Pfam

📅 آخر تحديث: ٢٥ يوليو ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٢٥ يوليو ٢٠٢٦
📷 يحتوي على 1 صور
الموسوعة الحرة

Pfam هي قاعدة بيانات لعائلات البروتينات تتضمن شروحاتها ومحاذاة تسلسلها المتعددة المُولَّدة باستخدام نماذج ماركوف المخفية . [ 1 ] [ 2 ] [ 3 ] أُصدرت أحدث نسخة من Pfam، وهي 37.0، في يونيو 2024، وتحتوي على 21,979 عائلة. [ 4 ] وهي متاحة حاليًا عبر موقع InterPro الإلكتروني.

الاستخدامات

يتمثل الهدف العام لقاعدة بيانات Pfam في توفير تصنيف كامل ودقيق لعائلات البروتينات ومجالاتها. [ 5 ] في الأصل، كان الدافع وراء إنشاء قاعدة البيانات هو توفير طريقة شبه آلية لتنظيم المعلومات المتعلقة بعائلات البروتينات المعروفة لتحسين كفاءة ترميز الجينومات. [ 6 ] وقد اعتمد علماء الأحياء تصنيف Pfam لعائلات البروتينات على نطاق واسع نظرًا لتغطيته الشاملة للبروتينات واتفاقيات التسمية المنطقية. [ 7 ]

يستخدمه علماء الأحياء التجريبيون الذين يبحثون في بروتينات محددة، وعلماء الأحياء البنيوية لتحديد أهداف جديدة لتحديد البنية، وعلماء الأحياء الحاسوبية لتنظيم التسلسلات، وعلماء الأحياء التطورية لتتبع أصول البروتينات. [ 8 ] استخدمت مشاريع الجينوم المبكرة، مثل مشروع الجينوم البشري ومشروع جينوم ذبابة الفاكهة، قاعدة بيانات Pfam على نطاق واسع للتعليق الوظيفي للبيانات الجينومية. [ 9 ] [ 10 ] [ 11 ]

يُتيح موقع InterPro الإلكتروني للمستخدمين إرسال تسلسلات البروتين أو الحمض النووي للبحث عن تطابقات مع العائلات في قاعدة بيانات Pfam. في حال إرسال الحمض النووي، تُجرى ترجمة لستة إطارات ، ثم يُبحث في كل إطار على حدة. [ 12 ] وبدلاً من إجراء بحث BLAST التقليدي ، تستخدم Pfam نماذج ماركوف المخفية ، التي تُعطي وزنًا أكبر للتطابقات في المواقع المحفوظة ، مما يسمح باكتشاف أفضل للتشابه البعيد، ويجعلها أكثر ملاءمةً لترقيم جينومات الكائنات الحية التي لا يوجد لها أقارب مقربون موثقة جيدًا. [ 13 ]

كما تم استخدام Pfam في إنشاء موارد أخرى مثل iPfam، الذي يقوم بفهرسة تفاعلات النطاقات داخل البروتينات وفيما بينها، استنادًا إلى المعلومات الموجودة في قواعد بيانات البنية ورسم خرائط نطاقات Pfam على هذه البنى. [ 14 ]

سمات

لكل عائلة في Pfam يمكن للمرء أن:

  • اطلع على وصف العائلة
  • انظر إلى عمليات المحاذاة المتعددة
  • عرض بنى نطاقات البروتين
  • دراسة توزيع الأنواع
  • اتبع الروابط إلى قواعد البيانات الأخرى
  • عرض تراكيب البروتينات المعروفة

يمكن أن تكون المدخلات من عدة أنواع: عائلة، نطاق، تكرار، أو نمط. العائلة هي الفئة الافتراضية، والتي تشير ببساطة إلى أن الأعضاء مرتبطون. تُعرَّف النطاقات بأنها وحدة هيكلية مستقلة أو وحدة تسلسل قابلة لإعادة الاستخدام يمكن العثور عليها في سياقات بروتينية متعددة. لا تكون التكرارات عادةً مستقرة بمعزل عن غيرها، بل عادةً ما تكون مطلوبة لتشكيل تكرارات متتالية من أجل تكوين نطاق أو بنية ممتدة. الأنماط هي عادةً وحدات تسلسل أقصر توجد خارج النطاقات الكروية. [ 9 ]

تتم إدارة أوصاف عائلات Pfam بواسطة عامة الناس باستخدام ويكيبيديا (انظر #Community curation ).

