قائمة برامج نمذجة بيولوجيا الأنظمة

📅 آخر تحديث: ١ أغسطس ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ١ أغسطس ٢٠٢٦
الموسوعة الحرة

يعتمد علم الأحياء النظمي بشكل كبير على بناء نماذج رياضية لفهم العمليات البيولوجية والتنبؤ بها. وقد طُوّرت برامج متخصصة للمساعدة في بناء هذه النماذج منذ ظهور الحواسيب الرقمية الأولى. [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] [ 4 ] فيما يلي قائمة بتطبيقات البرامج المدعومة حاليًا والمتاحة للباحثين.

تدعم الغالبية العظمى من برامج نمذجة بيولوجيا الأنظمة الحديثة معيار SBML ، وهو المعيار الفعلي لتبادل نماذج العمليات الخلوية البيولوجية. كما تدعم بعض الأدوات معيار CellML ، وهو معيار يُستخدم لتمثيل العمليات الفيزيولوجية. تكمن ميزة استخدام الصيغ القياسية في أنه حتى لو توقف دعم تطبيق برمجي معين، أو حتى أصبح غير قابل للاستخدام، فإنه يُمكن نقل النماذج التي طورها هذا التطبيق بسهولة إلى صيغ أحدث. وهذا يسمح بإعادة إنتاج البحث العلمي لفترة طويلة بعد نشر العمل الأصلي.

للحصول على مزيد من المعلومات حول أداة معينة، انقر على اسم الأداة. سينقلك هذا إما إلى منشور خاضع لمراجعة الأقران أو، في حالات نادرة، إلى صفحة مخصصة لها على ويكيبيديا.

تطبيقات برمجية مفتوحة المصدر مدعومة بنشاط

معلومات عامة

عندما يُشير أحد الإدخالات في عمود SBML إلى "نعم، ولكن فقط للتفاعلات"، فهذا يعني أن الأداة تدعم فقط مكون التفاعلات في SBML . على سبيل المثال، لا يتم دعم القواعد والأحداث وما إلى ذلك.

اسمالوصف/الأهميةنظام التشغيلرخصةموقعدعم SBML
iBIOSimiBioSim [ 5 ] [ 6 ] هي أداة تصميم بمساعدة الكمبيوتر (CAD) لنمذجة وتحليل وتصميم الدوائر الجينية.متعدد المنصات (جافا/سي++)رخصة أباتشينعم
كومبيوسيل ثلاثي الأبعادأداة واجهة المستخدم الرسومية/البرمجة النصية [ 7 ] لبناء ومحاكاة النماذج متعددة الخلايا.متعدد المنصات (C++/Python)معهد ماساتشوستس للتكنولوجيانعم، ولكن فقط فيما يتعلق بالتفاعلات.
كوباسيأداة واجهة المستخدم الرسومية [ 8 ] [ 9 ] لتحليل ومحاكاة نماذج SBML.متعدد المنصات (C++)رخصة فنيةنعم
سايتوسيممحاكاة مكانية للخيوط الهيكلية الخلوية المرنة والبروتينات الحركية [ 10 ]ماك، لينكس، سيجوين (سي++)رخصة GPL3غير قابل للتطبيق
عداء المكتبةمكتبة برمجية عالية الأداء لمحاكاة وتحليل نماذج SBML [ 11 ] [ 12 ]متعدد المنصات (C/C++)رخصة أباتشينعم
MassPyأداة محاكاة [ 13 ] [ 14 ] يمكنها العمل مع COBRApy [ 15 ]متعدد المنصات (بايثون)معهد ماساتشوستس للتكنولوجيانعم
MCellأداة واجهة المستخدم الرسومية للمحاكاة العشوائية المكانية القائمة على الجسيمات مع الجزيئات الفردية [ 16 ] [ 17 ] [ 18 ]منصات متعددةMIT و GPLv2غير قابل للتطبيق
أوبن كوربيئة نمذجة متعددة المنصات، تهدف إلى تنظيم وتحرير ومحاكاة وتحليل ملفات CellML على أنظمة التشغيل Windows و Linux و macOS .متعدد المنصات (C++/Python)رخصة GPLv3يستخدم CellML
فيزيبوسشكل متخصص من منصة نمذجة PhysiCell القائمة على العوامل والتي تدمج شبكات الإشارات المنطقية بشكل مباشر في عوامل الخلايا [ 19 ]متعدد المنصات (C++)بي إس دي-3نعم، ولكن فقط من أجل ردود الفعل
فيزي سيلإطار نمذجة قائم على العوامل [ 20 ] لعلم الأحياء النظمي متعدد الخلايا.متعدد المنصات (C++)بي إس دي-3نعم، ولكن فقط من أجل ردود الفعل
بولي هوببرنامج قائم على الشبكة للمحاكاة الديناميكية لميكانيكا الأنسجة الخلوية في بعدين مع التحولات الطوبولوجية [ 21 ]متعدد المنصات (C++)بي إس دي-3غير قابل للتطبيق
متعدد الأشكالبرنامج للمحاكاة الديناميكية لميكانيكا الأنسجة الخلوية في بعدين مقترنة بالإشارات الكيميائية [ 22 ]متعدد المنصات (C++)بي إس دي-3غير قابل للتطبيق
PySCeSأداة بايثون لنمذجة وتحليل نماذج SBML [ 23 ] [ 24 ] [ 25 ]متعدد المنصات (بايثون)بي إس دي-3نعم
pySBمنصة قائمة على لغة بايثون [ 26 ] مع تخصص في النماذج القائمة على القواعد.متعدد المنصات (بايثون)بي إس دي-3جزئي
جاهزمحاكاة مكانية قائمة على الجسيمات مع إمكانات بين الجزيئات [ 27 ]لينكس وماكمخصصغير قابل للتطبيق
SBSCLمكتبة جافا [ 28 ] مع دعم فعال وشامل لـ SBML [ 29 ]متعدد المنصات (جافا)إل جي بي إلنعم
SBW (برنامج)بيئة عمل موزعة [ 30 ] [ 31 ] تتضمن العديد من أدوات النمذجةمتعدد المنصات (C/C++)بي إس دي-3نعم
SimuCell3Dإطار نمذجة قائم على الشبكة للمحاكاة الديناميكية لميكانيكا الأنسجة الخلوية ثلاثية الأبعاد مع الخلايا المستقطبة [ 32 ]متعدد المنصات (C++)بي إس دي-3غير قابل للتطبيق
سمولدينمحاكاة قائمة على الجسيمات لعمليات المحاكاة العشوائية المكانية مع الجزيئات الفردية [ 33 ] [ 34 ] [ 35 ] [ 36 ]متعدد المنصات (C/C++/Python)إل جي بي إلغير قابل للتطبيق
خلية مسباريةبرنامج النمذجة المكانية الذي يستخدم شبكة دقيقة مع ما يصل إلى جزيء واحد لكل موقع [ 37 ] [ 38 ]منصات متعددةمجهولغير قابل للتطبيق
سلطة الربيعمحاكاة مكانية قائمة على الجسيمات حيث تكون الجزيئات عبارة عن كرات متصلة بواسطة نوابض [ 39 ]منصات متعددةمجهولغير قابل للتطبيق
خطواتحل تفاعل الانتشار العشوائي وجهد الغشاء على الشبكات الموزعة [ 40 ] [ 41 ] [ 42 ] [ 43 ]متعدد المنصات (C++/Python)رخصة جنو العمومية الإصدار 2جزئي
تيلوريوم (برنامج)بيئة محاكاة، [ 44 ] [ 45 ] تقوم بتجميع مكتبات متعددة في منصة واحدة.متعدد المنصات (بايثون)رخصة أباتشينعم
أوردميمحاكاة التفاعل والانتشار العشوائي على الشبكات غير المنظمة [ 46 ]ماتلاب على نظامي التشغيل ماك ولينكسرخصة GPL3غير قابل للتطبيق
VCellمنصة نمذجة شاملة [ 47 ] [ 48 ] للمحاكاة غير المكانية والمكانية والحتمية والعشوائية، بما في ذلك شبكات التفاعل وقواعد التفاعل.متعدد المنصات (جافا)معهد ماساتشوستس للتكنولوجيانعم

