تسلسل البندقية

📅 آخر تحديث: ٢٦ يوليو ٢٠٢٦
✍️ نُشر في: ٢٦ يوليو ٢٠٢٦
📷 يحتوي على 5 صور
الموسوعة الحرة
مخطط مبسط لتقنية تسلسل الحمض النووي العشوائي: أولًا، يُقطع جزء الحمض النووي إلى قطع صغيرة متداخلة. ثم يُسلسل كل جزء على حدة، ويُجمع التسلسل الكامل بناءً على تشابه النهايات المتداخلة. لا يمكن تطبيق هذه الطريقة إلا على الجينومات الصغيرة أو أجزاء من جينومات أكبر نظرًا لوجود تسلسلات متكررة متعددة.

في علم الوراثة ، يُعدّ تسلسل الشوتجن طريقةً تُستخدم لتسلسل خيوط الحمض النووي العشوائية . وقد سُمّي بهذا الاسم تشبيهاً بتجمع الطلقات العشوائية سريعة التوسع في بندقية الصيد .

لا يمكن استخدام طريقة إنهاء السلسلة في تسلسل الحمض النووي (تسلسل سانجر) إلا مع سلاسل الحمض النووي القصيرة التي يتراوح طولها بين 100 و1000 زوج قاعدي . ونظرًا لهذا القيد في الحجم، تُقسّم التسلسلات الأطول إلى أجزاء أصغر يمكن تسلسلها بشكل منفصل، ثم تُجمّع هذه التسلسلات للحصول على التسلسل الكامل.

في تقنية التسلسل العشوائي، [ 1 ] [ 2 ] يُقسّم الحمض النووي (DNA) عشوائيًا إلى أجزاء صغيرة عديدة، تُسلسل باستخدام طريقة إنهاء السلسلة للحصول على قراءات . تُحصل على قراءات متداخلة متعددة للحمض النووي المستهدف من خلال إجراء عدة جولات من هذا التقطيع والتسلسل. ثم تستخدم برامج الحاسوب النهايات المتداخلة للقراءات المختلفة لتجميعها في تسلسل متصل. [ 1 ]

كان تسلسل الشوتجن أحد التقنيات السابقة التي ساهمت في تمكين تسلسل الجينوم الكامل .

مثال

على سبيل المثال، ضع في اعتبارك الجولتين التاليتين من قراءات البندقية:

ستراندتسلسل
إبداعيAGCATGCTGCAGTCATGCTTAGGCTA
المشهد الأول بالبندقيةAGCATGCTGCAGTCATGCT--------------------------TAGGCTA
مشهد البندقية الثانيAGCATG--------------------------CTGCAGTCATGCTTAGGCTA
إعادة الإعمارAGCATGCTGCAGTCATGCTTAGGCTA

في هذا المثال المبسط للغاية، لا تغطي أي من القراءات كامل طول التسلسل الأصلي، ولكن يمكن تجميع القراءات الأربع في التسلسل الأصلي باستخدام تداخل نهاياتها لمحاذاتها وترتيبها. في الواقع، تستخدم هذه العملية كميات هائلة من المعلومات المليئة بالغموض وأخطاء التسلسل. كما أن تجميع الجينومات المعقدة يزداد تعقيدًا بسبب وفرة التسلسلات المتكررة ، مما يعني أن القراءات القصيرة المتشابهة قد تأتي من أجزاء مختلفة تمامًا من التسلسل.

يتطلب التغلب على هذه الصعوبات وتجميع التسلسل بدقة قراءات متداخلة متعددة لكل جزء من الحمض النووي الأصلي. فعلى سبيل المثال، لإتمام مشروع الجينوم البشري ، تم تسلسل معظم الجينوم البشري بتغطية 12 ضعفًا أو أكثر ؛ أي أن كل قاعدة في التسلسل النهائي كانت موجودة في 12 قراءة مختلفة في المتوسط. ومع ذلك، فشلت الطرق الحالية في عزل أو تجميع تسلسل موثوق به لما يقرب من 1% من الجينوم البشري ( الكروماتين الحقيقي )، وذلك حتى عام 2004. [ 3 ]

