قائمة برامج عرض شجرة التطور الوراثي

📅 آخر تحديث: ٢٩ يوليو ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٢٩ يوليو ٢٠٢٦
📷 يحتوي على 1 صور
الموسوعة الحرة

ون زووم

تُعد هذه القائمة لبرامج عرض الأشجار التطورية عبارة عن تجميع لأدوات البرامج وبوابات الويب المستخدمة في تصور الأشجار التطورية .

برامج عبر الإنترنت

اسموصفرخصة
تحليل سريع للتعليقات التوضيحية لعلم الوراثة (الأكوابوني [ 1 ] )عارض شجري جافا سكريبت لبرنامج بيستسيسيل
عارض شجرة مجموعة أدوات ETE [ 2 ]أداة عبر الإنترنت لعرض شجرة التطور الوراثي (بتنسيق نيوك) تسمح بعرض محاذاة التسلسلات المتعددة جنبًا إلى جنب مع الأشجار (بتنسيق فاستا).
EvolView [ 3 ]أداة عبر الإنترنت لعرض وشرح وإدارة الأشجار التطورية
IcyTree [ 4 ]عارض SVG من جانب العميل يعمل بلغة جافا سكريبت لعرض الأشجار الجذرية المشروحة. يدعم أيضًا الشبكات التطورية.
إيروكي [ 5 ]التخصيص التلقائي وعرض الأشجار التطورية
iTOL - شجرة الحياة التفاعلية [ 6 ]إضافة تعليقات توضيحية إلى الأشجار باستخدام أنواع مختلفة من البيانات وتصديرها إلى تنسيقات رسومية متنوعة؛ قابلة للبرمجة من خلال واجهة معالجة دفعية.
التفاعلات الدقيقة [ 7 ]ربط وتصور واستكشاف التسلسل والبيانات الوصفية باستخدام الأشجار التطورية والخرائط والجداول الزمنية
ون زووم [ 8 ]يستخدم برنامج IFIG (الرسوم البيانية التفاعلية المستوحاة من الأشكال الكسورية) لعرض الأشجار التطورية التي يمكن تكبيرها لزيادة التفاصيل
خريطة الحياة [ 9 ]تمثيل يشبه الفراكتلات لتوفير مستكشف تفاعلي لشجرة الحياة "على غرار خرائط جوجل"
Phylo.io [ 10 ]استعرض وقارن ما يصل إلى شجرتين جنبًا إلى جنب باستخدام رسومات HTML5 التفاعلية
PhyloExplorer [ 11 ]أداة لتسهيل تقييم وإدارة مجموعات الأشجار التطورية. عند إدخال مجموعة من الأشجار الجذرية، يوفر برنامج PhyloExplorer إمكانيات للحصول على إحصائيات تصف المجموعة، وتصحيح أسماء التصنيفات غير الصالحة، واستخراج الأجزاء ذات الصلة بالتصنيف من المجموعة باستخدام لغة استعلام مخصصة، وتحديد الأشجار ذات الصلة في قاعدة بيانات TreeBASE .
PHYLOViZ Online [ 12 ]أداة عبر الإنترنت لعرض واستنتاج العلاقات التطورية وتحليل ومشاركة الأشجار الممتدة الدنيا
PhyloWidget [ 13 ]عرض وتعديل ونشر الأشجار التطورية عبر الإنترنت؛ واجهات مع قواعد البيانات
بريستو [ 14 ]تصور شجرة التطور الوراثي.
تاكسونيوم [ 15 ]أداةٌ عبر الإنترنت لاستكشاف الأشجار الضخمة جدًا، بما في ذلك تلك التي تحتوي على ملايين العقد، مع إمكانية البحث وتلوين البيانات الوصفية. عند تزويدها بشجرة مُعَلَّمة بالطفرات، تُظهر الأداة الطفرات الموجودة على الشجرة وتعرض الأنماط الجينية النهائية.
تي-ريكس (خادم الويب) [ 16 ]استدلال الشجرة وتصورها (عرض الشجرة الهرمي والشعاعي والمحوري)، والكشف عن نقل الجينات الأفقي وتصور شبكة نقل الجينات الأفقي
تايدي تري [ 17 ]مُعرِّض شجرة التطور الوراثي HTML5/SVG من جانب العميل، يعتمد على D3.js
TreeVector [ 18 ]أشجار تطورية تفاعلية وقابلة للتوسع للويب، تُنتج مخرجات SVG أو PNG ديناميكية، مُنفذة بلغة جافا.