أدوات متخصصة

يسرد الجدول التالي الأدوات المتخصصة التي لا يمكن تجميعها مع أدوات النمذجة.

اسمالوصف/الأهميةنظام التشغيلرخصةموقع
PySCeSToolboxPySCeSToolbox [ 49 ] عبارة عن مجموعة أدوات لتحليل نماذج التمثيل الغذائي. من بين ميزاتها الأخرى، يمكن استخدامها لإنشاء معادلات تحليل التحكم التي تربط المرونات بمعاملات التحكم. هذه الحزمة متعددة المنصات وتتطلب PySCeS و Maxima للتشغيل.متعدد المنصات (C++/Python)بي إس دي-3
معالجة الشحنة الجماعية (MCC)MCC [ 50 ] هي أداة بايثون لتنسيق تعيينات الكتلة والشحنة للمستقلبات في نمذجة الشبكة الأيضية والتي تتطلب Z3 من Microsoft Research لتشغيلها.متعدد المنصات (بايثون)رخصة MIT

جداول الميزات

نماذج النمذجة المدعومة

اسممعادلة تفاضليةقائم على القيودستوكاستيكمنطقيقائم على الوكلاءمكاني (جسيم)مكاني (مستمر)
iBIOSimنعملانعملامحدودلالا
كومبيوسيل ثلاثي الأبعادنعملالالانعملانعم
كوباسينعملانعملالالالا
سايتوسيملالانعملا؟نعم؟
libRoadRunnerنعملانعملالالالا
MassPyيستخدم مكتبة libRoadRunnerيستخدم COBRApyلالالالا
MCellلالانعملالانعملا
أوبن كورنعملالالالالالا
فيزيبوس
فيزي سيليستخدم مكتبة libRoadRunnerلالالانعم؟نعم
PySCeSنعملا؟لالالالا
pySBنعملالالالالالا
جاهز
SBSCLنعمنعمنعملالالالا
SBWنعملانعملالالالا
سمولدينلالانعملالانعملا
خلية مسبارية
سلطة الربيع
خطوات
تيلوريوم (برنامج)يستخدم مكتبة libRoadRunner
أوردمي
VCellنعملا؟لالالاخلية واحدة

خصائص محددة للمعادلات التفاضلية

اسممحلل غير صلبحل متينمحلل الحالة المستقرةحساسية الحالة المستقرةالحساسيات المعتمدة على الزمنتحليل التشعب
iBIOSimنعمنعملالا؟لا
كومبيوسيل ثلاثي الأبعاديستخدم مكتبة libRoadRunnerغير متوفر
كوباسينعمنعمنعمنعم؟محدود
libRoadRunnerنعمنعمنعمنعمنعمعبر إضافة AUTO2000
ماسبييستخدم مكتبة libRoadRunner
أوبن كورنعمنعم؟؟؟لا
فيزيبوس
فيزي سيليستخدم مكتبة libRoadRunner
PySCeSنعمنعمنعمنعم؟محدود+
pySBنعملالالالالا
SBSCLنعمنعمنعم
SBWيستخدم إصدار C# من برنامج Roadrunnerنعم
تيلوريوم (برنامج)يستخدم مكتبة libRoadRunner
VCellنعمنعملالالالا

دعم تنسيقات الملفات ونوع الواجهة

اسميستورديصدّرالواجهة الرئيسيةتصوير الشبكة (تحرير)
iBIOSimSBMLSBMLواجهة المستخدم الرسوميةنعم (نعم)
كومبيوسيل ثلاثي الأبعادتنسيق مواصفات XML الأصلي و SBMLXML الأصليبرمجة واجهة المستخدم الرسومية/بايثونلا
كوباسيتنسيق مواصفات XML الأصلي و SBMLXML الأصلي و SBMLواجهة المستخدم الرسوميةنعم (لا)
libRoadRunnerSBMLSBMLبرمجة بايثونلا
ماسبيSBMLSBMLبرمجة بايثونلا

الميزات المتقدمة (حيثما ينطبق ذلك)

اسممصفوفة القياس المتكافئمصفوفة منخفضة التكافؤتحليل الجزء المحفوظجاكوبيانMCA
كوباسينعمنعمنعمنعمنعم
libRoadRunnerنعمنعمنعمنعمنعم
ماسبيعبر libRoadRunner
PySCeSنعمنعمنعمنعمنعم
VCell؟؟؟؟محدود

ميزات أخرى

اسمتقدير المعلماتدعم DAEدعم الوحدات
iBIOSimلا؟؟
حساب الخلية ثلاثية الأبعادغير متوفرغير متوفر؟
كوباسينعممحدودنعم
libRoadRunnerعبر حزم بايثونمحدودنعم
ماسبيعبر حزم بايثونمحدودنعم
SBSCLلانعمنعم

محاكيات قائمة على الجسيمات

تتعامل المحاكيات القائمة على الجسيمات مع كل جزيء محل اهتمام كجسيم منفرد في فضاء متصل، تحاكي الانتشار الجزيئي، وتفاعلات الجزيء مع الغشاء، والتفاعلات الكيميائية. [ 51 ]

مقارنة بين المحاكيات القائمة على الجسيمات

تقارن القائمة التالية خصائص العديد من برامج المحاكاة القائمة على الجسيمات. هذا الجدول مُعدّل من نسخة نُشرت أصلاً في موسوعة علم الأعصاب الحاسوبي . [ 52 ] رموز حدود النظام: R = عاكس، A = ماص، T = ناقل، P = دوري، I = متفاعل. * الخوارزمية دقيقة، لكن البرنامج أنتج نتائج غير صحيحة وقت إعداد الجدول الأصلي. † أوقات تشغيل هذه المعايير غير قابلة للمقارنة مع غيرها نظرًا لاختلاف مستويات التفاصيل.