اعتبارًا من الإصدار 29.0، تطابقت 76.1% من تسلسلات البروتين في UniprotKB مع مجال واحد على الأقل من مجالات Pfam. [ 15 ]

إنشاء مدخلات جديدة

تأتي العائلات الجديدة من مجموعة متنوعة من المصادر، في المقام الأول من قاعدة بيانات البروتينات (PDB) وتحليل البروتينات الكاملة للعثور على الجينات التي لا يوجد لها تطابق في قاعدة بيانات البروتينات (Pfam). [ 16 ]

لكل عائلة، تُحاذى مجموعة فرعية تمثيلية من التسلسلات في محاذاة أولية عالية الجودة. تُؤخذ التسلسلات المستخدمة في هذه المحاذاة الأولية بشكل أساسي من قاعدة بيانات pfamseq (قاعدة بيانات غير متكررة للبروتينات المرجعية) مع بعض الإضافات من UniprotKB . [ 15 ] تُستخدم هذه المحاذاة الأولية بعد ذلك لبناء نموذج ماركوف المخفي باستخدام HMMER . ثم يُبحث عن هذا النموذج في قواعد بيانات التسلسلات، وتُصنف جميع النتائج التي تصل إلى عتبة تجميع مُحددة كأعضاء في عائلة البروتين. بعد ذلك، تُحاذى مجموعة الأعضاء الناتجة مع نموذج ماركوف المخفي لإنشاء محاذاة كاملة.

لكل عائلة، يتم تحديد عتبة تجميع مُنسقة يدويًا لزيادة عدد التطابقات الصحيحة مع العائلة إلى أقصى حد مع استبعاد أي تطابقات خاطئة. يتم تقدير التطابقات الخاطئة من خلال ملاحظة التداخلات بين نتائج عائلة Pfam التي لا تنتمي إلى نفس المجموعة. تُستخدم هذه العتبة لتقييم ما إذا كان ينبغي تضمين تطابق مع نموذج ماركوف المخفي (HMM) لعائلة بروتينية في عائلة البروتين. عند كل تحديث لـ Pfam، يُعاد تقييم عتبات التجميع لمنع التداخلات بين العائلات الجديدة والحالية. [ 16 ]

مجالات ذات وظائف غير معروفة

تمثل نطاقات الوظائف غير المعروفة (DUFs) نسبة متزايدة من قاعدة بيانات Pfam. سُميت هذه العائلات بهذا الاسم لأنها وُجدت محفوظة عبر الأنواع، لكنها تؤدي وظيفة غير معروفة. يُسمى كل نطاق DUF مُضاف حديثًا حسب ترتيب إضافته. تُحدَّث أسماء هذه الإدخالات عند تحديد وظائفها. عادةً، عند تحديد وظيفة بروتين واحد على الأقل ينتمي إلى نطاق DUF، تُحدَّث وظيفة النطاق بأكمله ويُعاد تسمية العائلة. بعض العائلات المُسماة لا تزال نطاقات ذات وظائف غير معروفة، وقد سُميت نسبةً إلى بروتين نموذجي، مثل YbbR. من المتوقع أن يستمر عدد نطاقات DUFs في الازدياد مع استمرار تحديد التسلسلات المحفوظة ذات الوظائف غير المعروفة في بيانات التسلسل. من المتوقع أن يتجاوز عدد نطاقات DUFs في النهاية عدد عائلات الوظائف المعروفة. [ 16 ]