تسلسل الجينوم الكامل بتقنية الشوتجن

تاريخ

تم اقتراح تسلسل الجينوم الكامل بتقنية التسلسل العشوائي للجينومات الصغيرة (من 4000 إلى 7000 زوج قاعدي) لأول مرة في عام 1979. [ 1 ] وكان أول جينوم تم تسلسله بتقنية التسلسل العشوائي هو جينوم فيروس موزاييك القرنبيط ، والذي نُشر في عام 1981. [ 4 ] [ 5 ]

تسلسل الأطراف المزدوجة

استفادت تطبيقات أوسع من تقنية تسلسل الأطراف المزدوجة ، والمعروفة شعبياً باسم تسلسل البندقية المزدوجة . ومع ازدياد مشاريع التسلسل التي تتناول تسلسلات الحمض النووي الأطول والأكثر تعقيداً، أدركت مجموعات بحثية متعددة إمكانية الحصول على معلومات مفيدة من خلال تسلسل طرفي قطعة من الحمض النووي. ورغم أن تسلسل طرفي القطعة نفسها وتتبع البيانات المزدوجة كان أكثر صعوبة من تسلسل طرف واحد من قطعتين مختلفتين، إلا أن معرفة أن التسلسلين موجهان في اتجاهين متعاكسين، وأن المسافة بينهما تعادل طول قطعة الحمض النووي تقريباً، كانت ذات قيمة في إعادة بناء تسلسل القطعة المستهدفة الأصلية.

التاريخ . نُشر أول وصف لاستخدام تقنية التسلسل المزدوج في عام 1990 [ 6 ] كجزء من تسلسل موقع HGPRT البشري ، على الرغم من أن استخدامها اقتصر على سد الفجوات بعد تطبيق أسلوب التسلسل العشوائي التقليدي. أما أول وصف نظري لاستراتيجية التسلسل المزدوج الخالص، بافتراض ثبات طول القطع، فكان في عام 1991 [ 7 ] . في ذلك الوقت، كان هناك إجماع بين المختصين على أن الطول الأمثل للقطعة في التسلسل المزدوج هو ثلاثة أضعاف طول قراءة التسلسل. وفي عام 1995، قدم روتش وآخرون [ 8 ] ابتكارًا جديدًا باستخدام قطع بأحجام مختلفة، وأثبتوا إمكانية تطبيق استراتيجية التسلسل المزدوج الخالص على أهداف كبيرة. وقد تم اعتماد هذه الاستراتيجية لاحقًا من قبل معهد أبحاث الجينوم (TIGR) لتسلسل جينوم بكتيريا Haemophilus influenzae في عام 1995، [ 9 ] ثم من قبل Celera Genomics لتسلسل جينوم Drosophila melanogaster (ذبابة الفاكهة) في عام 2000، [ 10 ] وبعد ذلك الجينوم البشري.

يقترب

لتطبيق هذه الاستراتيجية، يُقطع شريط الحمض النووي ذو الوزن الجزيئي العالي إلى أجزاء عشوائية، ثم تُختار أحجامها (عادةً 2، 10، 50، و150 كيلوبايت)، وتُستنسخ في ناقل مناسب . بعد ذلك، تُسلسل النسخ المستنسخة من كلا الطرفين باستخدام طريقة إنهاء السلسلة، مما ينتج عنه تسلسلان قصيران. يُسمى كل تسلسل قراءة طرفية أو القراءة 1 والقراءة 2، وتُسمى قراءتان من نفس النسخة المستنسخة أزواجًا مترافقة . نظرًا لأن طريقة إنهاء السلسلة لا تُنتج عادةً إلا قراءات يتراوح طولها بين 500 و1000 قاعدة، فإن الأزواج المترافقة نادرًا ما تتداخل في جميع النسخ المستنسخة باستثناء أصغرها.

حَشد

تُعاد بناء التسلسل الأصلي من القراءات باستخدام برامج تجميع التسلسلات . في البداية، تُجمع القراءات المتداخلة في تسلسلات مركبة أطول تُعرف باسم القطع المتجاورة (contigs) . يمكن ربط هذه القطع المتجاورة معًا لتكوين سقالات من خلال تتبع الروابط بين أزواج القراءات. يمكن استنتاج المسافة بين القطع المتجاورة من مواقع أزواج القراءات إذا كان متوسط ​​طول القطعة في المكتبة معروفًا وله هامش انحراف ضيق. اعتمادًا على حجم الفجوة بين القطع المتجاورة، يمكن استخدام تقنيات مختلفة للعثور على التسلسل في هذه الفجوات. إذا كانت الفجوة صغيرة (5-20 كيلوبايت)، فيلزم استخدام تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) لتضخيم المنطقة، يليه التسلسل. أما إذا كانت الفجوة كبيرة (>20 كيلوبايت)، فيتم استنساخ القطعة الكبيرة في نواقل خاصة مثل الكروموسومات البكتيرية الاصطناعية (BAC)، يليها تسلسل الناقل.