ميزةMCellسمولدينeGFRDسلطة الربيعجاهز
أوقاتحوالي 1 أمريكيمن نانوثانية إلى مللي ثانيةقائم على الأحداث~10 نانوثانية~0.1 نانوثانية بالنسبة لنا
الجزيئاتنقاطنقاط، كراتكراتمجالات متعددةمجالات متعددة
أبعاد2.31، 2، 3333
حدود النظاممستغرقمستغرقPRباي
الأسطحشبكة مثلثيةالعديد من العناصر الأولية-سطح مستوٍ واحدمستوى، كرة
جزيئات السطح1/بلاطة، حالتانغير محدود، 4 ولايات-غير محدود، 3 ولايات-
الحجم المستبعد-ممتازبالضبطجيدممتاز
متعددات الوحداتالولايات فقطنموذج قائم على القواعد-صريحصريح
الصيدليات-نعم-نعم-
دقة رد الفعلجيد جدًاممتازبالضبط*ممتازممتاز
نواتج التفككالاحتماليةفصل ثابتمجاورمجاورمجاور
التفاعلات بين الجزيئات والأسطحجيدممتاز-للمواقع فقطالإمكانيات
التفاعلات بعيدة المدى-نعم--نعم
زمن التشغيل القياسي67 ثانية22 ثانية13 يومًا†9.1 أشهر†13 دقيقة
توزيعملف تنفيذيملف تنفيذيالتجميع الذاتيملف جافاالتجميع الذاتي
واجهة المستخدمواجهة المستخدم الرسومية، نصنصنصواجهة المستخدم الرسوميةبرنامج بايثون
مخرجات رسوميةممتازجيددعم جزئيدعم جزئيجيد
واجهة المكتبةبايثونلغات البرمجة C/C++، بايثون--بايثون
مراجع

[ 53 ] [ 54 ] [ 55 ]

[ 56 ] [ 57 ][ 58 ] [ 59 ] [ 60 ][ 61 ][ 62 ]

برنامج معايرة النموذج

تُعدّ معايرة النماذج نشاطًا أساسيًا عند تطوير نماذج بيولوجيا الأنظمة. يُسلّط هذا الجدول الضوء على بعض أدوات معايرة النماذج المتاحة حاليًا لمطوري نماذج بيولوجيا الأنظمة. يسرد الجدول الأول الأدوات المتوافقة مع لغة SBML.

أداةمتوافق مع PETabP1P2
pyPESTO [ 63 ]نعمغير متوفرغير متوفر
كوباسينعمغير متوفرغير متوفر

يُعد PEtab [ 64 ] معيارًا مجتمعيًا لتحديد عمليات معايرة النموذج.

تطبيقات البرمجيات مفتوحة المصدر القديمة

تتضمن القائمة التالية بعض البرامج المبكرة جدًا لنمذجة الأنظمة البيوكيميائية التي تم تطويرها قبل ثمانينيات القرن العشرين. وقد تم إدراجها لأغراض تاريخية.

اسمالوصف/الأهميةلغةTerminus ante quem [ 65 ]
BIOSIM [ 66 ]أول محاكاة رقمية مسجلة على الإطلاق للشبكات البيوكيميائية (بقلم ديفيد غارفينكل)فورتران 41968
KDF 9 [ 67 ]أول جهاز محاكاة يدعم برنامج MCA . تم تطويره بواسطة الراحل جيم بيرنز في إدنبرة.الشكل المبكر للغة فورتران1968
ميتاسيم [ 68 ]محاكاة مبكرة من بارك ورايتPL/11973

تعرض القائمة التالية بعض تطبيقات نمذجة البرمجيات التي تم تطويرها في ثمانينيات وتسعينيات القرن الماضي. وقد تم إدراجها لأغراض تاريخية.

اسمالوصف/الأهميةلغةدعم SBMLTerminus ante quem [ 69 ]
COR [ 70 ]أول بيئة عامة قائمة على لغة CellML .أوبجكت باسكاليستخدم CellML2010
DBsolve [ 71 ]منصة محاكاة مبكرة تعتمد على واجهة المستخدم الرسومية.لغة C/C++لا1999
الخلية الإلكترونية [ 72 ]إحدى المحاولات الأولى لإنشاء منصة نمذجة للخلايا الكاملة.لغة C/C++لا1999
جيباسي [ 73 ]أول تطبيق بواجهة مستخدم رسومية يدعم تحليل التحكم الأيضي وتقدير المعلمات.لغة C/C++نعم1993
جارناك [ 74 ]أول تطبيق قائم على واجهة المستخدم الرسومية لدعم البرمجة النصية في نمذجة بيولوجيا الأنظمة.أوبجكت باسكالنعم2000
JSim [ 75 ]أول منصة لنمذجة بيولوجيا الأنظمة تعتمد على لغة جافاجافانعم2003
MetaMod [ 76 ]أحد أوائل برامج محاكاة بيولوجيا الأنظمة القائمة على الحاسوب الشخصيبي بي سي مايكرولا1986
MetaModel [ 77 ]محاكي بيولوجيا الأنظمة المبكر القائم على الحاسوب الشخصيTurbo Pascal 5.0لا1991
ضباب [ 78 ]محاكي قائم على واجهة المستخدم الرسوميةبورلاند باسكال 7.0لا1995
SCAMP [ 79 ]أول تطبيق لدعم تحليل ومحاكاة التحكم الأيضي على جهاز كمبيوتر شخصيباسكال، لاحقاً في سيلا1985 (أطروحة)

