جمعية FGED
كانت جمعية بيانات علم الجينوم الوظيفي ( FGED ) (المعروفة سابقًا باسم جمعية MGED ) منظمة دولية غير ربحية يديرها متطوعون، تضم علماء أحياء وعلماء حاسوب ومحللي بيانات، وتهدف إلى تسهيل الاكتشافات البيولوجية والطبية الحيوية من خلال تكامل البيانات. وقد تمثل نهج FGED في تشجيع تبادل بيانات البحوث الأساسية التي يتم توليدها بشكل أساسي عبر تقنيات الإنتاجية العالية التي تُنتج مجموعات بيانات ضخمة في مجال علم الجينوم الوظيفي .
عمل أعضاء جمعية FGED مع منظمات أخرى لدعم المشاركة الفعالة وقابلية تكرار بيانات علم الجينوم الوظيفي؛ وتسهيل إنشاء المعايير وأدوات البرمجيات التي تستفيد من المعايير؛ وتعزيز مشاركة البيانات عالية الجودة والمُعَلَّمة جيدًا داخل مجتمعات علوم الحياة والطب الحيوي .
تأسست هذه المنظمة عام 1999 تحت اسم "جمعية بيانات التعبير الجيني باستخدام المصفوفات الدقيقة (MGED)"، ثم غيرت اسمها إلى "جمعية بيانات الجينوم الوظيفي" عام 2010، وذلك لتوسيع نطاق عملها ليشمل تقنيات أخرى غير استخدام المصفوفات الدقيقة للحمض النووي في تحليل التعبير الجيني ، مثل تقنيات التسلسل عالي الإنتاجية . ويشمل نطاق عمل جمعية بيانات التعبير الجيني باستخدام المصفوفات الدقيقة للحمض النووي البيانات المُولَّدة باستخدام أي تقنية من تقنيات الجينوم الوظيفي عند تطبيقها على دراسات التعبير الجيني، والارتباط، والتعديل، وغيرها من التطبيقات ذات الصلة على مستوى الجينوم.
في سبتمبر 2021، توقفت جمعية FGED عن العمل. [ 1 ]
تاريخ
تأسست جمعية FGED في عام 1999 خلال اجتماع حول قواعد بيانات التعبير الجيني للمصفوفات الدقيقة، وذلك إدراكاً للحاجة إلى وضع معايير لتبادل وتخزين البيانات من تجارب المصفوفات الدقيقة للحمض النووي . بدأت الجمعية، التي كانت تُعرف في الأصل باسم "جمعية MGED"، بالتركيز على المصفوفات الدقيقة للحمض النووي وبيانات التعبير الجيني .
تم تأسيس جمعية MGED الأصلية في عام 2002 كمنظمة غير ربحية ذات منفعة عامة تحت اسم جمعية بيانات التعبير الجيني للمصفوفات الدقيقة وحصلت على وضع خيري دائم في عام 2007. تم تغيير اسم MGED قانونيًا في عام 2007 إلى جمعية بيانات التعبير الجيني للمصفوفات الدقيقة للتأكيد على نطاق أوسع.
في سبتمبر 2008، قررت الجمعية الترويج لنفسها ببساطة باسم جمعية MGED لتوسيع نطاق الجمعية إلى ما هو أبعد من تقنية المصفوفات الدقيقة وتطبيقات التعبير الجيني، مع الحفاظ على القيمة المعترف بها لاسم MGED داخل المجتمع.
في يوليو 2010، صوّتت الجمعية على تغيير اسمها إلى "جمعية بيانات الجينوم الوظيفي (FGED)" ليعكس مهمتها الحالية التي تتجاوز المصفوفات الدقيقة والتعبير الجيني لتشمل البيانات المُولّدة باستخدام أي تقنية من تقنيات الجينوم الوظيفي المُطبّقة على دراسات جينومية واسعة النطاق للتعبير الجيني، والارتباط ، والتعديل (مثل مثيلة الحمض النووي )، وغيرها من التطبيقات ذات الصلة. وقد أُعلن عن ذلك رسميًا في 14 يوليو 2010 خلال الاجتماع السنوي للجمعية "MGED13". [ 2 ]
رؤساء جمعية FGED
يتم انتخاب أعضاء مجلس إدارة جمعية FGED ومسؤوليها سنوياً في شهر مايو، ويبدأون مهامهم في شهر يونيو. وفيما يلي أسماء رؤساء جمعية FGED وفترات ولايتهم:
- فرانسيس أوليت (2013-2021)
- جون كواكنبوش (2011-2013)
- كريس ستوكيرت (2007–2011)
- كاثرين بول (2003-2007)
- ألفيس براسما (1999–2003)
عضوية
يتألف مجلس إدارة ومجلس استشاري جمعية علم الجينوم الوظيفي (FGED) من متطوعين من الأوساط الأكاديمية والصناعية والحكومية والمجلات العلمية، يمثلون شريحة واسعة من العاملين في مجال إنتاج وتحليل وأرشفة ونشر البيانات في هذا المجال. ورغم عدم وجود عضوية رسمية، يُعتبر الحاضرون في اجتماعات الجمعية السنوية جزءًا من مجتمعها.