الإيجابيات والسلبيات

يجادل مؤيدو هذا النهج بإمكانية تسلسل الجينوم بأكمله دفعة واحدة باستخدام مصفوفات كبيرة من أجهزة التسلسل، مما يجعل العملية برمتها أكثر كفاءة من الطرق التقليدية. بينما يرى المعارضون أنه على الرغم من أن هذه التقنية تُسلسل مناطق واسعة من الحمض النووي بسرعة، إلا أن قدرتها على ربط هذه المناطق بشكل صحيح محل شك، لا سيما بالنسبة للجينومات حقيقية النواة ذات المناطق المتكررة. ومع تطور برامج تجميع التسلسل وانخفاض تكلفة الحوسبة، قد يصبح من الممكن التغلب على هذا القيد. [ 11 ]

التغطية

التغطية (عمق القراءة) هي متوسط ​​عدد القراءات التي تمثل نيوكليوتيدًا معينًا في التسلسل المُعاد بناؤه. ويمكن حسابها من طول الجينوم الأصلي ( G )، وعدد القراءات ( N )، ومتوسط ​​طول القراءة ( L ) كما يلي:شمال×ل/جي{\displaystyle N\times L/G}على سبيل المثال، سيحتوي جينوم افتراضي مكون من 2000 زوج قاعدي، مُعاد بناؤه من 8 قراءات بمتوسط ​​طول 500 نيوكليوتيد، على تكرار مضاعف. كما تُمكّن هذه المعلمة من تقدير كميات أخرى، مثل النسبة المئوية للجينوم التي تغطيها القراءات (والتي تُسمى أحيانًا التغطية). تُعدّ التغطية العالية مرغوبة في تسلسل الحمض النووي بتقنية "شوتجن" لأنها تُساعد على التغلب على أخطاء تحديد القواعد وتجميعها. ويتناول موضوع نظرية تسلسل الحمض النووي العلاقات بين هذه الكميات.

أحيانًا يُفرَّق بين تغطية التسلسل والتغطية الفيزيائية . تغطية التسلسل هي متوسط ​​عدد مرات قراءة القاعدة (كما هو موضح أعلاه). أما التغطية الفيزيائية فهي متوسط ​​عدد مرات قراءة القاعدة أو تغطيتها بواسطة قراءات متزاوجة. [ 12 ]

التسلسل الهرمي للبندقية

في تقنية التسلسل العشوائي للجينوم الكامل (أعلى)، يُقسّم الجينوم بأكمله عشوائيًا إلى أجزاء صغيرة (ذات حجم مناسب للتسلسل) ثم يُعاد تجميعها. أما في تقنية التسلسل العشوائي الهرمي (أسفل)، فيُقسّم الجينوم أولًا إلى أجزاء أكبر. بعد تحديد ترتيب هذه الأجزاء، تُقسّم بدورها إلى أجزاء ذات حجم مناسب للتسلسل.