مراجع

  1. ↑ تشانس، بريتون؛ غارفينكل، ديفيد؛ هيغينز، جوزيف؛ هيس، بينو؛ تشانس، إي إم (أغسطس 1960). "آليات التحكم الأيضي" . مجلة الكيمياء البيولوجية . 235 (8): 2426-2439 . doi : 10.1016/S0021-9258(18)64638-1 .
  2. ↑ تشانس، بريتون؛ هيغينز، جوزيف؛ غارفينكل، ديفيد (1962). تمثيلات حاسوبية تناظرية ورقمية للعمليات الكيميائية الحيوية . اتحاد الجمعيات الأمريكية لعلم الأحياء التجريبي: وقائع الاتحاد، المجلد 12، العدد 1-2، ص 75. 
  3. ^ بيرنز ، جيم (1 مارس 1973). تحليل التحكم الأيضي . أطروحة (أطروحة). دوى : 10.5281/زينودو.7240738 .
  4. ↑ غارفينكل، ديفيد (أغسطس 1968). "لغة مستقلة عن الآلة لمحاكاة الأنظمة الكيميائية والبيوكيميائية المعقدة". مجلة الحوسبة والبحوث الطبية الحيوية . 2 (1): 31-44 . doi : 10.1016/0010-4809(68)90006-2 . PMID 5743538 . 
  5. ↑ واتانابي، لياندرو؛ نغوين، ترامي؛ تشانغ، مايكل؛ زوندل، زاك؛ تشانغ، تشن؛ مادسن، كورتيس؛ روهنر، نيكولاس؛ مايرز، كريس (19 يوليو 2019). "iBioSim3: أداة لتصميم الدوائر الجينية القائمة على النماذج". مجلة ACS للبيولوجيا التركيبية . 8 (7): 1560-1563 . doi : 10.1021/acssynbio.8b00078 . PMID 29944839. S2CID 49429947 .  
  6. ^ مارتينيز غارسيا، إستيبان. غوني مورينو، أنجيل؛ بارتلي، بريان. ماكلولين، جيمس. سانشيز سامبيدرو، لوكاس؛ باسكوال ديل بوزو، هيكتور؛ بريتو هيرنانديز، كلارا؛ مارليتا، أدا سيرينا؛ دي لوكريزيا، دافيد؛ سانشيز فرنانديز، جوزمان؛ فريل، صوفيا؛ دي لورينزو ، فيكتور (8 يناير 2020). "SEVA 3.0: تحديث لهندسة المتجهات الأوروبية القياسية لتمكين قابلية نقل التركيبات الجينية بين العوائل البكتيرية المتنوعة" . أبحاث الأحماض النووية . 48 (د1): د1164 – د1170. دوى : 10.1093/نار/gkz1024 . بمك 7018797 . PMID 31740968 .  
  7. ^ سوات ، ماسيج هـ. توماس، جيلبرتو L.؛ بلمونت، خوليو م. شيرين فرد، عباس؛ هملياك، ديميتريج؛ جلازيير، جيمس أ. (2012). “النمذجة متعددة النطاق للأنسجة باستخدام CompuCell3D”. الطرق الحسابية في بيولوجيا الخلية . المجلد. 110. ص 325 – 366. دوى : 10.1016 / B978-0-12-388403-9.00013-8 . رقم ISBN   978-0-12-388403-9. PMC 3612985 . PMID 22482955 .  
  8. ↑ بيرغمان، فرانك ت.؛ هوبس، ستيفان؛ كلاين، برايان؛ كومر، أورسولا؛ مينديز، بيدرو؛ باهل، يورغن؛ ساهل، سفين (نوفمبر 2017). "COPASI وتطبيقاتها في التقنية الحيوية" . مجلة التقنية الحيوية . 261 : 215-220 . doi : 10.1016 / j.jbiotec.2017.06.1200 . PMC 5623632. PMID 28655634 .  
  9. ↑ يوه، جينغ وي؛ نغ، كاي بون إيفان؛ تيه، آي يينغ؛ تشانغ، جينغ يون؛ تشي، واي كيت ديفيد؛ بوه، تشويه لو (19 يوليو 2019). "نظام آلي لاختيار النماذج الحيوية (BMSS) لتصميم الدوائر الجينية". مجلة ACS للبيولوجيا التركيبية . 8 (7): 1484-1497 . doi : 10.1021/acssynbio.8b00523 . PMID 31035759. S2CID 140321282 .  
  10. ↑ نيديلك، فرانسوا؛ فوثكي، ديتريش (2007). "ديناميكيات لانجفين الجماعية لألياف الهيكل الخلوي المرنة". المجلة الجديدة للفيزياء . 9 (11): 427. arXiv : 0903.5178 . Bibcode : 2007NJPh....9..427N . doi : 10.1088/1367-2630/9/11/427 . S2CID 16924457 . 
  11. ↑ سوموجي، إندري ت.؛ بوتيلير، جان ماري؛ جلازييه، جيمس أ.؛ كونيغ، ماتياس؛ ميدلي، ج. كايل؛ سوات، ماسيج هـ.؛ سورو، هربرت م. (15 أكتوبر 2015). "libRoadRunner: مكتبة محاكاة وتحليل SBML عالية الأداء: الجدول 1" . المعلوماتية الحيوية . 31 (20): 3315-3321 . doi : 10.1093/bioinformatics/btv363 . PMC 4607739. PMID 26085503 .  
  12. ↑ غفاري زاده، أحمد رضا؛ هيلاند، راندي؛ فريدمان، صموئيل هـ.؛ مومنتالر، شانون م.؛ ماكلين، بول (23 فبراير 2018). "PhysiCell: محاكي خلايا مفتوح المصدر قائم على الفيزياء لأنظمة متعددة الخلايا ثلاثية الأبعاد" . PLOS Computational Biology . 14 (2) e1005991. Bibcode : 2018PLSCB..14E5991G . doi : 10.1371/journal.pcbi.1005991 . PMC 5841829. PMID 29474446 .  
  13. ↑ هايمان، زاكاري ب.؛ زيلينسكي، دانيال س.؛ كويكي، يوكو؛ يوركوفيتش، جيمس ت.؛ بالسون، برنارد أ. (28 يناير 2021). "MASSpy: بناء ومحاكاة وتصوير النماذج البيولوجية الديناميكية في بايثون باستخدام حركية فعل الكتلة" . PLOS Computational Biology . 17 (1) e1008208. Bibcode : 2021PLSCB..17E8208H . doi : 10.1371/ journal.pcbi.1008208 . PMC 7872247. PMID 33507922 .  
  14. ↑ فوستر، تشارلز جيه؛ وانغ، لين؛ دينه، هوانغ في؛ ساثرز، باتريك إف؛ ماراناس، كوستاس دي (فبراير 2021 ) . "بناء نماذج حركية للهندسة الأيضية". الرأي الحالي في التكنولوجيا الحيوية . 67 : 35-41 . doi : 10.1016/j.copbio.2020.11.010 . OSTI 1764394. PMID 33360621. S2CID 229690954 .   
  15. ↑ إبراهيم، علي؛ ليرمان، جوشوا أ؛ بالسون، برنارد أ؛ هايدوك، دانيال ر (ديسمبر 2013). "COBRApy: إعادة بناء وتحليل قائم على القيود لـ Python" . BMC Systems Biology . 7 (1): 74. doi : 10.1186/1752-0509-7-74 . PMC 3751080. PMID 23927696 .  