برنامج سطح المكتب

اسموصفنظام التشغيل 1الاستشهاد
مجلس مراجعة التحكيمبيئة برمجية متكاملة لتصور الأشجار وشرحهاLM[ 19 ]
الأركيوبتركسعارض ومحرر شجرة جافا (كان يُعرف سابقًا باسم ATV)الجميع[ 20 ]
BioNumericsمنصة شاملة لإدارة وتخزين وتحليل جميع أنواع البيانات البيولوجية، بما في ذلك استنتاج الأشجار والشبكات لبيانات التسلسل.دبليو[ 21 ]
منظار الأسنانعارض تفاعلي للأشجار والشبكات التطورية الكبيرةالجميع[ 22 ]
دينسيتريبرنامج عرض قادر على عرض أشجار متعددة متراكبة.الجميع[ 23 ]
شجرة التينبرنامج بسيط لعرض الأشجار بلغة جافا، قادر على قراءة ملفات الأشجار من نوعي نيويك ونيكسوس. يمكن استخدامه لتلوين الفروع وإنتاج رسومات متجهة.الجميع[ 24 ]
JEvTraceمتصفح متعدد الاستخدامات لمحاذاة التسلسلات، وعلم الوراثة، والبنية. يُجري تتبعًا تطوريًا تفاعليًا [ 25 ] وتحليلات أخرى مستوحاة من علم الوراثة.الجميع[ 26 ]
ميجابرنامج لتحليل التطور الجزيئي إحصائياً. يتضمن البرنامج ميزات مختلفة لعرض شجرة التطور.الجميع[ 27 ]
مخططات متعددة الأشجارتطبيق تفاعلي مفتوح المصدر لحساب ورسم الأشجار التطوريةالجميع[ 28 ]
فيلوفيزالاستدلال التطوري وتصور البيانات لملفات تعريف تسلسلات الأليلات/SNP باستخدام الأشجار الممتدة الدنياالجميع[ 29 ]
شجرة التقسيمبرنامج لعرض الأشجار، والمخططات التفرعية ، وشبكات الجوار ، وغيرها من الرسوم البيانيةالجميع[ 30 ]
تري داينبرنامج مفتوح المصدر لمعالجة الأشجار وإضافة التعليقات التوضيحية إليه، يسمح بدمج المعلومات الوصفية.الجميع[ 31 ]
تطور الشجرةأداة مفتوحة المصدر لعرض الأشكال الدائرية مع تشويه المقاطع والحلقات، بالإضافة إلى العديد من الميزات الأخرى مثل تجميع الفروع وتقليمها.الجميع[ 32 ]
TreeGraph 2محرر أشجار مفتوح المصدر مزود بالعديد من عمليات التحرير والتنسيق، بما في ذلك دمج تحليلات التطور الوراثي المختلفة.الجميع[ 33 ]
عرض الشجرةبرنامج عرض الأشجارالجميع[ 34 ] [ 35 ]
يوجينواجهة مرئية مفتوحة المصدر لحزمة Phylip 3.6الجميع[ 36 ]
عارض الشجرةبرنامج مرن وقابل للتخصيص لعرض ومعالجة الأشجار التطوريةالجميع[ 37 ]

1. يشير مصطلح "الكل" إلى أنظمة التشغيل Microsoft Windows و Apple macOS و Linux؛ L=Linux، M=Apple macOS، W=Microsoft Windows