على الرغم من إمكانية تطبيق تقنية التسلسل العشوائي (Shotgun Sequencing) نظريًا على أي جينوم مهما كان حجمه، إلا أن تطبيقها المباشر على تسلسل الجينومات الكبيرة (مثل الجينوم البشري ) كان محدودًا حتى أواخر التسعينيات، حين أتاحت التطورات التقنية إمكانية التعامل مع الكميات الهائلة من البيانات المعقدة التي ينطوي عليها هذا الإجراء. [ 13 ] تاريخيًا، كان يُعتقد أن تسلسل الجينوم الكامل بتقنية التسلسل العشوائي محدودٌ بسبب الحجم الهائل للجينومات الكبيرة، فضلًا عن التعقيد الناتج عن النسبة العالية من الحمض النووي المتكرر (أكثر من 50% في الجينوم البشري) الموجودة فيها. [ 14 ] لم يكن من المقبول على نطاق واسع أن يوفر تسلسل الجينوم الكامل بتقنية التسلسل العشوائي بيانات موثوقة. لهذه الأسباب، كان لا بد من استخدام استراتيجيات أخرى تُخفف العبء الحسابي لتجميع التسلسل قبل اللجوء إلى تقنية التسلسل العشوائي. [ 14 ] في التسلسل الهرمي، المعروف أيضًا بالتسلسل من أعلى إلى أسفل، تُنشأ خريطة فيزيائية منخفضة الدقة للجينوم قبل التسلسل الفعلي. ومن هذه الخريطة، يُختار الحد الأدنى من الأجزاء التي تغطي الكروموسوم بأكمله للتسلسل. [ 15 ] وبهذه الطريقة، يُقلل من الحاجة إلى التسلسل والتجميع عالي الإنتاجية.

يُقسّم الجينوم المُضخّم أولاً إلى أجزاء أكبر (50-200 كيلوبايت) ويُستنسخ في بكتيريا مضيفة باستخدام كروموسومات اصطناعية بكتيرية (BACs) أو كروموسومات اصطناعية مشتقة من P1 (PAC). ولأن نسخ الجينوم المتعددة قد قُسّمت عشوائياً، فإن الأجزاء الموجودة في هذه المستنسخات لها نهايات مختلفة، ومع تغطية كافية (انظر القسم أعلاه)، يصبح من الممكن نظرياً إيجاد أصغر هيكل ممكن من قطع BAC المتجاورة التي تغطي الجينوم بأكمله. يُطلق على هذا الهيكل اسم مسار التبليط الأدنى .

يشكل تسلسل BAC الذي يغطي كامل المنطقة الجينومية ذات الأهمية مسار التبليط.

بمجرد العثور على مسار التبليط، يتم تقطيع BACs التي تشكل هذا المسار عشوائيًا إلى أجزاء أصغر ويمكن تسلسلها باستخدام طريقة البندقية على نطاق أصغر. [ 16 ]

على الرغم من أن التسلسلات الكاملة لقطع BAC غير معروفة، إلا أن اتجاهاتها النسبية معروفة. توجد عدة طرق لاستنتاج هذا الترتيب واختيار قطع BAC التي تُشكل مسارًا متداخلًا. تتضمن الاستراتيجية العامة تحديد مواقع النسخ المستنسخة بالنسبة لبعضها البعض، ثم اختيار أقل عدد ممكن من النسخ المستنسخة اللازمة لتشكيل هيكل متصل يغطي كامل المنطقة محل الاهتمام. يُستنتج ترتيب النسخ المستنسخة من خلال تحديد طريقة تداخلها. [ 17 ] يمكن تحديد النسخ المستنسخة المتداخلة بعدة طرق. يمكن تهجين مسبار صغير مُشع أو مُوسَم كيميائيًا يحتوي على موقع مُوسَم بالتسلسل (STS) على مصفوفة دقيقة تُطبع عليها النسخ المستنسخة. [ 17 ] بهذه الطريقة، يتم تحديد جميع النسخ المستنسخة التي تحتوي على تسلسل معين في الجينوم. بعد ذلك، يمكن تسلسل نهاية إحدى هذه النسخ المستنسخة للحصول على مسبار جديد، وتُكرر العملية في طريقة تُسمى "المشي الكروموسومي".

بدلاً من ذلك، يمكن هضم مكتبة BAC باستخدام إنزيمات التقييد . يُستدل على تداخل نسختين مستنسختين تشتركان في عدة أحجام من القطع، لاحتوائهما على مواقع تقييد متعددة متقاربة. [ 17 ] تُسمى هذه الطريقة لرسم الخرائط الجينومية ببصمة التقييد أو بصمة BAC، لأنها تُحدد مجموعة من مواقع التقييد الموجودة في كل نسخة مستنسخة. بمجرد تحديد التداخل بين النسخ المستنسخة ومعرفة ترتيبها بالنسبة للجينوم، يتم تسلسل سقالة من مجموعة فرعية دنيا من هذه القطع المتجاورة التي تغطي الجينوم بأكمله باستخدام تقنية التسلسل العشوائي. [ 15 ]