  16. ↑ ستايلز، جويل ر.؛ فان هيلدن، ديرك؛ بارتول، توماس م.؛ سالبيتر، إدوين إي.؛ سالبيتر، ميريام م. (1996). "يمكن نمذجة أوقات صعود تيار الصفيحة النهائية المصغرة التي تقل عن 100 ميكروثانية من التسجيلات المزدوجة المحسّنة باستخدام انتشار الأستيل كولين السلبي من حويصلة متشابكة" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية . 93 (12): 5747-5752 . Bibcode : 1996PNAS...93.5747S . doi : 10.1073/pnas.93.12.5747 . PMC 39132. PMID 8650164 .  
  17. ↑ ستايلز، جويل ر.؛ بارتول، توماس م. (2001). "طرق مونت كارلو لمحاكاة الفيزيولوجيا الدقيقة المشبكية الواقعية باستخدام MCell". علم الأعصاب الحاسوبي: النمذجة الواقعية للباحثين التجريبيين : 87-127 .
  18. ↑ كير، ر؛ بارتول، ت.م؛ كامينسكي، ب؛ ديتريش، م؛ تشانغ، ج.س.ج؛ بادن، س؛ سيجنوفسكي، ت.ج؛ ستايلز، ج.ر (2008). "طرق محاكاة مونت كارلو السريعة لأنظمة التفاعل والانتشار البيولوجية في المحلول وعلى الأسطح" . مجلة SIAM للحوسبة العلمية . 30 (6): 3126-3149 . Bibcode : 2008SJSC...30.3126K . doi : 10.1137/070692017 . PMC 2819163. PMID 20151023 .  
  19. ↑ ليتورت، غايل؛ مونتاغود، أرناو؛ ستول، غوتييه؛ هايلاند، راندي؛ باريلو، إيمانويل؛ ماكلين، بول؛ زينوفييف، أندريه؛ كالزون، لورانس (1 أبريل 2019). "PhysiBoSS: إطار نمذجة متعدد المقاييس قائم على العوامل يدمج البعد الفيزيائي وإشارات الخلية" . المعلوماتية الحيوية . 35 (7): 1188-1196 . doi : 10.1093/bioinformatics/bty766 . PMC 6449758. PMID 30169736 .  
  20. ↑ غفاري زاده، أحمد رضا؛ هيلاند، راندي؛ فريدمان، صموئيل هـ.؛ مومنتالر، شانون م.؛ ماكلين، بول (23 فبراير 2018). "PhysiCell: محاكي خلايا مفتوح المصدر قائم على الفيزياء لأنظمة متعددة الخلايا ثلاثية الأبعاد" . PLOS Computational Biology . 14 (2) e1005991. Bibcode : 2018PLSCB..14E5991G . doi : 10.1371/journal.pcbi.1005991 . PMC 5841829. PMID 29474446 .  
  21. ↑ فيتر، رومان؛ رونسر، ستيف؛ إيبر، داغمار (يونيو 2024). "بولي هوب: ديناميكيات الجسيمات اللينة والأنسجة مع التحولات الطوبولوجية" . مجلة اتصالات الفيزياء الحاسوبية . 299 109128. arXiv : 2307.15006 . Bibcode : 2024CoPhC.29909128V . doi : 10.1016/j.cpc.2024.109128 . تاريخ الاسترجاع: 2026-01-06 .
  22. ↑ مولر، نيكولاس؛ فيتر، رومان (يوليو 2025). "بولي مورف: امتداد لبولي هوب لتكوين الأنسجة المقترن بالإشارات الكيميائية" . مجلة اتصالات الفيزياء الحاسوبية . 312 109581. arXiv : 2503.09319 . Bibcode : 2025CoPhC.31209581M . doi : 10.1016/j.cpc.2025.109581 . تاريخ الاسترجاع: 6 يناير 2026 .
  23. ↑ أوليفييه، بي جي؛ روهر، جي إم؛ هوفمير، جيه-إتش إس (15 فبراير 2005). "نمذجة الأنظمة الخلوية باستخدام PySCeS" . المعلوماتية الحيوية . 21 (4): 560-561 . doi : 10.1093/bioinformatics/bti046 . PMID 15454409 . 
  24. ↑ ميندوزا-كوزاتل، ديفيد ج.؛ مورينو-سانشيز، رافائيل (فبراير 2006). "التحكم في تخليق الجلوتاثيون والفيتوكيليتين تحت تأثير إجهاد الكادميوم. نمذجة المسارات للنباتات". مجلة البيولوجيا النظرية . 238 (4): 919-936 . Bibcode : 2006JThBi.238..919M . doi : 10.1016/j.jtbi.2005.07.003 . PMID 16125728 . 
  25. ↑ غفاري زاده، أحمد رضا؛ هيلاند، راندي؛ فريدمان، صموئيل هـ.؛ مومنتالر، شانون م.؛ ماكلين، بول (23 فبراير 2018). "PhysiCell: محاكي خلايا مفتوح المصدر قائم على الفيزياء لأنظمة متعددة الخلايا ثلاثية الأبعاد" . PLOS Computational Biology . 14 (2) e1005991. Bibcode : 2018PLSCB..14E5991G . doi : 10.1371/journal.pcbi.1005991 . PMC 5841829. PMID 29474446 .  
  26. ↑ ستيفان، ميلاني آي؛ بارتول، توماس إم؛ سيجنوفسكي، تيرينس جيه؛ كينيدي، ماري بي (25 سبتمبر 2014). "نمذجة متعددة الحالات للجزيئات الحيوية" . مجلة PLOS لعلم الأحياء الحاسوبي . 10 (9) e1003844. Bibcode : 2014PLSCB..10E3844S . doi : 10.1371/journal.pcbi.1003844 . PMC 4201162. PMID 25254957 .  
  27. ↑ شونبيرغ، ج.؛ أولريش، أ.؛ نويه، ف. (2014). " أدوات محاكاة لديناميكيات التفاعل والانتشار القائمة على الجسيمات في الفضاء المتصل" . BMC Biophys . 7 11. doi : 10.1186/s13628-014-0011-5 . PMC 4347613. PMID 25737778 .  
  28. ↑ بانشيوالا، هـ؛ شاه، س؛ بلاناتشر، هـ؛ زاخارتشوك، م؛ كونيغ، م؛ دراغر، أ (23 سبتمبر 2021). "مكتبة المحاكاة الأساسية لعلم الأحياء النظمي" . المعلوماتية الحيوية . 38 (3): 864-865 . doi : 10.1093/bioinformatics/btab669 . PMC 8756180. PMID 34554191 .  
  29. ^ كيلر، ر. دور، أ. تابيرا، أ.؛ فوناهاشي، أ؛ زيلر، إم جي؛ آدامز، ر. رودريجيز، ن.؛ لو نوفير، ن . هيروي، ن.؛ بلاناتشر، هـ؛ زيل، أ.؛ دراجر، أ. (5 يوليو 2013). “الخوارزمية الأساسية لمحاكاة بيولوجيا الأنظمة” (PDF) . بي إم سي سيستمز بيولوجيا . 7 (55) 55. دوى : 10.1186/1752-0509-7-55 . بمك 3707837 . بميد 23826941 .  
  30. ↑ هوكا، م.؛ فيني، أ.؛ سورو، هـ.م.؛ بولوري، هـ.؛ دويل، ج.؛ كيتانو، هـ. (ديسمبر 2001). "منصة إراتو لعلم الأحياء النظمي: تمكين التفاعل والتبادل بين أدوات البرمجيات لعلم الأحياء الحاسوبي". الحوسبة الحيوية 2002. ص 450-461 . doi : 10.1142/9789812799623_0042 . hdl : 2299/11944 . ISBN  978-981-02-4777-5PMID 11928498​​ 