العشائر

بمرور الوقت، ازداد كلٌّ من تغطية التسلسل وتغطية البقايا، ومع نمو العائلات، تم اكتشاف المزيد من العلاقات التطورية، مما سمح بتجميع العائلات في مجموعات. [ 8 ] أُضيفت المجموعات لأول مرة إلى قاعدة بيانات Pfam في عام 2005. وهي عبارة عن مجموعات من العائلات ذات الصلة التي تشترك في أصل تطوري واحد، كما تم تأكيده من خلال المقارنات الهيكلية والوظيفية والتسلسلية ومقارنات نماذج ماركوف المخفية (HMM). [ 5 ] اعتبارًا من الإصدار 29.0، كان ما يقرب من ثلث عائلات البروتينات ينتمي إلى مجموعة. [ 15 ] وقد نمت هذه النسبة إلى حوالي ثلاثة أرباع بحلول عام 2019 (الإصدار 32.0). [ 17 ]

لتحديد العلاقات المحتملة بين العشائر، يستخدم القائمون على قاعدة بيانات Pfam برنامج المقارنة البسيطة للمخرجات (SCOOP) بالإضافة إلى معلومات من قاعدة بيانات ECOD . [ 17 ] ECOD هي قاعدة بيانات هرمية شبه آلية لعائلات البروتينات ذات البنى المعروفة، حيث ترتبط العائلات بسهولة بمدخلات Pfam، وترتبط مستويات التشابه عادةً بعشائر Pfam. [ 18 ]

تاريخ

تأسست قاعدة بيانات Pfam عام 1995 على يد إريك سونهمر، وشون إيدي، وريتشارد دوربين، كمجموعة من نطاقات البروتينات الشائعة التي يمكن استخدامها لترميز جينات البروتينات في الحيوانات متعددة الخلايا. [ 6 ] وكان من أهم أهدافها عند التأسيس المساعدة في ترميز جينوم الدودة الأسطوانية C. elegans . [ 6 ] وقد استند المشروع جزئيًا إلى ما ذكره سايروس تشوثيا في كتابه "ألف عائلة لعالم الأحياء الجزيئية" من أن هناك حوالي 1500 عائلة بروتينية مختلفة، وأن غالبية البروتينات تندرج ضمن 1000 منها فقط. [ 5 ] [ 19 ] وعلى عكس هذا الادعاء، تحتوي قاعدة بيانات Pfam حاليًا على 16306 مدخلًا تُقابل نطاقات وعائلات بروتينية فريدة. ومع ذلك، فإن العديد من هذه العائلات تتشابه في بنيتها ووظائفها، مما يشير إلى أصل تطوري مشترك (انظر العشائر ). [ 5 ]

كان أحد أبرز الفروقات بين قاعدة بيانات Pfam وقواعد البيانات الأخرى عند إنشائها هو استخدام نوعين من المحاذاة للبيانات: محاذاة أولية أصغر حجمًا يتم التحقق منها يدويًا، بالإضافة إلى محاذاة كاملة تُبنى عن طريق محاذاة التسلسلات مع نموذج ماركوف المخفي المُنشأ من المحاذاة الأولية. كانت المحاذاة الأولية الأصغر أسهل في التحديث مع صدور إصدارات جديدة من قواعد بيانات التسلسل، وبالتالي مثّلت حلاً واعدًا لمعضلة كيفية الحفاظ على تحديث قاعدة البيانات مع ازدياد كفاءة تسلسل الجينوم وتزايد الحاجة إلى معالجة البيانات بمرور الوقت. وقد شهد الإصدار 24.0 تحسنًا إضافيًا في سرعة تحديث قاعدة البيانات، مع إدخال برنامج HMMER3، الذي يُعد أسرع بنحو 100 مرة من برنامج HMMER2 وأكثر حساسية. [ 8 ]