نظرًا لأنها تتضمن أولًا إنشاء خريطة منخفضة الدقة للجينوم، فإن تسلسل الجينوم الهرمي بتقنية الشوتجن أبطأ من تسلسل الجينوم الكامل بتقنية الشوتجن، ولكنه يعتمد بشكل أقل على خوارزميات الحاسوب. مع ذلك، فإن عملية إنشاء مكتبة BAC واسعة النطاق واختيار مسار التجانب تجعل تسلسل الجينوم الهرمي بتقنية الشوتجن بطيئًا ويتطلب جهدًا كبيرًا. الآن، وبعد توفر هذه التقنية وإثبات موثوقية البيانات، [ 14 ] أصبحت سرعة وكفاءة تسلسل الجينوم الكامل بتقنية الشوتجن الطريقة الأساسية لتسلسل الجينوم.

تقنيات التسلسل الحديثة

كان تسلسل الحمض النووي الكلاسيكي يعتمد على طريقة سانجر للتسلسل: وكانت هذه التقنية الأكثر تطوراً لتسلسل الجينومات في الفترة ما بين عامي 1995 و2005 تقريباً. ولا تزال استراتيجية التسلسل تُستخدم حتى اليوم، ولكن باستخدام تقنيات تسلسل أخرى، مثل التسلسل قصير القراءة والتسلسل طويل القراءة .

تُنتج تقنية التسلسل قصير القراءة، أو ما يُعرف بـ"الجيل التالي"، قراءات أقصر (تتراوح بين 25 و500 زوج قاعدي)، ولكنها تُنتج مئات الآلاف أو ملايين القراءات في وقت قصير نسبيًا (في حدود يوم واحد). [ 18 ] ينتج عن ذلك تغطية عالية، إلا أن عملية التجميع تتطلب موارد حاسوبية أكبر بكثير. تتفوق هذه التقنيات بشكل كبير على تقنية سانجر للتسلسل نظرًا لحجم البيانات الكبير والوقت القصير نسبيًا اللازم لتسلسل جينوم كامل. [ 19 ]

تسلسل الميتاجينوميك شوتجن

يكفي الحصول على قراءات بطول 400-500 زوج قاعدي لتحديد نوع أو سلالة الكائن الحي الذي أُخذ منه الحمض النووي، شريطة أن يكون جينومه معروفًا مسبقًا، وذلك باستخدام برامج تصنيف تصنيفية تعتمد على k -mer على سبيل المثال . مع ملايين القراءات من تسلسل الجيل التالي لعينة بيئية، يُمكن الحصول على نظرة شاملة لأي ميكروبيوم معقد يضم آلاف الأنواع، مثل فلورا الأمعاء . من مزايا تسلسل الميتاجينوم مقارنةً بتسلسل تضخيم الحمض النووي الريبوزي 16S : عدم اقتصاره على البكتيريا؛ وتصنيفه على مستوى السلالة بينما يقتصر تسلسل التضخيم على الجنس فقط؛ وإمكانية استخلاص الجينات الكاملة وتحديد وظيفتها كجزء من الميتاجينوم. [ 20 ] حساسية تسلسل الميتاجينوم تجعله خيارًا جذابًا للاستخدام السريري . [ 21 ] ومع ذلك، فإنه يُبرز مشكلة تلوث العينة أو مسار التسلسل. [ 22 ]