  31. ^ كاواساكي، ريجيان. بارونا، رافائيل أ. سيلفا، أرتور. كاريبو ، مارتا إس بي . أوليفيرا، روي؛ ماركيز، رودولفو؛ راموس، روميل تي جيه؛ شنايدر، ماريا بي سي (2016). "إعادة بناء المسار الحيوي للأحماض الدهنية لبكتيريا Exiguobacterium antarcticum B7 بناءً على البيانات الجينومية والببليومية" . بيوميد الدولية للأبحاث . 2016 : 1 – 9. دوي : 10.1155/2016/7863706 . بمك 4993939 . بميد 27595107 .  
  32. ↑ رونسر، ستيف؛ فيتر، رومان؛ إيبر، داغمار (9 أبريل 2024). "SimuCell3D: محاكاة ثلاثية الأبعاد لميكانيكا الأنسجة مع استقطاب الخلايا" . مجلة Nature Computational Science . 4 (4): 299–309 . doi : 10.1038/s43588-024-00620-9 . PMC 11052725. PMID 38594592 .  
  33. ↑ أندروز، ستيفن س.؛ براي، دينيس (2004). "محاكاة عشوائية للتفاعلات الكيميائية بدقة مكانية وتفاصيل جزيئية مفردة". علم الأحياء الفيزيائي . 1 ( 3-4 ): 137-151 . Bibcode : 2004PhBio...1..137A . doi : 10.1088/1478-3967/1/3/001 . PMID 16204833. S2CID 16394428 .  
  34. ↑ أندروز، ستيفن س.؛ آدي، ناثان ج.؛ برنت، روجر؛ أركين، آدم ب. (2010). " محاكاة تفصيلية لبيولوجيا الخلية باستخدام Smoldyn 2.1" . PLOS Comput. Biol . 6 (3) e1000705. Bibcode : 2010PLSCB...6E0705A . doi : 10.1371/journal.pcbi.1000705 . PMC 2837389. PMID 20300644 .  
  35. ↑ أندروز، ستيفن س. (2017). "سمولدين: محاكاة قائمة على الجسيمات مع نمذجة قائمة على القواعد، وتفاعل جزيئي مُحسَّن، وواجهة مكتبة" . المعلوماتية الحيوية . 33 (5): 710-717 . doi : 10.1093/bioinformatics/btw700 . PMID 28365760 . 
  36. ↑ سينغ، ديلاوار؛ أندروز، ستيفن س. (2022). "واجهات بايثون لمحاكي سمولدين". المعلوماتية الحيوية . 38 (1): 291-293 . doi : 10.1093/bioinformatics/btab530 . PMID 34293100 . 
  37. ↑ أرجونان، إس إن في؛ تاكاهاشي، ك. (2017). محاكاة الجسيمات متعددة الخوارزميات باستخدام Spatiocyte . طرق في البيولوجيا الجزيئية. المجلد 1611. الصفحات 219-236 .  
  38. أرجونان ، إس إن في؛ مياوتشي، أ.؛ إيواموتو، ك.؛ تاكاهاشي، ك. (2020). "pSpatiocyte: محاكاة عالية الأداء لأنظمة التفاعل والانتشار داخل الخلايا" . BMC Bioinformatics . 21 (1): 33. doi : 10.1186/s12859-019-3338-8 . PMC 6990473. PMID 31996129 .  
  39. ↑ ميشالسكي، بي جيه؛ لوي، إل إم (2016). "SpringSaLaD: منصة محاكاة كيميائية حيوية مكانية قائمة على الجسيمات مع حجم مستبعد" . مجلة الفيزياء الحيوية. 110 ( 3): 523-529 . Bibcode : 2016BpJ...110..523M . doi : 10.1016/j.bpj.2015.12.026 . PMC 4744174. PMID 26840718 .  
  40. ↑ هيبورن، إيان؛ تشين، ويليانغ؛ ويلز، ستيفان؛ دي شوتر، إريك (مايو 2012). "STEPS: محاكاة فعّالة لنماذج التفاعل والانتشار العشوائية في أشكال واقعية" . BMC Systems Biology . 7 (1): 36. doi : 10.1186/1752-0509-6-36 . PMC 3472240. PMID 22574658. S2CID 9165862 .   
  41. ↑ تشين، ويليانغ؛ دي شوتر، إريك (فبراير 2017). "الخطوات المتوازية: محاكاة تفاعل-انتشار مكاني عشوائي واسع النطاق باستخدام حواسيب عالية الأداء" . مجلة فرونتيرز في علم الأعصاب المعلوماتي . 11 (1): 13. doi : 10.3389/fninf.2017.00013 . PMC 5301017. PMID 28239346 .  
  42. ↑ هيبورن، إيان؛ تشين، ويليانغ؛ دي شوتر، إريك (أغسطس 2016). "تقسيم دقيق لمؤثر التفاعل والانتشار على الشبكات رباعية الأوجه لمحاكاة جزيئية عشوائية متوازية". مجلة الفيزياء الكيميائية . 145 (5): 054118. arXiv : 1512.03126 . Bibcode : 2016JChPh.145e4118H . doi : 10.1063/1.4960034 . PMID: 27497550. S2CID : 17356298 .  
  43. ^ تشن، ويليانغ. كاريل، تريستان؛ أويلي، عمر؛ كانتاروتي، نيكولا؛ كاستيليوني، جياكومو؛ كاتابياني، أليساندرو؛ ديل مارمول، بودوين؛ هيبورن، إيان؛ كينغ، جيمس جي؛ كوتسالوس، كريستوس؛ كومبهار، برامود. لالويت، جولز؛ ملكيور، صموئيل؛ شورمان، فيليكس. إريك دي شوتر (أكتوبر 2022). "STEPS 4.0: محاكاة جزيئية سريعة وفعالة للذاكرة للخلايا العصبية على مقياس النانو" . الحدود في المعلوماتية العصبية . 16 883742. دوى : 10.3389/fninf.2022.883742 . ردمك 1662-5196 . بمك 9645802 . بميد 36387588 .   
  44. ↑ تشوي، كيري؛ ميدلي، ج. كايل؛ كونيغ، ماتياس؛ ستوكينغ، كايلين؛ سميث، لوسيان؛ غو، ستانلي؛ ساورو، هربرت م. (سبتمبر 2018). "تيلوريوم: بيئة نمذجة قابلة للتوسيع قائمة على لغة بايثون لأنظمة البيولوجيا التركيبية" . بيوسيستمز . 171 : 74-79 . Bibcode : 2018BiSys.171 ...74C . doi : 10.1016/j.biosystems.2018.07.006 . PMC 6108935. PMID 30053414 .  
  45. ↑ بيس، نيكولاس أ.؛ نغوين، فوك هـ.ب.؛ وودوورث، ماركوس أ.؛ نغ، كينيث ك.هـ.؛ إيروين، بليث؛ فوغان، جوشوا س.؛ كويه، هاو يوان (مارس 2021). "تحكم قابل للتعديل، مستقل عن الانقسام، في توقيت تنشيط الجينات بواسطة مفتاح بولي كومب" . تقارير الخلية . 34 (12) 108888. doi : 10.1016/j.celrep.2021.108888 . PMC 8024876. PMID 33761349 .  