نظرًا لأنّ بيانات Pfam-A لا تغطي جميع البروتينات المعروفة، فقد تمّ توفير ملحق مُولّد تلقائيًا يُسمى Pfam-B. احتوى Pfam-B على عدد كبير من العائلات الصغيرة المُشتقّة من مجموعات مُنتجة بواسطة خوارزمية تُسمى ADDA. [ 20 ] على الرغم من انخفاض جودتها، إلا أن عائلات Pfam-B قد تكون مفيدة عند عدم العثور على أي عائلات في Pfam-A. تمّ إيقاف Pfam-B مع الإصدار 28.0، [ 21 ] ثمّ أُعيد تقديمه في الإصدار 33.1 باستخدام خوارزمية تجميع جديدة، MMSeqs2. [ 22 ]

كانت قاعدة بيانات Pfam تُستضاف في الأصل على ثلاثة مواقع مرآة حول العالم للحفاظ على التكرار. ولكن بين عامي 2012 و2014، نُقلت موارد Pfam إلى EMBL-EBI ، مما أتاح استضافة الموقع الإلكتروني من نطاق واحد (xfam.org)، باستخدام مراكز بيانات مستقلة مكررة. وقد سمح هذا بتحسين مركزية التحديثات، ودمجها مع مشاريع Xfam الأخرى مثل Rfam و TreeFam وiPfam وغيرها، مع الحفاظ على المرونة الأساسية التي توفرها الاستضافة من مراكز متعددة. [ 23 ]

في الفترة ما بين عامي 2014 و2016 تقريبًا، خضعت قاعدة بيانات Pfam لإعادة تنظيم شاملة بهدف تقليل الجهد اليدوي المبذول في عملية التنسيق، والسماح بتحديثات أكثر تواترًا. [ 15 ] وفي عام 2022 تقريبًا، تم دمج Pfam في InterPro التابع للمعهد الأوروبي للمعلوماتية الحيوية . [ 24 ]

التنسيق المجتمعي

واجهت إدارة قاعدة بيانات بهذا الحجم تحدياتٍ في مواكبة حجم العائلات الجديدة والمعلومات المُحدَّثة التي كان لا بد من إضافتها. ولتسريع وتيرة إصدار قاعدة البيانات، أطلق المطورون عدداً من المبادرات لإتاحة مشاركة مجتمعية أوسع في إدارتها.

كانت إحدى الخطوات الحاسمة لتحسين وتيرة تحديث وتحسين المدخلات هي إتاحة إمكانية إضافة الشروح الوظيفية لمجالات Pfam لمجتمع ويكيبيديا في الإصدار 26.0. [ 16 ] بالنسبة للمدخلات التي كانت لها بالفعل صفحة على ويكيبيديا، تم ربطها بصفحة Pfam، أما بالنسبة للمدخلات التي لم تكن لها صفحة، فقد دُعي المجتمع لإنشاء صفحة وإبلاغ المنسقين لربطها. من المتوقع أنه على الرغم من أن مشاركة المجتمع ستُحسّن بشكل كبير مستوى شرح هذه العائلات، إلا أن بعضها سيظل غير جدير بالذكر بما يكفي لإدراجه في ويكيبيديا، وفي هذه الحالة سيحتفظ بوصفه الأصلي في Pfam. تغطي بعض مقالات ويكيبيديا عائلات متعددة، مثل مقالة أصابع الزنك . كما تم تطبيق إجراء آلي لإنشاء المقالات بناءً على بيانات InterPro وPfam، حيث يقوم هذا الإجراء بتعبئة الصفحة بالمعلومات والروابط إلى قواعد البيانات بالإضافة إلى الصور المتاحة، ثم بمجرد مراجعة المقالة من قِبل المنسق، يتم نقلها من بيئة الاختبار إلى ويكيبيديا الرسمية. للحماية من تخريب المقالات، تتم مراجعة كل تعديل على ويكيبيديا من قبل المشرفين قبل عرضه على موقع Pfam. ومع ذلك، يتم تصحيح معظم حالات التخريب من قبل المجتمع قبل وصولها إلى المشرفين. [ 16 ]

يُدار موقع Pfam من قِبل اتحاد دولي يضم ثلاث مجموعات. في الإصدارات السابقة من Pfam، كان تعديل بيانات العائلات متاحًا فقط في موقع كامبريدج بالمملكة المتحدة، مما حدّ من قدرة أعضاء الاتحاد على المساهمة في إدارة الموقع. في الإصدار 26.0، انتقل المطورون إلى نظام جديد يسمح للمستخدمين المسجلين في أي مكان في العالم بإضافة أو تعديل عائلات Pfam. [ 16 ]

