كوميونيتي غريد"، وانتهت في عام 2013 بعد أكثر من تسع سنوات من مشاركة آي بي إم. [ 1 ]
سيستخدم معهد بيولوجيا الأنظمة نتائج الحسابات ضمن جهوده البحثية الأوسع.
المنشورات
- مالمستروم، لارس؛ ريفل، مايكل؛ شتراوس، تشارلي إي إم؛ تشيفيان، ديلان؛ ديفيس، تريشا ن.؛ بيكر، ديفيد؛ بيكر، د (2007)، "تحديد العائلات الفائقة لبروتينات الخميرة من خلال دمج التنبؤ بالبنية مع علم الجينات"، مجلة PLOS Biology ، 5 (4): e76، doi : 10.1371/journal.pbio.0050076 ، PMC 1828141 ، PMID 17373854
- درو، ك؛ وينترز، ب؛ باترفوس، ج.ل؛ بيرستيس، ف؛ أبلينجر، ك؛ أرمسترونج، ج؛ ريفل، م؛ شوايغوفر، إ؛ بوفرمان، ب؛ جودليت، د.ر؛ ديفيس، ت.ن؛ شاشا، د؛ مالمستروم، ل؛ بونو، ر (نوفمبر 2011). "مشروع طي البروتينوم: التنبؤ بالبنية والوظيفة على نطاق البروتينوم" . أبحاث الجينوم . 21 (11): 1981-1994 . doi : 10.1101 / gr.121475.111 . PMC 3205581. PMID 21824995 . *
- بالتز، أ.ج.؛ مونشاور، م.؛ شوانهاوسر، ب.؛ فاسيل، أ.؛ موراكاوا، ي.؛ شويلر، م.؛ يونغز، ن.؛ بينفولد-براون، د.؛ درو، ك.؛ ميليك، م.؛ وايلر، إ.؛ بونو، ر.؛ سيلباخ، م.؛ ديتريش، س.؛ لاندثالر، م. (8 يونيو 2012). "البروتيوم المرتبط بالرنا المرسال وملفه العام على نسخ ترميز البروتين" . الخلية الجزيئية . 46 (5): 674-90 . doi : 10.1016/j.molcel.2012.05.021 . PMID 22681889 . (استُخدمت تقنية إثراء الطي وتوقعات الوظائف) [ 1 ]
- وانغ، كيه إتش؛ إيسيدرو، إيه إل؛ دومينغيز، إل؛ إسكندريان، إتش إيه؛ ماكيني، بي تي؛ درو، كيه؛ غرابوفسكي، بي؛ تشوا، إم إتش؛ باري، إس إن؛ غوان، إم؛ بونو، آر؛ هنريكيز، إيه أو؛ إيشنبرغر، بي (نوفمبر 2009). "بروتين SpoVID المُشكِّل للغلاف ضروري لتغليف الأبواغ في بكتيريا Bacillus subtilis" . علم الأحياء الدقيقة الجزيئي . 74 (3): 634-49 . doi : 10.1111/j.1365-2958.2009.06886.x . PMC 2806667. PMID 19775244 . (استُخدمت التنبؤات كفرضية لمزيد من التوصيف التجريبي) [ 1 ]
انظر أيضاً
مراجع
روابط خارجية
- صفحة HPF على موقع WCG
- تحديثات حول تقنية HPF من الدكتور بونو
- يُقدّم مستودع البيانات العامة لمركز موارد الخميرة هياكل مُتوقعة للعديد من الكائنات الحية (البشر، الخميرة، البكتيريا، العاثيات) التي تنتجها تقنية HPF
- مشاريع البنية التحتية المفتوحة للحوسبة الشبكية في بيركلي
- علم البروتينات
- بنية البروتين
- مشاريع الحوسبة التطوعية