أدوات ADMIX

أدوات ADMIX
المطور(ون)	نيك باترسون ، روبرت ماير، ديفيد رايش
الإصدار الأولي	2012
مستودع	github.com/DReichLab/AdmixTools ;
مكتوب في	سي ، سي++ ، آر
نظام التشغيل	ويندوز، لينكس، الخ.
يكتب	علم الوراثة السكانية
موقع إلكتروني	uqrmaie1.github.io/admixtools/

ADMIXTOOLS (أو AdmixTools ) عبارة عن حزمة برمجية تُستخدم في المقام الأول لتحليل الخليط في علم الوراثة السكانية . تم تطوير الإصدار الأصلي كمجموعة من برامج C المستقلة بواسطة Nick Patterson وزملائه وتم نشره في عام 2012. ^[1]^[2] تم تطوير إصدار معاد تنفيذه، ADMIXTOOLS 2، كحزمة R بواسطة Robert Maier وزملائه وتم نشره في عام 2023. ^[3]^[4]

تعتمد معظم برامج ADMIXTOOLS على ملاءمة النماذج الديموغرافية لإحصائيات f ، والتي يتم حسابها من ترددات الأليلات السكانية. ^[5]

رسم بياني qp

qpGraph هو برنامج برمجي يعد جزءًا من حزمة برامج ADMIXTOOLS ^[2] التي طورها باترسون وآخرون (2012). يقيم qpGraph النماذج القائمة على الرسم البياني للعلاقات السكانية مع الخليط الجيني . ^[1] ويقدر احتمالات الرسوم البيانية ذات الطوبولوجيا الثابتة، ^[6]^[7] مع ضبط معلمات الرسم البياني لتناسب إحصائيات f المرصودة. ^[8]

تضيف ADMIXTOOLS 2 وظيفة للعثور على توبولوجيات الرسم البياني المُحسَّنة، على غرار البرامج مثل Treemix. ^[9]

أدوات أخرى

تتضمن الأدوات الإحصائية ذات الصلة في حزمة برامج ADMIXTOOLS qpAdm ، ^[10] وqpfst ، وqpDstat ، و qpWave . ^[11] يختبر qpDstat وqpWave ما إذا كانت السكان تشكل مجموعات ، بينما يقدر qpAdm نسب الأنساب. ^{[4] غالبًا ما يتم استخدام} qpAdm بالاشتراك مع CP/NNLS . ^[12]^[13]

انظر أيضا

مراجع

^ ab Patterson N, Moorjani P, Luo Y, Mallick S, Rohland N, Zhan Y, Genschoreck T, Webster T, Reich D (نوفمبر 2012). "Ancient admixture in human history". علم الوراثة . 192 (3): 1065–93. doi :10.1534/genetics.112.145037. PMC 3522152. PMID 22960212 .
^ ab "DReichLab/AdmixTools: أدوات اختبار ما إذا كان الخليط قد حدث وأكثر". GitHub . تم الاسترجاع في 2022-05-18 .
^ Maier R, Flegontov P, Flegontova O, Işıldak U, Changmai P , Reich D (أبريل 2023). "حول حدود ملاءمة النماذج المعقدة لتاريخ السكان مع إحصاءات f". eLife . 12. doi : 10.7554/eLife.85492 . PMC 10310323. PMID 37057893 .
^ ab "استنتاج التاريخ الديموغرافي من البيانات الجينية". uqrmaie1.github.io . تم الاسترجاع في 2022-05-18 .
^ "f-statistics" . تم الاسترجاع في 2023-07-11 .
^ مولوي، إيرين ك؛ دورفاسولا، أرون؛ سانكارارامان، سريرام (2021-07-01). "تقدير الرسم البياني للمزيج المتقدم عبر توجيه الشبكة بأقصى احتمال". علم المعلومات الحيوية . 37 (الملحق 1). مطبعة جامعة أكسفورد (OUP): i142–i150. doi :10.1093/bioinformatics/btab267. ISSN 1367-4803. PMC 8336447. PMID 34252951 .
^ "حساب ملاءمة الرسم البياني للمزيج - qpgraph". uqrmaie1.github.io . تم الاسترجاع في 2022-05-18 .
^ "تقدير الرسوم البيانية للمزيج باستخدام qpGraph". وثائق CompPopGenWorkshop2019 . تم الاسترجاع في 2022-05-18 .
^ "Treemix" . تم الاسترجاع في 2023-07-11 .
^ Harney, Éadaoin; Patterson, Nick; Reich, David; Wakeley, John (2021-01-08). Novembre, J (ed.). "تقييم أداء qpAdm: أداة إحصائية لدراسة خليط السكان". علم الوراثة . 217 (4). مطبعة جامعة أكسفورد (OUP): iyaa045. doi : 10.1093/genetics/iyaa045 . ISSN 1943-2631. PMC 8049561. PMID 33772284 .
^ "نمذجة الخليط باستخدام qpWave وqpAdm". وثائق CompPopGenWorkshop2019 . تم الاسترجاع في 2022-05-18 .
^ جارفي، ماري؛ وآخرون (22 يوليو 2019). "التحولات في المشهد الجيني لسهوب أوراسيا الغربية المرتبطة ببداية ونهاية الهيمنة السكيثية". علم الأحياء الحالي . 29 (14): 2430-2441.e10. doi : 10.1016/j.cub.2019.06.019 . ISSN 0960-9822.
^ Saag, Lehti; et al. (2021-01-22). "التغيرات الجينية في الأصول في انتقال العصر الحجري إلى العصر البرونزي في سهل شرق أوروبا". Science Advances . 7 (4). bioRxiv 10.1101/2020.07.02.184507 . doi :10.1126/sciadv.abd6535. ISSN 2375-2548. PMC 7817100. PMID 33523926 .