انظر أيضاً

مراجع

  1. ↑ فين آر دي، تيت جيه، ميستري جيه، كوجيل بي سي، ساموت إس جيه، هوتز إتش آر، سيريك جي، فورسلوند كيه، إيدي إس آر، سونهمر إي إل، باتمان إيه (2008). " قاعدة بيانات عائلات بروتينات Pfam" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 36 (عدد قواعد البيانات): D281–8. doi : 10.1093/nar/gkm960 . PMC 2238907. PMID 18039703 .  
  2. ↑ فين، آر دي؛ ميستري، جيه؛ شوستر-بوكلر، بي؛ غريفيثس-جونز، إس؛ هوليتش، في؛ لاسمان، تي؛ موكسون، إس؛ مارشال، إم؛ خانا، إيه؛ دوربين، آر؛ إيدي، إس آر؛ سونهمر، إي إل؛ بيتمان، إيه. (يناير 2006). "Pfam: العشائر، أدوات وخدمات الويب" (نص كامل مجاني) . أبحاث الأحماض النووية . 34 (عدد قواعد البيانات): D247– D251 . doi : 10.1093/nar/gkj149 . ISSN 0305-1048 . PMC 1347511. PMID 16381856 .   
  3. ↑ باتمان، أ .؛ كوين، ل.؛ دوربين، ر .؛ فين، ر.د.؛ هوليتش، ف.؛ غريفيثس-جونز، س.؛ خانا، أ.؛ مارشال، م.؛ موكسون، س.؛ سونهمر، إ.ل.؛ ستودولم، د.ج.؛ ييتس، س.؛ إيدي، س.ر. (2004). "قاعدة بيانات عائلات بروتينات Pfam" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 32 (عدد قواعد البيانات): 138D–1141. doi : 10.1093 / nar/gkh121 . ISSN 0305-1048 . PMC 308855. PMID 14681378 .   أيقونة الوصول المفتوح
  4. ↑ مدونة "إكس فام" . مدونة إكس فام . تم الاطلاع عليها بتاريخ 10 سبتمبر 2024 .
  5. 1 2 3 4 ساموت، ستيفن؛ فين، روبرت د.؛ بيتمان، أليكس (2008). "Pfam بعد 10 سنوات: 10000 عائلة وما زال العدد في ازدياد" . موجزات في المعلوماتية الحيوية . 9 (3): 210-219 . doi : 10.1093/bib/bbn010 . PMID 18344544 . 
  6. سونهمر ، إريك إل إل ؛ إيدي، شون آر؛ دوربين، ريتشارد ( 1997). "Pfam: قاعدة بيانات شاملة لعائلات نطاقات البروتين بناءً على محاذاة البذور". البروتينات . 28 (3): 405-420 . doi : 10.1002/(sici)1097-0134(199707)28:3 < 405::aid - prot10 > 3.0.co ; 2-l . PMID 9223186. S2CID 9569028 .  
  7. ↑ شو، تشيفانغ؛ دنبراك، رولاند ل. (2012). "تصنيف تسلسلات البروتين وفقًا لأنظمة تصنيف النطاقات والعائلات الحالية: Pfam وPDB" . المعلوماتية الحيوية . 28 (21): 2763-2772 . doi : 10.1093/bioinformatics/bts533 . PMC 3476341. PMID 22942020 .  
  8. فين ، آر دي؛ ميستري، جيه؛ تيت ، جيه؛ كوجيل، بي؛ هيجر، إيه؛ بولينجتون، جيه إي؛ جافين، أو إل؛ جوناسيكاران، بي؛ سيريك، جي؛ فورسلوند، كيه؛ هولم، إل؛ سونهمر، إي إل إل؛ إيدي، إس آر؛ بيتمان، إيه. (2009). "قاعدة بيانات عائلات بروتينات Pfam" . أبحاث الأحماض النووية . 38 (قاعدة البيانات): D211– D222 . doi : 10.1093/nar/gkp985 . ISSN 0305-1048 . PMC 2808889. PMID 19920124 .   