المعايير
أصدرت مؤسسة FGED حتى الآن مجموعة متنوعة من المواصفات القياسية المتعلقة بتجارب المصفوفات الدقيقة للحمض النووي. صُممت هذه المعايير لتحسين عملية شرح البيانات والنتائج المستخلصة من هذه التجارب، والتواصل بشأنها، ومشاركتها ضمن مجتمع أبحاث علوم الحياة.
مينسيك
يُعدّ معيار الحد الأدنى من المعلومات حول تجربة التسلسل عالي الإنتاجية (MINSEQE) معيارًا لمحتوى البيانات يحدد الحد الأدنى من المعلومات اللازمة لتوثيق تجربة التسلسل عالي الإنتاجية بشكل كافٍ لغرض تفسير النتائج وتكرارها. [ 3 ]
ميامي
معيار MIAME (الحد الأدنى من المعلومات حول تجربة المصفوفات الدقيقة) هو معيار لمحتوى البيانات يصف المعلومات الأساسية اللازمة لتوثيق تجربة مصفوفات الحمض النووي الدقيقة بشكل كافٍ لغرض تفسير النتائج وتكرارها. وكان هذا المعيار أول مثال منشور لمعيار الحد الأدنى من المعلومات لتجارب الإنتاجية العالية في علوم الحياة، وبذلك وضع الأساس لمعايير مماثلة في مجالات أخرى من علوم الحياة.
MAGE-OM و MAGE-TAB
MAGE-OM (نموذج كائن التعبير الجيني للمصفوفات الدقيقة) هو معيار لتبادل البيانات ونمذجة البيانات، يُستخدم لترميز البيانات من تجارب المصفوفات الدقيقة بهدف تصديرها واستيرادها إلى أدوات البرمجيات وقواعد البيانات عبر ملفات XML . MAGE-OM نموذج مستقل عن المنصة، مُنفذ بتنسيق MAGE-ML القائم على XML.
تم تطوير نسخة جديدة، MAGE-TAB ، لتكون أسهل في الفهم والإنشاء من قبل منتجي البيانات، حيث أنها بتنسيق ( مفصول بعلامات الجدولة ) يمكن عرضه وتعديله باستخدام برامج جداول البيانات المتاحة على نطاق واسع، مثل Microsoft Excel . [ 4 ]
علم الوجود MGED
يُوفّر علم الوجود الخاص بمشروع MGED (MO) مصطلحاتٍ قياسية لوصف مكونات تجربة المصفوفات الدقيقة للحمض النووي. [ 5 ] ويجري تطوير علم الوجود الخاص بالتحقيقات الطبية الحيوية (OBI) كبديلٍ لعلم الوجود الخاص بمشروع MGED. ويتوفر جدولٌ لربط مصطلحات علم الوجود من علم الوجود الخاص بمشروع MGED إلى علم الوجود الخاص بمشروع OBI. [ 6 ]
الاجتماع السنوي
كان الاجتماع السنوي لجمعية هندسة النظم الوظيفية (FGED) عنصراً رئيسياً في جهودها لعرض أحدث الأعمال العلمية وتعزيز المعايير. [ 7 ]
تعقد جمعية FGED اجتماعها السنوي في أماكن مختلفة حول العالم منذ عام 1999، بالتنسيق مع منظمة علمية محلية توفر مساحة للمحادثات وجلسات الملصقات وورش العمل والدروس التعليمية.