  46. ↑ دراويرت، ب.؛ إنجبلوم، س.؛ هيلاندر، أ. (2012). "URDME: إطار عمل معياري للمحاكاة العشوائية لعمليات التفاعل والنقل في الأشكال الهندسية المعقدة" . BMC Systems Biology . 6 76. doi : 10.1186/1752-0509-6-76 . PMC 3439286. PMID 22727185 .  
  47. ↑ شاف، ج.؛ فينك، س.س.؛ سليبتشينكو، ب.؛ كارسون، ج.هـ.؛ لوي، ل.م. (سبتمبر 1997). "إطار حسابي عام لنمذجة بنية الخلية ووظيفتها" . مجلة الفيزياء الحيوية . 73 (3): 1135-1146 . Bibcode : 1997BpJ .... 73.1135S . doi : 10.1016/S0006-3495(97)78146-3 . PMC 1181013. PMID 9284281. S2CID 39818739 .   
  48. ↑ كوان، آن إي.؛ مورارو، أيون آي.؛ شاف، جيمس سي.؛ سليبتشينكو، بوريس إم.؛ لوي، ليزلي إم. (2012). "النمذجة المكانية لشبكات إشارات الخلايا". الأساليب الحسابية في بيولوجيا الخلية . المجلد 110. الصفحات 195-221 . doi : 10.1016/B978-0-12-388403-9.00008-4 . ISBN   978-0-12-388403-9. PMC 3519356 . PMID 22482950 .  
  49. ↑ كريستنسن، كارل د؛ هوفمير، يان-هندريك س؛ روهر، يوهان م (1 يناير 2018). "PySCeSToolbox: مجموعة أدوات لتحليل المسارات الأيضية" . المعلوماتية الحيوية . 34 (1): 124-125 . doi : 10.1093/bioinformatics/btx567 . PMID 28968872 . 
  50. ↑ موستوليزاده، ريحانة؛ مير، فين؛ دراغر، أندرياس (31-12-2025). "MCC: تنظيم آلي للكتلة والشحنة على نطاق الجينوم مطبق على C. tuberculostearicum " . Microbiology Spectrum . 14 (2) e03200-24. doi : 10.1128/spectrum.03200-24 . PMC 12893189. PMID 41474160 .  
  51. ↑ شونبيرغ، ج؛ أولريش، أ؛ نويه، ف (2014). "أدوات محاكاة لديناميكيات التفاعل والانتشار القائمة على الجسيمات في الفضاء المتصل" . بي إم سي بيوفيز . 7 (1): 11. doi : 10.1186/s13628-014-0011-5 . PMC 4347613. PMID 25737778 .  
  52. ↑ أندروز، ستيفن س. (2018). "محاكيات عشوائية قائمة على الجسيمات". موسوعة علم الأعصاب الحاسوبي . المجلد 10. الصفحات 978-971 . doi : 10.1007/978-1-4614-7320-6_191-2 . ISBN   978-1-4614-7320-6.
  53. ↑ ستايلز، جيه آر؛ بارتول، تي إم (2001). "الفصل 4، طرق مونت كارلو لمحاكاة الفيزيولوجيا الدقيقة للتشابكات العصبية باستخدام MCell". في: علم الأعصاب الحاسوبي، النمذجة الواقعية للباحثين التجريبيين، دي شاتر، إي (محرر). بوكا راتون: مطبعة سي آر سي: 87-127 .{{cite journal}}يتطلب الاستشهاد بالمجلة ( مساعدة )|journal=
  54. ↑ ستيفان، إم آي؛ بارتول، تي إم؛ سيجنوفسكي، تي جيه؛ كينيدي، إم بي (2014). "نمذجة متعددة الحالات للجزيئات الحيوية" . مجلة PLOS للحوسبة البيولوجية . 10 (9) e1003844. رمز Bibcode : 2014PLSCB..10E3844S . doi : 10.1371/journal.pcbi.1003844 . PMC 4201162. PMID 25254957 .  
  55. ↑ ستايلز، جيه آر؛ فان هيلدن، دي؛ بارتول، تي إم؛ سالبيتر، إي إي؛ سالبيتر، إم إم (1996). "يمكن نمذجة أوقات ارتفاع تيار الصفيحة النهائية المصغرة التي تقل عن 100 ميكروثانية من التسجيلات المزدوجة المحسّنة باستخدام انتشار الأستيل كولين السلبي من حويصلة متشابكة" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم، الولايات المتحدة الأمريكية . 93 (12): 5747-5752 . Bibcode : 1996PNAS...93.5747S . doi : 10.1073/pnas.93.12.5747 . PMC 39132. PMID 8650164 .  
  56. ↑ أندروز، إس إس (2017). "سمولدين: محاكاة قائمة على الجسيمات مع نمذجة قائمة على القواعد، وتفاعل جزيئي مُحسَّن، وواجهة مكتبة" . المعلوماتية الحيوية . 33 (5): 710-717 . doi : 10.1093/bioinformatics/btw700 . PMID 28365760 . 
  57. ↑ أندروز، إس إس؛ آدي، إن جيه؛ برنت، آر؛ أركين، إيه بي (2010). "محاكاة تفصيلية لبيولوجيا الخلية باستخدام Smoldyn 2.1" . PLOS Comput Biol . 6 (3) e1000705. Bibcode : 2010PLSCB...6E0705A . doi : 10.1371/ journal.pcbi.1000705 . PMC 2837389. PMID 20300644. S2CID 2945597 .   
  58. ↑ سوكولوفسكي، تي آر؛ تين وولدي، بي آر (2017). "المحاكاة المكانية العشوائية لأنظمة التفاعل والانتشار". arXiv : 1705.08669 [ q-bio.MN ].
  59. ↑ تاكاهاشي، ك؛ تاناسي-نيكولا، س؛ تين وولدي، ب ر ( 2010). "يمكن للارتباطات المكانية والزمانية أن تُغير استجابة مسار MAPK بشكل جذري" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم . 107 (6): 2473-2478 . arXiv : 0907.0514 . Bibcode : 2010PNAS..107.2473T . doi : 10.1073/pnas.0906885107 . PMC 2811204. PMID 20133748 .  
  60. ↑ توميتا، م؛ هاشيموتو، ك؛ تاكاهاشي، ك؛ شيميزو، ت.س؛ وآخرون (1999). "E-cell: بيئة برمجية لمحاكاة الخلية الكاملة" . المعلوماتية الحيوية . 15 (1): 72-84 . doi : 10.1093/bioinformatics/15.1.72 . PMID 10068694 .  
  61. ↑ ميشالسكي، بي جيه؛ لوي، إل إم (2016). "SpringSaLaD: منصة محاكاة كيميائية حيوية مكانية قائمة على الجسيمات مع حجم مستبعد" . مجلة الفيزياء الحيوية . 110 (3): 523-529 . Bibcode : 2016BpJ...110..523M . doi : 10.1016/j.bpj.2015.12.026 . PMC 4744174. PMID 26840718 .  