  9. 1 2 باتمان أ، بيرني إي، سيروتي ل، دوربين ر، إتويلر ل، إيدي إس آر، غريفيثس-جونز إس، هاو كيه إل، مارشال إم، سونهمر إي إل (2002). "قاعدة بيانات عائلات بروتينات Pfam" . أبحاث الأحماض النووية . 30 (1): 276-280 . doi : 10.1093 / nar/30.1.276 . PMC 99071. PMID 11752314 .  
  10. ↑ آدامز إم دي، سيلنيكر إس إي، هولت را، إيفانز كاليفورنيا، جوكين دينار أردني، وآخرون . (2000). “تسلسل الجينوم لذبابة الفاكهة السوداء”. علوم . 287 (5461): 2185– 95. بيب كود : 2000Sci...287.2185. . سيتيسيركس 10.1.1.549.8639 . دوى : 10.1126/science.287.5461.2185 . بميد 10731132 .   
  11. ↑ لاندر، إريك س.؛ لينتون، لورين م.؛ بيرين، بروس؛ نوسباوم، تشاد؛ زودي، مايكل س.؛ وآخرون . (2001). "التسلسل الأولي وتحليل الجينوم البشري" . مجلة نيتشر . 409 (6822): 860-921 . doi : 10.1038/35057062 . hdl : 2027.42/62798 . ISSN 0028-0836 . PMID 11237011 .   
  12. ↑ فين، روبرت د.؛ باتمان، أليكس؛ كليمنتس، جودي؛ كوجيل، بينيلوبي؛ إيبرهاردت، روث ي.؛ إيدي، شون ر.؛ هيجر، أندرياس؛ هيذرينغتون، كيرستي؛ هولم، ليسا؛ ميستري، جاينا؛ سونهمر، إريك ل. ل.؛ تيت، جون؛ بونتا، ماركو (2014). "Pfam: قاعدة بيانات عائلات البروتينات" . أبحاث الأحماض النووية . 42 (D1): D222– D230 . doi : 10.1093/nar/gkt1223 . ISSN 0305-1048 . PMC 3965110. PMID 24288371 .   
  13. ↑ سونهمر إي إل، إيدي إس آر، بيرني إي، باتمان إيه، دوربين آر (1998). "Pfam: محاذاة تسلسل متعددة وملفات تعريف HMM لمجالات البروتين" . أبحاث الأحماض النووية . 26 (1): 320-322 . doi : 10.1093 / nar/26.1.320 . PMC 147209. PMID 9399864 .  
  14. ↑ فين، آر دي؛ مارشال، إم؛ بيتمان، إيه (2004). "iPfam: تصوير تفاعلات البروتين-بروتين في بنك بيانات البروتين (PDB) بدقة النطاق والأحماض الأمينية" . المعلوماتية الحيوية . 21 (3): 410-412 . doi : 10.1093/bioinformatics/bti011 . ISSN 1367-4803 . PMID 15353450 .  
  15. 1 2 3 4 فين، روبرت د.؛ كوجيل، بينيلوب؛ إيبرهاردت، روث ي.؛ إيدي، شون ر.؛ ميستري، جاينا؛ ميتشل، أليكس ل.؛ بوتر، سيمون س.؛ بونتا، ماركو؛ قريشي، مطلوب؛ سانغرادور-فيغاس، أمايا؛ سالازار، غوستافو أ.؛ تيت، جون؛ بيتمان، أليكس (2016). "قاعدة بيانات عائلات بروتينات Pfam: نحو مستقبل أكثر استدامة" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 44 (D1): D279– D285. doi : 10.1093/nar/gkv1344 . ISSN 0305-1048 . PMC 4702930. PMID 26673716 .   