المكتبات

اسملغةوصفالاستشهاد
علم الأحياء والتطوربايثونPhylo : جزء من Biopython، توفر هذه الوحدة فئات ووظائف ودعمًا للإدخال والإخراج للعمل مع الأشجار التطورية.[ 38 ]
Bio::Phyloبيرلمجموعة من وحدات بيرل لمعالجة بيانات علم الوراثة العرقي وتصويرها. Bio::Phylo هو جزء من مجموعة شاملة من أدوات بيرل لعلم الأحياء[ 21 ]
CGRphyloRخط أنابيب يعتمد على طريقة CGR للتصنيف الدقيق وتتبع الفيروسات سريعة التطور[ 39 ]
ETEبايثونETE (بيئة لاستكشاف الأشجار) هي مجموعة أدوات تساعد في المعالجة الآلية وتحليل وتصور الأشجار.[ 40 ]
ggtreeRحزمة R لتصور الأشجار وشرحها مع دعم قواعد الرسومات[ 41 ]
غرافلانبايثونGraPhlAn هي أداة برمجية لإنتاج تمثيلات دائرية عالية الجودة للأشجار التصنيفية والتطورية.
jsPhyloSVGجافا سكريبتمكتبة جافا سكريبت مفتوحة المصدر لعرض أشجار التطور الوراثي القابلة للتوسيع والتخصيص بدرجة عالية؛ تُستخدم لأشجار Elsevier التفاعلية[ 42 ] [ 43 ]
PhyD3جافا سكريبتعرض تفاعلي لشجرة التطور الوراثي مع رسوم بيانية توضيحية رقمية، مع مخرجات بصيغة SVG أو PNG، مُنفذ باستخدام D3.js[ 44 ]
phylotree.jsجافا سكريبتمكتبة phylotree.js هي مكتبة توسع إطار عمل D3.js الشهير لتصور البيانات ، وهي مناسبة لبناء تطبيقات JavaScript حيث يمكن للمستخدمين عرض الأشجار التطورية والتفاعل معها.[ 45 ]
PhyloPlots.jlجولياPhyloPlots.jl هي حزمة برمجية بلغة جوليا لرسم الأشجار والشبكات التطورية، وهي متكاملة مع PhyloNetworks.jl[ 46 ]
فيتولزRأدوات علم الوراثة العرقي لعلم الأحياء المقارن (وأشياء أخرى) باستخدام لغة البرمجة R[ 47 ]
شجرة الألعاببايثونToytree: مكتبة بسيطة لتصور ومعالجة الأشجار في بايثون[ 48 ]

