التغطية (علم الوراثة)

على الرغم من دقة التسلسل العالية لكل نيوكليوتيد على حدة، فإن العدد الهائل من النيوكليوتيدات في الجينوم يعني أنه في حال تسلسل جينوم واحد مرة واحدة فقط، سيحدث عدد كبير من أخطاء التسلسل. علاوة على ذلك، تحتوي العديد من المواقع في الجينوم على تعدد أشكال النيوكليوتيدات المفردة النادرة (SNPs). لذا، وللتمييز بين أخطاء التسلسل وتعدد أشكال النيوكليوتيدات المفردة الحقيقية، من الضروري زيادة دقة التسلسل بشكل أكبر من خلال تسلسل الجينومات الفردية عددًا كبيرًا من المرات.

قد يشير مصطلح "العمق الفائق" أحيانًا إلى تغطية أعلى (>100 ضعف)، مما يسمح بالكشف عن متغيرات التسلسل في التجمعات السكانية المختلطة. ^{[ 5 ] [ 6 ] [ 7 ]} وفي الحالات القصوى، يمكن لأساليب التسلسل المصححة للأخطاء، مثل تسلسل العمق الأقصى، أن تجعل تغطية منطقة معينة تقترب من إنتاجية جهاز التسلسل، مما يسمح بتغطيات تزيد عن ^10⁸ . ^{[ 8 ]}

يُتيح التسلسل العميق للترانسكريبتومات ، المعروف أيضًا باسم RNA-Seq ، معرفة تسلسل وتواتر جزيئات الحمض النووي الريبوزي (RNA) الموجودة في أي وقت محدد في نوع خلية أو نسيج أو عضو معين. ^{[ 9 ]} ويُعدّ حساب عدد جزيئات mRNA المشفرة بواسطة الجينات الفردية مؤشرًا على إمكانية ترميز البروتين، وهو عامل رئيسي في تحديد النمط الظاهري . ^{[ 10 ]} ويُعتبر تحسين طرق تسلسل الحمض النووي الريبوزي مجالًا بحثيًا نشطًا، سواءً من حيث الأساليب التجريبية أو الحسابية. ^{[ 11 ]}

يمكن حساب متوسط ​​التغطية لجينوم كامل من طول الجينوم الأصلي ( G ) وعدد القراءات ( N ) ومتوسط ​​طول القراءة ( L ) كما يلي:${\textstyle N\times L/G}$على سبيل المثال، سيحتوي جينوم افتراضي مكون من 2000 زوج قاعدي، مُعاد بناؤه من 8 قراءات بمتوسط ​​طول 500 نيوكليوتيد، على تكرار بمقدار الضعف. تُمكّن هذه المعلمة أيضًا من تقدير كميات أخرى، مثل النسبة المئوية للجينوم التي تغطيها القراءات (والتي تُسمى أحيانًا مدى التغطية). يُفضّل الحصول على تغطية عالية في تسلسل الحمض النووي بتقنية "شوتجن" لأنها تُساعد على التغلب على أخطاء تحديد القواعد وتجميعها. يتناول موضوع نظرية تسلسل الحمض النووي العلاقات بين هذه الكميات. ^{[ 2 ]}