  16. 1 2 3 4 5 6 بونتا، م.؛ كوجيل، ب.س.؛ إيبرهاردت، ر.ي.؛ ميستري، ج.؛ تيت، ج.؛ بورسنيل، س.؛ بانغ، ن.؛ فورسلوند، ك.؛ سيريك، ج.؛ كليمنتس، ج.؛ هيغر، أ.؛ هولم، ل.؛ سونهمر، إ.ل.ل.؛ إيدي، س.ر.؛ بيتمان، أ.؛ فين، ر.د. (2011). "قاعدة بيانات عائلات بروتينات Pfam" . أبحاث الأحماض النووية . 40 (D1): D290– D301. doi : 10.1093/nar/gkr1065 . ISSN 0305-1048 . PMC 3245129. PMID 22127870 .   
  17. 1 2 الجبالي، سارة؛ ميستري، جاينا؛ باتمان، أليكس؛ إيدي، شون ر؛ لوتشياني، أوريليان؛ بوتر، سيمون س؛ قريشي، مطلوب؛ ريتشاردسون، لورنا ج؛ سالازار، غوستافو أ؛ سمارت، ألفريدو؛ سونهمر، إريك ل ل؛ هيرش، ليلى؛ بالادين، ليسانا؛ بيوفيسان، داميانو؛ توساتو، سيلفيو س إ؛ فين، روبرت د (8 يناير 2019). "قاعدة بيانات عائلات بروتينات Pfam في عام 2019" . أبحاث الأحماض النووية . 47 (D1): D427– D432 . doi : 10.1093/nar/gky995 . PMC 6324024. PMID 30357350 .  
  18. ↑ "التصنيف التطوري لنطاقات البروتين" . prodata.swmed.edu . مؤرشف من الأصل في 15 يوليو 2019. تم الاطلاع عليه في 18 مايو 2019 .
  19. ↑ تشوثيا، سايروس (1992). "ألف عائلة لعالم الأحياء الجزيئية" . مجلة نيتشر . 357 (6379): 543-544 . Bibcode : 1992Natur.357..543C . doi : 10.1038/357543a0 . ISSN 0028-0836 . PMID 1608464. S2CID 4355476 .   
  20. ↑ هيغر، أ.؛ ويلتون، كاليفورنيا؛ سيفاكومار، أ.؛ هولم، ل. (يناير 2005). "ADDA: قاعدة بيانات نطاقات تغطي جميع أنواع البروتينات" ( نص كامل مجاني) . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 33 (عدد قواعد البيانات): D188– D191. doi : 10.1093/nar/gki096 . ISSN 0305-1048 . PMC 540050. PMID 15608174 .   
  21. ↑ "ملاحظات إصدار Pfam 28.0" . تم الاطلاع عليها بتاريخ 30 يونيو 2015 .
  22. ↑ "إصدار جديد من Pfam-B" . مدونة Xfam . 30 يونيو 2020. مؤرشف من الأصل في 11 يناير 2021. تم الاطلاع عليه في 15 يناير 2021 .
  23. ↑ "الانتقال إلى xfam.org" . مؤرشف من الأصل بتاريخ 19 أكتوبر 2016. تم الاطلاع عليه بتاريخ 25 نوفمبر 2016 .
  24. ↑ name=""> بايسان-لافوس، تيفين (2023). "InterPro في 2022" . أبحاث الأحماض النووية . 51 (D1): D418– D427. doi : 10.1093/nar/gkac993 . PMC 9825450 . 
  25. ↑ دانبراك، رولاند. "PDBfam" . مركز فوكس تشيس للسرطان. مؤرشف من الأصل في 1 أكتوبر 2015. تم الاطلاع عليه في 9 مارس 2013 .
  26. ↑ شو، تشيفانغ؛ دنبراك، رولاند (2012). "تصنيف تسلسلات البروتين وفقًا لأنظمة تصنيف النطاقات والعائلات الحالية: Pfam وPDB" . المعلوماتية الحيوية . 28 (21): 2763-2772 . doi : 10.1093/bioinformatics/bts533 . PMC 3476341. PMID 22942020 .