اجتماعات سابقة لجمعية FGED
فيما يلي قائمة بمواعيد وأماكن الاجتماعات السنوية السابقة لجمعية FGED. [ 8 ] عُقدت جميع الاجتماعات منذ عام 2010 وما قبله تحت اسم "جمعية MGED".
| تاريخ | موقع |
|---|---|
| 20 يونيو 2013 | سياتل , واشنطن, الولايات المتحدة الأمريكية [ 9 ] |
| 25 يناير 2012 | بوسطن ، ماساتشوستس، الولايات المتحدة الأمريكية [ 10 ] |
| 15 يوليو 2010 | بوسطن ، ماساتشوستس، الولايات المتحدة الأمريكية (بالتعاون مع ISMB ) |
| 8 أكتوبر 2009 | فينيكس، أريزونا ، الولايات المتحدة الأمريكية |
| 5 سبتمبر 2008 | ريفا ديل جاردا ، ترينتينو، إيطاليا |
| 5 سبتمبر 2007 | بريزبن ، أستراليا |
| 10 سبتمبر 2006 | سياتل ، واشنطن، الولايات المتحدة الأمريكية |
| 13 سبتمبر 2005 | بيرغن ، النرويج |
| 10 سبتمبر 2004 | تورنتو ، كندا |
| 5 سبتمبر 2003 | إيكس أون بروفانس ، فرنسا |
| 27 سبتمبر 2002 | بلازا هيسي، أودايبا ، طوكيو، اليابان |
| 31 مارس 2001 | جامعة ستانفورد ، كاليفورنيا، الولايات المتحدة الأمريكية |
| 27 مايو 2000 | مركز أبحاث السرطان الألماني (DKFZ) ومختبر البيولوجيا الجزيئية الأوروبي (EMBL) ، هايدلبرغ، ألمانيا |
| 15 نوفمبر 1999 | إي بي آي ، كامبريدج، المملكة المتحدة |
انظر أيضاً
مراجع
- ↑ "تاريخ جمعية بيانات علم الجينوم الوظيفي" . جمعية FGED . تم الاطلاع عليه بتاريخ 13 فبراير 2022 .
- ↑ جمعية FGED. "خبر هام: أصبح لـ MGED اسم جديد: FGED - جمعية بيانات علم الجينوم الوظيفي" . تويتر . تم الاطلاع عليه بتاريخ 10 أغسطس 2010 .
- ↑ جمعية بيانات علم الجينوم الوظيفي (يونيو 2012). "الحد الأدنى من المعلومات حول تجربة التسلسل عالي الإنتاجية" .
- ↑ "الصفحة الرئيسية لـ MAGE-TAB" . موقع FGED الإلكتروني . تم الاطلاع عليه بتاريخ 13 فبراير 2022 .
- ↑ "الأسئلة الشائعة حول علم الوجود في مشروع MGED" . موقع مشروع MO الإلكتروني . تم الاطلاع عليه بتاريخ 23-11-2008 .
- ↑ "ربط المصطلحات بين MO وعلم الوجود للتحقيقات الطبية الحيوية" . فريق عمل علم الوجود التابع لـ MGED . تم الاطلاع عليه بتاريخ 10 أغسطس 2010 .
- ↑ "قائمة الاجتماعات السنوية لـ FGED" . موقع FGED الإلكتروني . تم الاطلاع عليه بتاريخ 13 فبراير 2022 .
- ↑ "اجتماعات جمعية FGED" . جمعية FGED . تم الاطلاع عليه بتاريخ 13 فبراير 2022 .
- ↑ "المؤتمر الدولي الخامس عشر لجمعية علم الجينوم التطبيقي: علم الجينوم الانتقالي: تطبيقات علم الجينوم في التشخيص والعلاج السريري، 20-22 يونيو 2013" . FGED.org. مؤرشف من الأصل في 19 سبتمبر 2015. تم الاطلاع عليه في 24 سبتمبر 2014 .
- ↑ "أفضل الممارسات في مشاركة البيانات وتكاملها، 25-26 يناير 2012 (دعوة خاصة فقط)" . FGED.org. مؤرشف من الأصل في 21 أغسطس 2016. تم الاطلاع عليه في 29 أكتوبر 2014 .
- منظمات المعلوماتية الحيوية
- منظمات علم الجينوم
- المنظمات العلمية الدولية
- المنظمات غير الربحية