انظر أيضاً

مراجع

  1. ↑ كازو ب، كاستل ج، ريفالز إي (سبتمبر 2019). "أكوابوني: تصوير وتفسير المعلومات الجغرافية الوراثية على الأشجار التطورية" . المعلوماتية الحيوية . 35 (17): 3163-3165 . doi : 10.1093/bioinformatics/btz011 . PMID 30649190. مؤرشف من الأصل في 3 فبراير 2019. 
  2. ↑ هويرتا-سيباس ج، دوبازو ج، غابالدون ت (يناير 2010). "ETE: بيئة بايثون لاستكشاف الأشجار" . BMC Bioinformatics . 11 (1) 24. Bibcode : 2010BMCBi..11...24H . doi : 10.1186/1471-2105-11-24 . PMC 2820433. PMID 20070885 .  
  3. ↑ تشانغ هـ، غاو س، ليرشر إم جيه، هو س، تشين دبليو إتش (يوليو 2012). "EvolView، أداة عبر الإنترنت لعرض وشرح وإدارة الأشجار التطورية" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 40 (عدد خادم الويب): W569–72. doi : 10.1093/nar/gks576 . PMC 3394307. PMID 22695796 .  
  4. ↑ فوغان ، تي جي (أغسطس 2017). "IcyTree: عرض سريع قائم على المتصفح للأشجار والشبكات التطورية" . المعلوماتية الحيوية . 33 (15): 2392-2394 . doi : 10.1093/bioinformatics/btx155 . PMC 5860111. PMID 28407035 .  
  5. ↑ مور آر إم، هاريسون إيه أو، ماكاليستر إس إم، بولسون إس دبليو، ووماك كي إي (فبراير 2020). " إيروكي: التخصيص التلقائي وتصور الأشجار التطورية" . PeerJ . 8 e8584. doi : 10.7717/peerj.8584 . PMC 7049256. PMID 32149022 .  
  6. ↑ ليتونيك، آي.، وبورك، ب. (يناير 2007). "شجرة الحياة التفاعلية (iTOL): أداة إلكترونية لعرض شجرة التطور الوراثي وشرحها" (ملف PDF) . المعلوماتية الحيوية . 23 (1): 127-128 . doi : 10.1093/bioinformatics/btl529 . PMID 17050570 . 
  7. ↑ أرجيمون إس، أبو دهب ك، غواتر آر جيه، فيدوسيجيف أ، بهاي جيه، غلاسنر سي، وآخرون . (نوفمبر 2016). " ميكرورياكت: تصور ومشاركة البيانات لعلم الأوبئة الجينومي وعلم الجغرافيا الوراثية" . علم الجينوم الميكروبي . 2 (11) e000093. doi : 10.1099/mgen.0.000093 . PMC 5320705. PMID 28348833 .   
  8. ↑ روزينديل ج، هارمون إل جيه (2012). "OneZoom: مستكشف فركتلي لشجرة الحياة" . PLOS Biology . 10 (10) e1001406. doi : 10.1371/journal.pbio.1001406 . PMC 3472976. PMID 23091419 .  
  9. ↑ دي فيين، د.م. (2016). "خريطة الحياة: استكشاف شجرة الحياة بأكملها" . مجلة PLOS Biology . 14 (12) e2001624. doi : 10.1371/journal.pbio.2001624 . PMC 5179005. PMID 28005907 .  
  10. ↑ روبنسون، أو.، دايلوس ، د.، ديسيموز، س. (أغسطس 2016). "Phylo.io: عرض ومقارنة تفاعلية لأشجار التطور الكبيرة على الويب" . علم الأحياء الجزيئي والتطور . 33 (8): 2163-2166 . arXiv : 1602.04258 . Bibcode : 2016MBioE..33.2163R . doi : 10.1093/molbev/ msw080 . PMC 4948708. PMID 27189561 .  
  11. ↑ رانويز، ف.، كليرون، ن.، ديلسوك، ف.، بورالي، س.، أوبيرفال، ن.، ديزر، س.، بيري، ف. (مايو 2009). "PhyloExplorer: خادم ويب للتحقق من صحة الأشجار التطورية واستكشافها والاستعلام عنها" . مجلة BMC لعلم الأحياء التطوري . 9. 9 (1): 108. Bibcode : 2009BMCEE...9..108R . doi : 10.1186/1471-2148-9-108 . PMC 2695458. PMID 19450253 .  