  62. ↑ شونبيرغ، ج؛ نويه، ف (2013). "ReaDDy - برنامج لديناميكيات التفاعل والانتشار القائمة على الجسيمات في البيئات الخلوية المزدحمة" . PLOS ONE . 8 (9) e74261. Bibcode : 2013PLoSO...874261S . doi : 10.1371/journal.pone.0074261 . PMC 3770580. PMID 24040218 .  
  63. ↑ شالت، يانيك؛ فروليش، فابيان؛ جوست، بول جيه؛ فان هوفر، جاكوب؛ باثيرانا، ديلان؛ ستابور، بول؛ لاكريسينكو، بولينا؛ وانغ، دانتونغ؛ رايموندز، إلبا؛ ميركت، سيمون؛ شمستر، ليونارد؛ ستادتر، فيليب؛ غرين، ستيفان؛ دودكين، إريكا؛ دوريسيتش، دوماغوي (2023). "pyPESTO: أداة معيارية وقابلة للتطوير لتقدير معلمات النماذج الديناميكية" . المعلوماتية الحيوية . 39 (11) btad711. arXiv : 2305.01821 . Bibcode : 2023Bioin..39D.711S . doi : 10.1093/bioinformatics/btad711 . PMC 10689677 . PMID 37995297 .  
  64. ^ شميستر، ليونارد. شالت، يانيك؛ بيرجمان، فرانك T.؛ كامبا، تاسيو؛ دودكين، إريكا؛ إيجيرت، جانين. فروهليتش، فابيان؛ فورمان، لارا. هوبر، أدريان L.؛ كيمير، سفينيا؛ لاكريسينكو، بولينا؛ لوس، كارولين؛ ميركت، سيمون. مولر، فولفغانغ. باثيرانا، ديلان؛ رايمونديز، إلبا؛ ريفيش، لوكاس؛ روزنبلات، ماركوس؛ ستابور، بول L.؛ ستادتر، فيليب؛ وانغ، دانتونغ؛ فيلاند، فرانز جورج؛ بانجا، خوليو ر.؛ تيمر، ينس؛ فيلافيردي، أليخاندرو ف. سهلي، سفين؛ كروتز، كليمنس. هاسيناور، يناير؛ ويندل ، دانيال (26 يناير 2021). "PEtab - مواصفات قابلة للتشغيل البيني لمشاكل تقدير المعلمات في بيولوجيا الأنظمة" . مجلة PLOS للبيولوجيا الحاسوبية . 17 (1) e1008646. arXiv : 2004.01154 . Bibcode : 2021PLSCB..17E8646S . doi : 10.1371/journal.pcbi.1008646 . PMC 7864467. PMID 33497393 .  
  65. ↑ بناءً على تاريخ النشر الأقدم
  66. ↑ غارفينكل، ديفيد (أغسطس 1968). "لغة مستقلة عن الآلة لمحاكاة الأنظمة الكيميائية والبيوكيميائية المعقدة". مجلة الحوسبة والبحوث الطبية الحيوية . 2 (1): 31-44 . doi : 10.1016/0010-4809(68)90006-2 . PMID 5743538 . 
  67. ^ بيرنز ، جيم (1 مارس 1973). تحليل التحكم الأيضي (أطروحة). دوى : 10.5281/زينودو.7240738 .
  68. ↑ بارك، دي جيه إم؛ رايت، بي إي (مارس 1973). "ميتاسيم، محاكي أيضي عام لدراسة التحولات الخلوية". برامج الحاسوب في الطب الحيوي . 3 (1): 10-26 . doi : 10.1016/0010-468X(73)90010-X . PMID 4735157 . 
  69. ↑ بناءً على تاريخ النشر الأقدم
  70. ↑ غارني، أ.؛ كول، ب.؛ نوبل، د. (1 ديسمبر 2003). "مورد خلوي مفتوح (COR): بيئة عامة قائمة على لغة CellML لنمذجة الوظائف البيولوجية" . المجلة الدولية للتفرع والفوضى . 13 (12): 3579-3590 . رمز Bibcode : 2003IJBC...13.3579G . doi : 10.1142/S021812740300882X . ISSN 0218-1274 . 
  71. ↑ غوريانين، آي.؛ هودجمان، تي سي؛ سيلكوف، إي. (1 سبتمبر 1999). "المحاكاة الرياضية وتحليل استقلاب الخلية وتنظيمها" . المعلوماتية الحيوية . 15 (9): 749-758 . doi : 10.1093/bioinformatics/15.9.749 . PMID 10498775 . 
  72. ↑ توميتا، م؛ هاشيموتو، ك؛ تاكاهاشي، ك؛ شيميزو، ت؛ ماتسوزاكي، ي؛ ميوشي، ف؛ سايتو، ك؛ تانيدا، س؛ يوغي، ك؛ فينتر، ج؛ هاتشيسون، س. (1 يناير 1999). "E-CELL: بيئة برمجية لمحاكاة الخلية الكاملة" . المعلوماتية الحيوية . 15 (1): 72-84 . doi : 10.1093/bioinformatics/15.1.72 . PMID 10068694 . 
  73. ↑ مينديز، بيدرو (1993). "GEPASI: حزمة برمجية لنمذجة ديناميكيات وحالات الاستقرار والتحكم في الأنظمة البيوكيميائية وغيرها". المعلوماتية الحيوية . 9 (5): 563-571 . doi : 10.1093/bioinformatics/9.5.563 . PMID 8293329 . 
  74. ↑ ساورو، هربرت (2000). جارناك: نظام لتحليل الأيض التفاعلي . تحريك الخريطة الخلوية: وقائع الاجتماع الدولي التاسع حول الحركية الحرارية الحيوية. الصفحات 221-228 . {{cite book}}: CS1 maint: publisher location ( link )
  75. ↑ باتروورث، إريك؛ جاردين، بارثولوميو إي.؛ ريموند، غاري إم.؛ نيل، ماكسويل إل.؛ باسنجثويت، جيمس بي. (30 ديسمبر 2013). " JSim، نظام نمذجة مفتوح المصدر لتحليل البيانات" . F1000Research . 2 : 288. doi : 10.12688/f1000research.2-288.v1 . PMC 3901508. PMID 24555116 .  
  76. ↑ هوفمير، جيه إتش إس؛ ميروي، كيه جيه فان دير (1986). "METAMOD: برنامج لنمذجة الحالة المستقرة وتحليل التحكم في المسارات الأيضية على حاسوب BBC الصغير". المعلوماتية الحيوية . 2 (4): 243-249 . doi : 10.1093/bioinformatics/2.4.243 . PMID 3450367 . 
  77. ↑ كورنيش-باودن، أثيل؛ هوفمير، جان-هندريك س. (1991). "MetaModel: برنامج لنمذجة وتحليل مسارات الأيض على أجهزة IBM PC والأجهزة المتوافقة معها". المعلوماتية الحيوية . 7 (1): 89-93 . doi : 10.1093/bioinformatics/7.1.89 . PMID 2004280 . 
  78. ↑ إهلد، ماغنوس؛ زاتشي، غيدو (1995). "MIST: محاكي أيضي سهل الاستخدام". المعلوماتية الحيوية . 11 (2): 201-207 . doi : 10.1093/bioinformatics/11.2.201 . PMID 7620994 . 
  79. ↑ ساورو، هربرت م.؛ فيل، ديفيد أ. (1991). "SCAMP: برنامج محاكاة وتحليل للتحكم الأيضي" . النمذجة الرياضية والحاسوبية . 15 (12): 15-28 . doi : 10.1016/0895-7177(91)90038-9 .