انظر أيضاً

مراجع

  1. 1 2 3 ستادن، ر. (1979). " استراتيجية لتسلسل الحمض النووي باستخدام برامج الحاسوب" . أبحاث الأحماض النووية . 6 (7): 2601-2610 . doi : 10.1093/nar/6.7.2601 . PMC 327874. PMID 461197 .  
  2. ↑ أندرسون، ستيفن (1981). "تسلسل الحمض النووي بتقنية الشوتجن باستخدام شظايا مستنسخة مُولَّدة بواسطة إنزيم ديوكسي ريبونيوكلياز I" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 9 (13): 3015-3027 . doi : 10.1093/nar/9.13.3015 . PMC 327328. PMID 6269069 .  
  3. ↑ الاتحاد الدولي لتسلسل الجينوم البشري (21 أكتوبر 2004). "إتمام تسلسل الكروماتين الحقيقي للجينوم البشري" . مجلة نيتشر . 431 (7011): 931-945 . Bibcode : 2004Natur.431..931H . doi : 10.1038/nature03001 . PMID 15496913 . 
  4. ↑ غاردنر، ريتشارد سي؛ هاوارث، آلان جيه؛ هان، بيتر؛ براون-لودي، ماريان؛ شيبرد، روبرت جيه؛ ميسينغ، يواكيم (25-06-1981). "التسلسل النيوكليوتيدي الكامل لنسخة معدية من فيروس موزاييك القرنبيط باستخدام تقنية التسلسل العشوائي M13mp7" . مجلة أبحاث الأحماض النووية . 9 (12): 2871-2888 . doi : 10.1093/nar/9.12.2871 . ISSN 0305-1048 . PMC 326899. PMID 6269062 .   
  5. ↑ دوكترو، برايان (19 يوليو 2016). "نبذة عن يواكيم ميسينغ" . وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم . 113 (29): 7935-7937 . Bibcode : 2016PNAS..113.7935D . doi : 10.1073/pnas.1608857113 . ISSN 0027-8424 . PMC 4961156. PMID 27382176 .   
  6. ↑ إدواردز، آل؛ كاسكي، سي. توماس (أغسطس 1991). "استراتيجيات الإغلاق لتسلسل الحمض النووي العشوائي". طرق . 3 (1): 41-47 . doi : 10.1016/S1046-2023(05)80162-8 .
  7. ^ إدواردز، آل. فوس، هارتموت. رايس، بيتر؛ سيفيتيلو، أندرو؛ ستيجمان، جوزيف. شواجر، كريستيان؛ زيمرمان، يورغن. إيرفل، هولجر؛ كاسكي، سي توماس؛ أنسورج ، فيلهلم (أبريل 1990). “تسلسل الحمض النووي الآلي لموضع HPRT البشري”. علم الجينوم . 6 (4): 593-608 . دوى : 10.1016 / 0888-7543 (90)90493-E . بميد 2341149 . 
  8. ↑ روتش، جاريد سي؛ بويسن، سيسيلي؛ وانغ، كاي؛ هود، ليروي (مارس 1995). "تسلسل النهايات الزوجية: منهج موحد لرسم الخرائط الجينومية والتسلسل". علم الجينوم . 26 (2): 345-353 . doi : 10.1016/0888-7543(95)80219-C . PMID 7601461 . 
  9. ↑ فليشمان، روبرت د.؛ آدامز، مارك د.؛ وايت، أوين؛ وآخرون . (28 يوليو 1995). "التسلسل العشوائي والتجميع الكامل لجينوم المستدمية النزلية Rd". مجلة ساينس . 269 (5223): 496-512 . Bibcode : 1995Sci...269..496F . doi : 10.1126/science.7542800 . PMID 7542800 .  
  10. ↑ آدامز، مارك د.؛ سيلنيكر، سوزان إي.؛ هولت، روبرت أ.؛ وآخرون . (24 مارس 2000). "تسلسل جينوم ذبابة الفاكهة (دروسوفيلا ميلانوجاستر)". مجلة ساينس . 287 (5461): 2185-2195 . رمز Bibcode : 2000Sci...287.2185. doi : 10.1126 /science.287.5461.2185 . PMID 10731132 .  
  11. ↑ بوب، ميهاي؛ سالزبرغ، ستيفن ل. (مارس 2008). "تحديات المعلوماتية الحيوية لتقنية التسلسل الجديدة" . اتجاهات في علم الوراثة . 24 (3): 142-149 . doi : 10.1016/j.tig.2007.12.006 . ISSN 0168-9525 . PMC 2680276. PMID 18262676 .   