  12. ↑ ريبيرو-غونسالفيس ب، فرانسيسكو أ.ب، فاز س، ​​راميريز م، كاريكو ج.أ (يوليو 2016). "PHYLOViZ Online: أداة ويب لعرض وتحليل ومشاركة الأشجار الممتدة الدنيا، واستنتاج العلاقات التطورية" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 44 (W1): W246–51. doi : 10.1093/nar/gkw359 . PMC 4987911. PMID 27131357 .  
  13. ↑ جوردان، جي إي، وبيل، دبليو إتش (يوليو 2008). "PhyloWidget: تصورات قائمة على الويب لشجرة الحياة" . المعلوماتية الحيوية . 24 (14): 1641-1642 . doi : 10.1093/bioinformatics/btn235 . PMID 18487241 . 
  14. ↑ غيندون، ستيفان؛ غاسكويل، أوليفييه (1 أكتوبر 2003). "خوارزمية بسيطة وسريعة ودقيقة لتقدير السلالات الكبيرة باستخدام طريقة الاحتمال الأقصى" . علم الأحياء المنهجي . 52 (5): 696-704 . doi : 10.1080/10635150390235520 . ISSN 1063-5157 . PMID 14530136. S2CID 13857323 .   
  15. ↑ ساندرسون (2021). "تاكسونيوم" .
  16. ↑ بوك أ، ديالو أ ب، ماكارينكوف ف (يوليو 2012). "تي-ريكس: خادم ويب لاستنتاج أشجار وشبكات التطور الوراثي والتحقق من صحتها وتصويرها" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 40 (عدد خوادم الويب): W573–9. doi : 10.1093/nar/gks485 . PMC 3394261. PMID 22675075 .  
  17. ↑ بويلز أ (2019). "TidyTree: أشجار التطور الوراثي المرنة بلا مساومة" . مركز السيطرة على الأمراض والوقاية منها.
  18. ↑ بيثيكا ر، باركر ج، كوفاكس ت، جوف ج (يناير 2010). "TreeVector: أشجار تطورية تفاعلية قابلة للتوسع للويب" . PLOS ONE . 5 (1) e8934. Bibcode : 2010PLoSO...5.8934P . doi : 10.1371/journal.pone.0008934 . PMC 2812488. PMID 20126613 .  
  19. ↑ لودفيج دبليو، سترونك أو، ويسترام آر، ريختر إل، ماير إتش، بوخنر إيه، لاي تي، ستيبي إس، جوب جي، فورستر دبليو، بريتسكي آي، جيربر إس، جينهارت إيه دبليو، جروس أو، جرومان إس، هيرمان إس، جوست آر، كونيج إيه، ليس تي، لوسمان آر، ماي إم، نونهوف بي، رايشل بي، ستريلو آر، ستاماتاكيس إيه، ستوكمان إن، فيلبيج إيه، لينكه إم، لودفيج تي، بودي إيه، شلايفر كيه إتش (2004). " ARB: بيئة برمجية لبيانات التسلسل" . أبحاث الأحماض النووية . 32 (4): 1363-1371 . doi : 10.1093/nar/gkh293 . PMC 390282. PMID 14985472 .  
  20. ↑ زماسيك سي إم، إيدي إس آر (أبريل 2001). "ATV: عرض ومعالجة الأشجار التطورية المشروحة" . المعلوماتية الحيوية . 17 (4): 383-384 . doi : 10.1093/bioinformatics/17.4.383 . PMID 11301314 . 
  21. ١ ٢ بروتوكولات BioNumerics المستخدمة بواسطة Pulsenet مؤرشفة في ٦ ديسمبر ٢٠١١، على Wayback Machine
  22. ↑ هوسون، د.هـ.، ريختر، د.س.، راوش، س.، ديزوليان، ت.، فرانز، م.، روب، ر. (نوفمبر 2007). " Dendroscope: عارض تفاعلي للأشجار التطورية الكبيرة" . BMC Bioinformatics . 8 460. doi : 10.1186/1471-2105-8-460 . PMC 2216043. PMID 18034891 .  
  23. ↑ بوكيرت ر، هيلد ج (2014-12-08). "DensiTree 2: رؤية الأشجار من خلال الغابة". bioRxiv 10.1101/012401 . 
  24. ↑ رامبوت أ. 2018. فيج تري 1.4.4 github.com تم الاطلاع عليه في 17 أبريل 2018