روابط خارجية

AdmixTools على GitHub
AdmixTools 2 على GitHub
حزمة برامج qpGraph في Bioconductor 3.8. doi :10.18129/B9.bioc.qpgraph
admixr – حزمة R للتحليلات القابلة للتكرار باستخدام ADMIXTOOLS

هذه المقالة العلمية عن البرمجيات هي عبارة عن جزء صغير . يمكنك مساعدة ويكيبيديا من خلال توسيعها.

Original text

Rate this translation

Your feedback will be used to help improve Google Translate

[Patterson_2012-1] Patterson N, Moorjani P, Luo Y, Mallick S, Rohland N, Zhan Y, Genschoreck T, Webster T, Reich D (نوفمبر 2012). "Ancient admixture in human history". علم الوراثة . 192 (3): 1065–93. doi :10.1534/genetics.112.145037. PMC 3522152. PMID 22960212 .

[Patterson_GH-2] "DReichLab/AdmixTools: أدوات اختبار ما إذا كان الخليط قد حدث وأكثر". GitHub . تم الاسترجاع في 2022-05-18 .

[Maier_2023-3] ^ Maier R, Flegontov P, Flegontova O, Işıldak U, Changmai P , Reich D (أبريل 2023). "حول حدود ملاءمة النماذج المعقدة لتاريخ السكان مع إحصاءات f". eLife . 12. doi : 10.7554/eLife.85492 . PMC 10310323. PMID 37057893 .

[auto-4] "استنتاج التاريخ الديموغرافي من البيانات الجينية". uqrmaie1.github.io . تم الاسترجاع في 2022-05-18 .

[5] "f-statistics" . تم الاسترجاع في 2023-07-11 .

[6] مولوي، إيرين ك؛ دورفاسولا، أرون؛ سانكارارامان، سريرام (2021-07-01). "تقدير الرسم البياني للمزيج المتقدم عبر توجيه الشبكة بأقصى احتمال". علم المعلومات الحيوية . 37 (الملحق 1). مطبعة جامعة أكسفورد (OUP): i142–i150. doi :10.1093/bioinformatics/btab267. ISSN 1367-4803. PMC 8336447. PMID 34252951 .

[7] "حساب ملاءمة الرسم البياني للمزيج - qpgraph". uqrmaie1.github.io . تم الاسترجاع في 2022-05-18 .

[8] "تقدير الرسوم البيانية للمزيج باستخدام qpGraph". وثائق CompPopGenWorkshop2019 . تم الاسترجاع في 2022-05-18 .

[9] "Treemix" . تم الاسترجاع في 2023-07-11 .

[10] Harney, Éadaoin; Patterson, Nick; Reich, David; Wakeley, John (2021-01-08). Novembre, J (ed.). "تقييم أداء qpAdm: أداة إحصائية لدراسة خليط السكان". علم الوراثة . 217 (4). مطبعة جامعة أكسفورد (OUP): iyaa045. doi : 10.1093/genetics/iyaa045 . ISSN 1943-2631. PMC 8049561. PMID 33772284 .

[11] "نمذجة الخليط باستخدام qpWave وqpAdm". وثائق CompPopGenWorkshop2019 . تم الاسترجاع في 2022-05-18 .

[12] جارفي، ماري؛ وآخرون (22 يوليو 2019). "التحولات في المشهد الجيني لسهوب أوراسيا الغربية المرتبطة ببداية ونهاية الهيمنة السكيثية". علم الأحياء الحالي . 29 (14): 2430-2441.e10. doi : 10.1016/j.cub.2019.06.019 . ISSN 0960-9822.

[13] Saag, Lehti; et al. (2021-01-22). "التغيرات الجينية في الأصول في انتقال العصر الحجري إلى العصر البرونزي في سهل شرق أوروبا". Science Advances . 7 (4). bioRxiv 10.1101/2020.07.02.184507 . doi :10.1126/sciadv.abd6535. ISSN 2375-2548. PMC 7817100. PMID 33523926 .