  12. ↑ مايرسون، ماثيو؛ غابرييل، ستايسي؛ غيتز، جاد (أكتوبر 2010). "تطورات في فهم جينومات السرطان من خلال تسلسل الجيل الثاني". مجلة Nature Reviews Genetics . 11 (10): 685-696 . doi : 10.1038/nrg2841 . PMID 20847746 . 
  13. ↑ دونهام، إيان (9 سبتمبر 2005). "تسلسل الجينوم". موسوعة علوم الحياة . doi : 10.1038/npg.els.0005378 . ISBN 978-0-470-01617-6.
  14. 1 2 3 فينتر، جيه كريج (9 سبتمبر 2005). "استكشاف الجينوم البشري: وجهة نظر شخصية". موسوعة علوم الحياة . doi : 10.1038/npg.els.0005850 . ISBN 978-0-470-01617-6.
  15. 1 2 جيبسون، جي. وميوز، إس في. مدخل إلى علم الجينوم . الطبعة الثالثة. ص 84
  16. ↑ بوزداغ، سردار؛ كلوز، تيموثي جيه؛ لوناردي، ستيفانو (مارس 2013). "نهج قائم على نظرية الرسم البياني لاختيار أقصر مسار تبليط من خريطة فيزيائية". معاملات IEEE/ACM في علم الأحياء الحاسوبي والمعلوماتية الحيوية . 10 (2): 352-360 . Bibcode : 2013ITCBB..10..352B . doi : 10.1109/tcbb.2013.26 . ISSN 1545-5963 . PMID 23929859 .  
  17. 1 2 3 عزيزي، بول هـ (9 سبتمبر 2005). "رسم خرائط الجينوم". موسوعة علوم الحياة . doi : 10.1038/npg.els.0005353 . ISBN 978-0-470-01617-6.
  18. ↑ فولكردينغ، كارل ف؛ دامز، شيل أ؛ دورتشي، جاكوب د (1 أبريل 2009). "التسلسل الجيني من الجيل التالي: من البحوث الأساسية إلى التشخيص" . الكيمياء السريرية . 55 (4): 641-658 . doi : 10.1373/clinchem.2008.112789 . PMID 19246620 . 
  19. ↑ ميتزكر، مايكل ل. (يناير 2010). "تقنيات التسلسل - الجيل القادم". مجلة نيتشر ريفيوز جينيتكس . 11 (1): 31-46 . doi : 10.1038/nrg2626 . PMID 19997069 . 
  20. ↑ رومبيكا، ديسبوينا د.؛ والاس، ر. جون؛ إسكاليتس، فرانك؛ فوثرينغهام، إيان؛ واتسون، ميك (6 مارس 2017). " مراجعة لأدوات المعلوماتية الحيوية للتنقيب الحيوي من بيانات تسلسل الميتاجينوم" . فرونتيرز إن جينيتكس . 8 : 23. doi : 10.3389/fgene.2017.00023 . PMC 5337752. PMID 28321234 .  
  21. ↑ غو، وي؛ ميلر، ستيف؛ تشيو، تشارلز واي. (24 يناير 2019). "التسلسل الجيني للجيل التالي للميتاجينوم السريري للكشف عن مسببات الأمراض" . المراجعة السنوية لعلم الأمراض: آليات المرض . 14 (1): 319-338 . doi : 10.1146/annurev-pathmechdis-012418-012751 . PMC 6345613. PMID 30355154 .  
  22. ↑ ثوندل، ماثيو؛ جيرالدو، باتريسيو؛ غرينوود-كوينتانس، كيريل إي.؛ ياو، جانيت؛ شيا، نيكولاس؛ هانسن، آرلين دي.؛ عبد، ماثيو بي.؛ باتيل، روبن (يونيو 2017). "تأثير تلوث الحمض النووي في مجموعات تضخيم الجينوم الكامل المستخدمة في تسلسل الميتاجينوم بتقنية الشوتجن لتشخيص العدوى" . مجلة علم الأحياء الدقيقة السريرية . 55 (6): 1789-1801 . doi : 10.1128/JCM.02402-16 . PMC 5442535. PMID 28356418 .  

للمزيد من القراءة

  • "تقنية التسلسل الجيني الشامل تصل إلى مرحلة النضج" . مجلة ساينتست . مؤرشفة من الأصل بتاريخ 14 مايو 2011. تم الاطلاع عليها بتاريخ 31 ديسمبر 2002 .
  • "التسلسل الجيني يكشف عن كائنات نانوية - مسبار في مياه الصرف الحمضية لمنجم يكشف عن عتائق بحجم الفيروسات لم تكن متوقعة" . SpaceRef.com . 22 ديسمبر 2006. مؤرشف من الأصل في 15 سبتمبر 2019. تم الاطلاع عليه في 23 ديسمبر 2006 .

المجال العام تتضمن هذه المقالة مواداً متاحة للعموم من دليل المركز الوطني لمعلومات التكنولوجيا الحيوية (NCBI Handbook ) .