  25. ↑ ليشتارج، أو.، بورن، إتش. آر.، كوهين، إف. إي. (مارس 1996). "طريقة التتبع التطوري تحدد أسطح الارتباط المشتركة بين عائلات البروتينات". مجلة البيولوجيا الجزيئية . 257 (2): 342-358 . Bibcode : 1996JMBio.257..342L . doi : 10.1006/jmbi.1996.0167 . PMID 8609628 . 
  26. ↑ يواكيمياك، إم. بي.، وكوهين ، إف. إي. (2002). "JEvTrace: تحسينات وتنوعات التتبع التطوري في جافا" . علم الأحياء الجينومي . 3 (12) RESEARCH0077. doi : 10.1186/gb-2002-3-12-research0077 . PMC 151179. PMID 12537566 .  
  27. ↑ كومار إس، ستيتشر جي، لي إم، كنياز سي، تامورا كيه (يونيو 2018). "ميغا إكس: تحليل علم الوراثة التطورية الجزيئية عبر منصات الحوسبة" . علم الأحياء الجزيئي والتطور . 35 (6): 1547-1549 . doi : 10.1093/molbev/msy096 . PMC 5967553. PMID 29722887 .  
  28. ↑ فرنانديز أ، غوميز س (2008). "حل مشكلة عدم التفرد في التجميع الهرمي التراكمي باستخدام مخططات التفرع المتعددة". مجلة التصنيف . 25 (1): 43-65 . arXiv : cs/0608049 . doi : 10.1007/s00357-008-9004-x . S2CID 434036 . 
  29. ↑ فرانسيسكو إيه بي، فاز سي، مونتيرو بي تي، ميلو-كريستينو جيه، راميريز إم، كاريكو جيه إيه (مايو 2012). " PHYLOViZ: الاستدلال الوراثي وتصور البيانات لأساليب التصنيف القائمة على التسلسل" . BMC Bioinformatics . 13 87. doi : 10.1186/1471-2105-13-87 . PMC 3403920. PMID 22568821 .  
  30. ↑ هوسون، د. هـ.، وبراينت، د. (فبراير 2006). "تطبيق الشبكات التطورية في الدراسات التطورية" . علم الأحياء الجزيئي والتطور . 23 (2): 254-267 . doi : 10.1093/molbev/msj030 . PMID 16221896 . 
  31. ↑ شيفينيه، ف.، برون، س.، بانولز، أ. ل.، جاك، ب.، كريستن، ر. (أكتوبر 2006). " TreeDyn: نحو رسومات بيانية ديناميكية وتعليقات توضيحية لتحليلات الأشجار" . BMC Bioinformatics . 7 439. doi : 10.1186/1471-2105-7-439 . PMC 1615880. PMID 17032440 .  
  32. ↑ سانتاماريا ر، ثيرون ر (أغسطس 2009). "Treevolution: تحليل مرئي للأشجار التطورية" . المعلوماتية الحيوية . 25 (15): 1970-1971 . doi : 10.1093/bioinformatics/btp333 . PMID 19470585 . 
  33. ↑ ستوفر، بي سي، ومولر ، كيه إف (يناير 2010). "TreeGraph 2: دمج وتصوير الأدلة من تحليلات التطور الوراثي المختلفة" . BMC Bioinformatics . 11 7. doi : 10.1186/1471-2105-11-7 . PMC 2806359. PMID 20051126 .  
  34. ↑ "تحليل المنشورات 1996-2006 في علم الأحياء التطوري" (ملف PDF) . مؤرشف من النسخة الأصلية (ملف PDF) بتاريخ 14 فبراير 2015. تاريخ الاطلاع: 22 أكتوبر 2008 .
  35. ↑ الصفحة RD (أغسطس 1996). "TreeView: تطبيق لعرض الأشجار التطورية على أجهزة الكمبيوتر الشخصية" . تطبيقات الحاسوب في العلوم البيولوجية . 12 (4): 357-358 . doi : 10.1093/bioinformatics/12.4.357 . PMID 8902363 . 
  36. ↑ أوكونيتشنيكوف ك، غولوسوفا أ، فورسوف م، فريق UGENE (2012). "Unipro UGENE: مجموعة أدوات موحدة للمعلوماتية الحيوية" . المعلوماتية الحيوية . 28 (8): 1166-1167 . doi : 10.1093/bioinformatics/bts091 . PMID 22368248 . 
  37. ^ بيانشيني، ج. سانشيز باراكالدو، ف (2023). "إصدار TreeViewer 2.1.0" . دوى : 10.5281/زينودو.7768343 .
  38. ↑ كوك، بيتر جيه إيه؛ أنتاو، تياغو؛ تشانغ، جيفري تي؛ تشابمان، براد إيه؛ كوكس، سيمون جيه؛ دالك، أندرو؛ فريدبيرغ، إيدو؛ هاملريك، توماس؛ كوف، فرانك؛ ويلكزينسكي، بارتيك؛ دي هون، ميشيل جيه إل (1 يونيو 2009). "Biopython: أدوات بايثون متاحة مجانًا لعلم الأحياء الجزيئي الحاسوبي والمعلوماتية الحيوية" . المعلوماتية الحيوية . 25 (11): 1422-1423 . doi : 10.1093/bioinformatics/btp163 . ISSN 1367-4811 . PMC 2682512. PMID 19304878 .   
  39. ↑ ثيند، أماريندر سينغ؛ سينها، سومداتا (مايو 2023). "استخدام تمثيل لعبة الفوضى لتحليل سلالات فيروس سارس-كوف-2، والسلالات الناشئة حديثًا، والسلالات المُعاد تركيبها" . علم الجينوم الحالي . 24 (3): 187-195 . doi : 10.2174/0113892029264990231013112156 . PMC 10761335. PMID 38178984. S2CID 264500732 .   
  40. ↑ هويرتا-سيباس، خايمي؛ سيرا، فرانسوا؛ بورك، بير (يونيو 2016). "ETE 3: إعادة بناء وتحليل وتصوير بيانات علم الوراثة العرقي" . علم الأحياء الجزيئي والتطور . 33 (6): 1635-1638 . doi : 10.1093/molbev/msw046 . ISSN 0737-4038 . PMC 4868116. PMID 26921390 .   
  41. ↑ يو جي، سميث دي كيه، تشو إتش، غوان واي، لام تي تي (1 يناير 2017). "ggtree: حزمة برمجية R لتصور وشرح الأشجار التطورية مع متغيراتها المصاحبة وبياناتها الأخرى المرتبطة بها" . مناهج في علم البيئة والتطور . 8 (1): 28-36 . Bibcode : 2017MEcEv...8...28Y . doi : 10.1111/2041-210X.12628 . S2CID 63705866 . 
  42. ↑ أشجار التطور الوراثي التفاعلية www.elsevier.com مؤرشفة بتاريخ 31 مايو 2017 في أرشيف الإنترنت
  43. ↑ سميتس إس إيه، أوفيرني سي سي (أغسطس 2010). بون إيه إف (محرر). "jsPhyloSVG: مكتبة جافا سكريبت لعرض الأشجار التطورية التفاعلية والقائمة على المتجهات على الويب" . PLOS ONE . 5 (8) e12267. Bibcode : 2010PLoSO...512267S . doi : 10.1371/journal.pone.0012267 . PMC 2923619. PMID 20805892 .  
  44. ↑ كريفت إل، بوتزكي أ، كوبنز إف، فانديبويل ك، فان بيل إم (سبتمبر 2017). "PhyD3: عارض شجرة التطور الوراثي مع دعم موسع لـ phyloXML لتصور بيانات علم الجينوم الوظيفي" . المعلوماتية الحيوية . 33 (18): 2946-2947 . doi : 10.1093/bioinformatics/btx324 . PMID 28525531 . 
  45. ↑ شانك إس دي، ويفر إس، كوساكوفسكي بوند إس إل (يوليو 2018). "phylotree.js - مكتبة جافا سكريبت لتطوير التطبيقات وعرض البيانات التفاعلي في علم الوراثة العرقي" . بي إم سي بيوانفورماتيكس . 19 (1) 276. doi : 10.1186/s12859-018-2283-2 . PMC 6060545. PMID 30045713 .  
  46. ↑ سوليس-ليموس، سي.، باستيد، ب.، آني، سي. (2017). "PhyloNetworks: حزمة برمجية للشبكات التطورية" . علم الأحياء الجزيئي والتطور . 34 (12): 3292-3298 . doi : 10.1093/molbev/msx235 . PMID 28961984 . 
  47. ↑ ريفيل، إل جيه (2012). "phytools: حزمة برمجية R لعلم الأحياء المقارن التطوري (وأشياء أخرى)" . طرق علم البيئة والتطور. 3 ( 2): 217-223 . Bibcode : 2012MEcEv...3..217R . doi : 10.1111/j.2041-210X.2011.00169.x . S2CID 32670711 . 
  48. ↑ إيتون، دار (2019). "Toytree: مكتبة بسيطة لتصور ومعالجة الأشجار في بايثون" . طرق علم البيئة والتطور. 11 ( 1): 187-191 . doi : 10.1111/2041-210X.13313 .
  • قائمة شاملة لمحرري الأشجار
  • قائمة محرري الأشجار